Curso Bioinformática I Departamento Académico de Ciencias Celulares y Moleculares

2023-I LABORATORIO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR

PRÁCTICA 1 – MANEJO DE BASE DE DATOS BIOLÓGICOS

SECCIÓN 1: TRABAJO PRESENCIAL

CREAR UNA CUENTA EN MY NCBI
1. Visitaremos la página web del NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Click en Log in to
NCBI en la esquina superior derecha.

2. Click en Google Account e ingresar con su correo de Google.

3. Haga click en My NCBI databases e ingrese “pnca” en la barra de búsqueda, utilice Pubmed
como base de datos.
4. Explore los resultados obtenidos y, a continuación, haga click en “Create Alert”.
5. Realice cambios en la periodicidad de cada cuanto tiempo desea recibir actualizaciones
en su cuenta de correo electrónico. Revise el formato y el número de ítems. Haga click en
Save.
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6. Ahora revise la herramienta de Filtros, haga click en “My NCBI Filters”.

7. En selección de categoría, haga click en Properties y luego e n Publication Date.
Seleccione l a casilla “published in the last 2 years”. Haga click en My NCBI.

8. Coloque “pnca” en la barra de búsqueda. En la página resultante, fíjese en la mano superior

derecha de la pantalla la opción. Haga click en los filtros seleccionados y evalúe las
diferencias.
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BÚSQUEDA DE INFORMACIÓN EN NCBI Y USO DE LÍMITES Y

FILTROS

La base de datos del NCBI nos permite encontrar todo tipo de información desde literatura científica hasta
secuencias de genes o proteínas, genomas ensamblados y/o anotados, ESTs, etc. Sin embargo, dado que la
cantidad de información es grande y se encuentra interrelacionada, durante una búsqueda simple generalmente
se puede obtener resultados redundantes o de no interés. Para ello, el NCBI posee un sistema de filtros que nos
permite limitar nuestra búsqueda con mayor facilidad.
1. Ingresar al portal del NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) y en la barra de búsquedas tipear “glutathione
peroxidase”. Observe las distintas bases de datos: literatura, genes, proteínas, mRNA, dominios
conservados, etc. De click a “protein”.

2. Descargar todas las secuencias de proteínas de glutathione peroxidase reportadas provenientes del humano:
Reformule la búsqueda a:
glutathione peroxidase[title] AND Homo sapiens[Organism]
Para descargar las secuencias en un archivo, de click en send, escoja la opción file y en formato escoja
la opción fasta.
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 Puede crear además una alerta para recibir notificaciones cuando se publican nuevas secuencias

 De manera similar a los comandos que hemos explorado, existen muchos elementos que nos
permitirán filtrar los resultados en base a diversos criterios como número de acceso [ACCN], nombre
del gen [GENE], nombre de la revista o journal [JOUR], fecha de modificación [MDAT], peso
molecular (solo para proteínas) [MOLWT], entre otros. Diversos comandos de filtrado se pueden
encontrar en el siguiente link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK49540/

Pruebe esta búsqueda: ¿Cuántas secuencias obtiene?

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glutathione peroxidase[title] AND Homo sapiens[Organism] AND polya signal[fkey] AND
mrna[filter]
3. Usaremos los filtros en una búsqueda en Pubmed. Escriba en la barra “Antibody Engineered” y seleccione
Pubmed como base de datos.
4. Para filtrar los artículos por su autor de preferencia redefina la búsqueda:
antibody[title] AND engineered [title] Messer A [author]
Si usted quisiera cambiar de autor, ¿qué debería considerar?
5. Podría buscar también por sitio de publicación. Realice una búsqueda de cuántos artículos sobre
malaria en Pubmed provienen de Perú
malaria[title] AND peru[pl]
 Puede encontrar diferentes tags de búsqueda específicos para buscar en Pubmed:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#using-search-field-tags

A continuación, exploraremos la base de datos Gene.

 En la barra de búsqueda escribe Escherichia coli glucokinase para comenzar a explorar

resultados sobre secuencias de ADN que codifican para la enzima glucoquinasa en la
bacteria Escherichia coli. No obstante, vemos que la tabla de resultados nos ofrece una gran
cantidad de información que incluyen secuencias de otros organismos.

 Hagamos click en el primer resultado para empezar a explorar el tipo de información

que nos proporciona esta base de datos. Nos redirigirá a una nueva página que resume
toda la información disponible sobre esta entrada. En la primera sección Summary
encontraremos información muy concreta sobre el gen en cuestión, el organismo en el
que se ha consultado y otra información sobre las funciones de este elemento.
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 Si seguimos bajando en la sección Genomic context encontraremos un esquema que

explica la posición de este elemento en el genoma. Desde aquí podríamos acceder a la
secuencia de nucleótidos directamente desde Go to nucleotide > FASTA y nos redirigirá
a una nueva ventana con la información del gen lista para descargar en dicho formato.
Aquí también podremos encontrar el número de acceso de la secuencia o NCBI Reference
Sequence que para este caso es NC_000913.3.
 No obstante, si seguimos bajando podremos encontrar esta misma información

acompañada con todas las bases disponibles que coinciden con el elemento de búsqueda.
Podemos ver que para el gen glk de la glucoquinasa existe información disponible tanto
a nivel genómico (Genomic), transcritos y proteínas (mRNA and protein).
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BÚSQUEDA DE SECUENCIAS EN LA BASE DE DATOS UNIPROTKB

Esta base de datos de proteínas, provee de información de alta calidad y de acceso libre sobre secuencias y
función de proteínas. UniProtKB consiste de 2 secciones: Swiss-Prot (secuencias anotadas manualmente) y
TrEMBL (analizadas computacionalmente).
1. Ingrese al portal del Uniprot (www.uniprot.org) y busque la secuencia de la proteína hexoquinasa de
Escherichia coli y de 2 organismos adicionales que usted crea conveniente. Asegúrese que se encuentren
anotadas. Descargue las secuencias que tengan identificado un sitio activo en un archivo multifasta.
¿Qué tipo de información puede encontrar aquí acerca de la función y estructura de esta enzima?
Mencione la diferencia entre una secuencia anotada y no anotada.

BÚSQUEDA DE DOMINIOS FUNCIONALES EN LAS BASES DE DATOS

INTERPRO Y PROSITE
Pfam es una base de datos de familias de proteínas y de dominios funcionales. Pfam (http://pfam.xfam.org/),
ahora es parte de Interpro (https://www.ebi.ac.uk/interpro/).
1. Haga click en Search (parte superior de la pantalla) y coloque la secuencia de Hexoquinasa de
Escherichia coli que descargo anteriormente. Deje los valores por defecto y haga click en Submit. ¿Qué
información encuentra sobre los dominios obtenidos? De acuerdo a esta información, ¿a qué familia
pertenece esta proteína? ¿Qué otras características funcionales poseen?

2. Repita la búsqueda en https://prosite.expasy.org/scanprosite/

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¿Cuál es la diferencia entre un motif y un dominio? ¿Cuáles fueron sus resultados?

EXPASY
El portal de recursos bioinformáticos ExPASy (https://www.expasy.org/) ofrece un aserie de
herramientas en línea para el análisis de secuencias primarias de nucleótidos y proteínas. La
siguiente secuencia corresponde a la Gastrina Humana:

MQRLCVYVLIFALALAAFSEASWKPRSQQPDAPLGTGANRDLELPWLEQQGPASHHRRQLGPQG
PPHLVADP SKKQGPWLEEEEEAYGWMDFGRRSAEDEN

1. Existe el programa PeptideCutter (https://web.expasy.org/peptide_cutter/) que permite

identificar potenciales sitios de clivaje de la secuencia por una lista de enzimas de corte y
proteasas.
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2. Por otra parte, la herramienta SignalP 5.0

(https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-6.0/) administrado por Departamento
de Tecnología en Salud de la Universidad Técnica de Dinamarca, permite predecir si existen
sitios de corte del péptido señal en la secuencia de aminoácidos de GAST. Indique si se trata
de una proteína de secreción o no.
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De acuerdo con la guía de resultados que brinda SignalP:

 n-region: The n-terminal region of the signal peptide. Reported for Sec/SPI, Sec/SPII, Tat/SPI
and Tat/SPII. Labeled as N
 h-region: The center hydrophobic region of the signal peptide. Reported for Sec/SPI, Sec/SPII,
Tat/SPI and Tat/SPII. Labeled as H
 c-region: The c-terminal region of the signal peptide, reported for Sec/SPI and Tat/SPI.

¿en qué región estaría el clivaje de la proteína?

3. Empleando la herramienta Other prediction or characterization tools: Compute PI/Mw

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(https://web.expasy.org/compute_pi/): Determinar el peso molecular de la proteína en cuestión en
kilo Dalton (KDa), así como el punto isoeléctrico.

4. Por último, revisaremos otra herramienta útil de localización subcelular denominada Wolf
PSort (https://services.healthtech.dtu.dk/services/TargetP-2.0/). Predice la ubicación de
una proteína de acuerdo con el péptido señal que presenta.
5. Ponga la siguiente secuencia en el programa:

MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGPKN
MTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVYNLSDTHLF
PNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDR
PSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPN
KTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRA
LQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGA
LAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
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6. Analice los resultados brindados. ¿Qué podría concluir de la búsqueda?

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INTERACCIÓN PROTEÍNA-PROTEÍNA Y DETERMINACIÓN DEL INTERACTOMA

La herramienta STRING permite visualizar en forma de esquemas las interacciones proteína-
proteína conocidas y predichas. Incluye asociaciones directas (físicas) e indirectas (funcionales)
derivadas de diversas fuentes, como el contexto genómico, experimentos en proteómica, y la co-
expresión (conservada) de proteínas.

7. Visualizaremos el grupo de proteínas que interactúa con mioglobina humana.

8. Revise la leyenda para entender el interactoma de esta proteína.

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Búsqueda de secuencias Uso de la base de datos de estructuras Protein Data Bank

(PDB). El Protein Data Bank es una base de datos de estructuras tridimensionales de
proteínas (en su mayoría; también se pueden encontrarácidos nucleicos u otras estructuras
asociadas a proteínas como lípidos o cofactores).
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Busque la estructura de la Hexoquinasa humana (1QHA) y observe la información que puede

encontrar en la página (tome en cuenta que existen varias pestañas con distintos tipos de
información).

Indicar lo siguiente:

1. ¿Cuántas cadenas polipeptídicas posee la hexoquinasa?

2. ¿Qué otras moléculas no proteicas se encuentran en la estructura?
3. Indique los aminoácidos que conformación el sitio de unión para cada ligando.
4. ¿Qué tipo de interacciones establecerán la glucosa y el ATP con la proteína?
5. Indique en qué organismo se produjo la proteína, cuál fue el método
empleado para determinar la estructura y con qué resolución se determinó.

BÚSQUEDA DE ESTRUCUTRAS DE PROTEÍNAS EN EL PROTEIN DATA

BANK PDB
El Protein Data Bank es una base de datos de estructuras tridimensionales de proteínas (en
su mayoría; también se pueden encontrar ácidos nucleicos u otras estructuras asociadas a
proteínas como lípidos o cofactores).
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1. Busque la estructura de la Hexoquinasa humana (1QHA) y observe la información que puede

encontrar en la página (tome en cuenta que existen varias pestañas con distintos tipos de
información).

Indicar lo siguiente:

 ¿Cuántas cadenas polipeptídicas posee la hexoquinasa?

 ¿Qué otras moléculas no proteicas se encuentran en la estructura?
 Indique los aminoácidos que conformación el sitio de unión para cada ligando.
 ¿Qué tipo de interacciones establecerán la glucosa y el ATP con la proteína?
 Indique en qué organismo se produjo la proteína, cuál fue el método
empleado para determinar la estructura y con qué resolución se determinó.

VISUALIZACIÓN DE ESTRUCTURAS EN SWISSPDBVIEWER

USO DE SPDBV
2. Una vez iniciado el programa ir a File y mediante la orden Open PDB file seleccionar el
archivo .pdb que queremos abrir.
3. En la barra de herramientas dentro de la opción Window seleccionar Control Panel. La nueva
ventana que se abre nos muestra:
 A, B, C, etc - las cadenas polipeptídicas,
 h, alfa hélice; s, hoja beta - el tipo de estructura secundaria,
 VAL1, ASP6, etc - residuos de aminoácidos,
 HEM, GLC - grupos prostéticos y sustratos
 show - la cadena polipeptídica,
 side - la cadena lateral,
 labl - la marca para cada residuo,
 ::v - la nube electrónica,
 ribn - la forma de mostrar la cadena como lazos,
 col - el color de cada residuo
En esta ventana podemos seleccionar los aminoácidos que queremos ver en pantalla, también
permite cambiar la representación de la proteína.
4. Usando la barra de herramientas existe la posibilidad de seleccionar diferentes grupos de la
proteína, cambiar el tipo de coloración y la posibilidad de realizar diferentes actividades
relacionadas con la ingeniería de proteínas.
 Lisozima (1REX)
La lisozima es una enzima que se encuentra en la clara del huevo, las lágrimas y la saliva humana.
Cataliza la rotura hidrolítica de los enlaces glucosídicos entre el ácido N-acetilglucosamina y el ácido
N-acetilmurámico que forman parte de los polisacáridos de las paredes celulares de algunas familias
de bacterias y que se encuentran formando una estructura conocida como peptidoglicano.
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Cuatro puentes disulfuro contribuyen a la estabilidad de la estructura de la lisozima. Las hélices
 se hallan situadas en una larga hendidura en el lado lateral de la molécula, denominada centro
activo, donde tiene lugar la fijación del sustrato y se lleva a cabo la hidrólisis de los enlaces.
Escuchar atentamente todas las indicaciones del profesor para no perder ni un detalle sobre
el programa.
5. Representaremos en ribbons la proteína.
6. Colorearemos de distinto color las alfa hélices, láminas beta y asas o loops.
7. Seleccionaremos con un color los residuos de cisteína (Cys) de la molécula (formadores de
puentes disulfuro).
8. Seleccionaremos con otro color los residuos Glu 35 y Asp 53 para identificar el sitio activo de
la enzima.
9. Cambiaremos uno de los aminoácidos del core hidrofóbico Leu31 por una Glicina utilizando
la herramienta Mutate de SPDB. Guardaremos la estructura en un file separado y luego
compararemos la silvestre con la mutante.

BÚSQUEDA DE DOMINIOS FUNCIONALES EN LAS BASES DE DATOS CATH

Y SCOP
CATH es una base de datos pública que funciona como Interpro, Pfam o Panther pero alamacena
información de familia de estructuras de proteínas.

1. Buscaremos dominios estructurales y las familias de proteínas relacionadas utilizando la

estructura que descargó del PDB.

2. Una vez finalice la búsqueda, le da en “View Sequence Hits”

3. Observe primero los resultados de la secuencia y luego los resultados de las familias
funcionales
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3. En la sección de matching domains, puede apreciar todos los dominios alamcenados en la

base de datos que han tenido un match aceptable con nuestra estructura. También se
encuentra un score de significancia de la búsqueda denominada e-value.

4. En cuanto a familias de los dominios. Investigaremos la primera opción de la familia de

Lisozima C.
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5. Luego veremos la superposición de la superfamilia de Lisozima C
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SECCIÓN 2: TRABAJO DOMICILIARIO PARA PRESENTACIÓN

DE INFORME

Instrucciones:

El plazo máximo de entrega es el viernes 27 de abril, 11:59 pm.

1. En el genbank, busque la secuencia del gen que codifica a la hexoquinasa de Escherichia coli y de 5
organismos adicionales que usted crea conveniente. Descargue en un solo archivo multifasta. Indique el
criterio de su búsqueda.
2. Busca en NCBI los recursos disponibles sobre la enzima convertidora de angiotensina 1 (ACE) del ratón
doméstico Mus musculus y completa lo siguiente
a. Cuántos resultados existen para la base Gene?
b. ¿Cuántos resultados existen para la base Protein?
c. ¿Cuántas publicaciones en PubMed coinciden con la búsqueda?
d. ¿Cuántas de estas publicaciones tienen a Giani JF como autor?
e. Entre el 2016-2021, ¿Cuántas de estas publicaciones tienen el Dr. Mirko Zimic como autor?
f. Durante ese mismo intervalo de tiempo, ¿cuántas publicaciones de Giani JF fueron
Reviews?
3. Ingresar a la base de datos de UniProt (http://www.uniprot.org/help/uniprotkb) y obtenga la
secuencia de aminoácidos pyrazinamidasa/nicotinamidasa del gen pnca de Mycobacterium
tuberculosis H37RV, otras especies de mycobacterium (i.e. avium, smegmatis), y de otras
especies distintas al género mycobacterium (i.e. E.coli, etc.) en formato FASTA y grabarla en
un documento de texto.
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4. Realice la búsqueda de dominios y motifs funcionales de al menos dos secuencias que

descargó proveniente del mismo género mycobacterium y otra secuencia perteneciente a otro
género utilizando Interpro y Prosite. Reporte información relevante correspondiente a las
secuencias y las diferencias encontradas si las hubiere.

5. En el Protein Data Bank (RSCB PDB) busca la enzima convertidora de angiotensina

de Drosophila melanogaster, selecciona un resultado y responde lo siguiente:
a. Copia y pega la URL del resultado escogido:
b. Identificador PDB:
c. Fecha de depósito en PDB:
d. Autor del depósito:
e. Clasificación de la enzima:
f. Organismo (género y especie):
g. Sistema de expresión:
h. Método:
i. Resolución:
j. Número de cadenas:
k. Tamaño de secuencia (aa):
l. ¿Cuáles son las moléculas no proteicas que forman parte del cristal?:
m. Describe brevemente la función de cada una.

SECCIÓN 3: TRABAJO DOMICILIARIO OPCIONAL

TAREA OPCIONAL:
1. Descargue las secuencias del gen COX1 que contengan la secuencia codificante completa
(cds) del humano y el ratón en un solo formato fasta. Indique el criterio de su búsqueda.
2. Indique cuántas secuencias de nucleótidos ha publicado el Dr. Pablo Tsukayama en los
últimos 5 años. Indique su criterio de búsqueda.
3. En la base de datos Gene de NCBI ingresa al mejor resultado para ACE de Mus musculus
(por lo general el que aparece primero) y responde lo siguiente:
a. Número GeneID:
b. Fecha de última actualización (update):
c. Cromosoma en el que se ubica:
d. Número de exones:
e. Número de acceso en Genebank:
f. Tamaño en pares de bases (bp):
g. Título de la publicación que ingresó la secuencia:
h. Primer autor, Journal y año de publicación:
i. Dominio pfam identificado:
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4. Hasta octubre del año pasado Pfam permitía la búsqueda de familias de proteínas
basados en una categoría denominada clanes. ¿Qué es un clan y cuál es el término
utilizado en Interpro actualmente?
5. Una vez entienda la nueva organización en Interpro
(https://xfam.wordpress.com/2022/08/04/pfam-website-decommission/) Realice la búsqueda
del clan lisozima y detalle la organización de este set de familias.
6. Guarda el archivo en formato de aminoácidos y con ayuda de la herramienta Compute
PI/Mw (http://www.expasy.ch/tools/pi_tool.html) responde lo siguiente:
a. ¿Cuál es el peso molecular (kDa) de la proteína?
b. ¿A qué pH puede alcanzarse el punto isoeléctrico?
7. En STRING, vuelva a realizar la búsqueda con la misma proteína de mioglobina,
pero en el pez zebra Danio rerio ¿Encuentra diferencias en el interactoma frente al
del humano?
8. Responda a las siguientes preguntas haciendo uso del SPDBV
 Obtenga la estructura de Hexoquinasa humana (1QHA) del PDB (http://www.pdb.org/),
abra el programa SPDBV y cargue el archivo pdb obtenido.
 Muestre una gráfica y responda ¿Cuántas cadenas polipeptídicas puede apreciar?
 Descargue las estructuras cristalizadas de la Pirazinamidasa de Pyrococcus horikoshii en
complejo con zinc (1IM5) y sin zinc (1ILW).
 Compare, mediante un alineamiento estructural, la estructura 3D de ambos estados de la
enzima. Describa los cambios estructurales producto de la coordinación con el zinc.