José Ángel Cortés Fuentes Tecnologías de Recombinación Genética

Profesor Gerardo Rodríguez Muñoz Grupo 5BM1

Reconocimiento de promotores Control transcripcional por epigenética

1.- Las secuencias consenso no serán siempre iguales, 1.- Comúnmente encontramos al material genético
por lo que existen dos tipos de promotores: asociado a las histonas, formando nucelosomas.
a) Débiles: no son parecidos a las secuencias
consenso, de manera que producen menos proteína. 2.- Solo en caso de encontrarse relajados (forma que
b) Fuertes: son parecidas a las secuencias consenso, recibe el nombre de eucromatina) es posible detectar
de panera que la RNA pol. la identifica rápidamente y los promotores.
puede producir más proteína
3.- Cuando se compactan, los nucleosomas forman
2.- Los promotores dependen de la RNA pol. y en un solenoide, compactándose aún más (formando la
particular de la subunidad sigma. heterocromatina) y evitando que se detecten los
promotores.

Regulación positiva y negativa Expresión de proteínas

REGULACIÓN NEGATIVA 1.- Es importante recordar que diferentes tejidos

producen diferentes tipos y cantidades de proteínas
1.- En un promotor se tiene un sitio operador que debido a la expresión de sus genes.
permite que se lleve a cabo la transcripción siempre y
cuando no haya una proteína represora que lo bloquee. CONTROL DE INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN

1.2.- La proteína represora se regula con acción de una 1.- Consecuencia de las proteínas reguladoras de la
molécula llamada inductor, responsable de reprimir la transcripción como pueden ser:
actividad de la proteína represora.
a) Factores transcripcionales generales (GTFs) que
1.3.- La proteína represora, al unirse el inductor, se son requeridos por la RNA pol. y no existen en
separa del promotor, de manera que se puede procariontes.
identificar el sitio operador y se transcriba el DNA. b) Activadores que interactúan con el enhancer del
DNA para expresar la proteína.
2.- En una variación de este modelo, la proteína c) Coactivadores que contribuyen al proceso de
represora se encuentra se encuentra unidad con una activación.
molécula llamada represor. d) Represores que impiden el trabajo de la
polimerasa.
2.1.- La proteína unida al represor se encuentra e) Correpresores que contribuyen a que los
adherida al sitio operador en el promotor. represores inhiban a la RNA pol.

2.2.- La ausencia del represor permite que la proteína 2.- MTE, DCE y xCPE1 son responsables de regular
se libere del sitio operador y así se pueda llevar a cabo la expresión y reconocimiento del RNA por el
la lectura de este. ribosoma, controlando la expresión protéica.

3.- Recordando que el RNA se traduce a partir de un

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REGULACIÓN POSITIVA codón de inicio y uno de paro, las regiones que

codifican para una proteína en un RNAm se llaman
Es un modelo que facilita que la RNA pol. reconozca al CDS (coding DNA sequence), mientras que las
promotor. regiones sin traducir se llaman UTR (unstranslated
1.- La proteína activadora se encuentra adherida al sitio regions).
activador.
3.1.- En las UTR pueden haber estructuras que
1.1.- La acción de una molécula llamada modulador, inhiban el sitio de inicio o de reconocimiento (pueden
que se une a la proteína activadora, provoca que esta ser el cap o la cola poli A).
se libere del sitio activador.
3.2.- Esta regulación impide que el ribosoma
1.2.- Al liberarse la proteína activadora, la RNA pol. no reconozca el codón de inicio y se detiene la
puede reconocer el sitio activador. Este tipo de modelo producción de proteínas.
funciona a través de un modulador negativo.

2.- En una variación del modelo, la proteína activadora

se encuentra unida al modulador (de carácter positivo).

2.1.- Cuando el modulador se separa de la proteína

activadora, ésta se separa igualmente del sitio
activador.

2.2.- Al separarse la proteína activadora, la RNA pol.

no puede reconocer el sitio activador y se reduce la
actividad transcripcional.

Modelo del operón Reconocimiento de secuencias de nucleótidos

1.- Describe el control de genes regulables bajo 1.- Se lleva a cabo por medio de distintas enzimas
condiciones determinadas. que se describen a continuación.

2.- Se tiene la presencia de genes policistrónicos que a) Helix-turn-helix: estructura con forma de doble
codifican para diversas proteínas. Al ser controlados hélice, de manera que se anclan al DNA. Al
por un operón, reciben el nombre de genes insertarse en el surco mayor, lo recorren en
estructurales y tienen la capacidad de sintetizar búsqueda de una secuencia específica, en donde se
proteínas. detiene y se une a ella.

3.- Por otro lado, antes de estos genes estructurales

b) Dedos de zinc: son proteínas con átomos de zinc
debe haber regiones reguladoras que reciben el con la capacidad de unirse a la doble hélice a través
nombre de regiones operadoras (-) y sitios activadores
de las cargas negativas de los enlaces fosfodiéster y
(+). la carga positiva del zinc. De esta manera se puede
reconocer la doble hélice sin la necesidad de tener
4.- Estas regiones tienen secuencias para genes su estructura.
estructurales y reguladores que disminuyen o
aumentan la identificación del promotor por la RNA c) Cierres de leucina: son proteína de alfa-hélice con
polimerasa. extremos con abundantes aminoácidos básicos que
interactúan con los enlaces fosfodiéster. De esta
manera pueden avanzar por el DNA hasta encontrar
secuencias de hasta 3 bases (o pequeñas).
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Operón Lac Expresión de genes GAL en levaduras

1.- Es el responsable del metabolismo de la lactosa y 1.- Es importante mencionar que no existen
requiere de 3 proteínas principalmente: operones en eucariontes puesto que sus genes son
a) Galactosidasa permeasa, que permite el paso de la monocistrónicos y cada codón de inicio especifica
lactosa al interior de la célula. para una sola proteína.
b) β-galactosidasa, que cataliza la hidrólisis e
isomerización de la lactosa en alolactosa. 2.- Hay varios genes que codifican para la galactosa
c) Transacetilsa, que une un acetilo a la galactosa y en una región reguladora llamada UASG.
produce la acetil-galactosa.
3.- En un medio sin galactosa, las proteínas Gal4p
2.- Estas tres enzimas están reguladas por el operón se unen a UASG, de manera que se provoca la
lac y dicho operón está constituido por lac Z, lac Y y lac unión del dominio activador. A dicho dominio se une
A. Gal80p, provocando el bloqueo y deteniendo la
transcripción.
3.- Se tiene igualmente operadores donde se puede
unir el represor lac, O3, O1 y O2. 4.- Por otro lado, con la presencia de galactosa en el
medio se expresa la proteína Gal3p, que es un
4.- El promotor I (lac I) es un promotor constitutivo que inductor de Gal80p y modifica su estructura para
codifica independientemente al represor lac. provocar la liberación del sitio de activación.

5.- La proteína represora lac entra y sale 5.- Una vez liberado el sitio de activación, se pueden
constantemente del promotor, de manera que se tiene expresar los genes de la levadura responsables de la
o no la producción de las proteínas anteriores. degradación de la galactosa.

6.- Con la presencia de lactosa, aumenta de 100 a 6.- Hay que hacer hincapié que la proteína represora
1000 veces la cantidad de proteína β-galactosidasa. De no bloquea el promotor propiamente, sino la región
no haber lactosa, se omite la producción de las activadora que requiere la RNA polimerasa para
enizmas. expresar los genes.

Represión catabólica de la β-galactosidasa

1.- La β-galactosidasa es capaz de hidrolizar la
alolactosa y convertirla en galactosa y glucosa.

2.- Cuando se tiene una ausencia de AMPc, la proteína

CRP no se puede unir al sitio CRP, produciendo una
represión catabólica.

3.- Puede presentarse un escenario donde una alta

cantidad de glucosa evita la unión de la CRP,
previniendo un efecto positivo. De no haber lactosa se
produce una cantidad 1x, por otro lado, de haber
lactosa aumenta relativamente poco a 100x.

3.1.- De bajar la cantidad de glucosa y no haber

lactosa, se bloquea el sitio CRP por acción de la
proteína CRP y el AMPc en grandes cantidades. En
cambio, de haber poca glucosa y alta concentración de
lactosa, aumenta la producción de la proteína β-
galactosidasa a 10,000x.
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4.- Se sigue el razonamiento de la glicólisis, de haber

glucosa, la célula prefiere degradarla a gastar energía
en la producción de enzimas que puedan degradar
lactosa. Caso contrario, si disminuye la presencia de
glucosa y hay mayor presencia de lactosa, aumenta la
producción de enzimas que degraden a la lactosa.

Operón ara Control estiroideo de la transcripción

1.- De naturaleza catabólica puesto que produce 1.- Los esteroides actúan como activadores
proteínas usadas para catabolizar un metabolito. exclusivos de los eucariontes y son producidos por
otras células del mismo organismo.
2.- Este operón está conformado por los genes ara
BAD (ara B codifica para la L-ribulosa quinasa, ara A 2.- Teniendo hormonas polipeptídicas, es necesario
codifica para L-arabinosa quinasa y ara D codifica para contar con receptores en las células objetivo para
L-ribulosa 5-fosfosfato epimerasa) que tienen un poder activarlas y generar una señalización de
promotor llamado PBAD. cascada.

3.- Por otro lado, el promotor Pc regula la expresión de 3.- Por otro lado, una hormona estiroidea está
un RNAm del gen araC que produce a la proteína compuesta por lípidos, de manera que tiene la
represora. capacidad de atravesar la membrana celular
directamente.
4.- En ausencia de la L-arabinosa, la proteína
represora se une a las regiones operadoras (araO2, 3.1.- Hecho esto, la hormona se une a un receptor
araO1 y araI), bloqueando al promotor BAD y pC. estiroideo de la hormona para provocar una
respuesta de expresión del genoma y dar lugar a una
5.- Así, se tiene una disminución de la expresión de respuesta celular.
araBAD y araC y las proteínas que producen.

6.- Cuando se tiene presencia del inductor L-arabinosa,

ésta se une a la proteína represora, evitando que ésta
se una a la región operadora y se expresen las
proteínas.

Operón trp Regulación epigenética

1.- Es de naturaleza anabólica puesto que sus genes 1.- Recordando el primer punto de esta tabla, en
estructurales son responsables de sintetizar triptófano. presencia de heterocromatina el DNA no puede
transcribirse por falta de acceso a los activadores,
2.- Estos genes (trpE que codifica para la antranilato factores de transcripción y enhancers.
sintasa componente 1, trpD que codifica para la
antranilato sintasa componente 2, trpC que codifica 2.- Por otro lado, en la eucromatina podemos
para la antranilato isomerasa, trpB que codifica para la encontrar que los nucleosomas bloqueen al
triptófano sintasa subunidad beta y trpA que codifica promotor, de manera que resulta necesario que tanto
para la triptófano sintasa subunidad alfa) son el promotor cono el enhancer se encuentren
policistrónicos y se activan cuando hay ausencia de accesibles para expresar el gen
triptófano en el medio celular.
3.- Así, se lleva a cabo la remodelación de la
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3.- Por otro lado, el gen trpR codifica para el RNAm heterocromatina para poder expresarla. Se modifica
que produce la proteína represora de la región la forma de unión por medio de las enzimas complejo
operadora O que se encuentra al lado del promotor P. remodelador de la cromatina.
La proteína represora solo se une a la región
operadora si hay triptófano en el medio, inhibiendo la 4.- Puede darse a través de un cambio en la
lectura de los genes estructurales del triptófano. estructura de las histonas por acción de un activador
al cual se une una histona acetilasa.
4.- Si no hay triptófano, no se une la proteína represora
y se produce el RNAm que codifica para las proteínas. 4.1.- Por otro lado, la unión de acetilos provoca la
acetilación de las histonas, separándolas y
Atenuación del operón trp permitiendo que el promotor se encuentre accesible
para su reconocimiento.
1.- Se tiene la presencia de una región atenuadora
antes de los genes estructurales. Cuando se empieza a 5.- También puede darse un cambio de estructura de
sintetizar el RNAm y previo se llegue al primer gen los nucleosomas a través de la unión de otro
estructural, se sintetiza un péptido líder con presencia activador al cual se une el complejo remodelador de
de triptófano. la cromatina.

2.- Finalizando el péptido líder, se tiene una región en 5.1.- Con la unión de esta enzima, los nucleosomas
el RNAm que no codifica para proteínas (región 2) pero se remodelan y el promotor queda accesible para su
es capaz de formar apareamientos con el péptido líder reconocimiento,
o con la región 3, de manera que se forma un asa o
atenuador.

2.1.- En un medio rico en triptófano, el ribosoma lee el

RNAm y sintetiza al péptido líder mientras bloquea la
región 2.

2.2.- Al estar bloqueada la región 2, la región 3 se

aparea con la región 4 y forma un asa de terminación
pequeña, provocando la terminación temprana de un
RNAm pequeño.

3.- De haber poco triptófano en el medio, el ribosoma

tarda en encontrar los RNAt con triprófano, de manera
que se forma un asa entre la región 2 y 3.

3.1.- La región 3 no forma un asa de terminación con la

región 4, permitiendo que se lean todos los genes
estructurales del triptófano y transcribiendo la totalidad
del RNAm.

Condiciones de estrés Silenciación de los genes

1.- Originado en distintas condiciones, como el cambio SILENCIACIÓN EN TELÓMEROS DE LEVADURAS

de un medio rico a un medio pobre; cambio de la fuente
de carbono; limitación de aminoácidos; cambio entre 1.- Debemos saber que los genes pueden no ser
ambiente aerobio y anaerobio; choque térmico; choque expresados por su posición en el cromosoma.
ácido y deficiencia de nutrimentos como nitrógeno,
carbono y fosfato. 2.- Tenemos que las proteínas Sir2, Sir3 y Sir4
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provocan que la proteína Rap1 se adhiera a los

2.- Enfocándonos en el cambio de un ambiente aerobio nucleosomas adyacentes al telómero, de manera
y anaerobio en el organismo Escherichia coli que se tiene una dificultad para remodelar la región
cercana al telómero.
2.1.- En un metabolismo aerobio, el ciclo de Krebs es
capaz de llevarse a cabo de manera correcta, sin 3.- Con esto, será sumamente difícil expresar los
embargo, cuando se tiene un medio anaeróbico, genes por la cercanía de éstos a los telómeros.
consideramos modificaciones importantes en el
organismo. SILENCIACIÓN POR METILACIÓN

2.2.- Ocurre la glicólisis y la fermentación, de igual 1.- En ésta, se tiene una metilación de determinadas
manera, se presenta el ciclo de Krebs anaerobio. posiciones del genoma, como pueden ser enhancers
o promotores, evitando su reconocimiento y
2.3.- Una baja de oxígeno activa a la proteína de provocando que sean silenciadas.
membrana ArcB, responsable de fosforilar a ArcA.
2.- Un ejemplo puede ser una citosina en el DNA. Si
2.4.- ArcA es responsable de inhibir a la citocromo esta se metila por acción de la DNA metilasa, se
oxidasa de alta afinidad y a la de baja afinidad. Por otro forma una 5-metilcitosina, la cual previene que se
lado, activa a la fumarato reductasa y a la nitrato reconozca el promotor.
reductasa, reafirmando la falta de oxígeno.

2.5.- La fuente de electrones requiere de sensores de Control postranscripcional

la concentración de nitratos, como son NarQ y NarX.

2.6.- Cuando se transfosforilan, NarQ activa a la NarP, 1.- En los RNAm se pueden presentar regiones
responsable de reducir la presencia de la nitrato conocidas como IRE (iron-response element), las
reductasa (permanece en caso de bajar el nitrógeno). cuales tienen la capacidad de formar asas que se
Caso contrario, con altos niveles de nitrato, NarX encuentran en la UTR en dirección 5’ o 3’.
produce a NarL, inhibiendo a la fumarato reductasa y
activando a la nitrato reductasa. 2.- Por otro lado, tenemos a una enzima con gran
afinidad por el hierro, de manera que al encontrarse
3.- Enfocándonos en el choque térmico (o heatshock) una molécula de este, se unirá a la proteína.
de 30°C – 42°C. Recordémonos que el heatshock
provoca un doblado incorrecto de las proteínas. 3.- Caso contrario, de haber poco fierro en el medio,
la proteína se unirá a los IRE, recordando que
3.1.- A 30°C, el gen constitutivo para sigma-32 tiene pueden estar en las regiones UTR 5’ como en la
una estructura secundaria en forma de asa que UTR 3’.
previene su lectura.
4.- Al unirse, provocan que el RNAm no sea
3.2.- Al aumentar la temperatura a 42°C, se genera una reconocido por el ribosoma (no se detectan ni su cap
ruptura en los puentes de hidrógeno del asa, liberando ni la cola poli A) y no se transcriba su información.
los promotores y produciendo sigma-32.
MICRO RNA (miRNA)
3.3.- Sigma-32 es capaz de identificar los genes HS
que codifican para chaperoninas que permiten un buen 1.- Estas moléculas son sintetizadas en el núcleo
plegamiento de las proteínas. celular y son reclutadas por las proteínas
argonautas.
3.4.- Dichas chaperoninas son capaces de deshacerse
de las proteínas mal plegadas al atraparlas y 2.- Cuando dichas proteínas reconocen una
degradarlas. secuencia de micro RNA, comienzan a recorrer
RNAm.
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3.5.- Cuando la temperatura vuelve a bajar a 30°C,

sigma-32 se vuelve inestable, inactivándose y 3.- Cuando reconocen una región del RNAm
deteniendo la producción de las chaperoninas. complementario al micro RNA, procede a cortar la
cadena de RNAm para evitar que éste se transcriba.
4.- Enfocándonos en la respuesta SOS cuando existe
un daño producido por luz UV. En respuesta a daño 4.- Existen tres posibles explicaciones alrededor de
ambiental por luz UV, se produce una hebra sencilla de dicho mecanismo (cuando la proteína argonauta se
DNA. une al miRNA y reconoce la secuencia
complementaria):
4.1.- La proteínas represora LexA se une a promotores
con funciones distintas: recA es responsable de reparar a) Ocurre una degradación o rompimiento que
material genético comparándolo con material favorece la ruptura del RNAm.
homólogo, mientras que otras enzimas son b) El complejo argonauta-miRNA son
responsables de la reparación del material genético por reconicidos por un complejo proteico llamado
la luz UV. cuerpo P que captura al RNAm y evita su
traducción.
4.2.- De a ver DNA de cadena sencilla, recA se activa e c) El cuerpo P degrada al RNAm en lugar de
inhibe/degrada a LexA, de manera que los promotores capturarlo.
quedan libres y se pueden producir las proteínas
reparadoras de luz UV.

BIBLIOGRAFÍA Y FUENTES CONSULTADAS

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Company. New York. Sixth Edition.

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génica en bacterias (artículo) | Khan Academy

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- Universidad de Granada. (2006). “Regulación génica”. Universidad de

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