Tipos de Programas
Tipos de Programas
DESCRIPCIÓN
WebLab Viever Pro es un programa que permite visualizar crear y moléculas,
desde las más sencillas a las complejas más de orgánica. soporta múltiples
formatos de moléculas y, entre ellos, los Formatos pdb, mdl y xyz, de Los
que encontramos en la Red Muchas bases de Datos, donde podemos
obtenerlos gratuitamente. Así mismo, con el programa propio podemos buscar
en Internet las moléculas Que necesitemos.
De cada molécula presenta la posibilidad de presentar etiquetas referidas a los
átomos, los enlaces, etc. Incluso podemos añadir nosotros las etiquetas que
deseemos. Otra de las ventajas que presenta es que podemos colocar como
objeto OLE una molécula en un documento de Word, con lo cuál, podemos
crear excelentes aplicaciones y temas de orgánica.
RASMOL es un programa desarrollado por Roger Sayle que permite visualizar la estructura
tridimensional de las moléculas. Es un programa de libre distribución y además tiene el código
abierto, de modo que cualquiera que tenga los conocimientos adecuados puede introducir
mejoras o adaptar el programa a su uso particular.
La dirección desde la que se puede descargar el programa en sus diferentes versiones (Para Linux,
para Macintosh y para PC) es:
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
En esta página también se pueden descargar otros programas como el Protein Explorer o Chime,
que es un plug-in para Internet que permite visualizar moléculas en tres dimensiones con una
serie de comandos idénticos a los que se usan en Rasmol. La versión para Windows de RASMOL se
llama RASWIN.
Para poder visualizar una molécula debemos tenerla en forma de un fichero PDB. Los ficheros PDB
son ficheros de texto (se pueden abrir y editar con el Notepad o con cualquier otro editor de texto)
que contienen información diversa sobre una molécula y en la que se almacenan, entre otras
cosas, las coordenadas tridimensionales de sus átomos y cómo se conectan éstos entre sí. Pincha
en este enlace si quieres saber más sobre el formato de los ficheros PDB.
Para realizar esta práctica es muy conveniente haber leído previamente la Guía rápida para el uso
de RASMOL que tienes en la Bibliografía. Es la que se va a utilizar durante la práctica. En la sección
de enlaces se encuentran las direcciones donde puedes conseguir otros programas para visualizar
moléculas en tres dimensiones.
Si quieres, puedes traer cuatro disquetes de ordenador para que durante la clase te grabes el
programa RASMOL, el manual de uso y una colección de ficheros PDB correspondientes a diversos
tipos de Biomoléculas.
BIBLIOGRAFÍA
Guía rápida para el uso de RASMOL (Es conveniente que te lo imprimas para tenerlo
a mano durante la práctica) .....................................................................
Manual de RASWIN 2.6 en Castellano ...............................................................
ENLACES
RASMOL Y OTROS PROGRAMAS PARA VISUALIZAR MOLÉCULAS EN 3D
en disolución (NMR)
en un cristal (Rayos-X)
4.- Guía para usar el comando "Select" en Rasmol y Chime (en inglés, muy útil)
5.- Protein Explorer Front Door (Versión nueva) -- Protein Explorer Front Door (versión antigua)
10.- Pymol. Otro programa de visualización de moléculas en tres dimensiones de distribución libre para
estudiantes y profesores.
BASES DE DATOS
1.- Protein data bank (PDB) -- Nucleic Acid Database (NDB) -- Tutorial del PDB (en inglés)
4.- Proteopedia
http://www.ehu.eus/biofisica/juanma/rasmol/rasmol.htm
Dibujo de moléculas empleando el programa
ISIS/Draw
Introducción
ISIS/Draw es un programa de dibujo molecular muy completo, que permite dibujar desde
las estructuras químicas más simples hasta las más complejas, en forma rápida y sencilla.
Su manejo es intuitivo y fácil de aprender, y sólo requiere conocimientos básicos de
Química General y Orgánica.
El propósito de este tutorial es que aprendas la forma de usar ISIS/Draw para dibujar
moléculas como la de la figura siguiente.
Esta es la estructura de la Tiamina o vitamina B1. Una de las muchas moléculas que
conocerás a lo largo del curso. Cuando domines el contenido del tutorial, podrás dibujar
una molécula como esta en unos cuantos minutos.
Borrador
Átomo
Enlace sencillo/doble/triple
Cuña arriba/abajo/cualquiera/enlaces
arriba/abajo
Cadena/Enlaces consecutivos
Más
Flechas
Mapeo átomo-átomo
Secuencia/Forma
Paréntesis
Texto
Haz clic en el botón de Enlace y después haz clic en algún lugar de la página en blanco.
Se dibuja un enlace simple, que se muestra como una línea semejante al de la figura
siguiente.
Cada extremo de la línea es un átomo de Carbono, por lo que esta estructura correponde
al Etano. ISIS/Draw omite la letra C, como se acostumbra al dibujar estructuras químicas.
Tampoco se muestran los átomos de Hidrógeno, pero el programa contabiliza el número
apropiado a cada carbono, en forma automática.
Ahora coloca el apuntador sobre cualquiera de los extremos de la línea. Aparece un
cuadro pequeño sobre él. Haz clic y a partir del extremo seleccionado se dibuja un nuevo
enlace, con el ángulo apropiado. El dibujo será parecido a la figura siguiente, aunque no
necesariamente con la misma orientación, y corresponde a la notación abreviada del
Propano.
En muchas ocasiones es necesario hacer explícitos los símbolos de los elementos que
forman la molecula. Haz clic en el menú Edit y después en Select All. Se selecciona toda
la molécula, puedes ver que es así, porque queda rodeada por cuadros negros.
¿Y el Metano?
Haz clic en la herramienta Borrador, apunta al Carbono de uno de los extremos del
Propano y haz clic, se borra el Carbono, junto con los Hidrógenos. Observa que el
carbono donde iniciaba el enlace, queda con el número correcto de Hidrógenos.
De la misma manera, borra otro de los dos átomos restantes. El resultado es que se borra
toda la molécula. No es posible obtener el Metano de esta manera.
Se dibuja el Metano como una letra C. Puedes hacer explícitos los átomos de Hidrógeno
de la misma manera que hiciste con el Propano
El enlace al Oxígeno ramificado debe ser doble. Hay dos formas de insertar un enlace
doble en ISIS/Draw. La forma más simple es hacer clic sobre un enlace simple con la
herramienta Enlace simple. Esto aumenta el orden de enlace a 2.
Haciendo clics consecutivos sobre un enlace con esta herramienta, cambia el orden de
enlace en forma cíclica entre 1, 2 y 3. En el caso de este enlace de la Glicina, no es
posible el orden de enlace de 3. De esta manera, se pueden insertar enlaces múltiples en
cualquier lugar de una estructura, o convertir un enlace múltiple en sencillo.
También se puede cambiar el tipo de átomo seleccionando el átomo o átomos que desees
cambiar, con el apuntador. Después haz clic en el menú Object, y en Edit Atom. Se abre
el cuadro de diálogo Edit Atom, que ya conociste como Edit Molecule. En el menú
desplegable Symbol, selecciona el símbolo del átomo deseado. Si no se encuentra,
selecciona Periodic Table. Se abre una tabla periódica en la que puedes seleccionar
cualquier símbolo. Para los casos simples, este procedimiento alternativo probablemente
no tiene ninguna ventaja. Sin embargo, permite editar varios átomos a la vez, y también
cambiar otras propiedades.
Guarda tu trabajo.
Los archivos de ISIS/Draw se guardan usando la barra de menú. Haz clic en File y
después en Save, se abre el cuadro de dialogo Guardar Como.
Usa el menu desplegable Guardar en: para seleccionar le carpeta donde deseas guardar
el archivo. En el cuadro Nombre: escribe el nombre con que del archivo y has clic
en Guardar.
Repaso
Para practicar todo lo que has aprendido sobre el dibujo de moléculas con ISIS/Draw,
usaremos como ejemplo la molécula de Morfina, cuya estructura se muestra en la figura
siguiente. Este dibujo fue obtenido del artículo del mismo nombre de Wikipedia. Al concluir
el repaso, habrás reproducido esta figura.
Antes de empezar a dibujar, necesitas una hoja en blanco. En la barra de menu has clic
en Edit y después en Select All. Se selecciona todo el contenido de la hoja. Nuevamente
has clic en Edit y depués en Clear, se borran todos los dibujos seleccionados.
También se puede abrir una hoja en blanco en la barra de menu, haciendo clic en File y
después en New.
Para comenzar, dibuja una molécula de Benceno haciendo clic en el botón del Benceno, y
después en cualquier lugar de la ventana de dibujo.
Dibuja otro Ciclohexano fusionado al enlace inferior izquierdo del ciclohexano que acabas
de dibujar. Debes obtener una estructura como la que se muestra en la figura siguiente.
Para continuar, en la barra de herramientas de dibujo selecciona el Enlace sencillo.
Haz clic sobre los carbonos superior e inferior del borde izquierdo de la molécula (los que
están marcados con flechas en la figura siguiente) para dibujar los sustituyentes
correspondientes a estas posiciones. Observa que los enlaces se dibujan con un ángulo
apropiado a la forma hexagonal del anillo.
Agrega sustituyentes a los dos carbonos intermedios del borde izquierdo de la molécula
(los que están marcados con asterícos en la figura siguiente). Como puedes ver, así no se
puede dibujar el anillo de cinco lados que falta.
Haz clic en la herramienta Borrador. Para borrar los dos sustituyentes que no sirven
apunta a ellos, hasta que se forme un cuadrado alrededor del Carbono del extremo o un
rectángulo alrededor del enlace, y haz clic.
Ahora apunta al Carbono superior del borde izquierdo del Ciclohexano inferior y arrastra el
apuntador hasta el Carbono que acabas de dibujar. Observa que se dibuja un enlace de la
longitud apropiada para unir los dos átomos, aunque no sea de longitud estándar.
Usando las herramientas que empleaste para dibujar el pentágono, dibuja el anillo que
está hacia el frente de la molécula. Trata de dibujar los enlaces en los mismos ángulos
que tienen en la figura de la Morfina.
Ahora dibuja los enlaces que corresponden al grupo Metilo y los dos Hidrógenos, usando
la herramienta Enlace sencillo. Asegúrate de dibujarlas en las posiciones correctas. El
resultado debe ser semejante a la figura siguiente.
Para conservar la estructura básica, guarda el archivo con el nombre Morfina. De esta
manera si tienes algún problema en los pasos siguientes, puedes recuperar el archivo
original.
Selecciona la herramienta Cuña arriba. Haz clic sobre los enlaces que van a los átomos
de Hidrógeno de la Morfina y en los dos enlaces que salen del Ciclohexano intermedio.
Los enlaces se dibujan como cuñas. Nuevamente prueba haciendo clic sobre las cuñas
con la misma herramienta para observar las propiedades de esta herramienta.
Ahora selecciona la herramienta Enlace superior y haz clic sobre los dos enlaces que
cierran el anillo que sale del plano de la Morfina. Recuerda que se modifican los enlaces
cuando están encerrados en el rectángulo de selección.
Finalmente utiliza la herramienta Cuña abajo, para dibujar el enlace hacia abajo del grupo
OH inferior de la Morfina. Al terminar todas estas maniobras tu estructura debe verse
como la figura de la derecha.
Agregar Hetroátomos y grupos químicos.
De la misma forma, dibuja los símbolos del Nitrógeno y los dos Hidrógenos, en las
posiciones apropiadas de la molécula.
Para dibujar el radicar Metilo del N de la molécula, selecciona el extremo del enlace
correspondiente y nuevamente haz clic en Object y después en Edit Atom. Observa que
en la ventana Edit Atom, el símbolo corresponde al Carbono de modo que no es
necesario cambiarlo. Para que se dibuje el Carbono con Hidrógenos haz clic en la flecha
de la lista Hydrogens y selecciona la opción Auto position. Debe dibujarse el grupo
correspondiente en el recuadro inferior de la ventana, y al hacer clic en el botón OK, se
debe dibujar el Metilo en la Morfina.
De la misma manera dibuja los dos sustituyentes OH que faltan para completar la Morfina.
El resultado final debe ser semejante a la figura siguiente.
Mejorando la molécula.
Los símbolos de los elementos se ven grandes. Haz clic en la opción Edit de la barra de
herramientas y después en Select All. Ahora haz clic en Object y después en Edit
Molecule. En la ventana Edit Molecule selecciona la pestaña Font y cambia el tamaño de
letra a 10 puntos con estilo Bold
Es posible alinear la molécula con su etiqueta, para ello, en la barra de herramientas haz
clic en <>Edit y después en Select All. Ahora haz clic en Object y después en Align. En la
ventana que se abre selecciona la opción <>Left/Right Centers y haz clic en el botón OK.
La etiqueta se alinea al centro de la estructura. Ahora tu molécula debe verse como la
figura siguiente.
Plantillas
En su instalación estándar, ISIS/Draw cuenta con una biblioteca de más de 250 plantillas
de compuestos importantes incluidos aminoácidos y glúcidos. Para usar estas plantillas
basta desplegar la lista de categorías, haciendo clic en la opción Templates de la barra de
menús, y seleccionar la clase de moléculas que buscamos, se abre una ventana que
muestra las moléculas de la biblioteca. Haciendo clic en la molécula que nos interesa y
después clic en la ventana de dibujo, se copia la plantilla correspondiente.
Enlaces cruzados
Como puedes ver en la figura de la Morfina que está al inicio de este documento, uno de
los enlaces del anillo que sale del plano de la Morfina se dibuja por arriba de un enlace del
Ciclohexano. En ISIS/Draw también podemos dibujar los enlaces cruzados. Usando la
herramienta Seleccionar haz doble clic sobre el enlace que va atrás de los dos que se
cruzan, el que es vertical. Recuerda que la indicación de que el enlace está seleccionado
es que se dibuja un rectángulo a su alrededor. En la ventana que se abre haz clic en la
pestaña Bond, activa la opción Crossed bond y haz clic en el botón OK. Se dibuja la
molécula dejando espacios en blanco para indicar cuál es el enlace que va por debajo.
Cálculo de propiedades moleculares
Estas son las principales utilidades de ISIS/Draw pero no son todas, te invitamos a que
explores su uso para que te familiarices con todos los recursos que pone a tu disposición.
Recuerda que al igual que todas las herramientas, ISIS/Draw te será tan útil como hábil
seas en su manejo.
Ejercicio de evaluación
Con lo que has aprendido, dibuja las estructuras de los compuestos que se muestran a
continuación. Guarda cada una de las moléculas en un archivo con el nombre de la
molécula que contiene. Envía los archivos recién dibujados y el de la Morfina, adjuntos a
un mensaje, a la dirección de correo electrónico del curso
(bioquí[email protected]) El tema del mensaje debe ser ISIS y en el cuerpo del
mensaje escribe tu nombre, tu grupo y una breve descripción de lo que estás enviando.
Para que tu trabajo se tome en cuenta, debes enviar el correo antes de las 24:00 h del
jueves 3 de septiembre. Únicamente se tomarán en cuenta los trabajos que se reciban en
tiempo y forma.