Navegar base de datos

Esta página muestra la base de datos de usuario y las cepas de referencia opcionales. Filtros y una
lista de exclusión permiten modificar las cepas mostradas y una cepa de comparación se pueden
seleccionar para una fácil comparación cepa. Una barra de herramientas (1) contiene a menudo
utiliza los comandos en el menú. Las áreas por debajo de la barra de herramientas (2) permiten
configuración de filtros y medidas de distancia. Se pueden expandir haciendo clic sobre ellos. La
tabla de datos (3) muestra las cepas que responden a los criterios de filtro. Se añade un selector
de página (5) por debajo de la mesa si no todas las cepas encajan en la página.

1. barra de herramientas
2. Áreas para filtros y distancia medidas. Haga clic en las filas de ampliar el filtro y zonas
medida de distancia. Estas áreas se pueden utilizar para cambiar rápidamente de filtro y
medida de distancia utilizado.
3. tabla de datos
4. menú contextual
5. Página switcher
tabla de datos

La tabla de datos contiene todas las cepas de bases de datos de usuario y de referencia pasan los
filtros y no se mueven a la lista de exclusión. Un filtro puede ser utilizado para mostrar sólo las
cepas de usuario. Cada cepa se muestra en una fila. Las columnas muestran los datos para cada

cepa, las columnas que se muestran pueden ser elegidos con el comando Establecer
opciones de vista. Cepas de usuario se resaltan en amarillo y se muestran siempre en el principio
de la tabla. Una cepa de comparación se puede seleccionar para resaltar las diferencias a otras
cepas, se resalta en rojo.

Algunas columnas necesitan explicación:

 Árbol: muestra la imagen de un árbol después de usar el Salón UPGMA-árbol en la tabla o

Mostrar NJ-árbol en los comandos de la tabla.
 Distancia: muestra la distancia a la cepa de comparación seleccionado. Esta columna sólo
es visible si se ha seleccionado una cepa comparación.
 ID: tensión / entrada de identificador único.
 Especies, Linaje: estas columnas contienen un símbolo que muestra cómo las especies o
linaje información fue derivada para las cepas de usuario. Actualmente el usuario tiene las
siguientes posibilidades para asignar linajes:

Símbolo Descripción

u (upload) la información sobre las especies / linaje se suministra durante la carga de las cepas de
usuario

s (búsqueda de similitud) la información sobre las especies / linaje se añade de forma automática
o manualmente después de similitud de búsqueda de acuerdo a las mejores partidos (esto se hace
sólo para las cepas que aún no una especie / información linaje tienen)

t (identificación basada en árbol) la especie / información linaje se añadió a través de la página de

identificación basado en árboles (y es consistente con las especies / linajes en el subárbol)

m (manual) este símbolo se utiliza si

 la información sobre las especies / linaje se introduce manualmente por el usuario a través
de la ventana Edit Strain usuario
 la especie / linaje que se introdujeron manualmente sobre la identificación por Similitud
página de búsqueda no ha producido los mejores partidos en búsqueda de similitud
 especies introducidas por el usuario / linaje no era compatible con las especies / linajes en
subárbol en la identificación basada en árbol

MLVA MtbC15-9: Tipo de MIRU-VNTR define por la combinación de un tipo basado en la 15

loci del subconjunto discriminatorio y un tipo basado en la 9 loci auxiliar (ver Nomenclatura).
SpolDB4: si un patrón Spoligo de un usuario o una cepa de base de datos de referencia
coincide exactamente con una entrada SpolDB4, Miru-VNTRplus asigna automáticamente los
valores de Lineage SpolDB4 y SpolDB4 Tipo compartida (ver [Brudey et al., 2006.] Para
SpolDB4).

Patrón de RFLP IS6110: esta imagen sólo está disponible para las cepas de referencia. No es
posible subir una imagen para las cepas de usuario. Además, no es posible utilizar una imagen
para la comparación cepa.

Las cabezas de las columnas subrayados permiten clasificar: haga clic en el encabezado de la
columna para ordenar una columna. Haga clic de nuevo para invertir el orden de clasificación.

Colores de fila que necesitan explicación:

 cepas usuario se muestran en amarillo.

 la cepa de comparación está marcado en rojo.

Aparte de estos colores, cada usuario y cepa de referencia de base de datos se puede marcar
con un color específico (a través de la orden de cambio de color).

Seleccione cepas

Hay diferentes formas de seleccionar cepas:

o Haga clic con el botón izquierdo del ratón sobre una cepa para seleccionarlo.
o Utilice CTRL + A para seleccionar todas las cepas.
o Utilice CTRL + N para anular la selección de todas las cepas.
o Haga clic en una cepa, pulse SHIFT y haga clic en otra cepa para seleccionar todas las
tensiones entre estas dos cepas.
o Haga clic en una cepa, pulse CTRL y haga clic en otras cepas para seleccionarlas
manteniendo pulsada la tecla CTRL.

Haga doble clic en una fila para abrir una vista de detalle (si la cepa se hace clic es una cepa de
referencia) o la ventana Strain Editar usuario (si la cepa es una cepa hecho clic el usuario).

Un tutorial para el uso de la tabla de datos está disponible.

Menú de la base de datos Navegar

Nota: los comandos de color Cepas por valor de campo, Calcular mínimo árbol de expansión,
Calcular Árbol, y Mapa Cepas desde el menú o la barra de herramientas sólo afectan a las
cepas que se muestran actualmente (si un localizador es visible, las tensiones en todas las
páginas se ven afectados). El cambio de los filtros o añadir cepas a la lista de exclusión, por
tanto, va a cambiar el resultado de estos comandos.
Base de datos

 Añadir Strain Usuario: abre una ventana que permite la entrada de una sola cepa de
usuario.
 Importar cepas de usuarios: permite importar cepas de un archivo o en el
portapapeles.
 Mostrar / Ocultar cepas de referencia: incluye / excluye las cepas de referencia de
base de datos en la tabla de datos (al cambiar el filtro).
 Asignar Tipos MLVA MtbC15-9: asigna nuevos números MLVA MtbC15-9 a cepas de
usuario con los datos completos Miru-VNTR y sin concordancia combinación alelo
MLVA MtbC15-9 existente.
 Retire Comparación Cepa: unflags la cepa comparación. Al elegir este comando no
cepa se encuentra en posición de comparación más.
 Retire todas las cepas de usuario: elimina todas las cepas de usuario cargado o
introducidos de forma permanente.
 Color de cepas por valor de campo: las cepas pueden ser de color de acuerdo a los
valores de campo para las especies, linaje,-genotipo de datos, o datos de usuario. Vea
color cepas por valor de campo para más detalles.
 Quitar todo para colorear: elimina el color de todas las cepas.
 Mostrar Excluir lista: sólo está disponible si al menos una cepa fue agregado a la lista
de exclusión. La lista de las cepas excluidos se puede acceder a través de este
comando. Además, las cepas también pueden ser removidos de la lista de exclusión a
través de esta ventana.