CAPÍTULO 10 - Naturaleza de Los Genes y El Genoma

Universidad
del Magdalena
Access Provided by:
Biología celular y molecular. Conceptos y experimentos, 8e
CAPÍTULO 10: Naturaleza de los genes y el genoma
LA GENÓMICA SE VUELVE PERSONAL
En el invierno de 2003 nació una niña que se convertiría en el símbolo del campo emergente de la genómica personal. Bea Rienhoff era una bebé
saludable en general, pero tenía un conjunto de rasgos inusuales que incluían ojos muy separados, manos y pies curveados y bajo tono muscular; su
padre, Hugh Rienhoff, que tenía educación como genetista, reconoció estas características como posibles marcadores de un trastorno genético.
Después de dos años y numerosas visitas a especialistas médicos en busca de un diagnóstico, los padres de Bea no habían obtenido nada. Frustrado,
Rienhoff construyó un laboratorio de genética improvisado y comenzó un proyecto personal, que al final se llamaría “El proyecto Bea”, para identificar
la mutación que él estaba seguro existía en el genoma de su hija.
FUENTE: Cortesía de Leah Fasten Photography
Con base en los síntomas de Bea, algunos de los cuales parecían similares a los de otras enfermedades genéticas conocidas, Rienhoff sospechó que la
mutación estaba en algún sitio de la vía de TGFβ. Envió el DNA de Bea para obtener la secuenciación de miembros clave de la vía y comparó las
secuencias obtenidas con las del genoma humano recién publicado. Al no encontrar nada, amplió su búsqueda y solicitó la ayuda de expertos
académicos e industriales.
En 2009, Rienhoff acudió a una compañía llamada Illumina que estaba probando nuevos métodos que permitían la secuenciación de la parte del
genoma que codifica las proteínas (llamado exoma). Convenció a la compañía de secuenciar los exomas de Bea y miembros de la familia inmediata
como un caso de prueba. Después de analizar los datos, se encontró una mutación puntual en un solo gen que codifica la proteína TGFβ3 en el exoma
de Bea, pero no en ninguno de los otros miembros de la familia. Mediante experimentos en un cultivo celular, los investigadores encontraron que la
mutación puntual produce una proteína no funcional que reduce la señalización general en la vía de TGFβ. Hasta ahora, Bea Rienhoff es la única
persona en el mundo que tiene esta mutación y el síndrome resultante, hasta ahora sin nombre. En la actualidad se realizan estudios para crear
modelos animales que permitan averiguar si la mutación puede tener efectos en la salud de largo plazo y el padre de Bea espera que al final se
encuentren otras personas con la misma mutación que hayan tenido vidas largas y saludables.
10.1 EL CONCEPTO DE UN GEN COMO UNIDAD DE HERENCIA
El concepto de gen ha sufrido una notable evolución a medida que los biólogos han aprendido más acerca de la naturaleza de la herencia. Los
primeros estudios revelaron que los genes son factores individuales, retenidos a través de la vida de un organismo y que pasan a su progenie.
Downloaded 2023316 9:32 P Your IP is 45.65.200.13
CAPÍTULO 10: Naturaleza de los genes y el genoma, Page 1 / 61
Después de estos hallazgos se puso en evidencia, en la segunda mitad del siglo pasado, que estos factores hereditarios residían en los cromosomas y
©2023 McGraw Hill. All Rights Reserved. Terms of Use • Privacy Policy • Notice • Accessibility
estaban formados por ácido desoxirribonucleico (DNA, deoxyribonucleic acid), una macromolécula con propiedades extraordinarias. En la figura 10–
1 se presenta un panorama amplio de algunos de los primeros acontecimientos fundamentales que ocurrieron a lo largo de este singular viaje de
encuentren otras personas con la misma mutación que hayan tenido vidas largas y saludables.
Universidad del Magdalena
Access Provided by:
10.1 EL CONCEPTO DE UN GEN COMO UNIDAD DE HERENCIA
El concepto de gen ha sufrido una notable evolución a medida que los biólogos han aprendido más acerca de la naturaleza de la herencia. Los
primeros estudios revelaron que los genes son factores individuales, retenidos a través de la vida de un organismo y que pasan a su progenie.
Después de estos hallazgos se puso en evidencia, en la segunda mitad del siglo pasado, que estos factores hereditarios residían en los cromosomas y
estaban formados por ácido desoxirribonucleico (DNA, deoxyribonucleic acid), una macromolécula con propiedades extraordinarias. En la figura 10–
1 se presenta un panorama amplio de algunos de los primeros acontecimientos fundamentales que ocurrieron a lo largo de este singular viaje de
descubrimientos, coronado por la descripción de la estructura helicoidal doble del DNA en 1953. En las décadas que siguieron a este punto de
inflexión, una rama importante de la biología molecular comenzó a concentrarse en el genoma, que es el cuerpo colectivo de información genética
presente en una especie. Un genoma contiene todos los genes necesarios para “construir” un organismo específico. Durante la última década, la
colaboración de muchos laboratorios en todo el mundo ha permitido descubrir las secuencias de nucleótidos completas de muchos genomas
distintos, incluidos el del humano y el del chimpancé, el pariente vivo más cercano del ser humano. Por primera vez en la historia de la humanidad se
dispone de los medios para reconstruir la trayectoria genética de la evolución del ser humano, comparando regiones correspondientes del genoma de
organismos afines. Es posible descubrir cuáles regiones del genoma del ser humano han sido duplicadas y cuáles se han perdido desde que éste se
separó de un ancestro común. Asimismo, puede observarse qué nucleótidos específicos de un gen o de una región reguladora han sufrido cambios y
cuáles han permanecido constantes. Lo que es más importante, es posible inferir cuáles partes del genoma humano se han visto sujetas a la selección
natural y cuáles son producto del azar en el transcurso del tiempo. También ha comenzado a utilizarse esta información para descubrir más acerca de
la historia del humano como especie: cuándo y de dónde surgió, de qué manera se relacionan los humanos entre sí y cómo éstos llegaron a ocupar las
regiones de la Tierra que habitan.
FIGURA 10–1
Descripción que muestra varios de los descubrimientos tempranos más importantes sobre la naturaleza del gen. Cada uno de estos
descubrimientos se discute en el presente capítulo.
Como ciencia, la genética apareció alrededor del año 1860 con el trabajo de Gregor Mendel, un fraile del monasterio de St. Thomas localizado hoy en
día en la República Checa. El laboratorio de Mendel fue un pequeño jardín del monasterio. No se sabe con exactitud qué motivó a Mendel para
comenzar sus estudios, pero es evidente que tenía en mente un plan experimental claro: su objetivo era aparear, o cruzar, plantas de guisantes con
distintas características heredables e identificar el patrón con el que éstas se transmitían a la descendencia. Mendel seleccionó al guisante de jardín
por diferentes razones prácticas, pero sobre todo porque podía obtener una gran variedad de semillas que germinarían plantas con rasgos distintos.
Decidió enfocarse en siete caracteres o rasgos muy definibles, como la altura de la planta y el color de sus flores, estos últimos presentes en dos
formas alternativas reconocibles con claridad (cuadro 10–1). Después de varios años de cuidadosos estudios, en los cuales cultivó y cruzó sus plantas
durante varias generaciones y contó el número de individuos que mostraban diferentes características, Mendel llegó a las siguientes conclusiones,
que se describen con la terminología genética actual:
1. Las características de las plantas dependían de factores (o unidades) de herencia, que más tarde llamó genes. Cada planta poseía dos copias del
gen que controla el desarrollo de cada rasgo, una derivada de cada progenitor. Las dos copias de los genes podían ser idénticos o no. Más tarde,
estas formas alternativas de genes se llaman alelos. En cada uno de los siete rasgos estudiados, uno de los dos alelos era dominante con respecto
al otro. Si ambos aparecían juntos en la misma planta, el alelo dominante enmascaraba la existencia del recesivo.
2. Cada célula germinativa (o gameto) generada por una planta sólo tenía una copia del gen correspondiente a cada característica. Un gameto en
particular contenía el alelo recesivo o dominante para cada uno de los rasgos determinantes, pero no los dos alelos. Cada planta se originaba por
la unión de un gameto masculino con uno femenino. Por consiguiente, de los alelos que determinan cada rasgo en una planta, uno se heredaba
CAPÍTULO 10: Naturaleza de los genes y el genoma,
del progenitor femenino y el otro del masculino. Page 2 / 61
3. En cada planta los dos alelos que controlaban un rasgo permanecían unidos durante toda la vida, pero se separaban (o segregaban) durante la
formación de los gametos. Esta referencia es la base de la “ley de la segregación” de Mendel.
gen que controla el desarrollo de cada rasgo, una derivada de cada progenitor. Las dos copias de los genes podían ser idénticos o no. Más tarde,
estas formas alternativas de genes se llaman alelos. En cada uno de los siete rasgos estudiados, uno de los dos alelos era dominante con respecto
al otro. Si ambos aparecían juntos en la misma planta, el alelo dominante enmascaraba la existencia del recesivo. Access Provided by:
2. Cada célula germinativa (o gameto) generada por una planta sólo tenía una copia del gen correspondiente a cada característica. Un gameto en
particular contenía el alelo recesivo o dominante para cada uno de los rasgos determinantes, pero no los dos alelos. Cada planta se originaba por
la unión de un gameto masculino con uno femenino. Por consiguiente, de los alelos que determinan cada rasgo en una planta, uno se heredaba
del progenitor femenino y el otro del masculino.
3. En cada planta los dos alelos que controlaban un rasgo permanecían unidos durante toda la vida, pero se separaban (o segregaban) durante la
formación de los gametos. Esta referencia es la base de la “ley de la segregación” de Mendel.
4. La segregación del par de alelos correspondientes de un rasgo no tenía efecto sobre la segregación de los alelos de otro rasgo. Por ejemplo, un
gameto específico podía recibir un gen paterno que controlaba el color de la semilla y un gen materno que regulaba la forma de dicha semilla. Este
hallazgo sustentó la “ley de la permutación independiente” de Mendel.
CUADRO 10–1
Siete rasgos de las plantas de guisantes de Mendel
Rasgo Alelo dominante Alelo recesivo
Altura Alto Enano
Color de semilla Amarillo Verde
Forma de la semilla Redonda Angular (arrugada)
Color de la flor Púrpura Blanco
Posición de la flor A lo largo del tallo En las puntas del tallo
Color de la vaina Verde Amarillo
Forma de la vaina Inflada Restringida
(Consúltese www.mendelweb.org para una discusión sobre el trabajo de Mendel.)
Mendel presentó los resultados de la investigación de su trabajo a los miembros de la Natural History Society de Brünn, Austria; las actas de sus
sesiones no registran comentario alguno de esta presentación. Mendel publicó sus experimentos en la revista de dicha entidad en 1866, pero no
suscitaron ningún interés sino hasta el año 1900, 16 años después de su muerte. En ese año, tres botánicos europeos llegaron a las mismas
conclusiones de manera independiente y los tres descubrieron las publicaciones de Mendel olvidadas durante 35 años en los armarios de muchas
bibliotecas de toda Europa.
REVISIÓN
1. ¿Qué es un alelo y cuál es su relación con un gen?
2. Describa la segregación independiente de Mendel.
10.2 EL DESCUBRIMIENTO DE LOS CROMOSOMAS
Aunque Mendel proporcionó datos convincentes de que factores independientes, o genes, controlaban los rasgos hereditarios, en sus estudios no
tuvieron en cuenta naturaleza física de estos elementos o su localización dentro del organismo. Durante el tiempo transcurrido entre el trabajo de
Mendel y su redescubrimiento, varios biólogos se preocuparon de las bases físicas de la herencia dentro de la célula.
En la década de 1880, diferentes biólogos europeos observaban con atención la actividad de las estructuras celulares recién evidenciadas con los
microscopios ópticos, que mejoraban con rapidez. Estos científicos no conocían el trabajo de Mendel, pero concluyeron que cualquier factor que
gobernara las características heredadas debía pasar de una célula a la otra y de una generación a la siguiente. Esta inferencia, por sí misma, es
fundamental; toda la información genética necesaria para generar y conservar una planta o animal complejo debe estar por completo dentro de una
sola célula. Las observaciones efectuadas sobre células en división que llevó a cabo el biólogo alemán Walther Flemming en los primeros años de la
Aunque Mendel proporcionó datos convincentes de que factores independientes, o genes, controlaban los rasgos hereditarios, en sus estudios no
Access Provided by:
tuvieron en cuenta naturaleza física de estos elementos o su localización dentro del organismo. Durante el tiempo transcurrido entre el trabajo de
Mendel y su redescubrimiento, varios biólogos se preocuparon de las bases físicas de la herencia dentro de la célula.
En la década de 1880, diferentes biólogos europeos observaban con atención la actividad de las estructuras celulares recién evidenciadas con los
microscopios ópticos, que mejoraban con rapidez. Estos científicos no conocían el trabajo de Mendel, pero concluyeron que cualquier factor que
gobernara las características heredadas debía pasar de una célula a la otra y de una generación a la siguiente. Esta inferencia, por sí misma, es
fundamental; toda la información genética necesaria para generar y conservar una planta o animal complejo debe estar por completo dentro de una
sola célula. Las observaciones efectuadas sobre células en división que llevó a cabo el biólogo alemán Walther Flemming en los primeros años de la
década de 1880, revelaron que los elementos del contenido citoplásmico se distribuyen al azar en alguna de las células hijas, lo que dependía sólo del
plano a través del cual pasara el surco que divide a la célula. Por el contrario, era notorio que el contenido del núcleo se divide de manera equitativa
entre las dos células hijas. Durante la división celular, el material del núcleo se organizaba en “filamentos” visibles, que se denominaron
cromosomas, término que significa “corpúsculos coloreados”.
Cerca de este periodo se observó el proceso de fecundación y se describió la función de los dos gametos (espermatozoide y óvulo) (fig. 10–2).
Aunque el espermatozoide es una célula diminuta, se sabe que tiene igual importancia genética que el óvulo, de tamaño mucho mayor. ¿Qué tienen en
común estas dos células tan diferentes? El núcleo y sus cromosomas son las características más distinguibles. La importancia de los cromosomas
aportados por el elemento masculino se manifestó en el estudio que efectuó el biólogo alemán Theodore Boveri en huevos de erizo de mar,
fecundados con dos espermatozoides en vez de uno, como sucede en condiciones normales. Esta situación, conocida como polispermia, se
caracteriza por alteración de la división celular y la muerte temprana del embrión. ¿Por qué la presencia de un núcleo de espermatozoide adicional tan
pequeño dentro del ovocito, que es mucho más grande, tiene tan evidentes consecuencias? El segundo espermatozoide dona un grupo adicional de
cromosomas y otro centríolo (sección 9.5). Estos componentes redundantes propician una división celular anormal en el embrión, durante la cual las
células hijas reciben diferentes números de cromosomas. Boveri concluyó que el proceso ordenado del desarrollo normal es “dependiente de una
combinación particular de cromosomas y esto sólo puede significar que los cromosomas individuales deben poseer diferentes cualidades”. Ésta fue la
primera evidencia de una diferenciación cualitativa entre los cromosomas.
FIGURA 10–2
Eventos que ocurren en la lombriz Ascaris después de la fertilización, como se informaron en una investigación clásica del siglo X I X.
Se observa que tanto el gameto masculino como el femenino contienen dos cromosomas. La fusión de los núcleos de espermatozoides y de óvulos
(llamados pronúcleos) en el citoplasma del óvulo (entre e y f) produce un cigoto que contiene cuatro cromosomas. El segundo cuerpo polar que se
muestra en a es un producto de la meiosis previa, como se describe en la sección 14.13.
FUENTE: De T. Boveri, Jenaische Zeit 1888;22:685.
Los sucesos que tienen lugar después de la fecundación se observaron con más detalle en el gusano redondo Ascaris, cuyos escasos cromosomas son
grandes y se podían observar con la misma facilidad en el siglo XIX que ahora en los laboratorios para estudiantes de biología. En 1883, el biólogo
belga Edouard van Beneden observó que las células del cuerpo del gusano poseían cuatro cromosomas grandes, pero los núcleos masculino y
femenino presentes en el huevo justo después de la fecundación (antes de la fusión de los dos núcleos) sólo poseían dos cromosomas cada uno (fig.
Access Provided by:
FUENTE: De T. Boveri, Jenaische Zeit 1888;22:685.
Los sucesos que tienen lugar después de la fecundación se observaron con más detalle en el gusano redondo Ascaris, cuyos escasos cromosomas son
grandes y se podían observar con la misma facilidad en el siglo XIX que ahora en los laboratorios para estudiantes de biología. En 1883, el biólogo
belga Edouard van Beneden observó que las células del cuerpo del gusano poseían cuatro cromosomas grandes, pero los núcleos masculino y
femenino presentes en el huevo justo después de la fecundación (antes de la fusión de los dos núcleos) sólo poseían dos cromosomas cada uno (fig.
10–2). Alrededor de esos años se describió el proceso de la meiosis y en 1887 el biólogo alemán August Weismann propuso que la meiosis incluía una
“división reductora” durante la cual el número de cromosomas disminuía a la mitad después de la formación de los gametos. Si la división reductora
no ocurría, y cada gameto contenía el mismo número de cromosomas, como una célula adulta, entonces la unión de los dos gametos debería doblar la
cantidad de cromosomas en las células de la progenie. El número de cromosomas debería duplicarse con cada nueva generación, lo cual, desde luego,
no puede suceder.1
REVISIÓN
1. ¿Qué evidencia condujo a los primeros microscopistas a creer que los cromosomas contenían la información genética de la célula?
1Para recordar algunas de las fases que ocurren durante la meiosis, el lector puede consultar la sección 14.12, que describe los pasos iniciales del ciclo
de vida de un organismo eucariota.
10.3 CROMOSOMAS COMO PORTADORES DE LA INFORMACIÓN GENÉTICA
El redescubrimiento del trabajo de Mendel y su confirmación tuvieron una inmediata influencia en la investigación de la biología celular. Cualquiera
que fuera su naturaleza física, los portadores de las unidades de herencia tenían que correlacionarse de manera coherente con los principios
mendelianos. En 1903, Walter Sutton, graduado de la Columbia University, publicó un artículo en el que destacó de manera directa a los cromosomas
como portadores físicos de los factores genéticos de Mendel. Sutton observó la formación de espermatozoides en saltamontes que, al igual que en
Ascaris, tienen cromosomas grandes y de fácil observación. En las células germinales de la gónada masculina ocurren dos tipos de divisiones: la
mitótica, mediante la cual las espermatogonias producen más espermatogonias, y la meiótica, durante la que la espermatogonia genera
espermatozoides (fig. 14–41a). Durante la observación de los estados de mitosis de los espermatozoides de saltamontes, Sutton cuantificó 23
cromosomas. El examen minucioso de la forma y el tamaño de los 23 cromosomas sugirió que se presentaban en pares “al parecer idénticos”. Se
distinguieron 11 pares junto con un cromosoma adicional, llamado accesorio (después se demostró que se trataba del cromosoma X determinante del
sexo), que no tenía pareja. Sutton comprobó que la presencia de pares de cromosomas, o cromosomas homólogos, como pronto se les denominó,
se correlacionaba perfectamente con los pares de factores hereditarios descubiertos por Mendel.
Cuando Sutton examinó los cromosomas en las células, justo al inicio de la meiosis, encontró que los miembros de cada par de cromosomas se
vinculaban uno con otro y formaban un complejo bivalente. Se reconocieron 11 de estas estructuras, cada una con una línea de relación transversa, en
la que los dos cromosomas homólogos estaban unidos (fig. 10–3). La primera división meiótica aseguraba la separación de los dos cromosomas
homólogos dentro de células diferenciadas. Ésta fue la división reductora que había propuesto 15 años antes Weismann en sus trabajos teóricos. De
nueva cuenta, se trataba de la base física de la propuesta de Mendel acerca de la existencia de parejas de factores hereditarios que permanecen
unidos durante toda la vida de un individuo, pero que se separan durante la formación de los gametos. La división reductora observada por Sutton
explicó algunos otros hallazgos de Mendel: los gametos sólo contienen una versión de cada gen (alelo); el número de alelos que poseen ambos
gametos es igual; y los dos gametos que se unen durante la fecundación producen un individuo con dos alelos para cada rasgo. Sin embargo, aún
persistían muchas interrogantes sin respuesta. Por ejemplo, ¿cómo se organizaban los genes en los cromosomas? y ¿podría determinarse el sitio
donde se localizan los genes específicos?
FIGURA 10–3
Cromosomas homólogos. Dibujo de Sutton de los cromosomas homólogos del saltamontes macho que se han asociado durante la profase
meiótica para formar bivalentes. Se observaron once pares de cromosomas (ak) homólogos y un cromosoma X no apareado.
FIGURA 10–3
Access Provided by:
Cromosomas homólogos. Dibujo de Sutton de los cromosomas homólogos del saltamontes macho que se han asociado durante la profase
meiótica para formar bivalentes. Se observaron once pares de cromosomas (ak) homólogos y un cromosoma X no apareado.
FUENTE: WS Sutton. Biol Bulletin 1902;4:24. Biological Bulletin by Marine Biological Laboratory (Woods Hole, Mass.) Copyright 1902. Reproducido
con autorización de Marine Biological Laboratory en el formato Textbook a través de Copyright Clearance Center.
Con la misma claridad que percibió la relación entre la función de los cromosomas y los resultados de Mendel en las plantas de guisantes, Sutton halló
también un problema fascinante. Mendel observó la transmisión de siete rasgos y encontró que cada uno se heredaba de forma independiente
respecto de los otros. Esta fue la base de la ley de la permutación independiente de Mendel. Sin embargo, si los genes permanecían unidos dentro de
los cromosomas, al igual que las cuentas de un rosario, entonces un progenitor debía pasar grupos de genes a su descendencia, justo como los
cromosomas intactos se pasan a la siguiente generación. Los genes en un mismo cromosoma debían actuar como si estuvieran ligados entre sí, es
decir, formar parte de un mismo grupo ligado.
¿De qué manera los siete rasgos de Mendel están distribuidos de forma independiente?, ¿estaban todos en diferentes grupos, es decir, en diferentes
cromosomas? Si ese fuera el caso, el guisante de jardín debía poseer siete pares diferentes de cromosomas homólogos. Los genes que controlan cada
rasgo estudiado por Mendel pueden identificarse en cromosomas diferentes o estar separados en el mismo cromosoma y actuar de manera
independiente. La predicción de Sutton acerca de grupos ligados pronto fue confirmado. En apenas dos años se demostró en los guisantes dulces que
dos rasgos (el color de las flores y la forma del polen) estaban ligados y en poco tiempo se acumularon otros datos de la vinculación cromosómica.
REVISIÓN
1. ¿Qué es un grupo ligado?, ¿cuál es su relación con un cromosoma?, ¿cómo se puede determinar el número de grupos ligados en una especie?
10.4 ANÁLISIS GENÉTICO EN DROSOPHILA
Con rapidez la investigación en genética se enfocó en un organismo particular, la mosca de la fruta, Drosophila (fig. 10–4). Dicha mosca tiene un
tiempo de desarrollo (desde el huevo hasta formar un adulto sexualmente maduro) de unos 10 días y puede producir más de 1 000 huevos durante
toda su vida. Además, es un animal muy pequeño, de modo que es posible manejar un gran número, es fácil de albergar y criar, y de mantenimiento
muy barato. En 1909 Thomas Hunt Morgan, de la Columbia University, lo consideró el organismo perfecto e inició lo que después fue el principio de
una nueva era en la investigación genética. Cuando comenzó a trabajar con este insecto tuvo una gran desventaja: sólo disponía de una “cepa” de la
mosca, la de tipo silvestre. Mendel tuvo tan sólo que comparar algunas variedades de semillas de guisante, pero Morgan debió generar sus propias
variedades de mosca de la fruta. Esperaba que de éstas pudieran surgir variantes del tipo silvestre si criaba moscas en suficiente cantidad. Antes de un
año, después de criar miles de moscas, logró su primer mutante, es decir, un individuo con una característica hereditaria que lo diferenciaba del tipo
10.4 ANÁLISIS GENÉTICO EN DROSOPHILA
Con rapidez la investigación en genética se enfocó en un organismo particular, la mosca de la fruta, Drosophila (fig. 10–4). Dicha mosca tiene un
Access Provided by:
tiempo de desarrollo (desde el huevo hasta formar un adulto sexualmente maduro) de unos 10 días y puede producir más de 1 000 huevos durante
toda su vida. Además, es un animal muy pequeño, de modo que es posible manejar un gran número, es fácil de albergar y criar, y de mantenimiento
muy barato. En 1909 Thomas Hunt Morgan, de la Columbia University, lo consideró el organismo perfecto e inició lo que después fue el principio de
una nueva era en la investigación genética. Cuando comenzó a trabajar con este insecto tuvo una gran desventaja: sólo disponía de una “cepa” de la
mosca, la de tipo silvestre. Mendel tuvo tan sólo que comparar algunas variedades de semillas de guisante, pero Morgan debió generar sus propias
variedades de mosca de la fruta. Esperaba que de éstas pudieran surgir variantes del tipo silvestre si criaba moscas en suficiente cantidad. Antes de un
año, después de criar miles de moscas, logró su primer mutante, es decir, un individuo con una característica hereditaria que lo diferenciaba del tipo
silvestre. El mutante tenía ojos blancos en lugar de los ojos rojos normales (fig. 10–4).
FIGURA 10–4
La mosca de la fruta Drosophila melanogaster. Fotografía de una mosca de la fruta femenina de tipo salvaje (silvestre) y un macho mutante que
tiene una mutación que causa los ojos blancos.
FUENTE: Cortesía de Stanley JP Iyadurai.
Para el año 1915, Morgan y sus estudiantes habían encontrado 85 diferentes mutantes con una amplia variedad de estructuras afectadas. Al parecer,
en algunas ocasiones muy raras ocurría un cambio espontáneo, o mutación, dentro de un gen, que se alteraba de manera permanente y podía
transmitirse de una generación a la siguiente. Demostrar que una alteración espontánea en un gen se heredaba tuvo consecuencias que
trascendieron mucho más allá que el estudio de la genética de Drosophila. Esto sugería un mecanismo para el origen de la variación que existe dentro
de las poblaciones, lo cual fue una evidencia de una relación directa con la teoría de la evolución. Si las variantes de los genes podían aparecer de
manera espontánea, entonces poblaciones aisladas podrían ser diferentes entre sí en términos genéticos y al final dar lugar a nuevas especies.
Las mutaciones son un suceso necesario para la evolución, pero también son una herramienta para los genetistas, porque proporcionan puntos de
comparación con el estado silvestre. Conforme se aislaron los mutantes de Drosophila, éstos se criaron, cruzaron y mantuvieron en reserva en el
laboratorio. Tal y como se esperaba, las 85 mutaciones no se organizaron de manera independiente; en cambio, Morgan encontró que pertenecían a
cuatro diferentes grupos ligados, uno con muy pocos genes mutantes (sólo dos en 1915). Este hallazgo se relaciona de manera directa con la
observación de que las células de Drosophila poseen cuatro pares de cromosomas homólogos, uno de los cuales es muy pequeño (fig. 10–5). Pocas
dudas persistieron acerca de que los genes residían en los cromosomas.
FIGURA 10–5
Las moscas de la fruta tienen cuatro pares de cromosomas homólogos, uno de los cuales es muy pequeño. Los dos homólogos
disímiles son los cromosomas que determinan el sexo. Al igual que en los seres humanos, las moscas de la fruta macho son XY y las hembras son XX.
FIGURA 10–5
Access Provided by:
Las moscas de la fruta tienen cuatro pares de cromosomas homólogos, uno de los cuales es muy pequeño. Los dos homólogos
disímiles son los cromosomas que determinan el sexo. Al igual que en los seres humanos, las moscas de la fruta macho son XY y las hembras son XX.
Entrecruzamiento y recombinación
Aunque se confirmó la vinculación de genes entre grupos ligados, la relación entre alelos sobre el mismo cromosoma era incompleta. En otras
palabras, alelos de dos genes diferentes (como los que codifican las alas cortas y el cuerpo oscuro [como en la figura 10–7]), que estuvieron en
principio presentes o se hallaban juntos en un cromosoma, no siempre permanecieron unidos durante la producción de gametos. Las características
maternas y las paternas heredadas por un individuo en cromosomas homólogos separados pueden mezclarse y terminar en el mismo cromosoma de
un gameto. Por el contrario, dos características que se heredaron juntas en el mismo cromosoma podían separarse la una de la otra y colocarse al final
en gametos separados.
En 1911, Morgan formuló una explicación para la “rotura” del ligamiento. Dos años antes, F. A. Janssens observó que cromosomas homólogos de los
bivalentes se entrelazaban en la etapa temprana de la meiosis (fig. 10–6). Janssens había propuesto que esta interacción entre cromosomas
maternos y paternos resultaba en la separación y el intercambio de piezas del cromosoma. Con base en esta proposición, Morgan sugirió que este
fenómeno, que denominó entrecruzamiento (o recombinación genética), podría explicar la aparición de descendientes (recombinantes) con
combinaciones inesperadas de características genéticas. Un ejemplo de entrecruzamiento se muestra en la figura 10–7.
FIGURA 10–6
Visualización de los sitios de entrecruzamiento. Cromosomas homólogos se envuelven mutuamente durante la meiosis, como se observa en
esta micrografía de una célula meiótica de un lirio. Los puntos en los que se cruzan los homólogos se denominan quiasma (flechas) y (como se discute
en el capítulo 14) son sitios en los cuales el entrecruzamiento se había producido en una etapa anterior.
FIGURA 10–6
Access Provided by:
Visualización de los sitios de entrecruzamiento. Cromosomas homólogos se envuelven mutuamente durante la meiosis, como se observa en
esta micrografía de una célula meiótica de un lirio. Los puntos en los que se cruzan los homólogos se denominan quiasma (flechas) y (como se discute
en el capítulo 14) son sitios en los cuales el entrecruzamiento se había producido en una etapa anterior.
FUENTE: De AH Sparrow. Annals of the Nueva York Academy de Sciences, 1508, 1951. Reproducido con autorización de John Wiley & Sons.
FIGURA 10–7
El entrecruzamiento proporciona el mecanismo para reorganizar a los alelos entre cromosomas maternos y paternos. a)
Representación simplificada de un solo cruce en un heterocigoto de Drosophila (BbWw) en el cromosoma número 2 y los gametos resultantes. Si
cualquiera de los gametos que se cruzan participa en la fertilización, la descendencia tendrá un cromosoma con una combinación de alelos que no
estaba presente en un solo cromosoma en las células de cualquiera de los padres. b) Formación bivalente (tétrada) durante la meiosis, que muestra
tres intersecciones cruzadas (quiasma, indicado por las flechas negras).
Representación simplificada de un solo cruce en un heterocigoto de Drosophila (BbWw) en el cromosoma número 2 y los gametos resultantes. Si
cualquiera de los gametos que se cruzan participa en la fertilización, la descendencia tendrá un cromosoma con una combinación de alelos que no
Access Provided by:
estaba presente en un solo cromosoma en las células de cualquiera de los padres. b) Formación bivalente (tétrada) durante la meiosis, que muestra
tres intersecciones cruzadas (quiasma, indicado por las flechas negras).
El análisis de la descendencia de un gran número de cruzas entre adultos que portan una variedad de alelos en el mismo cromosoma indicaron que:
(1) el porcentaje de recombinaciones entre un par determinado de genes presentes en un cromosoma como los que regulan el color de los ojos o la
longitud de las alas, era en esencia constante entre un experimento y otro, y (2) los porcentajes de recombinación entre diferentes pares de genes, por
ejemplo entre el color de los ojos con la longitud de las alas en comparación con el color de los ojos y el color del cuerpo, podían ser muy diferentes.
El hecho de que un par de genes tuviera la misma frecuencia de recombinación en cada cruce, sugería que las posiciones de los genes a lo largo del
cromosoma (loci) estaban fijas y no variaban entre una mosca y otra. Si el locus de cada gen está fijo, entonces la frecuencia de recombinación entre
dos genes provee una medida de la distancia que los separa. Cuanto mayor sea el espacio disponible entre dos sitios del cromosoma, más probable es
que ocurra una rotura entre esos dos sitios y mayor será la frecuencia de recombinación. En 1911 Alfred Sturtevant, un graduado de la Columbia
University, que trabajó en el laboratorio de Morgan, concibió la idea de que las frecuencias de recombinación podían utilizarse para mapear las
posiciones relativas de genes individuales a lo largo de un cromosoma específico. Un ejemplo de los principios que operan en este procedimiento de
mapeo se ilustra en la figura 10–7. En este modelo, los genes de la longitud del ala y del color del cuerpo de Drosophila están situados a una distancia
considerable el uno del otro en el cromosoma y, por lo tanto, es probable que se desliguen por un punto de rotura y entrecruzamiento. En cambio, los
genes para el color de ojos y el color del cuerpo están muy cerca el uno del otro en el cromosoma y, en consecuencia, es menos probable que se
El hecho de que un par de genes tuviera la misma frecuencia de recombinación en cada cruce, sugería que las posiciones de los genes a lo largo del
cromosoma (loci) estaban fijas y no variaban entre una mosca y otra. Si el locus de cada gen está fijo, entonces la frecuencia de recombinación entre
Access Provided by:
dos genes provee una medida de la distancia que los separa. Cuanto mayor sea el espacio disponible entre dos sitios del cromosoma, más probable es
que ocurra una rotura entre esos dos sitios y mayor será la frecuencia de recombinación. En 1911 Alfred Sturtevant, un graduado de la Columbia
University, que trabajó en el laboratorio de Morgan, concibió la idea de que las frecuencias de recombinación podían utilizarse para mapear las
posiciones relativas de genes individuales a lo largo de un cromosoma específico. Un ejemplo de los principios que operan en este procedimiento de
mapeo se ilustra en la figura 10–7. En este modelo, los genes de la longitud del ala y del color del cuerpo de Drosophila están situados a una distancia
considerable el uno del otro en el cromosoma y, por lo tanto, es probable que se desliguen por un punto de rotura y entrecruzamiento. En cambio, los
genes para el color de ojos y el color del cuerpo están muy cerca el uno del otro en el cromosoma y, en consecuencia, es menos probable que se
desliguen. A partir de las frecuencias de recombinación, Sturtevant (que llegó a ser uno de los genetistas más prominentes del siglo) comenzó a
construir un mapa detallado del orden serial de los genes de los cuatro cromosomas de la mosca de la fruta. Desde entonces se emplean las
frecuencias de recombinación para elaborar mapas cromosómicos de diferentes organismos, desde virus y bacterias hasta una gran variedad de
organismos eucariotas.
Mutagénesis y cromosomas gigantes
En la primera etapa de la genética, la búsqueda de mutantes era un procedimiento lento y tedioso dependiente de la aparición espontánea de genes
alterados. Tras emplear una cepa especial de mosca de la fruta diseñada para revelar la presencia de alelos recesivos, H. J. Muller, observó en 1927
que las moscas sometidas a una dosis subletal de rayos X mostraban una frecuencia 100 veces mayor de mutación espontánea que los testigos. Este
dato tuvo consecuencias notables. En la práctica, el uso de agentes mutágenos (como los rayos X y la radiación ultravioleta) aumentó de manera
considerable el número de mutantes disponibles para la investigación en genética. Este hallazgo también puntualizó el peligro de incrementar el uso
de la radiación en los campos de la industria y la medicina. En la actualidad, las mutaciones en Drosophila aparecen más a menudo por la adición de
mutágenos químicos (etilmetanosulfonato) al alimento de los insectos.
El redescubrimiento de los cromosomas gigantes de ciertas células de insectos, que efectuó en 1933 Theophilus Painter de la University of Texas,
ilustra una propiedad básica de los sistemas biológicos. Existe una notoria variación entre los organismos, no sólo en niveles macroscópicos obvios,
sino también en niveles celulares y subcelulares (a menudo un tipo particular de célula puede ser mucho más adecuado para cierto tipo de
investigación en comparación con todos los demás). Las células de la glándula salival de la larva de Drosophila contienen cromosomas casi 100 veces
más gruesos que los observados en la mayor parte de otras células del organismo (fig. 10–8a). Durante el desarrollo de la larva, estas células dejan de
dividirse, pero mantienen su crecimiento. La replicación del DNA continúa y provee el material genético adicional necesario para conservar los altos
niveles de actividad secretora de estas células gigantes. Las cadenas (o hebras) de DNA duplicado permanecen unidas en un ordenamiento perfecto
lado con lado (recuadro de la fig. 10–8a) y crean un cromosoma gigante, con hasta 1 024 veces el número de cadenas de DNA de los cromosomas
normales.
FIGURA 10–8
Cromosomas politénicos gigantes de insectos larvarios. a) Estos cromosomas politénicos gigantes de la glándula salival de una larva de una
mosca de la fruta muestran varios miles de bandas distintas y oscuras. Las bandas han sido identificadas como los loci de genes particulares. En el
recuadro se detalla cómo los cromosomas politénicos consisten en varias moléculas de DNA individuales. Las bandas teñidas en los cromosomas
corresponden a los sitios donde el DNA está más compacto. b) Microfotografía electrónica de barrido de un cromosoma politénico gigante de una
larva de Chironomus que muestra cómo los sitios específicos se expanden para formar una “protuberancia”. Las protuberancias cromosómicas son
sitios donde el DNA se transcribe activamente.
Access Provided by:
FUENTE: a) Andrew Syred/Photo Researchers, Inc. Reproducido con permiso de Company of Biologists, Ltd.; b) Tomada de Terry Allen y Claus
Pelling, J Cell Science, cubierta del vol. 93, parte 4, 1989. Reproducida con autorización de Company of Biologists, Ltd.
Estos cromosomas raros, llamados cromosomas politénicos, tienen detalles visuales abundantes y en ellos se reconocen alrededor de 5 000
bandas cuando se tiñen y examinan con el microscopio. El patrón de bandeo es en esencia constante entre individuos, pero se observan diferencias
considerables en los cromosomas de moscas de diferentes especies del género de Drosophila. Painter pronto advirtió que ciertas bandas individuales
podían correlacionarse con genes específicos. La posición relativa de los genes sobre los cromosomas gigantes concuerda con la posición
pronosticada en mapas genéticos generados a partir de la frecuencia de recombinación, lo que confirma de manera morfológica la validez de todo el
procedimiento de mapeo cromosómico.
Los cromosomas gigantes de los insectos también son útiles de otras formas. La comparación de los patrones de bandas de cromosomas politénicos
de diferentes especies ha proporcionado una oportunidad sin igual para investigar cambios evolutivos en el nivel cromosómico. Además, estos
cromosomas no son objetos celulares inertes, sino más bien estructuras dinámicas en las cuales regiones definidas se “expanden” durante etapas
particulares del desarrollo (fig. 10–8b). Estas expansiones cromosómicas son sitios en los que el DNA se transcribe en un nivel muy alto, lo cual
representa uno de los mejores sistemas disponibles para la visualización directa de la expresión de genes.
podían correlacionarse con genes específicos. La posición relativa de los genes sobre los cromosomas gigantes concuerda con la posición
pronosticada en mapas genéticos generados a partir de la frecuencia de recombinación, lo que confirma de manera morfológica la validez de todo el
Access Provided by:
procedimiento de mapeo cromosómico.
Los cromosomas gigantes de los insectos también son útiles de otras formas. La comparación de los patrones de bandas de cromosomas politénicos
de diferentes especies ha proporcionado una oportunidad sin igual para investigar cambios evolutivos en el nivel cromosómico. Además, estos
cromosomas no son objetos celulares inertes, sino más bien estructuras dinámicas en las cuales regiones definidas se “expanden” durante etapas
particulares del desarrollo (fig. 10–8b). Estas expansiones cromosómicas son sitios en los que el DNA se transcribe en un nivel muy alto, lo cual
representa uno de los mejores sistemas disponibles para la visualización directa de la expresión de genes.
REVISIÓN
1. ¿De qué manera las mutaciones genéticas ayudan al mapeo y la localización de genes en un cromosoma?
2. ¿Qué se entiende por ligamiento incompleto?, ¿qué relación guarda lo anterior con el apareamiento de cromosomas homólogos durante la
meiosis?
3. ¿Qué hace diferente a un cromosoma normal de un cromosoma politénico de un insecto?
10.5 LA ESTRUCTURA DEL DNA
Los genetistas clásicos descubrieron las reglas que rigen la transmisión de las características genéticas y la relación que hay entre genes y
cromosomas. En su discurso de aceptación del Premio Nobel en 1934, T.H. Morgan señaló: “En el nivel en que se encuentran los experimentos de
genética, no representa diferencia alguna si el gen es una unidad hipotética o una partícula material”. Sin embargo, para el decenio de 1940 se
consideraba un nuevo conjunto de preguntas, siendo la principal: “¿Cuál es la naturaleza química de los genes?” Los experimentos que responden
esta interrogante se esbozan en la sección “Vías experimentales” (sección 10.6). Una vez que fue evidente que los genes estaban formados por DNA,
los biólogos se enfrentaron con una multitud de nuevas preguntas. De éstas se ocupa el resto del presente capítulo.
Para entender la actividad de una macromolécula compleja (sea una proteína, un polisacárido, un lípido o un ácido nucleico), es esencial conocer la
forma en que ésta se integra. En el misterio de la estructura del DNA se concentró un gran número de laboratorios de Estados Unidos e Inglaterra a
principios de 1950; al final, la incógnita la despejaron James Watson y Francis Crick, de la Cambridge University, en 1953 (fig. 10–9). Antes de describir
su propuesta de la estructura del DNA hay que considerar los hechos que estaban disponibles en esos años.
FIGURA 10–9
Modelo de DNA construido por James Watson y Francis Crick en la Universidad de Cambridge, 1953.
su propuesta de la estructura del DNA hay que considerar los hechos que estaban disponibles en esos años.
FIGURA 10–9
Access Provided by:
Modelo de DNA construido por James Watson y Francis Crick en la Universidad de Cambridge, 1953.
FUENTE: Ciencia y Sociedad/SuperStock.
Se sabía que la unidad básica para construir DNA era un nucleótido (fig. 10–10a,b), formado por un azúcar de cinco carbonos conocido como
desoxirribosa, al cual se fijaba un fosfato esterificado en la posición 5′ y una base nitrogenada en el carbono 1’.2 Existen dos tipos de bases
nitrogenadas presentes en un ácido nucleico: las pirimidinas, que contienen un solo anillo, y las purinas, las cuales poseen dos anillos (fig. 10–9c).
El DNA contiene dos diferentes pirimidinas, la timina (T) y la citosina (C), además de dos distintas purinas, guanina (G) y adenina (A). Los nucleótidos
están unidos entre sí de forma covalente para formar un polímero lineal, o cadena, con un esqueleto compuesto de azúcares que se alternan con
grupos fosfato, unidos por enlaces 3′5′fosfodiéster (fig. 10–10c). Se presuponía que las bases unidas a cada azúcar se proyectaban desde el
esqueleto y semejaban una columna de estructuras apiladas.
FIGURA 10–10
Estructura química del DNA. a) Modelo de nucleótido de DNA que contiene la base timina; la molécula es 5′monofosfato de desoxitimidina (dTMP,
deoxythymidine 5′monophosphate). La jaula de red representa la densidad electrónica de los átomos que componen la molécula. b) Estructura
química de nucleótido de DNA que contiene la base adenosina; la molécula es 5′monofosfato de desoxiadenosina (dAMP, deoxyadenosine 5
monophosphate). Un nucleótido se compone de un nucleósido unido a un fosfato; la porción de nucleósido de la molécula (es decir,
desoxiadenosina) está encerrada por la línea de puntos. c) Estructura química de un pequeño segmento de una cadena única de DNA que muestra los
cuatro nucleótidos.
Access Provided by:
Access Provided by:
FUENTE: a) Tomada de Arnon Lavie, et al. Nature Str Biol 1997;4:604, Fig. 2a. Reproducido con autorización de Macmillan Publishers Limited.
Un nucleótido tiene una estructura polarizada: un extremo 5′ (“extremo cinco prima”), donde se localiza el fosfato, y un extremo 3′ (fig. 10–10b).
Puesto que todos los nucleótidos apilados de la cadena se dirigen hacia el mismo lado, toda la cadena tiene una dirección (fig. 10–10 c). Los análisis de
difracción de rayos X indicaban que la distancia entre los nucleótidos apilados era de unos 3.4 Å (0.34 nm) y sugerían la presencia de una repetición
estructural grande cada 3.4 nm.
Como se describe en la Sección 10.6, se pensó durante muchos años que el DNA poseía una estructura simple de repeticiones de tetranucleótidos (p.
ej., —ATGCATGCATGC—), lo cual impidió que se le considerara como una macromolécula portadora de información. En 1950, Erwin Chargaff, de la
Columbia University, notificó un notable hallazgo que eliminó por fin la teoría del tetranucleótido y proporcionó información de importancia vital
acerca de la estructura del DNA. Chargaff, creyendo que la secuencia de nucleótidos del DNA era la clave de su importancia, determinó la cantidad
relativa de cada base en diversas muestras de DNA, es decir, la composición de bases de las muestras. Este análisis se llevó a cabo mediante la
hidrólisis de las bases fijas de los azúcares. Después, éstas se aislaron del hidrolizado mediante cromatografía en papel y se cuantificó la cantidad de
material en cada uno de los cuatro puntos hacia los que migraron las cuatro bases.
Si la teoría del tetranucleótido era correcta, la cantidad de cada base en un DNA debía ser casi 25% del total. Chargaff encontró que la relación de las
cuatro bases fue muy distinta entre organismos diferentes y a menudo se apartaba en grado notable de la relación 1:1:1:1 que predecía la teoría del
tetranucleótido. Por ejemplo, la relación A:G del DNA de un bacilo de tuberculosis era 0.4, mientras que la misma proporción en el DNA humano era
1.56. No había diferencia en que tejido vegetal o animal se utilizara como fuente de DNA; la composición de bases permanecía constante para cada
especie. Entre esta gran variedad de composición de bases del DNA de diferentes especies, se descubrió una importante relación numérica. En una
muestra determinada de DNA, el número de purinas siempre era igual al número de pirimidinas. De manera más específica, el número de adeninas
siempre era igual al de timinas y la cantidad de guaninas siempre era igual a la de citosinas. En otras palabras, Chargaff descubrió las siguientes reglas
en la composición de bases del DNA:
Los hallazgos de Chargaff arrojaron nueva información sobre la molécula de DNA y le confirieron especificidad e individualidad de un organismo a
otro. Sin embargo, la significancia de las equivalencias de bases todavía no era muy clara.
Propuesta de Watson y Crick
Cuando se analizó la estructura de las proteínas en el capítulo 2, se subrayó la importancia de las estructuras secundaria y terciaria como
determinantes de la actividad de las proteínas. De manera semejante, la información acerca de la organización tridimensional de la molécula de DNA
fue necesaria para entender su actividad biológica. Tras utilizar los datos de difracción de rayos X (obtenidos por Rosalind Franklin y Maurice Wilkins
en el King’s College de Londres) y tomar en cuenta la construcción de modelos aceptables a partir de las estructuras de los cuatro tipos de nucleótidos,
Watson y Crick propusieron un modelo de la estructura del DNA que incluyó los siguientes elementos (fig. 10–10):
1. La molécula está formada por dos cadenas de nucleótidos. A esta propuesta le siguió casi de inmediato otra errónea de Linus Pauling, que sugirió
que el DNA se componía de tres cadenas de nucleótidos.
2. Las dos cadenas se enrollan en espiral una alrededor de la otra, formando un par de hélices dextrógiras. En una hélice dextrógira, un observador
que mire el eje central de la molécula verá que cada cadena sigue una trayectoria en el sentido de las manecillas del reloj a medida que se aleja del
observador. La naturaleza helicoidal del DNA quedó de manifiesto por un patrón de puntos generado en la imagen de difracción de rayos X de
Franklin, el cual se le mostró a Watson durante su visita al King’s College.
3. Las dos cadenas que forman la doble hélice transcurren en dirección opuesta, es decir, son antiparalelas. Esto significa que si una cadena está
alineada en la dirección 5′ → 3′, la cadena complementaria debe correr en dirección 3′ → 5′.
4. El esqueleto de azúcarfosfatoazúcarfosfato se localiza en el exterior de la molécula con dos grupos de bases que se proyectan hacia el centro.
Los grupos fosfato confieren a la molécula una gran carga negativa (fig. 10–11a).
2. Las dos cadenas se enrollan en espiral una alrededor de la otra, formando un par de hélices dextrógiras. En una hélice dextrógira, un observador
que mire el eje central de la molécula verá que cada cadena sigue una trayectoria en el sentido de las manecillas del reloj a medida que se aleja del
Access Provided by:
observador. La naturaleza helicoidal del DNA quedó de manifiesto por un patrón de puntos generado en la imagen de difracción de rayos X de
Franklin, el cual se le mostró a Watson durante su visita al King’s College.
3. Las dos cadenas que forman la doble hélice transcurren en dirección opuesta, es decir, son antiparalelas. Esto significa que si una cadena está
alineada en la dirección 5′ → 3′, la cadena complementaria debe correr en dirección 3′ → 5′.
4. El esqueleto de azúcarfosfatoazúcarfosfato se localiza en el exterior de la molécula con dos grupos de bases que se proyectan hacia el centro.
Los grupos fosfato confieren a la molécula una gran carga negativa (fig. 10–11a).
5. Las bases ocupan planos más o menos perpendiculares al eje longitudinal de la molécula y por lo tanto se colocan una sobre otra como platos
apilados. Las interacciones hidrófobas y las fuerzas de van der Waals (sección 2.1, Enlaces covalentes) entre las bases planas apiladas suministran
estabilidad a la molécula del DNA. Las vueltas helicoidales y los pares de bases planos en conjunto hacen que la molécula se asemeje a una
escalera de caracol. Esta construcción es evidente en la fotografía que aparece in figura 10–9, que muestra el modelo original de Watson y Crick.
6. Las dos cadenas se conservan unidas mediante puentes de hidrógeno formados entre cada base de una cadena y una base asociada en la otra
cadena. Un puente de hidrógeno, por sí solo, es débil y fácil de romper, lo que posibilita la separación de las cadenas de DNA durante ciertas
funciones. Al mismo tiempo, la fuerza de los puentes de hidrógeno es aditiva, de modo que un gran número de ellos mantiene las cadenas juntas y
hace de la doble hélice una estructura estable.
7. La distancia que hay entre un átomo de fósforo del esqueleto y el centro del eje es de 1 nm (en consecuencia, el ancho de la doble hélice es de 2
nm).
8. Una pirimidina en una cadena está siempre pareada con una purina en la cadena complementaria. Este ordenamiento produce una molécula que
es de 2 nm de ancho a lo largo de toda su estructura.
9. Los átomos de nitrógeno unidos al cuarto carbono de la citosina y al sexto de la adenina se encuentran de manera predominante en la
configuración amino (NH2) (fig. 10–10c) y no la forma imino (NH). De manera similar, los átomos de oxígeno unidos a los carbonos sexto de la
guanina y cuarto de la timina por lo general están en configuración ceto (C=O) en vez de en forma de enol (C—OH). Estas restricciones estructurales
de la configuración de las bases sugieren que la única purina capaz de unirse a la timina desde el punto de vista estructural es la adenina, y que la
guanina es la única purina que puede enlazarse a la citosina. Por lo tanto, los únicos pares posibles eran AT y GC (fig. 10–11c). Esto ajusta a la
perfección con el análisis de composición de bases realizado por Chargaff, cuyos resultados fueron comunicados a Watson y Crick durante una
reunión de los tres científicos en Cambridge, en 1952. Como los pares de bases AT y GC tienen la misma geometría (fig. 10–11c), no hay
restricciones acerca de la secuencia de bases; una molécula de DNA puede tener cualquiera de una variedad ilimitada de secuencias de
nucleótidos.
10. Los espacios entre los giros que forman la hélice crean dos surcos de diferente amplitud (un surco más amplio llamado surco mayor y uno más
estrecho denominado surco menor), que rodean en espiral la superficie externa de la doble hélice (fig. 10–11 a, b). Las proteínas que se unen al
DNA ocupan a menudo sus surcos. En muchos casos, una proteína unida a un surco es capaz de leer la secuencia de nucleótidos a lo largo del DNA
sin tener que separarse de las cadenas.
11. La doble hélice da una vuelta completa cada 10 residuos de nucleótido (3.4 nm) o 150 vueltas por cada millón de daltons de masa molecular.
12. Debido a que una A en una cadena está siempre unida a una T en la otra cadena, y una G a una C, la secuencia de nucleótidos de las dos cadenas
siempre es fija en relación con la otra. Por esta relación, se dice que las dos cadenas de la doble hélice son complementarias entre sí. Por
ejemplo, una A se acopla a una T, las secuencias 5′AGC3′ y 3′TCG5′ se complementan entre sí y una cadena entera es complementaria de la otra.
Como se menciona más adelante, la complementariedad es de gran importancia en casi todas las actividades y los mecanismos en los cuales
intervienen los ácidos nucleicos.
FIGURA 10–11
La doble hélice. a) Representación esquemática de la doble hélice del DNA. b) Modelo de relleno de espacio de la forma B del DNA. c) Pares de bases
WatsonCrick. El modelo original mostró pares AT y GC con dos enlaces de hidrógeno; el tercer enlace de hidrógeno en el par GC fue identificado
posteriormente por Linus Pauling. d) Micrografía electrónica de DNA que se libera de la cabeza de un bacteriófago T2. Esta molécula de DNA lineal
(nótese los dos extremos libres) mide 68 μm de longitud, cerca de 60 veces más que la cabeza del fago en la que está contenida.
La doble hélice. a) Representación esquemática de la doble hélice del DNA. b) Modelo de relleno de espacio de la forma B del DNA. c) Pares de bases
WatsonCrick. El modelo original mostró pares AT y GC con dos enlaces de hidrógeno; el tercer enlace de hidrógeno en el par GC fue identificado
Access Provided by:
posteriormente por Linus Pauling. d) Micrografía electrónica de DNA que se libera de la cabeza de un bacteriófago T2. Esta molécula de DNA lineal
(nótese los dos extremos libres) mide 68 μm de longitud, cerca de 60 veces más que la cabeza del fago en la que está contenida.
FUENTE: b) Cortesía de Nelson Max, Laboratorio Nacional Lawrence Livermore y el Departamento de Energía; c) Figura 28–6 en la página 854 de
Voet y Voet, Biochemistry 2e; copyright 1995, John Wiley & Sons, Inc. Este material se reproduce con el permiso de John Wiley & Sons, Inc.; d)
tomada de AK Kleinschmidt, et al. Biochim Biophys Acta 1962;61:861, con el permiso de Elsevier.
Importancia de la propuesta de Watson y Crick
Desde el momento en que los biólogos consideraron por primera vez al DNA como material genético, se esperaba que la molécula cumpliera tres
funciones principales (fig. 10–12):
1. Almacenamiento de información genética. Como material genético, el DNA debe contener un registro grabado de instrucciones que
determina todas las características heredables que un organismo puede exhibir. En términos moleculares, el DNA debe contener la información
para el orden específico de aminoácidos de todas las proteínas que sintetiza el organismo (fig. 10–12 a).
2. Replicación y herencia. El DNA debe contener la información para la síntesis de nuevas cadenas (replicación). La replicación del DNA permite
que las instrucciones genéticas se transmitan de una célula a sus hijas y, de esta forma, de un individuo a su descendencia (fig. 10–12b).
3. Expresión del mensaje genético. El DNA es más que un centro de almacenamiento; también funge como director de la actividad celular. En
consecuencia, la información codificada en él tiene que expresarse de alguna forma que participe en los sucesos internos de la célula. De manera
más específica, la información del DNA debe usarse para dirigir el orden por medio del cual aminoácidos específicos se incorporan a una cadena
polipeptídica (fig. 10–12c).
FIGURA 10–12
Tres funciones requeridas del material genético. a) El DNA debe contener la información que codifica los rasgos hereditarios. b) El DNA debe
contener la información que dirige su propia duplicación. c) El DNA debe contener la información que dirige el ensamblaje de proteínas específicas.
3. Expresión del mensaje genético. El DNA es más que un centro de almacenamiento; también funge como director de la actividad celular. En
consecuencia, la información codificada en él tiene que expresarse de alguna forma que participe en los sucesos internos de la célula. De manera
Access Provided by:
más específica, la información del DNA debe usarse para dirigir el orden por medio del cual aminoácidos específicos se incorporan a una cadena
polipeptídica (fig. 10–12c).
FIGURA 10–12
Tres funciones requeridas del material genético. a) El DNA debe contener la información que codifica los rasgos hereditarios. b) El DNA debe
contener la información que dirige su propia duplicación. c) El DNA debe contener la información que dirige el ensamblaje de proteínas específicas.
El modelo de la estructura del DNA de Watson y Crick fue de suma importancia para conocer de qué manera se llevaban a cabo las dos primeras de
estas tres funciones genéticas. El modelo apoyaba las presunciones de que la información contenida en el DNA residía en la secuencia lineal de sus
bases. A cada gen corresponde determinado segmento de DNA. La secuencia específica de nucleótidos en dicha fracción dicta la sucesión de
aminoácidos en el polipéptido correspondiente. Un cambio de la secuencia lineal de los nucleótidos de dicho segmento provoca una mutación
hereditaria en dicho gen. Se pensaba que las diferencias en la secuencia nucleotídica formaban las bases de la variación genética entre individuos de
una especie o entre especies. Como se explica en el capítulo siguiente, transcurrió otro decenio para que los biólogos conocieran el mecanismo
mediante el cual la secuencia de aminoácidos es codificada por una secuencia de nucleótidos de DNA.
Del mismo modo que para la segunda función, la publicación inicial de la estructura del DNA de Watson y Crick incluyó una propuesta que explicaba
cómo podría replicarse esta molécula. Es probable que esa fuera la primera ocasión en que un estudio de la estructura molecular condujera de
manera directa a la hipótesis de un mecanismo molecular básico. Watson y Crick propusieron que, durante la replicación, los enlaces de hidrógeno
que sujetan las dos cadenas de la hélice de DNA se rompían en forma secuencial, lo que producía la división gradual de las cadenas, en forma muy
parecida a la separación de las dos mitades de una cremallera. En este postulado, cada una de las cadenas distanciadas, con sus bases nitrogenadas
aminoácidos en el polipéptido correspondiente. Un cambio de la secuencia lineal de los nucleótidos de dicho segmento provoca una mutación
hereditaria en dicho gen. Se pensaba que las diferencias en la secuencia nucleotídica formaban las bases de la variación genética entre individuos de
Access Provided by:
una especie o entre especies. Como se explica en el capítulo siguiente, transcurrió otro decenio para que los biólogos conocieran el mecanismo
mediante el cual la secuencia de aminoácidos es codificada por una secuencia de nucleótidos de DNA.
Del mismo modo que para la segunda función, la publicación inicial de la estructura del DNA de Watson y Crick incluyó una propuesta que explicaba
cómo podría replicarse esta molécula. Es probable que esa fuera la primera ocasión en que un estudio de la estructura molecular condujera de
manera directa a la hipótesis de un mecanismo molecular básico. Watson y Crick propusieron que, durante la replicación, los enlaces de hidrógeno
que sujetan las dos cadenas de la hélice de DNA se rompían en forma secuencial, lo que producía la división gradual de las cadenas, en forma muy
parecida a la separación de las dos mitades de una cremallera. En este postulado, cada una de las cadenas distanciadas, con sus bases nitrogenadas
expuestas, actuaba como plantilla o molde que dirigía el orden en el cual los nucleótidos complementarios se ensamblaban para formar la cadena
complementaria. Al finalizar el proceso debían generarse dos moléculas de DNA de doble cadena que eran: (1) idénticas entre sí y (2) iguales a la
molécula original de DNA. De acuerdo con la propuesta de Watson y Crick, cada doble hélice de DNA debía contener una cadena de la molécula original
y una cadena nueva (fig. 13.1). Como se describe en el capítulo 13, dicho axioma predijo el mecanismo de la duplicación del DNA. De las tres funciones
primarias mencionadas antes, sólo el mecanismo mediante el cual el DNA regía el ensamblaje de una proteína específica permaneció en el más
absoluto misterio.
La dilucidación de la estructura del DNA no sólo fue importante por sí misma, sino que también estimuló la investigación de todas las actividades en
las que debía participar el material genético. Una vez aceptado el modelo estructural, la teoría del código genético, la síntesis del DNA o la
transferencia de información, debían concordar con dicha estructura.
REVISIÓN
1. ¿Qué significa que una cadena de DNA tenga polaridad?, ¿por qué se dice que las dos cadenas de dicha molécula son antiparalelas?, ¿qué
significa que la molécula posea un surco mayor y uno menor y que las cadenas sean complementarias?
2. ¿Cuál es la relación entre los análisis de la composición de las bases del DNA que realizó Chargaff y la estructura de la doble hélice?
10.6 VÍAS EXPERIMENTALES
Naturaleza química de los genes
Tres años después de que Gregor Mendel presentara los resultados de su trabajo acerca de la herencia en guisantes, Friedrich Miescher se graduó
en una escuela de medicina en Suiza y viajó a Tübingen, Alemania; su objetivo era hacer una estancia de un año y estudiar bajo la dirección de Ernst
HoppeSeyler, uno de los químicos más notables de ese periodo y tal vez el primer bioquímico de la historia. Miescher se interesó en las sustancias
químicas contenidas en el núcleo de la célula. Para aislar material de los núcleos celulares con un mínimo de contaminación por los componentes
citoplásmicos, dicho investigador necesitaba células fáciles de obtener en gran cantidad y que tuvieran núcleos grandes. Eligió a los leucocitos, que
obtuvo del pus de vendajes quirúrgicos desechados por una clínica local. Miescher trató las células con ácido clorhídrico diluido, al cual añadió un
extracto de estómago de cerdo que eliminaba proteínas (dicho material contenía pepsina, una enzima proteolítica). El residuo conseguido después
de este tratamiento se componía sobre todo de núcleos celulares aislados que se asentaron en el fondo del tubo, los cuales extrajo con un álcali
diluido. El material soluble en esta última sustancia se purificó de manera adicional mediante precipitación con ácido diluido y una nueva
extracción con álcali diluido. Miescher observó que el extracto alcalino contenía una sustancia con propiedades diferentes a las descubiertas con
anterioridad: era una molécula muy grande, de carácter ácido y rica en fósforo. Denominó a este material “nucleína”. El año de residencia de
Miescher concluyó y retornó a su hogar en Suiza, en tanto que HoppeSeyler, cauteloso acerca de los resultados, repitió el trabajo y una vez
confirmados los hallazgos, los publicó en 1871.1
De vuelta en Suiza, Miescher continuó sus estudios sobre la química del núcleo celular. Como vivía cerca del Rhin, podía obtener con facilidad
salmones que nadaban contra la corriente y arribaban llenos de huevecillos o espermatozoides maduros. Los últimos eran células ideales para
estudiar los núcleos. Al igual que los leucocitos, se podían obtener en gran cantidad y 90% de su volumen correspondía al núcleo. Las
preparaciones de Miescher con nucleína obtenida de espermatozoides tenían un porcentaje más elevado de fósforo (casi 10% de su peso) que los
leucocitos, lo que indicaba que había menos proteínas contaminantes. De hecho, éstas fueron las primeras preparaciones de DNA relativamente
puro. El término “ácido nucleico” lo acuñó en 1889 Richard Altmann, discípulo de Miescher, quien desarrolló los métodos para purificar DNA libre
de proteínas de varios tejidos animales y levaduras.2
En los últimos dos decenios del siglo XIX, numerosos biólogos se dedicaron al estudio de los cromosomas y describieron su evolución durante la
división celular y la interfase (sección 10.2). Una forma de observar cromosomas consistió en teñir estas estructuras celulares con pigmentos. Un
botánico de nombre E. Zacharias descubrió que el mismo colorante que revelaba los cromosomas también teñía una preparación de nucleína
extraída con el procedimiento de Miescher de digestión con pepsina en un medio de HCl. Además, cuando las células tratadas con pepsina y HCl se
extrajeron de modo subsecuente con álcali diluido, un procedimiento ya conocido para extraer nucleína, el residuo celular (incluidos los
cromosomas) ya no contenía material teñible. Estos y otros resultados apoyaron de forma consistente la idea de que la nucleína era un componente
leucocitos, lo que indicaba que había menos proteínas contaminantes. De hecho, éstas fueron las primeras preparaciones de DNA relativamente
puro. El término “ácido nucleico” lo acuñó en 1889 Richard Altmann, discípulo de Miescher, quien desarrolló los métodos para purificar DNA libre
Access Provided by:
de proteínas de varios tejidos animales y levaduras.2
En los últimos dos decenios del siglo XIX, numerosos biólogos se dedicaron al estudio de los cromosomas y describieron su evolución durante la
división celular y la interfase (sección 10.2). Una forma de observar cromosomas consistió en teñir estas estructuras celulares con pigmentos. Un
botánico de nombre E. Zacharias descubrió que el mismo colorante que revelaba los cromosomas también teñía una preparación de nucleína
extraída con el procedimiento de Miescher de digestión con pepsina en un medio de HCl. Además, cuando las células tratadas con pepsina y HCl se
extrajeron de modo subsecuente con álcali diluido, un procedimiento ya conocido para extraer nucleína, el residuo celular (incluidos los
cromosomas) ya no contenía material teñible. Estos y otros resultados apoyaron de forma consistente la idea de que la nucleína era un componente
de los cromosomas. Otto Hertwig, quien estudió la evolución de los cromosomas durante la fecundación, afirmó en 1884 en una disertación
profética: “creo que es muy probable que la nucleína sea la sustancia encargada no sólo de la fecundación, sino también de la transmisión de las
características hereditarias”.3 De manera irónica, cuanto más se aprendía acerca de las propiedades de dicho material, menos se le consideraba
elegible para ser el material genético.
Durante los 50 años que siguieron al descubrimiento del DNA gracias a Miescher, se describió la química de dicha molécula y la naturaleza de sus
componentes. Algunas de las contribuciones más importantes en esta tarea fueron obra de Phoebus Aaron Levene, quien emigró de Rusia a
Estados Unidos en 1891 y con el tiempo obtuvo un puesto en el Rockefeller Institute de Nueva York. Dicho investigador fue quien por fin resolvió
uno de los problemas más resistentes de la química del DNA, cuando en 1929 determinó que el azúcar de los nucleótidos era la 2desoxirribosa.4
Para aislar el azúcar, Levene y E.S. London colocaron el DNA en el estómago de un perro a través una abertura quirúrgica y luego recolectaron
muestras del intestino del animal. A medida que el DNA pasaba por el estómago y el intestino, varias enzimas del tubo digestivo actuaron sobre la
molécula y fragmentaron los nucleótidos en sus componentes, las cuales se pudieron aislar y analizar. Levene resumió sus conocimientos de los
ácidos nucleicos en una monografía publicada en 1931.5
Aunque a Levene se le acredita la determinación de la estructura de los bloques de construcción del DNA, también se le imputa el mayor obstáculo
en la búsqueda de la estructura química de los genes. En este periodo, cada vez fue más evidente que las proteínas eran muy complejas y
mostraban gran especificidad como catalizadores en una notable variedad de reacciones químicas. Por otra parte, se pensó que el DNA se integraba
con bloques formados por los cuatro nucleótidos repetidos de forma monótona. El principal defensor de esta concepción del DNA, que se llamó
“Teoría de los tetranucleótidos”, fue Phoebus Levene. Puesto que los cromosomas sólo contenían dos elementos, DNA y proteínas, pocos dudaban
que las últimas fueran el material genético.
Mientras tanto, conforme se analizaba la estructura del DNA, se creó una nueva línea de investigación en el campo de la bacteriología. A principios
del decenio de 1920 se observó que algunas especies de bacterias patógenas eran capaces de crecer en el laboratorio en dos formas diferentes. Las
bacterias con capacidad virulenta (p. ej., causantes de enfermedades) formaron colonias lisas, regulares y en forma de domo. Por el contrario, las
células bacterianas no virulentas crecieron en colonias de morfología rugosa, plana e irregular (fig. 1).6 El microbiólogo británico J. A. Arkwright
introdujo los términos lisos (S, smooth) y rugoso (R, rough) para describir estos dos tipos de organismos. Al observarlas al microscopio, las células
que formaban las colonias S estaban rodeadas por una capa de consistencia gelatinosa, ausente en las de las colonias R. La cápsula bacteriana
protegía a las bacterias de las defensas del hospedador, lo que explica por qué las células R, sin cápsula, no provocaban infecciones en animales de
laboratorio.
Por su gran efecto sobre la salud humana, las bacterias causantes de neumonía (Streptococcus pneumoniae o neumococos) son desde hace mucho
tiempo foco de atención entre los microbiólogos. En 1923, Frederick Griffith, médico del British Ministry of Health, demostró que estos organismos
también crecen como colonias S o R y, además, que las dos formas eran interconvertibles, es decir, en ocasiones una bacteria R podía
transformarse en S, o viceversa.7 Por ejemplo, Griffith observó que si inyectaba un número considerable de bacterias R a un ratón, el animal casi
siempre desarrollaba neumonía y producía bacterias que formaban colonias de morfología S.
Con anterioridad se había demostrado que el neumococo se presentaba en varios tipos diferentes (I, II y III), que podían distinguirse unos de otros
por medios inmunológicos. En otras palabras, se podían obtener anticuerpos de animales infectados que sólo reaccionaban con uno de los tres
tipos. Más aún, una bacteria de un tipo nunca originaba a células de otra clase. Cada uno de los tres tipos de neumococos podía ocurrir en las
formas S o R.
En 1928, Griffith hizo un descubrimiento sorprendente cuando inyectó varias preparaciones bacterianas en ratones.8 La inyección de numerosas
bacterias S eliminadas con calor, o de un pequeño número de bacterias R vivas, no causó por sí misma ningún daño al sujeto experimental. Sin
embargo, cuando se inyectaron juntas las preparaciones al mismo organismo, éste desarrolló neumonía y murió. Se pudieron aislar y cultivar
bacterias virulentas del ratón. Para ampliar sus datos, inyectó combinaciones de bacterias de diferentes tipos (fig. 2). De manera inicial administró
a ocho ratones bacterias S de tipo I muertas junto con un pequeño inóculo de la cepa R de tipo II de bacterias vivas. Dos de los ocho animales
contrajeron neumonía y Griffith pudo aislar y cultivar células bacterianas S de tipo I virulentas de los ratones infectados. Puesto que era imposible
que las bacterias sin vida resucitaran, el investigador concluyó que las células muertas de tipo I habían suministrado algo a las células vivas no
encapsuladas de tipo II, que las transformó en la forma encapsulada de tipo I. Cuando crecieron en cultivo, las bacterias transformadas continuaron
produciendo células de tipo I y en consecuencia el cambio era estable y permanente.
En 1928, Griffith hizo un descubrimiento sorprendente cuando inyectó varias preparaciones bacterianas en ratones.8 La inyección de numerosas
bacterias S eliminadas con calor, o de un pequeño número de bacterias R vivas, no causó por sí misma ningún daño al sujeto experimental. Sin
Access Provided by:
embargo, cuando se inyectaron juntas las preparaciones al mismo organismo, éste desarrolló neumonía y murió. Se pudieron aislar y cultivar
bacterias virulentas del ratón. Para ampliar sus datos, inyectó combinaciones de bacterias de diferentes tipos (fig. 2). De manera inicial administró
a ocho ratones bacterias S de tipo I muertas junto con un pequeño inóculo de la cepa R de tipo II de bacterias vivas. Dos de los ocho animales
contrajeron neumonía y Griffith pudo aislar y cultivar células bacterianas S de tipo I virulentas de los ratones infectados. Puesto que era imposible
que las bacterias sin vida resucitaran, el investigador concluyó que las células muertas de tipo I habían suministrado algo a las células vivas no
encapsuladas de tipo II, que las transformó en la forma encapsulada de tipo I. Cuando crecieron en cultivo, las bacterias transformadas continuaron
produciendo células de tipo I y en consecuencia el cambio era estable y permanente.
Los datos de Griffith acerca de la transformación los confirmaron pronto varios laboratorios de todo el mundo, incluido el de Oswald Avery, un
inmunólogo del Rockefeller Institute, la misma institución donde trabajaba Levene. Al principio, Avery dudó que una sustancia liberada por una
célula muerta pudiera alterar el aspecto de una célula viva, pero se convenció cuando Martin Dawson, un joven ayudante, confirmó los mismos
resultados en su laboratorio.9 Después, Dawson intentó demostrar que la transformación no ocurre siempre en un animal vivo. Un extracto crudo
de bacterias S muertas, mezclado con un pequeño número de células no virulentas (R) cultivadas en presencia de antisuero R, podía convertir a las
últimas en la forma S virulenta. Las células transformadas siempre fueron del tipo característico (I, II o III) de las células S muertas.10
El siguiente paso importante lo dio J. Lionel Alloway, otro miembro del laboratorio de Avery, quien logró solubilizar el agente transformante. Esto
se logró tras congelar y después descongelar con rapidez las células muertas donadoras, calentar de inmediato las células fragmentadas,
centrifugar la suspensión y hacer pasar el sobrenadante a través de un filtro de porcelana cuyos poros impedían el paso de las bacterias. El extracto
soluble así filtrado mostró la misma capacidad transformadora que las células muertas por calor originales.11
En la siguiente década, Avery et al. enfocaron su atención en purificar la sustancia causante de la transformación y determinar su identidad. Tan
sorprendente como puede parecer ahora, en aquel tiempo ningún otro laboratorio del mundo se dedicó a identificar el “principio transformador”,
como lo llamó Avery. Los avances en este punto fueron lentos.12 Con el tiempo, Avery et al., Colin MacLeod y Maclyn McCarty, lograron aislar una
sustancia activa del extracto soluble, capaz de causar la transformación en una concentración de apenas una parte en 600 millones. Todas las
pruebas sugerían que la sustancia activa era DNA, puesto que: (1) poseía muchas de las propiedades químicas características de dicha molécula, (2)
ningún otro tipo de material pudo detectarse en la preparación y (3) análisis con diferentes enzimas mostraron que sólo aquellas capaces de digerir
el DNA podían inactivar el principio transformador.
El trabajo publicado en 1944 se escribió con cautela, sin conclusiones espectaculares, y sin hacer declaraciones drásticas de que los genes estaban
constituidos por DNA y no por proteínas.13 Es digno de mencionar que dichos hallazgos atrajeron escasa atención. Maclyn McCarty, uno de los tres
autores, narró un incidente en 1949 cuando se le invitó a disertar en la Johns Hopkins University junto con Leslie Gay, quien analizaba los efectos
del nuevo fármaco dimenhidrinato para tratar la cinetosis. El auditorio estaba lleno y “luego de un breve periodo de preguntas y respuestas y
después de la presentación del trabajo [de Gay], el presidente de la Sociedad se levantó para presentarme como el segundo orador. Muy poco de lo
que él dijo se pudo escuchar a causa del bullicio de la gente que permanecía fuera de la sala. Cuando el éxodo terminó, después de los primeros
minutos de mi discurso, conté aproximadamente 35 personas que permanecieron en el auditorio, quizá para escuchar algo acerca de la
transformación del neumococo o porque sintieron que debían quedarse por cortesía”. Pero el verdadero potencial del descubrimiento de Avery se
reveló en una carta que escribió en 1943 a su hermano Roy, también bacteriólogo:
Si los autores están en lo correcto, y por supuesto que esto todavía no se ha demostrado, entonces los ácidos nucleicos no sólo son importantes
desde el punto de vista estructural, sino que también son sustancias funcionales activas para definir la actividad bioquímica y las características
específicas de una célula, además de que por medio de una sustancia química conocida es posible inducir cambios predecibles hereditarios en
las células. Esto es algo que durante mucho tiempo fue el sueño de los genetistas (…) Suena como un virus, pudiera ser un gen. Pero con
mecanismos que ahora no me preocupan, un paso a la vez (…) Por supuesto, el asunto está colmado de implicaciones (…) Se relaciona con
genética, química enzimática, metabolismo celular y síntesis de carbohidratos, etc. Sin embargo, en la actualidad se requieren suficientes
pruebas para convencer a todos de que la sal sódica del ácido desoxirribonucleico, libre de proteínas, podría poseer dicha actividad biológica y
tales propiedades específicas y esta es la prueba que ahora tratamos de obtener. Es muy divertido hacer burbujas, pero es más sensato
reventarlas uno mismo antes que alguien lo intente.
Se han escrito muchos artículos y pasajes en libros para averiguar la falta de entusiasmo por los datos de Avery. Parte de ello quizá sea el estilo
discreto del artículo y el hecho de que el investigador era bacteriólogo, no genetista. Algunos biólogos estaban convencidos de que las
preparaciones de Avery debían estar contaminadas con cantidades mínimas de proteínas y que éstas, no el DNA, constituían el agente
transformador activo. Otros se preguntaban si los estudios acerca de la transformación en las bacterias podían tener relevancia alguna en el campo
de la genética.
En los años siguientes a la publicación del trabajo de Avery, tuvieron lugar cambios importantes en la genética. Se reconoció la existencia de
cromosomas de bacterias y algunos prominentes genetistas volvieron su atención a dichos procariotas. Estos científicos estaban convencidos de
que el conocimiento logrado por el estudio de los organismos celulares más simples ayudaría a esclarecer los mecanismos que operan en la mayor
parte de las plantas y los animales más complejos. Además, los trabajos de Erwin Chargaff y sus colegas acerca de la composición de las bases del
Se han escrito muchos artículos y pasajes en libros para averiguar la falta de entusiasmo por los datos de Avery. Parte de ello quizá sea el estilo
discreto del artículo y el hecho de que el investigador era bacteriólogo, no genetista. Algunos biólogos estaban convencidos de que las
Access Provided by:
preparaciones de Avery debían estar contaminadas con cantidades mínimas de proteínas y que éstas, no el DNA, constituían el agente
transformador activo. Otros se preguntaban si los estudios acerca de la transformación en las bacterias podían tener relevancia alguna en el campo
de la genética.
En los años siguientes a la publicación del trabajo de Avery, tuvieron lugar cambios importantes en la genética. Se reconoció la existencia de
cromosomas de bacterias y algunos prominentes genetistas volvieron su atención a dichos procariotas. Estos científicos estaban convencidos de
que el conocimiento logrado por el estudio de los organismos celulares más simples ayudaría a esclarecer los mecanismos que operan en la mayor
parte de las plantas y los animales más complejos. Además, los trabajos de Erwin Chargaff y sus colegas acerca de la composición de las bases del
DNA acabaron con la idea de que esta molécula era sólo una simple serie de nucleótidos repetidos (descrito en la sección 10.6).14 Este dato reveló la
posibilidad de que el DNA tuviera las propiedades necesarias para desempeñar una función importante en el almacenamiento de información.
Siete años después de la publicación del trabajo de Avery sobre la transformación bacteriana, Alfred Hershey y Martha Chase (de los Cold Spring
Harbor Laboratories de Nueva York) se enfocaron en un sistema todavía más simple, los bacteriófagos (o virus que infectan células bacterianas).
Alrededor de 1950, los investigadores reconocieron que aun los virus tenían información genética. Éstos inyectaban su material genético en una
célula hospedadora, en la que éste podía dirigir la formación de nuevas partículas virales. En cuestión de minutos, la célula infectada estallaba y
liberaba nuevas partículas de bacteriófagos que infectaban a células hospedadoras vecinas.
Era claro que el material genético capaz de dirigir la formación de la progenie vírica debía ser DNA o proteínas, puesto que eran las únicas dos
moléculas del virus. Observaciones con microscopia electrónica mostraron que, durante la infección, la masa del bacteriófago permanecía fuera de
la célula, fijada a la superficie celular por apéndices fibrosos (fig. 3). Hershey y Chase razonaron que el material genético del virus debía poseer dos
propiedades. Primero, si éste dirige el desarrollo de nuevos bacteriófagos durante la infección, entonces debía pasar al interior de la célula
infectada. Segundo, si el material porta información, ésta debe transmitirse a la segunda generación de bacteriófagos. Hershey y Chase prepararon
dos grupos de bacteriófagos para utilizar como material infectante (fig. 4). Un grupo contenía DNA marcado con fósforo radiactivo (DNA[32P]); el
otro poseía proteínas marcadas con azufre radiactivo (proteína[35S]). Puesto que el DNA carece de átomos de azufre (S) y las proteínas no tienen
átomos de fósforo (P), estos dos radioisótopos suministraron marcas distinguibles en los dos tipos de macromoléculas. El plan experimental
consistió en infectar a una población de células bacterianas con uno u otro tipo de bacteriófago, esperar unos pocos minutos y luego desprender
los virus vacíos de la superficie celular. Luego de diferentes intentos y métodos para separar las cubiertas de los fagos unidas a las bacterias, los
investigadores observaron que la mejor manera de lograrlo era someter la suspensión de bacterias infectadas a la acción de las hojas giratorias de
una licuadora. Una vez desprendidas, las partículas se pudieron aislar mediante centrifugación; las bacterias se sedimentaban en el fondo del tubo
y los virus vacíos permanecían en el sobrenadante.
Con base en este procedimiento, Hershey y Chase compararon la cantidad de radiactividad que había entrado a las células con la de las cubiertas
vacías de fago. Observaron que en células infectadas con un bacteriófago marcado con proteína radiactiva, la radiactividad permanecía en las
cubiertas vacías. Por el contrario, en las células infectadas con un bacteriófago marcado con DNA radiactivo, la radiactividad pasaba al interior de la
célula hospedadora. Respecto de la radiactividad transmitida a la siguiente generación, encontraron que menos de 1% de la proteína marcada en la
progenie, y casi 30% del DNA marcado, pasaron a la siguiente generación.
La publicación de los experimentos de Hershey y Chase en 1952,15 junto con el abandono de la teoría de los tetranucleótidos, eliminó todos los
obstáculos restantes para aceptar que el DNA era el material genético. Entonces surgió un nuevo y enorme interés por una molécula hasta entonces
ignorada. El escenario estaba listo para el descubrimiento de la doble hélice.
REFERENCIAS
1. Miescher J. F. HoppeSeyler’s Med Chem Untersuchungen 1871;4:441.
2. Altmann R. Anat u Physiol, Physiol 1889;Abt. 524.
3. Tomado de Mirsky A. E. The discovery of DNA. Sci Am 1968 Jun;218:78–88.
4. Levene P. A., London E. S. The structure of thymonucleic acid. J Biol Chem 1929;83:793–802.
5. Levene PA, Bass LW. Nucleic Acids. The Chemical Catalog Co.; 1931.
6. Arkwright J. A. Variation in bacteria in relation to agglutination both by salts and by specific serum. J Path Bact 1921;24:36–60.
7. Griffith F. The influence of immune serum on the biological properties of pneumococci. Rep Public Health Med Subj 1923;18:1–13.
8. Griffith F. The significance of pneumococcal types. J Hygiene 1928;27:113–159.
9. Dawson M. H. The transformation of pneumoccal types. J Exp Med 1930;51:123–147.
4. Levene P. A., London E. S. The structure of thymonucleic acid. J Biol Chem 1929;83:793–802.
5. Levene PA, Bass LW. Nucleic Acids. The Chemical Catalog Co.; 1931. Access Provided by:
6. Arkwright J. A. Variation in bacteria in relation to agglutination both by salts and by specific serum. J Path Bact 1921;24:36–60.
7. Griffith F. The influence of immune serum on the biological properties of pneumococci. Rep Public Health Med Subj 1923;18:1–13.
8. Griffith F. The significance of pneumococcal types. J Hygiene 1928;27:113–159.
9. Dawson M. H. The transformation of pneumoccal types. J Exp Med 1930;51:123–147.
10. Dawson M. H., Sia RHP. In vitro transformation of pneumococcal types. J Exp Med 1931;54:701–710.
11. Alloway J. L. The transformation in vitro of R pneumococci into S forms of different specific types by use of filtered pneumococcus extracts. J Exp
Med 1932;55:91–99.
12. McCarty M. The Transforming Principle: Discovering That Genes Are Made of DNA. Norton; 1985.
13. Avery OT, MacLeod CM, McCarty M. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of pneumococcal types: Induction
of transformation by a deoxyribonucleic acid fraction isolated from pneumococcus type III. J Exp Med 1944;79:137–158.
14. Chargaff E. Chemical specificity of nucleic acids and mechanism of their enzymic degradation. Experentia 1950; 6:201–209.
15. Hershey A. D., Chase M. Independent functions of viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage. J Gen Physiol 1952;36:39–56.
FIGURA 1
Las grandes colonias brillantes a la derecha son neumococos tipo S virulentos, mientras que las colonias más pequeñas de la
izquierda son neumococos tipo R no virulentos. Como se analiza a continuación, las células en estas colonias S particulares son el resultado de
la transformación de bacterias R por DNA a partir de neumococos S muertos por el calor.
FUENTE: Tomada de OT Avery, CM Macleod y M Mccarty, J Exp Medicina 1944;79:153. Reproducida con autorización de The Rockefeller University
Press.
FIGURA 2
Esquema del experimento de Griffith sobre el descubrimiento de la transformación bacteriana.
FIGURA 3
Press.
FIGURA 2
Access Provided by:
Esquema del experimento de Griffith sobre el descubrimiento de la transformación bacteriana.
FIGURA 3
Micrografía electrónica de una célula bacteriana infectada por bacteriófago T4. Cada fago se ve unido por sus fibras de la cola a la
superficie externa de la bacteria, mientras que las nuevas cabezas de fagos están siendo ensambladas en el citoplasma de la célula huésped.
FUENTE: Lee D. Simon/Photo Researchers, Inc.
FIGURA 4
Experimento de HersheyChase que muestra que las células bacterianas infectadas con fagos que contienen DNA marcado con 32P (moléculas de DNA
en rojo) se marcaron radiactivamente y produjeron progenie de fagos marcada. Por el contrario, las células bacterianas infectadas con fagos que
contienen proteína marcada con 35S (capas de fagos rojas) no se marcaron radiactivamente y produjeron sólo progenie no marcada.
Experimento de HersheyChase que muestra que las células bacterianas infectadas con fagos que contienen DNA marcado con 32P (moléculas de DNA
Access Provided by:
en rojo) se marcaron radiactivamente y produjeron progenie de fagos marcada. Por el contrario, las células bacterianas infectadas con fagos que
contienen proteína marcada con 35S (capas de fagos rojas) no se marcaron radiactivamente y produjeron sólo progenie no marcada.
2En este punto es útil introducir un poco de terminología. Una molécula que sólo contiene una de las cuatro bases nitrogenadas de la figura 10–10
unida a una fracción de azúcar pentosa se conoce como nucleósido. Si el azúcar es una desoxirribosa, el nucleósido es un desoxirribonucleósido. Hay
cuatro desoxirribonucleósidos principales, los cuales se distinguen por la base a la cual están unidos: desoxiadenosina, desoxiguanosina,
desoxitimidina y desoxicitidina. Si el nucleósido posee uno o más grupos fosfato unidos (por lo regular en la posición 5′, pero de forma alternativa en
la posición 3′), la molécula es un nucleótido. Hay nucleósidos monofosfatados en la posición 5′, nucleósidos difosfatados en 5′ y nucleósidos
trifosfatados en 5′, según sea el número de fosfatos en la molécula. Los ejemplos de cada uno son el 5′monofosfato de desoxiadenosina (dAMP;
deoxyadenosine 5′monophosphate), 5′difosfato de desoxiguanosina (dGDP; deoxyguanosine 5′diphosphate) y 5′trifosfato de desoxicitidina (dCTP;
deoxycytidine 5′triphosphate). Un conjunto similar de nucleósidos y nucleótidos que participan en el metabolismo del RNA contiene el azúcar ribosa
en lugar de desoxirribosa. Los nucleótidos como el ATP utilizados en el metabolismo energético son moléculas que contienen ribosa.
10.7 DNA SUPERENROLLADO
En 1963, Jerome Vinograd et al., del California Institute of Technology, descubrieron que dos moléculas de DNA circular de idéntica masa molecular
podían demostrar grados muy diferentes de sedimentación durante la centrifugación (sección 18.10). Análisis posteriores indicaron que la molécula
de DNA que se sedimentaba con mayor rapidez tenía una forma más compacta porque se había enrollado sobre sí misma (fig. 10–13a, b), algo muy
parecido a una liga cuyos dos extremos se tuercen en direcciones opuestas o a un cable de teléfono enredado sobre sí mismo luego de usarse. Se dice
que el DNA en este estado se encuentra superenrollado. En esta forma el DNA es más compacto que su contraparte relajada, ocupa menos volumen
y se mueve con mayor rapidez en un campo de fuerza centrífuga o eléctrica (fig. 10–13c).
FIGURA 10–13
DNA superenrollado. a,b) Micrografías electrónicas que muestran las diferencias en la conformación entre una molécula circular relajada de DNA de
un fago (a) y el mismo tipo de molécula en un estado superenrollado (b). c) Cuando una mezcla de moléculas de DNA SV40 relajadas y superenrolladas
se somete a electroforesis en gel, la forma altamente compacta y superenrollada (vista en la parte inferior del gel) se mueve mucho más rápido que la
forma relajada. Las moléculas del DNA se visualizan al teñir el gel con bromuro de etidio, una molécula fluorescente que se inserta en la doble hélice.
DNA superenrollado. a,b) Micrografías electrónicas que muestran las diferencias en la conformación entre una molécula circular relajada de DNA de
un fago (a) y el mismo tipo de molécula en un estado superenrollado (b). c) Cuando una mezcla de moléculas de DNA SV40 relajadas y superenrolladas
Access Provided by:
se somete a electroforesis en gel, la forma altamente compacta y superenrollada (vista en la parte inferior del gel) se mueve mucho más rápido que la
forma relajada. Las moléculas del DNA se visualizan al teñir el gel con bromuro de etidio, una molécula fluorescente que se inserta en la doble hélice.
FUENTE: a y b) Cortesía de James C. Wang; c) De Walter Keller. Proc Nat’l Acad Sci US 1975;72:2553.
La estructura superenrollada se entiende mejor cuando se traza un tramo de la doble hélice de DNA sobre una superficie plana. En estas condiciones,
una molécula posee el número estándar de 10 pares de bases por vuelta de hélice y se dice que está relajada. Si los extremos de las dos cadenas se
fusionaran para formar un círculo, el DNA aún permanecería relajado. Sin embargo, considérese lo que pasaría si antes de unir los dos extremos se
torciera la molécula. Si se gira el fragmento de DNA en dirección opuesta a la original, la molécula tiende a desenrollarse. Una molécula de DNA
desenrollado tiene mayor número de pares de bases por vuelta de hélice (fig. 10–14). Como la molécula es más estable con 10 residuos por vuelta,
tiende a oponerse al esfuerzo para desenrollarla y vuelve a torcerse sobre sí misma hasta adquirir una conformación superenrollada (fig. 10–14).
FIGURA 10–14
DNA menos enrollado. La molécula del DNA a la izquierda está menos enrollada, es decir, tiene más de un promedio de 10 pares de bases por cada
vuelta de una hélice. Una molécula menos enrollada toma una conformación superenrollada negativa espontáneamente, como se muestra a la
derecha.
FIGURA 10–14
DNA menos enrollado. La molécula del DNA a la izquierda está menos enrollada, es decir, tiene más de un promedio de 10 pares de bases por cada
Access Provided by:
vuelta de una hélice. Una molécula menos enrollada toma una conformación superenrollada negativa espontáneamente, como se muestra a la
derecha.
Se dice que el DNA está negativamente superenrollado cuando tiene más de 10 residuos por vuelta de hélice y positivamente superenrollado cuando
está torcido de manera excesiva. Las moléculas de DNA circular presentes en la naturaleza (p. ej., el mitocondrial, el vírico y el bacteriano), de manera
invariable se encuentran superenrolladas de forma negativa. El enrollamiento excesivo no se restringe al DNA circular pequeño, sino que también
ocurre en el DNA lineal de los organismos eucariotas. Por ejemplo, el superenrollamiento negativo es fundamental para permitir que el DNA de los
cromosomas se compacte y llene los confines del pequeño núcleo celular (sección 12.2). Puesto que el DNA superenrollado de forma negativa está
destorcido, ejerce una presión que separa las dos cadenas de la hélice, el distanciamiento que se requiere durante la replicación (síntesis de DNA) y la
transcripción (síntesis de ácido ribonucleico [RNA, ribonucleic acid]).
Las células dependen de enzimas para cambiar el estado de superenrollamiento del DNA de doble cadena. Estas enzimas se conocen como
topoisomerasas porque cambian la topología del DNA. James Wang de la Universidad de California en Berkeley descubrió las topoisomerasas in
1971. Las células contienen diferentes tipos de estas moléculas, que se pueden dividir en dos clases. Las topoisomerasas de tipo I cambian el estado
de superenrollamiento de la molécula de DNA tras crear una rotura transitoria en una cadena del dúplex. En la figura 10–15a se muestra un modelo del
mecanismo de acción de la topoisomerasa I humana. La enzima corta una cadena del DNA y entonces permite que la cadena complementaria intacta
sufra una rotación controlada, la cual relaja la molécula superenrollada. La topoisomerasa I es esencial para procesos como la replicación y la
transcripción del DNA, puesto que impide que ocurra un superenrollamiento excesivo cuando las cadenas complementarias de un dúplex de DNA se
separan y se desenrollan (como se ilustra en la figura 13–6). Las topoisomerasas de tipo II rompen de manera transitoria ambas cadenas del DNA
dúplex. Entonces otro segmento de la molécula del DNA (o una molécula separada por completo) se transporta a través de la rotura y las cadenas se
unen de nueva cuenta. Como es de esperar, este mecanismo de acción tan complejo se acompaña de una serie de cambios conformacionales
notorios, los cuales se representan en el modelo de la figura 10–15b. Estas enzimas pueden realizar “trucos” sobresalientes. Además, dado que son
capaces de bobinar y relajar el DNA (fig. 10–15c, panel 1), las topoisomerasas de tipo II pueden anudar una molécula de DNA o desanudarla (fig. 10–
15c, panel 2). Estas enzimas también pueden ocasionar que una población de círculos de DNA independientes se una (encadene), o separar círculos
conectados en componentes autónomos (fig. 10–15c[3],d). La topoisomerasa II es necesaria para desenredar las moléculas de DNA antes que los
cromosomas duplicados puedan separarse durante la mitosis. Las topoisomerasas humanas de tipo II son el blanco de diferentes fármacos (p. ej.,
etopósido y doxorrubicina) que se unen a la enzima para prevenir que cadenas de DNA cortadas se unan de nuevo. De esta forma, dichos
medicamentos destruyen de manera preferente a células que se dividen con rapidez, por lo que se emplean para el tratamiento del cáncer.
FIGURA 10–15
Topoisomerasas del DNA. a) Un modelo que representa la acción de la topoisomerasa humana I. La enzima (amarillo) corta una de las cadenas de
DNA (paso 1), que gira alrededor de un enlace fosfodiéster en una cadena intacta. La cadena cortada se vuelve a sellar (paso 2). (Nota: El dibujo
representa una topoisomerasa tipo IB; las enzimas de tipo IA que se encuentran en las bacterias actúan por un mecanismo diferente.) b) Un modelo
molecular basado en cristalografía de rayos X que representa la acción de la topoisomerasa II, una enzima dimérica que consiste en dos mitades
idénticas. En el paso 1, la enzima se ha unido al segmento de GDNA, llamado así porque formará la puerta a través de la cual el segmento de TDNA (o
DNA transportado) pasará. En el paso 2, la enzima dimérica hidroliza dos moléculas de ATP y experimenta un cambio de conformación, debido a que
medicamentos destruyen de manera preferente a células que se dividen con rapidez, por lo que se emplean para el tratamiento del cáncer.
Access Provided by:
FIGURA 10–15
Topoisomerasas del DNA. a) Un modelo que representa la acción de la topoisomerasa humana I. La enzima (amarillo) corta una de las cadenas de
DNA (paso 1), que gira alrededor de un enlace fosfodiéster en una cadena intacta. La cadena cortada se vuelve a sellar (paso 2). (Nota: El dibujo
representa una topoisomerasa tipo IB; las enzimas de tipo IA que se encuentran en las bacterias actúan por un mecanismo diferente.) b) Un modelo
molecular basado en cristalografía de rayos X que representa la acción de la topoisomerasa II, una enzima dimérica que consiste en dos mitades
idénticas. En el paso 1, la enzima se ha unido al segmento de GDNA, llamado así porque formará la puerta a través de la cual el segmento de TDNA (o
DNA transportado) pasará. En el paso 2, la enzima dimérica hidroliza dos moléculas de ATP y experimenta un cambio de conformación, debido a que
los dos dominios ATPasa se cierran. En el paso 3, el segmento G se divide, y el segmento T pasa a través de la “puerta” abierta. En esta etapa, los
extremos cortados del segmento G están unidos covalentemente a la enzima. En el paso 4, se vuelven a unir los dos extremos del segmento G, y el
segmento T sale por la puerta C. c) Tipos de reacciones que son catalizadas por las topoisomerasas. La parte 1 muestra las reacciones de
superenrollamiento y relajación; la parte 2 muestra las reacciones de anudamientodesanudamiento; la parte 3 muestra las reacciones de catenación.
d) Micrografía electrónica de un par de moléculas de DNA circular interconectadas (catenadas). Moléculas de este tipo se obtienen de bacterias que
carecen de una topoisomerasa específica.
FUENTE: a) Reproducido con autorización de Macmillan Publishers Ltd: DA Koster, et al. Nature 2005;434:671; Copyright 2005. b) Reproducido
con autorización de Macmillan Publishers Ltd: JM Berger, et al. Nature 1996;388:231; derechos de autor 1997.; d) Tomado de N. Cozarrelli. Cell
1992; vol. 71, cubierta #2, con autorización de Elsevier.
REVISIÓN
1. ¿En qué difieren el DNA laxo y el DNA sobregirado?, ¿cuáles son las diferencias entre las dos clases de topoisomerasas?
10.8 COMPLEJIDAD DEL GENOMA
El DNA es una macromolécula, un ensamblaje de un gran número de átomos que permanecen unidos en un ordenamiento definido cuya estructura
tridimensional puede precisarse mediante técnicas como la cristalografía por rayos X. Sin embargo, el DNA también es un almacén de información, lo
cual es más difícil de describir en términos moleculares. Si, como se ha señalado antes, un gen corresponde a un segmento particular de DNA, la suma
de la información genética que un organismo individual hereda de sus padres es equivalente a la suma de todos los segmentos de DNA presentes en el
óvulo fecundado que inicia la vida. Todos los sujetos que integran la población de una especie muestran el mismo grupo de genes, si bien los
1. ¿En qué difieren el DNA laxo y el DNA sobregirado?, ¿cuáles son las diferencias entre las dos clases de topoisomerasas?
Access Provided by:
10.8 COMPLEJIDAD DEL GENOMA
El DNA es una macromolécula, un ensamblaje de un gran número de átomos que permanecen unidos en un ordenamiento definido cuya estructura
tridimensional puede precisarse mediante técnicas como la cristalografía por rayos X. Sin embargo, el DNA también es un almacén de información, lo
cual es más difícil de describir en términos moleculares. Si, como se ha señalado antes, un gen corresponde a un segmento particular de DNA, la suma
de la información genética que un organismo individual hereda de sus padres es equivalente a la suma de todos los segmentos de DNA presentes en el
óvulo fecundado que inicia la vida. Todos los sujetos que integran la población de una especie muestran el mismo grupo de genes, si bien los
diferentes individuos poseen de modo invariable versiones un poco diferentes de muchos de estos genes (alelos). De esta forma, cada especie tiene
un contenido único de información genética, el cual se conoce como genoma. Para los seres humanos, el genoma es equivalente en esencia a toda la
información genética presente en un solo grupo (haploide) de cromosomas humanos, que incluye 22 autosomas diferentes y los cromosomas
sexuales X y Y.
Para entender cómo se determina la complejidad del genoma, es necesario primero considerar una de las propiedades más relevantes de la doble
hélice de DNA: su capacidad para separarse en las dos cadenas que la componen, una propiedad que se denomina desnaturalización.
Desnaturalización del DNA
Como lo sugirieron por primera vez Watson y Crick, las dos cadenas de una molécula de DNA están unidas por medio de enlaces débiles no covalentes.
Cuando el DNA se disuelve en solución salina y ésta se somete a calentamiento lento, se alcanza cierta temperatura en la que las dos cadenas de DNA
empiezan a separarse. Con pocos grados, el proceso suele ser completo y la solución contiene moléculas de cadena sencilla que se separan del todo
de sus hebras complementarias. Por lo general, el progreso de la desnaturalización térmica (o fusión del DNA) se cuantifica por el incremento de la
absorbancia de radiación ultravioleta que genera el DNA disuelto. Una vez que las dos hebras de DNA se separan, se reducen de manera notoria las
interacciones hidrófobas que resultan del apilamiento de las bases, lo cual induce cambios en la naturaleza electrónica de éstas e incrementa su
absorbancia de radiación ultravioleta. El aumento de la absorbancia que acompaña a la desnaturalización del DNA se muestra en la figura 10–16. La
temperatura que corresponde a la mitad del cambio de absorbancia se llama temperatura de fusión (Tm, melting temperature). Entre mayor sea el
contenido de GC (%G + %C) del DNA, más alta será la Tm. Este incremento de estabilidad de moléculas de DNA con un alto contenido de GC refleja la
presencia de puentes de hidrógeno adicionales entre las bases, en comparación con los enlaces de H formados por los pares de AT (fig. 10–11c).
FIGURA 10–16
Desnaturalización térmica del DNA. Curva de desnaturalización térmica del DNA de bacteriófago T6 nativo en 0.3 M de citrato de sodio. La “fusión”
del DNA (separación de cadenas) se produce en un estrecho rango de temperatura, particularmente para los DNA más simples de virus pequeños. La
temperatura correspondiente a la mitad del aumento en la absorbancia se denomina Tm.
FUENTE: J. Marmur y P. Doty, Journal Molecular Biology 1961;3:593; copyright 1961. Journal of Molecular Biology por Academic Press.
Desnaturalización térmica del DNA. Curva de desnaturalización térmica del DNA de bacteriófago T6 nativo en 0.3 M de citrato de sodio. La “fusión”
Access Provided by:
del DNA (separación de cadenas) se produce en un estrecho rango de temperatura, particularmente para los DNA más simples de virus pequeños. La
temperatura correspondiente a la mitad del aumento en la absorbancia se denomina Tm.
FUENTE: J. Marmur y P. Doty, Journal Molecular Biology 1961;3:593; copyright 1961. Journal of Molecular Biology por Academic Press.
Reproducido con autorización de Academic Press en el formato de reutilización en un libro/libro de texto a través del Centro de Autorización de
Derechos de Autor.
Renaturalización del DNA
La separación de las dos hebras de un DNA bicatenario por calentamiento no es un hallazgo inesperado, no obstante la revinculación de hebras
individuales en moléculas estables de doble cadena con un correcto apareamiento de bases, parece casi inconcebible. Sin embargo, en 1960 Julius
Marmur y Paul Doty, de la Harvard University, encontraron que al enfriar con lentitud una solución de DNA bacteriano desnaturalizado por
calentamiento, la molécula obtenía de nueva cuenta las propiedades de doble hélice; absorbía menos radiación ultravioleta y otra vez funcionaba
como material genético capaz de transformar células bacterianas (como se explica en Sección 10.6). A partir de estos estudios se hizo evidente que las
moléculas complementarias de cadena sencilla de DNA eran capaces de reagruparse, un suceso denominado renaturalización. Este hallazgo ha
probado ser una de las observaciones más valiosas jamás hechas en la biología molecular. Por un lado, la renaturalización ha servido como base para
la investigación de la complejidad del genoma, un tema que se describe en la siguiente sección. Por otra parte, la renaturalización ha llevado al
desarrollo de una metodología conocida como hibridación de ácidos nucleicos, en la cual las cadenas de nucleótidos complementarias obtenidas de
diferentes fuentes pueden mezclarse para formar moléculas bicatenarias (híbridas). Más adelante en este capítulo se discuten ejemplos de algunas
preguntas que se han respondido al permitir que cadenas sencillas de ácidos nucleicos se hibriden, como se ilustra en la figura 10–20. La hibridación
de ácidos nucleicos desempeña una función clave en las biotecnologías modernas más importantes de la humanidad, incluyendo la secuenciación, la
clonación y la amplificación del DNA.
El estudio del ritmo al que los genomas de distintos organismos se renaturalizan ha aportado información sobre los tipos de secuencias que existen
dentro de estos genomas. La renaturalización de fragmentos de DNA virales y bacterianos ocurre a lo largo de curvas individuales y simétricas (fig.
10–17), lo que sugiere que estos genomas sencillos consisten sobre todo en genes dispuestos en una estructura lineal. Cuando se permite que
fragmentos de DNA de plantas y animales se renaturalicen, la curva típica muestra casi siempre tres pasos más o menos distintos (fig. 10–18), que
corresponden a la renaturalización de tres clases muy abundantes de secuencias de DNA. Éstas se renaturalizan a diferente velocidad porque difieren
en cuanto al número de veces que su secuencia de nucleótidos se repite dentro de la población de fragmentos. Las tres clases se denominan fracción
muy repetida, fracción moderadamente repetida y fracción no repetida.
FIGURA 10–17
La cinética de la renaturalización del DNA viral y bacteriano. Las curvas muestran la renaturalización de cadenas de DNA cortadas de dos virus
(MS2 y T4) y una bacteria (E. coli). (La formación de DNA de doble cadena se traza contra C0t, que es un término que combina dos variables:
concentración inicial de DNA (C0) y tiempo de incubación (t). Una solución que contiene una alta concentración de DNA incubado durante un corto
corresponden a la renaturalización de tres clases muy abundantes de secuencias de DNA. Éstas se renaturalizan a diferente velocidad porque difieren
en cuanto al número de veces que su secuencia de nucleótidos se repite dentro de la población de fragmentos. Las tres clases se denominan fracción
Access Provided by:
muy repetida, fracción moderadamente repetida y fracción no repetida.
FIGURA 10–17
La cinética de la renaturalización del DNA viral y bacteriano. Las curvas muestran la renaturalización de cadenas de DNA cortadas de dos virus
(MS2 y T4) y una bacteria (E. coli). (La formación de DNA de doble cadena se traza contra C0t, que es un término que combina dos variables:
concentración inicial de DNA (C0) y tiempo de incubación (t). Una solución que contiene una alta concentración de DNA incubado durante un corto
tiempo tendrá el mismo C0t que una de baja concentración de DNA incubado para un tiempo correspondiente más largo; ambas tendrán el mismo
porcentaje de DNA reasociado.) El tamaño del genoma, es decir, el número de pares de bases de nucleótidos en una copia de la información genética
total del organismo, está indicado por las flechas cerca de la escala numérica superior. La forma de cada una de las curvas de renaturalización es muy
simple y aparece con una sola pendiente. Sin embargo, el tiempo durante el cual ocurre la renaturalización es muy diferente y depende de la
concentración de fragmentos complementarios, que a su vez depende del tamaño del genoma. Cuanto mayor es el genoma, menor es la
concentración de fragmentos complementarios en la solución, y mayor es el tiempo requerido para que la renaturalización se complete.
FIGURA 10–18
Gráfica imaginaria que muestra la cinética de la renaturalización del DNA eucariota. Cuando el DNA de cadena simple puede reasociarse,
generalmente se pueden distinguir tres clases de fragmentos por su frecuencia de repetición dentro del genoma: una fracción de DNA altamente
repetida, una fracción de DNA moderadamente repetida y una fracción de DNA no repetida (copia única). (Nota: Esta es una trama imaginaria: las tres
clases de secuencias no están separadas de forma clara en una curva de renaturalización real.)
Gráfica imaginaria que muestra la cinética de la renaturalización del DNA eucariota. Cuando el DNA de cadena simple puede reasociarse,
generalmente se pueden distinguir tres clases de fragmentos por su frecuencia de repetición dentro del genoma: una fracción de DNA altamente
Access Provided by:
repetida, una fracción de DNA moderadamente repetida y una fracción de DNA no repetida (copia única). (Nota: Esta es una trama imaginaria: las tres
clases de secuencias no están separadas de forma clara en una curva de renaturalización real.)
SECUENCIAS DE DNA MUY REPETIDAS
La fracción muy repetida (también llamadas repeticiones en tándem) constituye de 1% a 10% del DNA total. Por lo general, las secuencias muy
repetidas son cortas (las más grandes llegan a incluir unos pocos cientos de nucleótidos) y se presentan en grupos en los que la secuencia se repite
una y otra vez sin interrupción. Se dice que una secuencia dispuesta de esta manera “final con final” se presenta en tándem. Las secuencias muy
repetidas se clasifican en varias categorías superpuestas, incluidos el DNA satélite, el DNA minisatélite y el DNA microsatélite.
DNA satélite. El DNA satélite posee secuencias cortas (alrededor de cinco a pocos cientos de pares de bases de longitud) que forman grupos muy
largos, cada uno con varios millones de pares de bases de DNA. En muchas especies, la composición de bases de estos segmentos de DNA es lo
suficientemente diferente del resto del DNA para que estos fragmentos que contienen la secuencia puedan separarse en bandas “satelitales”
distintas mediante centrifugación de gradiente de densidad (de aquí el nombre de DNA satélite). Estos fragmentos tienden a aparecer muy rápido
en el transcurso de la evolución, lo cual hace que las secuencias de estos elementos genómicos varíen incluso entre especies estrechamente
emparentadas. La localización del DNA satélite dentro de los centrómeros de los cromosomas se describe en la figura 10–20 y con mayor detalle
en la sección 12.5.
DNA minisatélite. Las secuencias minisatélite tienen un tamaño de 10 a 100 pares de bases de longitud y se encuentran en grupos de hasta 3 000
repeticiones. Por lo tanto, dichas secuencias ocupan tramos mucho más cortos del genoma que las secuencias satélite. Las secuencias
minisatélite tienden a ser inestables y el número de copias de una secuencia en particular a menudo aumenta o disminuye de una generación a la
siguiente, con mayor probabilidad como resultado de un entrecruzamiento desigual (fig. 10–23). En consecuencia, la longitud de un locus
minisatélite específico es muy variable en la población, incluso entre miembros de la misma familia. Puesto que son tan variables (o polimórficas)
en cuanto a su longitud, las secuencias minisatélite constituyen la base de la técnica de identificación mediante perfiles de DNA, que se emplea
para reconocer a criminales o esclarecer casos de paternidad dudosa (fig. 10–19).
DNA microsatélite. Las secuencias microsatélite son muy cortas (de uno a nueve pares de bases de longitud) y se encuentran casi siempre en
pequeños segmentos de unos 10 a 40 pares de bases de longitud. Se encuentran esparcidas de forma uniforme en todo el DNA. Las enzimas de
replicación de DNA tienen problemas al copiar regiones del genoma que poseen estas secuencias repetitivas y pequeñas, lo cual causa que estos
segmentos de DNA cambien de longitud a través de las generaciones. Por su tamaño variable en la población, los DNA microsatélite se han
utilizado para analizar las relaciones que existen entre diferentes poblaciones de grupos étnicos, como lo ilustra el siguiente ejemplo. Muchos
antropólogos establecen que las especies del ser humano moderno provienen de África. Si esto es cierto, entonces los miembros de diversas
poblaciones africanas deberían evidenciar una gran variación de las secuencias de DNA con respecto a las personas que viven en otros
continentes, puesto que los genomas de las poblaciones africanas han tenido más tiempo para experimentar divergencia. Los argumentos de la
génesis africana han recibido apoyo de numerosos estudios de secuencias de DNA humano. En un ensayo que analizó 60 loci microsatélite
diferentes, se reconoció que algunos miembros de poblaciones africanas tenían una divergencia genética notoria en comparación con los de
poblaciones de Asia o Europa. La mayor parte de los loci microsatélite se presenta fuera de los genes y los cambios en su longitud por lo general
pasan inadvertidos. La situación cambia en el caso de las secuencias microsatélite que se consideran en la sección 10.16, Perspectiva humana.
FIGURA 10–19
utilizado para analizar las relaciones que existen entre diferentes poblaciones de grupos étnicos, como lo ilustra el siguiente ejemplo. Muchos
antropólogos establecen que las especies del ser humano moderno provienen de África. Si esto es cierto, entonces los miembros de diversas
poblaciones africanas deberían evidenciar una gran variación de las secuencias de DNA con respecto a las personas que viven en otros
Access Provided by:
continentes, puesto que los genomas de las poblaciones africanas han tenido más tiempo para experimentar divergencia. Los argumentos de la
génesis africana han recibido apoyo de numerosos estudios de secuencias de DNA humano. En un ensayo que analizó 60 loci microsatélite
diferentes, se reconoció que algunos miembros de poblaciones africanas tenían una divergencia genética notoria en comparación con los de
poblaciones de Asia o Europa. La mayor parte de los loci microsatélite se presenta fuera de los genes y los cambios en su longitud por lo general
pasan inadvertidos. La situación cambia en el caso de las secuencias microsatélite que se consideran en la sección 10.16, Perspectiva humana.
FIGURA 10–19
Huella digital de DNA. En esta técnica, que se usa ampliamente para identificar a un individuo a partir de una muestra de DNA, el DNA se digiere
mediante tratamiento con nucleasas específicas (llamadas endonucleasas de restricción, descritas en la sección 18.20), y los fragmentos de DNA se
separan con base a su longitud por electroforesis en gel. La ubicación en el gel de los fragmentos de DNA que contienen secuencias de DNA específicas
se determina usando sondas marcadas con secuencias complementarias a las que se buscan. Los fragmentos de DNA que unen estas sondas tienen
longitudes variables de una persona a otra, debido a la presencia de números variables de repeticiones cortas en tándem (STR, short tandem repeats)
en el genoma. Los laboratorios forenses suelen analizar alrededor de 13 marcadores STR que se sabe que son altamente polimórficos. La posibilidad
de que dos individuos tengan perfiles idénticos de STR es astronómicamente pequeña. La huella digital que se muestra en esta figura se utilizó en un
caso criminal, en el que el demandado fue acusado de apuñalar y causar la muerte de una mujer joven. Las manchas de sangre en los pantalones y la
camisa del acusado se compararon con los estándares de sangre conocidos de la víctima y el propio acusado. El DNA de las manchas de sangre en la
ropa del acusado no coincidieron con su propia sangre estándar, pero sí con la de la víctima. Las bandas contenían DNA de las siguientes fuentes: 1, 2,
3, 9 y 10 eran muestras de DNA de control que sirven como controles de calidad; 4, sangre del acusado; 5, manchas de sangre de los pantalones del
acusado; 6 y 7, manchas de sangre de la camisa del acusado; y 8, sangre de la víctima. Con el advenimiento de las técnicas de amplificación del DNA (es
decir, PCR), se pueden usar muestras minúsculas del DNA para estos análisis.
FUENTE: Cortesía de Orchid Cellmark, Princeton, Nueva Jersey.
Una vez que resultó evidente que los genomas eucariotas contenían grandes cantidades de copias de secuencias cortas de DNA, los investigadores
trataron de ubicar su posición en los cromosomas. ¿Las secuencias de DNA satélite se agrupan, por ejemplo, en segmentos particulares de un
cromosoma o están dispuestas de manera uniforme de un extremo a otro? Ya se mencionó que el descubrimiento de la renaturalización del DNA llevó
al desarrollo de una extensa metodología basada en la hibridación de ácidos nucleicos (descrito a detalle en el cap. 18). La capacidad de localizar
secuencias de DNA satélite ilustra el poder de análisis de la hibridación de los ácidos nucleicos.
En los experimentos de renaturalización descritos en figura 10–18, secuencias de DNA complementario se unieron una con otra mientras entraban en
colisión de modo aleatorio en solución. En 1969, Mary Lou Pardue y Joseph Gall, de la Yale University, desarrollaron un protocolo experimental
FUENTE: Cortesía de Orchid Cellmark, Princeton, Nueva Jersey. Universidad del Magdalena
Access Provided by:
Una vez que resultó evidente que los genomas eucariotas contenían grandes cantidades de copias de secuencias cortas de DNA, los investigadores
trataron de ubicar su posición en los cromosomas. ¿Las secuencias de DNA satélite se agrupan, por ejemplo, en segmentos particulares de un
cromosoma o están dispuestas de manera uniforme de un extremo a otro? Ya se mencionó que el descubrimiento de la renaturalización del DNA llevó
al desarrollo de una extensa metodología basada en la hibridación de ácidos nucleicos (descrito a detalle en el cap. 18). La capacidad de localizar
secuencias de DNA satélite ilustra el poder de análisis de la hibridación de los ácidos nucleicos.
En los experimentos de renaturalización descritos en figura 10–18, secuencias de DNA complementario se unieron una con otra mientras entraban en
colisión de modo aleatorio en solución. En 1969, Mary Lou Pardue y Joseph Gall, de la Yale University, desarrollaron un protocolo experimental
alternativo llamado hibridación in situ, el cual se utilizó para establecer la localización de DNA satélite. El término in situ significa “en el lugar” y se
refiere al hecho de que el DNA de los cromosomas se mantiene en su sitio mientras se permite que reaccione con una preparación particular de DNA
marcado. En los estudios iniciales de hibridación in situ, el DNA que quería detectarse (la sonda) se marcó de forma radiactiva y se identificó por medio
de autorradiografía. La resolución de la técnica se mejoró con sondas marcadas con pigmentos fluorescentes que luego se localizan con un
microscopio de fluorescencia (fig. 10–20b). Esta última técnica se conoce como hibridación fluorescente in situ (FISH, fluorescence in situ
hibridization) y se ha refinado tanto que se puede utilizar para mapear la ubicación de secuencias diferentes a lo largo de fibras individuales de DNA.
FIGURA 10–20
Hibridación fluorescente in situ y localización de DNA satélite. a) Pasos que se toman para llevar a cabo la hibridación por fluorescencia in
situ. En esta técnica, algunos de los nucleótidos en la sonda de DNA están enlazados de forma covalente a una pequeña molécula orgánica,
generalmente la biotina. Después de la hibridación, la ubicación del DNA unido marcado con la biotina se puede visualizar tratando la preparación con
avidina marcada de manera fluorescente, una proteína que se une a la biotina con muy alta afinidad. Los cromosomas, en estas preparaciones, por lo
general aparecen en rojo, porque han sido contrateñidos con yoduro de propidio. b) Localización del DNA satélite en el centrómero de los
cromosomas humanos. La ubicación del DNA satélite unido y marcado con biotina se revela por la fluorescencia amarilla, que se destaca sobre un
fondo de cromosomas rojos contrastados. La fluorescencia aparece sólo en el sitio donde cada cromosoma está contraído, lo que marca la ubicación
del centrómero.
FUENTE: Tomada de Huntington F. Willard. Trends Genet 1990;6:414, reproducida con autorización de Elsevier.
Para llevar a cabo la hibridación de ácidos nucleicos, las moléculas que interactúan deben ser de cadena sencilla. En el experimento que se muestra en
la figura 10–20, los cromosomas de una célula en mitosis se distribuyen en una laminilla y el DNA se hace monocatenario tratando los cromosomas
con una solución salina caliente que provoca que las cadenas de DNA se separen y permanezcan apartadas. Durante la hibridación, los cromosomas
desnaturalizados se incuban en una solución que contiene DNA satélite monocatenario marcado con biotina, que se une de manera selectiva a las
cadenas complementarias del DNA satélite inmovilizado situadas en los cromosomas. Tras un periodo de incubación, el DNA satélite soluble que no ha
presentado hibridación, se lava o se digiere y se revelan los sitios en los que se unió el DNA marcado. Como se muestra en la figura 10–20, el DNA
satélite se halla en las regiones centroméricas del cromosoma (fig. 12.26). En la figura 10–21 se muestra otro ejemplo del uso de la técnica de
hibridación fluorescente in situ.
FIGURA 10–21
Localización cromosómica de una secuencia de DNA no repetida. Estos cromosomas mitóticos se prepararon a partir de la división de una
célula de ratón y se incubaron con una preparación purificada de DNA marcado con biotina codificadora de una de las proteínas laminares nucleares
(laminina B2), que se codifica por un gen no repetido. Las ubicaciones del DNA marcado y unido aparecen como puntos brillantes. El gen laminina está
cadenas complementarias del DNA satélite inmovilizado situadas en los cromosomas. Tras un periodo de incubación, el DNA satélite soluble que no ha
presentado hibridación, se lava o se digiere y se revelan los sitios en los que se unió el DNA marcado. Como se muestra en la figura 10–20, el DNA
Access Provided by:
satélite se halla en las regiones centroméricas del cromosoma (fig. 12.26). En la figura 10–21 se muestra otro ejemplo del uso de la técnica de
hibridación fluorescente in situ.
FIGURA 10–21
Localización cromosómica de una secuencia de DNA no repetida. Estos cromosomas mitóticos se prepararon a partir de la división de una
célula de ratón y se incubaron con una preparación purificada de DNA marcado con biotina codificadora de una de las proteínas laminares nucleares
(laminina B2), que se codifica por un gen no repetido. Las ubicaciones del DNA marcado y unido aparecen como puntos brillantes. El gen laminina está
presente en los homólogos del cromosoma 10. Cada cromosoma contiene dos copias del gen, porque el DNA había sido replicado antes de que las
células ingresaran a la mitosis.
FUENTE: Tomada de Monika Zewe, et al. Cortesía de Werner Franke. Eur J Cell Biol 1991;56:349, reproducida con autorización de Elsevier.
SECUENCIAS DE DNA MODERADAMENTE REPETIDAS
La fracción moderadamente repetida del genoma de las plantas y los animales puede variar desde casi 20% hasta más de 80% del DNA total, según sea
el organismo. Esta fracción incluye secuencias repetidas en cualquier parte del genoma, desde unas pocas hasta varias decenas de miles de veces.
Dentro de la fracción de DNA moderadamente repetida se encuentran secuencias que codifican productos conocidos de genes (moléculas de RNA
(como los rRNA) o proteínas (incluidas las histonas), pero la mayor parte de esta fracción de DNA carece de una función codificante. En lugar de
presentarse en grupos de secuencias en tándem, los elementos de estas familias se dispersan (o intercalan) en el genoma como elementos
individuales. La mayoría de estas secuencias repetidas se pueden agrupar en dos clases: elementos cortos intercalados (SINE, short interspersed
elements) o elementos largos intercalados (LINE, long interspersed elements). Las secuencias SINE y las LINE se revisan más adelante en este capítulo
en: Función de los elementos genéticos móviles en la evolución del genoma.
SECUENCIAS DE DNA NO REPETIDAS
Como lo predijo Mendel, estudios clásicos de patrones hereditarios de características visibles llevaron a los genetistas a concluir que cada grupo de
cromosomas (haploide) contenía uno solo de estos genes. Cuando un DNA eucariota desnaturalizado se renaturaliza, muchos de los fragmentos son
muy lentos para encontrar a sus compañeros, tan lentos que se asume que hay una sola copia por genoma. Esta fracción contempla secuencias de
DNA no repetidas (o copias únicas), entre las cuales se incluyen los genes que poseen patrones de herencia mendeliana. Por la existencia de una sola
copia en el genoma, las secuencias no repetidas siempre se localizan en un sitio específico de un cromosoma en particular (fig. 10–21).
Se incluyen dentro de la fracción no repetida las secuencias de DNA que codifican virtualmente todas las proteínas diferentes de las histonas. Aunque
estas secuencias no están presentes en copias múltiples, los genes que codifican polipéptidos son por lo regular miembros de una familia de genes
relacionados. Esto es cierto para las globinas, las actinas, las miosinas, los colágenos, las tubulinas, las integrinas y la mayor parte de otras proteínas
de una célula eucariota. Una secuencia relacionada, pero diferente codifica cada miembro de una familia multigénica. En la siguiente sección se revisa
el origen de las familias multigénicas.
Ahora que el genoma humano se ha secuenciado y analizado, se dispone de una medida relativamente precisa de las secuencias de DNA que codifican
el orden de aminoácidos de las proteínas, la cual es muy pequeña. Si en 1960 se le hubiera sugerido a un genetista que menos de 1.5% del genoma
humano codifica los aminoácidos de las proteínas humanas, habría considerado ridícula la sugerencia. Esta confirmación surgió del estudio de las
copia en el genoma, las secuencias no repetidas siempre se localizan en un sitio específico de un cromosoma en particular (fig. 10–21).
Se incluyen dentro de la fracción no repetida las secuencias de DNA que codifican virtualmente todas las proteínas diferentes de las histonas. Aunque
Access Provided by:
estas secuencias no están presentes en copias múltiples, los genes que codifican polipéptidos son por lo regular miembros de una familia de genes
relacionados. Esto es cierto para las globinas, las actinas, las miosinas, los colágenos, las tubulinas, las integrinas y la mayor parte de otras proteínas
de una célula eucariota. Una secuencia relacionada, pero diferente codifica cada miembro de una familia multigénica. En la siguiente sección se revisa
el origen de las familias multigénicas.
Ahora que el genoma humano se ha secuenciado y analizado, se dispone de una medida relativamente precisa de las secuencias de DNA que codifican
el orden de aminoácidos de las proteínas, la cual es muy pequeña. Si en 1960 se le hubiera sugerido a un genetista que menos de 1.5% del genoma
humano codifica los aminoácidos de las proteínas humanas, habría considerado ridícula la sugerencia. Esta confirmación surgió del estudio de las
secuencias del genoma. En la siguiente sección se revisará cómo pudo haber surgido por evolución el restante 98% o más de las secuencias de DNA.
REVISIÓN
1. ¿Qué es un genoma?, ¿cómo difiere la complejidad de los genomas bacterianos de la de los genomas eucariotas?
2. ¿Qué significa el concepto desnaturalización del DNA?, ¿de qué manera la desnaturalización depende del contenido de GC en el DNA?, ¿cómo
afecta esta variable a la Tm?
3. ¿Qué es una secuencia de DNA microsatélite?, ¿cómo participan estas secuencias en las enfermedades humanas?
4. ¿Cuál es la fracción del genoma que contiene la mayor información?, ¿cómo se confirma este hallazgo?
10.9 PERSPECTIVA HUMANA
Enfermedades que resultan de la expansión de repeticiones de trinucleótidos
Durante décadas, los biólogos pensaron que los genes se transmitían siempre de generación a generación como entidades estables. En raras
ocasiones, un cambio ocurría en las secuencias nucleotídicas de un gen en la línea germinal, lo que causaba una mutación heredada de manera
subsecuente. Éste es uno de los mecanismos básicos de la genética mendeliana. En 1991, diferentes laboratorios notificaron un nuevo tipo de
“mutación dinámica”, en el cual la secuencia nucleotídica de un gen particular cambiaba de forma notoria entre los padres y su descendencia. En
este caso, tales mutaciones afectaron genes que contenían una unidad de trinucleótidos repetida (p. ej., CCG o CAG) como parte de su secuencia. En
la mayor parte de los miembros de la población, estos genes contienen en particular un número relativamente pequeño (pero variable) de
trinucleótidos repetidos y se transmiten de una generación a la siguiente sin cambiar en cantidad. En cambio, una pequeña fracción de la población
posee una versión mutante del gen que tiene un gran número de estas unidades repetidas. A diferencia de la versión normal, los alelos mutantes
son muy inestables y el número de repeticiones tiende a incrementarse cuando el genoma pasa de un progenitor a su descendencia. Cuando el
número de trinucleótidos aumenta más allá de una cifra crítica, el individuo que hereda el alelo mutante desarrolla una enfermedad grave.
En la actualidad, más de 20 afecciones distintas se han atribuido a la expansión de trinucleótidos. Estos trastornos pertenecen a dos categorías
básicas, que se considerarán uno por vez. Las enfermedades de tipo I son anomalías neurodegenerativas que resultan de la expansión del número
de trinucleótidos CAG dentro de la porción codificadora del gen mutante (fig. 1). Es posible ilustrar la naturaleza de estos padecimientos en el
trastorno más prevalente y estudiado: la enfermedad de Huntington (HD, Huntington’s disease). Ésta es una patología letal reconocible por
involuntarios movimientos no coordinados y cambios de la personalidad, además de depresión e irritabilidad y pérdida gradual del coeficiente
intelectual. Por lo regular, los síntomas empiezan en la tercera a quinta décadas de la vida y su gravedad se acentúa hasta la muerte.
El gen HD normal, que se transmite de manera estable, contiene entre seis y 35 copias de trinucleótidos CAG. La proteína que produce este gen se
conoce como huntingtina y su función exacta se desconoce hasta el momento. CAG es un triplete que codifica el aminoácido glutamina. De esta
forma, la huntingtina normal contiene un segmento de seis a 35 residuos de glutamina (un segmento poliglutámico) como parte de su estructura
primaria. La mayor parte de los polipéptidos tiene una estructura primaria muy definida; sin embargo, en condiciones habituales, la huntingtina es
polimórfica en cuanto a la longitud de su segmento de poliglutamina. La proteína parece funcionar de forma normal con menos de 35 residuos de
glutamina. Sin embargo, cuando se supera este número, la proteína adquiere nuevas propiedades y la persona se torna propensa a desarrollar la
enfermedad.
La HD exhibe un número de características inusuales. A diferencia de la mayor parte de las afecciones hereditarias, la HD es un trastorno genético
dominante, lo cual significa que un sujeto con el alelo mutante desarrolla la anormalidad a pesar de que tenga un alelo HD normal. De hecho, las
personas homocigotas para el alelo HD se ven afectadas de manera más grave que las heterocigotas. Esta observación indica que el polipéptido de
la huntingtina mutante causa el padecimiento, no tanto por la imposibilidad de llevar a cabo una función particular, sino por la adquisición de
propiedades tóxicas, lo cual se conoce como una mutación de ganancia de función. Esta interpretación tiene el apoyo de estudios en roedores. Los
ratones manipulados para llevar el alelo mutante humano de la HD (además de sus propios alelos normales) desarrollan una anomalía
neurodegenerativa similar a la encontrada en el humano. La presencia de un alelo anormal es suficiente para causar la enfermedad. Otra
glutamina. Sin embargo, cuando se supera este número, la proteína adquiere nuevas propiedades y la persona se torna propensa a desarrollar la
enfermedad.
Access Provided by:
La HD exhibe un número de características inusuales. A diferencia de la mayor parte de las afecciones hereditarias, la HD es un trastorno genético
dominante, lo cual significa que un sujeto con el alelo mutante desarrolla la anormalidad a pesar de que tenga un alelo HD normal. De hecho, las
personas homocigotas para el alelo HD se ven afectadas de manera más grave que las heterocigotas. Esta observación indica que el polipéptido de
la huntingtina mutante causa el padecimiento, no tanto por la imposibilidad de llevar a cabo una función particular, sino por la adquisición de
propiedades tóxicas, lo cual se conoce como una mutación de ganancia de función. Esta interpretación tiene el apoyo de estudios en roedores. Los
ratones manipulados para llevar el alelo mutante humano de la HD (además de sus propios alelos normales) desarrollan una anomalía
neurodegenerativa similar a la encontrada en el humano. La presencia de un alelo anormal es suficiente para causar la enfermedad. Otra
característica poco común de la HD y de los otros trastornos inducidos por el triplete CAG es un fenómeno conocido como anticipación genética, lo
cual significa que, puesto que la enfermedad se transmite de generación a generación, su gravedad se incrementa y se presenta en edades más
tempranas. Ésta fue antes una característica difícil de reconocer en la HD, pero ahora se explica con facilidad por el hecho de que el número de
repeticiones CAG en un alelo mutante (y las consecuencias resultantes) aumentan a menudo de forma notable de una generación a la siguiente.
La base molecular de la HD es todavía un misterio; las teorías no pueden aún explicar cómo una secuencia expandida de glutamina puede ser tóxica
para las células cerebrales. Una característica parece ser indiscutible: cuando los segmentos de poliglutamina de la huntingtina exceden los 35
residuos, la proteína (o un fragmento cortado de ésta) se pliega de forma anormal y produce una molécula que: (1) se une a otras huntingtinas
mutantes para formar agregados insolubles, los cuales no difieren de los identificados en los pacientes con la enfermedad de Alzheimer y (2) se
adhiere a varias proteínas no relacionadas que no interactúan con las moléculas de huntingtina normales. Entre las proteínas que se unen a la
huntingtina mutante se encuentran varios factores de transcripción, que son moléculas que participan en la regulación de la expresión génica.
Algunos de los factores transcripcionales más importantes presentes en las células, entre ellos el TBP (fig. 11.17) y el CBP (fig. 12.50), contienen
secuencias de poliglutamina, lo cual los hace en particular susceptibles de agregarse a proteínas mutantes que portan segmentos de poliglutamina
expandidos. De hecho, los agregados proteínicos presentes en neuronas degeneradas de pacientes con HD contienen ambos factores
transcripcionales. Estos resultados sugieren que las proteínas mutantes de huntingtina secuestran a estos factores transcripcionales, trastornando
así la transcripción de los genes requeridos para la sobrevivencia y la salud de las neuronas afectadas. Tal hipótesis recibió apoyo de un estudio en
el cual se manipularon ratones de forma genética para que sus células cerebrales perdieran la capacidad de producir determinados factores de
transcripción clave. Estos roedores sufrieron el mismo tipo de neurodegeneración que se observa en animales con un gen HD mutante. Otros
procesos neuronales básicos, como el transporte axónico, la permeabilidad y fisión mitocondriales, la síntesis de colesterol y la degradación de
proteínas, también se alteran con la mutación del gen HD y son posibles causas de muerte de células nerviosas. Debe advertirse que varios
investigadores de la HD tienen una opinión distinta acerca de la causa de la muerte celular. Argumentan que lo que es tóxico no son los agregados
proteínicos, sino la proteína mutante soluble misma (o fragmentos de ella). De hecho, quienes apoyan este punto de vista sostienen que los
agregados de la proteína protegen la célula al secuestrar las moléculas dañinas. Por razones prácticas es importante distinguir entre estas
posibilidades, porque varios tratamientos propuestos están dirigidos a bloquear la formación de los agregados, lo cual podría ser más nocivo para
el paciente.
Las enfermedades tipo II provocadas por repeticiones de trinucleótidos difieren de las afecciones tipo I en distintos aspectos. De ellas puede
decirse lo siguiente: 1) se deben a la expansión de una variedad de trinucleótidos, no sólo CAG, 2) los trinucleótidos participantes se encuentran en
una parte del gen que no codifica aminoácidos (fig. 1), 3) los trinucleótidos están sujetos a expansión masiva (miles de repeticiones) y 4) afectan
numerosas partes del cuerpo, no sólo el cerebro. La anomalía de tipo II mejor estudiada es el síndrome de cromosoma X frágil, conocido así porque
el cromosoma mutante X es en especial susceptible al daño. Dicho síndrome se caracteriza por retraso mental y diferentes anormalidades físicas. El
trastorno es causado por una mutación dinámica en un gen conocido como FMR1 que codifica a una proteína de unión al RNA, la cual regula la
traducción de ciertos mRNA que participan en el desarrollo neuronal, en la función sináptica o en ambos. Un alelo normal de FMR1 contiene de
cinco a 55 copias de un trinucleótido específico (CGG), que se presentan en una parte del gen que corresponde a la región no codificante 59 del
mRNA (fig. 1). Sin embargo, una vez que el número de copias rebasa las 60, el locus se torna muy inestable y el número de copias tiende a
incrementarse con rapidez hasta llegar a miles de ellas. Las mujeres con un gen FMR1 con 60 a 200 copias del triplete presentan casi siempre
fenotipo normal, pero son portadoras de un cromosoma muy inestable que se transmite a su descendencia. Si el número de repeticiones en la
descendencia rebasa las 200, los individuos suelen desarrollar retraso mental. A diferencia del alelo normal de la HD, que provoca enfermedad
como resultado de una ganancia de función, un alelo FMR1 anormal ocasiona afectación por pérdida de función; los alelos FMR1 que contienen un
número aumentado de repeticiones CGG se inactivan de manera selectiva, de tal modo que el gen no se transcribe o traduce. Aunque no existe un
tratamiento eficaz para ninguna de las enfermedades secundarias a la expansión de trinucleótidos, el riesgo de transmitir o poseer un alelo
mutante puede demostrarse mediante pruebas de detección genética.
FIGURA 1
Secuencias repetidas de trinucleótidos y enfermedad en los seres humanos. La línea superior muestra un gen generalizado que se
transcribe en un RNA mensajero con varias porciones distintas, incluida una porción 5′ no codificante llamada región 5′ no traducida (5′ UTR, 5′
untranslated region), un exón de codificación que transporta la información para la secuencia de aminoácidos del polipéptido, y una porción 3′ no
codificante (la 3′ UTR). Los intrones en el DNA (véase figura 11–27) no están representados en el RNA mensajero maduro. La ubicación general del
tratamiento eficaz para ninguna de las enfermedades secundarias a la expansión de trinucleótidos, el riesgo de transmitir o poseer un alelo
mutante puede demostrarse mediante pruebas de detección genética. Universidad del Magdalena
Access Provided by:
FIGURA 1
Secuencias repetidas de trinucleótidos y enfermedad en los seres humanos. La línea superior muestra un gen generalizado que se
transcribe en un RNA mensajero con varias porciones distintas, incluida una porción 5′ no codificante llamada región 5′ no traducida (5′ UTR, 5′
untranslated region), un exón de codificación que transporta la información para la secuencia de aminoácidos del polipéptido, y una porción 3′ no
codificante (la 3′ UTR). Los intrones en el DNA (véase figura 11–27) no están representados en el RNA mensajero maduro. La ubicación general del
trinucleótido responsable de cada una de las cuatro enfermedades diferentes (síndrome de frágil X, ataxia de Friedreich, enfermedad de Huntington y
distrofia miotónica) se indica por la ubicación de cada pirámide. Se señala el número de repeticiones responsables de las condiciones de normalidad
(rojo), portador (naranja) y enfermedad (amarillo) para cada gen que causa la enfermedad. Los genes responsables de las enfermedades de tipo I,
como los de Huntington, no muestran el estado de “portador” intermedio en el que un individuo posee un alelo inestable, pero no se ve afectado.
FUENTE: Reproducido con autorización de Macmillan Publishers Ltd: JL Mandel. Nature 1997;386:768; Copyright 1997.
10.10 ESTABILIDAD DEL GENOMA: DUPLICACIÓN
El DNA es material genético, por lo tanto, se tiene cierta propensión a imaginarlo como una molécula conservadora de almacenamiento cuyo
contenido de información cambia con lentitud durante largos periodos evolutivos. Sin embargo, la organización de la secuencia del genoma es capaz
de sufrir rápidos cambios, no sólo de una generación a la siguiente, sino también dentro de la vida misma de un organismo individual.
Duplicación completa del genoma (poliploidización)
Como se mencionó en la primera sección de este capítulo, los guisantes y las moscas de la fruta poseen pares de cromosomas homólogos en cada una
de sus células. Se dice que éstas tienen un número diploide de cromosomas. Si se comparara el número de éstos en las células de organismos muy
vinculados, en especial de plantas de orden superior, se advertiría que ciertas especies tienen mucho más cromosomas que algún familiar cercano.
Entre los animales, el anfibio Xenopus laevis (uno de los más estudiados) tiene dos veces más cromosomas que su primo X. tropicalis. Estas
discrepancias pueden explicarse por un proceso conocido como duplicación completa del genoma, o poliploidización. Éste es un suceso en el
cual se produce una descendencia que tiene dos veces el número de cromosomas en cada célula al igual que sus padres diploides; la descendencia
tiene cuatro homólogos de cada cromosoma en lugar de dos. Se cree que la poliploidización ocurre de dos maneras: 1) dos especies relacionadas se
aparean para formar un organismo híbrido que contiene los cromosomas combinados de ambos progenitores o 2) los cromosomas de un embrión
unicelular se duplican, pero éstos en lugar de dividirse en células separadas, se conservan en una de ellas, la cual evoluciona en un embrión viable. El
primer mecanismo ocurre más a menudo en las plantas, el segundo es más frecuente en los animales. La poliploidización es muy frecuente en los
organismos vegetales que producen flores, incluidas muchas especies de cosechas (p. ej., trigo, plátanos y café) como las que se presentan en la
figura 10–22. Cuando en los linajes vegetales surge la poliploidización, la cantidad de cromosomas se duplica de manera repentina y en muchos
casos vuelve al número diploide original en el periodo siguiente de evolución. En consecuencia, algunas especies modernas de plantas están en
etapas diversas del proceso evolutivo que modifica el número de sus genes. Ésta es la razón por la cual los genomas de plantas diversas tienden a
mostrar una variación mucho mayor en la cantidad de genes que la que se observa en animales distintos (véase la fig. 10–28).
FIGURA 10–22
Muestra de cultivos agrícolas que son poliploides. En la foto se ven aceite de colza, pan de trigo, cuerda de sisal, granos de café, plátano,
algodón, papas y maíz.
FIGURA 10–22
Access Provided by:
Muestra de cultivos agrícolas que son poliploides. En la foto se ven aceite de colza, pan de trigo, cuerda de sisal, granos de café, plátano,
algodón, papas y maíz.
FUENTE: De AR Leitch e IJ Leitch. Science 2008;320:481; © 2008, reproducido con autorización de AAAS.
Una duplicación “repentina” del número de cromosomas es un suceso de enorme relevancia y confiere al organismo un potencial evolutivo
considerable (asumiendo que puede sobrevivir con el número incrementado de cromosomas y reproducirse). Según sean las circunstancias, la
poliploidización puede resultar en la producción de una nueva especie con mucha información genética “adicional”. Las copias excesivas de un gen
pueden tener varios destinos; pueden eliminarse por deleción, quedar inactivas por mutaciones deletéreas o, lo que es más importante, evolucionar y
transformarse en genes originales con funciones novedosas. Visto de esa forma, la información genética adicional es la materia prima para la
diversificación evolutiva. En 1971, Susumu Ohno, del City of Hope Cancer Center, en Los Ángeles publicó la hipótesis “2R”, en la cual se propuso que la
evolución de los vertebrados a partir de un ancestro invertebrado mucho más simple fue posible por dos ciclos separados de duplicación completa
del genoma durante un periodo evolutivo temprano. Ohno sugirió que los miles de genes adicionales generados por la duplicación del genoma
pudieron moldearse a través del tiempo en genes nuevos que se requirieron para codificar el cuerpo más complejo de un vertebrado. En las pasadas
tres y media décadas, los genetistas han debatido de modo acalorado la propuesta de Ohno y tratado de encontrar evidencia que apoye o refute esta
noción.
El problema que enfrentan los analistas del genoma es la gran cantidad de tiempo que ha pasado (varios cientos de millones de años) desde el origen
de los ancestros vertebrados más tempranos. Del mismo modo que un río o un océano desgasta con lentitud la faz de la tierra, las mutaciones
modificaron muy lentamente el aspecto de un genoma ancestral. Incluso con el conocimiento de la secuencia completa del genoma de varios
invertebrados y vertebrados, todavía es un desafío extraordinario identificar el origen de muchos de los genes humanos. La evidencia más fuerte de la
hipótesis 2R proviene del análisis reciente del genoma de los anfioxos. Estos organismos carecen de columna vertebral, lo que los convierte en
invertebrados, pero tienen varias características (p. ej., una notocorda, una médula nerviosa tubular dorsal y musculatura corporal segmentaria) que
los identifican de manera clara como miembros del filo Chordata al que pertenecen los vertebrados. Se cree que los linajes que dieron origen a los
vertebrados modernos y a los anfioxos se separaron hace cerca de 550 millones de años, y aun así ambos grupos comparten un conjunto muy similar
de genes. Sin embargo, cuando los investigadores examinaron más de cerca ciertos grupos de genes, los genomas de los vertebrados casi siempre
contenían cuatro veces más el número de dichas secuencias que los de los anfioxos. Este hallazgo es un respaldo importante para la hipótesis de
Ohno, que postula la posibilidad de que ocurrieran dos rondas de duplicación del genoma completo en el linaje ancestral de los vertebrados.
Duplicación y modificación de secuencias de DNA
La poliploidización es un caso extremo de duplicación génica y ocurre con muy poca frecuencia durante la evolución. En cambio, la duplicación
génica (que significa hacer doble una pequeña porción de un solo cromosoma) sucede con una frecuencia muy alta y su ocurrencia se puede
documentar por medio de análisis genómicos.3 De acuerdo con un cálculo reciente, cada gen del genoma tiene alrededor de 1% de probabilidades de
duplicarse cada millón de años. Es posible que la duplicación de un gen ocurra por varios mecanismos diferentes, pero más a menudo sucede
mediante un proceso de entrecruzamiento desigual, como se describe en la figura 10–23b. Este evento se observa cuando un par de cromosomas
homólogos se juntan durante la meiosis de una forma tal que no quedan alineados por completo. Como resultado de este alineamiento erróneo, el
intercambio genético entre los homólogos da lugar a que un cromosoma adquiera un segmento adicional de DNA (una duplicación) y el otro lo pierda
(una deleción). Si la duplicación de una secuencia particular se repite en las generaciones subsiguientes, se crea un grupo de segmentos repetidos en
tándem en un sitio localizado dentro de ese cromosoma (fig. 10–29).
FIGURA 10–23
La poliploidización es un caso extremo de duplicación génica y ocurre con muy poca frecuencia durante la evolución. En cambio, la duplicación
génica (que significa hacer doble una pequeña porción de un solo cromosoma) sucede con una frecuencia muy alta y su ocurrencia se puede
documentar por medio de análisis genómicos.3 De acuerdo con un cálculo reciente, cada gen del genoma tiene alrededor de 1% de probabilidades de
Access Provided by:
duplicarse cada millón de años. Es posible que la duplicación de un gen ocurra por varios mecanismos diferentes, pero más a menudo sucede
mediante un proceso de entrecruzamiento desigual, como se describe en la figura 10–23b. Este evento se observa cuando un par de cromosomas
homólogos se juntan durante la meiosis de una forma tal que no quedan alineados por completo. Como resultado de este alineamiento erróneo, el
intercambio genético entre los homólogos da lugar a que un cromosoma adquiera un segmento adicional de DNA (una duplicación) y el otro lo pierda
(una deleción). Si la duplicación de una secuencia particular se repite en las generaciones subsiguientes, se crea un grupo de segmentos repetidos en
tándem en un sitio localizado dentro de ese cromosoma (fig. 10–29).
FIGURA 10–23
El entrecruzamiento desigual entre los genes duplicados proporciona un mecanismo para generar cambios en el número de genes.
a) El estado inicial muestra que tiene dos genes relacionados (1 y 2). En un individuo diploide, el gen 1 en un homólogo puede alinearse con el gen 2 en
el otro homólogo durante la meiosis. Si un entrecruzamiento se produce durante esta desalineación, la mitad de los gametos carecerán del gen 2 y la
mitad tendrá un gen adicional 2. b) A medida que el entrecruzamiento desigual continúa ocurriendo durante las divisiones meióticas en las
generaciones posteriores, una serie de secuencias de DNA repetidas en tándem evolucionarán gradualmente.
Casi todos los genes duplicados se pierden durante la evolución mediante deleción o se vuelve no funcional por alguna mutación desfavorable. Sin
embargo, en un pequeño porcentaje de casos, la copia “adicional” acumula mutaciones propicias y adquiere una nueva función. Lo más frecuente es
que ambas copias del gen sufran una mutación, de manera que cada una desarrolla una función más especializada que la del gen original. En
cualquier caso, los dos genes tendrán secuencias muy relacionadas y codificarán polipéptidos similares, lo que significa que codifican isoformas
distintas de una proteína particular, como las tubulinas α y β (sección 9.2). Las duplicaciones subsecuentes de uno de los genes pueden inducir la
aparición de isoformas adicionales (p. ej., la γtubulina) y así sucesivamente. En este ejemplo resulta patente que las duplicaciones sucesivas de un
gen pueden generar familias de genes que codifican polipéptidos con secuencias de aminoácidos relacionadas. La evolución de los genes de globina
ilustra la producción de una familia multigénica.
Evolución de los genes de la globina
La hemoglobina es un tetrámero compuesto de cuatro polipéptidos de globina (fig. 2–40b). El examen génico de las globinas, de mamíferos o peces,
revela una organización muy característica. Cada uno de los genes está formado por tres exones y dos intrones. Los primeros son las partes de los
genes que codifican aminoácidos en el polipéptido, en tanto que los segundos son más bien secuencias interpuestas no codificantes. Los exones y los
intrones se analizan con detalle en la sección 11.6 (fig. 11–21). En este capítulo sólo se utilizan estos conceptos como puntos de referencia de la
evolución. El análisis de los genes que codifican a ciertos polipéptidos semejantes a la globina (p. ej., la proteína leghemoglobina de las plantas y la
mioglobina de los músculos) revela la presencia de cuatro exones y tres intrones. Se propone que estos representan la forma original del gen de la
globina. Se cree que el polipéptido de globina actual surgió de la forma ancestral como resultado de la fusión de dos exones de globina (paso 1, fig.
10–24) hace unos 800 millones de años.
FIGURA 10–24
Vía para la evolución de los genes de globina. Los exones se muestran en verde, los intrones en marrón. Los pasos evolutivos representados en
el diagrama se discuten en el texto. La disposición de los genes de globina α y β en los cromosomas humanos 16 y 11 (que se muestran en color
púrpura sin sus intrones en el paso 7) son los productos de varios cientos de millones de años de evolución. Como se argumentó en el capítulo 2, las
moléculas de hemoglobina consisten en dos pares de cadenas polipeptídicas: un par es siempre un miembro de la subfamilia de la globina α, y el otro
par siempre es miembro de la subfamilia de globina β. Las combinaciones específicas de globinas α y β se encuentran en diferentes etapas de
desarrollo. Se indican las cadenas de globina α y β que se observan en las hemoglobinas embriónicas, fetal y adulta.
púrpura sin sus intrones en el paso 7) son los productos de varios cientos de millones de años de evolución. Como se argumentó en el capítulo 2, las
moléculas de hemoglobina consisten en dos pares de cadenas polipeptídicas: un par es siempre un miembro de la subfamilia de la globina α, y el otro
Access Provided by:
par siempre es miembro de la subfamilia de globina β. Las combinaciones específicas de globinas α y β se encuentran en diferentes etapas de
desarrollo. Se indican las cadenas de globina α y β que se observan en las hemoglobinas embriónicas, fetal y adulta.
Se sabe que algunos peces primitivos tienen sólo un gen de globina (paso 2), lo que sugiere que ellos divergieron de otros vertebrados antes de la
primera duplicación de dicho gen (paso 3). Después de ésta, hace unos 500 millones de años, las dos copias experimentaron mutaciones y divergieron
(paso 4) para formar dos tipos distintos de globina, una α y una β, localizados en un solo cromosoma. Éste es el ordenamiento presente en el anfibio
Xenopus y en el pez cebra. En pasos subsecuentes, las formas α y β se separaron la una de la otra por un proceso de reordenamiento que las movió a
cromosomas diferentes (paso 5). En consecuencia, cada gen sufrió duplicaciones y divergencias posteriores (paso 6), generando el ordenamiento de
los genes de globina que existe en la actualidad en los seres humanos (paso 7). La evolución de los genes vertebrados en cuestión ilustra el modo en
que la duplicación génica suele provocar la generación de una familia de genes cuyos miembros individuales tienen funciones especializadas (en este
caso las formas embrionaria, fetal y adulta) en comparación con las del gen fundador individual.
Cuando se analizaron las secuencias de DNA de miembros de grupos de genes de globina, los investigadores encontraron “genes” cuyas secuencias
son homólogas a las de los genes funcionales de globina, pero que han acumulado mutaciones significativas que los han tornado no funcionales. Los
genes de este tipo, que son reliquias evolutivas, se conocen como seudogenes. Ejemplos de éstos se encuentran en los grupos de genes de las
globinas humanas α y β de la figura 10–24. Según estimaciones, el genoma humano contiene unos 11 000 seudogenes y aunque éstos no codifican
proteínas funcionales, pueden ser transcritos e incorporados en moléculas de RNA, lo cual puede tener actividades reguladoras. Otro punto
importante del examen de los dos grupos de genes de la globina de los cromosomas humanos es la cantidad de DNA integrado por secuencias no
los genes de globina que existe en la actualidad en los seres humanos (paso 7). La evolución de los genes vertebrados en cuestión ilustra el modo en
que la duplicación génica suele provocar la generación de una familia de genes cuyos miembros individuales tienen funciones especializadas (en este
Access Provided by:
caso las formas embrionaria, fetal y adulta) en comparación con las del gen fundador individual.
Cuando se analizaron las secuencias de DNA de miembros de grupos de genes de globina, los investigadores encontraron “genes” cuyas secuencias
son homólogas a las de los genes funcionales de globina, pero que han acumulado mutaciones significativas que los han tornado no funcionales. Los
genes de este tipo, que son reliquias evolutivas, se conocen como seudogenes. Ejemplos de éstos se encuentran en los grupos de genes de las
globinas humanas α y β de la figura 10–24. Según estimaciones, el genoma humano contiene unos 11 000 seudogenes y aunque éstos no codifican
proteínas funcionales, pueden ser transcritos e incorporados en moléculas de RNA, lo cual puede tener actividades reguladoras. Otro punto
importante del examen de los dos grupos de genes de la globina de los cromosomas humanos es la cantidad de DNA integrado por secuencias no
codificantes, sea en forma de intrones o como secuencias espaciadoras. De hecho, las regiones de globina contienen una fracción mucho más alta de
secuencias codificantes que la mayor parte de otras regiones del genoma.
REVISIÓN
1. Descríbase el curso de los sucesos evolutivos que han dado lugar a las familias de múltiples genes, como los que codifican a las globinas. ¿Cómo
pudieron estos eventos originar a los seudogenes?, ¿cómo podrían éstos crear proteínas con funciones del todo diferentes?
3Existen tres categorías de duplicación: del genoma completo, de genes y de segmentos. Esta última, que se refiere a la duplicación de un gran bloque
de material cromosómico (de unas cuantas a cientos de kilobases de longitud), no se revisa aquí, pero tiene un efecto significativo en la evolución del
genoma. Casi 5% del genoma humano presente consiste en duplicaciones de segmentos que han evolucionado durante los últimos 35 millones de
años.
10.11 “GENES SALTARINES” Y LA NATURALEZA DINÁMICA DEL GENOMA
Si se observan las secuencias repetidas que han surgido durante el curso normal de la evolución, se advierte que algunas veces éstas se encuentran en
ordenamientos en tándem, en ocasiones en dos o unos cuantos cromosomas (como en el caso de los genes de la globina de la figura 10–24) y otras
veces están dispersas en el genoma. Si se asume que todos los miembros de una familia de secuencias repetidas provienen de una sola copia,
entonces ¿cómo pudieron los miembros individuales dispersarse en distintos cromosomas?
Barbara McClintock, una genetista que realizaba investigaciones con maíz en los Cold Spring Harbor Laboratories de Nueva York, fue la primera en
sugerir que los elementos genéticos eran capaces de moverse en el genoma. Los rasgos genéticos del maíz a menudo se expresan como cambios en
los patrones de coloración de las mazorcas y de las hojas (fig. 10–25). Al final de la década de 1940, McClintock encontró que ciertas mutaciones eran
muy inestables; aparecían y desaparecían de una generación a la siguiente y también durante la vida de una planta individual. Después de varios años
de cuidadoso estudio, la investigadora concluyó que ciertos elementos genéticos se movían de un lugar en un cromosoma a un sitio diferente por
completo. McClintock nombró a estas reconfiguraciones genéticas transposiciones y a las entidades genéticas móviles elementos transponibles.
Mientras tanto, biólogos moleculares que trabajaban con bacterias no encontraron evidencia de estos “genes saltarines”. En sus estudios, los genes
aparecían como elementos estables situados en una configuración lineal en el cromosoma que permanecía constante de un individuo a otro y de una
generación a la siguiente. El hallazgo de McClintock se ignoró durante mucho tiempo.
FIGURA 10–25
Manifestaciones visibles de transposición en el maíz. Los granos de maíz son típicamente uniformes en el color. Las manchas en estas semillas
son el resultado de una mutación en un gen que codifica una enzima involucrada en la producción del pigmento. Las mutaciones de este tipo pueden
ser muy inestables, surgir o desaparecer durante el periodo en el que se desarrolla una única semilla. Estas mutaciones inestables aparecen y
desaparecen como resultado del movimiento de elementos transponibles dentro y fuera de estos genes durante el periodo de desarrollo.
Manifestaciones visibles de transposición en el maíz. Los granos de maíz son típicamente uniformes en el color. Las manchas en estas semillas
son el resultado de una mutación en un gen que codifica una enzima involucrada en la producción del pigmento. Las mutaciones de este tipo pueden
Access Provided by:
ser muy inestables, surgir o desaparecer durante el periodo en el que se desarrolla una única semilla. Estas mutaciones inestables aparecen y
desaparecen como resultado del movimiento de elementos transponibles dentro y fuera de estos genes durante el periodo de desarrollo.
FUENTE: Cortesía de Venkatesan Sundaresan, Laboratorio Cold Spring Harbor.
Transposones
A finales de la década de 1960 diferentes laboratorios descubrieron que ciertas secuencias de DNA de las bacterias se movían de un lugar a otro en el
genoma. Estos elementos bacterianos transferibles se llamaron transposones. La mayor parte de éstos codifica una proteína, o transposasa, que
cataliza la escisión de un transposón de un sitio donador del DNA y su posterior inserción al sitio receptor específico del cromosoma. Este mecanismo
de “corte e inserción” es mediado por dos subunidades de transposasa separadas que se unen a secuencias específicas (repetidas e invertidas)
localizadas en los dos extremos del transposón (fig. 10–26, paso 1). Las dos subunidades se unen para formar un dímero activo (paso 2) que cataliza
una serie de reacciones que conducen a la escisión del transposón (paso 3). Luego, el complejo transposasatransposón se une a un DNA blanco (paso
4), donde la transposasa cataliza las reacciones necesarias para integrar al transposón en su nueva residencia (paso 5). Por lo general, la inclusión del
elemento crea una pequeña duplicación en el DNA blanco que flanquea al elemento transpuesto en el sitio de inserción. Las duplicaciones en los sitios
blanco sirven como “huellas” para identificar los lugares que los elementos transponibles ocupan en el genoma.
FIGURA 10–26
Transposición de un transposón bacteriano mediante un mecanismo de “corte y pega”. Como se discutió en el texto, los dos extremos del
transposón Tn5 bacteriano está flanqueado por secuencias repetidas (segmentos de color naranja). Los dos extremos se unen mediante la
dimerización de un par de subunidades de la transposasa (esferas de color naranja). Ambas cadenas de doble hélice son escindidas en cada extremo,
que corta el transposón como parte de un complejo con la transposasa. El complejo transposóntransposasa es “capturado” por un DNA blanco, y el
transposón se inserta de tal manera que produce una pequeña duplicación que flanquea el elemento transpuesto. (Nota: No todos los transposones
de DNA se mueven mediante este mecanismo.)
dimerización de un par de subunidades de la transposasa (esferas de color naranja). Ambas cadenas de doble hélice son escindidas en cada extremo,
que corta el transposón como parte de un complejo con la transposasa. El complejo transposóntransposasa es “capturado” por un DNA blanco, y el
Access Provided by:
transposón se inserta de tal manera que produce una pequeña duplicación que flanquea el elemento transpuesto. (Nota: No todos los transposones
de DNA se mueven mediante este mecanismo.)
FUENTE: Tomada de DR Davies, et al. Science 2000;289:77; Copyright 2000, reproducida con autorización de AAAS.
Como lo demostró primero McClintock, los genomas eucariotas contienen un gran número de elementos transponibles. ¡De hecho, al menos dos
tercios del genoma humano proceden de elementos transponibles! La mayor parte de estos (>99%) es incapaz de moverse de un lugar a otro; han sido
incapacitados por mutaciones o la misma célula suprime su movimiento. (La supresión se produce por medio de RNA celulares pequeños [sección
11.12] y metilación del DNA [sección 12.4]). Sin embargo, cuando los elementos transponibles cambian de posición, se insertan con amplitud en el DNA
blanco. En realidad, muchos elementos transponibles pueden insertarse ellos mismos en el centro de un gen que codifica a alguna proteína. Se han
comentado muchos ejemplos de lo anterior en seres humanos, incluyendo un número de casos de hemofilia provocada por un elemento genético
móvil que “saltó” a la mitad de uno de los genes primordiales que codifican las proteínas de la coagulación. Se estima que alrededor de una de cada
500 mutaciones patogénicas es consecuencia de la inserción de un elemento transponible. Además, la reactivación de dichos fragmentos puede
contribuir al desarrollo de algunos cánceres.
La figura 10–27 ilustra dos tipos importantes de elementos transponibles eucariotas, los transposones de DNA y los retrotransposones, y sus
mecanismos diferentes de transposición. Los transposones de DNA, como se describió antes para los organismos procariotas, se escinden del DNA en
el sitio donador y se insertan en un área distante (fig. 10–27a). Este mecanismo de “corte e inserción” lo utilizan, por ejemplo, los miembros de la
familia mariner, que se encuentran en las plantas y los animales. En cambio, los retrotransposones operan por mecanismos de “copiado e
inserción” en los que interviene un RNA intermediario (fig. 10–27b). El DNA del elemento transponible se transcribe en un RNA, el cual después se
transcribe de forma contraria mediante una enzima conocida como transcriptasa inversa para crear un DNA complementario. A continuación, la
copia de DNA desarrolla una cadena adicional para crear un dúplex, el cual después se integra en un sitio blanco del DNA. En la mayoría de los casos el
retrotransposón mismo contiene la secuencia que codifica a la transcriptasa inversa. Los retrovirus, como el causante del sida, utilizan un mecanismo
muy similar para replicar su genoma de RNA e integrar una copia de DNA en un cromosoma del hospedador.
FIGURA 10–27
La figura 10–27 ilustra dos tipos importantes de elementos transponibles eucariotas, los transposones de DNA y los retrotransposones, y sus
mecanismos diferentes de transposición. Los transposones de DNA, como se describió antes para los organismos procariotas, se escinden del DNA en
el sitio donador y se insertan en un área distante (fig. 10–27a). Este mecanismo de “corte e inserción” lo utilizan, por ejemplo, los miembros de la
Access Provided by:
familia mariner, que se encuentran en las plantas y los animales. En cambio, los retrotransposones operan por mecanismos de “copiado e
inserción” en los que interviene un RNA intermediario (fig. 10–27b). El DNA del elemento transponible se transcribe en un RNA, el cual después se
transcribe de forma contraria mediante una enzima conocida como transcriptasa inversa para crear un DNA complementario. A continuación, la
copia de DNA desarrolla una cadena adicional para crear un dúplex, el cual después se integra en un sitio blanco del DNA. En la mayoría de los casos el
retrotransposón mismo contiene la secuencia que codifica a la transcriptasa inversa. Los retrovirus, como el causante del sida, utilizan un mecanismo
muy similar para replicar su genoma de RNA e integrar una copia de DNA en un cromosoma del hospedador.
FIGURA 10–27
Vías esquemáticas en el movimiento de elementos transponibles. a) Los transposones de DNA se mueven por una vía de copia y pega, cuyo
mecanismo se muestra en la figura 10–26. Aproximadamente 3% del genoma humano consiste en transposones de DNA, ninguno de los cuales es
capaz de la transposición (es decir, todos son reliquias que quedan en el genoma como resultado de la actividad ancestral). b) Los retrotransposones
se mueven por una vía de copia y pega. Los pasos están involucrados en la retrotransposición que tiene lugar tanto en el núcleo como en el
citoplasma, y requieren numerosas proteínas, incluidas las del huésped. Más de 40% del genoma humano consiste en retrotransposones, se cree que
sólo algunos de ellos (p. ej., 40–100) son capaces de la transposición. Se conoce más de un mecanismo de retrotransposición.
Función de los elementos genéticos móviles en la evolución del genoma
Como se menciona en la sección 10.8, en el apartado Secuencias de DNA moderadamente repetidas, éstas constituyen una porción significativa de los
genomas eucarióticos. A diferencia de la fracción muy repetida (DNA satélite, minisatélite y microsatélite), cuyas secuencias residen en tándem y se
generan por duplicación, la mayor parte de las secuencias moderadamente repetidas está diseminada y se genera por transposición de los elementos
genéticos móviles. De hecho, las dos familias más comunes de secuencias moderadamente repetidas en el DNA humano (Alu y L1) son elementos
transponibles. Tal y como se describe en Secuencias de DNA moderadamente repetidas, hay dos clases de elementos diseminados, SINE y LINE. Los
integrantes del grupo Alu son ejemplo de los primeros y los del conjunto L1 ejemplifican a los segundos. Una secuencia transponible L1 completa (de
por lo menos 6 000 pares de bases de longitud) codifica una proteína única con dos actividades catalíticas: una transcriptasa inversa que elabora una
copia de DNA a partir del ARN que lo codifica y una endonucleasa que corta el DNA blanco antes de la inserción. Se estima que el genoma humano
contiene unas 500 000 copias de L1, pero la mayor parte está formada por elementos inmóviles incompletos. A pesar de ello, la movilidad de L1 sigue
modificando la evolución humana. Por ejemplo, en un estudio en el que se compararon las secuencias de DNA de 25 personas diferentes, dos
individuos cualesquiera del grupo difirieron en cuanto a la presencia o a la ausencia de un elemento L1 en 285 sitios en sus genomas respectivos, en
promedio.
Las secuencias Alu son aún más abundantes que las L1. Las primeras se encuentran interpuestas o diseminadas en más de un millón de sitios
diferentes a lo largo del genoma humano. Las Alu son una familia de cortas secuencias relacionadas con una longitud de casi 300 pares de bases. La
secuencia Alu es muy similar a la del RNA pequeño presente en las partículas de reconocimiento de señales adheridas a los ribosomas unidos a la
membrana (fig. 8.12). Se presupone que durante el curso de la evolución, este RNA citoplásmico se copió en una secuencia de DNA a través de la
transcriptasa inversa y se integró al genoma. La impresionante amplificación de las secuencias Alu ha ocurrido quizá por retrotransposición mediada
por la transcriptasa inversa y la endonucleasa codificadas por las secuencias L1.
En virtud de su prevalencia en el genoma humano, podría esperarse que la secuencia Alu estuviera repetida en los genomas del resto del reino animal,
pero no es así. Estudios genómicos comparativos indican que dichas secuencias aparecieron primero como elementos transponibles en el genoma de
primates hace unos 60 millones de años y el número de copias creció a partir de entonces. La tasa de transposición de los elementos Alu ha
Las secuencias Alu son aún más abundantes que las L1. Las primeras se encuentran interpuestas o diseminadas en más de un millón de sitios
diferentes a lo largo del genoma humano. Las Alu son una familia de cortas secuencias relacionadas con una longitud de casi 300 pares de bases. La
secuencia Alu es muy similar a la del RNA pequeño presente en las partículas de reconocimiento de señales adheridas a los ribosomas unidos a la
Access Provided by:
membrana (fig. 8.12). Se presupone que durante el curso de la evolución, este RNA citoplásmico se copió en una secuencia de DNA a través de la
transcriptasa inversa y se integró al genoma. La impresionante amplificación de las secuencias Alu ha ocurrido quizá por retrotransposición mediada
por la transcriptasa inversa y la endonucleasa codificadas por las secuencias L1.
En virtud de su prevalencia en el genoma humano, podría esperarse que la secuencia Alu estuviera repetida en los genomas del resto del reino animal,
pero no es así. Estudios genómicos comparativos indican que dichas secuencias aparecieron primero como elementos transponibles en el genoma de
primates hace unos 60 millones de años y el número de copias creció a partir de entonces. La tasa de transposición de los elementos Alu ha
disminuido de forma notoria en el curso de la evolución de los primates; en el ser humano, la tasa actual es de una transposición por cada 200
nacimientos. Estos fenómenos generan diferencias en la localización de las secuencias Alu de una persona a otra y por lo tanto, contribuyen a la
diversidad genética de la población humana (sección 10.15).
Cuando se descubre algo nuevo semejante a los elementos transponibles en un organismo, la primera pregunta de los biólogos es casi siempre: ¿cuál
es su función? Muchos investigadores expertos en el tema piensan que los elementos transponibles son en primera instancia “basura”. De acuerdo
con esta visión, un elemento transponible es un tipo de parásito genético externo que puede invadir el genoma de un hospedador, diseminarse
dentro de él y transmitirse a su descendencia (siempre y cuando no tenga efectos adversos y serios en la capacidad del hospedador para sobrevivir y
reproducirse). Si este es el caso, ello no significa que los elementos transponibles no puedan hacer contribuciones positivas a los genomas eucariotas.
Hay que tener presente que la evolución es un proceso oportunista, no hay un camino predeterminado a seguir. Sin importar su origen, una vez que
una secuencia de DNA está en un genoma, existe la posibilidad de que se “ponga en uso” en alguna manera provechosa durante el curso de la
evolución. Por esta razón, a la parte del genoma formada por elementos transponibles se le considera una “chatarrería genética”. Hay varias formas
en las que los elementos transferibles parecen haber participado en la evolución adaptativa:
1. En ocasiones los elementos transponibles pueden llevar con ellos partes adyacentes del genoma hospedador cuando se mueven de un sitio a otro.
En teoría, dos segmentos no unidos del genoma del hospedador pueden conectarse para formar un nuevo fragmento compuesto. Este puede ser
un mecanismo primario en la evolución de proteínas formadas por dominios derivados de diferentes genes ancestrales (fig. 2–38).
2. Las secuencias de DNA que en un principio surgieron de los elementos transponibles forman parte de genes eucariotas y de los segmentos de DNA
que regulan la expresión génica. Por ejemplo, varios factores de transcripción se unen a sitios del DNA que en un principio surgieron de elementos
transponibles. Aun cuando no hay evidencia directa de una función, estos últimos tienen posiciones y secuencias muy parecidos a los de
elementos de los genomas de parientes vertebrados distantes. Este tipo de conservación evolutiva sugiere que estas secuencias tienen alguna
participación provechosa en la vida de sus hospedadores (sección 10.13).
3. En algunos casos, los propios elementos transponibles parecen haber dado lugar a genes. La enzima telomerasa, que desempeña una función
clave en la replicación del DNA de los extremos de los cromosomas (fig. 12.24c), pudo derivar de una transcriptasa inversa codificada por un
retrotransposón antiguo. Se cree que las enzimas involucradas en el reordenamiento de los genes de los anticuerpos (fig. 17.18) derivaron de una
transposasa codificada por un transposón antiguo de DNA. Si así fuera, la capacidad del ser humano para protegerse de las enfermedades
infecciosas es una consecuencia directa de la transposición.
4. Algunos estudios recientes han obtenido pruebas de que las células cerebrales de mamíferos poseen un nivel muy elevado de retrotransposición
de L1, en comparación con el observado en otros tejidos. Se ha planteado la hipótesis de que tales elementos móviles contribuyen a la diversidad
de las actividades funcionales de las células nerviosas, al insertarse en sitios diferentes de sus genomas.
Un punto es claro: la transposición ha tenido un profundo impacto en la composición genética de los organismos.
Resulta interesante observar que hace apenas un par de décadas, los biólogos consideraban que el genoma era un depósito estable de información
genética. En la actualidad resulta notable que los organismos puedan conservar su propia integridad de un día para otro considerando esta
reconfiguración a gran escala por reordenamiento genético. En retrospectiva, no es sorprendente que la transposición se hubiera identificado por
primera vez en plantas, porque los elementos transponibles tienden a ser mucho más activos en el reino vegetal que en otros organismos eucariotas.
Por sus descubrimientos, Barbara McClintock fue la única que recibió el Premio Nobel en 1983, a la edad de 81 años, unos 35 años después de su
reporte inicial.
REVISIÓN
1. Explique dos mecanismos por medio de los cuales los elementos genéticos son capaces de moverse de un sitio del genoma a otro.
2. Describa los efectos que han tenido, en los últimos 50 millones de años, los elementos transponibles en la estructura del genoma humano.
10.12 SECUENCIACIÓN DE GENOMAS: LAS HUELLAS DE LA EVOLUCIÓN BIOLÓGICA
reconfiguración a gran escala por reordenamiento genético. En retrospectiva, no es sorprendente que la transposición se hubiera identificado por
primera vez en plantas, porque los elementos transponibles tienden a ser mucho más activos en el reino vegetal que en otros organismos eucariotas.
Access Provided by:
Por sus descubrimientos, Barbara McClintock fue la única que recibió el Premio Nobel en 1983, a la edad de 81 años, unos 35 años después de su
reporte inicial.
REVISIÓN
1. Explique dos mecanismos por medio de los cuales los elementos genéticos son capaces de moverse de un sitio del genoma a otro.
2. Describa los efectos que han tenido, en los últimos 50 millones de años, los elementos transponibles en la estructura del genoma humano.
10.12 SECUENCIACIÓN DE GENOMAS: LAS HUELLAS DE LA EVOLUCIÓN BIOLÓGICA
Determinar la secuencia nucleotídica de todo el DNA de un genoma es una tarea difícil. En las décadas de 1980 y 1990, la tecnología que acompañó este
esfuerzo mejoró de forma gradual conforme los investigadores desarrollaron nuevos vectores para clonar grandes segmentos de DNA y
procedimientos cada vez más automatizados para determinar las secuencias de nucleótidos de estos grandes fragmentos (sección 18.22). La primera
secuencia completa de un organismo procariota se notificó en 1995 y un año después la de un organismo eucariota, la levadura S. cerevisiae. Unos
pocos años después (mientras la comunidad científica aguardaba los resultados del proyecto del genoma humano), se publicaron las secuencias
genómicas de numerosos organismos procariotas y eucariotas (incluidos la mosca de la fruta, un nematodo y un angiosperma). Los investigadores
pudieron determinar la secuencia de estos genomas con relativa rapidez porque son mucho más pequeños que el del humano, el cual contiene
alrededor de 3 200 millones de pares de bases. Para poner este número en perspectiva, considere que, si cada par de bases del DNA fuera equivalente
a una sola letra de esta página, la información contenida en el genoma humano se extendería en un libro de alrededor de un millón de páginas.
En el año 2001 se había publicado ya un primer informe provisional de la secuencia nucleotídica de todo el genoma humano. La secuencia se describió
como una “aproximación” porque cada segmento se secuenció un promedio de cuatro veces, lo cual no es suficiente para lograr una precisión
absoluta y muchas regiones que resultaron difíciles de secuenciar se excluyeron. Los primeros intentos para describir la secuencia genómica, es decir,
interpretar la secuencia en términos de la cantidad y el tipo de genes que codificaba, llevó a una sorprendente observación en relación con el número
de genes. Los investigadores concluyeron que el genoma humano contenía tal vez unos 30 000 genes codificadores de proteínas. Hasta que se
determinó su secuencia completa, se supuso que el genoma humano contenía quizá entre 50 000 y 150 000 genes diferentes.
La versión “terminada” de la secuencia del genoma humano se publicó en 2004, lo cual significó que (1) cada sitio se había secuenciado de siete a diez
veces para asegurar un alto grado de exactitud (de al menos 99.99%) y (2) que la secuencia contenía un número mínimo de huecos. Los espacios no
secuenciados que persistieron contienen regiones de los cromosomas (a menudo referidas como “materia oscura”) formadas en primera instancia
por largos fragmentos de DNA muy repetitivo, localizados sobre todo alrededor de los centrómeros de cada cromosoma. A pesar de los exhaustivos
esfuerzos, estas regiones han sido imposibles de clonar o sus secuencias no se han podido ordenar de manera correcta con la tecnología actual.
Pese a este notable logro en la secuenciación de nucleótidos, todavía se desconoce el número real de genes codificadores de proteínas en el genoma
humano. La identificación de genes mediante diversos programas computacionales (algoritmos) está plagada de dificultades y, en realidad, la
estimación previa de 30 000 genes humanos codificadores de proteínas sigue disminuyendo de manera continua, conforme siguen las
investigaciones. ¡Aunque para la mayoría de los biólogos ha resultado una sorpresa, las estimaciones actuales colocan la cifra en alrededor de 21 000!
Esto significa que en los humanos existe un número igual (aproximado) de genes codificadores de proteínas que en un gusano microscópico, cuyo
cuerpo en su totalidad (incluyendo el sistema nervioso y el resto de las estructuras) está formado por unas 1 000 células (fig. 10–28).4
FIGURA 10–28
Comparaciones genómicas. Entre los eucariotas cuyos genomas han sido secuenciados, la cantidad de genes que codifican proteínas (barras
azules) varía entre alrededor de 6 200 en la levadura y 57 000 en las manzanas; se piensa que los vertebrados poseen unos 20 000. (El alto número de
genes en una manzana refleja una duplicación relativamente reciente del genoma completo.) Es interesante en particular la observación de que
aparentes incrementos en la complejidad de los organismos no se reflejan en tremendos aumentos en el número de genes. Por ejemplo, ni 1) la
transición de eucariotas unicelulares, como las Clamydomonas, a los animales multicelulares más simples, las esponjas, ni 2) la transición de los
invertebrados a los vertebrados, va acompañada de importantes cambios en el número de genes codificadores de proteínas. Mientras que el número
estimado de genes codificadores de proteínas varía en un rango modesto entre eucariotas, la cantidad de DNA en un genoma (barras rojas) varía
ampliamente, alcanzando valores de 90 mil millones de pares de bases en algunas salamandras (el número real de genes para estos anfibios se
desconoce).
transición de eucariotas unicelulares, como las Clamydomonas, a los animales multicelulares más simples, las esponjas, ni 2) la transición de los
invertebrados a los vertebrados, va acompañada de importantes cambios en el número de genes codificadores de proteínas. Mientras que el número
estimado de genes codificadores de proteínas varía en un rango modesto entre eucariotas, la cantidad de DNA en un genoma (barras rojas) varía
Access Provided by:
ampliamente, alcanzando valores de 90 mil millones de pares de bases en algunas salamandras (el número real de genes para estos anfibios se
desconoce).
Es evidente a partir de estos datos que es imposible, como alguna vez se pensó, comprender la naturaleza de un organismo disponiendo sólo de una
lista de los genes que componen su genoma. Si las diferencias en la complejidad de los organismos no pueden justificarse por el número de genes
codificadores de proteínas en su genoma, ¿cómo pueden explicarse? En realidad no existe una respuesta adecuada a esa pregunta, pero pueden
listarse algunas posibilidades a considerar.
1. Como se describe en el capítulo 12, un solo gen puede codificar varias proteínas relacionadas como resultado de un proceso llamado corte y
empalme alternativos (sección 12.18). Varios estudios recientes sugieren que más de 90% de los genes humanos podría experimentar corte y
empalme alternativos, de manera que el número real de proteínas codificadas por el genoma humano es al menos varias veces mayor que el
número de genes que contiene. Es probable que surjan mayores diferencias entre los organismos cuando se exploren mejor estos y otros
mecanismos “intensificadores de genes”. Esta expectativa es consistente con las observaciones de que los genes de los vertebrados tienden a ser
más complejos (o sea, tienen más exones) que los de moscas y gusanos, y tienen mayor incidencia de corte y empalme alternativos.
2. Los biólogos moleculares dedicaron un esfuerzo enorme a estudiar los mecanismos que regulan la expresión génica. A pesar de ello, la
comprensión de estos procesos es muy limitada. Por ejemplo, se aprendió que más del 70% del genoma se transcribe a un conjunto
desconcertante de moléculas de RNA, y se sabe muy poco sobre lo que la mayoría de estos RNA hacen en la célula. Cada vez se fortalece más la idea
de que muchos de estos RNA tienen una función de regulación génica. También hay evidencia creciente de que el número y la diversidad de estos
RNA no codificadores pueden relacionarse con el nivel de complejidad de diferentes organismos. Por ejemplo, en un estudio reciente los
investigadores buscaron identificar el número de microRNA producidos por varios organismos. Como se explica en el siguiente capítulo, los
microRNA son unos de los ácidos ribonucleicos reguladores mejor estudiados. Se encontró que las esponjas expresan casi 10 microRNA distintos y
las anémonas marinas alrededor de 40. Esto se compara con los casi 150 identificados en gusanos y moscas de la fruta y con los al menos 1 000
descubiertos en los seres humanos. Esto no implica que la cantidad de microRNA sea el principal determinante de la complejidad morfológica, sino
que sugiere que falta mucho por aprender sobre la regulación génica antes de comprender las bases de la diversidad biológica.
3. En los últimos 10 años ha surgido una nueva área de estudio biológico (llamada biología de sistemas) que se enfoca en la manera en que las
proteínas trabajan juntas como redes complejas, en lugar de como actores individuales. En la figura 2–48 se presenta un ejemplo muy sencillo de
una red proteínica. Como las células producen miles de proteínas distintas, con grados variables de interacción, estas redes pueden volverse muy
complejas y dinámicas. Un aumento relativamente pequeño en el número de elementos que conforman una red, o un incremento en el tamaño y la
investigadores buscaron identificar el número de microRNA producidos por varios organismos. Como se explica en el siguiente capítulo, los
microRNA son unos de los ácidos ribonucleicos reguladores mejor estudiados. Se encontró que las esponjas expresan casi 10 microRNA distintos y
Access Provided by:
las anémonas marinas alrededor de 40. Esto se compara con los casi 150 identificados en gusanos y moscas de la fruta y con los al menos 1 000
descubiertos en los seres humanos. Esto no implica que la cantidad de microRNA sea el principal determinante de la complejidad morfológica, sino
que sugiere que falta mucho por aprender sobre la regulación génica antes de comprender las bases de la diversidad biológica.
3. En los últimos 10 años ha surgido una nueva área de estudio biológico (llamada biología de sistemas) que se enfoca en la manera en que las
proteínas trabajan juntas como redes complejas, en lugar de como actores individuales. En la figura 2–48 se presenta un ejemplo muy sencillo de
una red proteínica. Como las células producen miles de proteínas distintas, con grados variables de interacción, estas redes pueden volverse muy
complejas y dinámicas. Un aumento relativamente pequeño en el número de elementos que conforman una red, o un incremento en el tamaño y la
diversidad de dichas moléculas, podría aumentar mucho la complejidad de la red y por lo tanto, del organismo entero.
Podrían agregarse muchos otros factores a esta discusión, pero el punto general está claro: la diferencia aparente entre la complejidad de distintos
grupos de organismos multicelulares depende menos de la información genética que contiene el genoma que de la forma en que ésta se usa.
REVISIÓN
1. ¿Cuántos genes existen en el genoma humano? ¿Por qué los investigadores consideran este número tan sorprendente?
2. ¿Qué factores adicionales aparte del número de genes podría contribuir a la complejidad de los organismos?
4En la figura 10–28 también puede observarse que existe muy poca correlación entre el número de genes codificadores de proteínas y la cantidad total
de DNA en el genoma. Por ejemplo, en el pez globo, que tiene casi el mismo número de genes que otros vertebrados, el tamaño del genoma es de
alrededor de un octavo del propio ser humano. Se piensa que los antepasados del pez globo (a semejanza de muchos acantopterigios) tenían
genomas típicos del tamaño de los genomas de los vertebrados, lo cual demuestra que en un linaje se puede perder DNA “excesivo” durante la
evolución. En el otro extremo del espectro, el genoma de ciertas salamandras es unas 30 veces mayor que el del humano. El contraste en el tamaño del
genoma entre los vertebrados refleja una notable diferencia en el contenido de DNA no codificador muy repetitivo. Es poco clara la importancia
evolutiva de estas diferencias.
10.13 GENÓMICA COMPARATIVA: “SI SE CONSERVA, DEBE SER IMPORTANTE”
Considérense los hechos siguientes: (1) la mayor parte del genoma consiste en DNA que reside entre los genes y por lo tanto, representa al DNA
intergénico y (2) cada uno de los cerca de 21 000 genes humanos codificadores de proteínas consiste sobre todo en porciones no codificadoras (el
DNA de los intrones). Tomados en conjunto, estos hechos indican que la porción del genoma que codifica proteínas representa un pequeño
porcentaje (alrededor de 1.5%) del DNA total. La mayor parte del DNA intergénico y del intrónico del genoma no contribuye a las capacidades de
supervivencia y reproductivas de un individuo, de modo que no hay una presión selectiva que restrinja cambios en su secuencia. Como resultado, la
mayoría de las secuencias intergénicas y de los intrones tienden a cambiar con rapidez a medida que los organismos evolucionan. En otras palabras,
estas secuencias no tienden a conservarse. Sin embargo, aquellos segmentos del genoma que codifican secuencias proteínicas o que contienen
secuencias reguladoras que controlan la expresión génica (fig. 12–44) están sometidos a la selección natural. Ésta tiende a eliminar a los individuos
cuyo genoma contiene mutaciones en estos elementos funcionales.5 Como resultado, tales secuencias tienden a conservarse. Con base en estas
aseveraciones puede concluirse que la mejor manera de identificar secuencias funcionales consiste en comparar los genomas de diferentes tipos de
organismos.
A pesar del hecho de que los seres humanos y los ratones no comparten un ancestro común desde hace casi 75 millones de años, las dos especies
tienen genes similares, los cuales tienden a agruparse con un patrón muy parecido. Por ejemplo, el número y el orden de los genes de la globina
humana que se muestran en la figura 10–24 son en esencia similares a los del genoma del ratón. Como resultado, es una tarea muy simple alinear las
regiones correspondientes de los genomas de estos dos organismos. Por ejemplo, el cromosoma humano número 12 tiene una serie de segmentos en
los cuales cada porción corresponde, de manera regular, a un bloque de DNA de un cromosoma de ratón. El número del cromosoma de ratón que
contiene cada bloque se indica como sigue.
Incluso una revisión rápida de este dibujo revela los cambios drásticos en la estructura cromosómica que ocurren conforme la evolución genera
nuevas especies con el tiempo. Los bloques de genes que están presentes en el mismo cromosoma de una especie pueden separarse en una especie
subsiguiente. Con el tiempo, el número de cromosomas puede aumentar o disminuir conforme éstos se separan o se fusionan. Una estimación
sugiere que en las líneas murina y humana se han producido unos 180 fenómenos de separación y de fusión desde la época en que estos dos
mamíferos (actuales) compartían un antepasado común. Tales cambios en las posiciones de los genes tienen, por sí mismos, un efecto muy pequeño
en los fenotipos de los organismos, pero dejan huellas visuales claras del proceso evolutivo.
Access Provided by:
Incluso una revisión rápida de este dibujo revela los cambios drásticos en la estructura cromosómica que ocurren conforme la evolución genera
nuevas especies con el tiempo. Los bloques de genes que están presentes en el mismo cromosoma de una especie pueden separarse en una especie
subsiguiente. Con el tiempo, el número de cromosomas puede aumentar o disminuir conforme éstos se separan o se fusionan. Una estimación
sugiere que en las líneas murina y humana se han producido unos 180 fenómenos de separación y de fusión desde la época en que estos dos
mamíferos (actuales) compartían un antepasado común. Tales cambios en las posiciones de los genes tienen, por sí mismos, un efecto muy pequeño
en los fenotipos de los organismos, pero dejan huellas visuales claras del proceso evolutivo.
Cuando segmentos homólogos de los genomas humano y de ratón se alinean con base en sus secuencias de nucleótidos, se observa que cerca de 5%
de las secuencias de DNA está muy conservado entre ambas especies. Este es un porcentaje mucho más alto del que se esperaría al combinar las
regiones codificadoras de proteínas y las regiones reguladoras de genes (juntas representan cerca de 2% del genoma). Si se acepta uno de los
principios más importantes de la evolución molecular, que dice que “si algo se conserva, debe ser importante”, entonces puede interpretarse que
estos estudios indican que partes del genoma que se presumía eran secuencias no codificantes ni reguladoras “inútiles”, tienen en realidad una
función importante, pero no definida aún. Es indudable que algunas de estas regiones codifican moléculas de RNA con diversas funciones reguladoras
(que se revisan en las secciones 11.12 y 11.13). Es probable que otras tengan “funciones cromosómicas” en vez de “actividades genéticas”. Por
ejemplo, dichas secuencias conservadas podrían ser importantes para la formación de pares de cromosomas previa a la división celular. Cualquiera
que sea su función, estos elementos genómicos a menudo se localizan a gran distancia del gen más cercano e incluyen algunas de las secuencias más
conservadas que se hayan descubierto, lo que muestra la identidad virtual entre los genomas de los humanos, las ratas y los ratones.
Al comparar segmentos de los genomas de dos especies relacionadas de manera distante, como el humano y el ratón, es posible identificar regiones
muy conservadas durante decenas de millones de años. Sin embargo, este método no es capaz de reconocer las secuencias funcionales del genoma
humano que tienen un origen evolutivo más cercano. Por ejemplo, lo anterior puede incluir a genes presentes en el humano y ausentes en el ratón o a
regiones reguladoras que han variado su secuencia durante el curso evolutivo de los primates para permitir que se unan a nuevas proteínas
reguladoras. Se ha iniciado un esfuerzo concertado (llamado Proyecto ENCODE) para identificar todos los elementos funcionales presentes en el
genoma humano. Por desgracia, se carece del conocimiento necesario para reconocer muchos de estos componentes, lo que dificulta la tarea. Un
punto se ha esclarecido a partir de estudios recientes: un porcentaje significativo de las secuencias de DNA funcionales está en evolución constante,
por lo que no se conserva mucho. En otras palabras, si se limita la búsqueda a las secuencias muy conservadas, se corre el riesgo de pasar por alto
muchos de los elementos más importantes del genoma.
REVISIÓN
1. ¿Qué proporción del genoma humano se sabe que codifique proteínas? ¿Qué funciones podrían tener las regiones conservadas no
codificantes?
5Es posible reconocer dos caras opuestas de la selección natural. La selección negativa o purificadora mantiene (conserva) secuencias con funciones
importantes, porque los cambios reducen la probabilidad de que el individuo sobreviva y se reproduzca. Estas regiones del genoma evolucionan con
mayor lentitud que las secuencias no funcionales, cuyos cambios no tienen efecto en la aptitud del individuo y no están sometidas a los procesos de
selección natural (se dice que tales secuencias experimentan evolución neutra). En cambio, la selección positiva o darwiniana favorece la especiación y
la evolución al seleccionar cambios de secuencias que hacen que los individuos se adapten mejor a su ambiente y que por lo tanto, les dan mayores
probabilidades de sobrevivir y reproducirse. Estas regiones evolucionan más rápido que los segmentos no funcionales.
10.14 BASES GENÉTICAS DEL “SER HUMANO”
Al enfocarse en las secuencias conservadas, se tiende a aprender sobre las características que el ser humano comparte con otros organismos. Si se
desea comprender mejor la evolución biológica única del ser humano, es necesario ver más de cerca aquellas partes del genoma que lo distinguen de
otras especies. El chimpancé es el pariente vivo más cercano del ser humano, pues compartimos un ancestro común que vivió en una época tan
reciente como hace apenas cinco a siete millones de años. Se pensó que un análisis detallado de las diferencias que existen entre las secuencias de
DNA y la organización génica de ambas especies podría proporcionar gran información acerca de las bases genéticas de características surgidas en
forma reciente que hacen único al ser humano, como la marcha erguida, el uso avanzado de herramientas y el lenguaje. Estos últimos rasgos se han
rastreado hasta el cerebro humano, que tiene un volumen aproximado de 1 300 cm3 (unas cuatro veces el del cerebro del chimpancé).
En 2005 se publicó una versión preliminar del genoma del chimpancé. En términos generales, los genomas de ambos difieren en casi 4% (lo cual
significa decenas de millones de cambios), un nivel de divergencia mucho mayor que el esperado con base en estudios no definitivos. Si bien parte de
esta divergencia se debe a cambios de nucleótidos individuales entre los dos genomas, la mayor parte se atribuye a diferencias mayores, como
deleciones y duplicaciones de segmentos (véase la nota de: Duplicación y modificación de las secuencias de DNA).
Los investigadores han podido identificar cientos de genes en el linaje humano que evolucionan a un ritmo más rápido que la tasa neutra, al parecer
DNA y la organización génica de ambas especies podría proporcionar gran información acerca de las bases genéticas de características surgidas en
forma reciente que hacen único al ser humano, como la marcha erguida, el uso avanzado de herramientas y el lenguaje. Estos últimos rasgos se han
Access Provided by:
rastreado hasta el cerebro humano, que tiene un volumen aproximado de 1 300 cm3 (unas cuatro veces el del cerebro del chimpancé).
En 2005 se publicó una versión preliminar del genoma del chimpancé. En términos generales, los genomas de ambos difieren en casi 4% (lo cual
significa decenas de millones de cambios), un nivel de divergencia mucho mayor que el esperado con base en estudios no definitivos. Si bien parte de
esta divergencia se debe a cambios de nucleótidos individuales entre los dos genomas, la mayor parte se atribuye a diferencias mayores, como
deleciones y duplicaciones de segmentos (véase la nota de: Duplicación y modificación de las secuencias de DNA).
Los investigadores han podido identificar cientos de genes en el linaje humano que evolucionan a un ritmo más rápido que la tasa neutra, al parecer
en respuesta a la selección natural. Sin embargo, no está claro si alguno de éstos, en caso de que exista, contribuye a “hacernos humanos”. Algunos
de los genes de evolución más rápida codifican proteínas implicadas en la regulación de la expresión génica (factores de transcripción). Estos son
precisamente los tipos de genes que se esperaría que generaran mayores diferencias fenotípicas, porque pueden afectar la expresión de muchos
otros genes. De hecho, se supone que las diferencias entre los factores de transcripción del chimpancé y el ser humano son la causa de las diferencias
de expresión de las proteínas cerebrales. Lo anterior puede ilustrarse mediante la exploración minuciosa del factor de transcripción FOXP2, que es
específico del cerebro.
Una comparación de dicha proteína entre el humano y el chimpancé señala dos diferencias de aminoácidos que han aparecido en la línea humana
desde la separación a partir de su último antepasado común. Para valorar los efectos de las sustituciones mencionadas en la función de FOXP2 se
hicieron modificaciones en neuronas humanas que no poseían su propio gen FOXP2 para que expresaran la proteína del chimpancé o del humano.
Después se estudiaron las dos poblaciones neuronales en cultivo para valorar los efectos de las versiones alternas del factor de transcripción y se
observó que hubo un incremento o un decremento significativo en la regulación de más de 100 genes “efectores” en neuronas que expresaban el gen
humano FOXP2, en comparación con las que expresaban el factor de transcripción del chimpancé. Un aspecto interesante de este gen es que las
personas con mutaciones en su secuencia presentan graves trastornos del habla y lenguaje, además de incapacidad para realizar los movimientos
musculares finos de los labios y de la lengua que se necesitan para entablar la comunicación vocal. Ciertos cálculos sugieren que los cambios del “gen
del habla” que lo diferencian de la versión propia del chimpancé quedaron “fijos” en el genoma humano en los últimos 120 000 a 200 000 años, fecha
en que al parecer surgieron los seres humanos actuales (se dice que es fija una alteración de la secuencia de DNA si persiste en casi todos los
miembros de la especie). Los datos anteriores sugieren que es posible que los cambios del gen FOXP2 hayan intervenido en gran medida en la
evolución y el desarrollo del habla en humanos.
También se han descrito muchas otras diferencias entre las especies mencionadas, incluidas alteraciones en ciertos genes que parecen influir en el
desarrollo cerebral. Se sabe que uno de los genes de esta última categoría, llamado SRGAP2, se ha duplicado en humanos, pero no en chimpancés ni
otros primates. Además de una versión parental completa de SRGAP2, los humanos tienen tres copias truncadas adicionales, resultado de fenómenos
de duplicación génica parcial ocurridos entre 1 000 y 3 500 millones de años atrás. Los experimentos que usan modelos de ratón y cultivos celulares
mostraron que la expresión de uno de estos duplicados truncados, llamado SRGAP2C, puede dimerizarse con la proteína parental SRGAP2 y anular su
actividad. Como resultado, las neuronas mostraron un aumento drástico en el número de espinas dendríticas (una parte de la neurona que recibe
mensajes de las neuronas circundantes), lo que podría haber contribuido al tamaño del cerebro humano con respecto al de sus familiares primates.
Otro gen importante codifica la amilasa salival, una enzima que sirve para digerir el almidón. Los chimpancés tienen una dieta relativamente baja en
almidón y tienen en su genoma una sola copia del gen que codifica la amilasa 1 (AMY1) (fig. 10–29a). Durante la evolución de los seres humanos, ha
ocurrido una aparente selección para aumentar el número de copias del gen AMY1, lo que ha dado lugar a una mayor concentración de la enzima en la
saliva humana. Podría predecirse que dicha acentuación en la concentración de amilasa se habría alcanzado durante la evolución por un incremento
en la expresión del único gen AMY1 existente en el genoma, pero en este caso particular se debió a la duplicación génica. Como se observa en la figura
10–29b, y se explica en la sección siguiente, el número de copias del gen en cuestión es variable y tiende a ser mayor en las poblaciones humanas que
ingieren más almidón en su dieta.
FIGURA 10–29
Duplicación del gen de amilasa durante la evolución humana. En los resultados representados aquí, un par de cromosomas homólogos de un
chimpancé a) o un ser humano b) se ha hibridado con sondas de color rojo y verde que se unen a diferentes porciones del gen AMY1. Este gen codifica
la enzima amilasa salival que digiere el almidón. Los números de copias del gen AMY1 en cada cromosoma se revelan por la cantidad de veces que se
repiten las sondas fluorescentes. El chimpancé tiene una copia del gen AMY1 en cada cromosoma (es decir, una copia por genoma), mientras que los
seres humanos tienen varias copias. La cantidad de copias del gen varía dentro del genoma humano, como se ilustra aquí, por el hecho de que uno de
los dos cromosomas homólogos de este individuo tiene 4 copias del gen y el otro cromosoma homólogo tiene 10 copias. Este es un ejemplo de una
variación en el número de copias (Variación estructural). Por otra parte, el número de copias del gen AMY1 en los genomas de una población humana
determinada tiende a correlacionarse con la cantidad de almidón en la dieta de esa población. Esta correlación sugiere con fuerza que el número de
copias del gen AMY1 ha sido influido por la selección natural.
repiten las sondas fluorescentes. El chimpancé tiene una copia del gen AMY1 en cada cromosoma (es decir, una copia por genoma), mientras que los
seres humanos tienen varias copias. La cantidad de copias del gen varía dentro del genoma humano, como se ilustra aquí, por el hecho de que uno de
los dos cromosomas homólogos de este individuo tiene 4 copias del gen y el otro cromosoma homólogo tiene 10 copias. Este es un ejemplo de una
Access Provided by:
variación en el número de copias (Variación estructural). Por otra parte, el número de copias del gen AMY1 en los genomas de una población humana
determinada tiende a correlacionarse con la cantidad de almidón en la dieta de esa población. Esta correlación sugiere con fuerza que el número de
copias del gen AMY1 ha sido influido por la selección natural.
FUENTE: Tomada de George H. Perry, et al. Cortesía de Nathaniel J. Dominy. Nature Gen 2007;39:1257. Reproducido con autorización de
Macmillan Publishers Ltd.
Uno de los planteamientos más interesantes en el área de la evolución humana es el de las posibles relaciones que existieron entre el humano
“moderno” (p. ej., Homo sapiens), y otras especies “humanas” (p. ej., miembros arcaicos del género Homo, extintos en la actualidad). Se piensa que
los primeros humanos de la especie actual (anatómicamente modernos) evolucionaron al inicio en África hace unos 200 000 años. Sin embargo, el
Homo sapiens no constituye el único miembro del género Homo que habitó la tierra en dicho periodo. Los neandertales y los descubiertos en fecha
más reciente, los Denisovanos vivieron en Europa hace unos 35 000 años, miles de años después de que llegaran los humanos modernos a dicho
continente. Según se piensa, las tres especies compartieron algunas regiones en el Medio Oriente durante un periodo incluso anterior. Dichos seres
habitaron áreas similares y guardaban gran semejanza anatómica, razón por la cual los paleontólogos se han preguntado si: (1) las diferentes especies
se aparearon entre sí o (2) los humanos modernos reemplazaron a otras especies sin aparearse con ellos. Para esclarecer tal duda se necesita
información detallada sobre las diferencias en las secuencias de DNA entre los humanos modernos y los humanos arcaicos.
Algunos investigadores, desde finales del decenio de 1990, han creado técnicas cada vez más modernas para aislar y establecer secuencias de
fragmentos de DNA mitocondrial (mtDNA, mitochondrial DNA) de fósiles de neandertales. En los fósiles es más fácil el análisis del mtDNA que del DNA
nuclear, porque cada célula contiene muchas copias del primero y su tamaño es mucho menor. Los resultados de los estudios en cuestión sugirieron
que la secuencia del mtDNA de neandertales era lo suficientemente diferente de la del humano moderno como para concluir que tal especie se
extinguió sin contribuir con material genético al genoma mitocondrial del humano actual. En otras palabras, las dos especies no se entrecruzaron y,
además, no compartieron un antepasado común en al menos 300 000 años.
En 2010, Svante Pääbo et al., del Max Planck Institute de Alemania, ensamblaron una secuencia completa, en términos relativos, del genoma nuclear
del Neandertal. Concluyeron que el genoma de éste y el del humano moderno son 99.84% idénticos. Por ejemplo, los neandertales tuvieron el mismo
alelo FOXP2 (que se expuso en párrafos anteriores) que los humanos modernos, lo que permitió deducir que también tenían capacidad de lenguaje
verbal. Además, los datos de la comparación detallada de los genomas nucleares de dichas especies sugieren que, en promedio, de 1% a 4% del DNA
de individuos europeos y asiáticos modernos proviene de los neandertales. Muchos de los genes derivados de esta última subespecie contribuyen al
reconocimiento de patógenos por parte del sistema inmunitario. Poseer dichos genes quizá sirvió como un mecanismo de protección de los primeros
humanos contra enfermedades a las que habían estado expuestos los Neandertales. En cambio, los genomas de personas africanas no muestran
extinguió sin contribuir con material genético al genoma mitocondrial del humano actual. En otras palabras, las dos especies no se entrecruzaron y,
además, no compartieron un antepasado común en al menos 300 000 años.
Access Provided by:
En 2010, Svante Pääbo et al., del Max Planck Institute de Alemania, ensamblaron una secuencia completa, en términos relativos, del genoma nuclear
del Neandertal. Concluyeron que el genoma de éste y el del humano moderno son 99.84% idénticos. Por ejemplo, los neandertales tuvieron el mismo
alelo FOXP2 (que se expuso en párrafos anteriores) que los humanos modernos, lo que permitió deducir que también tenían capacidad de lenguaje
verbal. Además, los datos de la comparación detallada de los genomas nucleares de dichas especies sugieren que, en promedio, de 1% a 4% del DNA
de individuos europeos y asiáticos modernos proviene de los neandertales. Muchos de los genes derivados de esta última subespecie contribuyen al
reconocimiento de patógenos por parte del sistema inmunitario. Poseer dichos genes quizá sirvió como un mecanismo de protección de los primeros
humanos contra enfermedades a las que habían estado expuestos los Neandertales. En cambio, los genomas de personas africanas no muestran
signos de alguna contribución por parte de los neandertales, por lo cual se infiere que éstos y los humanos modernos se entrecruzaron en algún
punto cronológico y topográfico después de que los humanos modernos habían salido de África y antes de que éste se dispersara en Europa y Asia.
Los datos recientes del genoma completo de otros individuos de Neanderthal y uno denisovano confirmaron la presencia de un grado infrecuente de
cruzamiento entre las tres especies Homo durante el Pleistoceno tardío. Los datos en cuestión han preparado el terreno para especulaciones muy
interesantes en cuanto al árbol filogenético del ser humano. Según datos de algunos investigadores que conciben que un número de especies
humanas compartieron el planeta en los últimos 100 000 años o más, la población actual podría describirse como la de los “últimos humanos que
sobrevivieron”.
Esta sección se ha enfocado en las diferencias genómicas existentes entre los seres humanos y otros primates, puesto que éste es el tema del presente
capítulo. Tal vez resulte evidente, por la naturaleza limitada de esta explicación, que los investigadores todavía no progresan mucho en la
identificación de las bases genéticas de lo que hace al humano serlo. Muchos investigadores piensan que gran parte de la atención en este campo se
ha orientado a modificaciones en las secuencias que codifican proteínas. En cambio, ellos plantean que los cambios en la regulación de la expresión
génica han intervenido de manera decisiva en la evolución humana, pero es difícil precisar cuáles de ellos tuvo una importancia real.
REVISIÓN
1. ¿Qué tan similares son el genoma humano y el del chimpancé? Proporcione ejemplos de cambios genéticos que pudieron haber conducido a los
cambios en el fenotipo entre los humanos y los chimpancés.
10.15 VARIACIÓN GENÉTICA DENTRO DE LA POBLACIÓN HUMANA
No hay en el mundo dos personas exactamente iguales, porque no existen dos individuos, aparte los gemelos idénticos, que tengan la misma
información genética. El genoma humano que se secuenció en el “Proyecto Genoma Humano” original, provenía en su mayor parte de un solo varón.
Desde que se completó la secuencia, se ha puesto mucha atención al modo en que ésta varía en la población humana. Los polimorfismos genéticos
son sitios en el genoma que cambian de un individuo a otro. Dicho término suele referirse a una variante génica que se presenta en cuando menos 1%
de la población de una especie. El concepto de polimorfismo genético comenzó con el descubrimiento, hecho en 1900 por el médico austriaco Karl
Landsteiner, de que las personas podrían tener cuando menos tres tipos sanguíneos alternos, A, B u O. Como se expone en la figura 4.12, el tipo de
sangre se determina por diferentes alelos de un gen que codifica una enzima que transfiere azúcar.
Variación de la secuencia de DNA
El tipo más común de variabilidad genética en seres humanos se presenta en sitios del genoma en los que ocurren conmutaciones de nucleótidos
individuales entre los miembros de la población. Cuando se encuentran al menos en 1% de la población, estos sitios se denominan polimorfismos
de nucleótidos individuales (SNP, single nucleotide polymorphisms). La vasta mayoría de los SNP (conocidos como “snips”) existen como dos
alelos alternos, por ejemplo, A o G. Se piensa que la mayor parte de estos polimorfismos surgió por una sola mutación durante el transcurso de la
evolución humana y que éstos son compartidos por individuos con un ancestro común. Se han identificado los SNP que ocurren con mayor frecuencia
mediante la comparación de secuencias de DNA de los genomas de cientos de individuos diferentes de diversas poblaciones étnicas. En promedio, dos
genomas humanos elegidos al azar tienen cerca de tres millones de diferencias en nucleótidos individuales, o un SNP cada mil pares de bases. Aunque
esto podría parecer un número grande, significa que los seres humanos son 99.9% similares entre sí, en promedio, con respecto a la secuencia de
nucleótidos.
Los proyectos recientes a gran escala que emplean métodos de secuenciación de última generación, como el proyecto 1000 Genomas (que publicó los
genomas completos de 1092 individuos de distintas poblaciones geográficas), han informado un número alto sorprendente de variantes de
nucleótidos individuales (SNV, singlenucleotide variants) raras que ocurren en menos del 0.5% de la población. Los cálculos actuales sugieren que
cada persona porta más de 100 variantes de nucleótidos individuales raras en su exoma (la parte del genoma que codifica proteína). Los
investigadores postularon la hipótesis de que el gran número de SNV observadas en las poblaciones humanas modernas se debe al crecimiento
poblacional explosivo, casi tres órdenes de magnitud en 400 generaciones; esto es tan reciente que la selección natural no ha tenido tiempo de
“extraer” las mutaciones nocivas. Se considera que es esta magnitud de variación genética la principal causa de la variabilidad fenotípica y la
vulnerabilidad a la enfermedad observadas en los seres humanos. En la sección “Perspectiva humana” de este capítulo, se trata el impacto de las
nucleótidos.
Los proyectos recientes a gran escala que emplean métodos de secuenciación de última generación, como el proyecto 1000 Genomas (que publicó los
Access Provided by:
genomas completos de 1092 individuos de distintas poblaciones geográficas), han informado un número alto sorprendente de variantes de
nucleótidos individuales (SNV, singlenucleotide variants) raras que ocurren en menos del 0.5% de la población. Los cálculos actuales sugieren que
cada persona porta más de 100 variantes de nucleótidos individuales raras en su exoma (la parte del genoma que codifica proteína). Los
investigadores postularon la hipótesis de que el gran número de SNV observadas en las poblaciones humanas modernas se debe al crecimiento
poblacional explosivo, casi tres órdenes de magnitud en 400 generaciones; esto es tan reciente que la selección natural no ha tenido tiempo de
“extraer” las mutaciones nocivas. Se considera que es esta magnitud de variación genética la principal causa de la variabilidad fenotípica y la
vulnerabilidad a la enfermedad observadas en los seres humanos. En la sección “Perspectiva humana” de este capítulo, se trata el impacto de las
variaciones de la secuencia del genoma en la práctica de la medicina.
Variación estructural
Como se ilustra en la figura 10–30a, algunos segmentos de genoma pueden cambiar como resultado de duplicaciones, deleciones, inserciones,
inversiones (cuando un fragmento de DNA se encuentra con orientación invertida) y otros fenómenos. Estos cambios casi siempre afectan segmentos
de DNA cuya longitud oscila entre miles y millones de pares de bases. Por su gran tamaño, estos tipos de polimorfismos se denominan variantes
estructurales, y apenas comienzan a comprenderse la magnitud y la importancia de su presencia.
FIGURA 10–30
Variantes estructurales. a) Representación esquemática de los principales tipos de polimorfismos genómicos que implican un segmento
significativo de un cromosoma (p. ej., de miles de pares de bases). La mayoría de estos polimorfismos son demasiado pequeños para ser detectados
por el examen microscópico de los cromosomas, pero se descubren cuando se determina el número y/o la ubicación cromosómica de los genes
individuales. b) A la izquierda hay un cromosoma humano normal #9 y, a la derecha, un cromosoma #9 que contiene una gran inversión que incluye el
centrómero del cromosoma (flecha). Esta inversión, que es claramente visible a través del microscopio, está presente en 1–3% de la población.
FUENTE: De Charles Lee. Nature Gen 2005;37:661. Reproducido con autorización de Macmillan Publishers Limited.
Desde los primeros días del análisis microscópico de los cromosomas se sabe que aun entre las personas saludables, la estructura cromosómica varía.
En la figura 10–30b se muestra un ejemplo de una inversión cromosómica común cuya existencia se conoce desde hace más de 30 años. Estudios
recientes revelan que las variantes estructurales de tamaño intermedio (demasiado pequeñas para verse al microscopio y muy grandes para
detectarse con facilidad mediante análisis de secuenciación ordinarios) son mucho más comunes de lo que se pensaba. Según una estimación, el
típico genoma humano tiene cerca de 1 000 variantes estructurales cuya longitud oscila entre 500 y 1.3 millones de bases (Mb). Aunque estas cifras
muestran diferencias extraordinarias, no hay duda de que la fracción del genoma (es decir, el número total de pares de bases) afectada por variación
estructural es mayor que la alterada por SNP. Como consecuencia, la variación estructural posee un efecto notable en la diversidad fenotípica que se
observa entre los humanos.
Variación en el número de copias
Como se explica en la figura 10–19, la técnica de identificación mediante perfiles de DNA depende de diferencias en la longitud de secuencias
minisatélite, lo que a su vez depende del número de copias de la secuencia presente en sitios particulares de los cromosomas. Este es un ejemplo de
una variación en el número de copias (CNV, copy number variation). Hallazgos recientes revelaron que CNV mucho más grandes (>1 000 bases)
también son frecuentes en la población humana y que afectan a cerca de 10% a 15% del genoma, incluyendo una gran cantidad de genes que codifican
proteínas. Estas CNV de gran tamaño son un tipo de variación estructural que se produce por una duplicación o una deleción de un segmento del DNA.
Gracias a estas variaciones, muchas personas portan copias adicionales de uno o más genes que codifican proteínas fisiológicas importantes. Por lo
observa entre los humanos.
Access Provided by:
Variación en el número de copias
Como se explica en la figura 10–19, la técnica de identificación mediante perfiles de DNA depende de diferencias en la longitud de secuencias
minisatélite, lo que a su vez depende del número de copias de la secuencia presente en sitios particulares de los cromosomas. Este es un ejemplo de
una variación en el número de copias (CNV, copy number variation). Hallazgos recientes revelaron que CNV mucho más grandes (>1 000 bases)
también son frecuentes en la población humana y que afectan a cerca de 10% a 15% del genoma, incluyendo una gran cantidad de genes que codifican
proteínas. Estas CNV de gran tamaño son un tipo de variación estructural que se produce por una duplicación o una deleción de un segmento del DNA.
Gracias a estas variaciones, muchas personas portan copias adicionales de uno o más genes que codifican proteínas fisiológicas importantes. Por lo
general, las copias adicionales de genes se relacionan con la producción excesiva de una proteína, lo cual puede alterar el delicado equilibrio
bioquímico que existe dentro de una célula. Por ejemplo, una cantidad considerable de personas que desarrollan enfermedad de Alzheimer de inicio
temprano tienen copias adicionales del gen APP, que codifica la proteína que se considera causante de la enfermedad (Sección 2.13). El tema ha
generado controversias, pero hay un consenso cada vez mayor entre los investigadores de que las personas con autismo o esquizofrenia tienen un
número mayor de lo normal de CNV raros en su genoma. Algunos de los genes afectados por dichas variaciones participan en la formación de sinapsis
y otros fenómenos neurológicos. En algunos casos, las copias adicionales de un gen pueden ser provechosas, como ocurre con la duplicación repetida
del gen de la amilasa (AMY1), que se ha encontrado en ciertas poblaciones humanas que consumen abundante almidón en su dieta (fig. 10–29b). La
figura 10–29b también muestra un excelente ejemplo de una CNV, debido a que indica el número de genes AMY1 en ambas copias de los cromosomas
homólogos de una persona. Puede verse que un cromosoma contiene sólo cuatro réplicas del gen AMY1, mientras su homólogo posee 10.
REVISIÓN
1. Describa tres tipos diferentes de polimorfismos genéticos en los humanos. ¿Cuál es el más frecuente?
10.16 PERSPECTIVA HUMANA
Aplicación de los análisis genómicos a la medicina
En las décadas pasadas, más de 1000 genes se han identificado como causa de enfermedades hereditarias poco comunes. En casi todos los casos, el
gen que provoca la enfermedad en estudio se identificó mediante ensayos genéticos de vinculación tradicionales. Tales análisis comienzan con la
localización de varias familias cuyos integrantes presentan una gran frecuencia desproporcionada de alguna enfermedad particular. La dificultad
inicial es determinar cuál es la región alterada del genoma que comparten todos los integrantes de la familia. Cuando se reconocen la región
vinculada con el trastorno y el gen afectado, el DNA de este segmento se aísla y se obtiene el gen mutante. Este tipo de procedimiento genético es
accesible para genes con una alta penetrancia, es decir, genes cuya forma mutante virtualmente garantiza que todos los individuos portadores
desarrollarán la patología. Por ejemplo, el gen mutado en la enfermedad de Huntington (sección 10.9) posee una penetrancia muy alta. Además,
ningún otro defecto del genoma causa esta enfermedad. Se dice que los genes con gran penetrancia cumplen las leyes de herencia mendeliana, y se
han identificado más de 3 000 de ellos.
La mayor parte de los padecimientos comunes que afectan a la especie humana (como el cáncer, las cardiopatías, la enfermedad de Alzheimer, la
diabetes, el asma, autismo, depresión y varias enfermedades relacionadas con el envejecimiento) tiene un componente genético, el cual se dice que
tiende a presentarse en las familias. Sin embargo, a diferencia de las anomalías hereditarias (como la enfermedad de Huntington), no existe un solo
gen ligado al padecimiento. En cambio, se sabe que numerosos genes se relacionan con el riesgo de padecer la enfermedad y cada uno de ellos
realiza una pequeña contribución a la probabilidad general de desarrollar el trastorno. Además, factores no genéticos (p. ej., causas ambientales)
modifican el desarrollo del trastorno. Así, la posibilidad de desarrollar diabetes se incrementa de manera notoria en sujetos que tienen aumento
considerable de peso, o bien, el riesgo de desarrollar cáncer de pulmón se eleva con el tabaquismo. Uno de los objetivos de la comunidad médica
dedicada a la investigación es identificar los genes que contribuyen al desarrollo de estas enfermedades comunes, pero complejas en términos
genéticos.
Debido a su baja penetrancia, la mayor parte de los genes que incrementan el riesgo de desarrollar afecciones comunes no puede identificarse a
través de estudios de vinculación familar.a En cambio, se encuentran mejor analizando la ocurrencia de enfermedad en grandes poblaciones. Para
efectuar este tipo de investigación, los científicos comparan los genotipos de individuos que tienen la enfermedad específica con los de individuos
de antecedentes étnicos similares no afectados. El objetivo es descubrir un nexo (o correlación) entre un trastorno particular, como la diabetes, y
polimorfismos genéticos comunes. La utilidad potencial de este método se ilustra por el descubrimiento a principios del decenio de 1990 de un
fuerte nexo entre un alelo común del gen que codifica la lipoproteína ApoE y la probabilidad de desarrollar la enfermedad de Alzheimer. En estos
estudios se observó que individuos con cuando menos una copia del alelo APOE4, tienen mayor probabilidad de desarrollar esta enfermedad
neurodegenerativa incapacitante que las personas que carecen de él. Tales descubrimientos abrieron una rama importante de investigación sobre
CAPÍTULO 10: Naturaleza de los genes y el genoma,
los vínculos que existen entre el metabolismo del colesterol, la salud cardiovascular y la enfermedad de Alzheimer.
Page 56 / 61
Como lo sugiere su nombre, los estudios de asociación del genoma completo (G W A S, genomewide association studies) buscan
relaciones entre una enfermedad y polimorfismos que podrían localizarse en cualquier parte del genoma. Para esto es necesario determinar la
través de estudios de vinculación familar.a En cambio, se encuentran mejor analizando la ocurrencia de enfermedad en grandes poblaciones. Para
efectuar este tipo de investigación, los científicos comparan los genotipos de individuos que tienen la enfermedad específica con los de individuos
de antecedentes étnicos similares no afectados. El objetivo es descubrir un nexo (o correlación) entre un trastorno particular, como la diabetes, y
Access Provided by:
polimorfismos genéticos comunes. La utilidad potencial de este método se ilustra por el descubrimiento a principios del decenio de 1990 de un
fuerte nexo entre un alelo común del gen que codifica la lipoproteína ApoE y la probabilidad de desarrollar la enfermedad de Alzheimer. En estos
estudios se observó que individuos con cuando menos una copia del alelo APOE4, tienen mayor probabilidad de desarrollar esta enfermedad
neurodegenerativa incapacitante que las personas que carecen de él. Tales descubrimientos abrieron una rama importante de investigación sobre
los vínculos que existen entre el metabolismo del colesterol, la salud cardiovascular y la enfermedad de Alzheimer.
Como lo sugiere su nombre, los estudios de asociación del genoma completo (G W A S, genomewide association studies) buscan
relaciones entre una enfermedad y polimorfismos que podrían localizarse en cualquier parte del genoma. Para esto es necesario determinar la
secuencia de nucleótidos de grandes partes del genoma de todos los sujetos que participan en el estudio. Los GWAS se realizan bajo la premisa de
que las enfermedades comunes son causadas por variantes comunes, es decir, que están presentes en 1% o más de la población. Si una variante
“patógena” aparece con menor frecuencia, no la detectarán análisis de este tipo. Como se mencionó antes, los tipos más comunes de variabilidad
genética en seres humanos son los SNP, que están distribuidos casi de manera uniforme en todo el genoma. Es probable que muchos de los
polimorfismos mencionados que modifican la especificidad codificadora de un gen, o la regulación de su expresión, tengan un cometido
importante en la susceptibilidad del humano a enfermedades complejas. Como el costo de determinar el genotipo de muestras de DNA humano ha
disminuido en grado notable, los investigadores comenzaron a analizar los genomas de grandes cantidades de personas para identificar los SNP
que se presentan más a menudo en sujetos afectados por una enfermedad específica que en individuos sanos. Incluso si los SNP identificados no
son la causa directa de la enfermedad, sirven como marcadores genéticos de un locus cercano que pudiera serlo. Estos principios están bien
ilustrados por un GWAS, publicado en 2005, sobre la degeneración macular relacionada con la edad (AMD, agerelated macular degeneration), que
es la principal causa de ceguera en los ancianos. Al inicio, los investigadores compararon 96 casos de AMD con 50 testigos, en busca de un nexo
entre la enfermedad y más de 100 000 SNP que se habían identificado en el genotipo de los sujetos. Encontraron una fuerte relación entre la
enfermedad y un SNP común presente dentro del intrón (región no codificadora) de un gen llamado CFH, que interviene en procesos inmunitarios e
inflamatorios. Los homocigotos para este SNP tuvieron 7.4 veces mayor riesgo de sufrir la enfermedad. Una vez que identificaron un vínculo entre
esta región del genoma y la AMD, determinaron la secuencia del gen CFH completo en 96 individuos. Encontraron que el SNP que habían
identificado tenía un vínculo estrecho con un polimorfismo dentro de la región codificadora del gen CFH que coloca una histidina en un sitio
particular de la proteína. Otros alelos de la proteína CFH que no se relacionaban con riesgo de sufrir AMD tenían una tirosina en esta posición. Tales
observaciones constituyen pruebas adicionales de que la inflamación es un factor subyacente en el desarrollo de la patología en cuestión y señalan
un objetivo bien definido en la búsqueda de tratamientos.
En los últimos años se han realizado numerosos GWAS. En muchos de estos estudios se exploró el genoma de miles de individuos y los resultados
se confirmaron en análisis independientes de poblaciones separadas de casos y testigos. Estos ensayos se volvieron prácticos con la disponibilidad
de chips producidos en forma comercial, que incluyen cientos de miles de fragmentos de DNA que contienen los SNP más frecuentes en la
población humana. Los investigadores pueden incubar la matriz con el DNA de un individuo y determinar en poco tiempo cuáles de los posibles
SNP se encuentran en cada localización genómica de la muestra. Una vez que se identifica que un SNP particular se vincula con una enfermedad en
especial, los investigadores pueden buscar un gen probable en la región del genoma que explique tal asociación o vínculo (consúltense los
comentarios sobre haplotipos en los párrafos siguientes). Además, es posible recolectar los datos generados por diferentes estudios sobre una
enfermedad particular, lo cual amplía el tamaño de las muestras y confiere mayor poder estadístico para identificar las variantes “patógenas”.
Como resultado de los GWAS, ahora se cuenta con listas de genes y de sitios no codificadores que regulan la expresión génica, para los cuales
algunos alelos o variantes incrementan la posibilidad de que una persona desarrolle varias enfermedades, incluidas cardiopatías, enfermedad de
Crohn, diabetes de tipos 1 y 2 y algunas clases de cáncer.
Cuando los investigadores comenzaron a realizar dichos estudios de relación, se esperaba que éstos revelaran información nueva sobre las bases
de enfermedades frecuentes al descubrir genes de los que antes no se hubiera sospechado su participación en trastornos particulares. Los
productos de tales genes podrían convertirse en objetivos de nuevos tratamientos farmacológicos, tal como la identificación de la importancia de
los genes de la HMG CoA reductasa y del receptor para LDL en la hipercolesterolemia familiar (sección 8.18) condujo al desarrollo de las estatinas
reductoras del colesterol. Aunque los GWAS todavía no conducen a la creación de nuevos fármacos, han descubierto mecanismos y vías
importantes implicados en el desarrollo de muchas enfermedades frecuentes. Para citar sólo un ejemplo, varios de los alelos de susceptibilidad
que contribuyen a la diabetes tipo 2 codifican proteínas que funcionan en las células secretoras de insulina en el páncreas, lo que ha enfocado
mayor atención en la disfunción de estas células durante el desarrollo de dicha enfermedad. (Los lectores interesados en explorar los resultados de
tales estudios pueden consultar la página de internet www.snpedia.com, un sitio de fácil acceso.)
Aunque gracias a los GWAS se han identificado cientos de variantes genéticas comunes que contribuyen a docenas de enfermedades frecuentes,
también han decepcionado a muchos genetistas clínicos. Desde hace muchos años se conoce el grado en que la herencia contribuye a la
susceptibilidad general para desarrollar las enfermedades más frecuentes. Esta medida se ha obtenido sobre todo de la comparación de la
incidencia de una enfermedad determinada en miembros de la misma familia con la frecuencia en la población general. Cuando se examinan los
resultados de GWAS recientes, casi todos los “alelos de susceptibilidad” que se han identificado causan sólo un pequeño aumento en el riesgo de
desarrollar una enfermedad particular, casi siempre menos de 1.5 veces la probabilidad sin el alelo. Si se agrega el riesgo elevado que tendría una
persona si portara todos los alelos de susceptibilidad identificados para una enfermedad particular, como la enfermedad de Crohn o la diabetes de
mayor atención en la disfunción de estas células durante el desarrollo de dicha enfermedad. (Los lectores interesados en explorar los resultados de
tales estudios pueden consultar la página de internet www.snpedia.com, un sitio de fácil acceso.)
Access Provided by:
Aunque gracias a los GWAS se han identificado cientos de variantes genéticas comunes que contribuyen a docenas de enfermedades frecuentes,
también han decepcionado a muchos genetistas clínicos. Desde hace muchos años se conoce el grado en que la herencia contribuye a la
susceptibilidad general para desarrollar las enfermedades más frecuentes. Esta medida se ha obtenido sobre todo de la comparación de la
incidencia de una enfermedad determinada en miembros de la misma familia con la frecuencia en la población general. Cuando se examinan los
resultados de GWAS recientes, casi todos los “alelos de susceptibilidad” que se han identificado causan sólo un pequeño aumento en el riesgo de
desarrollar una enfermedad particular, casi siempre menos de 1.5 veces la probabilidad sin el alelo. Si se agrega el riesgo elevado que tendría una
persona si portara todos los alelos de susceptibilidad identificados para una enfermedad particular, como la enfermedad de Crohn o la diabetes de
tipo 2, la probabilidad obtenida no justifica la contribución conocida de la genética en el desarrollo de dicho padecimiento. En otras palabras, hay
una gran “heredabilidad faltante” que todavía no se descubre. Al inicio, se pensó que gran parte de los factores heredados por descubrir consistían
en variaciones estructurales (véase párrafos antes), las cuales no son detectables en estudios de asociación que dependen de SNP. Sin embargo,
conforme han surgido técnicas para mapear las variantes estructurales del genoma humano, la noción anterior ahora parece poco probable.
Muchos factores podrían ser responsables del hecho de que todavía no se descubra la mayor parte de los elementos genéticos de riesgo para
enfermedades frecuentes. Por ejemplo, es posible que muchos alelos comunes contribuyan con un riesgo tan pequeño (p. ej., que tienen una
penetrancia muy baja) que no se han detectado en los GWAS. Si esto resulta ser cierto, la identificación de tales variables de penetrancia baja podría
tener poco valor práctico. En el otro extremo de la escala, es posible que haya una gran cantidad de alelos muy raros que eleven en gran medida el
riesgo de desarrollar una enfermedad (o sea, con una penetrancia moderada). Sin embargo, como son poco comunes (p. ej., con una frecuencia de
0.1 a 1%), dichos alelos también podrían haber pasado desapercibido en los GWAS actuales. Otra explicación de que haya factores hereditarios no
identificados es un fenómeno llamado epistasis, el cual implica que la presencia de un alelo particular en un locus puede modificar la expresión de
otro alelo en un locus distinto. En otras palabras, los genes interactúan entre sí y por ello los investigadores tal vez tengan que considerar la
participación de combinaciones específicas de alelos como elementos determinantes de fenotipos específicos. Es demasiado difícil determinar los
efectos que tienen variantes individuales sobre el desarrollo de una enfermedad particular, sin intentar cuantificar los efectos de combinaciones de
éstas.
A pesar de las dificultades actuales, es posible que un día se pueda determinar si una persona tiene predisposición genética para desarrollar una
enfermedad particular tan sólo con la identificación de los nucleótidos que existen en posiciones clave de su genoma. La información sobre la
variación genética también podría indicar la forma en la que las personas reaccionarán a un fármaco particular; es decir, si es probable que se
beneficien con él, que experimenten efectos secundarios graves, o ambos. Por citar un ejemplo, los individuos que portan un alelo con dos SNP
específicos que codifica la enzima TPMT son incapaces de metabolizar una clase de tiopurinas, que se usan con frecuencia para tratar algún tipo de
leucemia infantil. Los homocigotos para este alelo tienen un riesgo muy alto de desarrollar una supresión potencialmente letal de la médula ósea
cuando reciben dosis normales de dichos fármacos. La mayoría de las enfermedades pueden tratarse con varios medicamentos alternos, así que la
elección apropiada de éstos es un aspecto importante de la práctica de la medicina. La industria farmacéutica espera que, al final, los datos sobre
los SNP conduzcan a una era de “tratamiento farmacológico a la medida”, que permita a los médicos prescribir medicamentos específicos en dosis
particulares ajustadas a cada paciente individual, según su perfil genético. Es posible que esta época haya comenzado con la reciente aprobación
por la FDA del uso de un chip con DNA integrado, que permite a los médicos inspeccionar el material genético de un paciente a fin de determinar
cuáles variantes de dos genes de citocromo P450 distintos posee. Estos genes ayudan a determinar la eficiencia con la que una persona metaboliza
diversos fármacos, que van desde analgésicos y antidepresivos de venta sin prescripción médica hasta antiácidos.
El uso de los datos de los SNP en estudios de asociación supone un reto formidable, debido al impresionante número de estos polimorfismos en el
genoma. Al estudiar la distribución de los SNP en diferentes poblaciones humanas, los investigadores hicieron un descubrimiento que puede
simplificar en gran medida estos estudios de relación: grandes bloques de SNP se han heredado como una unidad en el curso de la evolución
humana reciente. De acuerdo con la visión actual, los segmentos de SNP se han retenido juntos en el genoma en muchas generaciones debido a la
recombinación genética (p. ej., entrecruzamiento) que no ocurre de manera aleatoria a lo largo del DNA, como se explicó en la discusión del mapeo
de genes (al inicio del capítulo). En cambio, hay segmentos cortos de DNA (1–2 kb) en los que es probable que ocurra recombinación y también
existen bloques de DNA entre estos “puntos activos” que tienen baja frecuencia de recombinación. Como resultado, ciertos bloques de DNA (casi
siempre de unos 20 kb de longitud) tienden a permanecer intactos porque se heredan de una generación a otra. Estos bloques se conocen como
haplotipos. Los haplotipos se asemejan a “alelos gigantes multigénicos”; si se selecciona un sitio específico en un cromosoma particular, existe
sólo un limitado número de haplotipos alternativos que pueden hallarse en esta región (fig. 1). Cada uno de éstos está definido por un pequeño
número de SNP (llamados “SNP marcadores”) en dicha región del genoma. Una vez que se ha determinado la identidad de un puñado de SNP
marcados dentro de un haplotipo, se conoce la identidad completa de éste.
En 2002, unos 25 grupos de investigadores comenzaron un trabajo en colaboración, llamado “Proyecto internacional HapMap”, encaminado a
identificar y localizar (“mapear”) los diversos haplotipos que existen en la población humana. El HapMap contendría todos los haplotipos comunes
(es decir, localizados en cuando menos 5% de la población) presentes a lo largo de cada uno de los 24 cromosomas humanos en 270 miembros de
cuatro poblaciones distintas en términos étnicos. El proyecto finalizó en 2006 y dio por resultado la publicación de un HapMap constituido con base
en más de cuatro millones de SNP marcadores, distribuidos de manera uniforme en todo el genoma. Ahora que el HapMap está disponible, los
sólo un limitado número de haplotipos alternativos que pueden hallarse en esta región (fig. 1). Cada uno de éstos está definido por un pequeño
número de SNP (llamados “SNP marcadores”) en dicha región del genoma. Una vez que se ha determinado la identidad de un puñado de SNP
Access Provided by:
marcados dentro de un haplotipo, se conoce la identidad completa de éste.
En 2002, unos 25 grupos de investigadores comenzaron un trabajo en colaboración, llamado “Proyecto internacional HapMap”, encaminado a
identificar y localizar (“mapear”) los diversos haplotipos que existen en la población humana. El HapMap contendría todos los haplotipos comunes
(es decir, localizados en cuando menos 5% de la población) presentes a lo largo de cada uno de los 24 cromosomas humanos en 270 miembros de
cuatro poblaciones distintas en términos étnicos. El proyecto finalizó en 2006 y dio por resultado la publicación de un HapMap constituido con base
en más de cuatro millones de SNP marcadores, distribuidos de manera uniforme en todo el genoma. Ahora que el HapMap está disponible, los
investigadores deben poder identificar nexos entre una enfermedad específica y un haplotipo dado. El análisis de los HapMaps también ha
suministrado datos sobre los orígenes y las migraciones de las poblaciones humanas y aportó información valiosa de los factores que han
moldeado al genoma humano. Esto lo ilustra el siguiente ejemplo. El que un adulto pueda beber leche o no sin síntomas gastrointestinales (es
decir, que sea tolerante a la lactosa) depende de cuáles alelos del gen de la lactasa porte en su genoma. La tolerancia a dicho azúcar se vincula con
un haplotipo de longitud inusual que contiene un alelo del gen de la lactasa, el cual se expresa de manera persistente en la edad adulta. Este
haplotipo en particular está presente con alta frecuencia en comunidades europeas, que han tenido una larga historia de crianza de animales
lecheros, y es raro encontrarlo en la mayor parte de las poblaciones subsaharianas y del sudeste asiático, que históricamente no han criado dichos
animales. Su alta frecuencia entre europeos sugiere que este haplotipo particular estuvo bajo intensa presión selectiva positiva en poblaciones que
dependían de productos lácteos para su nutrición. Este haplotipo individual tiene más de un millón de bases de longitud, lo cual indica que no ha
estado junto como bloque el tiempo suficiente para que el entrecruzamiento haya tenido oportunidad de romperlo en fragmentos más pequeños.
De hecho, se estima que estuvo sujeto a fuerte presión selectiva hace unos 5 000 a 10 000 años, la época en la que se cree que apareció la cría de
hatos lecheros. Es interesante señalar que varias poblaciones del este de África que participan en la producción de lácteos también tienen
expresión persistente de lactasa. Las mutaciones causantes del fenotipo tolerante a la lactosa de estos individuos son distintas a las encontradas en
los europeos, lo que indica que el rasgo evolucionó de manera independiente en ambos grupos y representa un buen ejemplo de evolución
convergente en el linaje humano.
Tan celebrado como fue el éxito del HapMap en 2006, algunos genetistas reconocieron que el HapMap era un recurso temporal hasta cuando la
secuenciación de alto rendimiento del genoma completo fuera más accesible. Se calcula que el Proyecto Genoma Humano, que reunió los
esfuerzos de más de 1000 investigadores que trabajaron por varios años y condujo a la primera secuencia del genoma humano, tuvo un costo
cercano a 1 000 millones de dólares. Para 2014, el precio de la secuenciación de un genoma humano completo había caído a $1 000. Esta drástica
reducción en el costo y el esfuerzo se volvió posible por el desarrollo de una nueva generación de métodos para determinar las secuencias del DNA.
Ahora hay esfuerzos de secuenciación a gran escala en proceso que usan estas nuevas tecnologías. Una colaboración internacional llamada 1 000
Genomes Project comenzó en 2008 para comparar las secuencias del genoma completo de al menos 1 000 individuos. Para 2014, el equipo había
secuenciado al y publicado las secuencias genómicas completas de 1 092 individuos de 14 poblaciones. Los investigadores comenzaron a extraer
estos datos genómicos para identificar variantes en el genoma que pudieran contribuir a la enfermedad humana. Un nuevo esfuerzo de
secuenciación a gran escala, llamado Genomic Sequencing and Newborn Screening Disorders Project, se lanzó en 2013. Este proyecto busca
completar los genomas completos de 1 500 recién nacidos para investigar cómo puede mejorarse la detección neonatal de enfermedades. Un
hecho importante es que también se asignaron fondos para estudios que exploran los aspectos éticos, legales y sociales alrededor de la
secuenciación del genoma, problemas que probablemente se someterán a un intenso debate los próximos años, cuando la secuenciación del
genoma se vuelva más frecuente.
Otro avance sustancial en años recientes fue la capacidad para secuenciar un genoma con cantidades diminutas de DNA plantilla inicial. Estas
técnicas han permitido a algunos investigadores lograr una hazaña impresionante: secuenciar un genoma completo a partir de una sola célula. Con
base en numerosos estudios, queda claro que existe una variabilidad genómica considerable de una célula a otra, tanto en tejidos sanos como en
los enfermos. Por ejemplo, la progresión de ciertos cánceres se ha atribuido a la acumulación de varias mutaciones específicas en las células
tumorales con el paso del tiempo. Los estudios genómicos de células individuales son muy prometedores para proporcionar una imagen detallada
de los cambios genéticos que ocurren en las células tumorales que al final podrían conducir a las innovaciones en el tratamiento y prevención.
FIGURA 1
El genoma se divide en bloques (haplotipos). La línea de la parte superior muestra un segmento hipotético de DNA que contiene una serie de
SNP (cada SNP se indica con un círculo relleno). Este segmento en particular consta de cinco haplotipos separados por tramos cortos de DNA que son
altamente variables. Cada haplotipo se presenta como un pequeño número de variantes. De cada haplotipo que aquí se muestra, existen entre tres y
seis variantes diferentes. Cada variante de haplotipo se caracteriza por un conjunto específico de SNP, indicado por los círculos de colores. Todos los
SNP de una variante de haplotipo particular se dibujan con el mismo color, para indicar que se heredan como grupo, y se encuentran juntos en
diferentes miembros de la población. Cada persona que se representa en la parte inferior de la ilustración tiene una combinación particular de
haplotipos en cada uno de sus dos cromosomas. Algunas variantes de haplotipos se encuentran en muchos grupos étnicos diferentes; otras tienen
una distribución más restringida.
El genoma se divide en bloques (haplotipos). La línea de la parte superior muestra un segmento hipotético de DNA que contiene una serie de
SNP (cada SNP se indica con un círculo relleno). Este segmento en particular consta de cinco haplotipos separados por tramos cortos de DNA que son
altamente variables. Cada haplotipo se presenta como un pequeño número de variantes. De cada haplotipo que aquí se muestra, existen entre tres y
Access Provided by:
seis variantes diferentes. Cada variante de haplotipo se caracteriza por un conjunto específico de SNP, indicado por los círculos de colores. Todos los
SNP de una variante de haplotipo particular se dibujan con el mismo color, para indicar que se heredan como grupo, y se encuentran juntos en
diferentes miembros de la población. Cada persona que se representa en la parte inferior de la ilustración tiene una combinación particular de
haplotipos en cada uno de sus dos cromosomas. Algunas variantes de haplotipos se encuentran en muchos grupos étnicos diferentes; otras tienen
una distribución más restringida.
a No todos los genes involucrados en enfermedades comunes tienen una penetrancia baja. La enfermedad de Alzheimer, por ejemplo, se presenta con
mayor frecuencia en personas que tienen ciertos alelos APP (sección 2.13) y la incidencia de cáncer de mama es alta en personas que tienen ciertos
alelos BRCA (sección 16.8). Aunque estos tipos de polimorfismos poco comunes de alta penetrancia no tienen una participación esencial en el
desarrollo de la mayor parte de los casos para cualquiera de estas enfermedades.
PREGUNTAS ANALÍTICAS
1. ¿En qué habrían diferido los resultados de Mendel si dos de los siete rasgos estudiados los codificaran genes situados uno cerca del otro en uno de
los cromosomas de una planta de guisantes?
2. Sutton pudo suministrar datos visuales de la ley de segregación de Mendel. ¿Por qué era imposible para él confirmar o refutar la ley de la
permutación independiente de Mendel?
3. Los genes X, Y y Z se localizan en el mismo cromosoma. Registre en un mapa sencillo el orden y la distancia relativa entre ellos a partir de los datos
siguientes:
Frecuencia de entrecruzamiento Entre estos genes
36% XZ
10% YZ
26% XY
4. Alelos situados sobre extremos opuestos de un cromosoma tienen tal probabilidad de separarse durante el entrecruzamiento que pueden hacerlo
de manera independiente. ¿Cómo es posible determinar mediante cruzamiento genético si estos dos genes pertenecen al mismo grupo ligado?,
¿cómo podría establecerse esto mediante la hibridación de ácidos nucleicos?
5. ¿En qué punto de la figura 10–18 se observaría la renaturalización del DNA que codifica al RNA ribosómico? Suponga que se tiene una preparación
pura de fragmentos de DNA cuyas secuencias codifican RNA ribosómico. Trácese la renaturalización de este DNA superpuesta a la curva del DNA
total mostrada en la figura 10–18.
6. Cerca de 5% del genoma humano actual está formado por duplicaciones de segmentos que han evolucionado en los pasados 35 millones de años.
¿Cómo se supone que los investigadores sean capaces de estimar cuándo se duplicó una región particular de un cromosoma?
4. Alelos situados sobre extremos opuestos de un cromosoma tienen tal probabilidad de separarse durante el entrecruzamiento que pueden hacerlo
de manera independiente. ¿Cómo es posible determinar mediante cruzamiento genético si estos dos genes pertenecen al mismo grupo ligado?,
¿cómo podría establecerse esto mediante la hibridación de ácidos nucleicos? Access Provided by:
5. ¿En qué punto de la figura 10–18 se observaría la renaturalización del DNA que codifica al RNA ribosómico? Suponga que se tiene una preparación
pura de fragmentos de DNA cuyas secuencias codifican RNA ribosómico. Trácese la renaturalización de este DNA superpuesta a la curva del DNA
total mostrada en la figura 10–18.
6. Cerca de 5% del genoma humano actual está formado por duplicaciones de segmentos que han evolucionado en los pasados 35 millones de años.
¿Cómo se supone que los investigadores sean capaces de estimar cuándo se duplicó una región particular de un cromosoma?
7. En la sección 10.11 se revisa que al menos dos tercios del genoma humano deriva de elementos transponibles. El número real podría ser mucho
mayor, pero es imposible hacer una determinación aproximada del origen de muchas otras secuencias. ¿Por qué cree que es difícil hacer
asignaciones sobre el origen de muchas de las secuencias en el genoma humano?
8. Suponga que se dispone de dos soluciones de DNA, una de cadena sencilla y otra de doble cadena, con absorbancia de luz ultravioleta equivalente.
¿Cuáles deberían ser las concentraciones de DNA de estas dos soluciones?
9. ¿Qué patrón de marcado se esperaría después de la hibridación in situ entre cromosomas mitóticos y el RNA mensajero de mioglobina etiquetado?
¿Qué patrón se observaría entre los mismos cromosomas y el DNA de la histona etiquetado?
10. Si 30% de las bases de una cadena sencilla de DNA es T, entonces 30% de las bases de las cadenas es A. ¿Esto es cierto o falso?, ¿por qué?
11. ¿Es correcta la afirmación según la cual la Tm representa la temperatura en la cual 50% de las moléculas de DNA en una solución es de cadena
única?
12. Asuma que se encuentra un primate con un gen de β globina con una sola secuencia interpuesta. ¿Es posible que este animal haya evolucionado
de un ancestro primitivo que se separó de otros animales antes de la aparición del segundo intrón?
13. En 1996 se publicó un informe en la revista Lancet sobre el nivel de expansión de trinucleótidos en el DNA de donadores de sangre. Estos
investigadores encontraron que el nivel de expansión de los trinucleótidos disminuyó en grado significativo con la edad. Explique las causas de
estos hallazgos.
14. Suponga que se busca un SNP específico en el genoma, donde la mitad de la población tiene una adenina (A) y la otra mitad tiene una guanina (G).
¿Existe alguna manera de determinar cuáles de estas variantes estaban presentes en seres humanos ancestrales y cuáles se hicieron frecuentes
durante la evolución humana?
15. Observe las figuras 10–24 y 10–29. La disposición de genes mostrada en la primera evolucionó durante cientos de millones de años, mientras que
la de la segunda figura evolucionó a lo largo de miles de años. Explique las variaciones probables para la evolución futura de los genes humanos
para la amilasa.

CAPÍTULO 10 - Naturaleza de Los Genes y El Genoma

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

CAPÍTULO 10 - Naturaleza de Los Genes y El Genoma

Cargado por

Información del documento

Título original

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

CAPÍTULO 10 - Naturaleza de Los Genes y El Genoma

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

Universidad

Rasgo Alelo dominante Alelo recesivo

Altura Alto Enano

Color de semilla Amarillo Verde

Forma de la semilla Redonda Angular (arrugada)

Color de la flor Púrpura Blanco

Posición de la flor A lo largo del tallo En las puntas del tallo

Color de la vaina Verde Amarillo

Forma de la vaina Inflada Restringida

También podría gustarte