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Practica Bioinformática UNILIBRE

Este documento presenta una guía de laboratorio sobre bioinformática que introduce a los estudiantes a las bases de datos Protein Data Bank (PDB) y UniProt. La guía explica cómo usar estas bases de datos para buscar estructuras de proteínas, visualizar archivos PDB, y obtener información funcional y secuencial sobre proteínas específicas. Los estudiantes aprenden a navegar las interfaces de las bases de datos, realizar búsquedas simples y avanzadas, y descargar y examinar diferentes formatos de archivo.

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BRYAN FERNANDO CASTANEDA MARMOLEJO
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© © All Rights Reserved
Nos tomamos en serio los derechos de los contenidos. Si sospechas que se trata de tu contenido, reclámalo aquí.
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Practica Bioinformática UNILIBRE

Este documento presenta una guía de laboratorio sobre bioinformática que introduce a los estudiantes a las bases de datos Protein Data Bank (PDB) y UniProt. La guía explica cómo usar estas bases de datos para buscar estructuras de proteínas, visualizar archivos PDB, y obtener información funcional y secuencial sobre proteínas específicas. Los estudiantes aprenden a navegar las interfaces de las bases de datos, realizar búsquedas simples y avanzadas, y descargar y examinar diferentes formatos de archivo.

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UNIVERSIDAD LIBRE FACULTAD DE SALUD PROGRAMA DE MEDICINA, CURSO

BIOLOGIA MOLECULAR.
PRACTICA DE LABORATORIO # 4.BIOINFORMATICA

Armando Lucumi Moreno Ph.D

1. Introducción

La determinación de la estructura de una proteína es fundamental para el entendimiento


de su función, lo cual permite realizar aplicaciones en diferentes campos como son las
ciencias de la salud ,la industria farmacéutica, la biotecnología entre otros.

Tradicionalmente se han utilizado 2 métodos para conocer la estructura tridimensional


de las proteínas y estos son la Cristalografía de rayos X y la Resonancia Magnética
Nuclear (NMR de su sigla en Ingles), cada uno de ellos posee ventajas y desventajas,
mas recientemente se ha venido utilizando la microscopia electrónica de transmisión en
frió (CryoEM) para determinar la estructura de grandes proteínas o complejos
proteicos.
En la actualidad se conocen las estructuras tridimensionales de alrededor de 35000
proteínas, las cuales son depositadas en diferentes bases de datos siendo las mas
grandes e importantes el Protein Data Bank (PDB) y Uniprot.

Se pretende con el desarrollo de esta practica que el estudiante se familiarice con el


uso e interpretación de estas dos bases de datos como inicio al entendimiento
comprensión y aplicación del campo de la bioinformática.

2. PROCEDIMIENTO

2.1. PDB
Visite la siguiente dirección: http://www.rcsb.org/
En este momento se debe encontrar en el sitio web del Protein Data Bank (PDB):
Tal vez encuentre algunas diferencias , de acuerdo a la fecha en la que esté accesando
este sitio. Sin embargo siempre encontrará que el sitio web de PDB tiene las misma
arquitectura:
1. Información general de la base de datos, tales como número de registros y
estadísticas.
2. Menú de navegación: donde se encuentran las diferentes secciones del sitio. Puede
ser de especial ayuda para esta primera aproximación al PDB que consulte el enlace
“gettin Started”.
3. Barra de consulta: por medio de esta barra es posible realizar búsquedas (básicas o
avanzadas) de nuestra molécula de interés en PDB, ya sea por ID, palabra clave o
autor.
4. Molécula del mes: mensualmente PDB selecciona una molécula, para la cuál provee
información estructural y funcional muy completa.
5. Barra lateral de noticias, con información concerniente a PDB.
¿Con cuantos registros cuenta actualmente el PDB?
¿Cual es el total de estructuras obtenidas por cristalografía de rayos X y microscopía
electrónica en el PDB hasta este año?
Ingrese el siguiente identificador en la casilla de búsqueda: 2d1s
Presione el botón “site search”
Después de unos segundo se encontrará con el resultado de su búsqueda:
Esta página de resultados le muestra información general concerniente a su búsqueda,
esta vez mediante el identificador 2d1s, que corresponde a la molécula llamada
Luciferasa.
Examine cuidadosamente la página de resultados y responda las preguntas a
continuación:
¿En que fecha fue depositada esta estructura?
¿Cuál fue el método experimental mediante el que se obtuvo?
¿Qué motivo de estructura secundaria y terciaria posee esta estructura?
En la parte superior derecha de esta página es posible visualizar esta estructura desde
su navegador con cualquiera de los programas de visualización que allí se ofrecen
(King, jmol, WbMol etc.).
Explore brevemente las diferentes opciones de visualización
En la parte superior de la página de resultados, encontrará una serie de pestañas que
aportan mayor información acerca de la molécula:

Explore cada una de estas pestañas y explique, brevemente, qué información provee
cada una de ellas.

2.2 Formato de archivo


Al determinar la estructura tridimensional de una proteína, obtenemos en realidad es
información detallada de cada una de las coordenadas de sus componentes. Esta
información se guarda en un archivo de texto, en un formato específico.
Presione el enlace “Download files”, del menú de navegación a la izquierda.
Encontrará una serie de enlaces a archivos para descargar. De estos los más conocidos
son PDB y mmCIF.
Presione el enlace “PDB File” y guárdelo en su computador.
Este archivo es un archivo de texto, solamente que con extensión .PDB y puede ser
abierto con cualquier editor de texto (Block de notas o Wordpad en sistemas MS
windows o kate, kwrite, vim o Gedit en GNU/Linux).
Abra el archivo y examinelo cuidadosamente. Preste especial atención a las líneas que
comienzan con la palabra ATOM. ¿Que información proveen?
Como podrá notarlo este archivo contiene bastante información y entenderla, por lo
menos globalmente, resulta importante.
Para mayor información acerca de este formato, revise la siguiente guía explicativa que
ofrece el sitio web de PDB:
http://www.wwpdb.org/documentation/format23/v2.3.html
Siga el enlace del menú izquierdo: “structural analysis >
Geometry > Molprobity
Ramachandran plot”. Esto generará un archivo descargable en formato PDF.
Descarguelo y visualícelo. ¿Qué información provee este tipo de gráfico?

2.3 Uniprot
Visite la siguiente dirección: http://www.pir.uniprot.org/
Esa acción le llevará al sitio web de UNIPROT:

Uniprot es, en realidad, la reunión de varias bases de datos de proteínas. y se


encuentra dividida entres grandes secciones: Uniparc, UniprotKb y Uniref.
Haciendo uso de la sección “About Uniprot >Background” explique en qué consiste cada
una de estas divisiones.
Como podrá notarlo, en la parte superior derecha del sitio web de UNIPROT se
encuentra una casilla de búsqueda.
Haga una búsqueda de la molécula de luciferasa (Luciferase en inglés). Presione el
botón con una flecha a la derecha de esta casilla.
Después de uno segundos aparecerá la página de resultados:

¿Cuantas entradas arroja esta búsqueda?


La búsqueda que acaba de realizar es muy poco restringida, y de hecho lo que ha
pasado es que el sistema de búsqueda de UNIPROT ha buscado el término “Luciferase”
en cualquier campo de la base de datos y nos muestra los registros correspondientes.
Muchas veces esto no es lo que en realidad queremos, y necesitamos restringir nuestra
búsqueda un poco más. Para esto podemos usar el formulario de búsqueda de esta
página de resultados que se encuentra en la parte superior izquierda:

Realice la misma búsqueda, pero esta vez restringiendo las coincidencias a cualquiera
de los campos disponible en el menú desplegable del formulario. ¿Cuantos registros
encontró esta vez?
Experimente con las diferentes opciones de filtro que ofrece este formulario de
búsqueda.
Ahora realizaremos una búsqueda no tan abierta, sino a partir de un identificador ya
conocido (de manera similar a como lo hicimos en PDB).
Realice la búsqueda de la siguiente molécula: P05938. Seleccione la entrada, haciendo
click en la casilla de selección.
Descargue el archivo en formato “flatfile” correspondiente a esta entrada haciendo uso
de la casilla de opciones de descarga:
Este es también un archivo de texto, puede abrirlo y examinarlo con su editor de textos
preferido.
Experimente con los diversos formatos de descarga, ¿qué diferencias encuentra entre
ellos?

Una vez descargue el archivo de resultados siga el enlace: “LBP_RENRE”.


En este momento debe encontrarse con la página de la entrada correspondiente a la
molécula:
“Luciferinbinding
protein”, la cual consta de varias secciones. Revise estas secciones
cuidadosamente y responda las siguientes preguntas:
¿Cuál es la función de esta molécula?
¿Cuál es su nombre?
¿A que organismo corresponde?
¿Cuál es su peso molecular?

Esta guía es solamente un acercamiento inicial a PDB y UNIPROT, y no es posible


detallar acá cada una de las posibilidades que estas bases de datos ofrecen. Por lo
tanto, es importante que dedique tiempo extra y se familiarice más con ellas.

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