UNIVERSIDAD TÉCNICA DE COTOPAXI

FACULTAD DE CIENCIAS AGROPECUARIAS Y RECURSOS NATURALES

Integrantes:
Caisaguano Adriana 100%
Gavilanes Johana 100%
Guerrero Oscar 100%
Lozada Jonathan 100%
Puente Jesenia 100%
Rosas Darwin 100%
Soria Bryan 100%
Tenelema Cristian 100%
Titisunta Pamela 100%
Asignatura:
Biología Molecular
Ciclo:
Séptimo A
Carrera:
Ingeniería Agronómica
Docente:
Ing. Boada Ellana
 Metagenómica
y sus aplicaciones
Principio científico de la Metagenómica
El desarrollo de métodos moleculares permitió caracterizar microorganismos que aún no son
cultivables desde el punto de vista genómico, el desarrollo de técnicas de clonación y
secuenciación permitió reducir la cantidad y los costos del material inicial necesario para crear
una biblioteca genómica, a principios del tercer milenio nació el término metagenómica, que
se refiere al análisis del genoma de las comunidades microbianas, el término proviene del
concepto estadístico meta-análisis (el proceso de combinación estadística de análisis
separados) y genómica (comprensión, análisis del material genético de un organismo), esta
estrategia ya da resultados impresionantes desde el punto de vista biotecnológico, se logró
obtener enzimas y metabolitos con nuevas propiedades de interés industrial, por un lado ha
sido; adoptado por varias compañías farmacéuticas como método para obtener nuevos
antibióticos.(Grasso, 2006)

El enfoque futuro será obtener grandes cantidades de datos sobre la diversidad microbiana in
situ y la caracterización de su entorno en un contexto espacio-temporal, el desafío para los
microbiólogos ecológicos es recopilar e interpretar información útil desde el punto de vista
ecológico de esta base de datos complejas, la metagenómica actualmente está dominada
mayoritariamente por Estados Unidos y en menor medida por Europa. Los investigadores de
Sudamérica, especialmente Brasil, Argentina y Chile, tienen la capacidad y la visión para hacer
esto, pero carecen de los recursos financieros y la estructura adecuada.(Grasso, 2006)

El estudio de un metagenoma va encaminado al estudio de los genomas de microorganismos

no cultivables, para comprender de una mejor manera la ecología microbiana de cualquier
nicho ambiental, tales como, aguas profundas, suelo, el ecosistema intestinal, biodigestores,
aguas saladas, entre otros. Por otro lado, busca satisfacer las demandas biotecnológicas
industriales mediante la aplicación de nuevas enzimas y biomoléculas de interés.(Hernández,
et al, 2014)
 Figura 1. Microhábitats en el interfaz suelo-planta.

Reinhold-Hurek et al., 2015

.

Aplicaciones de metagenómica en el mundo

La metagenómica es un campo de estudio cada vez más importante que se está aplicando en
muchas áreas diferentes alrededor del mundo. Algunos ejemplos del uso de la metagenómica
en diferentes países y regiones incluyen:

Estados Unidos: en los Estados Unidos, la metagenómica se utiliza en una variedad de

aplicaciones, incluido el diagnóstico médico, el monitoreo ambiental y la biotecnología. Por
ejemplo, investigadores de la Universidad de California en San Diego han utilizado la
metagenómica para identificar nuevos antibióticos a partir de muestras de suelo.

Europa: la metagenómica también se está aplicando ampliamente en Europa, particularmente

en los campos de la medicina y las ciencias ambientales. Por ejemplo, investigadores de la
Universidad de Bristol en el Reino Unido han utilizado la metagenómica para estudiar las
comunidades microbianas en el intestino humano e identificar posibles cepas de probióticos.

Asia: En Asia, la metagenómica se utiliza en una variedad de campos, incluida la agricultura y

la seguridad alimentaria. Por ejemplo, los investigadores de la Academia de Ciencias de China
han utilizado la metagenómica para estudiar las comunidades microbianas en los arrozales y
para identificar microorganismos beneficiosos que pueden mejorar el rendimiento de los
cultivos.(Steele & Streit, 2005)

África: en África, la metagenómica se utiliza para estudiar las comunidades microbianas en

una variedad de entornos, incluidos el suelo y el agua. Por ejemplo, investigadores de la
Universidad de Nairobi en Kenia han utilizado la metagenómica para estudiar las comunidades
microbianas en el lago Victoria e identificar indicadores de salud ambiental.

En general, la metagenómica es un campo en rápido crecimiento con muchas aplicaciones

potenciales en diferentes partes del mundo.

Figura 2 - uploaded by Norma M de la Fuente-Salcido

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Detección del agente causal de la marchitez letal en plantaciones comerciales de palma

aceitera en el ecuador mediante técnicas de PCR y metagenómica

La marchitez letal (ML) es un problema fitosanitario que afecta al cultivo de palma aceitera
transmitido por el hemíptero Myndus crudus.
The first symptoms of the disease are the yellowing and drying of the leaflets, beginning with
the tips and edges. Baer, N., Morillo, E., & Bernal, G. (2013)

A. Colección de muestras

Se tomaron muestras de tejido vegetal de plantas sintomáticas y asintomáticas de ML, se

colectaron 10 gramos de muestras de suelo de la rizosfera de cada planta muestreada.

B. Extracción de ADN

Para la extracción de ADN metagenómico de suelo se utilizó el kit comercial PowerSoil DNA
Isolation de MO-BIO (No. Cat. 1288-50)

C. Detección de fitoplasmas

Se realizó una Nested-PCR con los primers PIF (5´- AGG AGT TTG ATC CTG GCT CAG
GAT T-3´) y P7R (5´ - CGT CCT TCA TCG GCT CTT -3´).

D. Análisis metagenómico de suelo

Para los casos positivos para fitoplasma se realizó la secuenciación de la región V5 del gen 16S
del ADN metagenómico de suelo para analizar la diversidad bacteriana.

Mediante el análisis se observó que los géneros más abundantes son: Acidobacteria,
Sreptophyta, WS3, Propionacterium, Terrabacter, Ktedonobacter y Ralstonia. EL ACP de la
diversidad metagenómica cualitativa y cuantitativa en muestras de suelo de plantaciones con
incidencia de ML determinó que no existe una relación directa de la diversidad existente con
la presencia o ausencia del fitoplasma y por lo tanto de ML

El aislamiento y cultivo de microorganismos de un entorno con el uso de medios nutrientes y

condiciones de crecimiento, apropiadas para un microorganismo en específico son técnicas
comunes la microbiología clásica. Y a pesar de que son muy necesarias para investigaciones
de fisiología y genética, técnicas basadas en cultivos tienen la desventaja de perder una gran
cantidad de la diversidad de microorganismos presentes en un ambiente (Cordovez et al., 2019).

Es por ello, que en la actualidad emplean técnicas moleculares que no dependen de cultivos y
que permiten identificar a los microorganismos gracias a la metagenómica. Uno de los retos a
los que se enfrenta el ecuador, es alimentar a una población creciente que para el 2050 tendrá
aproximadamente 9,73 mil millones de habitantes. La producción de alimentos entre 2007 a
2050 debe incrementar en un 70% mientras se práctica una agricultura sostenible y sustentable
(FAO, 2017).

De allí surge la idea de que los futuros 18 aumentos en los rendimientos agrícolas tendrán que
lograrse con un aporte reducido de fertilizantes y pesticidas y, con frecuencia, en suelos
degradados. Estos desafíos han aumentado la importancia de las decenas de millones de
microorganismos que viven en asociación con las raíces de las plantas y que estimulan el
desarrollo y salud de sus huéspedes.(Enrique - 2005 - LA INTERACCIÓN
GENOTIPO×AMBIENTE EN LA CARACTERIZA s. f.)

Este estudio tiene como fin descifrar la biodiversidad de microorganismos asociados a las
raíces nativas y modernas que forman asociaciones benéficas para estimular su crecimiento y
resistencia a estrés biótico y abiótico. Para esto se realizó experimentos de invernadero y se
utilizó las revoluciones en genómica que permitirán explorar lo que acontece en la composición
y funcionalidad del microbioma rizosférico y así identificar las comunidades microbianas
benéficas para contribuir a obtener altos rendimientos de los cultivos para ello realizaron una
evaluación de la composición de los suelos nativos y modernos de Cayambe y Loja a nivel
físico, químico y biológico en los laboratorios de Eurofins Agro Ecuador.

Figura 3: Análisis de componentes principales (ACP) con los datos de diversidad metagenómica de suelo,
realizado en el programa InfoStat v.2011e .
Últimos avances de la metagenómica

El avance de la metagenómica es fundamental, porque permite a los investigadores obtener

datos sobre la diversidad microbiana, llegando al 99% y varios tipos de genes que codifican
una enzima que aún no ha sido identificada.(Prayogo et al., 2020).

Las enzimas son compuestos biocatalizadores que pueden acelerar reacciones bioquímicas
utilizadas en diversas industrias. Varios beneficios de las enzimas han atraído la atención de
investigadores para desarrollar y explorar enzimas de la naturaleza para su posterior aplicación
en el campo industrial (Ghurye, s. f.).

La metagenómica ha demostrado ser uno de los campos de investigación más importantes para
la ecología microbiana durante la última década. Desde el análisis del gen marcador ARNr 16S
para la caracterización de las composiciones de la comunidad hasta la secuenciación aleatoria
del metagenoma completo, que además permite el análisis funcional, la metagenómica se ha
aplicado en un amplio espectro de áreas de investigación(Jünemann et al., 2017).

El gen ARNr 16S ha demostrado ser de gran utilidad para describir y caracterizar las
comunidades microbianas marinas, especialmente los organismos no cultivados. Las nuevas
técnicas de secuenciación han contribuido al incremento exponencial de registro de secuencias,
aunque parciales, del ARNr 16S como elemento de código de barras para
microorganismos(Valenzuela-González et al., 2015).

El reciente “descubrimiento” del virus de Schmallenberg gracias a las técnicas metagenómicas

(Rubio-Guerri et al., s. f.).

El virus Schmallenberg es una enfermedad viral emergente producida por un Orthobunyavirus

que fue detectado por primera vez en bovinos a finales del 2011 en Alemania. Este afectaba de
igual forma a ovinos y caprinos, y particularmente en estas especies generaba malformaciones
congénitas en fetos de hembras preñadas, al igual que fiebre y baja en la producción de
leche(Piñeros Duque, 2013).

El ensamblaje del genoma es la reconstrucción de genomas a partir de segmentos de ADN más

pequeños llamados lecturas que se generan mediante un experimento de secuenciación. En
muchos casos, las lecturas terminan en pares o emparejadas , lo que significa que los pares de
lecturas se secuencian a partir del mismo fragmento de ADN. Esta información se utiliza para
resolver ambigüedades causadas por secuencias repetitivas durante el ensamblaje así como para
ordenar y orientar los contigs ensamblados, los fragmentos del genoma que podrían unirse a
partir del conjunto de lecturas (Treangen TJ 2013).

Figura 4: Pipeline de ensamblaje metagenómico

La viruela del mono ha sido una enfermedad tropical zoonótica desatendida durante más de 50
años. Desde el brote global de 2022, cientos de muestras clínicas humanas se han sometido a
secuenciación de próxima generación (NGS) en todo el mundo con datos sin procesar
depositados en repositorios públicos. Sin embargo, el análisis de secuencias para la
investigación en profundidad de la evolución viral sigue obstaculizado por la falta de una base
de datos (DB) del virus de la viruela del mono (MPXV) de genoma completo curado y de
canalizaciones bioinformáticas eficientes. Para abordar esto, desarrollamos una base de datos
MPXV personalizada para la integración con flujos de trabajo "listos para usar" en el módulo
de genómica microbiana de CLC para el análisis genómico y metagenómico completo. Después
de la construcción de la base de datos (218 genomas MPXV), se analizaron la alineación del
genoma completo, la comparación por pares y el análisis evolutivo de todos los genomas para
generar automáticamente resultados tabulares y visualizaciones (tiempo de ejecución colectivo:
16 min). La utilidad clínica de MPXV DB se demostró mediante el uso de un conjunto de datos
NGS de captura híbrida de heces de chimpancé (disponible públicamente) para el análisis
metagenómico, filogenómico y de integración viral/huésped. La base de datos MPXV
clínicamente relevante integrada en los flujos de trabajo de CLC demostró ser un método rápido
de análisis de secuencias útil para la exploración filogenómica y una amplia gama de
aplicaciones en la ciencia traslacional. (Shen et al., 2022)

Figura 5: Metagenómica de la viruela del mono

La secuenciación de próxima generación (NGS) es una tecnología de secuenciación paralela
masiva que ha revolucionado la investigación genómica. El objetivo de la genómica es delinear
la composición genética, la caracterización colectiva y la cuantificación para describir un
fenotipo particular. NGS ha permitido la secuenciación de miles de genomas para estudiar la
diversidad dentro o entre grupos de germoplasma. El avance en la secuenciación también ha
transformado las estrategias de mejora en la agricultura. La introducción de nuevas plataformas
que emplean secuenciación de lectura larga aseguró una secuenciación más eficiente de
genomas grandes y complejos. NGS ha reemplazado los métodos tradicionales de genotipo y
fitomejoramiento y ha simplificado los enfoques de mejora y modificación genética con la
disponibilidad de información sobre diversas variantes genéticas. Esta revisión resume las
plataformas de secuenciación de próxima generación disponibles y su utilización en genómica
agrícola. La agrogenómica se ha vuelto más eficiente después de la introducción de las
tecnologías NGS con amplias aplicaciones en la selección del genoma, la paternidad, el
genotipado, la reproducción asistida por marcadores y la edición del genoma. El análisis de
datos de secuenciación de alto rendimiento permite la exploración de los horizontes de la
evolución y la diversidad, el mejoramiento molecular, el suelo y la metagenómica agrícola.
NGS ha demostrado ser una bendición para investigadores y mejoradores, ya que permite la
identificación rentable de marcadores para rasgos deseables que han llevado a cultivos y
ganado resistentes a los insectos y más productivos. (Marudamuthu et al., 2022)

Figura 6: Secuenciación
Bibliografía

Baer, N., Morillo, E., & Bernal, G. (2013). Detección del agente causal de la marchitez letal en
plantaciones comerciales de palma aceitera en el Ecuador mediante técnicas de PCR y
metagenómica.

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