TEMA 1.

FUNDAMENTOS DE QUÍMICA.
- Las biomoléculas son las moléculas que forman parte de los seres vivos y son
exclusivas de ellos.
- Las macromoléculas son moléculas grandes, que pueden ser o no de origen
biológico.

LEYES QUÍMICAS FUNDAMENTALES

- Principio de conservación de la masa (Ley de Lavoisier). La masa total de los
reactivos es igual a la masa total de los productos. La materia ni se crea ni se
destruye, solo se transforma.
- Ley de la proporción constante (Ley de Proust). Cuando dos o más elementos
o compuestos se combinan para formar un mismo compuesto, lo hacen en una
proporción en peso constante.
- Ley de las proporciones múltiples (Ley de Dalton). Las cantidades de un mismo
elemento que se combinan con una cantidad fija de otro para formar varios
compuestos, están en la relación de los números enteros.
- Ley de las proporciones equivalentes (Ley de Ritcher-Wenzel). Las masas de
dos elementos diferentes que se combinan con una misma cantidad de un
tercer elemento, guardan la misma relación que las masas de aquellos
elementos cuando se combinan entre sí.

PROPIEDADES DEL ÁTOMO

Partícula Gramos Masa Culombios Carga Símbolo

relativa relativa
(uma)

Electrón 9.109382 · 0.000549 -1.60 · 10^-19 -1 e-

10^-28

Protón 1.672622 · 1.007276 +1.60 · 10^-19 +1 p+

10^-24

Neutrón 1.674927 · 1.008665 0 0 nº

10^-24

- Número atómico (Z) es el número de protones (igual al de electrones).

- Número másico (A) es el número de protones más neutrones (peso atómico).
- Unidad de masa atómica (uma): 1 uma es la 1/12 parte de la masa de un átomo
de C con 6 protones y 6 neutrones. Un mol de una sustancia es la cantidad en
gramos de dicha sustancia que coincide con el peso atómico (o molecular) de
dicha sustancia. Un mol siempre contiene 6.023 ·10^23 partículas (átomos o
moléculas), (número de Avogadro).
- Un átomo se caracteriza por Z. Así pues, todo átomo con tres protones
siempre será litio (L). ¿Por qué se define por el número de protones y no el de
electrones o el de neutrones? Debido a la existencia de iones (cationes y
aniones): Li+ es litio.
- Isótopos: Átomo que pertenece al mismo elemento químico que otro, tiene su
mismo número atómico, pero distinta masa atómica. Los isótopos tienen el
mismo número de protones que los átomos normales, pero diferente número
6 7
de neutrones: 3 𝐿𝑖 3 𝐿𝑖

ORBITALES ATÓMICOS
Número cuántico Valores posibles Información

n (nc principal) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 Define la energía del

nivel principal.
Distancia media de los
electrones al núcleo.

l (nc secundario) 0, …, n-1 Define la energía de los

subniveles. Geometría
de los orbitales.

m (nc magnético) -l, …, +l Orientación de los

orbitales en los
subniveles.

s (nc de spin) +½, -½ Sentido de giro de los

electrones.

n l m s

1 0 0 +½, -½

2 0, 1 -1, 0, +1 +½, -½

3 0, 1, 2 -2, -1, 0, +1, +2 +½, -½

4 0, 1, 2, 3 -3, -2, -1, 0, +1, +2, +3 +½, -½

... ... ... ...

- El último elemento de cada periodo tiene completo su último nivel de energía

y se denominan gases nobles.
- Elementos más comunes en seres vivos: Hidrógeno, sodio, potasio, magnesio,
calcio, manganeso, hierro, cobalto, níquel, cobre, zinc, boro, carbono,
nitrógeno, oxígeno, flúor, silicio, fósforo, azufre, cloro, selenio y yodo.

LOS ELEMENTOS SE COMBINAN Y FORMAN MOLÉCULAS

- Un elemento es más estable cuanto más se aproxima a una configuración
electrónica en que sus orbitales estén completos. Salvo casos excepcionales,
los átomos tienden a asociarse formando moléculas o agregados atómicos. La
unión entre los átomos se establece a través de enlaces químicos, y estos
nuevos agregados poliatómicos (moléculas) se comportan como unidades
elementales de nuevas sustancias.
- La configuración electrónica de cada elemento es la que va a determinar su
reactividad. Los electrones de las últimas capas, que ocupan los niveles de
mayor energía, son los que van a participar en las reacciones químicas y se
conocen como electrones de valencia.
- Electronegatividad: es la tendencia de los átomos de atraer hacia sí el par de
electrones compartido. Cuanto mayor sea el número de electrones en la última
capa, más fácil será completar su última capa y por tanto, estos átomos serán
más electronegativos.
- Cuando los átomos que reaccionan poseen una elevada electronegatividad,
el enlace se forma porque ambos elementos comparten sus electrones de
valencia hasta completar su última capa: este tipo de enlace, denominado
covalente, es el principal en las moléculas biológicas.
- Enlace covalente coordinado o dativo: el par de electrones compartido
procede exclusivamente de uno de los átomos, mientras que el otro aporta un
orbital vacío. Un átomo aporta un “par solitario” (par de electrones sin enlace
en su nivel más externo:O, N…) y el otro debe aportar un orbital vacío (PE:
protón: H+).
- Enlace covalente polar: cuando dos átomos de electronegatividades muy
diferentes forman un enlace covalente, los electrones no son compartidos en
igual medida por los dos átomos, de forma que serán atraídos con más fuerza
por el más electronegativo. El átomo más electronegativo presenta mayor
densidad de carga negativa y el otro adquiere una densidad de carga positiva,
un dipolo.

ORBITALES HÍBRIDOS. LA TETRAVALENCIA DEL CARBONO

- Para los elementos del segundo periodo de la tabla periódica (C, N, O…) los
orbitales s y p de la última capa están tan próximos en su nivel de energía que
pueden interaccionar formando orbitales híbridos que combinan caracteres
de ambos orbitales. Estos orbitales híbridos consiguen que el elemento forme
el mayor número de enlaces posible, mientras que mantienen la mayor
distancia posible entre ellos para minimizar las fuerzas de repulsión. Los
orbitales híbridos formados por carbono son los más estudiados y explican la
naturaleza de sus enlaces con otras moléculas.

LAS INTERACCIONES DÉBILES DETERMINAN LA FUNCIÓN DE LA MOLÉCULA

- La suma de muchas fuerzas débiles en la posición correcta, hará que la unión
sea altamente específica y fuerte. Base de mecanismos biológicos.

Puentes de H

INTERACCIONES Electrostáticas
DÉBILES Puentes salinos

Fuerzas de van der

Waals

Hidrofóbicas

- Puente de H. Un átomo de H, unido covalentemente a un átomo

electronegativo, es atraído por un átomo electronegativo de un grupo vecino
a una distancia y en una orientación óptima.
- Puente salino (enlace iónico). Los iones con cargas opuestas pueden
establecer interacciones de tipo electrostático. También entre grupos
funcionales de las biomoléculas (débiles por solvatación con agua).
- Fuerzas de van der Waals. Interacciones muy débiles y temporales entre
átomos o moléculas no polares. También son interacciones de tipo carga-
carga, pero dependen de la distancia entre los átomos. Son “dipolos
temporales” (dipolos inducidos), solo en el momento en el que el electrón de un
átomo se acerca o aleja del átomo con el que está enlazado. Este tipo de
dipolos temporales se están formando continuamente entre moléculas en
solución. Su constante movimiento y redistribución de los electrones en la
molécula produce cambios complicados y fluctuantes en su atracción o
repulsión. Existen tres tipos:
● Dipolo-dipolo: entre moléculas polares.
● Dipolo-dipolo inducido: polar + apolar.
● Fuerzas de london: enlace entre moléculas apolares en las que existen
dipolos transitorios.
- Interacciones hidrofóbicas. No presentan naturaleza electrostática, se dan
entre moléculas y grupos funcionales no polares. La unión se basa únicamente
en la imposibilidad que tiene la molécula hidrofóbica de interaccionar con el
agua. La fuerza que mantiene unidas a las moléculas apolares o hidrofóbicas
se basa en la tendencia de expulsar el agua de su entorno, debido a su
repulsión (insolubilidad) con los grupos polares del agua.
- Las moléculas anfipáticas son las que tienen un extremo hidrofílico y otro
hidrófobo.

TERMODINÁMICA
-Primera ley: La energía se conserva. U, energía interna, es la suma de todas
las energías del interior del sistema (cinética, gravitatoria, elástica, etc.) La
entalpía es el calor contenido por el sistema, refleja el número y tipo de enlaces
químicos entre los reactivos y los productos. Exotérmico:
Hproductos < Hreactivos.
Endotérmico: Hproductos > Hreactivos.
ENTROPÍA
- Segunda ley: Los procesos espontáneos se caracterizan por la conversión de
orden en desorden (cantidad de formas energéticamente equivalentes en que
pueden acomodarse los componentes de un sistema). 𝑆 = 𝐾𝑏 · 𝑙𝑛𝑊 (Kb =
1.38065·10^-23 J/K, constante física que relaciona la temperatura absoluta y la
energía). El ordenamiento más probable de un sistema es aquel que maximiza
W, y por lo tanto, S. 𝛥𝑆 𝑠𝑖𝑠𝑡𝑒𝑚𝑎 + 𝛥𝑆 𝑒𝑛𝑡𝑜𝑟𝑛𝑜 = 𝛥𝑆 𝑢𝑛𝑖𝑣𝑒𝑟𝑠𝑜 > 0. Todos los procesos
aumentan la entropía (el desorden) en el universo.
- Energía libre de Gibbs. Cantidad de energía capaz de desarrollar trabajo
durante un reacción y a temperatura y presión constantes 𝛥 < 𝑔 = 𝛥𝐻 − 𝑇𝛥𝑆.
𝛥𝐺>0 (exergónico), 𝛥𝐺<0 (endergónico).

ENERGÍA LIBRE
- Energía libre de Gibbs: Cantidad de energía capaz de desarrollar trabajo
durante una reacción a temperatura y presión constante.

𝛥𝐻 𝛥𝑆 𝛥𝐺 = 𝛥𝐻 − 𝑇𝛥𝑆

- + - La reacción es favorecida tanto en lo que respecta a la entalpía

(exotérmica) como a la entropía y es espontánea (exergónica) a
cualquier temperatura.

- - - La reacción es favorecida en lo que respecta a la entalpía, pero

desfavorecida por la entropía y es espontánea sólo en presencia
de una temperatura inferior a 𝑇 = 𝛥𝐻/𝛥𝑆

+ + - La reacción es desfavorecida en lo que respecta a la entalpía

(endotérmica), pero favorecida por la entropía. Es espontánea
sólo en presencia de una temperatura superior a 𝑇 = 𝛥𝐻/𝛥𝑆

+ - - La reacción es desfavorecida tanto por la entalpía como por la

entropía y no es espontánea (endergónica) a todas las
temperaturas.

- El cambio de energía libre de una reacción química depende de la

concentración de los reactantes y de los productos de la reacción.
 [𝐶]𝑐 [𝐷]𝑑 0′ + 𝑅𝑇𝑙𝑛
[𝐶]𝑐 [𝐷]𝑑
𝑎𝐴 + 𝑏𝐵 ↔ 𝑐𝐶 + 𝑑𝐷 𝐾𝑒𝑞 = 𝛥𝐺 = 𝐴𝐺 𝛥𝐺 0′ = −𝑅𝑇𝑙𝑛𝐾′𝑒𝑞
[𝐴]𝑎 [𝐵]𝑏 [𝐴]𝑎 [𝐵]𝑏
- Condiciones estándar: 1M, pH=7, 1 atm y 25ºC.

EL AGUA: EL MEDIO DE LA VIDA.

EQUILIBRIOS ÁCIDO-BASE Y OXIDACIÓN-REDUCCIÓN

- Puentes de H: 10-40 kJ/mol
- Enlace O-H molecular: 463 kJ/mol
- Disociación del agua:
● 𝐻2 𝑂 ↔ 𝐻 + (𝑝𝑟𝑜𝑡ó𝑛) + 𝑂𝐻 − (ℎ𝑖𝑑𝑟𝑜𝑥𝑖𝑙𝑜)
● 𝐻2 𝑂 + 𝐻2 𝑂 ↔ 𝐻3 𝑂+ (𝑖ó𝑛 ℎ𝑖𝑑𝑟𝑜𝑛𝑖𝑜) + 𝑂𝐻 −
- Velocidad de disociación: 𝐾1 [𝐻2 𝑂]
- Velocidad de formación: 𝐾2 [𝐻 + ][𝑂𝐻 − ]
- Equilibrio de la reacción: las v de formación y disociación se igualan:
● 𝐾1 [𝐻2 𝑂]=𝐾2 [𝐻 + ][𝑂𝐻− ]
𝑘 [𝐻 + ][𝑂𝐻 − ]
● 𝐾𝑒𝑞 = 𝑘 1 = [𝐻2 𝑂]
2
- 𝐾𝑤 de disociación del agua: 𝐾𝑤 = 𝐾𝑒𝑞 [𝐻2 𝑂] = [𝐻 + ][𝑂𝐻 − ]
−7
- En el agua pura a 25ºC: [𝐻 + ] = [𝑂𝐻 − ] = 10 𝑀
- El agua no disociada es muy grande (55.5M) y permanece prácticamente
inalterada, su valor se incluye en la constante, que pasa a llamarse producto
iónico del agua (𝐾𝑤 ).

DEFINICIÓN DE ÁCIDOS Y BASES

- Lewis: Una base es una sustancia con un par de electrones disponibles para
formar un enlace covalente dativo, mientras que un ácido es una molécula en
la que existe un átomo capaz de aceptar un par de electrones ya que posee un
orbital externo libre.
- Bronsted Lowry: Un ácido es una sustancia que puede ceder un protón y una
base es aquella que puede aceptar un protón al reaccionar con un ácido.
Cuando el ácido pierde el protón se convierte en una sustancia que tiende a
recuperarlo y, por ese motivo, esta segunda forma se denomina su base
conjugada. De igual forma, una base que capta un protón tendrá tendencia a
perderlo y, por tanto, tendrá carácter ácido.

- 𝑝𝐻 = −𝑙𝑜𝑔[𝐻 + ]
- 𝑝𝑂𝐻 = −𝑙𝑜𝑔[𝑂𝐻 − ]
- 𝑝𝐻 + 𝑝𝑂𝐻 = 14
REGULACIÓN DEL pH
- Los tampones son sistemas acuosos que tienden a amortiguar los cambios
que se producen en el pH, cuando se añaden pequeñas cantidades de ácido
(H+) o de base (OH-).
- Constituidos por un ácido débil y su base conjugada, o bien por una base
débil y su ácido conjugado. Cuando la concentración de ambas especies es
similar el sistema tiene una gran capacidad amortiguadora. En esta situación,
cualquier aumento de la concentración de H+ podrá ser absorbida por la base
conjugada, y si se incrementa la concentración de OH-, será el ácido débil del
sistema tampón quien ceda un protón al medio que neutralice el ión hidroxilo.

ECUACIÓN DE HENDERSON-HASSELBALCH
HA↔H+ + A-
[𝐻+][𝐴−] [𝐴−]
𝐾𝑎 = → 𝑝𝐻 = 𝑝𝐾𝑎 + 𝑙𝑜𝑔
[𝐻𝐴] [𝐻𝐴]
- El pKa se encuentra siempre en un intervalo entre -1 y +1.
- Los aminoácidos también tienen curvas de titulación y pKs, con enorme
importancia funcional.

REACCIONES REDOX: OXIDACIÓN - REDUCCIÓN

- Son reacciones de transferencia de electrones. Mediante la oxidación se
pierden electrones, y mediante la reducción se ganan electrones.
- Perspectiva bioquímica: Durante el proceso de oxidación se desprende
energía. El metabolismo se encarga de transformar y almacenar esa energía
en compuestos reducidos que la célula usa como fuente de energía.
Especies reactivas de oxígenos (ROS) y estrés oxidativo.
- ROS: Peróxidos (R-O-O-R; H2O2), superóxido (O2-), radical hidroxilo (-OH), etc.
Se producen como subproductos del metabolismo y pueden tener importante
función señalizadora. Existe una gran variedad de sistemas de defensa
antioxidante, tanto enzimáticos como no enzimáticos.

CONCEPTOS BÁSICOS DE LA QUÍMICA DE LOS COMPUESTOS ORGÁNICOS

QUÍMICA DEL CARBONO

- La tetravalencia del átomo de carbono le permite efectuar enlaces simples,
dobles o triples, con otros átomos de carbono. Los hidrocarburos pueden ser
ramificados.
- Hidrocarburos:
● Alifáticos: No tienen anillo bencénico.
● Aromáticos: Contienen anillo bencénico.
- Las fórmulas pueden ser empíricas, moleculares, estructurales
(semidesarrolladas [se omiten algunos enlaces, como los C-H] o desarrolladas
[se representan todos los enlaces entre los átomos de la molécula, cada uno
se representa por una línea] o tridimensionales.

GRUPOS FUNCIONALES
- Los hidrocarburos son poco reactivos debido a que los enlaces C-C son poco
polares y estables. El O y N aportan reactividad a las moléculas orgánicas. Los
compuestos orgánicos están constituidos por una cadena hidrocarbonada y
una agrupación característica de átomos con enlaces polares o múltiples, que
introducen un “punto reactivo” en la molécula.

Número de enlaces que puede formar. Número de electrones

en su capa más externa.

H 1 1

O 2 6

N 3 5

C 4 4
ISOMERÍA
- Se denominan isómeros a los compuestos que tienen la misma fórmula
molecular pero difieren en su estructura, por lo que sus propiedades físicas y
químicas difieren en mayor ó menor medida. Compuestos con los mismos
átomos pero distinto patrón de enlaces (idéntica fórmula molecular pero
distinta fórmula estructural). La quiralidad es la propiedad de un objeto de no
ser superponible con su imagen especular. Los enantiómeros poseen idénticas
propiedades químicas y físicas, diferenciándose únicamente en su actividad
óptica.
REACTIVIDAD DE LAS MOLÉCULAS BIOLÓGICAS.
- Nucleófilos (atracción por el núcleo). Son grupos ricos en electrones, pueden
tener carga neta negativa, pares de electrones solitarios o densidad
electrónica típica de los dobles enlaces. Atacan a centros electrófilos.
- Electrófilos (atracción por los electrones). Son grupos que carecen de
electrones en su capa de valencia. Son atacados por nucleófilos.