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Cap 1

Este documento describe cómo instalar Python a través de Anaconda y cómo usar Jupyter Notebooks y Colab para ejecutar código de Python. También explica cómo crear un entorno virtual y cómo instalar paquetes de Python comúnmente usados para geociencias.

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Este documento describe cómo instalar Python a través de Anaconda y cómo usar Jupyter Notebooks y Colab para ejecutar código de Python. También explica cómo crear un entorno virtual y cómo instalar paquetes de Python comúnmente usados para geociencias.

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Capítulo 1

Software e Instalación

La distribución de Python de Anaconda permite instalarlo en cualquier sis-


tema operativo, incluye las librerías más comunes para computación científica y
generación de gráficas de alta calidad y permite la administración de virtual en-
vironments. Anaconda además incluye Jupyter Notebooks. Desde hace un tiempo
Google ofrece el Google Colaboratory o Colab donde se pueden ejecutar notebooks
en la nube a través de servidores de gran potencia en colab.research.google.com.

1.1. Instalación Python a través de Anaconda


La instalación de Python a través de Anaconda es muy sencilla en cual-
quier sistema operativo. La página de Anaconda es anaconda.org o el link para

Figura 1.1: Página web para descargar Anaconda. El sistema operativo del
computador es detectado automáticamente, en este caso Windows 10.

descargar es https://www.anaconda.com/download/. La página web detecta


el sistema operativo y provee el link para descargar el programa en su última
2 Software e Instalación

versión estable. Se recomienda instalar la versión para Python 3.X (Figura 1.1),
no la versión 2.7.
Después de descargar el programa de instalación (para cualquier sistema
operativo), se siguen los comandos para instalar la versión de Anaconda.

1.2. Cómo usar Python


El programa Python (como programa, no como lenguaje) posee un ambiente
interactivo que permite ejecutar instrucciones del lenguaje Python de forma di-
recta. Si tiene un sistema operativo Mac o Linux y Anaconda está bien instalado,
en la terminal basta con digitar el comando:

> python

donde se desplegará algo similar a

Python 3.7.6 | packaged by conda-forge | ...


Type "help", "copyright", "credits" or "license" for ...
>>>

El programa ofrece un prompt (»), esperando instrucciones del usuario, simi-


lar a lo que sucede con Matlab. Las instrucciones son interpretadas y ejecutadas
de manera inmediata así:

>>> 2 + 3
5
>>>

Esta forma de interactuar con Python es útil, ya que permite obtener res-
puestas inmediatas y se puede determinar si el comando correcto fue introducido.
Sin embargo, tiene la desventaja de que el código y la secuencia de comandos
que se hayan utilizado no se guardan y por lo tanto, al siguiente día se debe
repetir toda la operación. Para salir digite exit().
Si el sistema operativo es Windows esto es diferente, ya que Windows no está
basado en un sistema tipo-unix, como Mac o Linux. La instalación de Anaconda
incluye una terminal con el nombre de Anaconda prompt, donde puede seguir
los pasos anteriores.

1.2.1. Scripts
Una segunda opción para interactuar con Python es a través de archivos de
texto o scripts, los cuales pueden tener una serie de comandos que Python va
a leer, interpretar y ejecutar en el orden dado por el script. Este archivo puede
ser reutilizado, sin embargo, la retroalimentación de Python sólo se da cuando
se ejecute el script.
1.2 Cómo usar Python 3

Estos scripts deben ser archivos de texto plano, cuyo nombre debe termi-
nar con .py. No es buena idea nombrar los archivos con espacios, es preferible
usar conectores, por ejemplo un_programa.py en vez de un programa.py. Para
editar estos archivos se puede usar editores de texto plano como vi, emacs,
Gedit o plataformas de desarrollo como Spyder, muchos incluidos en Anaconda.
Para ejecutar el programa en la terminal:

> python un_programa.py

Python ejecutará todos los comandos que haya en un_programa.py en el


orden en que estén escritos.

1.2.2. Jupyter Notebooks y Colab


Para el programador experto (o de vieja guardia, como yo) la interacción con
cualquier lenguaje de programación se hace a través de scripts o código fuente
que luego es ejecutado en Python (o compilado por Fortran, C, etc.). Sin em-
bargo hoy los códigos de Python (R, y otros lenguajes) pueden ser ejecutados,
visualizados y compartidos con otras personas a través de Jupyter Notebooks
o Colab. La Figura 1.2 muestra un ejemplo de un Jupyter notebook donde se
puede escribir código y comentarios con un formato amigable. Además se puede
ejecutar el código por partes e incluso desplegar figuras dentro del mismo note-
book. En recientes trabajos se incluyen Notebooks para aumentar la difusión y
aprendizaje de Python en la comunidad científica [Krischer et al., 2018, Aiken
et al., 2018, Dannemann Dugick et al., 2021].

Figura 1.2: Ejemplo de un Jupyter Notebook

Jupyter es una aplicación web de código abierto (open-source) que permite


crear y compartir código Python, permite visualizar figuras dentro del programa
e incluir notas de texto, comentarios, etc. Los Notebooks son fáciles de guardar
y compartir y son hoy en día aceptadas y usadas por la comunidad científica
global [Shen, 2014]. La ventaja de Jupyter Notebooks es que se usa a través de un
4 Software e Instalación

navegador de internet (Explorer, Chrome, Firefox, etc.). Esto permite que sin
importar el sistema operativo (Windows, Mac, Linux), los programas de Python
van a funcionar de igual manera en cualquiera de ellos.
Tanto en Linux como en Mac, la correcta instalación de Anaconda permite
llamar a Python desde la terminal. Para abrir un Notebook basta con digitar

> jupyter notebook

o en su defecto (macs)

> jupyter-notebook

En Windows se puede acceder a Jupyter con el cmd o a través del Anaconda


Prompt digitando jupyter notebook.
Colaboratory o Colab es un servicio de Jupyter Notebook en la nube que
permite escribir, organizar y ejecutar código de Python desde un navegador.
La ventaja que ofrece es el uso de recursos computacionales poderosos de manera
gratuita para aquellos que tienen cuentas con Google. En principio funciona de
igual manera a un Jupyter Notebook y es una alternativa que no requiere la
instalación de programas. La Figura 1.3 muestra el mismo Notebook en Colab.

Figura 1.3: Ejemplo de un Colab Notebook (igual al de la Figura 1.2)

1.3. Instalación de paquetes


Aunque el objetivo de la Introducción a Python para Geociencias es apren-
der a programar en Python y no es una introducción a paquetes específicos
de Python para geociencias, sí es necesario el uso de paquetes adicionales de
Python, dentro de los que se incluye

numpy

scipy

pandas

jupyter
1.3 Instalación de paquetes 5

matplotlib
gmt y pygmt
cartopy
Su instalación se puede hacer a través del Anaconda prompt. Para mayor
facilidad, se incluye un archivo geopython.yml que permite la creación de un
environment de Python que contiene los paquetes necesarios para el curso. Se
sugiere crear estos ambientes donde se instalan los paquetes que se van a utilizar
y que no afectan el comportamiento de otros ambientes ni de la instalación base
de Python. Para correr la instalación del environment digitar:

conda env create -f geopython.yml

y para activarlo y usarlo:

conda activate geopython

o en algunos casos:

source activate geopython

y para desactivar el ambiente:

conda deactivate

geopython.yml

name: geopython

channels:
- conda-forge
- defaults

dependencies:
- python=3.7
- numpy
- scipy
- pandas
- ipython
- jupyterlab
- jupyter
- pip
- matplotlib
- netcdf4
6 Software e Instalación

- packaging
- gmt
- pygmt
- obspy=1.1
- pyasdf
- cartopy

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