EJERCICIO DE REPLICACIÓN, TRANSCRIPCIÓN Y TRADUCCIÓN

Nombre: Mariby Alondra Silva Alvarez

De la siguiente secuencia de Escherichia coli realiza las siguientes acciones:
3´.ACACTTTATGCTTCCGGCTATATTATGTGTGGTCGTCCTCCTAGCCTCTACTGGTA
CGAAAGCGGGACCTGA.5´
1. La Replicación es un proceso importante para el ciclo celular, ¿Qué enzimas y
proteínas participan y cuál es la función?
La replicación siempre comienza en lugares específicos del ADN, que se llaman orígenes
de replicación y se reconocen por su secuencia.
E. coli, como la mayoría de las bacterias, tiene solo un origen de replicación en su
cromosoma. El origen es de aproximadamente 245245245 pares de bases de largo y
tiene en su mayoría pares A/T (que se mantienen unidos por menos puentes de hidrógeno
que los pares de bases G/C), por lo que es más fácil separar las cadenas de ADN.
Proteínas especializadas reconocen el origen, se unen a este sitio y abren el ADN.
Conforme se abre el ADN, se forman dos estructuras en forma de Y llamadas horquillas
de replicación, en conjunto conforman lo que se llama burbuja de replicación. Las
horquillas de replicación se mueven en direcciones opuestas a medida que avanza la
replicación.
La helicasa es la primera enzima de la replicación que se carga en el origen de
replicación. El trabajo de la helicasa es permitir el avance de las horquillas de replicación
"desenrollando" el ADN (rompiendo los puentes de hidrógeno entre los pares de bases
nitrogenadas).
Proteínas llamadas proteínas de unión a cadenas sencillas cubren las cadenas de ADN
separadas cerca de la horquilla de replicación, impidiéndoles volver a unirse en una doble
hélice.
Las ADN polimerasas solo pueden agregar nucleótidos en el extremo 3' de una cadena de
ADN existente, ya que utilizan el grupo -OH libre en el extremo 3' como un "gancho" y
añaden un nucleótido a este grupo en la reacción de polimerización.
La primasa hace un cebador de ARN, un corto segmento de ácido nucleico
complementario al molde, que proporciona un extremo 3' con el que la ADN polimerasa
puede trabajar. Un cebador típico es de cinco a diez nucleótidos de largo. El
cebador ceba la ADN polimerasa, es decir, le proporciona lo que necesita para funcionar.
Una vez que el cebador de ARN está en su sitio, la ADN polimerasa lo "extiende",
añadiendo nucleótidos uno a uno para hacer una cadena nueva de ADN complementaria
a la cadena molde.
En E. coli, la ADN polimerasa que se encarga de la mayor parte de la síntesis es la ADN
polimerasa III. Hay dos moléculas de ADN polimerasa III en una horquilla de replicación,
cada una de las cuales trabaja duro en una de las dos nuevas cadenas de ADN.
Las ADN polimerasas solo pueden hacer ADN en dirección 5' a 3', esto plantea un
problema durante la replicación. Una doble hélice de ADN siempre es antiparalela; en
otras palabras, una cadena corre en dirección 5' a 3', mientras que la otra corre de 3' a 5'.
Esto hace necesario que las dos cadenas nuevas, que también son antiparalelas a sus
moldes, se produzcan de formas ligeramente diferentes.
Una cadena nueva, que corre de 5' a 3' hacia la horquilla de replicación, es fácil. Esta
cadena se produce continuamente porque la ADN polimerasa se mueve en la misma
dirección que la horquilla de replicación. Esta cadena sintetizada continuamente se
llama cadena líder.
La otra cadena nueva, que corre de 5' a 3' y se aleja de la horquilla, es más difícil. Esta
cadena se produce en fragmentos porque, conforme avanza la horquilla, la ADN
polimerasa (que se aleja de la horquilla) debe separarse y volver a unirse al ADN recién
expuesto. Esta cadena más difícil, que se produce en fragmentos, se llama cadena
rezagada.
Los pequeños fragmentos se llaman fragmentos de Okazaki, en honor al científico
japonés que los descubrió. La cadena líder puede extenderse a partir de un solo cebador,
mientras que la cadena rezagada necesita un cebador nuevo para cada uno de los
fragmentos cortos de Okazaki.
La topoisomerasa también juega un papel importante de mantenimiento durante la
replicación del ADN. Esta enzima impide que la doble hélice de ADN que está por delante
de la horquilla de replicación se enrolle demasiado cuando se abre el ADN. Actúa
haciendo mellas temporales en la hélice para liberar la tensión, las cuales vuelve a sellar
para evitar daños permanentes.
Por último, se debe hacer un poco de trabajo de limpieza si queremos que el ADN no
contenga ARN ni brechas. La ADN polimerasa I, la otra polimerasa que participa en la
replicación, elimina los cebadores de ARN y los sustituye por ADN. La enzima ADN
ligasa sella las brechas que permanecen después de reemplazar los cebadores.
2. Señalando los extremos, replica este segmento señalando los extremos y la
dirección en la que se realiza la replicación, en el renglón marcado como DNA.
3´.ACACTTTATGCTTCCGGCTATATTATGTGTGGTCGTCCTCCTAGCCTCTACTGGTA
CGAAAGCGGGACCTGA.5´
REPLICACIÓN
5´TGTGAAATACGAAGGCCGATATAATACACACCAGCAGGAGGATCGGAGATGACCAT
GCTTTCGCCCTGGACT.3´
3. ¿En qué dirección se realiza la polimerización? ¿Qué elementos requiere la DNA
polimerasa para realizar su función?
Polimerización o síntesis del ADN: selección de los dNTPs complementarios a las de la
cadena molde y formación del enlace fosfodiéster entre el extremo 3' del nucleótido
(dNTP) anteriormente incorporado y el extremo 5'P del siguiente dNTP.
Realmente, el complejo enzimático que lleva a cabo la replicación es un multímero
denominado Holoenzima de ADN Pol III que posee muchas cadenas o subunidades
polipeptídicas. Este multímero es realmente un dímero asimétrico, una mitad del dímero
se encarga de sintetizar la hélice retardada y la otra mitad sintetiza la hélice conductora.
La subunidad t interviene en la unión del dímero, el complejo g-d produce la unión al ADN
molde y la subunidad b sujeta el enzima al ADN.
DNA
5´TGTGAAATACGAAGGCCGATATAATACACACCAGCAGGAGGATCGGAGATGACCAT
GCTTTCGCCCTGGACT.3´
4. La síntesis de RNA es la transcripción ¿Qué es la RNA pol? ¿Qué elementos
claves son necesarios para su funcionamiento y que sintetice correctamente el
RNA?
Las ARN polimerasas son enzimas que transcriben el ADN en ARN. Mediante un molde
de ADN, la ARN polimerasa construye una nueva molécula de ARN a través del
apareamiento de bases.
La ARN polimerasa siempre construye una nueva cadena de ARN en la dirección 5' a 3'.
Es decir, solo puede agregar nucelótidos (A,U, G, o C) al extremo 3' de la cadena.
Las ARN polimerasas son enzimas grandes con varias subunidades, incluso en
organismos simples como las bacterias. Los seres humanos y otros eucariontes tienen
tres tipos diferentes de ARN polimerasas: I, II, y III. Cada una se especializa en la
transcripción de cierta clase de genes. Las plantas tienen dos tipos adicionales de ARN
polimerasa, IV y V, que están implicadas en la síntesis de ciertos ARN pequeños.
Para comenzar la transcripción de un gen, la ARN polimerasa se une al ADN del gen en
una región llamada el promotor. Básicamente, el promotor le dice a la polimerasa donde
"sentarse" sobre el ADN y comenzar a transcribir.
Durante la elongación, la ARN polimerasa "camina" sobre una hebra del ADN, conocida
como la hebra molde, en la dirección 3' a 5'. Por cada nucleótido en el molde, la ARN
polimerasa agrega un nucleótido de ARN correspondiente (complementario) al extremo 3'
de la hebra de ARN.
La ARN polimerasa seguirá transcribiendo hasta que reciba la señala para parar. El
proceso de finalizar la transcripción se conoce como terminación, y sucede una vez que
la polimerasa transcribe una secuencia de ADN llamada terminador.
5. La zona en negritas señala la región que reconoce la RNA polimerasa para iniciar
la transcripción ¿cómo se llama esta región y en qué posición está?
Es la caja prima, ubicada en la posición -10.

6. En itálica y en negrita esta la primera posición de la transcripción, marca en la

secuencia como se denomina.
En la posición +1.

7. Con base en los últimas dos preguntas realiza la transcripción, señalando sus extremos
en el renglón marcado como RNA.
mRNA 5´ACCAGCAGGAGGAUCGGAGAUGACCAUGCUUUCGCCCUGGACU 3´

8. El siguiente paso es la Traducción, ¿qué elementos son necesarios para que se

lleve a cabo?
La traducción implica "decodificar" un mensaje del ARN mensajero (ARNm) y utilizar su
información para construir un polipéptido o cadena de aminoácidos.
En un ARNm, las instrucciones para construir un polipéptido vienen en grupos de tres
nucleótidos llamados codones.
En la traducción, los codones de un ARNm se leen en orden (del extremo 5' al extremo 3')
mediante moléculas llamadas ARNs de transferencia o ARNt.
Cada ARNt tiene un anticodón, un conjunto de tres nucleótidos que se une a un codón
de ARNm correspondiente a través del apareamiento de bases. El otro extremo del ARNt
lleva el aminoácido que especifica el codón.
Los ARNt se unen a los ARNm dentro de una estrucutra de proteína y ARN
llamanda ribosoma. A medida que los ARNt entran a los espacios en el ribosoma y se
unen a los codones, sus aminoácidos se unen a la cadena de polipéptidos creciente en
una reacción química. El resultado final es un polipéptido cuya secuencia de aminoácidos
refleja la secuencia de codones en el ARNm.

9. La secuencia que sólo está en subrayada es importante para la traducción ¿cómo

se llama y como funciona?
Es la secuencia Shine-Delgarno que se encuentran justo antes de los codones de
iniciación y "se los señalan" al ribosoma.

10. ¿A qué corresponde las tres bases subrayadas y en negritas? Con base en esas
tres letras establece el marco de lectura.
Codon de inicio (AUG en el mRNA transcrito)

11. Realiza la traducción del mRNA, señalando los extremos amino y carboxilo del péptido
resultante.
Péptido CHO-NH-fMet-Thr-Met-Leu-Ser-Pro-Trp-Thr-COO-

12. Con base en la posición establecida en el punto 5, localiza la posición +28 ¿Qué
pasaría si hubiera una mutación en la posición de G por C? ¿Cómo se llama esta
mutación por sustitución nucleotídica, tanto por el tipo de sustitución como por su efecto
en la proteína?
Es transversión y mutación de sentido equivocado pues el codón original era AUG, y
ahora sería AUC, codificando para isoleucina en lugar de metionina.

13. Si hay una transversión en la posición +34 ¿qué tipo de mutación sería por su efecto
en el péptido?
Sería una mutación neutra, pues el codón UCG, que pasaría a UCC o UCU, seguría
siendo serina.

14. Finalmente cual sería el efecto en el péptido de una transición en la posición +39.
Una vez más señala como se denominaría esta mutación por su efecto en el péptido.
El codón original sería UGG, una transición lo haría UAG, que sería de terminación, por lo
tanto es terminación sin sentido.