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    Ivan Bioquimica

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    Este documento resume tres ejercicios sobre aminoácidos y cinética enzimática. El primero calcula el punto isoeléctrico de la lisina. El segundo calcula la velocidad máxima y constante de Michaelis-Menten para una reacción enzimática. El tercero estudia la inhibición de la prostaglandina endoperóxido sintasa por el ibuprofeno, determinando que ejerce una inhibición competitiva.

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    Este documento resume tres ejercicios sobre aminoácidos y cinética enzimática. El primero calcula el punto isoeléctrico de la lisina. El segundo calcula la velocidad máxima y constante de Michaelis-Menten para una reacción enzimática. El tercero estudia la inhibición de la prostaglandina endoperóxido sintasa por el ibuprofeno, determinando que ejerce una inhibición competitiva.

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    TRABAJO 3 DE BIOQUÍMICA ESTRUCTURAL

    AMINOÁCIDOS Y CINÉTICA ENZIMÁTICA

    Iván Gorrochategui Cosío

    1. Cálculo del punto isoeléctrico de un aminoácido

    Calcule el punto isoeléctrico del aminoácido lisina, sabiendo que la pKa del ácido carboxilo principal es
    2,18; la pKa del amino principal es 8,95 y la pKa del grupo amino de la cadena lateral es 10,53. Incluya el
    dibujo de los equilibrios de protonación y desprotonación, con las estructuras y la carga neta para cada una
    de ellas.

    Carga neta
    Carga del Carga del Carga del
    del
    carboxilo amino grupo R
    pH aminoácido
    2,18 0 1 1 2
    8,95 -1 1 1 1
    1053 -1 0 1 0
    Carga neta -1 0 0 -1

    PI: 9,74
    2. Cálculo de la velocidad máxima y la constante de Michaelis-Menten (KM) por

    observación.

    Aunque se puede calcular la velocidad máxima y la constante de Michaelis-Menten (KM) de una reacción
    enzimática mediante métodos gráficos, a veces es posible hacer una estimación aproximada de estos
    valores a través de los datos de velocidad inicial (V0) y la concentración de sustrato [S].

    Para los siguientes datos de una reacción catalizada por un enzima estime el valor de la velocidad máxima
    y la constante de Michaelis-Menten (KM), justificando su respuesta.

    Tabla. 2. Actividad enzimática y


    constante de Michaellis Menten
    [sustrato] Velocidad
    (M) µM/min
    2,50E-06 28
    4,00E-06 40
    1,00E-05 70
    2,00E-05 95
    4,00E-05 112
    1,00E-04 128
    2,00E-03 139
    1,00E-02 140
    Según se conoce en la literatura, la expresión matemática para la ecuación de Michaellis Menten viene
    representada por la formula:

    𝑽𝒎𝒂𝒙𝑺
    𝑽=
    𝑲𝒎 + 𝑺
    𝑽𝒎𝒂𝒙
    Donde el Km viene representado por 𝑲𝒎 =
    𝟐

    Por lo cual visualmente si observamos la tabla la mitad de la velocidad máxima correspondería al valor de
    70µM/min, por lo cual el valor correspondiente al eje de las abscisas [sustrato] para ese valor representa el
    Km de la enzima en cuestión, que corresponde a 1,00E-05 (M).
    3 Inhibición enzimática de un enzima de la síntesis de prostaglandinas .

    Las prostaglandinas son moléculas derivadas del ácido araquidónico y son responsables de la producción
    de fiebre e inflamación. Su síntesis esta catalizada por la enzima prostaglandina endoperóxido sintasa, que
    cataliza la conversión de ácido araquidónico en PGG2, un precursor de muchas prostaglandinas. El
    ibuprofeno es un medicamento que actúa como inhibidor de esta enzima, reduciendo la inflamación y la
    fiebre al inhibir la síntesis de prostaglandinas. Se estudió la cinética de la enzima prostaglandina
    endoperóxido sintasa con y sin inhibidor, obteniéndose lo siguiente datos:

    acido velocidad de formación


    araquidonico velocidad de con PGG2 en 10 mg/ml
    (mM) formacion PGGG de ibuprofeno
    0 0 0
    0,5 23,5 16,67
    1 32,2 25,25
    1,5 36,9 30,49
    2,5 41,8 37,04
    3,5 44 38,91
    Calcule:

    - La velocidad máxima y la constante de Michaelis-Menten (KM) de la enzima prostaglandina


    endoperóxido sintasa sin inhición con ibuprofeno. - La velocidad máxima y la constante de Michaelis-
    Menten (KM) aparente de la enzima prostaglandina endoperóxido sintasa en presencia del inhibidor
    ibuprofeno. - Determine el tipo de inhibición que el ibuprofeno ejerce sobre la enzima prostaglandina
    endoperóxido sintasa.
    48
    46 Gráfica de la actividad enzimatica con inhibidor y sin inhibidor
    Velocidad de reacción (µm/min)

    44
    42
    40
    38
    36
    34
    32
    30
    28
    26
    24
    22
    20
    18
    16
    14 velocidad de formacion PGGG
    12
    10
    8
    6 velocidad c¡de formación con PGG2 en 10 mg/ml de
    4 ibuprofeno
    2
    0
    0 5
    Concentración de sustrato [S]
    0,080
    Velocidad de reacción ( 1/v)

    0,060
    y = 0,0203x + 0,0194
    R² = 0,9993
    0,040
    y = 0,0116x + 0,0194
    0,020 R² = 0,9999
    velocidad de formacion PGGG
    0,000
    0,000 0,500 1,000 1,500 2,000 2,500
    Concentración de sustrato (1/[S]

    Al observar ambas representaciones gráficas, se nota tiene mismo la enzima prostaglandina endoperóxido
    sintasa aparaentemente tiene el mismo Km pero tiene diferentes Vmax con respecto a los valores con
    ibuprofeno, para comprobar esto planteo la ecuación de Lineweaver Burk y realizamos al gráfica para
    determinar los valores con la ecuación de la recta.

    Ecuación de Lineweaver Burk:


    𝟏 𝑲𝒎 𝟏 𝟏
    = ( )+
    𝑽𝒐 𝑽𝒎𝒂𝒙 [𝑺] 𝑽𝒂𝒙

    Donde la pendiente representa Km/vax, y y B _ 1/Vmax

    Ecuación de la recta para la Enzima + Ibuprofeno:

    y = 0,0203x + 0,0194

    Entonces

    Vmax para la enzima= 51.54

    Km =1.046

    Ecuación de la recta para la enzima

    y = 0,0116x + 0,0194

    Entonces Vmax: 0,0194 y Km: 0.059

    Los valores de Vmax y Km para cada uno son:

    Vmax Km
    enzima 51.54 0.059
    Enzima+ibuprofeno 51.54 1.046

    Como la Velocidad máxima es la misma, pero tiene diferente Km, la inhibición es competitiva.

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