Yoritoki fue asesinado. Con este hecho se declara la guerra entre Abe no Sadato, hijo de Yoritoki, y los Minamoto.

42 No fue
sino hasta 1062 cuando Yoriyoshi pudo vencer a los Abe en la batalla de Kuriyagawa llevando la cabeza del rebelde hasta
Kioto en señal de triunfo.42 Minamoto no Yoshiie, hijo de Yoriyoshi, estuvo al lado de su padre durante todo el conflicto,
ganando un gran prestigio por sus proezas militares. Esto le valió el apodo de Hachimantarō o «el primer hijo nacido de
Hachiman, dios de la guerra».42

Mientras que el declive económico y la inseguridad estaba poniendo en confrontación a los clanes Fujiwara, Taira y
Minamoto tanto dentro como fuera de la corte en la segunda mitad del siglo X, la familia imperial restauró su poder político
con el ascenso al trono del emperador Go-Sanjō (1068-1073) que dejó impedido al clan Fujiwara en las decisiones
administrativas, reguló los shōen, decidió aplicar reformas económicas sobre los obsoletos ritsuryō e instauró una institución
llamada insei (gobierno enclaustrado), en donde el emperador al momento de abdicar se retiraría a un templo budista pero
mantendría un cargo de regente sobre su sucesor, llenando el vacío de poder que dejaba el clan Fujiwara por disputas
internas y facciones. Su sucesor, el emperador Shirakawa (1073-1087) fue quien aplicó el insei en su máxima expresión al
gobernar como emperador retirado por más de 40 años hasta 1129, regentando sobre tres emperadores que fueron
títeres.43 El emperador Toba (1107-1123) también se acogió al insei gobernando por más de tres décadas hasta su muerte
en 1156 y manteniendo su influencia sobre otros tres emperadores.44 En este período, sin embargo, hubo contrariedades
entre el emperador reinante y el retirado, dando paso al poder militar la autoridad de gobernar el país sobre la autoridad
civil.

En el año de 1083 estalló nuevamente un conflicto armado en el que los Minamoto se verían envueltos, ahora en la Guerra
Gosannen o «guerra de los últimos tres años», originada por diferencias entre los líderes de los antiguos clanes aliados
Minamoto y Kiyowara. Después de una feroz batalla de tres años en que la Corte se negó a auxiliar a los Minamoto, éstos
lograron, sin embargo, salir finalmente victoriosos. Cuando Yoshiie asistió a Kioto con la finalidad de buscar una
recompensa, la Corte se negó y aún le recriminó los impuestos atrasados que debía, con lo que se inicia un claro
distanciamiento entre ambos. Mientras tanto, sus rivales, los Taira, gozaban cada vez más de una mejor relación con la
Corte Imperial debido a sus hazañas en el oeste del país.45 La rivalidad entre los clanes Minamoto y Taira fue aumentando
y haciéndose cada vez más evidente. En 1156, aprovechando la muerte del Emperador Toba, tuvo lugar un conflicto entre
ambos clanes, cuando Minamoto no Yoshitomo se unió a Taira no Kiyomori contra su padre Minamoto no Tameyoshi y su
hermano Tametomo, durante la Rebelión Hōgen. La batalla fue muy breve y al final Tameyoshi fue ejecutado y Tametomo
fue castigado con el destierro.46 También dicha rebelión puso en entredicho el poder del insei cuando el retirado
Emperador Sutoku fue vencido por el gobernante emperador Go-Shirakawa, y también sentenció el destino final del clan
Fujiwara que fue desterrado del poder, siendo acaparado de manera exclusiva por los clanes Taira y Minamoto.

En 1159 se produjo un nuevo enfrentamiento conocido como Rebelión Heiji, donde Yoshitomo se enfrentó con Kiyomori. La
victoria del clan Taira fue tan decisiva que los miembros del clan Minamoto huyeron para tratar de salvarse. Los Taira los
persiguieron y Yoshimoto fue capturado y ejecutado. De los miembros de la rama original de la familia Minamoto, solo
quedaron algunos pocos, siendo aniquilados casi por completo.47 En 1167 Taira no Kiyomori recibió del emperador el título
de Daijō Daijin (Gran Ministro), el cual constituía el rango más alto que podía conceder el emperador, por lo que se convirtió
en el gobernante de facto del país, siendo el primer gobernante militar en la historia japonesa.47 No obstante, el
acaparamiento de poder de parte de Kiyomori, entró en conflicto con el retirado Emperador Go-Shirakawa quien estaba
tratando de ejercer poder a través del insei desde 1158 y hacia 1177 el emperador planeó un golpe de estado que fracasó y
fue exiliado, suprimiendo su poder político, mientras que Kiyomori nombró en 1178 como heredero al trono a su nieto

Las Guerras Genpei (源平合戦 Genpei kassen, Genpei gassen?) fueron una serie de guerras civiles protagonizadas
nuevamente por los clanes más influyentes de la escena política del país: los Taira y Minamoto. Estas guerras tuvieron
lugar entre 1180 y 1185.48 En 1180, estallaron en el país dos rebeliones independientes y protagonizadas por dos
generaciones distintas del clan Minamoto: en Kioto por el veterano Minamoto no Yorimasa y en la Provincia de Izu por el
joven Minamoto no Yoritomo. Ambas revueltas fueron sofocadas con relativa facilidad, por un lado obligando a Yoritomo a
escapar a Kantō, mientras que Yorimasa fue vencido en la batalla de Uji, en donde cometió seppuku antes de ser
capturado.49

Después de dos años durante los cuales ambos lados protagonizaron escaramuzas menores, los Taira decidieron
enfrentarse a Minamoto no Yoshinaka, primo de Yoritomo, en 1183, para evitar que este pudiera auxiliarlo. Yoshinaka
venció a los Taira en la batalla de Kurikara y enfiló su ejército hacia donde se encontraba Yoritomo. Los ejércitos de
Yoshinaka y Yoritomo se encontraron finalmente en la batalla de Uji en 1184. Yoshinaka perdió la batalla y trató de huir,
pero fue alcanzado en Awazu, donde fue decapitado. Con esta victoria, la rama principal de los Minamoto enfocaría sus
esfuerzos en vencer a sus principales enemigos: los Taira.50 Yoshitsune encabezó el ejército del clan en nombre de su
hermano mayor Yoritomo, quien permaneció en Kamakura. Finalmente, en la batalla de Dan no Ura los Minamoto se
alzaron con la victoria. Yoritomo consideró que su hermano representaba una amenaza y un rival, por lo que sus hombres
persiguieron a Yoshitsune hasta que lo vencieron durante la batalla de Koromogawa en 1189, en donde este último se
suicidó.51

En 1192 Minamoto no Yoritomo se autoproclamó shōgun,51 título que hasta ese entonces había sido temporal y que se
convirtió en un título militar de gran nivel. Con esto se instituyó el shogunato como una figura permanente, la cual duraría
cerca de 700 años hasta la Restauración Meiji. Con la nueva figura del shōgun, el emperador se convertiría en un mero
espectador de la situación política y económica del país,48 mientras que los samuráis se convertirían en los gobernantes de
facto.51

Yoritomo estableció el pueblo costero de Kamakura, al este de Japón, como la sede del shogunato, por ello este período
histórico del gobierno samurái toma su nombre. La Corte Imperial otorgó a Yoritomo el poder de nombrar a sus propios
vasallos como protectores provinciales (shugo) y mayordomos (jitō), quienes se encargaron de administrar los estados
privados. Paralelamente, la Corte Imperial siguió nombrando oficiales provinciales y los dueños de propiedades privadas
nombraban a los administradores de dichos terrenos. Así, la estructura política durante el período Kamakura era dual: una
administración civil patrocinada por la Corte Imperial y una administración feudal patrocinada por el shogunato.52

Después de tan solo tres shogunes del clan Minamoto y después de la muerte del último, el clan Minamoto no contaba con
más herederos. Hōjō Masako, viuda de Yoritomo, tomó la decisión de criar a un niño de tan solo un año de edad
perteneciente a una rama del clan Fujiwara y le nombró shōgun.53 De esta forma el clan Hōjō se perpetuaría en el poder
por varias décadas, nombrando un shōgun infante y desechándolo al cumplir sus veintes, logrando gobernantes títeres para
ejercer el control del país.53 Por este motivo en 1219 el retirado emperador Go-Toba, buscando restablecer el poder
imperial que gozaban antes del establecimiento del shogunato, acusó a los Hōjō de proscritos. Las tropas imperiales se
movilizaron, dando lugar a la Guerra Jōkyū (1219-1221), la cual culminaría con la Tercera batalla de Uji. Durante esta, las
tropas imperiales fueron derrotadas y el Emperador Go-Toba exiliado.54 Con la derrota de Go-Toba se confirmó el gobierno
de los samuráis sobre el país.54

Luego de la guerra surgieron diversas disputas de las tierras entre los vasallos, aristócratas y campesinos, por lo que el clan
Hōjō redactó en 1232 el Goseibai Shikimoku, que sirvió como código legal en el shogunato, y que a su vez codificó las
costumbres militares de los samurái, ganándose su confianza, ya que no se basaba en el confucianismo como los códigos
aplicados en la Corte Imperial y era muy preciso y conciso en cuanto a penas, por lo que tuvo efectividad hasta el fin del
shogunato Tokugawa.52

En el aspecto literario, las obras reflejaban la naturaleza de conflictos y caos, como el Hōjōki, escrito por Kamo no Chōmei
en 1212. En la poesía sobresale la compilación de poesía waka Shin Kokin Wakashū, presentada en 1205. En el aspecto
religioso, hubo una popularización del budismo, que aprovechó para ofrecer la «salvación» en momentos de caos. Se
crearon nuevas formas de creencias budistas, de fácil comprensión y que despreciaban el aspecto ritual, extendiéndose en
la clase samurái y campesina. Las sectas más importantes que surgieron fueron: Jōdo shū fundado por el monje Hōnen a
finales de la era Heian y que fue prohibido entre 1207 y 1211 por diferencias con la Corte Imperial; el Jōdo Shinshū creado
La primera invasión tuvo lugar en 1274,55 cuando las tropas mongolas desembarcaron en Hakata (actual Fukuoka). Los
ruidos de los tambores, campanas y gritos de guerra espantaron a los caballos de los samuráis. Durante esta batalla las
tropas japonesas se enfrentaron a una técnica muy distinta en el empleo del arco de la que estaban acostumbrados, ya que
los mongoles disparaban a grandes distancias y al mismo tiempo generaban «nubes de flechas» a diferencia de los
disparos solitarios y a corta distancia efectuados por los arqueros japoneses. Otra gran diferencia entre ambas formas de
combate era el uso de catapultas por parte del ejército mongol. Durante la noche del día de la batalla, una fuerte tormenta
infligió graves daños a la flota invasora por lo que decidieron regresar a Corea para rearmar su ejército.57 Después de la
retirada del ejército enemigo, los japoneses tomaron una serie de medidas preventivas, como la construcción de muros en
los puntos vulnerables de la costa,57 así como la implementación de una guardia.

El segundo intento de invasión tuvo lugar en 1281.58 Los samuráis efectuaron incursiones a los barcos enemigos desde
pequeñas balsas, que solo tenían capacidad para transportar a doce guerreros,59 con el afán de evitar el desembarco de
tropas en las costas. Después de una semana de enfrentamientos, un emisario imperial fue enviado para pedir a
Amaterasu, la diosa del sol, que intercediera por ellos.58 Un tifón arrasó la flota mongola que se hundió casi en su totalidad.
Este hecho dio origen al mito del Kamikaze (神風 lit. «Viento Divino»?),55 considerado como una señal de que Japón era el
elegido por los dioses y, por lo tanto, éstos se encargarían de su seguridad60 y supervivencia.61 Los pocos sobrevivientes
decidieron retirarse y de este modo el país no volvería a enfrentarse a una invasión de grandes