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Bioquímica
U1 Principios de bioquímica
Índice
Presentación de la unidad
Estas también están presentes en muchos productos biotecnológicos, como los detergentes
que contienen enzimas que ayudan a la remoción de grasas, o en complementos
alimenticios, productos farmacéuticos, biológicos y biotecnológicos. Esta ciencia tiene
grandes aplicaciones en tu futura vida profesional.
Propósitos
Competencia específica
Bioquímica
Uno de los objetos de estudio más importantes de la bioquímica son los procesos celulares
que ocurren dentro de los organismos vivos, los cuales extraen, transforman y usan energía
de su entorno, generalmente en forma de nutrientes químicos o como luz solar. Estos
procesos les permiten construir y mantener sus propias estructuras complejas y realizar
trabajo mecánico, químico, osmótico, etc. (Nelson y Cox, 2000) Todas estas reacciones
que se llevan a cabo en las células e involucran biomoléculas son definidas como
metabolismo.
Todos los seres vivos, sin excepción estamos constituidos por biomoléculas, las
biomoléculas son llamadas de esta manera porque en su conjunto dan como resultado
seres vivos extraordinarios.
Están constituidas por elementos químicos que en su conjunto forman a seres complejos
llamados seres vivos. El carbono, hidrogeno, oxigeno, nitrógeno y en menor cantidad el
azufre y el fosforo, son los responsables de generar dichas moléculas.
Pero ¿Cómo podemos explicar la maquinaria que hace que estos elementos químicos que
forman biomoléculas puedan subsistir y ayudar al mantenimiento de todos los seres vivos?
Metabolismo
Todas las características de los seres vivos, su organización compleja y sus capacidades
para crecer y reproducirse, son el resultado de procesos bioquímicos coordinados y
finalistas. El metabolismo, la suma total de estos procesos, es posible por el flujo de energía
y nutrientes y por las miles de reacciones bioquímicas, cada una de ellas catalizadas por
una enzima específica.
Para poder lograr cumplir estas funciones primarias, las células llevan a cabo una gran
cantidad de reacciones metabólicas; las cuales no son independientes, sino que están
asociadas formando las denominadas rutas o vías metabólicas. Existen diferentes tipos
de reacciones que participan dentro de las rutas metabólicas: sustitución nucleofílica,
eliminación, adición, isomerización y oxidación-reducción (McKee y McKee, 2003).
Existen dos clases principales de rutas metabólicas: las anabólicas y las catabólicas. En
las rutas anabólicas o de biosíntesis, se sintetizan grandes moléculas complejas a partir
de precursores más pequeños. Los bloques de construcción (aminoácidos, azúcares y
ácidos grasos), producidos o adquiridos del alimento, se incorporan en moléculas grandes
más complejas. Dado que la biosíntesis aumenta el orden y la complejidad, las rutas
anabólicas requieren un aporte de energía. Entre los ejemplos de procesos anabólicos se
encuentran la síntesis de polisacáridos y proteínas a partir de azúcares y aminoácidos,
respectivamente. Durante las rutas catabólicas se degradan moléculas grandes y
complejas a productos más pequeños y sencillos. Cabe mencionar que algunas rutas
catabólicas liberan energía, la cual se captura y se utiliza para impulsar las reacciones
anabólicas (McKee y McKee, 2003).
Enlace
En la Figura 1 se explica la relación entre los procesos que se llevan a cabo en las rutas
anabólicas y catabólicas dentro de las células de los seres vivos. Al degradarse las
moléculas nutrientes, la energía y el poder reductor se conservan en las moléculas de ATP
y NADH, respectivamente. Los procesos de biosíntesis utilizan metabolitos del
catabolismo, ATP sintetizado y NADPH (dinucleótico de nicotinamida y adenina fosfato
reducido, una fuente de poder reductor, es decir, electrones de energía elevada), para crear
estructuras y funciones complejas.
Mediante las distintas reacciones que intervienen en una ruta metabólica, un sustrato inicial
se transforma en producto final, y los compuestos intermedios se denominan metabolitos.
Todas estas reacciones están catalizadas por enzimas específicas.
1.1.1 Catabolismo
Las rutas catabólicas liberan energía, parte de la cual se conserva en la formación de ATP
y transportadores electrónicos reducidos (NADH, NADPH, FADH2); el resto se pierde en
forma de calor (Nelson y Cox, 2000).
Catabolismo
Fase intermedia
En ella los diversos productos formados en la fase inicial son convertidos en
una misma molécula más sencilla, como la Acetil-coenzima A.
Fase final
La molécula formada se incorpora a otros ciclos dando lugar a moléculas
elementales CO2 y H2O.
El catabolismo comprende rutas que permiten llevar a cabo la degradación de todas y cada
una de las biomoléculas, lo que ayuda a las células en el proceso de renovación de sus
componentes.
Es importante entender que todo el catabolismo celular está interrelacionado, que es mucho
más complejo de lo que se presentará a continuación y que las rutas centrales involucran
el catabolismo de los azúcares, tal y como puedes observar en la figura 4.
1.1.3 Anabolismo
compuesta por 1000 o más aminoácidos, mientras que el ácido desoxirribonucleico posee
millones de nucleótidos (Nelson y Cox, 2005).
Anabolismo
En general, en las células, se lleva a cabo el catabolismo con mayor velocidad que el
anabolismo ya que la energía producida no sólo se utiliza para la biosíntesis de
biomoléculas, también es necesaria para el transporte de moléculas en contra de energía,
como el movimiento celular, por ejemplo.
Otro ejemplo de aplicación del estudio del metabolismo es la síntesis de aceites por su uso
en la fabricación de biodiesel, una alternativa biológica y renovable al combustible fósil. Se
utilizan materiales vegetales, algas o cianobacterias con alto contenido en triglicéridos como
el aceite de palma, por ejemplo, que mediante reacciones de transesterificación (figura 8)
es hidrolizado utilizando un alcohol ligero y se obtiene el biodiesel más la glicerina como
subproducto que además es de alto valor agregado. En algunas ocasiones se utilizan
lipasas de origen microbiológico (bacteriano o fúngico).
1.2. Proteínas
Las proteínas se pueden considerar como los materiales de construcción de todos los
organismos vivos. Su función es muy variada, forman parte de los tejidos y son
consideradas como sustancias plásticas, al tener funciones de construcción y reparación
de estructuras celulares; asimismo, presentan actividad biológica al participar en procesos
de reparación, transporte, regulación, defensa, reserva y catálisis.
Todas las proteínas empiezan su existencia en un ribosoma como una secuencia lineal de
residuos de aminoácidos y para alcanzar su conformación nativa, este polipéptido debe
plegarse durante y después de su síntesis. Cambios ligeros en el entorno de una proteína
pueden acarrear cambios estructurales que pueden afectar su función.
Enlaces
Desnaturalización
Figura 10. Proteínas motoras. Se muestran los túbulos de miosina en color azul y
de actina en color naranja.
Una de las funciones más importantes de las proteínas es su papel como catalizadores,
hasta hace poco tiempo se consideraba que todas las enzimas eran proteínas; sin embargo,
se ha comprobado la existencia de varias moléculas de RNA catalíticas. Es muy importante
esta actividad protéica, porque los procesos vivos se componen casi en su totalidad de
reacciones bioquímicas que sin la ayuda de catalizadores no serían suficientemente rápidas
para mantener la vida.
Una característica especial es que aceleran las velocidades de reacción sin una significativa
inversión de energía, lo que disminuye sus requerimientos energéticos para la activación
de las reacciones bioquímicas.
Sitio activo
La forma y distribución de carga del sitio activo restringe los movimientos y las
conformaciones permitidas del sustrato, haciendo que éste se asemeje más al estado de
transición. El modelo llave-cerradura de la acción enzimática, expuesto por Emil Fischer
en 1890, explica en parte la especificidad enzimática. Cada enzima se une a un único tipo
de sustrato debido a que el lugar activo y el sustrato poseen estructuras complementarias.
Existe otro modelo llamado del ajuste inducido, de Daniel Koshland, en el que se tiene en
cuenta la estructura flexible de las proteínas, donde las interacciones no covalentes entre
la enzima y el sustrato modifican la estructura tridimensional del sitio activo, acoplando su
forma a la del sustrato, dando lugar a una conformación llamada estado de transición (figura
11).
A) B)
Aunque la actividad catalítica de algunas enzimas sólo depende de las interacciones entre
los aminoácidos del sitio activo y el sustrato, otras enzimas requieren para sus actividades
componentes no proteicos. Los cofactores enzimáticos pueden ser iones, como el Mg+2 o
el Zn+2, o moléculas orgánicas complejas, denominadas coenzimas. El componente
proteico de una enzima que carece de un cofactor esencial se denomina apoenzima. Las
enzimas intactas con sus cofactores unidos se llaman holoenzimas.
Nomenclatura de enzimas
Así por ejemplo, la enzima EC 2.7.1.1 nos denotaría que la enzima se trata de una
Transferasa (clase 2), subclase 7 (transferencia de fosfato), subclase 1 (una función alcohol
como aceptor de fosfato) y el último dígito denota a la enzima hexocinasa o ATP D-hexosa-
6-fosfotransferasa.
Enlaces
Las enzimas se agrupan en seis grandes clases de acuerdo a sus capacidades catalíticas:
A) Oxidorreductasas. Catalizan reacciones de oxidación-reducción. Ejemplos:
deshidrogenasas, oxidasas, oxigenasas, reductasas, peroxidasas e hidrolasas.
B) Transferasas. Catalizan reacciones en las que hay una transferencia de grupos de
una molécula a otra. Ejemplos: transcarboxilasas, transmetilasas y transaminasas.
C) Hidrolasas. Catalizan reacciones en las que se produce la ruptura de enlaces por
la adición de agua. Ejemplos: esterasas, fosfatasas y peptidasas.
D) Liasas. Catalizan reacciones en las que se eliminan grupos funcionales para formar
un doble enlace o se añaden a un doble enlace. Ejemplos: liasas, descarboxilasas,
hidratasas, dehidratasas, desaminasas, y sintasas.
E) Isomerasas. Catalizan varios tipos de reordenamientos intramoleculares. Ejemplos:
epimerasas y mutasas.
F) Ligasas. Catalizan la formación de un enlace entre dos moléculas de sustrato con
ayuda de la energía obtenida de la hidrólisis del ATP.
Cinética enzimática
Las células de los organismos dependen de un suministro constante de energía para poder
llevar a cabo muchas de sus reacciones químicas, por ejemplo: el almacenamiento y la
expresión de información tienen un coste energético, sin el cual las estructuras ricas en
información se transforman inevitablemente en desordenadas y carentes de sentido; las
reacciones sintéticas que tienen lugar en el seno de una célula requieren energía del mismo
modo que los procesos sintéticos de cualquier industria; en el desplazamiento de una
bacteria o de un atleta olímpico, en el destello de una luciérnaga o en la descarga eléctrica
de una anguila también se consume energía. Las células han desarrollado mecanismos
altamente eficaces para acoplar la energía obtenida de la luz solar o de los combustibles a
los muchos procesos consumidores de energía que llevan a cabo.
Energía
Las células y organismos vivos deben realizar trabajo para permanecer vivos y
reproducirse. La síntesis continua de componentes celulares requiere trabajo químico; la
acumulación y retención de sales y diversos componentes orgánicos en contra de un
gradiente de concentración implica la realización de trabajo osmótico; la contracción
muscular o el movimiento flagelar bacteriano representan un trabajo mecánico. La
bioquímica examina los procesos por los que se extrae, canaliza y consume energía, por
lo que resulta esencial conocer los principios fundamentales de la bioenergética.
Bioenergética
Asimismo, en numerosos casos estas reacciones liberan energía, misma que se transforma
o se libera en forma de calor, es por ello, que la célula cuenta con una molécula capaz de
almacenar dicha energía: el ATP, que será utilizada posteriormente en los procesos que
así lo necesiten (anabolismo, transporte de moléculas en contra de gradiente, movimiento,
etcétera).
Enlaces
Tomado de http://chemistry.umeche.maine.edu/CHY251/Enzym-Stereo.html.
El ATP o adenosíntrifosfato, es una molécula de alta energía presente en todas las células
vivas a concentraciones de 10-3 a 10-2 mol/L de agua celular. La molécula de ATP está
formada de tres partes: adenina, D-ribosa y tres grupos fosfato unidos por enlaces éster.
Los compuestos análogos que contienen uno y dos grupos fosfato se designan como AMP
(adenosínmonofosfato) y ADP (adenosíndifosfato), respectivamente. Al hidrolizarse uno de
los fosfatos del ATP, éste se transforma en ADP liberando energía (7.3 Kcal/mol o 30.5
KJ/mol) (figura 13) que puede ser utilizada en alguna reacción. De esta manera, en el
catabolismo se produce suficiente energía como para unir el fosfato al ADP, almacenando
así el ATP que será utilizado posteriormente.
Figura 13. Hidrólisis del ATP. Se observa la hidrólisis de una molécula de ATP en
ADP+P con su consecuente liberación de energía.
Tomado de http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/%E2%80%8Chbase/biology/atp.html.
Como hemos visto, existen reacciones bioquímicas que generan la suficiente energía como
para fosforilar una molécula de ADP y formar, de este modo, una molécula de ATP; para
ello, se necesitan 7.3 Kcal/mol. Este proceso de fosforilación se puede llevar mediante tres
procesos:
A) Fosforilación a nivel de sustrato. Formación del ATP por transferencia del grupo
fosforilo, a partir de un sustrato derivado de la ruptura de algún compuesto como el
fosfoenol piruvato, que implica enzimas solubles e intermediarios químicos.
B) Fosforilación oxidativa. Que es el proceso que ocurre en la cadena de transporte de
electrones presente en las mitocondrias de las células eucariotas y en la membrana
plasmática de las células procariotas siempre y cuando sean aerobias.
C) Fotofosforilación, donde la energía necesaria para la fosforilación proviene de la luz
del sol, proceso que ocurre en la fase lumínica de la fotosíntesis, el cual implica enzimas
de membrana y un gradiente transmembranal de protones.
En 1961, Peter Mitchell propuso un mecanismo por el que la energía libre, que se genera
durante el transporte electrónico, impulsa la síntesis de ATP, la llamada Teoría
quimiosmótica de acoplamiento.
Fosforilación oxidativa
Por medio de la cadena transportadora de electrones se pueden llevar a cabo dos procesos
independientes que comparten algunos complejos, dependiendo de si se oxida el NADH o
el FADH2. Esta diferencia reside en que el potencial de óxido-reducción del NADH es menor
que el potencial del FADH2 por lo que produce una mayor energía al liberar el electrón, por
esta razón el NADH cede su electrón al Complejo I oxidándose así a NAD+. Dicho electrón
será transportado al Complejo III a través de la Ubiquinona, de ahí al Complejo IV a través
del Citocromo c donde será reducido el O2 para formar una moléculas de H2O. En cada uno
de estos complejos (I, III y IV) se produce la energía suficiente para transportar un H+ al
espacio intermembranal.
Cuando la molécula oxidada es el FADH2 no tiene la energía suficiente como para ceder su
electrón al Complejo I, así que lo hace al complejo II, de ahí pasa al Complejo III a través
de la Ubiquinona y de éste al complejo IV a través del Citocromo c para terminar reduciendo
una molécula de O2. En este caso, únicamente se transportan 2 H+ al espacio
intermembranal, en el Complejo III y IV. Los H+ liberados de esta manera hacen que el
gradiente de H+ sea mayor en el espacio intermembranal por lo que entrarán a traves de la
Bomba ATPsintasa (o también conocida como Complejo V). Dicha entrada será a favor de
gradiente y liberará la energía suficiente como para fosforilar un ADP y formar así ATP
(figura 14). De esta manera, la oxidación del NADH libera 3 H+ que al entrar por la Bomba
ATPsintasa formarán 3 moléculas de ATP mientras que la oxidación del FADH2, libera 2 H+
y por lo tanto se fosforilan 2 moléculas de ATP.
ATPsintasa
Se requiere una translocación de tres protones a través de la ATP sintasa para sintetizar
cada molécula de ATP (figura 15).
Citoplasma
Ambiente
Enlaces
1.3.4. Fotosíntesis
Fotosíntesis
Los organismos fotosintéticos atrapan la luz solar formando ATP y NADPH que utilizan
como fuentes de energía para fabricar glúcidos y otros componentes orgánicos a partir de
CO2 y H20, desprendiendo O2 a la atmósfera. La fotosíntesis se lleva a cabo en diversidad
de bacterias y eucariotas unicelulares (algas), así como en plantas superiores.
Tomado de http://angelicacienciaatualcancez.blogspot.mx/2012/03/fotosintesis.html.
A) Fase lumínica: donde la luz solar es utilizada para la obtención de energía, en forma
de ATP y poder reductor, en forma de NADPH+. La obtención de energía mediante la
fase lumínica de la fotosíntesis de denomina fotofosforilación. Consiste en una
cadena de transporte de electrones, similar a la que estudiamos durante el catabolismo,
sólo que el último aceptor de electrones no es el O2, si no el NADP para formar NADPH.
Este proceso requiere de energía, que viene dada por la energía de luz solar.
El proceso incluye dos fotosistemas, formados por clorofilas, donde se llevará a cabo la
cadena de transporte (figura 18) y se puede producir de dos formas diferentes: la fase
luminosa acíclica donde se produce ATP; así como NADPH y la fase cíclica, donde
únicamente se produce ATP.
Tomado de:
http://recursostic.educacion.es/ciencias/biosfera/web/estudiante/2bachillerato/Fisiologia_cel
ular/contenidos9.htm.
Tomado de:
http://recursostic.educacion.es/ciencias/biosfera/web/estudiante/2bachillerato/Fisiologia_cel
ular/contenidos9.htm.
Tomado de:
http://recursostic.educacion.es/ciencias/biosfera/web/estudiante/2bachillerato/Fisiologia_cel
ular/contenidos9.htm.
B) Fase oscura. Aquella en la que no se necesita luz, donde se utilizan los compuestos
anteriores para la obtención de glucosa, a partir de CO2, mediante el denominado Ciclo
de Calvin (figura 21).
El ciclo comienza con la fijación del CO2 a una molécula de 5 átomos de carbono
denominada ribulosa 1,5-bifosfato (RuBP) (mediante la enzima conocida por Rubisco)
que forma un azúcar de 6 átomos de carbono muy inestable que inmediatamente es
escindido para formar 2 moléculas de ácido 3-fosfoglicérido (APG). Éste es fosforilado
(gastando una molécula de ATP) a ácido 1,3-difosfoglicérido (ADPG) que será reducido
a gliceraldehido 3-fosfato (PGAL). Dos moléculas de este último compuesto se unirán
para formar una molécula de glucosa.
Las moléculas de PGAL además de a la síntesis de glucosa, también pueden entrar a otras
rutas bioquímicas y sintetizar ribulosa, aminoácidos, ácidos grasos y glicerina como se
observa en la figura 23.
Actividades
Autorreflexiones
Cierre de la unidad
Como te darás cuenta la Bioquímica es una ciencia muy importante para la comprensión
del funcionamiento de todos los seres vivos. Ello implica la interpretación de reacciones
químicas, principal herramienta para que se lleve a cabo la biotransformación de las
biomoléculas. Así como nosotros, que nacemos, nos reproducimos y posteriormente
morimos, las células tienen el mismo proceso y para ello es importante conocer su
metabolismo, que no es más que un conjunto de reacciones químicas que ocurren en la
célula para la transformación de las biomoléculas y la razón por la cual hay vida en este
planeta.
En esta primera unidad vimos un ligero acercamiento del cómo funcionan las biomoléculas,
su metabolismo (catabolismo y anabolismo) y el impacto que tienen en las células. Todas
las biomoléculas son importantes, las proteínas, los ácidos grasos, las vitaminas por citar
algunas. Hablamos de los seres vivos en general, y las plantas son el principal factor de
supervivencia en este planeta, su proceso fundamental es punto clave para la vida, la
fotosíntesis.
Como Biotecnólogo es fundamental que se conozca este tipo de procesos tan importantes,
ya que a partir de ellos podrá desarrollar tecnologías que mejoren la calidad de vida de los
seres humanos.
http://objetos.unam.mx/biologia/metabolismoCelular/ind
ex.html
http://objetos.unam.mx/biologia/metabolismoCelular/ind
ex.html#
http://www.fagro.edu.uy/~bioquimica/docencia/material
%20nivelacion/CADENA%20RESPIRATORIA.pdf.
http://www.unac.edu.pe/documentos/organizacion/vri/c
dcitra/Informes_Finales_Investigacion/Octubre_2011/IF
_DECHECO%20EGUSQUIZA_FIPA/CAPITULO%20N
%BA%2009
Fuentes de consulta