Clase 4: Modificaciones Epigenéticas en Histonas

La epigenética se basaba a cambios que concurrían a nivel de la secuencia

de ADN, y que tenía que ver con el control de la expresión. Es decir que
eran heredados.

Mecanismo que estaban relacionados con el proceso de epigenesis, que

vendrían a hacer las modificaciones bioquímicas a nivel de histonas
(metilaciones, acetilaciones). ¿Cuáles son otros mecanismos? Podrían
ocurrir modificaciones bioquímicas a nivel de DNA, también modificaciones
postraduccionales (relacionado a RNA) y, el efecto medioambiental.

Entonces 2 mecanismos que son muy importantes: La metilación de DNA

como tal y modificaciones a nivel de histonas, entonces vamos a ver que
estos mecanismos van a guardar relación con acetilaciones, fosforilaciones,
metilaciones, pero también va haber otro tipo de cambio que va ocurrir a
nivel de proteínas e histonas, como en el caso del DNA.

Relación del DNA e histona está relacionado con el tipo de compactación, y esto tiene que ver con el grado de
exposición de fragmentos de DNA para el proceso transcripción o simplemente su exposición.

Luego teníamos la denominación de las colas n-terminales de las histonas mediante cambios a nivel bioquímico que
podrían generar posteriormente: una separación de los diferentes nucleosomas que se encuentren compactadas y
ahí pueden pasar acetilaciones, metilaciones y también fosforilaciones que permitían la activación de ciertas
proteínas que permitían la unión al DNA y lo que hacía es separar a los nucleosomas y permitir que esa región pueda
entrar a transcripción.

Y también en el ADN va a tener cambios a nivel de metilación a nivel de as cpG, estas islas de citosina y guanina son
importantes porque se están vinculadas con las regiones promotoras y posteriormente con la trascripción.

A) En el núcleo, bobinas de ADN y se condensa alrededor de las histonas. Cada histona octamérica. Núcleo contiene dos
copias cada una de histonas H2A, H2B, H3 y H4. El complejo ADN-proteína es referido como cromatina.
B) La interacción ADN-histona. Se produce en la cola N-terminal de una histona, donde por ejemplo en la H3 cola N-
terminal, hay Varios sitios para el marcado epigenético.
Vía acetilación, metilación y fosforilación.
 C) En y alrededor de los promotores de genes. Que son ricos en citosina-guanina nucleótidos (islas CpG), metilo los grupos
son transferidos a CpG sitios Este proceso, llamado ADN. La metilación, es catalizada por una clase de enzimas
conocidas en el ADN metiltransferasas.

La metilación de DNA:

Las enzimas encargadas metilar el

DNA son las DNA
metiltransferasas, la metilación es un
compuesto espontáneo, y se
activa posterior a la replicación,
sin embrago en algunos
momentos se encuentran en el
orden N-metilado, eso quiere
decir que solo una hebra esta
metilada posterior a la replicación
durante un corto período de
tiempo, posterior las DNA-
metilasas lo que van hacer es
metilar las regiones de citosina y
guanina generando toda la
metilación completa a nivel del
DNA.

La metilación del DNA va estar relacionada con un grado de compactación, mientras que la acetilación a nivel de
DNA va estar relacionado con la interacción histona-DNA, con un nivel de relajamiento a nivel del DNA y esto va
estar relacionado con los grados de hipermetilación o hipometilación, que se relaciona con los procesos de
transcripción, estos grados se va a dar a nivel de promotores.

Está metilación en las citosinas se va dar gracias a la adición

de grupos metilo que va hacer que va hacer transferido a
partir de una molécula, S-adenosylmetionina esa
molécula va hacer importante porque la vamos a
metilación a nivel de histonas.

Y esta metilación a nivel de citosinas genera un cambio de

una citosina a un metilicitosina es considerada con un
switch que va activar o desactivar el proceso de
transcripción. Y eso guarda relación con el grado de
compactación a nivel de nucleosomas.
 Tanto la eucromatina como la heterocromatina van a sufrir proceso de
metilación, pero vamos a encontrar en el caso de la eucromatina una mayor
densidad de histonas acetiladas y una baja metilación de DNA y una metilación
principalmente a nivel de lisinas en la histona 3 y 4. Lo mismo sucede con la
heterocromatina, por lo que vamos a tener una baja densidad de acetilación
de histonas, una buena densidad de ADN y metilación de lisinas, pero
principalmente la 9.

Modificaciones post-traduccionales en histonas (PTMs)  Aminoácidos básicos

cola N-terminal – contacto entre nucleosomas adyacentes  Enzimas y reacciones ATP dependientes  Activación o
represión transcripción y otros procesos como reparación, replicación y recombinación

Hemos visto que la metilación estaba presenta tanto a nivel de DNA como de histonas.

Las histonas son proteínas y estás como tal van a tener modificaciones postraduccionales principalmente y están
determinadas por reacciones enzimáticas que son dependientes de ATP y por ello va haber un gasto de energía para
que ciertas enzimas adicionen o quiten ciertos grupos químicos. La gran mayoría de cambios se va a dar a nivel de
proteínas(histonas) ocurren a nivel de la cola N-terminal, sin embargo, algunos cambios también pueden ocurrir
dentro del COR, dentro de las histonas que corresponden al COR del nucleosoma, sin embargo, no están frecuente,
pero puede ocurrir. La implicancia de estas modificaciones dentro del COR (parte no externa del nucleosoma), no
están relevante.

Estos cambios a nivel de aminoácidos básicos a nivel de la cola N-terminal de las histonas van estar relacionados con
esa adherencia o esa cercanía que hay entre esa unión de nucleosomas entre sí. Y por ende la compactación a nivel
de cromatina. Estas modificaciones no solo van estar relacionadas con la activación o represión transcripción sino
con otros procesos como reparación, replicación y recombinación.

¿Qué cambios de modificación postraduccionales se conocen en histonas?

 Acetilación
 Fosforilación
 Metilación (mayormente en: Lisina, Arginina, DMTasas)
 Otros:

Desaminación, ADP-ribosilación,
Ubiquitinación  no son tan
marcados como los otros.

Estas diferentes de modificaciones van

ocurrir en diferentes tipos de aminoácidos.

Los aa más involucrados van hacer la lisina,

arginina, treoninan y serina.Hay más, pero
estos son claves para el procesos epigentico.
 Cada una de las histonas va tener posiciones a nivel de su cadena de aa los cuales le van a permitir ciertos cambios.
En el caso de la histona 2A, Histona H3 y por ejemplo la posición 27 que tiene que ver tanto acetilaciones como
metilaciones. También es importante la posición 8 que tiene que con acetilaciones como metilaciones.

¿Pero qué hacen estos cambios?

Las acetilaciones afectan mayormente a residuos como lisina y van a estar relacionado transcripción, pero también
se han visto involucrados en la reparación de DNA y también en la condensación. En el caso de la metilación se da en
lisina y arginina y están relacionas con la transcripción de ADN. Las metilaciones en lisina modifican ciertos residuos y
están relacionados con la transcripción y reparación de DNA, estas metilaciones están relacionadas con los sistemas
de reparación principalmente basados en recombinación. Por otro lado, las metilaciones con arginina están
relacionados con la transcripción. La fosforilación afecta a la serina treonina y tirosina involucrados en transcripción,
reparación y condensación.

La acetilación:

Se da por la adición de un grupo acetil, se da

principalmente en las lisinas, y hay dos enzimas que
están relacionadas Histona Acetil Transferasas (HATs)
(lo que hacen neutralizando cargas positivas lo que se
genera es una disminución de interacciones
Histona-ADN y lo que hace es permitir que este libre el ADN en ciertas porciones para que esté disponible para el proceso
de transcripción) e Histona desacetilasas (HDACs).

Hay dos tipos de Histona Acetil Transferasas:

 HAT tipo A – Cromatina, Histonas, variables, mayor especificidad (no son tan conservadas, pero van estar dentro
de la cromatina y van actuar también porque son histonas mucho más variables que le van a permitir cierta
especificidad al momento del grupo acetil)
 HAT tipo B – Citoplasmáticas, conservadas (y son orden citoplasmático y son altamente conservadas y estas no
están relacionadas mucho con el proceso de epigenesis, a diferencia de las de tipo A)
Por otro lado, están las Histona desacetilasas (HDACs), lo que hacen es quitar el grupo
metil y son considerados como enzimas que revierten el efecto de las HATs (carga
positiva a Lisina) y vuelven a permitir la unión estable de DNA e histonas son
considerados también represor transcripcionales es decir si una porción de lisina de
desacetilar podría entonces volver a reprimirse la trascripción y en algunos casos a
condensarse la cromatina, hay 4 clase de estas enzimas HDACs, tenemos de la clase I A
la IV ,la única diferencia es que hay una clase que es interesante que es la : Clase III –
NAD+ cofactor), ya que es dependiente de NAD. También la especificidad de estas
desacetilasas no es muy elevada.
Acetilar es especifico, pero desacetilar no.
Histona – Fosforilación:

Consiste en la adición de un grupo fosfato, y es se da

principalmente en residuos de serina (S), treonina (T) y tirosina (Y),
estos cambios de regulación están relacionado a las Kinasas y fosfatasas,
las cuales están vinculadas a las activación o desactivación de ciertas
proteínas y enzimas, y eso es importante ya que sabemos que la
fosforilación es considerado como un switch biológico que activa o
desactiva vías …., eso por eso que cambios están relacionados con la regulación de mitosis y estabilización interacciones
DNA-proteína y tiene que ver en el proceso de replicación.

Vamos a ver varios procesos de fosforilación y su relación con diferentes actividades a nivel celular:

Fosforilaciones a
nivel de serina (S),
treonina (T) y
tirosina (Y), y acá
tenemos a
proteínas que
están vinculadas a
la unión de DNA-
proteína
vinculadas por
procesos de
fosforilación en las regiones por otro lado también tenemos las posiciones relacionadas con proceso de mitosis,
reparación DNA y apoptosis.

Histona – Metilación:

Se va a dar principalmente en dos tipos de residuos Lisina (K) y arginina (R) principalmente en su Cola N-terminal de
Histonas. La metilación no altera la carga de las histonas (como si lo hace la acetilación), además se va a dar en
diferentes grados (en la acetilación no, acetilo o no acetilo, pero en el caso de estas puede ser tres veces en una
misma posición), la adición de diferentes grupos metilo también va a guardar relación con diferentes actividades
celulares. Por otro lado, la lisina puede llegar a metilarse tres veces (trimentilada) sin embargo, la arginina puede
llegar a metilarse solo va a llegar a una bimetilación. Hay enzimas especificas que están relacionadas con el tipo de
metilación y van hacer especificas dependiendo de el aa al cual lo va a metilar(M), estas son por ejemplo la lisina-
Metil transferasa, que es una enzima especifica para llegar al orden de una trimetilación, ese tipo de enzimas
también van hacer específicas para arginina por ello vamos a tener Arginina-Metil transferasas, las cuales van hacer
de dos tipo I y II, sin embrago la diferencia es el tipo de histona que van a atacar. Y tanto está con la lisina-Metil
transferasa es dependiente de adenosinmetionin, era algo similar a lo que ocurría en el DNA. Este tipo de metilación
que ocurre a nivel de lisina (K) y arginina (R), simplemente va hacer un proceso de orden reversible, por ello vamos a
tener enzimas desmetilasas que va a poder regresar a un estadio inicial del proceso de metilación, y es muy
importante el uso de S-adenosilmetionina como un cofactor que va a captar los grupos metilo o los va a donar como
un intermediario.

La metilación es importante porque guarda relación con el grado de compactación de la cromatina. Sin embargo,
tenemos que tener en cuenta que en una histona la metilación en una histona se convierta en otra forma y otra en
otra de forma diferente, entonces tenemos que tener cuidado ahí. Por ejemplo, tenemos a la histona 3 y una
posición de lisina 4, donde está lisina 4 en el caso de una trimetilación puede promover generar una abertura o una
descondensación de la cromatina favoreciendo que factores de transcripción tengan acceso a la región promotora y
se llega a una trascripción. También en la posición 27 de la lisina en misma histona si se bimetila o trimetila también
podría tener un efecto contrario, lo que haría sería bloquear el proceso de trascripción , entonces es muy importante
la posición en la cual ocurre el proceso aún siendo la misma histona.

En base a esto se ha
tratado de clasificar
algunas de estas
enzimas y componente como moléculas que van a favorecer el proceso de transcripción o otras que van a tener que
eliminar este proceso o ser efectoras. Las enzimas encargadas de acetilar van hacer enzimas encargadas de
transcribir. Y las que quitan grupos acetilo van están encargadas de bloquear o regular la transcripción.

En el caso de una desmetilación, en el caso del DNA …. Como puede provocar que cierta región de la cromatina va a
tener a descondersarse, igual vamos a poder ver el proceso de metilación del DNA en proceso de condensación de la
cromatina. Y ciertas proteínas que se relacionan con la unión hacía el DNA.
Dentro de todos esos cambios la acetilación por ejemplo a nivel de lisina va a tener unas enzimas involucradas
Histona Acetil Transferasas (HATs), que van hacer remover cargas positivas y disminuir la interacción con las DNA-
histonas. La metilación que ocurre a nivel de argina y lisina y va estar relacionada con Lisina-Metil transferasa o con
Arginina-Metil transferasas, y va estar relacionado con remoción o adición de grupos metilo(también proceso
reversible) y la fosforilación, ubiquitinación relacionado a las lisinas va estar vinculada a formar el complejo de
ubiquitina, y la enzima involucrada va hacer la E1, E2, E3 que forman un complejo de tenía capacidad proteolítica y lo
que va hacer es suprimir la expresión de los genes, marcar esa histona para que se vaya a la vida del proteosoma.
5) Lo que hace es la estabilización de la cromatina durante el proceso de reparación. Había un tipo de proceso de
reparación por recepción de nucleótidos que guardar relación con cambios a nivel estructural en una molécula DNA,
por ejemplo, mal pareamiento de DNA lo que pasaba que proteínas del orden de las familias Humu ¿? Se encargaban
de rodear esta región y favorecer la incisión de este fragmento de DNA. Que podía hacer de 19 o 23 nucleótidos,
dependiendo si es procariota o eucariota para poder eliminar esa porción de DNA. Estos últimos cuando hablamos
de cambios a nivel bioquímico no son reversibles, porque no existe una enzima que revierta ese proceso. Es por eso
que esos cambios no son estudios porque no tenemos una enzima que revierta este proceso.

En resumen, si hablamos acetilación las histonas más vinculadas son la 3 y 4.

La acetilación de estas CORE histonas también va está relacionada con el ensamblaje de a nivel de nucleosoma y con
la relación con la replicación, si hablamos de replicación nos recordamos de las horquillas de replicación, por un lado,
y están requerían de una maquinaria proteica que tenías que generarse a partir de desenrollamiento de una parte de
DNA. Y sin ese proceso no se podía iniciarse la horquilla ni la replicación, por eso es necesario la separación de los
nucleosomas y la descondensación de una parte de la cromatina.

La fosforilación que se da a nivel de histona 1, por que ahí, porque ahí tiene una función que era anclar a los
nucleosomas que se encontraban cercanos, una unión más estrecha entre nucleosomas y lo que generaba una
compactación. Entonces si fosforilamos y activamos esta proteína podemos activar la unión a otros factores o
proteínas de interacción con DNA para que tiendan a separar a los nucleosomas y tiendan a separa este DNA para
que puede estar listo para el proceso de transcripción o replicación.

La ribosilación está vinculada en la reparación de DNA, las metilaciones relacionado con la activación de ciertos
genes, la ubiquitinación la perdida de la histona y su degradación a nivel del proteosoma o también la simulación
que va estar relacionada con la represión a nivel del proceso de transcripción.
 Esos cambios a nivel de lisina, lo que pueden
generar a nivel de DMA es favorecer esa
interacción con ciertas proteínas de interés o
complejos proteicos para mantener cierto grado de
separación a nivel de nucleosomas y ponerlos a
exposición para la maquinaria de transcripción o
puede ocurrir interacciones a diferentes regiones
del DNA que van hacer metilados. si nosotros
observamos estas metilaciones a nivel de toda la
estructura de la histona también podríamos ver
esas metilaciones tienes un efecto colateral en
otras metilaciones es decir hay una interacción
entre los procesos de metilación de cada uno de los
residuos en una misma histona.

Observamos el COR de histonas dentro del nucleosoma podemos ver una rama diferente de residuos que van hacer
modificados postraduccionalmente, tenemos el caso de la histona 3, 2 y 4, 7.

La interacción de RNA largos están relacionados al bloqueo o… de la transcripción.

Cambios a nivel de la acetilación podrían estar involucrados con el origen de la neoplasia y también relacionada a
capacidad proliferativa de tumores. Hay estudios que han confirmado que la perdida de la acetilación en la lisina del
16 de la histona 4 está asociado con la presencia de cáncer. Han analizado diferentes tipos de neoplasia y han
encontrado en todas; la presencia de acetilación en la lisina 16. (PUEDE SER USADO COMO MARACDOR)

Metilación del ADN y Cáncer:

Se ha tratado de relacionar el cáncer con la presencia de cambios bioquímicos a nivel de proteínas y a nivel del DNA.
Se ha visto también que la hipermetilación o hipometilación en ciertos genes podría estar relacionado con la
presentación de cáncer. La hipermetlación favorece de represión orden transcripcional si de da en genes supresores
de tumores constituyen un gran problema que va a favorecer el mantenimiento de líneas celulares malignas por
otro lado hipermetilación en ciertas regiones o hipometilación en ciertos genes por ejemplo en este caso genes
encargados de la proliferación celular como en el caso de oncogenes va a guardar relación con mayor tasa de
recombinación sino de mitosis que a la larga va a generar mayor inestabilidad daño enorme, a ver tanta metilación
podemos tener mayor tasa de errores, y si tenemos también daños a nivel de control como apoptosis y puntos
control de tipo celular lo que vamos a generar es que las líneas celulares con daño o alteraciones puedan pasar esas
vallas de control. En el caso de cáncer de próstata ya se conoce varios genes que están involucrados con
hipermetilación en el caso de presentación de cáncer por citar tenemos a u gen:

Este gen GSTP1, que esta involucrada en detoxificación y reparación de DNA, está hipermetilada en un 13 a 100% en
el caso de presencias de cáncer de próstata. En el segundo si es por adhesión sabemos que le cáncer de próstata es
uno de los canceres que entran en un proceso de metástasis más rápidos, por la tanto la adhesión celular no es la
más adecuada. RASS lo que va hacer activar el ciclo de multiplicación celular o va activar los centros de replicación de
la célula, también es activada a través de una fosforilación de una forma inactiva GDP a una activa GTP.

En la hipometilación que también hay genes que guardan relación con cáncer de próstata que guardan relación con
procesos de hipometilación. Y en algunos casos van a estar relacionado proteínas de señalización celular, la adhesión
celular tendría que ser hipermetilada, puede estar presente hiper o hipo, pero hipermetilada. Pero en este estudio
no discriminaron etapas del cáncer.

Las CDK son fosforilasas van adicionar un grupo fosfato y tenemos una metiltransferasa que tiene un resido T350
que se llama treonina que si se fosforila se activa la enzima lo que hace es metilar la histona tres una trimetilación,
esta si se encuentra cercana a un gen supresor de tumores lo que va hacer es inactivarla. Y esto a su vez generaría la
proliferación tumoral.

Como se ve el tema de cáncer relacionando a cambios de orden bioquímico, va tener que ver con el gen, la posición
en el residuo de la histona y el estadio de cáncer.

En base a todo lo que se conoce ya se empieza hablar de epigenomas y se empieza haber toda la capacidad de
cambios que ocurren a nivel bioquímicos a diferentes genomas y eso nos va a dar es cierto pronóstico de ciertas
enfermedades a nivel de cáncer y también hay ciertas alternativas que te permiten analizar los cambios de orden
bioquímico de genes específicos o también podemos analizar con cambio de microarreglos (cual es la tasa de
acetilación y fosforilación).

Como vemos podemos tener inactivaciones epigenicas a nivel de ciertos componentes de DNA y proteína, por
ejemplo, hipermetilación del promotor de DNA va bloquear la transcripción, también tenemos metilaciones que
pueden hacer que en las histonas se repriman ciertos genes. La pérdida de modificaciones en las histonas que se
encuentran activas para el proceso de transcripción o la sobrerregulación de ciertos RNAs todo esto relacionado con
una inactivación de orden epigenético. Si esto afectase a zonas donde se encuentran supresores de tumores como
PG3, entre otros podría estar relacionado con la activación de carcinogénesis. Estos son genes que han sido
reportado para casos de carcinogénesis de tumor de carcinoma humano. Y lo mismo puede pasar por la represión de
orden epigenético como por ejemplo la hipometilación a nivel de promotores de DNA, a perdida de la …metilación
de la represión de cierta expresión de genes, la activación de ciertos genes para su transcripción. Hay una relación de
ciertos RNAs asociados mayormente a oncogénesis.

Mientras que la inhibición de la transcripción de los supresores de tumores, como la activación en la transcripción.

Si todo esto es mofiifcado por enzimas entpnces yo podría tratar de controlar esos procesos. Y es parte de lo que
viene trabajando un poco terapia génica. Sí yo pudiese revertir los procesos de A y M, yo podría controlar el efecto
de ttendría la transcripción de ciertos genes. Muchas drogas ya se están provando en tratamiento ante el cáncer que
actúan pricipalmente en lo que viene hacer cambios bioquímicos reversibles mayormente del orden de metilación. Y
lo que pueden hacer es reactivar los genes supresores de tumores que estaban inactivados a nivel tumoral o
también bloquear genes de oncogenes que esten relacionado con el crecimiento del tumor.

Acá podemos ver inhibidores de ciertas enzimas, por ejemplo inhibidores de acetilasas de histonas o incluso algunos
vana haber septados por el DNA. Y hay varios mecanismo que podemos usar para inhibidir estos procesos.

¿Cúal es el problema de usar inhibidores? Que pasa si yo inhibo la desacetilasa, voy inhibibir esas desacetilasas que
afectan a genes de orden tumoral sino que también a cual gen. Por ello se busca los mejores…… para buscar drogas
inhibidoras para estos de estos tipos de enzimas. Por ejemplo la DMCT1 es una desmetilasa que fue a primera que se
conocipo ya existen inhibidores para este tipo de enzima ahora el tratamiento es local, sin embargo,hay una
investigación de por medio para que puedan llegara realmente a un idea clara de los efectos que ocurren a partir de
la utilización de inhibidores.

Entonces también vamos a ver otro tipo de enferemedades relacionadas a cancer, como cáncer de células
sanguíneas, estos tipos de canceres guardan relación con aleteraciones cromosomales (delelción o más),sabemos
que están vinculadas con la inactivación de ciertos genes y por ende la aparcición. Diferentes tipo de cambios que
ocurren a nivel de orden epigenetico que guardan relación con ciertos tipos de cancer:
También se están haciendo estudios de estos cambios sobre el comportamiento, se ha tratado de mencionar
cambios de orden epigenético como la activación o desactivación de ciertos genes en enfermedades neurológicas:
relacionados al estrés y a la memoria. Y mucho de estos cambios podrían guardar relación con el proceso cognitivo.

Se ha encontrado modificaciones basados a nivel bioquímico que se relacionan con enfermedades neurológicas
como déficit de atención, esquizofrenia, autismo entre otros. En resumen, cuando hablamos de cáncer vamos a
haber cambios a nivel de la metilación del DNA, cambios a nivel de aa de las colas de las histonas, también cambios
de la unión de proteínas directamente con el DNA promueven la activación o desactivación de ciertos cambios
como fosforilaciones y vamos a ver también como mutaciones puntuales y todo se va relacionar con cáncer.
Cualquier cambio a nivel de la proteína, va alterara los procesos como la metilación; y todo estos va atener una
implicación de orden epigenético que puede estar relacionado a cáncer. Y si analizamos a nivel macro se dan cuenta
que se empieza a ver procesos de cambios bioquímico no solo en un gen o proteína, sino no en una gran cantidad de
gen o proteínas.

Tenemos diferentes tipos de metilación y tenemos diferentes proteínas que son las afectadas. Y no solo va haber
cambios bioquímicos sino también cambios de ciertas partes o residuos a nivel de las histonas. Muchos estudios
iniciales o de etapas avanzadas tratan de buscar una relación de ciertos inhibidores que bloqueen sitios clase del
proceso de modificación de histonas y ver ele efectos de ciertas actividades o comportamientos.

Hay estudios de orden psicológico, actualmente estos estudios de genes específicos son menores por la aparición de
tecnológica hace que se mejore, y las técnicas que usan para detectar cambios a nivel bioquímico se basan en de
bisulfito de cambios a nivel de secuencias de DNA, en el caso de proteínas se puede usar manitol.