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Tipos de Programas

WebLab Viewer Pro permite visualizar y crear moléculas de forma sencilla, desde las más simples hasta las más complejas de la química orgánica. Admite múltiples formatos de moléculas y permite buscar moléculas en Internet. RASMOL es un programa gratuito y de código abierto para visualizar la estructura tridimensional de moléculas. Se puede descargar desde su página web junto con otros programas similares. Para visualizar una molécula se necesita un archivo PDB que contenga la información tridimensional de

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Tipos de Programas

WebLab Viewer Pro permite visualizar y crear moléculas de forma sencilla, desde las más simples hasta las más complejas de la química orgánica. Admite múltiples formatos de moléculas y permite buscar moléculas en Internet. RASMOL es un programa gratuito y de código abierto para visualizar la estructura tridimensional de moléculas. Se puede descargar desde su página web junto con otros programas similares. Para visualizar una molécula se necesita un archivo PDB que contenga la información tridimensional de

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EBLAB VIEWER PRO

DESCRIPCIÓN 
WebLab Viever Pro es un programa que permite visualizar crear y moléculas,
desde las más sencillas a las complejas más de orgánica. soporta    múltiples
formatos de moléculas y, entre ellos, los Formatos pdb, mdl y xyz,    de      Los
que encontramos en la Red Muchas bases de Datos,     donde           podemos
obtenerlos gratuitamente. Así mismo, con el programa propio podemos  buscar 
en Internet las moléculas Que necesitemos. 
De cada molécula presenta la posibilidad de presentar etiquetas referidas a los
átomos, los enlaces, etc. Incluso podemos añadir nosotros las   etiquetas   que
deseemos. Otra de las ventajas que presenta es que podemos  colocar   como 
objeto OLE una molécula en un documento de Word, con lo cuál,       podemos
crear excelentes aplicaciones y temas de orgánica.

RASMOL es un programa desarrollado por Roger Sayle que permite visualizar la estructura
tridimensional de las moléculas. Es un programa de libre distribución y además tiene el código
abierto, de modo que cualquiera que tenga los conocimientos adecuados puede introducir
mejoras o adaptar el programa a su uso particular.

La dirección desde la que se puede descargar el programa en sus diferentes versiones (Para Linux,
para Macintosh y para PC) es:

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
En esta página también se pueden descargar otros programas como el Protein Explorer o Chime,
que es un plug-in para Internet que permite visualizar moléculas en tres dimensiones con una
serie de comandos idénticos a los que se usan en Rasmol. La versión para Windows de RASMOL se
llama RASWIN.

Para poder visualizar una molécula debemos tenerla en forma de un fichero PDB. Los ficheros PDB
son ficheros de texto (se pueden abrir y editar con el Notepad o con cualquier otro editor de texto)
que contienen información diversa sobre una molécula y en la que se almacenan, entre otras
cosas, las coordenadas tridimensionales de sus átomos y cómo se conectan éstos entre sí. Pincha
en este enlace si quieres saber más sobre el formato de los ficheros PDB.

Para realizar esta práctica es muy conveniente haber leído previamente la Guía rápida para el uso
de RASMOL que tienes en la Bibliografía. Es la que se va a utilizar durante la práctica. En la sección
de enlaces se encuentran las direcciones donde puedes conseguir otros programas para visualizar
moléculas en tres dimensiones.

Si quieres, puedes traer cuatro disquetes de ordenador para que durante la clase te grabes el
programa RASMOL, el manual de uso y una colección de ficheros PDB correspondientes a diversos
tipos de Biomoléculas.

BIBLIOGRAFÍA
 
Guía rápida para el uso de RASMOL (Es conveniente que te lo imprimas para tenerlo
a mano durante la práctica) .....................................................................
Manual de RASWIN 2.6 en Castellano ...............................................................

El formato de un fichero PDB (En inglés) ...........................................................


 

ENLACES
RASMOL Y OTROS PROGRAMAS PARA VISUALIZAR MOLÉCULAS EN 3D

1.- Rasmol Home Page -

2.- El formato de un fichero pdb -- Ejemplo de un fichero pdb

3.- Visualización del fichero pdb de la equinatoxina (hay que tener CHIME instalado en el


ordenador):

 en disolución (NMR)
 en un cristal (Rayos-X)

4.- Guía para usar el comando "Select" en Rasmol y Chime (en inglés, muy útil)

5.- Protein Explorer Front Door (Versión nueva) -- Protein Explorer Front Door (versión antigua)

6.- Protein explorer en castellano (versión 1.86)

7.- CHIME se ha quedado anticuado - Le sustituye Jmol

8.- Cn3D 4.1 (Permite ver a la vez la estructura tridimensional, la secuencia y el alineamiento)

9.- Tutorial para el uso de Cn3D 4.1

10.- Pymol. Otro programa de visualización de moléculas en tres dimensiones de distribución libre para
estudiantes y profesores.

11.- Chimera. Otro programa de visualización de moléculas

12.- Swiss Pdb-Viewer Home page: Para que te descargues el programa Swiss Pdb-Viewer (también


conocido con el nombre de Deep View) en las versiones para PC, Macintosh o Linux. También
encontrarás el manual de usuario, un tutorial, ejemplos, trucos, etc.

13.- Tutorial sobre el uso del PDB Swiss PDB-Viewer (DeepView)

14.- MolViz.org (Molecular Visualization Resources)

15.- Crystallography made crystal clear

BASES DE DATOS
1.- Protein data bank (PDB) -- Nucleic Acid Database (NDB) -- Tutorial del PDB (en inglés)

2.- Structure (MMDB) (NCBI) -- Membrane proteins of known structure

3.- PDB Sum -- EC-PDB (Enzimas con estructura 3D conocida) --

4.- Proteopedia
http://www.ehu.eus/biofisica/juanma/rasmol/rasmol.htm
Dibujo de moléculas empleando el programa
ISIS/Draw

Introducción
ISIS/Draw es un programa de dibujo molecular muy completo, que permite dibujar desde
las estructuras químicas más simples hasta las más complejas, en forma rápida y sencilla.
Su manejo es intuitivo y fácil de aprender, y sólo requiere conocimientos básicos de
Química General y Orgánica.

El propósito de este tutorial es que aprendas la forma de usar ISIS/Draw para dibujar
moléculas como la de la figura siguiente.

Esta es la estructura de la Tiamina o vitamina B1. Una de las muchas moléculas que
conocerás a lo largo del curso. Cuando domines el contenido del tutorial, podrás dibujar
una molécula como esta en unos cuantos minutos.

Instalación del Programa


Para realizar el tutorial, necesitas tener instalado en tu computadora el programa
ISIS/Draw. Para instalar el programa descarga el archivo draw25.exe y ábrelo. Realiza la
instalación con las opciones sugeridas. Si tienes problemas consulta con tus profesores.

Dibujo de moléculas sencillas


Inicia ISIS/Draw. Se abre una ventana con su barra de menu y una página en blanco con
dos barras de herramientas. A la izquierda está la barra de herramientas de dibujo. En la
parte superior de la hoja está la barra de herramientas de plantillas, para insertar
moléculas pre-dibujadas como ciclohexano y anillos aromáticos.

En la figura siguiente se describe la barra de herramientas de dibujo, como puedes ver, la


mayoría de ellas son auto explicativas. Como se hace explicito en la figura, los botones
que tienen una flecha pequeña en la esquina inferior derecha, se expanden para formar
un menú de opciones, cuando se mantienen presionados durante un segundo.
Herramienta Botón
Seleccionar con lazo/Seleccionar/Seleccionar
molécula
Rotación 2D/Rotación 3D

Borrador

Átomo

Enlace sencillo/doble/triple
Cuña arriba/abajo/cualquiera/enlaces
arriba/abajo
Cadena/Enlaces consecutivos

Más

Flechas

Mapeo átomo-átomo

Secuencia/Forma

Paréntesis

Texto

Línea/Línea continua/Arcos circular/elíptico


Rectángulo/Esquinas
redondeadas/polígono/elipse

La figura siguiente corresponde a la barra de plantillas. Las figuras dibujadas en cada


botón, corresponden a las moléculas que se insertan con cada uno de ellos

Haz clic en el botón de Enlace y después haz clic en algún lugar de la página en blanco.
Se dibuja un enlace simple, que se muestra como una línea semejante al de la figura
siguiente.

Cada extremo de la línea es un átomo de Carbono, por lo que esta estructura correponde
al Etano. ISIS/Draw omite la letra C, como se acostumbra al dibujar estructuras químicas.
Tampoco se muestran los átomos de Hidrógeno, pero el programa contabiliza el número
apropiado a cada carbono, en forma automática.
Ahora coloca el apuntador sobre cualquiera de los extremos de la línea. Aparece un
cuadro pequeño sobre él. Haz clic y a partir del extremo seleccionado se dibuja un nuevo
enlace, con el ángulo apropiado. El dibujo será parecido a la figura siguiente, aunque no
necesariamente con la misma orientación, y corresponde a la notación abreviada del
Propano.

Con la herramienta Enlace se puede dibujar cualquier tamaño de molécula, basta hacer


clic sobre el átomo en el que se desea iniciar un nuevo enlace para dibujar el enlace hacia
otro átomo de Carbono.

En muchas ocasiones es necesario hacer explícitos los símbolos de los elementos que
forman la molecula. Haz clic en el menú Edit y después en Select All. Se selecciona toda
la molécula, puedes ver que es así, porque queda rodeada por cuadros negros.

Ahora haz clic en el menú Object y después en Edit Molecule. Se habre el cuadro de


diálogo Editar Molécula.
En la pestaña Atom busca el menú deplegable Hydrogens, selecciona Auto positión y
despues haz clic en OK. La molécula se dibuja con los simbolos de los elementos
químicos.

¿Y el Metano?
Haz clic en la herramienta Borrador, apunta al Carbono de uno de los extremos del
Propano y haz clic, se borra el Carbono, junto con los Hidrógenos. Observa que el
carbono donde iniciaba el enlace, queda con el número correcto de Hidrógenos.

De la misma manera, borra otro de los dos átomos restantes. El resultado es que se borra
toda la molécula. No es posible obtener el Metano de esta manera.

Para dibujar el Métano haz clic en la herramienta Átomo y después en cualquier parte de


la hoja, se habre un menú desplegable cuya primera opción es el Carbono, selecciónalo
haciendo clic sobre él.

Se dibuja el Metano como una letra C. Puedes hacer explícitos los átomos de Hidrógeno
de la misma manera que hiciste con el Propano

Dibujo de moléculas más complejas


Como ejemplo de una molécula más compleja dibujarás el aminoácido Glicina, que se
muestra en la figura siguiente.
Utiliza la herramienta Enlace para dibujar una cadena horizontal de cuatro átomos de
Carbono, sólo necesitas tres clics para hacer esto. Haz clic en el segundo átomo de la
derecha para añadir una ramificación. A continuación, hay que cambiar algunos de los
átomos de Carbono por hetoroátomos (o sea átomos que no son Carbono ni Hidrógeno).

Haz clic en el botón de la herramienta Átomo. Apunta al Carbono del extremo derecho


(debe aparecer sobre él un cuadro pequeño) y haz clic. Aparece el menú desplegable que
ya conoces. Selecciona la O para cambiar el átomo de Carbono en Oxígeno. De la misma
manera, cambia el Carbono de la ramificación a Oxígeno. Ahora, haz clic sobre el átomo
del extremo izquierdo, y cambia el Carbono por Nitrógeno (N).

El enlace al Oxígeno ramificado debe ser doble. Hay dos formas de insertar un enlace
doble en ISIS/Draw. La forma más simple es hacer clic sobre un enlace simple con la
herramienta Enlace simple. Esto aumenta el orden de enlace a 2.

Haciendo clics consecutivos sobre un enlace con esta herramienta, cambia el orden de
enlace en forma cíclica entre 1, 2 y 3. En el caso de este enlace de la Glicina, no es
posible el orden de enlace de 3. De esta manera, se pueden insertar enlaces múltiples en
cualquier lugar de una estructura, o convertir un enlace múltiple en sencillo.

Otro método de insertar un doble enlace es haciendo clic y manteniendo presionada la


herramiento Enlace para abrir el menú, y seleccionando el Enlace doble. Con esta
herramienta activa, se pueden dibujar enlaces dobles de la misma manera que los
enlaces simples.

En la estructura de la Glicina de la figura anterior, los Hidrógenos en los heteroátomos se


muestran en forma explícita, como es la convención habitual. Para activar la opción de
hacer visibles los átomos de Hidrógeno, haz clic en Options, en la barra de menú, y
después en Settings. Se abre el cuadro de dialogo Preferencias
En la pestaña Chemical Drawing, hay un menú deplegable llamado Show hydrogen
labels. Por defecto, está en Off. Para mostrar los Hidrógenos de heteroátomos,
selecciona On Hetero. Haz clic en OK. Si, como en este caso, hay estructuras dibujadas,
ISIS/Draw pregunta si se desea aplicar los ajustes al dibujo. Haz clic en Yes. El dibujo
final debe ser semejante al de la figura de la Glicina que está arriba.

La opción On Hetero or Terminal, sirve para mostrar Hidrógenos sobre heteroátomos y


átomos de los extremos de una molécula y, como te podrás imaginar, la opción On All,
sirve mostrar los Hidrógenos en todos los átomos.

También se puede cambiar el tipo de átomo seleccionando el átomo o átomos que desees
cambiar, con el apuntador. Después haz clic en el menú Object, y en Edit Atom. Se abre
el cuadro de diálogo Edit Atom, que ya conociste como Edit Molecule. En el menú
desplegable Symbol, selecciona el símbolo del átomo deseado. Si no se encuentra,
selecciona Periodic Table. Se abre una tabla periódica en la que puedes seleccionar
cualquier símbolo. Para los casos simples, este procedimiento alternativo probablemente
no tiene ninguna ventaja. Sin embargo, permite editar varios átomos a la vez, y también
cambiar otras propiedades.

Como usar las plantillas


ISIS/Draw cuenta con muchas plantillas que se utilizan para dibujar moléculas grandes y
complejas. La barra de herramientas plantillas, que ya conoces, es útil para dibujar varios
tipos de moléculas cíclicas.
Haz clic en el botón del anillo de Benceno. Ahora, haz clic en cualquier lugar de la página
para colocar el anillo. Apunta a uno de los enlaces verticales del Benceno, verás que está
seleccionado porque aparece un rectángulo rodeando el enlace. Haz clic para dibujar un
nuevo anillo, fusionado con el primero, sobre el enlace seleccionado. Ahora apunta a
cualquiera de los átomos del lado derecho de la molécula y haz clic. Se dibuja otro anillo,
pero unido mediante un enlace sencillo con el átomo sobre el que apuntaste. La
estructura formada corresponde al 2-fenilnaftaleno y debe ser semjante a la figura
siguiente.

Además de las estructuras básicas de la barra de herramientas de plantillas, ISIS/Draw


tiene muchas más. Al seleccionar un conjunto de plantillas en el menú Templates se abre
una ventana que contiene muchas estructuras pre-dibujadas que se inserta haciendo clic
en la estructura y después en el sito de la página donde se va a insertar. Las estructuras
de las plantillas se pueden añadir como moléculas individuales o fusionarse con enlaces o
átomos ya existentes, como hiciste con el anillo de benceno.

Guarda tu trabajo.
Los archivos de ISIS/Draw se guardan usando la barra de menú. Haz clic en File y
después en Save, se abre el cuadro de dialogo Guardar Como.
Usa el menu desplegable Guardar en: para seleccionar le carpeta donde deseas guardar
el archivo. En el cuadro Nombre: escribe el nombre con que del archivo y has clic
en Guardar.

Repaso
Para practicar todo lo que has aprendido sobre el dibujo de moléculas con ISIS/Draw,
usaremos como ejemplo la molécula de Morfina, cuya estructura se muestra en la figura
siguiente. Este dibujo fue obtenido del artículo del mismo nombre de Wikipedia. Al concluir
el repaso, habrás reproducido esta figura.

Antes de empezar a dibujar, necesitas una hoja en blanco. En la barra de menu has clic
en Edit y después en Select All. Se selecciona todo el contenido de la hoja. Nuevamente
has clic en Edit y depués en Clear, se borran todos los dibujos seleccionados.

También se puede abrir una hoja en blanco en la barra de menu, haciendo clic en File y
después en New.

Dibujo del esqueleto básico.

La estructura de la Morfina está formada por 5 anillos fusionados, cuatro están en el


mismo plano y el quinto sale hacia delante del plano. La forma más rápida de dibujar esta
estructura es usando la barra de herramientas de plantillas.

Para comenzar, dibuja una molécula de Benceno haciendo clic en el botón del Benceno, y
después en cualquier lugar de la ventana de dibujo.

NOTA: Recuerda que al momento de dibujar las moléculas, ISIS/Draw crea únicamente


átomos de Carbono.

Haz clic en la plantilla del Ciclohexano (cuarto botón de izquierda a derecha) Apunta al


enlace inferior derecho del Benceno, cuando se marque con un rectángulo, ház clic para
dibujar el ciclohexano fusinado.

Dibuja otro Ciclohexano fusionado al enlace inferior izquierdo del ciclohexano que acabas
de dibujar. Debes obtener una estructura como la que se muestra en la figura siguiente.
Para continuar, en la barra de herramientas de dibujo selecciona el Enlace sencillo.

Haz clic sobre los carbonos superior e inferior del borde izquierdo de la molécula (los que
están marcados con flechas en la figura siguiente) para dibujar los sustituyentes
correspondientes a estas posiciones. Observa que los enlaces se dibujan con un ángulo
apropiado a la forma hexagonal del anillo.

Agrega sustituyentes a los dos carbonos intermedios del borde izquierdo de la molécula
(los que están marcados con asterícos en la figura siguiente). Como puedes ver, así no se
puede dibujar el anillo de cinco lados que falta.
Haz clic en la herramienta Borrador. Para borrar los dos sustituyentes que no sirven
apunta a ellos, hasta que se forme un cuadrado alrededor del Carbono del extremo o un
rectángulo alrededor del enlace, y haz clic.

Nuevamente selecciona la herramienta Enlace sencillo. Apunta al carbono inferior del lado


izquierdo del anillo de Benceno, arrástra el apuntador hacia el punto medio de la distancia
que lo separa del Carbón superior del borde izquierdo del Ciclohexano inferior,
manteniendo presionado el botón principal del ratón, y suéltalo cuando llegues ahí.
Observa que se dibuja un enlace de longitud igual a la del resto de la molécula.

Ahora apunta al Carbono superior del borde izquierdo del Ciclohexano inferior y arrastra el
apuntador hasta el Carbono que acabas de dibujar. Observa que se dibuja un enlace de la
longitud apropiada para unir los dos átomos, aunque no sea de longitud estándar.

Para dar forma al pentágono, haz clic en la herramienta Seleccionar. Apunta al Carbono


donde se unen los dos enlaces que acabas de dibujar y arrástralo hasta una posición
intermedia, para formar un pentágono semejante al de la figura de la Morfina. El resultado
debe ser semejante a la figura siguiente.

Usando las herramientas que empleaste para dibujar el pentágono, dibuja el anillo que
está hacia el frente de la molécula. Trata de dibujar los enlaces en los mismos ángulos
que tienen en la figura de la Morfina.

Ahora dibuja los enlaces que corresponden al grupo Metilo y los dos Hidrógenos, usando
la herramienta Enlace sencillo. Asegúrate de dibujarlas en las posiciones correctas. El
resultado debe ser semejante a la figura siguiente.
Para conservar la estructura básica, guarda el archivo con el nombre Morfina. De esta
manera si tienes algún problema en los pasos siguientes, puedes recuperar el archivo
original.

Dibujar los enlaces múltiples y los enlaces en cuña.

Selecciona la herramienta Enlace doble. Haz clic sobre el enlace correspondiente de la


estructura de la Morfina, cuando se dibuje un rectángulo alrededor del enlace, se dibuja el
doble enlace. Observa qué sucede si haces clic otra vez sobre el enlace doble con la
misma herramienta. Esta propiedad de la herramienta Enlace doble es útil para dibujar los
enlaces dobles en la forma más clara posible.

Selecciona la herramienta Cuña arriba. Haz clic sobre los enlaces que van a los átomos
de Hidrógeno de la Morfina y en los dos enlaces que salen del Ciclohexano intermedio.
Los enlaces se dibujan como cuñas. Nuevamente prueba haciendo clic sobre las cuñas
con la misma herramienta para observar las propiedades de esta herramienta.

Ahora selecciona la herramienta Enlace superior y haz clic sobre los dos enlaces que
cierran el anillo que sale del plano de la Morfina. Recuerda que se modifican los enlaces
cuando están encerrados en el rectángulo de selección.

Finalmente utiliza la herramienta Cuña abajo, para dibujar el enlace hacia abajo del grupo
OH inferior de la Morfina. Al terminar todas estas maniobras tu estructura debe verse
como la figura de la derecha.
Agregar Hetroátomos y grupos químicos.

Selecciona la herramienta Seleccionar para seleccionar el átomo del pentágono que


corresponde al Oxígeno de la Morfina y haz clic en la opción Object de la barra de menús.
En la lista que se despliega selecciona Edit Atom para abrir la ventana de edición. En la
pestaña Atom, haz clic en la flecha de la lista Symbol y selecciona el símbolo del Oxigeno.
Haz clic en el botón OK. Ahora debe aparecer el símbolo del Oxigeno en la posición
seleccionada de la molécula.

De la misma forma, dibuja los símbolos del Nitrógeno y los dos Hidrógenos, en las
posiciones apropiadas de la molécula.

Para dibujar el radicar Metilo del N de la molécula, selecciona el extremo del enlace
correspondiente y nuevamente haz clic en Object y después en Edit Atom. Observa que
en la ventana Edit Atom, el símbolo corresponde al Carbono de modo que no es
necesario cambiarlo. Para que se dibuje el Carbono con Hidrógenos haz clic en la flecha
de la lista Hydrogens y selecciona la opción Auto position. Debe dibujarse el grupo
correspondiente en el recuadro inferior de la ventana, y al hacer clic en el botón OK, se
debe dibujar el Metilo en la Morfina.

De la misma manera dibuja los dos sustituyentes OH que faltan para completar la Morfina.
El resultado final debe ser semejante a la figura siguiente.

Mejorando la molécula.
Los símbolos de los elementos se ven grandes. Haz clic en la opción Edit de la barra de
herramientas y después en Select All. Ahora haz clic en Object y después en Edit
Molecule. En la ventana Edit Molecule selecciona la pestaña Font y cambia el tamaño de
letra a 10 puntos con estilo Bold

En el extremo derecho superior de la ventana se encuentra la lista que controla el grosor


de las líneas de los enlaces, cambia el valor a 1.2 puntos. Haz clic en el botón OK.

Para añadir una etiqueta con el nombre de la molécula selecciona la herramienta Texto y


haz clic debajo de la estructura de la molécula y escribe el nombre Morfina.
Selecciona la herramienta Seleccionar y haz doble clic sobre el nombre de la molécula.
En la ventana que se abre cambia el tipo de letra a Times New Roman con estilo Bold.

Es posible alinear la molécula con su etiqueta, para ello, en la barra de herramientas haz
clic en <>Edit y después en Select All. Ahora haz clic en Object y después en Align. En la
ventana que se abre selecciona la opción <>Left/Right Centers y haz clic en el botón OK.
La etiqueta se alinea al centro de la estructura. Ahora tu molécula debe verse como la
figura siguiente.

Otros recursos de ISIS/Draw


Este programa tiene muchas otras utilidades, sólo mencionaremos algunas de las más
notables.

Plantillas

En su instalación estándar, ISIS/Draw cuenta con una biblioteca de más de 250 plantillas
de compuestos importantes incluidos aminoácidos y glúcidos. Para usar estas plantillas
basta desplegar la lista de categorías, haciendo clic en la opción Templates de la barra de
menús, y seleccionar la clase de moléculas que buscamos, se abre una ventana que
muestra las moléculas de la biblioteca. Haciendo clic en la molécula que nos interesa y
después clic en la ventana de dibujo, se copia la plantilla correspondiente.

Enlaces cruzados

Como puedes ver en la figura de la Morfina que está al inicio de este documento, uno de
los enlaces del anillo que sale del plano de la Morfina se dibuja por arriba de un enlace del
Ciclohexano. En ISIS/Draw también podemos dibujar los enlaces cruzados. Usando la
herramienta Seleccionar haz doble clic sobre el enlace que va atrás de los dos que se
cruzan, el que es vertical. Recuerda que la indicación de que el enlace está seleccionado
es que se dibuja un rectángulo a su alrededor. En la ventana que se abre haz clic en la
pestaña Bond, activa la opción Crossed bond y haz clic en el botón OK. Se dibuja la
molécula dejando espacios en blanco para indicar cuál es el enlace que va por debajo.
Cálculo de propiedades moleculares

Cuando hemos dibujado la estructura de una molécula, podemos calcular algunas


propiedades de la estructura. Usa la herramienta Seleccionar molécula para seleccionar
únicamente la estructura de la Morfina. Haz clic en la opción Chemistry de la barra de
menús, después en Calculate Mol Values y finalmente en Calculate. Se despliega una
ventana con los datos calculados, que se pueden incluir en la ventana de dibujo haciendo
clic en el botón Paste, como se ve en la figura siguiente.

Estas son las principales utilidades de ISIS/Draw pero no son todas, te invitamos a que
explores su uso para que te familiarices con todos los recursos que pone a tu disposición.
Recuerda que al igual que todas las herramientas, ISIS/Draw te será tan útil como hábil
seas en su manejo.

Ejercicio de evaluación
Con lo que has aprendido, dibuja las estructuras de los compuestos que se muestran a
continuación. Guarda cada una de las moléculas en un archivo con el nombre de la
molécula que contiene. Envía los archivos recién dibujados y el de la Morfina, adjuntos a
un mensaje, a la dirección de correo electrónico del curso
(bioquí[email protected]) El tema del mensaje debe ser ISIS y en el cuerpo del
mensaje escribe tu nombre, tu grupo y una breve descripción de lo que estás enviando.

Para que tu trabajo se tome en cuenta, debes enviar el correo antes de las 24:00 h del
jueves 3 de septiembre. Únicamente se tomarán en cuenta los trabajos que se reciban en
tiempo y forma.

<="" p=""> <="" p="">


Aspirina Tiamina d-Alanina

Molecular Weight Calculator


Con Molecular Weight Calculator podrás calcular tanto el peso molecular como el
tanto por ciento de composición de hasta siete componentes a la vez.
El programa es capaz de reconocer hasta 150 abreviaciones definidas por el
usuario, y todos los isótopos.
Incluye conversión Moles/Masa y buscador de Fórmulas, además de derivaciones
del estándar de los resultados, y reconocimiento opcional de los aminoácidos.
Además, incluye corrección extensiva de errores para la verificación de las
fórmulas introducidas, y opcionalmente te mostrará avisos de donde pueden haber
los errores en el conjunto de la fórmula a través de combinaciones no usuales de
elementos.
Todas las funciones pueden configurarse por línea de comandos o guardarlas
durante el funcionamiento del programa. Además, incluye una calculadora
matemática.
https://es.slideshare.net/paand/molecular-weight-calculator
http://chemcollective.org/activities/tutorials/stoich/calculating_molecular_weight
video

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