Actividad - Dogma Central

1.
Las DNA polimerasas avanzan por el DNA, sintetizando una nueva hebra, a la
velocidad indicada en la tabla (nucleótidos por segundo).
a) Calcule la velocidad de las moléculas de DNApol, en milímetros/hora.
*Referencia: 10 nucleotidos = 3.4 nm = 0.0000034 milimetros
DNA pol-I DNA pol-II DNA pol-III DNA pol units

eucariota
16 20 7 25 1000 100 nt/s
0.019584 0.02448 0.008568 0.0306 1.224 0.1224 mm/h
b) ¿Cuánto tardaría una única molécula de DNApol en replicar el genoma completo?

(Genoma de E.coli: 4.7 Mb ; genoma humano: 6600 Mb).
Genoma Tamaño (pb) Tiempo que tardaría

(horas)
Procariota
DNA pol-III
Min Max
E. Coli 4700000 1.305 52.22
Genoma Tamaño (pb) Tiempo que tardaría

(horas)
Eucariota
DNA pol-III
Humano 6600000000 18333.33
* La replicación del genoma bacteriano la realiza la DNApol-III por ser la más rápida.
2. Al estudiar el ADN de un organismo extraterrestre, se descubre que estructuralmente

es idéntico al humano, pero el alienígena NO lo sintetiza a partir de
nucleósidos-5'-trifosfato, sino de nucleósidos-3'-trifosfato (es decir, nucleótidos con su
5'-OH libre y un trifosfato unido en 3'). ¿En qué modo debe diferir esta DNApol de las
DNApol de humanos (u otros eucariontes)? ¿Podrá llevar a cabo reparación?
La DNApol en humanos se une al grupo hidroxilo libre en la posición 3’ para realizar la

síntesis de 5’->3’; en este caso, la DNApol extraterrestre ocupará tener libre el grupo
OH en la posición 5’, para realizar la síntesis adecuadamente de 3’->5’. Para la
corrección de errores, la DNApol I tiene una actividad exonucleasa de 3’->5’, ya que
degrada el DNA con errores en el mismo sentido en el que se realiza la lectura de la
cadena. En el DNA extraterrestre, la actividad exonucleasa sería en el sentido 5’->3’.
3. Has identificado una clona mutante de una levadura. Esta mutante es incapaz de
agregar el 5’cap a los ARNm que produce. Sorprendentemente, tú secuencias todas las
enzimas requeridas para agregar el 5’cap al mensajero y no encontraste ninguna
mutación aberrante. En vez de eso, determinas que la mutación está en una de las
subunidades de la ARN polimerasa II de la levadura. Describe cómo podría este hallazgo
explicar un error al momento de agregar el cap al extremo 5’ del ARN mensajero.
La ARN polimerasa II, es una enzima eucariota, que cataliza la transcripción del ADN a
precursores de ARN mensajero, microARNs y otros tipos de ácido ribonucleico. Se trata de
complejo multienzimático de 12 subunidades. Su unión a las secuencias promotoras de la
expresión génica depende de la presencia de factores de transcripción y lleva a cabo el
“proofreading”. Una de sus cualidades es que coloca el cap al extremo 5’, el cual es un
nucleótido modificado de guanina (G) que protege al transcrito de la degradación, también
ayuda al ribosoma a unirse al ARNm y a comenzar a leerlo para hacer una proteína.
El proceso de colocar el cap al extremo 5’ requiere de la asistencia de subunidades que son

colocadas en el lugar y tiempo correcto, al unirse al dominio terminal-carboxilo por la RNA pol
II, esto sucede cuando la polimerasa se fosforila en la iniciación de la trascripción. Primero la
RNA trifosfato retira el ỿ-fosfato del trifosfato unido al final del cap 5’, resultando en un
difosfato. Después la RNA guanililtransferasa une un guanosina-monofosfato al difosfato que
está al final de la cadena de RNA, formando la unión 5’-5’. Finalmente la RNA metiltransferasa
transfiere un metil del S-adenosilmetionina a la posición 7 del carbón-nitrógeno del anillo en la
guanina, a la par otra metiltransferasa metila el 2’-OH. Por lo que todas las subunidades de
encargan de dejar listo el cap 5’ (Allison, 2012).
4. Utilizando PCR, fuiste capaz de aislar un gen del genoma de Saccharum officinarum, el
cual codifica una enzima metabólica de importancia industrial. Tú quieres estudiar a
fondo esa enzima por lo que deseas expresarla en E. coli para facilitar tu proceso de
obtención de enzima requerida para tus analisis y algunos otros estudios de
mutagénesis.
a) De entrada, intuyes que el promotor nativo de la enzima no va a funcionar en E.

coli. Explica por qué.
El promotor no funcionará porque los promotores contienen secuencias específicas que son
reconocidas por la RNA pol. Esta polimerasa se une con el factor sigma (proteína), formando
un complejo que posteriormente se unirá al promotor. Por este motivo, el complejo no va a
reconocer la secuencia del promotor nativo, por lo que la síntesis de la enzima no ocurrirá.
b) Una vez que reemplazaste el promotor por uno de E. coli, estas buscando analizar
ARNm para ver si se está expresando tu gen. Sin embargo, el ARNm que
detectamos es del casi el doble del tamaño que el de tu enzima. Explica por qué
podría haber ocurrido esto.
Pudo haber pasado por la adición de nucleótidos extra por la RNA pol durante la fase de
terminación; existen secuencias ricas en GC en la señalización de terminación que permiten
que la polimerasa se separe del mRNA. Si no estaban las secuencias adecuadas, la
polimerasa seguiría fija al mRNA añadiendo nucleótidos hasta la señalización de terminación,
incrementando su tamaño.
5. Imagina que estás buscando el sitio activo de una proteína, por esta razón deseas
expresar solo un fragmento de esa proteína en E.coli, el cual tu supones que contiene el
sitio activo. La secuencia de ADN de la proteína completa es la siguiente:
>INS_HUM_fragment
ATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTG
GGGACCTGACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCAC
ACCTGGTGGAAGCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTAC
ACACCCAAGACCCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGGTGGGGCAGGTGGA
GCTGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGG
GGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGC
TCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAA
Ahora supón que la secuencia ya la tenías previamente clonada en un cassette de

expresión adecuado para E.coli en el cual produces toda la proteína completa. La
secuencia es la siguiente:
>INS_HUM_PROT MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFY
TPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSIC SLYQLENYCN
Como tú solo quieres expresar un fragmento de los primeros 10 aminoácidos

(MALWMRLLPL), tienes que insertar el codón de terminación TAG después del
aminoácido número 10, el cual es una Leucina (L). Suponiendo que ya insertaste el
codón de terminación al gen y que ahora tratas de expresar tu proteína en la misma cepa
(E. coli XL1-Blue), te encuentras con los siguientes problemas.
a) Te das cuenta que la proteína se expresa completa y NO solo los 10 aminoácidos
iniciales que tú querías para tus estudios de actividad.
El codón de terminación TAG tiene la función de acotar el mensaje del ADN que dará lugar al
ADNm. Por otra parte, la incorporación de los aminoácidos correctos en la proteína depende de
la unión de cada uno de ellos a su ARNt, así como de la especificidad del apareamiento de
bases entre codón y anticodón.
Pero el apareamiento de las bases no es suficiente para responsabilizarse de la precisión de la

síntesis de proteínas ya que posee una tasa de error de 0.001, es decir, que se pueden
presentar mutaciones.
Se puede asumir que en este caso ocurrió una mutación en el codón de terminación. Por dicha
mutación, podría presentarse alguna de las siguientes situaciones:
● La existencia de un nuevo aminoácido después de los primeros diez.
● Expresión de una nueva proteína por la eliminación o adición de un nucleótido ya que
causaría que los codones se modificarán.
b) Al secuenciar los primeros 20 aminoácidos de la proteína que expresaste, te diste

cuenta que en el sitio donde insertaste el codón de terminación TAG, encontraste
ahora una tirosina (ahora tienes ese aminoácido de más). EXPLICA cómo puede
haber ocurrido este problema de traducción.
Se puede deducir que el el codón sufrió una mutación por transversión (sustitución) ya que la
Tirosina solo se expresa con los codones UAU y UAC, significando que la purina (Guanina) fue
sustituida por una pirimidina (Timina/Citosina). No pudo haber ocurrido otro tipo de mutación
porque ningún otro aminoácido fue modificado o agregado.
Referencias:
Allison, L. (2012). Fundamental Molecular Biology. Kendallville: John Wiley & Sons, Inc
Vázquez E. Bioquímica y Biología Molecular en línea. México: Universidad Nacional Autónoma

de México; 2003. Disponible en:
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/estructura%20rna.html
http://slideplayer.es/slide/3122538/

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a) Calcule la velocidad de las moléculas de DNApol, en milímetros/hora.

*Referencia: 10 nucleotidos = 3.4 nm = 0.0000034 milimetros

DNA pol-I DNA pol-II DNA pol-III DNA pol units

16 20 7 25 1000 100 nt/s

0.019584 0.02448 0.008568 0.0306 1.224 0.1224 mm/h

b) ¿Cuánto tardaría una única molécula de DNApol en replicar el genoma completo?

Genoma Tamaño (pb) Tiempo que tardaría

E. Coli 4700000 1.305 52.22

Genoma Tamaño (pb) Tiempo que tardaría

Humano 6600000000 18333.33

2. Al estudiar el ADN de un organismo extraterrestre, se descubre que estructuralmente

La DNApol en humanos se une al grupo hidroxilo libre en la posición 3’ para realizar la

El proceso de colocar el cap al extremo 5’ requiere de la asistencia de subunidades que son

a) De entrada, intuyes que el promotor nativo de la enzima no va a funcionar en E.

Ahora supón que la secuencia ya la tenías previamente clonada en un cassette de

Como tú solo quieres expresar un fragmento de los primeros 10 aminoácidos

Pero el apareamiento de las bases no es suficiente para responsabilizarse de la precisión de la

b) Al secuenciar los primeros 20 aminoácidos de la proteína que expresaste, te diste

Vázquez E. Bioquímica y Biología Molecular en línea. México: Universidad Nacional Autónoma

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