PRÁCTICA 2 GRADO EN QUÍMICAS

BIOLOGÍA

BIOLOGÍA
GRADO EN QUÍMICA

PRACTICA 2

INGENIERÍA GENÉTICA. LABORATORIO VIRTUAL: IDENTIFICACIÓN DE

TRANSGÉNICOS

FECHA DE ENTREGA: HASTA EL 18 DE ENERO

DE 2023 (NO SE ADMITE LA ENTREGA
POSTERIOR). TAMPOCO EN SEPTIEMBRE
Conteste aquí y pase sus respuestas al Cuestionario de Práctica 2
que encontrará en el curso virtual.

]]]

Estrella Cortés y María Jesús Rueda

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PRÁCTICA 2 GRADO EN QUÍMICAS
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En esta práctica se proponen una serie de actividades correspondientes a los temas estudiados en
la segunda parte del temario relacionados con el DNA e ingeniería genética. Debe visualizar el material:
“Ingeniería genética. Laboratorio Virtual de Identificación de transgénicos”

Disponible en:
https://eonline.uned.es/courses/course-v1:e-
uned+EONLINE_INGENIERA_GENETICA+2020/about

El coste del acceso es de 2€ como se indicaba en la

guía del curso

Si tiene dudas como acceder consulte el documento

eonline_acceso_de_alumnos disponible en el curso
virtual.

“Ingeniería Genética. Laboratorio virtual de identificación de transgénicos” es una aplicación que

contiene información sobre las herramientas y técnicas más comunes en Ingeniería Genética. Navegue por
las distintas páginas, observe las animaciones y aprenda los conceptos básicos que le serán útiles para
complementar los contenidos del Tema 12 del programa de Biología.

En el Laboratorio virtual llevará a cabo el análisis de un alimento y determinará si es o no

transgénico, siga las instrucciones atentamente.

A continuación, debe contestar a las cuestiones que se plantean en este cuadernillo.

Como ha estudiado, las enzimas de restricción son una herramienta habitual en los laboratorios que se dedican a la
investigación en biología molecular, así como en el diagnóstico de numerosas patologías. A menudo, se combinan con
otras herramientas, como los plásmidos, dando lugar a potentes métodos que, hoy en día, hacen que sean
imprescindibles para el análisis del DNA. Gracias a estas enzimas, podemos conocer la localización y orientación de un
fragmento dado dentro del genoma y realizar posteriormente la clonación del mismo en plásmidos, que se emplean para
secuenciar el DNA, realizar estudios funcionales de ese DNA y expresar la proteína que codifica.

Al final de este documento tiene un cuadro que recoge las secuencias diana de
las enzimas de restricción que necesitará para responder a estas cuestiones.

Ejemplo resuelto. Un DNA, del cual se muestra la secuencia de una de sus hebras, se digiere con la
enzima de restricción BamHI.

Estrella Cortés y María Jesús Rueda

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5’ CGCCAGGTTATGGATCCCATA 3’
Deduzca los fragmentos producidos (escriba en las casillas la secuencia de cada una de las hebras de DNA

producido, mostrando la complementariedad de las bases).

Fragmento 1
1ª Hebra 5’ 3’
2ª Hebra 3’ 5’

Fragmento 2
1ª Hebra 5’ 3’
2ª Hebra 3’ 5’

Respuesta: Primero escribimos la secuencia del DNA de doble hélice:

5’ CGCCAGGTTATGGATCCCATA 3’
3’ GCGGTCCAATACCTAGGGTAT 5’

Localizamos la secuencia que reconoce BamHI consultando el documento que se encuentra al final de este
cuestionario. (Señalamos en amarillo la diana y las flechas indican los puntos de corte).

5’ CGCCAGGTTATGGATCCCATA 3’
3’ GCGGTCCAATACCTAGGGTAT 5’

Escribimos en el cuadro cada uno de los fragmentos teniendo cuidado de mantener la complementariedad
de las bases de las dos hebras del DNA.

Fragmento 1
Fragmento 2
1ª Hebra 5’ CGCCAGGTTATG 3’ GATCCCATA
1ª Hebra 5’ 3’
2ª Hebra 3’ GCGGTCCAATACCTAG 5’ GGTAT
2ª Hebra 3’ 5’

BamHI crea extremos cohesivos no romos por lo que hay que tener cuidado al escribir los nucleótidos de
cada una de las hebras para que las bases guarden su complementariedad. (Use el tipo de letra Courier
New o escríbalo a mano si ha impreso este documento).

Inténtelo ahora usted.

A una muestra de DNA, cuya secuencia de una de sus hebras es:
5’ ATGCCTTCTGCAGCGCGCAGCTGTCTTCGA3’
se añaden las enzimas de restricción PstI y PvuII. Indique cuáles serán los fragmentos resultantes de la
digestión completa (escriba las secuencias en las casillas procurando que las bases complementarias
queden enfrentadas como en el ejemplo resuelto).

Fragmento 1
1ª Hebra 5’ 3’ 3
Estrella Cortés y María Jesús Rueda
2ª Hebra 3’ 5’
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Fragmento 2
1ª Hebra 5’ 3’
2ª Hebra 3’ 5’

Fragmento 3
1ª Hebra 5’ 3’
2ª Hebra 3’ 5’

Cuestión 1. Indique qué productos se generarán al actuar sobre este fragmento de DNA bicatenario las
siguientes enzimas de restricción: EcoRI; HaeIII y BamH1.
(5') AAGAATTGCGGAATTCGAGCTTAAGGGCCGCGCCGAAGCTTTAAA (3')
(3') TTCTTAACGCCTTAAGCTCGAATTCCCGGCGCGGCTTCGAAATTT (5')

Eco RI Fragmento 1 Fragmento 2

5’........... 5’...........
3’........... 3’...........
Fragmento 1 Fragmento 2

HaeIII 5’........... 5’...........

3’........... 3’...........
Fragmento 1 Fragmento 2

Bam H1 5’........... 5’...........

3’........... 3’...........
Fragmento 1 Fragmento 2
5’........... 5’...........
3’........... 3’...........
Con las
tres Fragmento 3 Fragmento 4

enzimas 5’........... 5’...........

3’........... 3’...........

Responda ahora la siguiente pregunta: cuántos fragmentos se generan al actuar las enzimas de restricción:
EcoRI, HaeIII y BamHI sobre el fragmento de DNA bicatenario:

a. Dos fragmentos, ya que no hay diana para HaeIII ni EcoRI

b. Tres fragmentos porque no hay diana para BamHI
c. Cuatro fragmentos porque hay tres dianas y la secuencia es lineal

Estrella Cortés y María Jesús Rueda

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Cuestión 2. Las enzimas de restricción reconocen secuencias palindrómicas. El siguiente DNA tiene un
solo sitio de restricción. Indique su localización más probable.
(5') -GGTAGGCTAGCATG- (3')
(3') -CCATCCGATCGTAC- (5')

a. (5') -GGTAGGCTAGCATG- (3')

(3') -CCATCCGATCGTAC- (5')
b. (5') -GGTAGGCTAGCATG- (3')
(3') -CCATCCGATCGTAC- (5')
c. (5') -GGTAGGCTAGCATG- (3')
(3') -CCATCCGATCGTAC- (5')

Cuestión 3. Aunque las enzimas de restricción se emplean en técnicas de biología molecular, tienen su
origen en las bacterias. Explique cuál es la función original de este tipo de enzimas en la célula bacteriana.

a. Eliminar el DNA extraño, que no sea de la bacteria, principalmente de bacteriófagos

b. Cortar el DNA bacteriano para permitir su replicación
c. Cortar el DNA bacteriano para aumentar su capacidad de mutación y así de adaptación a nuevos
ambientes

Cuestión 4. Señale la afirmación correcta:

a. Durante la electroforesis el DNA migra hacia el electrodo positivo porque está cargado negativamente por
la presencia de grupos fosfato en su molécula
b. Los fragmentos de restricción de un DNA dado, migran en función de su tamaño, migrando los de mayor
tamaño de forma más rápida, quedando más lejos de los pocillos en un gel de agarosa
c. Un Southern blot es la técnica que permite analizar el RNA aislado para su análisis

Determinación del tamaño de los fragmentos de restricción de un DNA circular e interpretación de

geles de DNA digeridos con enzimas de restricción.
Visite la siguiente página web para aprender más sobre cómo interpretar geles de DNA cortados con enzimas de
restricción.
http://biomodel.uah.es/an/plasmido/inicio.htm

Para comprobar si lo ha comprendido responda a las siguientes cuestiones:

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Cuestión 5. En la Figura 1 se muestra un plásmido (DNA circular de origen procariótico) con un tamaño de
20000 pares de bases (20kb). Contiene varios sitios de restricción, que corresponden a dos enzimas BamHI
y EcoRI. La presencia de 4 sitios de corte y sólo 2 enzimas indica que una o las dos enzimas tiene más de
un sitio de corte. Se conoce que BamHI corta en la posición 1, 12000, y 14000, y la enzima EcoRI en la
posición 8000.

Figura 1

Analice el mapa del plásmido pX representado y deduzca el tamaño de los fragmentos esperados si este
plásmido fuese digerido con la endonucleasa Bam HI, con EcoRI o con ambas enzimas a la vez.

Digestión con la endonucleasa Tamaños de los fragmentos esperados

BamHI
EcoRI
BamHI y EcoRI

Ahora señale el resultado correcto.

a. BamHI produce los fragmentos: 14.000pb; 12.000pb, 8.000pb
b. EcoRI-BamHI produce los fragmentos 8.000pb, 4.000pb, 2.000pb, 6.000pb
c. EcoRI produce un fragmento de 8.000pb

Cuestión 6. En la figura 2 se muestra el resultado de una electroforesis en un gel de agarosa de los

productos de las digestiones del plásmido anterior con las enzimas de restricción. En la electroforesis se
separan los fragmentos de DNA generados, como consecuencia del corte con las enzimas, en función de su
tamaño. El tamaño, como se ha comentado antes, se expresa en pares de bases. El gel tiene cuatro carriles
que corresponden a:

Estrella Cortés y María Jesús Rueda

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I- Marcador. Consiste en una serie de fragmentos de DNA con un tamaño conocido que se emplean como
referencia para conocer el tamaño de los fragmentos obtenidos en la digestión con las enzimas de
restricción.
II, III y IV. Corresponden a los fragmentos de DNA obtenidos al digerir el plásmido con una enzima o con las
dos enzimas.
Analice los resultados del gel y deduzca con qué enzimas ha sido d igerido el DNA cargado en los
carriles II, III y IV.
Figura 2

Carriles Enzimas utilizadas:

Carril II
Carril III
Carril IV

Ahora señale el resultado correcto:

a. En el carril IV se carga la muestra tratada con las enzimas de restricción BamHI y EcoRI
b. En el carril II se carga la muestra tratada con las enzimas de restricción Eco RI
c. En el carril III se carga la muestra tratada con ambas enzimas

Cuestión 7. En la siguiente figura se muestra un DNA lineal y se señala la posición en la que se encuentran
las dianas de una serie de enzimas de restricción (a, b, c y d). Los números corresponden al número de
pares de bases del DNA, siendo su tamaño total de 1500 pares de bases Indique qué combinación de
enzimas entre las propuestas se deben utilizar para obtener al menos un fragmento de 800 pb.

a c d a b

0 500 1000 1500

a. Digestión con c y d,
b. Digestión con b y c
c. Digestión a y c

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Cuestión 8. Los resultados de las digestiones de un plásmido con distintas enzimas de restricción se
representan en el gel de agarosa de la figura 3. ¿Cuál de los mapas de restricción correspondería al

plásmido analizado?

Figura 3

Señale con una X el plásmido correcto:

a. Plásmido 1
b. Plásmido 2
c. Plásmido 3

Cuestión 9. Determinación del tamaño de un plásmido.

Un determinado plásmido bacteriano, se trata con la enzima EcoRI y cuando el DNA digerido se separa
mediante electroforesis en gel de agarosa se observan bandas de 150, 800 y 2000 pares de bases (bp). Si
el plásmido se trata con HindIII se observan bandas de 1700, 1000 y 250 bp. Cuando se trata con ambas
enzimas simultáneamente se observan bandas de 1600, 600, 400, 200, 100 y 50 bp.
¿Cuál es el tamaño del plásmido analizado? Marque con una X la respuesta correcta:
a. 2950 pb
b. 2000 pb
c. 1475 pb

Cuestión 10. Con los datos de la pregunta anterior se intenta conocer el mapa del plásmido. ¿Cuál de los

mapas de restricción siguientes correspondería al plásmido descrito?

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Marque con una X la respuesta correcta:

a. El mapa A exclusivamente
b. El mapa B exclusivamente
d. No hay información para saber si A o B es el correcto, pero ambos pueden ser

Cuestión 11. Clonación de fragmentos de DNA.

Señale con una X la respuesta correcta. El DNA humano y un plásmido específico tienen ambos,
secuencias diana para que puedan ser cortados por enzimas de restricción Hind III y EcoRI. Para generar

DNA recombinante es necesario:

a. Cortar el plásmido con EcoRI y el DNA humano con HindIII
b. Usar EcoRI para cortar tanto el plásmido como el DNA humano
c. Cortar el plásmido con HindIII y el DNA humano con EcoRI

Cuestión 12. Amplificación de fragmentos por PCR.

Se tiene un fragmento de DNA cuya secuencia es:
5'AATTATTGCGGGGCATATTATATTAATTATTCCGGCGGGTTTA3'
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'TTAATAACGCCCCGTATAATATAATTAATAAGGCCGCCCAAAT5'
y se amplifica mediante PCR empleando como iniciadores o primers los fragmentos siguientes:
3’GCCGCCCA 5’ y 5’TGCGGGGC 3’

Señale con una X la secuencia de DNA amplificado:

a. Idéntica a la secuencia dada

b. 5'TGCGGGGCATATTATATTAATTATTCCGGCGGGT3'
||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'ACGCCCCGTATAATATAATTAATAAGGCCGCCCA5'
c. TATTATATTAATTATTC
|||||||||||||||||
ATAATATAATTAATAAG

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Cuestión 13. Indique con una X la relación correcta entre los siguientes términos:

A. PCR 1. Obtención de células idénticas

B. Técnica de didesoxirribonucleótidos trifosfato 2. Generación de DNA en cantidad
C. Transferencia Southern 3. Análisis de DNA
D. Clonación 4. Secuenciación de DNA

a. A1-B2-B3-D4
b. A2-B4-C3-D1
c. A3-B1-C4-D1

Cuestión 14. Secuenciación de DNA.

El esquema que se representa corresponde a un gel de secuenciación por el método del didesoxi. ¿Cuál es
la secuencia del DNA objeto de estudio?
(Recuerde que en el método de secuenciación de Sanger se sintetiza la hebra complementaria a la que se
usa como molde en la secuenciación, se pide por tanto que averigüe cuál es la molde).

Señale con una X la respuesta correcta:

a. 3’TACCTGGTCAAC5’
b. 5’ TACCTGGTCAAC3’
c. 3’ GTTGACCAGGTA3’

Cuestión 15. La técnica de Southern blot implica:

a. La detección de proteínas sobre una membrana usando una sonda de DNA
b. La detección de fragmentos de DNA sobre una membrana usando una sonda de DNA
c. La detección de proteínas sobre una membrana usando anticuerpos específicos

Una vez realizada la práctica del Laboratorio virtual de identificación de

transgénicos señale con una X la respuesta correcta a cada una de las siguientes
preguntas:

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Cuestión 16. La solución de extracción del DNA de la muestra analizada cont iene proteinasa K cuya
función es:
a. Hidrolizar las proteínas
b. Disolver los lípidos de las membranas celulares
c. Romper el RNA

Cuestión 17. En el protocolo de extracción de DNA de la muestra, el isopropanol se utiliza específicamente

para:
a. Resuspender el DNA puro
b. Precipitar el DNA aislado
c. Precipitar proteínas

Cuestión 18. ¿Cuáles de los siguientes compuestos ha empleado para amplificar un fragmento de DNA
mediante la técnica de PCR? :

a. Enzimas de restricción, ligasa, Taq polimerasa

b. Nucleótidos, primers, Taq polimerasa
c. Primers, nucleasas, ARN polimerasa

Cuestión 19. Señale la correspondencia correcta entre las fases de la PCR empleada en el experimento y

las temperaturas del termociclador utilizado:

I. 95º C 30” A. Desnaturalización del DNA
II. 72º C 45” B. Hibridación con los cebadores
III. 55º C 30” C. Extensión

a. I-B, II-C, III-A

b. I-C, II-A, III-B
c. I-A, II-C, III-B

Cuestión 20. ¿Tenía la muestra del alimento analizado maíz transgénico?

a. No, porque sólo amplifica un fragmento correspondiente al gen de la azaina como en el control
positivo.
b. Sí, porque amplifica dos fragmentos uno del gen de la azaina y otro del promotor PS35.
c. Sí, porque amplifica dos fragmentos que corresponden a un gen desconocido.

Una vez haya respondido a las preguntas planteadas en este guion, pase sus
respuestas al Cuestionario Práctica 2 disponible en el curso virtual.

Estrella Cortés y María Jesús Rueda

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ENZIMAS DE RESTRICCIÓN

Estrella Cortés y María Jesús Rueda

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