VISUALIZACIÓN

DE
BIOMOLÉCULAS CON
HERRAMIENTAS
COMPUTACIONALES: PYMOL
Modificado de Hernández-Santos et al., 2016.
INTRODUCCIÓN

Las proteı́nas y los á cidos nucleicos son las macromolé culas de la vida, a travé s de ellas fluye la
informació n para construir a los seres vivos de nuestro planeta. Estas molé culas son estudiadas en
todos los programas educativos actuales de la educació n preparatoria.

En la tridimensionalidad de las macromolé culas residen todas sus propiedades quı́micas y bioló gicas.
Por ejemplo, en el arreglo tridimensional de los aminoá cidos de las proteı́nas se encuentran los
fundamentos de su papel como catalizadores bioquı́micos u hormonas. En el caso de los á cidos
nucleicos, en su tridimensionalidad está codificada su capacidad de almacenar y transmitir
informació n gené tica.

No obstante lo anterior, a estas macromolé culas se les trata en estos programas educativos como
objetos en dos dimensiones y no se incluye material para comprender la informació n sobre sus
propiedades tridimensionales. De esta manera, se generan deficiencias por la ausencia de modelos
representativos de la realidad de los procesos bioquı́micos.

Cuando en una clase el profesor intenta explicar, por ejemplo, el funcionamiento de una enzima,
generalmente utiliza modelos educativos como el que se muestra en la Figura 1.1 En esta clase de
modelos unidimensionales, las formas y dimensiones de las estructuras reales no se abordan de
modo representativo y las escalas utilizadas no son las adecuadas.

El presente curso se ha diseñ ado con el fin de apoyar al docente de los niveles educativos medio-
superior en la enseñ anza de las molé culas de la vida como macroestructuras funcionales en tres
dimensiones. Mediante el uso de herramientas disponibles gratuitamente en internet, el docente
aprenderá a diseñ ar sus propias molé culas de interé s y modelarlas en tres dimensiones. Tambié n
será capaz de utilizar modelos tridimensionales de macromolé culas reportados en bases de datos
internacionales para destacar en ellas las zonas donde reside su funció n bioló gica. Para lograr lo
anterior, se incluyen instrucciones paso a paso, desde la descarga e instalació n de los paquetes
informá ticos, pasando por su uso y funciones principales, hasta la explicació n bioquı́mica de las
molé culas y las instrucciones para lograr modelos que destaquen su principal funció n en las tres
dimensiones.

Figura 1.1: Tipos de modelos unidimensionales utilizados comú nmente en la ilustració n de libros
de texto de preparatoria y para la enseñ anza del papel de las molé culas de la vida
Esperamos que este manual sea una herramienta que permita a profesores y estudiantes generar
materiales para ilustrar los eventos que involucran la interacció n de biomolé culas, su relevancia,
forma y tamañ o. Este manual contiene instrucciones para realizar esquemas de visualizació n
(scripts), analizar, y componer imá genes y videos en escalas y volumenes reales, por ejemplo, el
ilustrado en la Figura 1.2.

Figura 1.2: Un modelo de visualizació n de una enzima, ATP sintasa y su sustrato (ATP)

MODELADO DIGITAL DE MOLECULAS

En el presente manual, se utilizará n archivos de coordenadas ató micas obtenidos a partir de

molé culas existentes por mé todos experimentales como la Difracció n de Rayos X (DRX) o Resonancia
Magné tica Nuclear (RMN). Los archivos de coordenadas se han publicado en revistas cientı́ficas que
reportan los datos que contienen por los autores originales. Estos archivos contienen una lista de
cada á tomo en la molé cula y su posició n relativa con respecto al resto de los á tomos o de un punto
de referencia. Los datos de los archivos de coordenadas pueden ser interpretados por un paquete de
software y visualizados de acuerdo a un estilo de referencia. Existen diferentes estilos de
visualizació n, los má s populares son: puntos, palos, lı́neas y esferas (Figura 1.3). En sistemas de
mayor tamañ o, como ADN y proteı́nas, los má s preferidos por su simpleza de modelaje son: dibujo
(cartoon), listó n (ribbon), red (mesh) o superficie (surface); Figura 1.4 . Los archivos de coordenadas
se pueden descargar de bases de datos especializadas (como el Protein Data Bank) y visualizarse con
los programas informá ticos que describiremos má s adelante o incluso se pueden construir los
archivos de coordenadas propias. Este proceso se conoce como Modelado Digital de Molé culas.
Figura 1.3: Diferentes formas de visualizació n para un mismo conjunto de coordenadas a) puntos,
b) palos, c) lı́neas y d) esferas.

Figura 1.4: Diferentes formas de visualizació n para una misma proteı́na (citocromo C) a) dibujo, b)
listó n, c) red y d) superficie.
PROTEIN DATA BANK

Los archivos de coordenadas de las molé culas de gran tamañ o, como las proteı́nas y los á cidos
nucleicos, y que cumplen con los pará metros más estrictos de calidad y certeza, se encuentran
depositados en la base de datos internacional y gratutia llamada Protein Data Bank o PDB, al cual se
puede consultar por su portal de internet en la direcció n

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

El PDB (Bernstein y cols., 1977) tiene un potente buscador (Figura 1.5) que permite obtener el
archivo deseado en pocos segundos. Al momento de la edició n de este manual, se encuentran
depositados en el PDB mas de 11,000 archivos de proteı́nas y á cidos nucleicos, cada uno se identifica
por un identificador ú nico (PDB ID) que consiste de 4 caracteres y la extensió n .pdb. Adicionalmente
el PDB permite ir al artı́culo de referencia del archivo y dispone tambié n de un conjunto creciente de
herramientas de aná lisis.

Figura 1.5: Pá gina principal del P

USO DEL SOFTWARE PYMOL

Posiblemente PyMol sea el paquete de visualizació n molecular mas completo existente (pero no el
ú nico), por esta razó n puede a primera vista parecer complejo de usar, sin embargo, PyMol dispone
de un conjunto de herramientas de uso que lo hacen amigable con el usuario. En la Figura 1.6 se
muestra la pantalla principal de PyMol y sus componentes.

El entorno de trabajo en PyMol

Para iniciar a usar pymol simplemente debe ubicar en el menú principal de ->file y hacer click en la
opció n ->open y seleccionar en su equipo uno o mas archivos de coordenadas con la extensió n .pdb.

El mouse será en adelante muy ú til para el uso correcto de este manual. Se recomienda el uso de un
mouse de tres botones (click derecho, click izquierdo y scroll). Las funciones del mouse está n siempre
visibles en el menú de mouse y multimedia. Notará que ademá s del mouse, requerirá de un teclado
completo que disponga de las teclas “Shift” y “Ctrl”

Nota: Los menú s de este menu está n escritos en ingles, CtSh significa la combinació n de teclado Ctrl
+ Shift, mientras que SngClk y DbClk representan click simple y doble respectivamente.

Menús de control En este bloque se encuentran contenidas las opciones má s complejas del software,
como la impor- tacion y exportació n de archivos, la generació n de videos o imá genes, entre otras
muchas capacidades.

Menús de consola Contiene una serie de comandos preparados para su ejecució n con un simple
click.

Figura 1.6: Ubicació n de los menú s de PyMol

Líneas de comandos PyMol contiene dos lı́neas de comandos cuya funció n es la de utilizar el lenguaje
de PyMol, ambas funcionan del mismo modo, con la diferencia que la lı́nea de comandos GUI se
muestra ú nicamente si la opció n pantalla completa no está activada.
Menús individuales El uso de PyMol se basa en su capacidad de aplicar acciones a porciones del
sistema total, estas porciones o selecciones aparecerá n en este menú , es posiblemente el menú mas
importante del paquete de software, cada menú contiene 4 submenú s: Action (A) , Show (S) , Hide (H)
, Color (C) , Label(L) .

EJERCICIO CON PYMOL

En esta secció n se detallan los pasos a seguir para realizar los ejercicios de visualizació n de
biomolé culas de interé s. Los scripts de uso está n conformados por el PDB ID de la molé cula a tratarse
durante el ejercicio, seguido de una pequeñ a descripció n de la molé cula y su importancia.

Despué s del PDB ID, aparecen las instrucciones para su visualizació n en PyMOL, se distinguen tres
clases de instrucciones:

• Click en un menú. Cuando se requiera hacer click en uno de los menú s de control
aparecerá un cuadro de borde verde indicando el nombre del menu respectivo ( Action (A) ,
Show (S) , Hide(H) , Label(L) o Color(C) ).

• Click en una opción. Durante los ejercicios propuestos se hará uso de las opciones grá ficas
disponibles en PyMOL, para ello deberá notar una instrucció n que comienza con el sı́mbolo
-> , por ejemplo si se requiere que haga click en la opció n “remove waters” aparecerá la
instrucció n-> remove waters .
• Comando. Las instrucciones que deben ingresarse en la lı́nea de comandos de PyMOL está n
identificadas como instrucciones que comienzan con el sı́mbolo PyMOL -> . Por ejemplo, si se
requiere que ingrese el comando “sele” aparecerá la instrucció n PyMOL> sele .

- Oxihemoglobina

PDB ID:1HHO
En conjunto con el archivo 2HHB, permite observar al grupo hemo como transportador de oxigeno.
Ademá s, permite observar el efecto de molé culas inorgá nicas en interacció n con molé culas
bioló gicas.

Referencia al PDB: Shaanan (1983)

Coloque la vista en modo de Cartoon, para ello vaya al menú de (1hho) y haga click en el menú de
Show (S) -> as -> cartoon

luego ingrese el comando PyMOL> color white

La parte funcional de la hemoglobina es el grupo hemo, como esta proteı́na es un dı́mero, contiene
dos, para resaltarlos debe ingresar el comando siguiente:

PyMOL> select /1hho//a:b/hem

Dado que el grupo hemo es una entidad quı́mica diferente a las proteı́nas, la ú ltima selecció n só lo
hace que en la pantalla aparezcan los puntos de las coordenadas de la molé cula. En otras palabras, el
grupo hemo no es de naturaleza proteica y por lo tanto no se muestra en la vista de Cartoon. Para
poder visualizarlo debe localizar el menú de (sele) y hacer click en el menú de

Show (S) -> as -> lines

Una de las partes mas importantes del grupo hemo es el hierro que se une polarmente a un á tomo de
oxı́geno; para reconocer tal interacció n debe dirigirse al menú de (sele) y hacer click en Color(C)-
>byelement y seccionar la combinació n de colores que má s le agrade.

Una vez hecho esto localice los elementos que conforman la peculiar estructura haciendo click en
Label(L) de(sele) ->elementsymbol conloque ahora ya se sabe dó nde esta ubicado cada á tomo en el
grupo hemo y en su estructura.

A diferencia de la desoxihemoglobina, la oxihemoglobina está unida a una molé cula diató mica de
oxigeno, misma que resulta en el producto almacenado. Estas á tomos se pueden localizar mediante:

PyMOL> select /1hho//a:b/oxy

PyMOL> show lines, sele

PyMOL> zoom sele

Despué s de esto, en el menú de (sele) haga

click en

Label (L) -> element symbol

para verificar la identidad de este

componente. Ahora haga click en uno de los
dos grupos hemo y en su oxı́geno diató mico
y dirı́jase al menu de (sele) y haga click en

Action (A) -> preset -> ball and stick