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    Evolucion Molecular 4

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    Gmo Anra
    Este documento describe diferentes métodos para construir árboles filogenéticos basados en datos moleculares como UPGMA, distancia transformada, vecino más próximo, máxima parsimonia y máxima verosimilitud. También discute bootstrapping para estimar la confianza de los árboles filogenéticos. Finalmente, presenta un ejemplo de cómo los datos moleculares resolvieron las relaciones filogenéticas entre los primates.

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    Evolucion Molecular 4

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    Gmo Anra
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    Este documento describe diferentes métodos para construir árboles filogenéticos basados en datos moleculares como UPGMA, distancia transformada, vecino más próximo, máxima parsimonia y máxima verosimilitud. También discute bootstrapping para estimar la confianza de los árboles filogenéticos. Finalmente, presenta un ejemplo de cómo los datos moleculares resolvieron las relaciones filogenéticas entre los primates.

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    Este documento describe diferentes métodos para construir árboles filogenéticos basados en datos moleculares como UPGMA, distancia transformada, vecino más próximo, máxima parsimonia y máxima verosimilitud. También discute bootstrapping para estimar la confianza de los árboles filogenéticos. Finalmente, presenta un ejemplo de cómo los datos moleculares resolvieron las relaciones filogenéticas entre los primates.

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    Este documento describe diferentes métodos para construir árboles filogenéticos basados en datos moleculares como UPGMA, distancia transformada, vecino más próximo, máxima parsimonia y máxima verosimilitud. También discute bootstrapping para estimar la confianza de los árboles filogenéticos. Finalmente, presenta un ejemplo de cómo los datos moleculares resolvieron las relaciones filogenéticas entre los primates.

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    de 22

    Evolucin Molecular

    Eva Garca Vzquez Departamento de Biologa Funcional

    Tema 4. RELACIONES
    FILOGENTICAS MOLECULARES
    Construccin de rboles filogenticos. Estimacin de distancias entre unidades taxonmicas. Clculos del tiempo de divergencia entre especies. Mtodos de reconstruccin de filogenias
    UPGMA Distancia transformada Neighbor-Joining (mtodo del vecino ms prximo) Mxima parsimonia Mxima verosimilitud

    Bootstrapping

    rboles filogenticos

    OTU: Unidad Taxonmica

    rboles con y sin raz

    Genes y poblaciones no siempre evolucionan a la vez

    Clado: OTUs con un ancestro comn

    UPGMA
    Unweighted Pair-Group Method with Aritmetic Mean Es el mtodo taxonmico ms simple. Consiste en una agrupacin secuencial de las OTUs ms cercanas, construyendo nuevas matrices de distancias en cada paso a partir de medias aritmticas con las distancias de la matriz anterior

    Mtodo de la Distancia Transformada


    Se recalculan las distancias respecto a una OTU externa (outgroup) Sirve para corregir sesgos derivados de tasas de evolucin diferentes en distintas ramas del rbol

    Mtodos de Relaciones entre Vecinos


    Dos OTUs son vecinas si estn conectadas por un nico nudo interno Se agrupan como vecinos ms prximos a las OTUs menos distanciadas Se combinan las OTUs ms prximas como una sola para agrupar ms de cuatro OTUs: OTU (AB) vs C vs D vs E (Sattath & Tversky 1977) Condicin de cuatro puntos: dAB + dCD < dAC + dBD; dAB + dCD < dAD + dBC

    Neighbor-Joining
    Consiste en agrupar secuencialmente a los vecinos ms prximos para minimizar la longitud total del rbol Se estiman valores de Q (Studier & Keppler 1988) Q12 = (N-2)d12 - d1i - d2i Neighbor-Joining (NJ) y Neighbors-Relation proporcionan rboles de topologa similar, pero suele usarse el NJ

    Mxima Parsimonia
    Se busca el rbol que requiera el menor nmero de cambios evolutivos para explicar las diferencias entre las OTUs que lo componen No todos los sitios son informativos. Lo son slo aqullos que favorecen uno de los posibles rboles frente a los dems

    Puede haber ms de un rbol de mxima parsimonia

    Mxima Verosimilitud
    Se basa en modelos probabilsticos para explicar el proceso de sustitucin nucleotdica. Cada modelo (mono, bi, triparamtrico etc) tiene una formulacin diferente La funcin de probabilidad representa la probabilidad de observar la configuracin de nucletidos I, j, k y l en las secuencias estudiadas para un determinado rbol hipottico. Las probabilidades se expresan en trminos de longitud de las ramas. Se estima esa probabilidad para cada sitio nucleotdico de las secuencias comparadas y se combinan todos en un nico rbol consenso

    Comparemos los mtodos


    UPGMA: asume tasa evolutiva constante en todas las ramas del rbol Distancia transformada, relaciones entre vecinos, NJ: no asumen tasa constante. Pero si las secuencias son cortas pueden tener errores elevados (gran varianza) Mxima parsimonia: asume que son mejores los rboles con menos cambios evolutivos. Minimiza el nmero de eventos homoplsicos (sustituciones convergentes, paralelas y reversas) Mxima verosimilitud: requiere asunciones explcitas sobre el patrn de sustitucin nucleotdica y la tasa de evolucin (es probabilstico); la ventaja es que se pueden fijar las condiciones adecuadas en cualquier programa estadstico adaptndolas al caso en estudio. El programa MODELTEST (Posada 2004) analiza los sets de secuencias y proporciona el modelo de sustitucin nucleotdica ms adecuado a las mismas, con los parmetros correspondientes

    Qu rbol es el mejor?

    Bootstrapping
    Estima el nivel de confianza (= robustez estadstica) de las hiptesis filogenticas Consiste en generar pseudomuestras de secuencias cambiando al azar los nucletidos de sitio en la muestra original, con reemplazamiento (el mismo sitio puede ser muestreado nuevamente con igual probabilidad) En el ejemplo siguiente, el sexto nucletido se coloca en primer lugar. En la siguiente pseudomuestra, por ejemplo sale el primer nucletido de la muestra opriginal, que se coloca en la segunda posicin. Y as sucesivamente

    Un ejemplo prctico: los primates


    Quin es el pariente ms prximo de los humanos? Darwin (1871): primates africanos Razones no cientficas postulaban origen asitico gran distancia entre los primates africanos y los humanos Los datos moleculares han resuelto la polmica

    UPGMA

    Relaciones entre vecinos

    Neighbor-Joining

    Mxima parsimonia

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