TEMA 7. ESTRUCTURA DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS.

Los ácidos nucleicos están integrados por unidades

estructurales básicas: nucleótidos. Se trata del
esqueleto covalente de la molécula de ácido nucleico.
Los ácidos nucleicos son polinucleótidos, o lo que es
igual, son polímeros lineales de una unidad que se
denomina nucleótido.
Además, estos participan también en cascadas de
señales y en procesos enzimáticos, además de constituir
los ácidos nucleicos.

Los nucleótidos están formados por:

- base nitrogenada (numeración 1ª)
- grupo fosfato (un único grupo fosfato o
mononucleótidos)
- pentosa (numeración secundaria N’). La base
nitrogenada se une a la pentosa en el carbono 1’
mediante un enlace glucosídico. Además el carbono 5’
esta esterificado por uno (monofosfato) o varios fosfatos.

● Bases nitrogenadas.
Derivan del núcleo de la purina y la pirimidina.
Dentro de las purinas encontramos la adenina
y la guanina, y las bases pirimidínicas son la
citosina, timina (solo en el ADN y muy
puntualmente en el ARN) y el uracilo
(únicamente aparece en el AR, si apareciese en
el DNA sería reconocida como un daño es éste
y los mecanismos de reparación solventarían el
problema de encontrar una base anómala).

● Pentosas.
- Ribosa: presente en los nucleótidos del ácido ribonucleico (ARN)
- Desoxirribosa: se caracteriza por la ausencia del grupo hidroxilo en 2’.
Presente en los nucleótidos del ácido desoxirribonucleico (ADN).

Las pentosas se unen a las bases nitrogenadas mediante un enlace

glucosídico en el carbono 1’ de la pentosa y 9 de la base nitrogenada si
se trata de purinas, o 1 si se trata de pirimidinas.
El grupo fosfato está unido al carbono 5’ de la pentosa mediante un
enlace de esterificación.

■ Nomenclatura.

Base-ina (adenina)
Nucleósido –osina –idina (adenosin)
Nucleótido –lato (adenilato)
Estructura primaria de los ácidos nucleicos.

Los ácidos nucleicos son moléculas formadas por un esqueleto

covalente constituído por una secuencia de nucleótidos. Se forma por
el establecimiento de enlaces fosfodiester entre nucleótidos para dar
lugar a una cadena polinucleotídica. El enlace fosfodiester se establece
entre el grupo hidroxilo situado en el carbono 3’ de la pentosa y el
grupo fosfato del siguiente nucleótido. En uno de los extremos del
ácido nucleico tendremos, por tanto, un OH en 3’ libre, y en el
opuesto, un fosfato en 5’ sin unirse a ningún nucleótido.
Por convención, el primer nucleótido es el que tiene el grupo P en5’
libre; el último, el OH en 3’.
Así que, en la orientación de una cadena de polinucleótidos
hablaremos del extremo 5’ cuando el fosfato unido al carbono 5’ de la
pentosa, se encuentre libre, es decir, que no se una a ninguna otra
pentosa y no esté diesterificado. El extremo 3’ libre será el del
nucleótido cuya pentosa tenga el carbono 3’ en forma de grupo OH.
Estas hebras de polinucleótidos construyen la estructura primaria de
los ácidos nucleicos.

Cuando la cadena de nucleótidos es > o = 50 nucleótidos, hablamos de un oligonucleótido.

En la estructura primeria la única diferencia que encontramos entre el ADN y el ARN se encuentra
en las bases (presencia de uracilo en el ARN y timina en el ADN) y las pentosas (desoxirribosa y
ribosa)

Mediante la ley de Chargaff, se comprobó que las cantidades de adenina

y timina, así como las de guanina con la citosina, eran prácticamente
iguales en muchos seres vivos. La relación entre bases púricas y
pirimidínias es igual a uno: A+G/C+T=1.
Así se establece el concepto de pares de bases. Utilizó una técnica
cromatográfica en papel y pudo establecer que la proporción de
nucleótidos variaba de una especie a otra, pero era igual en la misma. En humanos =1.

Estructura secundaria.

El ADN está compuesto por una cadena de nucleótidos constituidos por una pentosa, la
desoxirribosa, un ácido fosfórico y una base nitrogenada (A G C T).
Wilkins y Franklin (en los años 50) realizaron los primeros estudios físicos sobre el ADN usando un
patrón de difracción de rayos X. Demostraron que poseía una estructura ordenada y regular,
helicoidal, de dos hebras con un total de 20 Å de diámetro. Determinaron que las bases de los
nucleótidos se encontraban apiladas y con los planos separados por una distancia de 3,4 Å. Así se
descubrió la estructura que adoptaban en el espacio los ácidos nucleicos. Se estableció también que
cabían unas 10 bases por vuelta (34 Å).

Con estos datos y teniendo en cuenta las reglas de Chargaff, Watson y Crick elaboraron el modelo
de la doble hélice (hélice B).
- El ADN es una doble hélice plectonémica y dextrógira, es decir, las dos hebras se encuentran
equidistantes y se enrollan entre ellas hacia la derecha. Cada vuelta mide unos 3,4nm (34 Å) y
contiene 10 nucleótidos.
- Está formada por dos hebras de polinucleótidos en las que las moléculas de ácido fosfórico se unen
mendiante enlaces fosfodiéster con las pentosas. Se trata de una molécula bicatenaria y antiparalela
(polaridad opuesta), es decir, una de las hebras está en el sentido 5’ – 3’ y la otra al contrario, 3’-5’.
- Por su carácter hidrófilo, el esqueleto de azúcar fosfato se encuentra orientado hacia la periferia,
con los ácidos fosfóricos en contacto con el medio acuoso, mientras que las bases nitrogenadas se
encuentran en el interior de la cadena. Se dirigen hacia el eje central imaginario, de forma que el
plano que contiene la base nitrogenada es casi perpendicular a ese eje, por tanto el azúcar es
también casi perpendicular a las BN.
- Las bases nitrogenadas están apiladas y enfrentadas a una base de la hebra equidistante que se
encuentra en el mismo plano. Siguiendo la regla de Chargaff, se deduce que las hebras de ADN no
son iguales sino complementarias. El enfrentamiento entre las bases se produce mediante puentes
de hidrógeno CΞG, A=T. Esto supone que la estructura se mantiene gracias a los puentes de
hidrógeno. Cada par de bases ocupa unos 11 Å, que es la distancia que separa las dos hebras.
- El eje imaginario de la doble hélice no pasa por el centro geométrico del par de bases. Esto
determinaque la hélice presente un surco ancho y un surco estrecho.
- Las interacciones que mantienen la estructura y disposición del ADN son los puentes de
hidrógeno entre las bases nitrogenadas, las interacciones hidrofóbicas entre planos de bases
contiguos (apilamiento), las interacción hidrofílicas de la pentosa con el medio y las interacciones
iónicas del fosfato con moléculas electropositivas (ya que el medio celular se encuentra ionizado)
(proteínas como histonas, poliaminas…). De esta forma la molécla se estabiliza ya que las cargas
negativas de los fosfatos son neutralizadas al interaccionar con proteínas de carácter básico (+).

La forma de ADN descrita anteriormente es la forma B, que es la mayoritaria en las células. En la

forma B, encontramos unos 10 pares de bases por vuelta de la doble hélice (10,5) por lo que cada
vuelta mide unos 3,6nm y las bases nitrogenadas se encuentran en un plano perpendicular al eje.
Pero también existen otras como la forma A, que se encuentra en estructuras híbridas ARN-ADN y
cada vuelta mide 2,8nm y las bases nitrogenadas se situan en un plano oblicuo respecto al eje
longitudinal imaginario (más compacta y menos estable) y la forma Z, levógira y con vueltas de
4,5nm (estructura más cerrada que en B) y doce nucleótidos.

▪ Propiedades de la estructura secunadaria del ADN.

- Desnaturalización: a ciertas temperaturas (calor), condiciones de pH (extremo >11,3),
disminución de la constate dieléctrica o en presencia de sistemas desnaturalizantes (urea, amidas,
formamida), la molécula de ADN es capaz de eliminar los puentes de hidrógeno entre bases
complementarias y separarse en dos hebras monocatenarias.
Se trata de un parámetro muy útil en la caracterización de
moléculas de DNA, pues la temperatura de fusión es propia de
cada molécula de DNA.
Esto se consigue midiendo la absorbancia (el máximo de
absorción se encuentra en el UV a 260nm, debido a la
presencia de las bases nitrogenadas). Se estudia por tarto la
densidad óptica (D.O.) según la temperatura a ese máximo de
absorción. Según aumenta la absorbancia las cadenas se
separan, ya que esto significa que al desnaturalizarse las bases
nitrogenadas quedan expuestas hacia el exterior e incrementa
la absorbancia. Esto se conoce como efecto hipercrómico.
El efecto hipocrómico, sin embargo, se refiere a la
renaturalización, donde se aprecia cada vez menor absorbancia
pues las dos cadenas se vuelven a unir formando los puentes
de hidrógenos entre las hebras y estableciéndose de nuevo la
estructura en doble hélice.
Además, la viscosidad disminuye con la desnaturalización y aumenta con la renaturalización. Como
es lógico, las cadenas se separarán antes por las zonas donde se encuentren las bases A=T ya que
tienen menos puentes de hidrógeno que las unen.
La Tm o Tf se define como la temperatura a la cueal el 50% de la estructura en doble hélice está
desnaturalizada. Se trata de un parámetro exclusivo de cada molécula ya que depende de:
· la composición en bases (↑G y C haya, ↑ puentes de hidrógeno y ↑Tf)
· fuerza iónica del medio (↑ F.I. ↑Tf.). Si la concentración en iones positivos en el medio es mayor,
las cargas negativas del ADN estarán neutralizadas de forma muy óptima y la estabilidad de la doble
hélice será mayor. Se necesita más temperatura para desnaturalizarla. En el agua, la F.I. es muy
baja por lo que no se aprecia estructura en doble hélice.

● ARN.
Se sintetiza en la célula a partir de fragmentos de ADN de forma monocatenaria. El hecho de ser
monocatenario hace que no tenga una estructura secundaria definida sino que adopta diferentes
posiciones espaciales o estructuras secundarias muy variables: la rotación de la molécula da lugar a
regiones de la misma que poseen bases enfrentadas y unidas por enlaces de hidrógeno (CΞG, A=U),
por lo que existe complementariedad interna (también con otras moléculas). Común la estructura
secundaria en horquilla: regiones internas con alto grado de complementariedad separadas por
otras regiones donde no existe esta complementariedad. Dichas estructuras secundarias determinan
su funcionalidad.
Estructura terciaria.

Ciertos seres vivos presentan ADN circular, lo que implica que no tiene extremos libres, como por
ejemplo las bacterias. Su cromosoma está constituído por 106 pares de bases, que ocuparían 1-
2mm de forma lineal. Un ADN semejante aparece en las mitocondrias y cloroplastos.
En eucariotas el ADN presenta una estructura lineal con extremos libres. En la especie humana
poseemos 2m de genoma. El ADN debe empaquetarse.

El grado de compactación debe ser muy elevado para poder contener el ADN. Por ello la molécula
requiere una estructura terciaria superenrrolada. El ADN se encuentra unido a proteínas de
carácter básico (histonas) en el surco mayor y muchas veces se presenta en forma de
superhélices, cuando la doble hélice se enrolla sobre sí misma (la doble hélice forma otra
estructura adicional dando vueltas a otro eje). Gracias a esta disposición, la larga cadena de ADN
(comparada con el tamaño celular) puede empaquetarse sin perder la capacidad de expresión de los
genes, ya que cuando el ADN se duplica se elimina tanto la estructura secundaria como la terciaria.
Es necesaria una maquinaria enzimática que permita deshacer las tensiones torsionales adicionales
que pueden dificultar el mecanismo de replicación, hablamos de las topoisomerasas, de modo que
permitan el “relajamiento” del DNA para que sea posible su replicación.

Estos superenrrollamientos pueden ser positivos si van en el sentido de las agujas del reloj, o
negativos.

Parámetros del cambio en la estructura:

- densidad superhelicoidal: relaciona el número de vueltas de la superhélice con el número de
vueltas de la doble hélice.
- número de enlace: designa la estructura terciaria de molécula de DNA en un momento dado,
indicanco el número de veces que las 2 cadenas de DNA se cruzan en el espacio, considerando tanto
la estructura terciaria como la secundaria.
Nº enlace= nº torsión (superhélice + o -) + nº giros (doble hélice).
TEMA 8. INTRODUCCIÓN A LA BIOLOGÍA MOLECULAR.

La biología molecular trata de entender como el organismo humano y el por qué si todas las células tienen la
misma dotación genética, estas se especializan formando distintos tejidos y órganos que realizan funciones
diferentes. Ciencia que estudia los aspectos moleculares de la vida.

Historia de la biología molecular:

◦ 1869 Meisner: aislamiento del ADN.
◦ 1944 Avery: el ADN es el portador de la información genética.
◦ 1953 Watson y Crick: estructura helicoidal o modelo de la doble hélice del ADN.
◦ 1957 Kornber: Polimerasa del ADN.
◦ 1962 Arber: Enzimas de restricción.
◦ 1966 Niremberg, Ochoa, Khorana: Código genético.
◦ 1972 Boyer, Cohen, Berg: técnicas de clonación del ADN.
◦ 1975 Songer, Barrell y Maxam, Gilbert: métodos de secuenciación.
◦ 1981 Palminter y Brinster: Ratones transgénicos.
◦ 1990 Blaese, Anderson, Culver: terapia génica humana.
◦ 2003 Watson: secuenciación del genoma humano.

Proyecto genoma humano.

El proyecto genoma humano es un esfuerzo colaborativo internacional comenzado en los años 80, cuyo objetivo
consistió en establecer la secuencia completa del ADN genómico humano.
Además de permitirnos conocer mejor los mecanismos bilógicos básicos que acontecen en la especie humana, el
PGH se traduce en un gran avance en el conocimiento de las enfermedades que presentan alguna base genética.
La información derivada de este proyecto va a contribuir enormemente a la prevención, diagnóstico y tratamiento
del hombre enfermo.

● Dogma central de la biología molecular.

Una secuencia de ADN es una sucesión codificada de información genética, y el conjunto de secuencias de un
organismo forma su genoma. Las secuencias de nucleótidos de ADN poseen la información necesaria para
codificar proteínas. Este fragmento del ADN que posee la información en una secuencia de nucleótidos y que
puede ser leída y traducida después para ser expresada, son los genes. Es decir, un gen es un fragmento de
ADN que expresa un ARN funcional.
Para que un gen se exprese lo primero que ha de suceder es que la secuencia codificada de ADN se transcriba
en una molécula de ARNm. El proceso por el cual de una porción de ADN con información se obtiene otra de
ARNm se denomina transcripción
Una vez formada la molécula de ARNm,
con información para que sintetice la proteína, ésta deberá ser leída y traducida, función que realizan el ARNt y el
ARNr. Este proceso de traducción conduce a la formación de proteínas, importantes moléculas estructurales y
funcionales de las células.
Todo esto se puede simplificar en lo que se llama el Dogma central de la biología molecular.
TEMA 9. ORGANIZACIÓN Y REPLICACIÓN DEL GENOMA BACTERIANO.

Organización del DNA en E.Coli.

En los organismos procariotas, en

concreto en las bacterias, podemos
encontrar diferente organización del
material genético.
- DNA cromosómico y genómico: un
único cromosoma circular, que en su
estado de reposo se encuentra unido a
la membrana en una estructura
superhelicoidal y compacta (formando
lazos), cuyo tamaño es de unos 106
pares de bases en el nucleoide (especio
sin membrana nuclear). Ocupa 1/3 del
volumen celular.
- DNA extracromosómico: en las
bacterias podemos encontrar
fragmentos criculares de DNA en la
región citosólica, conocidos como
plásmidos.
Los plásmidos son moléculas de DNa
pequeñas con capacidad de
autoreplicación, circulares y sin
extremos libres. Su importancia reside
en su utilidad como vectores de
recombinación.

El DNA genómico se encuentra neutralizado por

las cargas positivas del medio, ya que si no fuese
así, las repulsiones electrostáticas que se
formarían desestabilizarían la molécula. En la
región nucleoide (visualizado como zona clara),
las cargas negativas de los grupos fosfato de los
nucleótidos que integran las cadenas del DNA,
son neutralizadas por proteínas constituídas por
aminoácidos de carácter básico (con cargas +).
En las bacterias, las proteínas de importancia
son las IHF (factor de integración del huésped),
HU (proteínas de empaquetamiento) y las H.
También encontramos topoisomerasas en el
núcleo proteíco central, conocidas como
proteínas centrales, entre las que se encuentran
la DNA girasa y la DNA topoisomerasa I.

En E.Coli no existe naturaleza fragmentada para los genes, es decir, que no existen secuencias no
codificantes (o intrones) intragénicas que fragmenten el genoma en bloques de información (como si ocurre
en eucariotas, que existen secuencias codificantes y no codificantes intragénicas por lo que hay que reunir los
bloques de información).
En procariotas únicamente encontramos secuencias codificantes y secuencias espaciadoras, que no son
intrones, sino secuencias no condificantes intergénicas (entre un gén y otro, no fragmentando la información).
Además, no hay casi secuencias repetidas en el genoma (no hay secuencias satélite).

Replicación en E.Coli.

Es el proceso mediante el cual a partir de una molécula de DNA progenitora o parental se sintetiza una nueva,
originándose así dos moléculas de DNA hijas, de secuencia idéntica a la del DNA original.
La replicación del DNA sólo ocurre una vez en la vida de la célula, esto hace que dicho proceso vaya
íntimamente ligado, vinculado y coordinado al ciclo celular, y en concreto a la división celular (se replica una
vez en cada división celular). Gracias a la replicación se produce el paso de información genética a la
descendencia.
Además, la iniciación de la replicación conduce a una división, donde se segregan unidades de segregación o
cromosomas, para dividir el material genético.
En la replicación, de dos cadenas molde de DNA se obtienen dos moléculas hijas de DNA idénticas. Existen
mecanismo de reparación que solventan los posibles errores (producidos por las DNA polimerasas) que pueda
haber en el proceso, para que no queden presentes en la nueva célula.

La replicación sólo ocurre una vez en la vida de la célula, por lo que un

error que se transmita a la siguiente generación es un fallo grave. Sin
embargo, la traducción puede realizarse las veces que según los
requerimientos de la célula hacia dicha proteína que se traduce. Un error
es mucho más grave en la replicación que en la traducción.
La importancia del mecanismo de reparación durante la replicación, recae
en que esta ocurre una única vez en la vida de la célula, mientras que la
traducción se pone en marcha cuando la célula necesita que se expresen
los genes de síntesis de las proteínas demandadas.

Además la replicación se trata de un mecanismo no selectivo (se replica

el DNA en su totalidad)(la trascripción es un proceso selectivo ya que la
célula sintetiza las secuencias de RNA que necesita) y semiconservador,
es decir, la hebra parental es duplicada y se obtiene una hebra hija o de
nueva síntesis, por lo que las nuevas células tendrán una hebra parental y
otra de nueva síntesis. (Experimento Meselson y Stahl 1985).

La replicación puede ser unidireccional o bidireccional, según si se replican

ambas hebras en la misma dirección o cada una en una dirección
diferente.

● Requerimientos esenciales para la síntesis de DNA.

1º. Molécula molde o parental de DNA.

Se trata de una molécula o hebra sencilla de DNA, es decir, monocatenaria. El DNA ha sido desnaturalizado
para llevar a cabo el proceso. El DNA parental actúa, por tanto, como molde para la síntesis de las nuevas
cadenas.

2º DNA polimerasas.
Son proteínas con capacidad de polimerización, es decir, de sintetizar polímeros en este caso de nucleótidos.
Sintetizan siempre en el sentido 5’-3’ y copia el molde o lo lee en el sentido 3’-5’ de forma antiparalela. Para
que puedan actuar, necesitan un primer o cebador de los primeros nucleótidos de la nueva cadena, así como
el sustrato sobre el que actúan (los propios nucleótidos).

3º. Cebador o “primer”.

Fragmento oligonucleotídico (50-60 ribonucleótidos) que proporciona el extremo 5’ a partir del cual actua la
DNA polimerasa. Es un fragmento de RNA.

4º. Sustrato: desoxinucleósidostrifosfato.

Desoxinucleósidostrifosfato, es decir, un dexosinucleósido (desoxirribosa + base nitrogenada) unido a 3
grupos fosfato. dNTP (dATP, dCTP, dTTP, dGTP).
La DNA polimerasa aporta el desoxinucleótidomonofosfato (nucleótido: desoxirribosa + base nitrogenada + un
grupo fosfato) complementario al extremo nitrosilo 3’OH de la cadena molde (dNMP), liberándose un grupo
pirofosfato en la reacción.

Las proteínas SSB de bacterias son las encargadas de unirse a las cadenas sencillas de DNA, durante la
replicación, para proteger de renaturalizaciones prematuras
■ DNA polimerasas en E.Coli.

Las diferentes DNA

polimerasas poseen
diferentes dominios
responsables de tres
actividades fundamentales:
· Actividad polimerasa 5’-3’,
es decir, la capacidad para
formar la hebra de nueva
síntesis.
· Actividad exonucleasa 3’-
5’, que se trata de una
actividad correctora de
pruebas.
· Actividad exonucleolítica o
exonucleasa 5’-3’ (solo
DNApol I).

▪ Actividad exonucleasa 3’-5’.

Mecanismo por el cual la enzima es capaz de hidrolizar enlaces fosfodiéster eliminando nucleótidos desde el
extremo 3’ hacia el 5’. Corrige los nucleótidos que no sean complementarios a la cadena molde, es decir, que
se han introducido incorrectamente en la actividad polimerasa realizada por la propia DNApol.

▪ Actividad exonucleasa 5’-3’ de la DNApol I.

En este caso la enzima elimina nucleótidos incorrectos desde el extremo 5’. Es importantísima para eliminar
los cebadores, esos fragmentos iniciales de RNA sintetizados por primasas o RNApolimerasas para ayudar a la
DNApol respectiva al comienzo de la replicación.
El genoma resultante no puede ser híbrido, los cebadores han de ser eliminados y sustituídos por fragmentos
de DNA, proceso que realiza la DNApol I mediante su actividad exonucleasa 5’-3’.

La procesividad se refiere a la cantidad de nucleótidos que es capaz de añadir la DNA polimerasa sin
separarse del molde. Una mayor procesividad imprime una mayor velocidad de polimerización. La DNApol III
es la de mayor procesividad, por lo que es la que se encarga de la mayor parte del mecanismo de replicación.
La DNA pol I no es la principal encargada de la replicación, debido a esta baja procesividad, pero sin embargo
es muy importante por poseer actividad exonucleasa 5’-3’. La ADNpol II no es imprescindible en el mecanismo
de replicación bacteriano.

● Inicio de la replicación.

Para que el proceso comience, se deben reconocer unas

determinadas secuencias contenidas en una región de 245 pares de
bases, llamada ORI C. En esta región se encuentran ciertas
secuencias consenso (conservadas y muy parecidas entre los
distintos procariotas). Se trata de:
· 4 regiones repetidas de 13 pb cada una.
· 3 regiones repetidas de 9 pb cada una.

La helicasa (DNA-A) es una proteína que reconoce el ORI C,

uniéndose a la zona de repeticiones de los 9 pb y encargada de
realizar la primera desnaturalización del genoma (las dos hebras de
la doble hélice de DNA), es decir, de formar la burbuja de replicación a partir de la cual, mediante dos
horquillas de replicación comenzará la síntesis simultánea de las hebras hijas de ambas cadenas parentales.
Se activa mediante un mecanismo dependiente de ATP, obteniendo DNAs monocatenarios.

Tras la formación de la burbuja de replicación, otras helicasas se asocian a ésta, como la DNA-B que forma un
heterodímero con DNA-C. DNA-C no llega a asociarse al propio DNA sino que favorece la unión de DNA-B a la
burbuja.

Para evitar que las dos cadenas vuelvan a unirse, antes de ser utilizadas como molde, se unen a las hebras
unas proteínas llamadas SSB (en bacterias) que recubren la zona desnaturalizada, es decir, son proteínas de
unión a DNA monocatenario, evitando renaturalizaciones prematuras.
● Elongación de la replicación.

Comienza a nivel de ori C y transcurre bidireccionalmente, con la formación de dos horquillas de replicación.

Durante la elongación, está presente el complejo de replicación formado

por la holoenzima DNA polimerasa III, que se ajusta a un modelo
de dímero asimétrico, donde uno de los monómeros es el encargado de
la síntesis de la hebra conductora y el otro, de la retardada.
- El núcleo catalítico de la enzima posee 3 subunidades:
· : lleva a cabo la polimerización, es decir, la síntesis de DNA.
· ε: con actividad correctora de pruebas
· σ: encargada del ensamblamiento y de la formación del núcleo
catalítico.
- Las subunidades β permiten que la enzima se una a las cadenas molde formando una abrazadera. En estas
subunidades reside el hecho de la gran procesividad de la DNApolIII, pues permiten que se sinteticen un gran
número de nucleótidos sin separarse del molde.
- γ δ: se encargan del reconocimiento de cebadores que se sintetizan a intervalos de tiempo en la hebra
rezagada, para poder actuar y elongar las cadenas.

Es necesario (para la hebra conductora):

· Primasa: síntesis del cebador RNA en bacterias
· DNA pol III encargada de sintetizar la nueva cadena desde el primer o cebador.
La hebra conductora o continua se sintetiza en sentido 5’-3’ por la DNA pol III, que añade los nucleótidos
complementarios a la cadena molde (la cual lee en sentido 3’-5’) de forma continua, sintetizando la nueva
hebra hija.

Sin embargo, la hebra discontinua o rezagada se sintetiza mediante fragmentos y de forma antiparalela
con respecto al molde y en movimiento contrario al movimiento de la horquilla de replicación. Siempre se
sintetiza en sentido 5’-3’ y se lee en sentido 3’-5’ la cadena molde, pero en la hebra discontinua, esto se hace
mediante fragmentos, a partir del origen de replicación. Cada trozo de nueva cadena se denomina fragmento
de Okazaki y todos necesitan un cebador sobre el cual la DNA polimerasa pueda comenzar a actuar.
La actividad primasa del primosoma es la que permite la síntesis de los múltiples cebadores necesarios en la
hebra discontinua o retardada, para poder formar los fragmentos de Okazaki.
Es necesario que el molde de la hebra retardada forme bucles en el espacio de modo que pase a través del
núcleo catalítico de la DNA pol III (contiene la subunidad con actividad polimerasa), para que la nueva
cadena sea sintetizada de forma correcta y en un tiempo adecuado con respecto a la hebra continua y no se
separe el dímero de la holoenzima DNApolIII, donde un monómero se encuentra en la hebra retardada y otro
en la continua.
El monómero asimétrico se une y separa del molde mediante la subunidad β (estructura en anillo que actúa
como abrazadera para la cadena molde). Aun así, hay un pequeño retardo en cuanto a la continua.
La primasa en la hebra retardada forma parte de un complejo proteico llamado sistema primosoma,
constituido por proteínas llamadas primasas y RNA polimerasas encargadas de sintetizar el cebador. Posee la
proteína DNA G y otras proteínas accesorias (Pri A…) que ayudan a la primasa a reconocer los sitios donde se
deben sintetizar los cebadores. Su función es sintetizar los cebadores a partir de los cuales la ADN pol III
realizara su función.

La helicasa (DNA-B) desnaturaliza el genoma

parental. La DNApolII va avanzando según el
movimiento de la horquilla de replicación. La cadna
rezagada se sintetiza en sentido contrario al avance
de la horquilla de replicación.
El molde pasa a través del núcleo catalítico donde se
encuentra la subunidad con actividad polimerasa,
de modo que se van añadiendo los nucleótidos.
Siempre hay un pequeño retardo en el caso de la
hebra discontinua
Durante la replicación, la helicasa (DNA-B) que actúa durante la elongación desnaturaliza y separa las cadenas
parentales de DNa, de modo que se generan tensiones torsionales. Esto ocurre porque se producen
superenrollamientos adicionales, normalmente positivos, que da lugar a un incremento de tensión topológica.
Si no se eliminasen estos enrollamientos la DNA helicasa no podría avanzar.
Para resolver este problema la célula consta de un sistema enzimático de topoisomerasas, enzimas que
catalizan la interconversión entre isómeros topológicos (isómeros de una cadena de DNa que sólo varían en el
nº de enlace, o veces que una cadena se cruza con su complementaria en el espacio) deshaciendo así los
superenrollamientos.
- Topoisomerasa tipo I.
Actúa sobre superenrrollamientos negativos. Posee actividad
endonucleolítica, capaz de eliminar un enlace fosfodiester realizando
un corte transitorio (en una sola cadena) por donde la cadena
complementaria puede pasar libremente a través del hueco formado,
eliminando así los superenrrollamientos. El grupo fosfato libre en 5’
forma un intermediario uniéndose a un resto de Tyr de la enzima en su
centro activo. Así se estabiliza transitoriamente el corte ya que si no,
el grupo P volvería a interaccionar con el OH en 3’ mediante ligasas.
- Topoisomerasa tipo II.
Actúa tanto sobre superenrollamientos + como -. Es conocida como DNa girasa o girasa bacteriana. Es la más
importante pues los superenrrollamientos positivos son los más comunes. Posee actividad endonucleolítica a
nivel del dúplex, lo que quiere decir que se elimina enlace fosfodiestes en las dos cadenas de DNA. Así, se
permite que otro fragmento de doble hélice puede pasar a través del hueco formado, eliminando los
superenrrollamientos.

La maduración de los fragmentos de Okazaki ocurre durante la fase de elongación, aunque no se produce
de forma simultánea en la totalidad de los fragmentos.
Los cebadores de RNA deben ser eliminados y sustituidos por fragmentos de DNA: esto es posible gracias a la
DNA pol I, enzima de baja procesividad pero que posee actividad exonucleasa 5’-3’, por lo que puede ir
eliminando los cebadores en la misma dirección de síntesis de la hebra retardada.
Los huecos dejados libres entre
fragmentos, deben ser rellenados por los
nucleótidos complementarios a la hebra
parental, actividad realizada por la DNA
pol I o la DNA pol II. Esto es posible ya
que en todo momento hay una cadena de
DNa previa con un extremo OH en 3’ libre.
Por último se deben unir los fragmentos de
nueva síntesis a los ya existentes. La DNA
ligasa se encarga de catalizar enlaces
fosfodiéster entre el grupo fosfato en 5’ y
el grupo Oh en 3’ del siguiente nucleótido,
de modo que se unen (proceso
dependiente de ATP).

● Terminación de la replicación.

Es posible gracias al reconocimiento de secuencias que finalizan el proceso y lo determinan evitando

aberraciones cromosómicas. Sin estas, podría haber cromosomas multihorquillados.
Esta fase de terminación viene regulada por las secuencias TER localizadas en el genoma de la bacteria en
una situación diametralmente opuesta al origen de replicación. Ocupan una región amplia del genoma.
Existen cuatro secuencias TER:
- C: termina la secuencia (finalización de la
horquilla en el sentido de las agujas del
reloj)
- D: de seguridad por si falla C
- B: termina la secuencia (sentido contrario
a las agujas del reloj)
- A: seguridad.
En esta región quedan atrapadas las
horquillas de replicación.
Estas secuencias se unen a proteínas TUS
formando complejos Ter-Tus, que a su vez
interaccionan con la DNA-B o la helicasa
presente en la fase de elongación. Cuando la helicasa interacciona
(a nivel de los terminadores) o se encuentra con estos complejos,
se separa del complejo o sistema de replicación, de modo que finaliza el proceso, cesando la
desnaturalización.
Las proteínas tus están unidas a los terminadores en cierta dirección, lo que permite que la maquinaria de
síntesis en el sentido de las agujas del reloj pase libremente por A y B y sin embargo, quede bloqueada en C
al encontrarse el complejo Ter-Tus, con las proteínas Tus en cierta dirección.
De esta forma, el genoma no se replica múltiples veces, sino que finaliza este proceso, pues la helicasa va por
delante de la maquinaria de síntesis.

Segregación de los cromosomas replicados.

En las células bacterianas el DNA cromosómico o genómico, en estado de reposo, se encuentra unido a la
membrana plasmática. Existe una única unidad de replicación o unidad de segregación, denominada replicón.
En condiciones de proliferar este genoma se duplica al completo, y se encuentra unido en el origen de
replicación a la membrana plasmática. Además, el proceso de la replicación ocupa 2/3 del total del ciclo
celular.

Control de la replicación (iniciación) por metilación.

La secreción de enzimas llamadas DAM metilasas, provoca que el cromosoma bacteriano se separe de la
membrana, debido a una metilación a nivel del origen de replicación, en concreto de las secuencias
palindrómicas tétradas (11 copias de dicha secuencia) 5’-GATC-3’.
Es la completa metilación de las 11 copias lo que induce la separación del DNA cromosómico de la membrana.
Esto determina el origen del replicación gracias al aumento de proteínas con función helicasa (DNA A), que se
une a secuencias consenso en el inicio de replicación.
Lo primero que se copia es la secuencia origen de replicación ya que de ahí parten las dos horquillas. Los
nuevos genomas, poseen una cadena
metilada partental, y la cadena de nueva
síntesis sin metil. Mientras los orígenes
se encuentran hemimetilados o
semimetilados, los cromosomas se
encuentran unidos a la membrana. Esto
asegura que no se vuelva a iniciar la
replicación hasta que la célula se divida.
En el origen de replicación de E. coli
(ORI C) se localizan tres repeticiones de
13 pb y cuatro repeticiones de 9 pb,
todas ellas secuencias consenso.
TEMA 10. VARIABILIDAD GENÉTICA EN PROCARIOTAS. MUTACIÓN Y SISTEMAS DE REPARACIÓN.

Las alteraciones en el DNA vienen dadas por diferentes fuentes de alteración o pueden ser debidas a
anomalías en el genoma bacteriano.
▪ Ataque de organismos foráneos: bacteriófagos (típico de la célula bacteriana)
▪ Alteraciones en la producción de replicación. Es decir, daños debidos a causas ligadas al mecanismo de
replicación.
▪ Daños genómicos durante la vida de la célula, producidos por agentes físicos o químicos.

Para solventar estas alteraciones producidas por diferentes mecanismos, la célula consta de sistemas de
reparación:

■ Sistema de reparación por modificación-restricción.

Está integrado por enzimas metilasas y endonucleasas de restricción. Las metilasas modifican el genoma
propio de la bacteria, pudiendo así diferenciarlo del bacteriófago y permitiendo que este sea destruido
mediante las endonucleasas de restricción sin dañar al propio genoma. Esta enzimas hidrolizan enlaces
fosfodiéster a nivel de la doble cadena de DNA, siendo capaces de reconocer secuencias específicas sobre las
que actuar. (La mayoría de las endonucleasas cortan al azar. Utilizadas en la tecnología del DNA
recombinante).

■ Corrección de errores de la replicación.

Las DNA polimerasas cometen errores introduciendo en la nueva cadena de síntesis nucleótidos que no tienen
la base complementaria en la cadena molde. Esto origina distorsiones en la doble hélice del DNA, pues no se
forman los puentes de hidrógeno requeridos entre las bases y se desestabiliza la estructura.
Para que esto no ocurra, existen un mecanismo de control o la llamada actividad correctora de pruebas,
actividad exonucleasa 3’-5’ de las DNA polimerasas. Estas enzimas tienen la capacidad de corregir este tipo
de errores, localizando la base que ha sido mal colocada en la hebra de nueva síntesis, eliminándola y
formando de nuevo la hebra.
Si este primer mecanismo de control o actividad correctora de pruebas falla, la célula tiene un sistema de
reparación específico para hacer frente a estos errores:
El sistema MMR o sistema de reparación de apareamientos incorrectos. Se encarga de solventar los
errores producidos durante la replicación por las DNA polimerasas, es decir, los apareamientos incorrectos
entre bases no complementarias. Estos sistemas de reparación son muy importantes para mantener la
integridad del genoma.
El sistema MMR consta de una serie de proteínas de la familia Mut. Se han estudiado tres miembros de esta
familia: MutL MutS y MutH que son capaces de reconocer dichas lesiones en el DNA y otro tipo de errores
(además de estos apareamientos incorrectos).
- MutS: reconoce y se une a la zona del DNA donde se localiza la
alteración.
- MutH: proteína endonucleasa que se desarrolla a nivel de una de
las cadenas de DNA, en concreto en la de nueva síntesis sobre la
que actúa hidrolizando un enlace fosfodiester en una zona próxima a
donde se localiza el error.
- MutL: nexo de unión entre ambas proteínas.
Una vez que estas han actuado, la DNA polimerasa se encarga de
corregir y generar la nueva cadena, de modo que se elimina por
completo el error, y se aparean de forma correcta los pares de bases
antes anómalos, introduciendo los nucleótidos correctos y formando
un enlace fosfodiester entre ellos gracias a la ligasa.
Las proteínas Mut, en concreto MutS es capaz de diferenciar la hebra
de nueva síntesis de la parental gracias al grado de metilación de
ambas (la de nueva síntesis no estará metilada, ya que si se hubiese
producido la metilación por las Dam metilasas, la replicación habría
finalizado o estaría bloqueada). Así, mutH reconoce donde debe
ejercer su acción endonucleolítica.

■ Daños en el DNA.

Alteraciones en la estructura.
~ Formación de dímeros de timina (o pirimidínas).
Ocurren cuando se forman dos enlaces covalentes entre residuos de T contiguos o situados en posiciones
adyacentes en una misma cadena del DNA. Este daño es producido por la incidencia de luz ultravioleta en el
DNA, dando lugar a un ciclo butilo. Se trata de una anomalía estructural pues impide que los residuos
participantes en el enlace puedan formar puentes de hidrógeno con las bases complementarias de la otra
cadena, desestabilizándose la estructura.
~ Desaminación oxidativa de citosina (C) que da lugar a uracilo (U, base extraña en el DNA.
Da lugar a uracilo de forma espontanea cuando el resto amino de la citosina que se encuentra en la posición 4
es sustituido por un oxígeno (desaminación oxidativa), dando lugar a la dioxocitosina=uracilo. Esta base
nunca forma parte del ácido desoxirribonucleico, por lo que es muy extraño que se encuentre en este. Es
reconocido como una lesión o mutación por los sistemas de reparación.
~ Fenómenos de alquilación de bases o modificación por restos grandes en la estructura.
Producidos por adición de restos metilo en sustituyentes de las bases nitrogenadas.
~ Formación de sitios AP (apurínicos o apirimidínicos) es decir, sitios abásicos o sin base nitrogenadas
(pérdida de bases en los nucleótidos).
Esto conlleva la escisión previa del enlace glucosídico entre la base nitrogenada y la desoxirribosa. La hidrólisis
de éste se produce debido a distintos agentes mutagénicos (productos del metabolismo celular). Al tratarse de
enlaces bastante lábiles su hidrólisis también puede ocurrir de forma espontanea. En este caso, no se
formaran tampoco los puentes de hidrógeno entre bases complementarias, viéndose afectada la estructura en
doble hélice.

Alteraciones en la secuencia.
~ Mutaciones puntuales por cambio de bases.
· Atendiendo al tipo de base que cambia, podemos hablar de transversiones cuando una base púrica es
sustituida por una pirimidínica (o viceversa), y de transiciones cuando el cambio se produce entre bases
púricas (púrica por púrica) o pirimidínicas (pirimidínica por pirimidínica).
· Teniendo en cuenta la consecuencia que la mutación genera en la secuencia de DNA, es decir, en la proteína
codificante de ese gen y su secuencia aminoacídica:
◦ Cambio de sentido, missense, cuando se produce un cambio en el aminoácido.
◦ Mutaciones sin sentido o non-sense si la mutación origina la formación de un codón de parada o Stop en el
mRNA, y por tanto se produce un truncamiento de la proteína.
◦ Las mutaciones silenciosas son aquellas que no tienen consecuencia sobre la secuencia aminoacídica pues
en el mRNA darían lugar a códones sinónimos.
~ Inserciones.
Adición de un número variable de nucleótidos en una región del DNA donde habitualmente no deben estar
presentes.
~ Deleciones.
Pérdida de un número variable de nucleótidos en la secuencia de DNA. Junto con las inserciones suponen una
consecuencia importante pues dan lugar al desplazamiento de la lectura en el mRNA y por tanto a alteraciones
en la proteína siempre que no sean de 3 o múltiplo de 3 nucleótidos.
● Mecanismos de reparación para solventar los daños en el DNA.

Estos sistemas se encargan de reconocer las alteraciones en la estructura, por lo que si el cambio en la
secuencia no altera la propia estructura del DNA, esas mutaciones no serán reconocidas.
Existe redundancia en dichos sistemas, pues distintos sistemas sirven para reparar la misma lesión. La célula
se asegura de que el genoma se replique correctamente, manteniendo su integridad y sin errores en las
células hijas.
Los sistemas de reparación en bacterias, son homólogos en células superiores:
- Sistemas de reparación por escisión
- Sistemas de reparación directa
- Sistemas de reparación por recombinación

• Sistemas de reparación por escisión.

Pasos:
1. Reconocimiento de la alteración en la estructura
2. Actividades enzimáticas destinadas a eliminar o escindir la zona del DNA dañada (endonucleasas,
exonucleasas y helicasas).
3. Sistema de síntesis reparadora de la hebra correcta (DNA polimerasas y ligasas).

- Sistema UVR.
Sistema de reparación de lesiones producidas por la luz ultravioleta.
Está integrado por proteínas de la familia UVR, siendo la UVR A la que,
formando un heretodímero con el miembro UVR B, reconoce la lesión
estructural y se une a la zona dañada, marcándola.
Estas proteínas facilitan la unión de UVRC que posee actividad
endonucleasa, de modo que se libera UVRA y el miembro C queda unido
al miembro B. Esta enzima, hidroliza dos enlaces fosfodiester actuando
a ambos lados de la zona dañada (el resto de endonucleasas actúa tan
solo a uno de los lados de la lesión).
No ejerce su acción exactamente en posiciones adyacentes a la zona de
lesión, es decir, a los dímeros de timina, pero si en zonas cercanas.
Gracias al miembro UVRD, que es una enzima helicasa, se elimina el
fragmento de nucleótidos (10-12) que contienen la alteración de los
dímeros de timina.
De la síntesis reparadora se encarga la DNA polimerasa III que rellena
el hueco a partir del extremo hidroxilo en 3’ con los nucleótidos
complementarios a la cadena molde y la DNA ligasa se encarga de
catalizar el enlace fosfodiester entre el extremo sintetizado de nuevo y
el anterior.

- DNA glicosilasas y endonucleasas AP.

Enzimas que actúan conjuntamente cuando hay alteraciones de
bases como desaminaciones oxidativas o alquilación de bases. Si nos
referimos a pérdida de bases nitrogenadas, es decir, que se generan
sitio AP, actúan únicamente las endonucleasas.
Las DNA glucosilasas hidrolizan enlaces glucosídicos entre bases
nitrogenadas y restos de desoxirribosas (Uracil-DNA-glicosilasa).
Como consecuencia se elimina la base dañada y se genera un sitio
AP, ya que la glucosilasas han escindido el enlace glucosídico. Este
sitio abásico formado lo reconocen las endonucleasas AP que son
capaces de desarrollar su actividad endonucleolítica escindiendo un
enlace fosfodiéster en el que participa el fosfato de la desoxirribosa
abásica (o el nucleótido alterado). Sólo se elimina el nucleótido
exclusivo que ha perdido la base. Los sistemas de síntesis reparadora
(DNA pol III y DNA pol I) adicionan el nucleótido correcto y la DNA

ligasa sella el enlace fosfodiéster.

• Sistemas de reparación directos.

La alteración se subsana de forma directa.
- Sistema de la fotoliasa.
Hace frente a la presencia de dímeros de timina producidos por la
luz UV. Es un mecanismo en el que interviene la fotoliasa, enzima encargada de
catalizar una reacción de transferencia electrónica aliminando los enlaces entre T
adyacentes, y desintegrando así el grupo butilo. Esta enzima se activa por la luz
visibe y no está presente en células humanas. Gracias a este mecanismo se recuperan los dobles enlaces y la
estabilidad.
- Sistema de las alquiltransferasas.
Presente tanto en células humanas como en procariotas. Se trata de enzimas que transfieren restos alquilo y
reparan bases modificadas con estos restos o con otros menos voluminosos (lo más frecuente es que sean
procesos de metilación). Se transfiere el resto alquilo del DNA al centro catalítico de la enzima, que se
destruye y no lleva a cabo su actividad, por lo que la célula continúa sintetizando estas enzimas (diana
terapéutica contra el cáncer).

• Sistemas de reparación por recombinación.

Se trata de mecanismos postreplicación que se ponen en marcha una
vez que los mecanismos de replicación se han llevado a cabo
utilizando un molde dañado.
El proceso de replicación se detiene en la anomalía, y el complejo de
replicación continua sintetizando la nueva hebra tras ésta, de modo
que queda un hueco en la cadena de nueva síntesis. Es entonces
cuando se ponen en marcha las recombinasas, enzimas que son
capaces de transferir desde la cadena homóloga en la cromátida
hermana, el fragmento que falta (este fragmento es idéntido en la
hebra parental hermana de la que está siendo copiada). Ahora ese
hueco se encuentra en la otra cromátida, pero puede ser rellenado ya
que tenemos un molde sin alterar en la hebra de nueva síntesis (que
había sido copiada de la hebra de la que se ha transferido el
fragmento).
Cada una de las células hijas recibirá una copia del genoma, aunque
una de ellas recibirá el genoma dañado, por lo que la lesión deberá
ser reparada por los sistemas habituales de reparación en la célula
hija (escisión o directa).

■ Sistema o respuesta SOS.

El sistema SOS se encarga de

llevar a cabo reparaciones
cuando existe un alto grado de
daño genómico. Es exclusivo
de bacterias y consiste en la
activación de mecanismos de
reparación simultáneamente,
por lo que se incrementa la
actividad de estos y se
consigue una mayor eficacia en
la corrección de lesiones en el
DNA.

La proteína Lex A reprime

muchos genes, incluidos recA,
lexA y otros implicados en los
sistemas de reparación.
Cuando se induce la activación
de Rec A en la célula, se
produce la ruptura proteolítica
de Lex A, de modo que los genes implicados en los sistemas de reparación no son reprimidos, sino que se
induce su activación.
TEMA 11. TRANSCRIPCIÓN DE LOS GENES PROCARÓTICOS.

Estructura y tipos de RNA.

El RNA es un ácido ribonucleico, constituido por mononucleósidos ribofosfato. Se sintetizan en forma de

hebras monocatenarias a partir del DNA, y no poseen una estructura fija común, aunque tienden a estructuras
helicoidales con giros a la derecha. Además se puede apreciar un cierto apilamiento de bases, aunque en
ningún caso son comunes a los demás RNA. El hecho de ser monocatenario hace que no tenga una estructura
secundaria definida, es decir, adopta diferentes posiciones espaciales. Sin embargo, la rotación de la molécula
da lugar a regiones de la misma que poseen bases enfrentadas y unidas por enlaces de hidrógeno (CΞG,
A=U), formando horquillas y lazos. Estos emparejamientos son los responsables de la estructura secundaria
de la molécula, y por tanto determinantes en su funcionalidad.
La excepción la encontramos en el RNA de transferencia o tRNA, que sí posee una estructura secundaria fija y
general a todos los tRNAs. Se trata de horquillas separada de regiones en lazo, intracatenarias, donde existe
una complementariedad de bases interna.

- RNA mensajero: El mRNA constituye un 5% del total de RNA y su función es transportar el mensaje
genético desde el DNA a los ribosomas, determinando la secuencia de aminoácidos en la síntesis de
proteínas. Se trata de moléculas policistrónicas (en bacterias): transporta el mensajero necesario para
sintetizar más de un polipéptido a los ribosomas, es decir, para la síntesis de diferentes proteínas con
funciones relacionadas. De tal manera, que cuando la célula necesita una de ellas, también necesita las demás
(regulación conjunta). Vida media muy corta, ya que es destruido tras cumplir su función.

- RNA ribosómico: representa el 80% de los RNA, y posee una papel funcional y estructural de cara a la
síntesis de proteínas. Forman parte de la estructura de los ribosomas y participan activamente en la
traducción. Es el de mayor tamaño y presenta un plegamiento complejo que le permite unirse a las proteínas
y formar los ribosomas. Estos orgánulos constan de dos subunidades formadas por rRNA unido a proteínas. El
23S y 5S integran la subunidad grande (50S), mientras que el 16S integra la subunidad pequeña (30S).

- RNA transferencia: el 15% de los RNA son tRNA. Encargado de trasportar los aminoácidos específicos
hasta los ribosomas, para la síntesis de las proteínas. La molécula de tRNA se pliega sobre si misma
manifestando zonas de emparejamiento antiparalelo de bases enfrentadas y unidas por enlaces de hidrógeno
(CΞG, A=U). Estas zonas constituyen alrededor del 65% de la molécula de tRNA. El conjunto forma una
estructura llamada hoja de trébol, en la que se observan tres lóbulos con sus respectivos bucles y un cuarto
sin estos, donde se encuentran los nucleótidos libres. El 3’ siempre terminará con el trinucleótido CCA y será
el lugar de unión del aminoácido. En uno de los bucles encontramos el anticodón, que posee una secuencia de
tres bases complementarias del trío de bases del ARNm denominado codón. Según sea el anticodón así será el
aminoácido que transporte el tRNA.

Los RNA poseen otras funciones además de participar en la transcripción del DNA y en la traducción. Pueden
actuar como biocatalizadores, actuando como enzimas llamadas ribozimas en reacciones como el procesado
de ARN transcrito primario, ensamblaje del ribosoma, en la formación del enlace peptídico en la síntesis de
proteínas…
Pueden asumir las funciones del DNA y se trata de una molécula más completa, aunque su mayor problema es
que son lábiles y se degradan con facilidad, por eso no constituyen el material genético.

La transcripción.

Es el proceso mediante el cual se sintetiza RNA, a partir de una porción de DNA con información para expresar
uno o varios genes.
Se trata de un proceso selectivo, pues solo se sintetiza el ARN que la célula necesita para formar la proteína,
de acuerdo con el ciclo celular y en un momento dado de la vida de la célula.
Para que se sintetice RNA, son necesarias las RNA polimerasas, enzimas que no poseen actividad correctora
de pruebas, por lo que no se reparan los errores que ocurren en la transcripción (menor fidelidad que en la
replicación). Esto ocurre porque la célula es capaz de sintetizar mRNA para obtener proteínas todas las veces
necesarias, mientras que sólo se replica una sola vez.
Requerimientos básicos necesarios para la transcripción:

▪ Molde: es necesario un ácido nucleico que va a ser transcrito, en este caso, DNA monocatenario.
▪ Enzima que catalice el proceso, es decir, una RNA polimerasa, que no requieren cebador y no tienen
actividad correctora de pruebas.
▪ El molde se lee en sentido 3’-5’, por lo que el RNA se sintetiza de forma antiparalela, desde 5’-3’ en dicha
dirección.
▪ Sustratos: 4 nucleósidos trifosfato que pueden proporcionar los
nucleósidos monofosfato (ribonucleótidos) necesarios que integran el RNA.
Los sustratos son: ATP, CTP, GTP, UTP (uracilo).

Para la formación del extremo 5’ se utilizan los nucleósidos trifosfato, es decir, los sustratos, directamente.
Posteriormente en una reacción de defosforilación se convierten en nucleósidos monofosfatos a partir de los
sustratos activados. El enlace se produce entre el grupo 3’-OH de la cadena creciente y el fosfato en α del
nucleósido trifosfato entrante.
(RNA)n + NTP → (RNA)n + 1 + PPi
La síntesis de RNa ocurre de forma antiparalela y
complementaria. Las RNApol utilizan un nucleósito triP que añade
directamente al comienzo de la cadena (5’) y va uniendo otros.
La hebra no molde, es la hebra codificante, positiva o con
sentido. La hebra molde es a partir de la cual se sintetiza el
RNAm, es decir, la hebra que lee en el sentido 3’-5’ la RNA
polimerasa. Se denomina también hebra negativa, sin sentido o
no codificante.

La secuencia de RNA obtenida, será la misma a la cadena

correspondiente en el DNA de la hebra codificante.

5’ ATGACCTGTA 3’ DNA codificante, +, con sentido, no molde

3’ TACTGGACAT 5’ DNA no codificante, -, sin sentido, molde.
5’ AUGACCUGUA 3’ RNA mensajero.

• RNA polimerasa bacteriana.

Puede trascribir entre 2000 y 5000 RNA diferentes, y realizar hasta 7000 copias. Es una proteína compuesta
por un núcleo central, que consta de 2 subunidades , una ω, y dos β y β’, que forman el núcleo catalítico de
la enzima. Para que esta se active es necesario el factor σ (sigma), fundamental para que se desarrolle la fase
de inicio, ya que sin él esta no comenzaría.
Así se forma la holoenzima con sus distintas subunidades que desarrollan diferentes funciones:
2 : sirven de ensamblaje a través de su dominio carboxiterminal,
y median interacciones con secuencias reguladoras de la
transcripción y con proteínas reguladoras del mecanismo
(participa también en el reconocimiento del promotor).
El núcleo catalítico ββ’ se encarga de la síntesis del RNA.
ω se le asigna función estabilizadora.

• Secuencias promotoras de la transcripción.

El punto de inicio de transcripción en el DNA, en procariotas, viene dado por unas secuencias reguladoras
también llamadas promotores: se trata de secuencias de DNA que regulan el inicio de la transcripción, ya que
le indican a la RNA-polimerasa donde se encuentra el nucleótido desde el que debe comenzar a actuar.
Estos promotores siempre se encuentran delante del punto de inicio de la transcripción, es decir, son
secuencias “upstream” y negativas (-). Las secuencias que se encuentran detrás del punto de inicio de la
transcripción, se denominan secuencias “downstream” o positivas
(+).
Los promotores se encuentran en la región negativa, y poseen las
siguientes secuencias muy conservadas (aunque el promotor es
más amplio y promotores individuales a veces difieren en ellas):
-10 nucleótidos del punto de inicio encontramos la llamada caja TATA o
caja de pribnow. Secuencia consenso.
-35 nucleótidos encontramos otra región consenso entre los diferentes
genes bacterianos.

• Asimetría de la transcripción.
Cualquiera de las dos cadenas de DNA puede ser utilizada como molde
de la transcripción, siempre que se respete el sentido de síntesis de ARN.
Los promotores son los que determinarán cual de las dos cadenas será
copiada.
Fases de la transcripción.

■ Inicio.
1º. Se debe reconocer la región -35 (localizada en el promotor)
y posteriormente la -10. La RNA pol es capaz de reconocer los
promotores gracias al factor sigma, imprescindible en esta fase
de inicio. Así, se produce el Reclutamiento de la RNA polimerasa
por el promotor, mediante su interacción con las subunidades α
(con el elemento UP del promotor) y σ (con las regiones -35 y -
10).
2º. La desnaturalización de las dos hebras de DNA, que se lleva
a cabo por la propia RNA polimerasa, determina la formación de
la burbuja de transcripción (entre 12 y 17 pb).
3º. La RNa polimerasa comienza a sintetizar, aunque estas
primeras fases de síntesis se produce la llamada transcripción
abortiva, pues se producen copias muy cortas de RNA que no se
consiguen elongar, por lo que se vuelve al punto de inicio varias
veces. Esto finaliza cuando el factor σ se separa del núcleo
central de la enzima, para que sea eficaz y el RNA se sintetice
en su totalidad.

■ Elongación.

La síntesis de RNA se realiza a una

velocidad de 40 nucleótidos/s. (La
replicación es más rápida). La polimerasa
avanza en sentido 3’-5’ (lee en este sentido
la hebra molde de DNA) y va sintetizando el
RNA desde su extremo 5’ hacia el 3’.
En la zona desnaturalizada encontraremos
entonces un híbrido formado por unos 8
pares de bases, donde se encuentra el ADN
molde junto con el RNA que se está
sintetizando.
Por delante de la burbuja de transcripción
se generan superenrollamientos positivos
que deben ser eliminados para que las
tensiones topológicas nos impidan el
avance. (Topoisomerasa I y II). El DNA por
detrás queda enrollado de forma menos
compacta (superenrollamiento negativo).

■ Terminación.

El mecanismo de transcripción avanza hasta llegar a la fase de terminación, donde la RNA polimerasa finaliza
la síntesis del RNA y se disocia del DNA.
La terminación de la transcripción viene determinada por:
- Terminación dependiente de secuencias o intrínsecos (algunos genes en bacterias). El mecanismo de
transcripción finaliza de sintetizar RNA cuando se encuentra con dichas secuencias en la hebra de DNA molde.
- Terminación dependiente de una proteína (rho) o independiente de secuencias.
▪ Terminación dependiente de secuencias.
Se forma una horquilla muy
estable en ARN, ya que la
secuencia de la que depende
la terminación posee gran
cantidad de C≡G (3 puentes
de hidrogeno entre bases
complementarias). Las bases
del propio ARN poseen alta
complementariedad interna
por lo que forman puentes de hidrógeno entre ellas, dando lugar a
una estructura en lazo muy estable en el molécula de ARN..
Sin embargo, esta región está seguida por una zona en la que
abundan U. Estos se encuentran formando el híbrido con la hebra
molde del ADN. El híbrido tiene gran inestabilidad porque está
formado por A=U.La combinación de ambas regiones de gran
estabilidad y de mucha inestabilidad, da lugar a la terminación.
▪ Terminación dependiente de RHO.
La proteína Rho (ρ) hexamérica posee actividad helicasa, y actúa
facilitando la desnaturalización de los ácidos nucleicos. Aquí elimina los
puentes de hidrógeno que se hayan podido establecer entre el híbrido
DNA-RNA en la burbuja de transcripción (mecanismo dependiente de
ATP).
Se une a la secuencia de RNA transcrita (en un sitio “nut”) e interacciona
con la RNA polimerasa a nivel de la burbuja de transcripción, finalizado el
mecanismo y llevando a cabo su función helicasa. Así la RNA polimerasa
se separa del RNA que estaba siendo sintetizado.

En la fase de terminación también están implicadas unas proteínas de terminación independientemente del
proceso utilizado. Se trata de las proteínas de la familia NUS, concretamente NUSA que puede estar unida a la
maquinaria de transcripción desde que el factor σ se separa de la RNA polimerasa, de tal manera que toda la
fase de elongación ocurriría unida a estas proteínas, de modo que la RNA polimerasa estaría preparada para
reconocer un terminador.

Una “unidad de transcripción” es una secuencia de DNA (que

puede contener más de un gen) que se transcribe a una sola
molécula de RNA, empezando en el promotor y acabando en el
terminador.

El control del mecanismo de transcripción se lleva a cabo en dos

etapas:
~ En la fase de inicio, gracias a la existencia de diversos factores σ
(incluso podría existir un factor para cada gen). Según la acción de
estos se cataliza la transcripción de uno o varios genes; se le conoce
también como factor de especificidad.
~ A nivel de la fase de terminación existen dos mecanismos para
regular la transcripción:
- Mecanismo de antiterminación: posibilita que en una misma

molécula de RNA esté contenida la información para varios genes. La RNApol

puede no reconocer los terminadores, facilitando que no termine la
transcripción, de modo que siga copiando obteniendo así un RNA policistrónico.
Esto es posible gracias a la existencia de unas secuencias en el DNA que están
presentes justo por delante de los terminadores y son denominadas secuencias
“nut”, que se unen a la proteína N. Estas, al interaccionar con la RNA-pol,
provocan que pase por alto los terminadores y no finalice la transcripción, sino
que continúe copiando.
- Mecanismo de atenuación de la transcripción: basado en el acoplamiento
transcripción-traducción que ocurre en las bacterias. Es habitual que antes de
que se termine la transcripción, esa molécula de mRNa ya esté siendo
traducida desde su extremo 5’ a polipéptidos. Este acoplamiento es la base del
mecanismo de atenuación.

Mecanismos de maduración posttranscripcional de los RNA. Maduración.

El procesamiento postranscripcional del los transcritos primarios es necesario puesto que estos no tienen por
qué ser activos, sino que deben madurar y ser procesados para convertirse en moléculas realmente activas.

Los transcritos primarios de los mRNA son los que menos modificaciones sufren en procariotas (no es así en
eucariotas). Suelen ser policistrónicos y en sus extremos ha secuencias no traducibles, pero estas moléculas
se sintetizan normalmente de forma activa.
Son traducidos en los ribosomas, en concreto pueden ser traducidos en los polizomas, agrupaciones de
ribosomas que aumentan la eficacia de la traducción y comienzan el proceso prácticamente nada más
sintetizarse el mRNA.

Los RNA ribosómicos transcritos a partir de DNA, son en su primera

instancia pre-rRNA. Su tamaño es 30S y contiene las secuencias de los
rRNA conocidas en el transcrito primario, en el orden 16S 23S y 5S,
siendo posible que se incluya alguna secuencia de tRNAs.
Las nucleasas son enzimas necesarias para proceder a la separación y obtención de las moléculas maduras de
forma independiente, se trata de enzima con actividad endonucleasa específica del RNA. Los extremos no
codificantes de los RNA son hidrolizados rompiendo el enlace fosfodiéster. Así, la secuencia 16S da lugar a la
subunidad 30S, mientras que la 23S y 5S originan la subunidad grande 50S.
Los tRNA adoptan la estructura en forma de trébol.
En el procesamiento de los tRNA es necesario que a partir de los transcritos de gran tamaño que han sido
sintetizados, se obtengan varios RNA de transferencia.
·Existen actividades catalizadas por las RNAasas (endonucleasas) que separan las diferentes moléculas activas
obteniendo tRNA de transferencia de unos 90 nucleótidos. Las RNAasas O y Q eliminan las secuencias
espaciadoras no codificantes, obteniendo como moléculas independientes de tRNA.
· Es necesaria la modificación de bases si los RNA contienen en determinadas posiciones nucleótidos
anómalos.
· Adición del triplete CCA, trinucleótido que se une al extremo 3’ de la molécula. Esta modificación es
imprescindible para que pueda llevar a cabo su función en la traducción, facilitando la llegada de los
aminoácidos a los ribosomas. Los aminoácidos se unen al adenilato del extremo 3’ del triplete CCA. Esta
modificación ocurre en todos los tRNA y está catalizada por la nucleotidil-transferasa.

Inhibidores de la transcripción.

- Cordicepina: derivado del nucleósido de adenosina que carece del hidroxilo en 3’ en la ribosa, la RNApol no
puede añadir otro nucleótido y unirlo mediante enlace fosfodiéster. Actúa como terminador de la transcripción.
- Rifampicina: interacciona con la subunidad β de la RNa polimerasa e impide que esta catalice la formación de
enlaces fosfodiéster. No impide la formación de las cadenas ya iniciadas. No se une a las polimerasas
eucariotas
- Actinomicina-D: interacción con la doble hélice de DNA, ubicándose en los surcos pequeños de la doble
hélice e intercalándose entre los pares G-C adyacentes, impidiendo que la RNA-pol comience la transcripción.

Transcripción inversa y replicación de RNA.

La transcripción inversa se realiza mediante enzimas que
llevan a cabo el proceso de síntesis de DNA a partir de RNA.
Se trata de DNA polimerasas RNA dependientes, también

conocidas como transcriptasas inversas, y cuyo

mecanismo de acción es igual que el de cualquier
otra DNApol, variando en la utilización del molde
que en este caso es de naturaleza RNA.
Nos permiten copiar la información de un mRNA
en un DNA. Las ventajas que presenta este
proceso, en biotecnología, es la obtención de una
molécula más estable de DNA con la que es más
fácil trabajar, ya que el RNA se degrada
fácilmente. Además, en eucariotas, utilizar DNA
cromosómico implica que haya secuencias
intrónicas enormes, sin embargo, en los mRNA
maduros no hay intrones y está toda la
información codificante reunidad, de modo que es
más eficaz trabajar con un DNA obtenido mediante
transcripción inversa del RNA.
La replicación de RNA se lleva a cabo mediante
enzimas conocidas como replicasas.
TEMA 12. TRADUCCIÓN DE mRNA DE PROCARIOTAS Y SU REGULACIÓN.

En los organismos procariotas, los mecanismos de transcripción y traducción se

encuentran acoplados, ya que no hay transporte de los mRNA entre orgánulos,
por lo que antes de que finalice la síntesis del propio RNA mensajero, éste está
siendo traducido a proteínas mediante los ribosomas desde su extremo 5’. Esto
ocurre ya que, a diferencia de las células superiores, el mRNA no tiene que salir
del núcleo para poder ensamblarse con los ribosomas.

El código genético.

La traducción se lleva a cabo a partir de la información obtenida de los mRNA maduros, que se puede
interpretar mediante el código genético: sistema de secuencias integrado por tripletes o codones de tres
bases correspondientes a nucleótidos en el RNA mensajero. Cada 3 bases forman un códon, que corresponden
a aminoácido, que será el que se una al polinucleótido que está siendo sintetizado.

En el mRNA existen 64 combinaciones posibles de bases

para formar tripletes, pero de estas 64 combinaciones, 3
de ellas son no codificantes; los llamados tripletes STOP
o códones de parada, que no corresponden con ningún
aminoácido y su presencia en el RNA mensajero es
interpretado por los ribosomas como un triplete de
parada que indica el final de la traducción. (UAA, UAG,
UGA).
El triplete AUG (base de la izquierda es la más próxima
al extremo 5’ y la de la derecha 3’) es el llamado códon
de inicio, y especifica para la metionina. Por lo tanto
todas las proteínas comienzan su síntesis por el mismo
aminoácido (formilmetionina en bacterias).
Existen varios tripletes que codifican para el mismo
aminoácido (variando la 3ª base). Este hecho hace que
el código genético sea degenerado, precisamente por la
existencia de estos códones sinónimos que corresponden al mismo aminoácido que se incluirá en el
polipéptido.
Además se trata de un código universal, pues es prácticamente el
mismo para todas las células (excpto variaciones en las
mitocondrias)

RNA de trasferencia. tRNA.

Para que la traducción se lleve a cabo es necesaria la interacción del tRNA

con el mRNA. El tRNA es el encargado de transportar los aminoácidos
hasta los ribosomas.
Posee una estructura secundaria regular (a diferencia de otros ARN),
común para todos los tRNA. A esta estructura se le denomina hoja de
trébol. Posee diferentes regiones en las que se puede establece
complementariedad interna y formar puentes de hidrógeno entre bases,
dando lugar a la formación de horquillas internas, lazos o brazos. La región
5’-3’ se conoce como brazo aceptor ya que a nivel del adenilato en 3’
(CCA) se lleva a cabo la unión al aminoácido.
En el brazo del anticódon, no existen complementariedad interna en las
proximidades a este y es el lugar donde existe la secuencia que
interacciona con el triplete (códon) del mRNA.
A veces, se encuentran bases anómalas o raras que no aparecen en otros ARNs debido a modificaciones
posttranscripcionales, como el DHu (presencia de dihidrouracilo) o TφC (nucleótidos derivados de timina o
pseudouracilos modificados).
También puede aparecer un 5º brazo en estas moléculas, pero no en todas ellas. Se trata de la región más
variable respecto a tRNAs.

Además. Los tRNAs también adoptan una estructura terciaria muy delgada en L,
donde una de las patas de la L está integrada por el brazo aceptor y el TφC; y la
otra, por el brazo del anticodon y el DHu. De esta forma no hay impedimentos
estéricos para que estas moléculas puedan localizarse cerca entre sí en el proceso
de traducción, ya que en la fase de elongación, en el ribosoma se encuentran
varios tRNA al mismo tiempo.
Pueden aparecer bases anómalas en estos tRNAs.
· Una de ellas es la hipoxantina o inosina (I), que cuando se esterifica su
grupo fosfato se convierte en el nucleótido inosinato que puede establecer
puentes de hidrógeno con C.
· Base derivada de purina: goxopurina.
· Otras bases modificadas posttraducionalmente, como el dihidrouracilo
(D= dihidrouridina) o nucleósido de dihidrouralina (nucleótido
dihidrourilato). No forma el doble enlace habitual con A, pues los carbonos
5 y 6 de su estructura están hidrogenados. Su presencia da lugar a lazos
debido a que no existen complementariedad con bases.
· El pseudouracilo (φ= pseudouridina) varía en el nucleósido las posiciones
del enlace glucosídico, pues la base se une a la ribosa en el carbono 5 del
uracilo.
· Rhybotimidina.

Interacción códon-anticódon. Hipótesis del balanceo.

El ARN de transferencia es el mediador entre el mensaje que contiene el

RNA mensajero y la secuencia de aminoácidos del polipéptido que se está sintetizando.
Para que se incluya el aminoácido correcto, el tRNA debe transportar este al ribosoma. La interacción
codón-anticodón determina que tRNA interaccionará con el mensajero para unir su aminoácido a la cadena
polipeptídica. Existen 61 tripletes o códones codificantes en el mRNA, sin embargo sólo se han identificado 32
tRNAs con anticódones diferentes, lo que quiere decir que son 32 secuencias de anticódon las que se encargan
de reconocer a los 61 tripletes codificantes.
Se produce la interacción entre dos monohebras de ácido ribonucleico, mediante puentes de hidrógeno entre
bases complementarias y de forma antiparalela.

• Hipótesis del balanceo.

Las interacciones entre las dos primeras bases del códon (1ª y 2ª) de
forma antiparalela con el anticódon (3ª y 2ª) son interacciones fuertes
que siguen las reglas de complementariedad habituales. La tercera
interacción, en la que participan la 3ª base del códon y la 1ª del
anticódon, es más flexible y permite apareamientos no habituales, es
decir, puentes de hidrógeno entre bases que normalmente no se
asocian. Esto es posible por la particular posición que adopta en el
espacio la primera base del anticódon, la cual se encuentra más
inclinada y le permite interaccionar de forma no habitual.
Así, 32 ARN de transferencia se pueden unir a 20 aminoácidos, por lo
que hay algún aminoácido que se une a más de un ARNt (se podría
decir que los tRNA también son degenerados).
Esto explica la degeneración del código genético.

Estructura de los ribosomas en bacterias.

Los ribosomas son estructuras pequeñas, esféricas y sin membranas que se diferencian en el coeficiente de
sedimentación. La velocidad de sedimentación viene indicada por las unidades S. En los ribosomas
bacterianos, encontramos dos subunidades separadas por una hendidura transversal: la subunidad grande o
50S y la subunidad pequeña o 30S. Los ribosomas son orgánulos formados por ARN ribosómico asociado a
proteínas.
La subunidad grande está integrada por el rRNA 23S, el rRNA 5S y 31 proteínas.
La subunidad pequeña está constituida por el rRNA 16S y 21 proteínas.

En los ribosomas, en concreto en la subunidad grande, podemos encontrar tres regiones o sitios:
· A → aminoacilo: lugar donde llegan los tRNAs cargados con aminoácidos.
· P → peptídico: lugar donde se
queda el tRNA que está unido
al péptido en formación.
· E → salida donde queda de
forma transitoria los tRNA qye
ya han cedido el aminoácido,
desacilados.
Etapas de la síntesis proteica y factores implicados.

El proceso de traducción se divide en 3 etapas: iniciación, elongación y terminación. Sin embargo, la fase de
inicio va precedida de una fase o etapa de activación en la que se sintetizan las moléculas de aminoacil
tRNA, es decir, los RNA de transferencia que se unirán y transportarán a los aminoácidos.
Así mismo, la fase de terminación va seguida de modificaciones posttraduccionales o una etapa de
maduración de las proteínas, ya que estas se sintetizan de forma nativa, que normalmente no es la activa.
Para que se activen deben adquirir la forma tridimensional y una serie de modificaciones. Por ejemplo, en la
forma nativa todas las proteínas poseen metionina en el extremo terminal, mientras que en la forma activa no
tiene por qué ser así.

■ Fase de activación.

Se trata del proceso mediante el cual la célula obtiene los aminoacil-tRNA que trasportarán los aminoácidos.
Se basa en una reacción catalizada por las aminoaciltRNAsintetasas y en la que se produce un gasto
energético muy elevado, obtenido de la hidrólisis del nucleótido.
Además, esta fase sirve como regulación de la transcripción, proceso previo a la traducción en el que se
obtiene el mRNA con la información necesaria para la síntesis del polipéptido.
La reacción ocurre en dos etapas,
obteniendo como productos finales el
aminoacil-tRNA, AMP y PPi. El pirofosfato es
escindido en dos fosfatos mediante la
pirofosfato hidrolasa.
Por cada aatRNA formado se gastan dos
enlaces de alta energía a cargo del ATP.
- 1ª etapa. Conformación de un intermediario.
aa + ATP → aminoacil-AMP + PPi
Con formación de un intermediario (aminoacil-AMP: se trata de un
resto aminoacilo unido a AMP por un enlace tipo anhidrido).
Tiene lugar en el centro activo de la enzima.

- 2ª etapa. Formacion del aminoacil-tRNA.

En el centro activo de la enzima ocurre la segunda reacción, en la que el
aminoacil-AMP se une al tRNA, liberando el AMP y formando el aminoacil-
tRNa como producto final. Participa el resto adenilato del tRNA.
Existen dos clases de enzimas tRNA sintetasas que difieren en su
mecanismo de reacción. Depende de la clase de enzima que consideremos
tendrá lugar la segunda etapa mediante una reacción u otra.
· Clase I desde el intermediario, el resto amino reacciona con el carbono 2’
de la ribosa del adenilato en el tRNA mediante un ataque nucleofílico, o se
transfiere a 2’ y posteriormente se une al carbono 3’ o hidroxilo mediante
una reacción de transesterificación pasando el resto aminoacilo a su
localización definitiva.
· Clase II: el intermediario se transfiere o une directamente al carbono 3’
de la ribosa del nucleótido en el extremo 3’ del tRNA.
Se trata de reacciones que se comprueban, pues la propia enzima es específica para cada

aminoácido y
verifica que se una
correctamente éste
a su tRNA. Así existe un aminoacil-tRNA específico para cada aminoácido. En el centro activo, existe no sólo
un lugar de activación, sino también un sitio de revisión donde la enzima comprueba que el aa que se une al
tRNA es el correcto. Se podría considerar una “actividad correctora de pruebas” (única comprobación en este
punto).

Por cada aminoácido unido a un tRNA, es decir, por la formación de cada aminoacil-tRNA se gastan dos
enlaces de alta energía a cargo de una molécula de ATP.

■ Fase de inicio.

Una vez que en el ribosoma se ha reconocido el codón de inicio, y tras la

entrada de la molécula iniciadora, es decir, el aminoaci-tRNA que contiene el
anticódon respectivo, tendrá lugar la formación del complejo de inicio.
1º Disociación ribosómica. 70S ↔ 30S + 50S. Intervienen IF1 e IF3.
2º. Reconocimiento y posicionamiento
correcto del códon de inicio (AUG) en los
ribosomas. Se debe situar en el sitio P
posicionado en la subunidad 30S. Esto es
posible gracias a una secuencia consenso
(shine-dalgarno) que se localiza antes del
codón de inicio, más próxima al extremo 5’ del mRNA. Consta de 4-9
nucleótidos derivados de purinas y se sitúa entre 3-10 nucleótidos delante del
codón de inicio. La peculiaridad de esta secuencia es que es complementaria a
una región de rRNA 16S, constituyente de la subunidad pequeña, por lo que
interacciona con este, determinando que el códon de inicio quede posicionado
correctamente en el sitio P del ribosoma.
3º. Llegada de la molécula iniciadora:
formilmetionil-tRNA.
Se trata de un aminoacil-tRNA con el grupo
amino bloqueado. El metionil-tRNa se sintetiza
mediante la aminoacil-tRNA-sintasa específica
para ese aa-tRNA y seguidamente queda
bloqueado por el formil, en una reacción
catalizada por la transformilasa.
Por ello las proteínas se sintetizan desde el
grupo amino hasta el carboxilo, ya que el
grupo amino del primer aminoacil-tRNA está
bloqueado.
4º. Formación del complejo de inicio
propiamente dicho. Se ensambla el ribosoma, y
se produce la salida de los factores de
iniciación produciéndose la hidrólisis del GTP.
Se forma el complejo de inicio con la subunidad
grande del ribosoma, el codón en el sitio P y la
interacción con el anticodon del formilmetioniltRNA

Intervienen factores de naturaleza proteica, factores de iniciación de la traducción (IF):

IF1 junto con IF3 facilitan la disociación ribosómica y evitan reasociaciones prematuras. Aumentan la
velocidad de disociación y queda unidos a 30S evitando así las reasociaciones.
IF2 + GTP que forma un complejo ternatio con la molécula iniciadora para que llegue al ribosoma. Interacción
códon-anticódon facilitada por éste. Llevará consigo gasto energético.
IF3
Cada proteína que inicia su síntesis gasta un enlace de alta energía a cargo del GTP unido al IF2. El reciclaje
de IF2 de su forma inactiva (tras salir del ribosoma) a su forma activa se produce mediante intercambio de
nucleótidos derivados de guanina (GTP-GDP).

■ Fase de elongación.

Está basada en tres etapas en ciclo, que se repiten cada vez que un aminoácido se incorpora a la proteína en
su fase de formación.
1º. Llegada del siguiente aminoacil-tRNA al sitio A del ribosoma, donde se encuentra el siguiente triplete que
ha de ser traducido. El aa-tRNA contendrá el anticódon específico.
2º. Formación del enlace peptídico entre las moléculas que se encuentran en los sitios P y A.
3º. Estapa de translocación ribosómica.

Factores que intervienen en la elongación, de naturaleza proteíca:

EF-Tu (EF1A)
EF-Ts (EF1B)
EF-G (EF2): translocasa.

1º. La etapa en la que llega el siguiente aminoacil-tRNA que contiene el anticódon complementario al códon
situado en el sitio A está facilitada por un complejo ternario donde participa el EF-Tu. Este factor de
elongación es una proteína G, que contiene GTP y se une al aminoacil-tRNA que está participando en la
primera etapa de la elongación.
Al llegar al sitio A ribosómico, el GTP se hidroliza para que se lleve a
cabo la interacción códon-anticodon (hidrólisis de GTP asociado a EF-Tu
proporciona la energía necesaria para dicha interacción). Se libera
entonces el aminoacil-tRNA del complejo ternario formado anteriomente.
En esta etapa hay una redundancia en la especificidad de la traducción.
El EF-Tu+GDP sale del ribosoma y se recicla gracias a la acción del EF-Ts
que forma un heterodímero facilitando la salida del GDP de EF-Tu y
promoviendo la entrada del GTP, reciclando la forma activa del factor.
La estructura en L de las moléculas de tRNA permiten que ocupen los
sitios P y A situados de forma próxima en el ribosoma.

2º. La formación del enlace

peptídico ocurre entre los
aminoácidos de las moléculas de
tRNA situadas entre los sitios P y A
del ribosoma. En este caso,
tenemos aminoacil-tRNa en ambos
sitios (aunque en uniones
posteriores tendremos un peptidil-
tRNA en el sitio P).
En el sitio P se encuentra, en este
caso, el aminoacil-tRNA iniciador
(N-f-met-tRNA). Se produce la
reacción en la que interviene el
grupo amino del aminoácido del
aa-tRNA del sitio A y el carboxilo
del sitio P. La reacción esta
catalizada por una ribozima con
actividad peptidil transferasa (no
es una enzima de naturaleza
proteíca); la ribozima está
constituida por el rRNA 23S
asociado a proteínas (componente
de la subunidad ribosómica
grande) que cataliza la formación
del enlace peptídico, sobre él recae
esta actividad peptidil transferasas. No hay gasto energético en la
formación de este enlace.
Se forma un dipeptidil-tRNA (peptidil-tRNA en ocasiones posteriores) en
la subunidad A del ribosoma, y el tRNA presente en la subunidad P
queda desacilado.

3º. La translocación ribosómica consiste en el desplazamiento de toda

la maquinaria ribosómica hacia el extremo 3’ de mRNA, en la distancia
correspondiente a un triplete o códon. Como resultado, el tRNA
desacilado que se encontraba en el sitio P, pasa a posicionarse en el sitio E de forma transitoria, para luego
salir al citoplasma de nuevo para volverse a cargar con un aminoácido. Así mismo el peptidil-tRNA situado
anteriormente en A, pasa a ocupar el sitio P, dejando el sitio A libre para un nuevo aminoacil-tRNA. Se
produce entonces la llegada de esta nueva molécula, junto con el factor EF-Tu, comenzando la primera etapa
de nuevo.
La traslocación ribosómica está mediada y facilitada por EF-G o la translocasa, que es una proteína G que
facilita el desplazamiento de la maquinaria ribosómica hidrolizándose su GTP a GDP, y proporcionando la
energía necesaria para este movimiento.

■ Fase de terminación.

La fase de elongación continúa hasta que aparece enj el sitio A un códon en el mRNA. La proteína entonces
finaliza su síntesis.

Esta fase está facilitada por tres factores de terminación de la transcripción:

· RF-1
· RF-2
Se encargan de reconocer la presencia de los tripletes STOP en el sitio A del ribosoma.
· RF-3: es una proteína G que en su forma activa, es decir, cuando contiene GTP se une al sitio A facilitando la
transferencia del péptido formado desde el sitio P al citosol. En este intercambio se consume un enlace de alta
energía. De esta forma en el ribosoma la situación sería la siguiente: se encontraría la maquinaria ribosómica,
incluyendo el mRNA unido a dos tRNA desacilados, que se encontrarían en el sitio e y en el sitio P. El sitio A
estaría ocupado por el factor 3, impidiendo que continúe la síntesis de la proteína.

Para que se libere completamente la

proteína al citosol, y finalice por completo la
traducción tiene que ocurrir la fase de
reciclado ribosómico.
El RRF es un factor participante en dicha
fase, de reciclaje, que colabora con EF-G en
la elongación. En la fase de terminación se
encarga de liberar el mensajero, los tRNA y
desensamblar las dos subunidades
ribosómicas, es decir, deshace la maquinaria
de transcripción.
Para ello, el RRF bloquea el sitio A. La
translocasa (EF-G) facilita el desplazamiento
de la maquinaria ribosómica, por lo que el
tRNA que se encontraba en el sitio E vuelve
al citosol, mientras que el del sitio P se sitúa
en el sitio E transitoriamente para también
salir al citoplasma.
Posteriormente intervienen factores de
iniciación IF-3, que facilitan la separación de
las subunidades ribosómicas. Así como el IF-
1 de antirreasociación en la subunidad
pequeña.

Vuelta al principio de la traducción.

En las bacterias (también en eucariotas)
los mRNA pueden ser traducidos
simultáneamente por varios ribosomas, es
decir, la traducción se lleva a cabo
mediante polirribosomas.
La vida media de un mRNA en bacterias
es corta, de unos 1,5 minutos. Un mismo
RNA es sintetizado hasta 10 veces.

Recuento global de energía consumida.

Activación: 2 enlaces de alta energía a cargo de ATP/aa
Inicio: 1 enlaces de alta energía a cargo de GTP/proteína
Elongación: 2 enlaces de alta energía a cargo de GTP-Tu y GTP-translocasa/aa
Terminación: 1 enlaces de alta energía a cargo de GTP-RF3/proteína

Se podría contabilizar también el gasto energético en el reciclaje.

Maduración de proteínas.

Las proteínas son sintetizadas de forma

nativa. Para que pasen a su forma activa
son necesarios:
- plegamientos de la secuencia peptídica
para formar su conformación terciaria.
- modificaciones cotraduccionales y
posttraduccionales (como modificación de
los aa, eliminación del extremo amino
terminal con metionina, puentes disulfuro…)
Así la proteína pasa a su forma activa,
conformación definitiva una vez que termina
su síntesis, y dependiente de la estructura
primaria. A veces no se pliega hasta que no
se sufren las modificaciones
posttraduccionales o hasta que llegan a su
localización definitiva. Las modificaciones,
además, transcurren en el transcurso del
envío de las proteínas a su localización final.

Los plegamientos prematuros se evitan

gracias a unas proteínas denominadas
chaperonas.
La función del extremo aminoterminal reside
en que forma parte de la secuencia señal que
indica a la célula donde debe ir esa proteína
que se está sintetizando.
En las proteínas de la vía secretora, en cuento
salen los 16 primeros aminoácidos del
ribosoma la célula ya sabe, por las
características del péptido señal en ese
extremo, cual será la localización definitiva de
dicha proteína. La chaperona mantiene a la
proteína de secreción desplegada hasta que
sale de la célula.
La peptidasa es una enzima encargada de
eliminar la secuencia del extremo
aminoterminal para dar lugar a la
conformación final de la proteína.

Chaperonas tipos
TEMA 13. REGULACIÓN GLOBAL DE LA EXPRESIÓN GÉNICA BACTERIANA.

La regulación de la expresión génica se lleva a cabo en una etapa previa a la transcripción. Suele recaer, por
tanto, está función en el inicio de la transcripción.

Hay dos tipos de genes atendiendo a su mecanismo de regulación:

▪ Genes constitutivos.
Codifican para productos que la célula necesita durante toda su vida a niveles
prácticamente constantes. Su regulación depende de los factores de
especificidad σ que se unan a la RNA polimerasa.
▪ Genes inducibles.
Aquellos que codifican para productos que la célula necesita en ocasiones
puntuales. Están sometidos a mayor regulación, ya que además de los
factores de especificidad, necesitan la intervención de secuencias de
regulación y factores de transcripción que pueden actuar como represores o
activadores.

• Regulación negativa. La secuencia de DNA que interviene es denominada

operador, y en la mayoría de los casos está incluida en la secuencia del
promotor. El operador constituye el punto de unión de una molécula proteica,
factor de transcripción, llamado represor. El represor responde a la presencia
en la célula de moléculas señal (de tamaño pequeño).
La unión de la señal al represor origina un cambio conformacional que puede
determinar la unión o separación de éste al operador (dependiendo del gen o
conjunto de genes que consideremos).
Cuando el represor se encuentra separado del operador, la transcripción no
está reprimida, por lo que la represión está inactiva y existe una tasa de
transcripción basal que puede ser o no ser suficiente.
Cuando el represor se encuentra unido al operador, la transcripción está
reprimida.

• Regulación positiva. Las secuencias

activadoras del DNA, en este caso, se
encuentran fuera de la secuencia del promotor. Estas secuencias actúan
activando la transcripción siempre que estén unidas a factores de transcripción
llamados activadores, que responden a la presencia de moléculas señal que
provocan cambios conformacionales en estos.
Para que el mecanismo de transcripción esté funcionando, es necesaria la
presencia de dicha molécula activadora unida al operador del DNA.

Las moléculas activadoras y represoras, también llamadas moléculas inductoras

(que actúan como factores de transcripción), están codificadas por genes que
están fuera de la secuencia que ellos mismos regulan.

El motivo más común a través del cual los activadores y represores

interaccionan con el DNA, es el denominado hélice-giro-hélice ( β ). La
interacción se produce exactamente mediante uno de los motivos en hélice
(hélice de reconocimiento) a través del surco mayor del DNA.

Operón.

El operón es un conjunto de genes que cuya expresión se regula de forma conjunta, ya que participan en
rutas comunes de la célula. Estos genes codifican para productos relacionados entre sí y sus funciones están
vinculadas. Es un modelo de regulación génica muy común en las bacterias.
Estos genes responden a secuencias comunes del DNA.

■ Operón lactosa.
Implicado en la regulación del inicio de la transcripción, mediado por receptor y activador.
Contiene los genes relacionados con el metabolismo de la lactosa, en concreto con su degradación. Sólo se
utiliza la lactosa cuando no se dispone de glucosa en el medio. (Fue el primer modelo de operón descubierto).
Contiene tres genes (Z, Y, A) estructurales que codifican para 3 enzimas que catalizan la degradación de la
lactosa. A su vez se localiza un promotor que incluye una secuencia operadora (reg. Negativa) y fuera de este
encontramos la secuencia de regulación positiva o activadora.
También destaca la presencia de genes inductores
o reguladores (lacl) fuera de la secuencia del
operón, que codifican para la expresión del
represor o del activador. La regulación está
mediada por:
- Represor (dependiendo de los niveles de
lactosa):
· ↑ lactosa, entonces ↑ alolactosa: el represor se
une a su molécula señal que induce la disociación
del operador, por lo que existe una tasa de
transcripción basal de los genes que codifican
para enzimas que degradan la lactosa.
Transcripción no reprimida.
· Si los niveles de lactosa son bajos ↓, no hay presencia de molécula señal que se pueda unir al represor, el
cual queda unido al operador reprimiendo la transcripción de los
genes que codifican para enzimas de degradación de la lactosa.
- Activador (dependiente de los niveles de glucosa). Se
denomina CAP, CRP o activador (proteína receptora de AMPc,
por lo que este metabolito será su molécula señal).
· ↑ glucosa: la transcripción se encuentra desactivada ya que los
niveles de AMPc son bajos, la célula no necesita glucosa y CAP
no está unida a la secuencia activadora.
· ↓ glucosa: la transcripción está activada, pues existen altos
niveles de AMPc en la célula y éste se une al activador (una sola
molécula de AMPc se une al dímero CRP), provocando un
cambio conformacional que determina la unión a la secuencia
reguladora (operador) del DNA, transcribiendo los genes de
degradación de lactosa, ya que la degradación de esta dará
lugar a la glucosa necesaria.
Para que haya transcripción activa (más que basal) es necesario
no solo que el represor no esté unido al DNA (por lo que estará
unido a su molécula señal alolactosa) sino también que el
activador lo esté, (también estará unido a AMPc). Esto ocurre
cuando los niveles de lactosa ↑ y glucosa ↓.
Represor unido → no transcripción.
Represor separado → activador separado: transcripción basal
Represor separado → activador unido: transcripción activada

■ Operón triptófano.
Conjunto de 5 genes estructurales que codifican para las cinco enzimas implicadas en la síntesis de triptófano
a partir de ácido corisímico. La secuencia promotora es común a los 5 genes, por lo que cuando se expresa
uno de los genes; se expresan los restantes.
Nos permite introducir otro mecanismo de regulación, pues el operón triptófano está mediado por represor,
tratándose de un mecanismo de atenuación del inicio de la transcripción exclusivo de bacterias, gracias al
acoplamiento transcripción-traducción.
La secuencia promotora es común a los cinco genes, donde encontramos el operador (regulación negativa, no
se sabe si dentro o fuera de la secuencia promotora). El represor es codificado por un gen situado fuera del
operón (TrpR).
La expresión de dichos genes depende de los niveles de triptófano en la célula:
El represor responde a una molécula señal, que se trata del propio aminoácido triptófano. Si los niveles de
triptófano son bajos el represor se encuentra separado del operador, de modo que la transcripción no está
reprimida. Si los niveles de Trp se elevan, este se une al represor provocando en él un cambo conformacional
que determina la unión a la secuencia operadora. Cuando los niveles de triptófano bajas, la ausencia de
molécula señal provoca la disociación del receptor del DNA.
En dicho fragmento de DNA, (operón) encontramos la secuencia promotora, las secuencias de los genes
estructurales y cuatro secuencias señal. Coienza la transcripción cuando los niveles de Trp son bajos.
En la 1ª secuencia señal tenemos dos tripletes que codifican
para Trp. Además, las secuencias 2 y 3 tienen
complementariedad interna y pueden formar una estructura
secundaria en horquilla. Esta complementariedad también es
posible entre la secuencia 3 y 4 (estructura atenuadora). Se
puede formar la estructura secundaria entre unas de las
secuencias u otras.
↓ Trp: Al haber poco triptófano a en la célula, la velocidad de
traducción de ARN a proteínas será baja, ya que hay pocos
tRNA cargados con Trp. El mecanismo de atenuación depende
de esta velocidad relativa. Se produce entonces un
enlentecimiento de la traducción que coincide con una transcripción rápida, por lo que la velocidad relativa de
la traducción es menor que la de la transcripción. Esto provoca que de tiempo a que se forme la estructura
secundaria en horquilla entre las secuencias 2 y 3.
↑ Trp: Este mecanismo continua hasta que los niveles de
triptófano se elevan, y es entonces cuando la maquinaria
ribosómica avanza más rápidamente (presencia de Trp-
tRNA) obteniendo mayor velocidad en la traducción y no
permitiendo la formación de la horquilla entre las
secuencias señal 2 y 3 (la distancia de 1-2 es más corta
que la de 2-----3). Ya que la maquinaria ribosómica llega
demasiado rápido a la segunda secuencia. Es entonces,
cuando las secuencias 3 y 4 se asocian debido a su
complementariedad formando una horquilla muy estable
debido a los pares de bases G y C (3 puentes de
hidrógeno). Esta estructura está seguida de una secuencia
compuesta por uridilatos (poliuridilatos) que se transcriben a partir de desoxiadenilatos (en el DNA). Esta
región es muy inestable, por lo que se induce una terminación de la transcripción, provocando un cambio
conformacional en el represor que se une al operador. Esto determina la separación del DNA y el final de la
transcripción.

Regulación de la expresión de proteínas ribosómicas.

La traducción por lo general es regulada en las etapas de iniciación y de terminación. La regulación de la

expresión de las proteínas ribosómicas recae en la traducción. La concentración de dichas proteínas está
acoplada a la concentración de rRNAs en la célula. Se regulan a través de un mecanismo de retroalimentación,
pues las propias proteínas no solo son capaces de unirse al rRNA para formar los ribosomas sino también a
sus propios mRNA (aunque con menor afinidad).
Si existe elevada concentración de rRNA las proteínas se asocian preferentemente a estas moléculas. En el
momento en el que no existe rRNA se unen a sus propios mensajeros, lo que trae como consecuencia la
inhibición de la traducción, reprimiendo su propia síntesis.

Sistema de reparación o respuesta SOS.

Está constituido por una serie de genes que integran dicho sistema. Es exclusivo de bacterias.
Cuando existe un alto índice de daño genómico se pone en marcha la respuesta SOS, que activa la expresión
conjunta de una serie de genes relacionados con sistemas de reparación (por escisión).
Se denomina regulón al sistema de regulación bacteriana que se refiere al mecanismo de regulación conjunta
de genes situados en diferentes operones a lo largo de todo el genoma de la bacteria, identificado porque
todos ellos tienen un represor común, LexA.
En una situación de lesiones moderadas lex A está unido a los operones, lo que supone no una represión total
sino que permite un nivel de transcripción basal, bajo pero
suficiente para hacer frente a estas lesiones.
Sin embargo, cuando el daño genómico es elevado es
necesario que la célula responda incrementando la tasa de
transcripción y expresión conjunta de los genes
relacionados con las vías de reparación. La señal que
determina que lexA se separe es la presencia en el DNA de
diferentes zonas en forma de monohebras (debido a las
lesiones). En este caso se sintetiza una proteasa llamada
RecA que actúa específicamente sobre lexA y lo proteoliza,
de tal manera que inactiva el represor (lexA). Esto
determina la activación de los genes de respuesta conjunta
SOS.
Cuando desaparecen las lesiones lexA vuelve a unirse a los
operadores.

La actividad génica es regulada por las interacciones

específicas de los productos de actuación en trans (por lo
general proteínas) con las secuencias de actuación en cis
(por lo general sitios en el DNA).
TEMA 14. ORGANIZACIÓN DEL GENOMA EUCARIÓTICO.

Tamaño y complejidad del genoma eucariótico.

Las células eucariotas poseen más del 90% del material genético en el núcleo, aunque también se puede
encontrar en ribosomas y en los cloroplastos en las células vegetales. La organización celular es mñas
compleja.

El DNA es más complejo que en procariotas, además, no es circular sino que cuenta con extremos libres, por
lo que se trata de una molécula lineal.
El DNA se encuentra en forma de cromatina o cromosomas según la fase de ciclo celular:
- Cromatina: DNA unido a proteínas en periodos de interfase. Forma más difusa.
· Eucromatina: compacta pero activa desde el punto de vista transcripcional (↑[genes]) (la regulación de la
fase pretranscripcional se basa en el estado de eucromatina, por ejemplo en genes que codifican para
globina).
· Heterocromatina: más compacta e inactiva desde el punto de vista transcripcional. Los estados de la
cromatina son reversibles entre sí.
- Los cromosomas es la forma en la que el ADN se encuentra compactada en la fase de división celular. Visible
con el microscopio.

El material genético de las mitocondrias es menos complejo, más similar a bacterias.

El total del DNA haploide humano está constituido

por 109 pares de bases aproximadamente.
La correlación entre complejidad y tamaño del
DNA, con el tamaño del organismo, solo se cumple
entre especies muy alejadas evolutivamente (por
ejemplo el DNA de la cebolla es mayor que el
humano, pero es más cercano que los procariotas
evolutivamente). Tampoco hay correlacion entre
el tamaño del genoma y el número de cromosomas
que lo conforman

Una característica fundamental del DNA en

eucariótico es su elevado grado de compactación,
pues entre 2-3m de DNA se encuentran en el
interior del núcleo de 10μm.
Abundancia de
secuencias
repetidas, el 40%
de las secuencias
del genoma nuclear
son repetidas.

Gran abundancia
de secuencias no
codificantes, el
90%. Esto se debe
a la naturaleza
fragmentada de los
genes. DNA
codificante 10%.

Hay un total de 20-

25000 genes de los
cuales solo se
expresan un 20%,
lo que determina la
diferenciación
celular.
Naturaleza fragmentada de los genes.

Del total del DNA nuclear, sólo el 10% es codificante. Esto se debe a la naturaleza fragmentada de los genes,
pues encontramos bloques de información interrumpidos por secuencias no codificantes intragénicas
denominadas intrones. Estos intrones se sitúan entre exones (codificantes).
Los tránscritos primarios contienen secuencias no codificantes, pues las RNA polimerasas no discriminan a la
hora de la transcripción del DNA. Durante la maduración del precursor del RNA, se liberan los intrones,
eliminando las secuencias no codificante. Este proceso tiene lugar en el interior del núcleo.
La secuencias codificantes intergénicas no son intrones, sino secuencias espaciadoras que se encuentran entre
un gen y otro y no interrumpen bloques de información (presentes en las bacterias y genoma mitocondrial).
Clasificación funcional del DNA eucariótico.

Funciones de los genes del genoma nuclear. Secuencias desde el punto de vista funcional.

▪ Secuencias repetidas codificantes (estructurales).

Una familia de genes es un grupo de secuencias muy similares y codificantes para productos con funciones
parecidas o participantes en las mismas rutas metabólicas. Por ejemplo para isoenzimas (los 5 genes que
codifican para la lactosa DHG). Pueden presentarse:
- Secuencias codificantes para proteínas con secuencias repetidas (menos que en las no repetidas). Los
pseudogenes son miembros de familias de genes que en el transcurso de la evolución han adquirido
mutaciones que lo han transformado en
una secuencia no funcional. Se mantienen
en el genoma pero sin utilidad.
- Secuencias repetidas en tándem, es
decir, una secuencia a continuación de la
otra. Aumenta la frecuencia de la
transcripción.

▪ Secuencias repetidas no codificantes.

Son necesarias para la estabilidad del
genoma.
- Los microsatélites son secuencias del
genoma altamente repetitivas y no
codificantes. Están repetidas en tándem y
posee un número muy pequeño de
nucleótidos (<13pb). La secuencia
completa del microsatélite, es decir, el
conjunto de secuencias repetidas no
supera los 125pb.
Su utilidad reside en que son secuencias
altamente polimórficas (el número de
repeticiones varía dentro de una misma
especie), por lo que son marcadores de
individualidad dentro de una misma especie, ya
que la posibilidad de que para un mismo
microsatélite en dos individuos las repeticiones el centrómero es la región adelgazada de un cromosoma donde se
sean las mismas es bajísima. (Análisis forenses, mantienen juntas las dos copias. Es la zona de interacción con las fibras
del huso,. Las estructuras centroméricas que interaccionan con las fibras
paternidad o clínicos). Excepcionalmente hay algún del huso se denominan cinetocoros. En la estructura del centrómero
gen que en región codificante tiene microsatélites. intervienen tanto el ADN centromérico como proteínas centroméricas
Utilidad en el diagnóstico molecular de patologías.
- Moderadamente repetitivas.
· Minisatélites: repeticiones en tándem con un
tamaño de unidad de repetición de hasta 65pb.
· en distintas localizaciones pero presentes en
intrones, encontramos repeticiones (no son en
tándem) mayores pero más dispersas, como las secuencias SINE (de 100-500pb) o LINE (donde la unidad de
repetición llega a los miles de pb).

Empaquetamiento del genoma nuclear.

El DNA se encuentra unido a proteínas para ser empaquetado en el interior del núcleo.
· Se une a proteínas del grupo de las histonas mayoritariamente, que se trata de proteínas de carácter básico
cargadas positivamente que interaccionan con las cargas negativas de los grupos fosfato del DNA,
neutralizándolas y permitiendo la compactación. (Poseen Lys y Arg y su secuencia y estructura es muy
conservada) → H1, H2A, H2B, H3, H4.
· También existen proteínas no histonas que, en menor medida, pueden interaccionar con el DNA.

El primer nivel estructural de la cromatina mida unos 10nm de

diámetro, y está formado por las llamadas fibras de nucleosomas,
que es la compactación mínima o el primer nivel de complejidad que
puede tener el DNA, 7 veces superior a la estructura en doble hélice.
Estas fibras están integradas por nucleosomas, que a su veces se
constituyen por un octámero de histonas, formando un rampa
superhelicoidal a la que se une levógiramente el DNA formando este
primer nivel (2 de H2A, 2 de H2B, 2 de H3, 2 de H4),y el propio DNA
enrollado dando dos vueltas completas a cada histona y asociado a
H1en el exterior del nucleosoma. Cada nucleosoma está separado
por 20-100 pb de DNA internucleosómico , también denominado
“ligador” o “espaciador”. Ese DNA está ocupado por histonas,
también denominadas histonas ligadoras, del tipo H1 y por proteínas
no histonas. A cada nucleosoma, y por el DNA ligador, se une una
sola histona ligadora para formar un cromatosoma.
Cada nucleosoma incluye alrededor de 200pb de DNA (si sólo
contásemos las dos vueltas completas, 160pb).
El segundo nivel de complejidad lo forma el solenoide, estructura de
30nm de diámetro formada por las fibras de nucleosomas enrolladas
alrededor de un eje dando lugar auna estructura más compacta que
incluye 6 nucleosomas por vuelta.
El tercer nivel posee 60nm de diámetro, y se forma por la posición en
bucles que adopta el solenoide alrededor de un núcleo proteico central.
Estas proteínas centrales no son histonas y se incluyen en el mismo grupo
que los factores de transcripción, topoisomerasa II y un grupo
heterogéneo denominado proteínas de alta movilidad electroforética.
Sucesivamente se forman estructuras más compactas hasta dar lugar a lo
que se conoce como cromatina.

Cuando la célula no se está dividiendo, sino que se

encuentra en interfase (G1 S G2), el empaquetamiento del
DNA es en forma de solenoide. Cuando la célula se va a
dividir (M), el DNA se compacta más hasta formar los
cromosomas. Los genes no presentan una distribución
uniforme a lo largo de los cromosomas. La densidad de los
cromosomas humanos varía de 0 a 64 genes por 100 kb.
Por lo general los genomas más grandes son menos
compactos

Las histonas están sujetas a modificaciones que tienen

repercusión en la expresión de los genes eucarióticos. Las
modificaciones ocurren en su mayoría en las colas o
extremos aminoterminales de estas proteínas. El extremo
aminoterminal es el que interacciona con el DNA, mientras que los
carboxilo terminales interaccionan con otras proteínas de la
cromatina.
- acetilaciones: suprimen las cargas positivas de las cadenas laterales
de las histonas al unir los restos acilo, lo que provoca una pérdida de
afinidad de éstas por el DNA. La pérdida de afinidad de las histonas
por el DNA, facilita su separación y así los factores de transcripción
pueden acceder en mejor medida al DNA.
- metilación
- fosforilación
El aumento o la disminución de la afinidad de las histonas por el DNA, tiene una gran repercusión en la
regulación de la expresión génica, ya que la modificación de las colas N-terminales de las histonas altera la
accesibilidad de la cromatina.
TEMA 15. REPLICACIÓN DEL GENOMA EUCARIÓTICO.

Principales diferencias entre procariotas y eucariotas.

La replicación es el mecanismo por el cual la célula duplica su material genético. En eucariotas, este proceso
ocupa una parte muy concreta del ciclo vital, en concreto. No es un proceso mayoritario dentro del ciclo, y
sucede justo antes de la división celular.
G1 es la etapa en la que la célula se prepara para
duplicar su genoma. Existe un punto de restricción o
de no retorno al final de esta fase, que una vez que
la célula lo sobrepasa ésta se obliga a continua hacia
la división celular.
Go o etapa donde las células que no están preparadas
para duplicar su genoma pueden abandonar el ciclo
celular. Se denomina fase de reposo o aquiescencia.
Las células pueden permanecer en este punto un
tiempo indeterminado.
En la Fase S se sintetiza el DNA. * El inicio de la
replicación del DNA obliga a la célula a emprender
una división, por ello en las fases anteriores las
células obtienen los requerimientos básicos para
poder dividirse.
Una vez iniciada la replicación, no puede tener lugar
la consiguiente división hasta que no se haya
completado dicha replicación.
G2 la célula se prepara para dividirse y repartir el
genoma duplicado entre las células hijas.
En la Fase M la célula se divide (mitosis).

● Diferencias fundamentales.

▪ La replicación en eucariotas tan solo ocupa una pequeña parte de la vida de la célula. El mecanismo a nivel
básico, sin embargo, es igual para los dos tipos de célula: simultáneo, semiconservativo, antiparalelo, hebra
continua y discontinua, acción de DNA polimerasas, etc.

▪ Habrá diferencias derivadas de una mayor complejidad en cuanto a tamaño y empaquetamiento del genoma
en forma de cromatina. Esto traerá consigo una serie de factores únicos de eucariotas, la velocidad de
movimiento de las horquillas será menor, el mecanismo más lento, existencia de sistemas moduladores…

▪ En eucariotas el DNA posee extremos libres y tiene una conformación lineal, lo que induce cambios en la fase
de terminación respecto a procariotas.

▪ Diferentes DNA polimerasas y factores.

La replicación en eucariotas es más compleja debido al propio DNA y a su empaquetamiento, lo que conlleva
una menor velocidad de movimiento de las horquillas de replicación.
Para que el proceso no sea demasiado lento, la célula dispone de lo que llamamos factores de
compensación:
· Más tipos de DNA polimerasas e intervención de un gran número de moléculas que se encargan del proceso,
para aportarle mayor velocidad.
· Las DNApol inicia la síntesis bidireccional en múltiples orígenes de replicación. El sistema de replicación que
comienza en cada punto de origen se conoce como replicón (múltiples replicones en eucariotas cuando en
procariotas sólo había uno). El número de puntos de inicio varía mucho dentro de los tipos de eucariota. Se
calcula que el número de orígenes varía entre 104 y 106 replicones. También depende de las necesidades del
organismo el que se activen un mayor o menor número de orígenes de replicación.
DNA polimerasas en eucariotas.

Actividades /Tipo α β γ δ ε
Polimerización 5’-3’ Todas ellas poseen actividad polimerasa 5’-3’, es decir, son capaces de sintetizar
nuevas hebras de DNA a parir de un molde, de forma complementaria y antiparalela.
Procesividad ↓ ↓↓ ↑ ↑interviene activamente ↑
al poseer un único en la síntesis d material
polipéptido no se genético y posee alta
considera procesividad dependiente
fundamental en la de la presencia de la
síntesis de DNA. molécula PCNA.
Actividad exonucleasa - - + + +
correctora de pruebas
3’-5’
Actividad primasa Complejo tetramérico - - - -
asociada fundamental, ya que
es la única asociada
a una primasa.
La síntesis de
cebeadores corre a
cargo de la primasa
asociada a la DNApol
α
Localización subcelular
· núcleo + + - + +
·mitocondria - - + - -
Función principal Replicación del DNA Posee actividad Repli Síntesis de la cadena
nuclear (interviene polimerasa en el caci conductora y retasada así
en la dominio carboxilo ón como intervención en la
síntesis de las terminal, y act. del reparación gracia a su
cadenas conductora y Desoxirribofosfata DNA actividad correctora de
retrasada); sa en un dominio mito pruebas.
reparación próximo al cond La DNA pol ε tendrá una
extremo rial función parecida (no está
aminoterminal. bien determinada)
Muy importante en
los mecanismo de
reparación.

Mecanismo de replicación en eucariotas.

● Fase de inicio.

▪ Características de las secuencias origen de replicación.

En eucariotas existen múltiples orígenes de replicación. Las secuencias por donde se abre la burbuja de
replicación y donde se localiza el punto de inicio, no son tan conservadas como en procariotas.
No todos los orígenes de replicación se activan al mismo tiempo, sino que lo hacen por grupos y de manera
coordinada. Además, dependiendo de la fase de desarrollo del organismo se activan mayor o menor número
de inicios de replicación, variando también entre las distintas especies (puede haber entre 10 4-106). A partir
de cada uno, a síntesis bidireccional, complementaria y antiparalela del DNA ocurre como habitualmente.

La activación de los orígenes de replicación depende, no sólo de la presencia de una secuencia en particular,
sino también de determinantes estructurales que facilitan la desnaturalización parcial de las secuencias de
DNA en los puntos de origen.
En levaduras:
· Elemento A: constituido por 11pb y donde se encuentra abundancia de nucleótidos derivados de A y T. Son
secuencias de fácil desnaturalización, imprescindibles para la separación de genoma.
· Elementos B: de uno a tres elementos B formados por secuencias específicas de unión a proteínas.

En eucariotas superiores el tamaño de la secuencia es de 0,5-2Kb,

donde también podemos encontrar elementos de fácil
desnaturalización y de unión a proteínas.
▪ Formación del complejo de pre-replicación.

Se forma a nivel de los orígenes y supone le establecimiento de una disponibilidad de genoma para replicarse.
Hay una serie de proteínas implicadas en la formación de este complejo, que se unen a punto de inicio de
forma previa a la formación del complejo de replicación propiamente dicho.

- Conjunto de proteínas del complejo ORC.

Se encargan de reconocer el origen de replicación.
Está constituido por un heterohexámero (6
proteínas) que se une a la secuencia origen de
replicación y que se encargan de marcar los puntos
del genoma a partir de los cuales va a tener lugar
el inicio del proceso.

- CDC6: proteína del ciclo de división celular,

sintetizada en una fase concreta de éste. Se une
también a la secuencia de inicio de forma
adyacente al lugar donde se ha asociado el
heterohexámero ORC.

- Seguidamente se unen las proteínas MCM

(fundamentales para el mantenimiento de
minicromosomas) al mismo lugar que las anteriores, gracias a la presencia de otros factores que facilitan la
asociación de MCM. Están presentes en todas las células eucariotas y poseen un papel importante en la
elongación.
Los heterohexámeros MCM-2 y MCM-7 forman una estructura cerrada en anillo que facilita su función: poseen
actividad helicasa, desnaturalizando el genoma desde el origen y durante toda la fase de elongación,
asociadas a modo de abrazadera a las otras proteínas.

De este modo el material genético es competente para desarrollar la replicación, por lo que se ha terminado
de formar el complejo de pre-replicación. Este se forma al final de la etapa G1 del ciclo celular. En la transición
de esta etapa hacia la etapa S es cuando se forma el propio complejo de inicio de la replicación.

▪ Formación del complejo de inicio.

En la transición G1 a S, ha tenido la activación del

complejo de prereplicación que ahora servirá para
formar el complejo de inicio gracias a la intervención de
proteínas quinasas específicas de la replicación o del
ciclo de división celular (que actúan ligadas a cada etapa
del ciclo).
Su función es fosforilar a componentes del complejo de
pre-replicación, concretamente a nivel del CTD1 y CdC6,
así como uno de los componentes del complejo MCM
(MCM-2).
Se puede decir que se ha formado el complejo de inicio
cuando CdC6-P se separa del DNA proteolizándose y
facilitando la unión de una nueva proteína CdC45, cuya
presencia es fundamental para finalizar la formación del
complejo de inicio.
Así, se puede catalizar la primera desnaturalización a nivel
de los orígenes gracias a las MCM (helicasas). Tras la
desnaturalización, todas las proteínas que formaban el
complejo se separan del DNA, excepto las helicasas y
CdC45, que permanecerá unido durante la elongación en
las horquillas de replicación (no se conoce su función en
esta fase).
La separación de las demás proteínas es necesaria para
que los orígenes queden libres y se pueda llevar a cabo la
replicación y la fase de elongación.
● Conexión entre iniciación y elongación.

A partir de cada uno de los orígenes se forman dos horquillas de

replicación debido a la desnaturalización del DNA. Para que sea posible
comenzar la elongación, son imprescindibles ciertas proteínas con
actividades enzimáticas características.

▪ Proteínas de unión a DNA de cadena sencilla; proteína de

replicación A (RPA): protegen la estructura en cadena de la
monohebra evitando la renaturalización prematura. (función similar a
SSB en bacterias).

▪ Helicasas: heterohexámeros de la familia MCM que se encargan de desnaturalizar el DNA para obtener la
hebra molde a partir de la cual se copiará el DNA. Llevan a cabo su mecanismo de catálisis gracias a la
hidrólisis del ATP y formando un anillo alrededor del DNA que actúa como abrazadera de una de las cadenas
de DNA, que se introduce en el centro de la estructura. Avanzan por delante de la maquinaria de replicación
(función similar a DNA-B en bacterias).

▪ Topoisomerasas: Se encargan de relajar el DNA eliminando los superenrollamientos positivos

fundamentalmente. Su actividad enzimática evita que se den dichas tensiones en el DNA que a veces impiden
el avance de la maquinaria de replicación.
En moléculas de DNA lineal cortas estas tensiones se eliminan por simple rotación. En el DNA de mayor
longitud los superenrrollamientos son abundantes y estas tensiones provocan un alto grado de compactación y
unión a otras proteínas, que necesitamos que sean eliminadas tanto las asociaciones como las tensiones
topológicas para que sea posible la replicación del DNA.
- Subtipo I B: genera cortes transitorios en una de las cadenas de la doble hélice de DNA, pero su mecanismo
de catálisis es diferente al de otras endonucleasas puesto que su actividad endonucleolítica genera un grupo
fosfato en 3’ y un hidroxilo en 5’ (cuando normalmente sucede al contrario). A través de este corte puede
girar libremente la cadena complementaria. Puede actuar tanto en superenrollamientos positivos como
negativos.
- Las eucariotas superiores poseen además dos conformaciones de la topoisomerasa II. Esta se une al DNa en
conformación abierta y adopta junto con este su conformación cerrada mediante la que lleva a cabo su
actividad catalítica. Posterioremente se vuelve a abrir permitiendo y facilitando la rotación de la cadena intacta
y la relajación del DNA.
· subtipo II : actúa sobre superenrrollamientos positivos y negativos.
· subtipo IIβ: genera corte transitorios en la doble hélice facilitando el paso de otros fragmentos de DNA.
- También, los eucariotas superiores contienen dos isoformas de la topoisomerasa III.

● Fase de elongación.

En la fase de elongación, a partir de dos horquillas que avanzan bidireccionalmente en cada replicón, se
sintetiza una cadena adelantada y otra retardada, de forma complementaria y antiparalela en sentido 5’-3’.

El primer complejo que interviene para la síntesis de las nuevas hebras de DNA es el formado por la
DNApol -primasa. Se encarga de sintetizar los cebadores tanto de las cadenas continuas como de los
fragmentos de Okazaki. Se trata de un complejo tetramérico integrado por:
·B: necesaria para el ensamblaje
· Pol : dominio de polimerización (subunidad más grande)
· Pri 2: estabiliza
· Pri 1: dominio catalítico para la síntesis de RNA.
La primasa sintetiza el cebador de naturaleza RNA (entre 6 y 10 nucleótidos, más reducido que en bacterias).
El extremo 5’ siempre aparece un residuo ATP (nucleótido trifosfato). La DNApol ya puede comenzar actuar
sintetizando en dirección 5’-3’ y elongando estos híbridos hasta que alcanzan un tamaño de aproximadamente
30 nucleótidos.
En este momento la DNApol es sustituida por una
enzima con mayor procesividad y con actividad
correctora de pruebas (mantenimiento de la integridad
del genoma). Para que esto sea posible es necesaria la
presencia de un factor de replicación C (RFC), que
reconoce los híbridos
uniéndose a ellos y
provocandoel
desplazamiento o
separación del
complejo DNApol -
primasa, y facilitando
la unión, primero de PCNA y después de la DNA-polδ.
La unión de PCNA (ag nuclear de células en proliferación) hace
posible que la DNApolδ trabaje con alta procesividad. Actúa en
forma de homotrímero que forma una estructura cerrada gracias a
la cual se une a la cadena molde formando una abrazadera,
quedando el DNA molde en el interior y estabilizando la posterior
unión de este a la polimerasa. PCNA, además de dominios de
unión con el DNA, posee dominios de unión con otras proteínas
que es por donde se establece la interacción con la DNApolδ. (ε
podría realizar las mismas funciones. No se conoce su mecanismo
pero su presencia es necesaria para la viabilidad del ciclo celular).
DNApolδ continuaría entonces con la síntesis de las cadenas
continuas y discontinuas.

El complejo ORG puede volver a unirse al DNA una vez que se han duplicado los orígenes de replicación y
permanecer unido a la molécula durante la fase S.
En cada una de las horquillas, las cadenas
discontinuas se sintetizan en sentido contrario al
movimiento de avance de la propia horquilla de
replicación y de la propia maquinaria de
replicación. Es necesaria la formación de bucles
en el espacio para que el sentido de la síntesis
sea el correcto y en un tiempo determinado, pues
el dímero formado por la polimerasa avanza al
mismo tiempo en las dos hebras (aunque hay un
breve retardo en la cadena rezagada).
Posteriormente estos bucles serán eliminados.

La helicasa avanza por delante de la maquinaria

del complejo de replicación y las proteínas RPA
evitan renaturalizaciones prematuras. Las
topoisomerasas, van por delante de la helicasa
eliminando superenrollamientos.
▪ Maduración de los fragmentos de Okazaki.

La maduración de los fragmentos de okazaki va teniendo lugar paulatinamente, y consiste en la eliminación de

los cebadores de RNA (híbridos) y formarse una cadena continua únicamente integrada por DNA.
1º. Eliminación de cebadores: no hay ninguna DNA polimerasa con actividad 5’-3’ por o que la eliminación de
cebadores se realiza mediante actividades enzimáticas externas a DNa polimerasas, que recaen en las RNA
nucleasas. El proceso se lleva a cabo mediante dos mecanismos:
- Intervención de la RNAasa HI con actividad exonucleasa 5’-3’ se
encarga de eliminar la mayor parte del cebador y coopera con
FENI que elimina el ribonucleótido final.
- Cooperación de la helicasa DNA2, que desnaturaliza el cebador
eliminando los puentes de hidrógeno entre el DNA molde y el
primer, con FENI que seguidamente elimina el cebador por
completo.
2º. Síntesis de DNA en los huecos donde se encontraban
cebadores. La función de rellenar dichos huecos queda a cargo de
la DNApolδ asociada a PCNA. Es fácil rellenar dichos huecos pues la polimerasa posee fragmentos (5’) donde
apoyarse para comenzar a sintetizar, ¡excepto en los extremos!
3º. Ligar los fragmentos de DNA nuevos con los
anteriormente sintetizados, en un proceso
llevado a cabo por la DNA ligasa, que cataliza la
condensación de un enlace fosfodiéster
dependiente de ATP (en bacterias no siempre
era así). La DNA ligasa I se trata de un
polipéptido con un dominio catalítico y un
dominio próximo en el extremo amino terminal
donde interacciona con PCNA que facilita su
unión al DNA.
● Fase de terminación.

• Finalización de la elongación por las DNA polimerasas

Las cadenas que se sintetizan en los diferentes replicones en un
momento de determinados se encontrarán con las horquillas
procedentes del origen de replicación contiguo, por lo que la
elongación finalizará cuando se encuentren las DNApolimerasas
con las cadenas ya sintetizadas del replicón adyacente. Será
necesario ligar las diferentes cadenas de los distintos replicones.

• Replicación de los extremos de los cromosomas

eucarióticos.
Cuando se eliminan los cebadores de los fragmentos de
Okazaki más próximos a los extremos, la DNa polimerasa
no tiene lugar donde apoyarse, es decir, necesita un
extremo 5’ previamente formado desde donde comenzar
la síntesis de DNA para rellenar los huecos. En los
extremos, sin embargo, no encontramos ese 5’ desde el
que comenzar.
Con esto se deduce que el genoma se va acortando y
perdiendo los nucleótidos de los extremos, por lo que no
se mantiene la integridad total del genoma. Se pierden
secuencias no codificantes (telómeros). Los telómeros son
secuencias repetitivas no codificantes (humanos:
(TTAGGG)n), hexaméricas y que hacen un total de varias
Kb en los telómeros. Los telómeros además tienen
diversas funciones, como la estabilidad del cromosoma.
Son sintetizados por la enzima telomerasa en las fases de desarrollo del organismo. Sólo está activa en las
células germinales, por lo que en general en las células somáticas adultas se encuentra desactivada.
La telomerasa es una ribonucleoproteína integrada por:
· componente RNA: denominado htR y constituido por 250 nucleótidos. Es
utilizado como molde para las secuencias teloméricas (aunque sólo se utilizan
11 nucleótidos).
· componente de naturaleza proteica, donde se encuentra la subunidad
catalítica con actividad transcriptasa reversa (DNApolimerasa dependiente de
RNA). En humanos es llamado hTERT y gracias a este se sintetizan las
secuencias teloméricas a partir de un molde de RNA, que es el de su propio
componente.
▪ Mecanismo de acción de la telomerasa:
La enzima se sitúa en los extremos de los cromosomas y
elonga paulatinamente ese extremo 3’ en el que se ha situado,
añadiendo nucleótidos y translocandose después al nuevo
extremo 3’ para realizar la misma acción. Los nucleótidos que
se añaden son los complementarios al componente RNA de la
telomerasa (gracias a su actividad transcriptasa reversa). Así se
obtienen sucesivas repeticiones de una secuencia hexamérica
en los extremos de los cromosomas lineales.
Posteriormente se sintetizan los fragmentos de DNA
complementarios a la secuencia telomérica realizada por la
telomerasa. Esto se hace gracias al complejo DNApol -primasa
que sintetiza un cebador RNA que será elongado por la DNApolδ
y sellado al extremo del fragmento de DNA anterioremente sintetizado. Después se procede a la eliminación
del cebador.
Se pierde por tanto un
fragmento del
extremo del
cromosoma, pero en
un telómero más largo
que el de partida. En
las células germinales
la telomerasa está
activa y los telómeros
se pueden reponer,
por lo que el
acortamiento no es
tan evidente como en
las células somáticas.
Estas regiones que quedan en forma de monohebra o cadena sencilla, tras la eliminación del cebador, adoptan
una estructura concreta en lazo para protegerse de los mecanismos de corrección de pruebas en la
reparación.
▪ Hipótesis del telómero:
En las sucesivas divisiones de las células se acortan los telómeros. En las células germinales la telomerasa
está activa por lo que este acortamiento no es tan acusado, pero en las células somáticas, la telomerasa se
encuentra inactiva y poco a poco se van perdiendo las secuencias no codificantes que integran los telómeros.
Llegaría un momento en el que los telómeros alcanzasen una longitud crítica pudiendo afectar a secuencias
codificantes. En ese momento se activan los
programas de senescencia celular para que no
se acumule una aberración genómica.
Existe una relación directa entre el
acortamiento del telómero y el envejecimiento
del organismo, con importantes implicaciones
clínicas.
Relación con cáncer: en el más del 80% de los
tumores se reactiva la telomerasa. En estas
células sería conveniente alcanzar dicha
longitud crítica para que sufrieran apoptosis
celular, pero no es así porque sus telómeros se
mantiene (acortamiento muy pequeño) debido
a la acción de la telomerasa. Esto les da una
ventaja proliferativa extra.
Reloj mitótico: según la longitud de las
secuencias las células quedan preparadas para
dividirse un número de veces.

Replicación de la cromatina.

Los nucleosomas se deben desensamblar según avanza el movimiento de la horquilla de replicación. Para que
las helicasas desnaturalicen el DNA que forma parte de los nucleosomas (primer nivel de empaquetamiento de
la cromatina) antes las histonas se deben haber separado del material genético.
≤ a 300pb es la región libre de histonas en cada horquilla de replicación, considerando la zonas por delante de
la horquilla que se debe replicar y la ya replicada.

Cuando el genoma se replica se necesita el doble de histonas (o proteínas que intervienen en el

empaquetamiento del DNA), para que una vez se hayan sintetizado las hebras hijas se vuelva a compactar el
material genético. Estas histonas se sintetizan durante el comienzo de la fase S, de modo que cuando
transcurra la replicación, las células posean suficientes histonas para el nuevo genoma.
- factores que ayudan al ensamblaje de las histonas y la cromatina:
CAF-1 (de la cromatina 1) interviene en el ensamblaje de histonas de nueva síntesis.

El octámero de histonas que constituye el nucleo proteico de los nucleosomas, puede estar constituido por
histonas de nueva o de antigua síntesis, pero no ambas mezcladas en un mismo octámero. Se cree que los
octámeros de cada nucleosoma están integrados por histonas antiguas (parentales) o de nueva síntesis en su
totalidad. Así, Los
tetrámeros H3-H4 y
los dímeros H2A y
H2B están formados
todos por histonas
nuevas o todos por
histonas viejas. En el
genoma resultante,
sin embargo, si
puede haber
diversidad de
nucleosomas,
algunos con histonas
de nueva síntesis y
otros con histonas de
antigua síntesis, pero
nunca mezclados.
 Replicación del genoma mitocondrial.

El genoma mitocondrial es una molécula menos compleja que el genoma

nuclear, pero se replica a través de un mecanismo diferente y no tiene
relación con las etapas del ciclo celular, sino que es un proceso
independiente.
En ambos casos se trata de un proceso semiconservativo.

En la mitocondria la síntesis de las nuevas cadenas

no es simultánea, sino que hay un desfase temporal
y el mecanismo no es bidireccional. Existen dos
orígenes de replicación que no se activan al mismo
tiempo y a partir de cada uno de ellos, de forma
unidireccional, surge una horquilla de replicación en
la que se lleva a cabo la copia de la cadena de DNA
molde de forma continua gracias a la DNApolγ, que
posee alta procesividad y actividad correctora de
pruebas y está localizada en la mitocondria
(ausencia de hebra discontinua, ya que no es un
proceso bidireccional).

Existe una región en el DNA mitocondrial donde se localizan la mayor parte de secuencias que intervienen en
la regulación de la expresión génica, conocida como bucle o lazo D. Ahí se localiza el origen de replicación de
la hebra pesada (H, con mayor contenido en purinas)(primera que se activa). La síntesis se realiza de forma
continua utilizando como molde la hebra ligera parental. Cuando están sintetizadas las dos terceras partes de
esta, queda al descubierto el origen de replicación de la hebra ligera (L) mediante un mecanismo de
desnaturalización catalizado por una helicasa.
Entonces comienza la síntesis unidireccional y continua de la hebra L de forma contraria a la hebra H, y
utilizando como molde la hebra H preexistente.
TEMA 16. MECANISMOS DE REPARACIÓN DEL DNA EUCARIÓTICO.

Como consecuencia del metabolismo activo se generan muchos radicales libres que afectan y perjudican al
DNA, provocando daños en las bases nitrogenadas. Para ello existe un mecanismo preventivo, el de a
superóxido dismutasa que elimina los agentes generados endógenamente.

Daños en el DNA.

- Adición de radicales (voluminosos o no) que modifican bases nitrogenadas alterando la estructura del DNA.
- Errores en la replicación que son solventados por el sistema MMR.
- Dímero de timina formados por la luz UV.
- procesos de desaminación oxidativa de citosinas que dan lugar a uracilo, base anómala en el DNA.
- Roturas de la doble hélice: importantísimo en el DNA eucariótico.

Sistema de reparación MMR.

· Solventa errores que se comenten durante la replicación.

· Reconoce alteraciones provocadas por apareamientos incorrectos que son reparadas por la actividad
correctora de pruebas de la DNA polimerasa en un 99,9% (aún así existen
otrsos sistemas, redundancia)
· Reconoce alteraciones provocadas por deslizamiento de cadenas en zonas
del genoma donde hay secuencias repetidas. Durante los mecanismos de
renaturalización pueden ser frecuentes estas anomalías, formándose
pequeños bucles de DNA que quedan en forma de monohebra. Se trata de
errores más importantes debido a la abundancia de secuencias repetidas.

Mecanismo de reparación:
1º reconocimiento de la lesión
2º eliminación de la zona dañada
3º síntesis reparadoras

- Msh 6 y Msh 2, que reconocen y se unen a la alteración. Proteínas

análogas a Mut y facilitan la acción de MlH1.
- MlH1 es una endonucleasa que hidrolixa un enlace fosfodiester y con
ayuda de una helicasa y una exonucleasa elimina la zona dañada.
- DNApolδ y una DNA ligasa se encargan de rellenar y sellar el hueco donde
se ha eliminado la alteración.

No se sabe como el sistema reconoce la hebra de nueva síntesis para ejercer su mecanismo reparador sobre
esta y la diferencia de la hebra parental.

Este sistema de reparación posee importancia en clínica, pues está relacionado con la vía del fenotipo mutante
(cáncer de cólon). Si alguno de los miembros del sistema MMR posee mutaciones y no actúa, se acumulan los
errores en sucesivas rondas de replicación, generando un fenotipo mutador por cúmulo de errores y como
consecuencia del incorrecto funcionamiento del sistema MMR.
En algún momento dichas mutaciones pueden afectar a las moléculas que controlan la proliferación celular,
desarrollándose tumores. La vía tumorigénica del fenotipo mutador es la causa de entre el 12-15% de los
tumores.
Mediante el análisis de secuencias microsatélite se puede determinar el correcto funcionamiento del sistema
MMR, pues estas zonas son las más afectadas por errores en la replicación.

Mecanismos de reparación por escisión (NER y BER).

Actúan para solenventar alteraciones de la estructura en el DNA, como las ocasionadas por dímeros de timina,
modificación de bases, oxidación, radicales…
- El sistema de reparación NER se basa en escisión de nucleótidos el sistema de reparación NER (alteración
más evidente).
- El sistema de reparación BER se basa en reparación mediante escisión de bases: (alteración menos
voluminosa).

Mecanismo de reparación:
1º reconocimiento de la lesión
2º eliminación de la zona dañada
3º síntesis reparadoras
■ NER.

Hace frente a dímeros de timina o daños en el DNA que pueden ser causados por efectos externos (daños del
tabaco, luz UV, agentes mutagénicos…).

El complejo de la escinucleasa, formado por todas las proteínas y factores que participan en el sistema NER
reconociendo la lesión o que poseen actividad endonucleasa.
El factor de transcripción de la RNApol II de eucariotas, denominado TFIIH ayuda a la RNA polimerasa a llevar
a cabo el mecanismo de transcripción, cataliza la síntesis de mRNA en eucariotas y además, se trata de un
factor basal con varias subunidades y con dos actividades:
· quinasa (importante en la transcripción)
· helicasa: fundamental en el mecanismo de reparación llevado a cabo por el sistema NER. Conecta la
transcripción y la reparación, ya que se reparan los errores del DNA cuando este está siendo replicado y
asegura su reparación antes de la transcripción.

Los componentes del sistema escinucleasa se denominan con la XP (ya que se

descubrieron en pacientes afectados por Xeronderma Piguertosum
enfermados de cánceres de piel debido a los dímeros de timina formados por
la luz UV).

1º. Reconocimiento y unión de proteínas a la zona de DNa dañada (XP-C).

2º. Desnaturalización de la zona marca mediante helicasas,
fundamentalmente por el factor TFIIH.
3º. Protección por la proteína de replicación A de los fragmentos en
monohebra (función similar a SSB bacterias).
4º. Escisión de la zona dañada por endonucleasas (desde el punto donde se
loxaliza la lesión s corta un fragmento de entre 28-29 nucleótidos):
· XPF: corta en el extremo 3’ dañado (-22)
· XPG corta en el extremo 5’ dañado (+7).
5º Síntesis reparadora y sellado del nuevo fragmento sintetizado.

■ BER.

Hace frente a alteraciones que afectan a una base del DNA. Se trata de alteraciones menos voluminosas que
las anteriores como por ejemplo desaminaciones oxidativas de citosinas, presencia de uracilos, y sitios AP
(abásicos).

Se puede eliminar un solo nucleótido o una zona más amplia.

- El sistema de reparación se lleva a cabo con la presencia de DNA
glicosilasas, enzimas encargadas de escindir un enlace glucosídico (como
la uracil-DNA-glicosilasa) y de eliminar la base nitrogenada defectuosa.
- De este modo se crea un sitio abásico (AP).
- El sistema de endonucleasas AP hidrolizan el nucleótido que no posee
base nitrogenada mediante un enlace fosfodiester (además estas forman
parte de la DNApolβ con actividad desoxirribofosfodieterasa, capáz de
cortar y eliminar el residuo desoxirribosa-fosfato que queda en el sitio AP
tras la acción inicial de la glucosilasa específica).
- La propia enzima puede llevar a cabo el relleno del hueco, sellado a
cargo de la ligasa. Si hay que rellenar un hueco mayor entonces se
recurre a una DNApol de mayor procesividad.
Reparación directa.

• Sistema de la fotoliasa (visto en bacterias): cataliza la reparación de los dímeros de timina y es activado
por luz UV. Presente en reptiles, levaduras y mamíferos marsupiales. En humanos, este tipo de lesiones son
reparadas por el sistema NER, ya que no posee la enzima fotoliasa.

• Sistema de las alquiltransferasas: sistema enzimático que repara de forma directa restos alquilos que
modifican las bases nitrogenadas. La enzima con mayor importancia en humanos perteneciente a este
mecanismo de reparación, es la metil-guanina-alquiltransferasa, que se encarga de eliminar los restos alquilo.
A través de una reacción de transferencia de restos alquilo, éste va al centro activo de la enzima unido en una
Cys (modificación irreversible). La enzima se inactiva tras ejercer la catálisis, por lo que la solución es
sintetizar más unidades de esta enzima.
Constituyen además dianas terapéuticas antitumorales: se pretende inactivar esta enzima para que las
modificaciones que produce la quimioterapia se mantengan en las células tumorales y se eliminen.

Mecanismos de reparación por recombinación.

Actúan cuando existen modificaciones o alteraciones grandes en el DNA, como roturas en la doble hélice.

▪ Por recombinación homóloga.

▪ Por unión de extremos no homólogos.

Se diferencian en que el primer mecanismo actúa en conexión con el ciclo celular y se trata de un mecanismo
postreplicativo pues requiere la presencia de la cromátida hermana (tras la fase S). Además es un mecanismo
libre de errores.
Sin embargo, el mecanismo de reparación por unión de extremos no homólogos no va unido al ciclo celular y
la reparación de la doble hélice no es libre de errores.

● Por recombinación homóloga.

Mecanismo llevado a cabo por proteínas que catalizan un procesamiento
nucleolítico desde los extremos dañados, como BCRA1 y BCRA2
(relacionadas con la susceptibilidad al cáncer de mama).
Estas se encargan de reconocer la lesión y tras la localización de estas, se
lleva a cabo el procesamiento nucleolítico. Se sintetizan unos fragmentos
monohebra protegidos por proteínas en el extremo 3’, que además son
las encargadas de buscar en la cromátida hermana una secuencia
homóloga a la que falta. Cuando la encuentran, el filamento se elonga
gracias a la presencia de la hebra complementaria en la cromátida
hermana, obteniendo una de las hebras que faltaba en la cromátida
defectuosa. Una vez que el filamento elongado finaliza su proceso, se
utiliza como molde para sintetizar la hebra complementaria de su

cromátida.

● Por unión de extremos no homólogos.

Mecanismo en el que interviene un grupo de proteínas que identifican la
lesión y procesan los extremos. Este procesamiento va encaminado a
igualar los extremos de ambos fragmentos y eliminar la zona en
monohebra.
La unión de los fragmentos corre a cargo de las ligasas.
Este sistema elimina nucleótidos pero no es capaz de añadir bases, por lo
que comete errores y se pone en riesgo el mantenimiento de la integridad
del genoma.
TEMA 17. TRANSCRIPCIÓN DE LOS GENES EUCARIÓTICOS.

Existen 4 RNA polimerasas que catalizan el proceso de transcripción de DNA a RNA, y existe mayor
complejidad en la fase de iniciación que en bacterias.

RNAs eucarióticos.

Se sintetizan tránscritos primarios de mayor tamaño que la molécula activa, que deben ser procesados y
madurados en el núcleo para salir al citoplasma.

▪ El mRNA es monocistrónico, por lo que contiene la información para la síntesis de un único polipéptido.
▪ Los rRNAs se sintetizan a partir de un mismo transcrito primario 45S del que derivan los distintos rRNA que
constituyen los ribosomas. La subunidad grande 60S está formada por el rRNA 28S, 5.8S y 5S unidos a
proteínas, mientras que la subunidad ribosómica pequeña (40S) está integrada por un único rRNA 18S unido a
proteínas.
▪ tRNAs
▪ sRNA: se trata de pequeños fragmentos de RNA con funciones importantes en el núcleo (intervienen en el
procesamiento, capacidad de catálisis y eliminación de intrones) y en el citosol (donde participan en la
localización y envío de proteínas a su lugar definitivo).

RNA polierasas en eucariotas.

Existen 3 RNA polimerasas nucleares (I, II y III) y una RNA polimersa mitocondrial.
- RNApol I: encargada de realizar la síntesis del precursor 45S de los rRNA. Contiene la secuencia de 28, 28,
5.8 y 5 S.
- RNApol II: es la que se encuentra sometida a mayor regulación, pues se encarga de la síntesis del pre mRNA
y gracias a su actividad se sintetizan también los sRNA.
- RNA pol III: sintetiza los precursores de tRNA y sRNA

Secuencias que regulan el inicio de la transcripción.

En eucariotas existen un mayor números de tipos de secuencias y la iniciación de la transcripción es más

compleja.
Los promotores, son las secuencias reconocidas por las RNApolimerasas y factores de transcripción, que se
sitúan en la región – por delante del origen. Existen además secuencias basales más cercanas al punto de
origen y algunas incluso se encuentran en la zona codificante, positiva o detrás del origen.
Las secuencias próximas al promotor actúan como punto de unión de activadores y normalmente están
localizados a -200 nucleótidos por delante del punto de inicio (la mayoría sirven de punto de unión a
activadores, aunque también pueden unirse represores).
Las secuencias distales, específicas o de elementos de respuestas son importantes en los genes inducibles y
se sitúan a miles de pares de bases por delante y detrás del punto de inicio. Éstas determinan que se
expresen de forma diferencial unos genes en unas células u otras, por lo que son fundamentales para la
diferenciación y proliferación celular celular (solo presentes para la RNApolII).

En el caso de la RNApol II se incluyen las secuencias príximas al promotor que actúan como punto de unión de
activadores de la transcripción, en el mismo promotor.
El reconocimiento de las secuencias distales asegura el nivel de expresión de los genes inducibles que
determina la proliferación celular.

Factores de transcripción (TF).

Todas estas secuencias constituyen sitios de unión de los TF.

• Promotor basal: sitio de unión de los TF basales o generales, que reconocen el promotor y facilitan que la
RNApol se una al DNA y localice el punto de inicio de la transcripción. Dan lugar al aparato central basal de
transcripción. Cada RNApol tiene un conjunto de factores de transcripción basales con los que interacciona,
que son los mismos en cada una de las diferentes reacciones que lleva a cabo (no varían en relación con los
genes que expresan).
• Las secuencias próximas al promotor sirven de unión a los factores de transcripción girales, que actúan
como activadores (cuidado cuando estén incluidos en el promotor).
• Los factores específicos o distales se unen a dichas secuencias, y son propios de cada gen. Tienen capacidad
para actuar como activadores o represores de la transcripción. Solo se habla de ellos en relación con el
mecanismo catalizado por la RNApol II. Muchos de los factores específicos son de naturaleza hormonal.

Para que comience la transcripción deben establecerse uniones entre los distintos tipos de factores mediante
bucles del genoma. Las interacciones pueden darse entre los FT y las secuencias del DNA y entre dos factores
de transcripción (directamente o indirectamente mediante otras moléculas proteicas).
A través de dominios estructurales concretos se llevan a cabo estos diferentes tipos de interacciones.
 ▪ Interacción entre el surco mayor del DNA y el dominio de unión del TF.
Esta interacción es posible gracias a motivos estructurales que presentan las
moléculas proteicas factores de transcripción.
· hélice-giro-hélice: integrado por dos -hélices separadas por un giro β. La
proteína interacciona con el DNA gracias a la participación de una de las hélices
en dicha unión (hélice de reconocimiento). La otra hélice es la denominada
hélice de estabilización.
· Dedos de zinc: motivo estructural más común en eucariotas constituido de 9
series repetidas de una secuencia de 30aa, donde en cada serie encontramos 2
residuos Cys e histidina unidos a un átomo de Zinc.

▪ Interacción proteínas-proteínas (FT-FT).

Se lleva a cabo mediante dos motivos estructurales, uno de cada factor.
· Cremalleras de leucina: se forman en el caso de moléculas que actúan como
dímeros o en factores de transcripción de diferente naturaleza
(heterodímeros). Se basan en la existencia de una hélice donde abundan
aminoácidos hidrofóbicos Leu en la cara interna (1Leu/7aa). En la otra proteína
también existe esta estructura: la interacción entre las leucinas da lugar a la
unión de los factores. Estos, interactúan con el DNA mediante cargas positivas.
· hélice-lazo-hélice: no existe dicha abundancia de leucinas. Las dos proteínas
forman un ovillo enrollado por interacción de sus aa.

Mecanismo catalizado por la RNApol II.

Para que se puedan unir los factores basales al promotor deberán separarse las histonas del DNA, dejando
accesibles las secuencias reguladoras, de modo que puedan actuar los factores de transcripción y la RNApolII.
Por lo tanto, para que se pueda formar el complejo de inicio es necesario que se desensamblen los
nucleosomas.
Esto ocurre en una fase previa, mediante reacciones de modificación de histonas que suponen una regulación
a nivel pre-transcripcional.
- acetilación: pérdidas de cargas positivas, lo que hace que estas proteínas no interacciones con las cargas
negativas del DNA. Activa la transcripción.
- metilación: inhibe la transcripción.
- Fosforilación.
Una vez que se separan las histonas, es posible acceder a las secuencias reguladoras del DNA.

- Promotor mínimo, central o basal: secuencias próximas al punto de inicio de transcripción, en su mayoría
por delante de este (región -). (En la RNApol II aproximadamente en el nucleótido -40).
- Secuencias reguladoras próximas al promotor (-200)
- Secuencias reguladoras distales o específicas (por delante o detrás del promotor a miles de pb de éste).

Las secuencias que aparecen en el promotor central en distintos genes transcritos para estas enzimas son
las siguientes (aunque no siempre aparecen todas, lo normal es que aparezcan dos o tres de las a
continuación citadas):
▪ Caja TATA: (-25 , -30) Por delante del punto de transcripción y con abundancia en su secuencia de residuos
derivados de adenina y timina. Aparece con mucha frecuencia y es el punto de unión de TBP que forma parte
del aparato basal de transcripción de las 3 enzimas RNApol.
▪ Elemento iniciador (Inr): se trata de una secuencia consenso o conservada para los distintos genes
transcritos por la RNApol II. Contiene en su secuencia el punto de inicio de transcripción, y está formada por
menos de 10 nucleótidos. Los genes que son transcritos con ayuda del elemento iniciador, normalmente
presentan la característica de la existencia de otros puntos de inicio alternativos.
▪ Elemento regulador B (-40), constituye el punto de
unión del factor de transcripción II B de la RNApol II
(TFIIB)., que siempre participa en la transcripción
mediada por esta enzima. Pero el elemento regulador no
siempre está contenido en la secuencia del promotor.
Posee abundancia de residuos dexosiguanilato o islas CpG.
▪ Elemento down-stream ( DPE corriente abajo).
Situado por detrás del punto de inicio en la zona que se
transcribe, se localizo como unión del TFIID (no es lo
común en una secuencia promotora que esté en la región
+).

Existe homología con procariotas a nivel de la caja TATA

(elemento -35 en bacterias).
Para formar el complejo de inicio (RNApolII) son necesarios los TF basales unidos a las secuencias del
promotor central correspondientes y la RNApolII. Esto constituye el mecanismo o aparato basal de
transcripción, que permite la actividad enzimática de la RNApol a un bajo nivel, que no es suficiente en el
caso de los genes inducibles aunque podría serlo en cuanto a los genes consecutivos (tasa de transcripción
basal).

Para la formación final del complejo de inicio y la eficacia total de la RNApol II se necesitan los TF generales
unidos a las secuencias próximas al protomor y los TF específicos (la mayoría activadores) unidos a les
secuencias distales. Esto genera una aproximación en el espacio de los diferentes TF y su interacción.

■ Inicio de transcripción en RNApolII.

Las histonas han sido previamente separadas, por lo que los factores basales pueden interaccionar tanto con
el DNA como con otros factores basales. Aquellos que están asociados a la enzima (RNApolII) facilitan su
acceso tras interaccionar con el DNA.
· TFIID: entidad multiproteica que reconoce el promotor mínimo. Se trata de una agrupación de proteínas,
entre las que destacan TBP o proteína de unión a la caja tata, y factores asociados a esta.
· TFIIA
· TFIIB
· TFIIF: integrado por dos subunidades en las que una de ellas interacciona directamente con la enzima.
Determina la asociación de RNApolII.

Se continúan uniendo factores de transcripción para formar el aparato basal completo,

como E, J y H.
Todos estos factores de transcripción de unen al promotor basal.

· El factor H es importante para que la enzima pueda escapar de la fase de elongación

en la replicación. Es un integrante del complejo escinucleasa, conecta la reparación y
la transcripción, y posee actividad helicasa (NER). También tiene actividad quinasa,
por lo que es capaz de fosforilar una de la subunidades de la RNApolII (la de mayor
tamaño, el dominio carboxiterminal o CTD). Cuando esto ocurre la enzima puede
separarse del promotor y está preparada para comenzar la elongación.

Estos factores basales se unen al promotor, pero no son específicos para cada gen,
sino para todas las reacciones que cataliza una RNApol croncreta (en este caso
RNApolII)
Los factores específicos sin embargo se unen a las secuencias distales y son
específicas de cada gen (aunque solo hablamos de ellos en relación con la RNApol II).
TBP es un factor común a las diferentes RNApol eucariotas.

La RNApol II requiere de otros factores para que se forme el

complejo de preiniciación. No sólo son necesarios los factores
basales (que han formando el aparato basal de transcripción), son
también factores específicos y generales, que interaccionen con el
DNA y entre ellos, produciéndose una aproximación en el espacio.

El complejo mediador es un conjunto de moléculas que facilita la

interaccion de los distintos factores de transcripción (basal, general
y distal). Se trata de intermediarios coactivadores (que regulan la
transcripción normalmente facilitándola) de la transcripción.
A través de él se han descubierto modificaciones de la cromatina,
de moléculas que intervienen en la separación de las histonas y
que hacen variar el grado de condensación de la cromatina.

Cuando TFIIH ejerce su acción quinasa sobre la subunidad grande de la enzima, CTD queda fosforilado y se
puede decir que se ha formado el complejo de inicio.
La subunidad grande de la RNApolII comienza la elongación. En eucariotas se han identificado TF exclusivos
de la elongación que aseguran que la RNApol II se mantiene fosforilada durante todo el proceso de
elongación, ya que cuando no es así, la transcripción se aborta. Las primeras fases son de síntesis de
moléculas de RNA corto que se abortan.

Mecanismo catalizado por la RNApol I.

Al comienzo de la fase de inicio de la transcripción, la RNApolI sintetiza los precursores de rRNA (45S) que
contienen los rRNA 28S, 18S y 5.8S.
La secuencia que codifica para este precursor es una secuencia que se encuentra repetida en tándem. La
enzima está sometida a un sistema de regulación mucho menor que para la RNApolII. Se trata de un
mecanismo mas sencillo donde el complejo de inicio o la
formación del aparato basal son equivalentes.
El promotor está constituido por dos elementos que se encuentran
delante del punto de inicio de la transcripción. El elemento núcleo
además contiene el punto de inicio y un elemento up-stream.
Los factores de transcripción basal incluyen un complejo
multiproteico, donde se encuentran factores de transcripción
corriente arriba y proteínas que interaccionan con las histonas
facilitando el desensamblamiento de los nucleosomas a este nivel.
Otro factor de transcripción multiproteico incluye a TPB (aunque
este promotor no tiene caja TATA) que reconoce al elemento
núcleo y facilita la unión de RNApolI. Se forma el complejo de
inicio.

Mecanismo catalizado por la RNApol III.

Cataliza la síntesis de los sRNA, rRNA 5S y pre-tRNAs.

El promotor utilizado en cada caso es diferente, aunque todas las secuencias promotoras están situadas por
detrás del punto de inicio de la transcripción (región + o zona del DNA que se transcribe).
- Para los pre-tRNAs se utiliza un promotor con 2 secuencias A y B que
son reconocidas antes de que se una la RNApolIII. Estas secuencias
interaccionan con el TFIIIB que se une al punto de inicio.
- Para los RNA 5S se utiliza una secuencia consenso C y un factor de
transcripción más, el TFIIIA, que se une directamente a la secuencia
dicha. Los otros factores actúan de la misma forma que para los tRNAs.

Terminación de la transcripción.

La RNA pol II termina la transcripción no en un punto fijo, sino en una amplia región de DNA, siempre
después de que se haya sintetizado la secuencia hexamérica, que se trata de una secuencia señal de
poliadenilación y corte.
Se ha identificado una proteína de terminación similar a la proteína rho en procariotas. Interacciona con el
tránscrito primario y media la terminación.

En RNApolI se ha descubierto una proteína de pausa que se una al DNA, impidiendo que avance la burbuja de
transcripción. Identificadas secuencias repetidas de dA que se transcriben como dU y dan lugar a secuencias
híbridas.

Transcripción del genoma mitocondrial.

- presencia de secuencias que codifican para mensajeros.

- la mayor parte de proteínas que intervienen han sido sintetizadas a partir del genoma nuclear.
Para que ocurra la transcripción se necesita la enzima que regula el proceso, RNApol mitocondrial, junto con
algunos factores de transcripción mitocondrial.

Existen dos promotores en la hebra pesada y un

promotor en la hebra ligera. Cuando la
transcripción se lleva a cabo, a partir del primer
promotor de la hebra pesada (h!) se sintetiza un
tráncrito primario de tamaño pequeño que contiene
rRNA y tRNA.
Si es a paritr del segundo promotor, se obtiene un
tránscrito de mayor tamaño que contiene tRNA,
mRNa y rRNA.
Si se utiliza el promotor de la cadena ligera se
origina un tránscrito primario de tamaño grande y
correspondiente a la copia de la hebra ligera.
Contiene mRNAs y tRNAs.
TEMA 18. PROCESAMIENTO Y MADURACIÓN DE LOS RNAs EUCARIÓTICOS.

En los tránscritos primarios la información codificante no está

reunida, sino que queda interrumpida por los intrones, secuencias
no codificantes intergénicas, que se encontraban en el DNA.
Durante la maduración de los RNA, estos intrones han de ser
eliminados para reunir todos los bloques activos de información.

Los mecanismos de maduración de RNAs en eucariotas ocurren en

el interior del núcleo, en concreto en el nucléolo, de modo que salen
al citosol ya completamente maduros. Si fallan los mecanismos de
maduración y no se consigue procesar el tránscrito, este se
degradará dentro del núcleo, y no saldrá al citosol.

Los tránscritos primarios se unen en el núcleo a proteínas formando

complejos ribonucleoproteicos que forman parte del grupo de
hnRNAs. Estas proteínas evitan la formación de estructuras
secundarias, y en ellas hay factores que intervienen en las
reacciones de maduración. Además, facilitan la salida de los RNAs
ya maduros al citosol.

Procesamiento de los precursores de RNAs ribosómicos.

Tras el proceso de trasncripción obtenemos un pre-rRNA

45S cuyas subunidades de transcripción están repetidas en
tándem, de modo que aumenta la eficiencia de la síntesis
de rRNAs.
En cada unidad de transcripción (45S) encontramos las
secuencias: 18S, 5.8S y 28S pero con intrones entre ellas.
Es necesario el procesamiento del tránscrito primario
mediante reacciones endonucleolíticas por las que se
eliminen las secuencias no codificantes del precursor para
obtener tan sólo las secuecias de rRNA que integran los
ribosomas.
En el nucléolo, el precursor 45S se asocia con proteínas
dando lugar a un complejo ribonucleoproteico 80S, cuyo
procesamiento origina dos moléculas, una 32S y otra 20S.
La primera molécula da lugar a las secuencias 5.8S y 28S
del rRNA maduro, ambas con complementariedad y unidas
por puentes de hidrógeno; estas, asociadas a proteínas y a
5S integran la subunidad ribosómica grande. La molécula
20S dará lugar a la secuencia 18S que integra la subunidad
ribosómica pequeña.

Procesamiento de los precursores de RNAs

trasferencia.

● Modificaciones posttranscripcionales.
- Eliminación de un único intrón situado en una
zona próxima a lo que va a ser el brazo del
anticódon en la estructura madura. Se produce una
reestructuración y se forma el anticódon.
- Eliminación de una secuencia no codificante en el
extremo 5’
- Adición del triplete en el extremo 3’, en una
reacción catalizada por la nucleotidil transferasa.
Los 3 ribonucleótidos son adicionados al mismo
tiempo.
- Modificaciones que afectan a bases: metilación,
deshidrogenacion… Pueden aparecer bases
anómalas o raras.
Procesamiento de los precursores de RNAs mensajeros

1ª modificación de pre-mRNA.
Afecta al extremo 5’ de la molécula. Se trata de la adición del “CAP” en dicho
extremo del tránscrito primario. CAP posee dos funciones:
· Facilita o determina el direccionamiento en la salida de las moléculas
maduras del núcleo al citosol (del 5’ al 3’).
· Traducción: forma parte del complejo de inicio de la fase de traducción.

La adición de la estructura CAP requiere el siguiente proceso:

CAP es un residuo de 7-metil-guanilato unido al primero de los nucleótidos
adicionados por la RNApolII a través de un enlace trifosfato 5’-5’ (enlace
poco común).
P-P-P-N1------premRNA
P-P-N1------premRNA Actuacion de una fosfohidrolasa para eliminar
uno de los grupos fosfato
G-P-P-P-N1------premRNA La guanilil transferasa cataliza una reacción de
transferencia de GTP al extremo 5’.
Así se obtiene un puente trifosfato en el compuesto resultante. Las
reacciones de metilación que ocurren sobre los diferentes grupos del extremo
5’ del mensajero hacen que se forme la estructura CAP. Es fundamental la
metilación en la posición 7 del guanilato añadido por la guanilil transferasa.
También se pueden metilar los nucleótidos 1 y 2 (la metilación afecta al
hidroxilo en 2’ de la ribosa).

2ª modificación: eliminación de los intrones conforme aparecen en

el tránscrito primario. Splicing.

3ª modificación: adición de la cola de poliAs al extremo 3’. Se

unen a dicho extremo hasta 250 residuos adenilato, formando una
cola de poliAs.
· Su función es preservar las secuencias codificantes de mecanismo
degradaticos (ya que las RNAasas actuarían primero sobre esta cola
y después sobre el propio mRNA).
· Participar en la formación del complejo de inicio de la traducción.

La adición de la cola de poliAs es una modificación que afecta a la

práctica totalidad de os mRNA. Existe una secuencia señal de
poliadenilación y corte, la secuencia integrada por los nucleótidos
AAUAAA. Ésta es reconocida por un conjunto de factores
estimulantes de la poliadenilación (CPSF) y corte (CStF, CFI, CFII),
que facilitan que tengan lugar las siguientes reacciones.
▪ Indican la finalización de la trascripción por RNApolII que ocurre en
una amplia región.
▪ A continuación actúa la poliA polimerasa (PAP), uniéndose a la
secuencia donde añadirá los adenilatos. Una vez unida ésta enzima,
intervienen los factores de corte que catalizan una reacción
endonucleolítica que tiene lugar 30 nucleótidos después de la
síntesis de la molécula señal de poliadenilación. El trnascrito
primario quedará entonces dividido en 2, donde la segunda
secuencia puede tener un tamaño variable.
▪ Adición de adenilatos al extremo 3’ por la poliA polimerasa después
del corte. Se trata de una poliadenilación lenta, de
aproximadamente unos 12 A. Una vez se sintetiza la pequeña cola
de poliA, la secuencia es reconocida por la proteína de unión a
poliAs (PABPII), que se une a ésta. Entonces la poliApol adicionará
el resto de adenilatos (entre 100 y 250) en una fase más rápida.

A partir de un mismo tránscrito primario se pueden obtener diferentes mRNAs maduros, es decir, que a partir
de un mismo gen se puede obtener distintos productos.
2ª modificación: eliminación de los intrones y empalme de exones. Proceso de “splicing”.
Afectan a todos los tránscritos primarios eucarióticos. Los intrones están clasificados en:
▪ Intrones nucleares: aparecen en los tránscritos primarios sintetizados en el nucleo, excepto en los pre-
tRNAs.
▪ Intrones de grupo I: aparecen en los pre-rRNA sintetizados en la mitocondria y en cloroplastos.
▪ Intrones de grupo II: aparecen en los pre-mRNA sintetizados en la mitocondria y en cloroplastos.
Comparten características comunes los mecanismos de eliminación de dichos intrones:
· Secuencias consenso
· Dos reacciones de transesterificacion en las que participan las secuencias consenso
· Eliminacion catalizada por moléculas de sRNA (RNAs catalíticos).
▪ Intrones de pre-tRNAs: contienen un intrón de tamaño variable que puede llegar a tener hasta 46
nucleótidos, localizado muy próximo a la secuencia del anticódon (situado en un lateral en el pre-tRNA).
Cuando se elimina el intrón se forma la molécula tRNA madura (con el anticódon abajo). Estos no comparten
las características anteriores con los intrones nucleares y del
grupo I y II.

▪ Splicing de intrones nucleares.

Las secuencias consenso que intervienen en la reacción de
transesterificación, se encuentran en los extremos del intrón.
Además, aproximadamente 30 nucleótidos desde el extremo 3’
se encuentra la secuencia del punto de ramificación, de unos 7
nucleótidos, donde destaca la presencia de un adenilato (A)
que interviene en las primeras reacciones de
transesterificación, para el empalme de los exones.
- La primera reacción de transesterificación se basa en una
ataque nucleofílico al extremo 5’ del intrón donde está la otra
secuencia consenso, por parte del OH en 2’ del adenilato del
punto de ramificación. Como resultado se libera el primer exón
o el exón upstream y se forma un enlace fosfodiester entre el
nucleótido en el extremo 5’ del intrón y el adenilato.
- Se produce un segundo ataque nucleofílico por parte del OH en
3’ del exón liberado en la secuencia consenso 3’ del intrón, que se
encuentra organizado en una estructura en lazo.
Así se elimina el intrón y quedan unidos los dos exones.
La moléculas que catalizan el splicing de los intrones nucleares son pequeñas partículas ribonucleoproteicas
(sRNA) de unos 100 nucleótidos que actúan en el núcleo y pertenecen a la serie U.
Todos estos sRNA facilitan la formación de un centro catalítico ya que establecen enlaces con las secuencias
consenso y existe además una complementariedad parcial entre ellas. Pueden formar estructuras secundarias
con el intrón e interaccionar entre ellas mismas, lo que facilita que las secuencias participantes en la reacción
de transesterificación queden cerca en el espacio.
Intervienen cinco moléculas:
U1 posee complementariedad con la secuencia consenso del extremo 5’ del
intrón.
U2 tiene complementariedad con la secuencia consenso del sitio de ramificación
y forma parte del centro catalítico. Son las primeras en unirse junto con U1
U4 U5 U6 se unen de forma simultánea y formando un trímero tras la
participación de las anteriores. U4 y U6 son fundamentales para el desarrollo del
proceso catalítico, ya que si se encuentran unidos la reacción no tiene lugar pero
si se produce una reestructuración de las moléculas y estas se separan, U 4
permite la actuación de U6, el verdadero responsable de la catálisis.
La estructura formada por el intrón + sRNA de la familia U, que es posible
gracias a la complementariedad existente entre ambas, se denomina
Spliceosoma que facilita la aproximación de las regiones en el espacio.
La reestructuración conlleva la separación de dichas moléculas creándose el
verdadero centro catalítico: U1 y U4 se separan permitiendo una aproximación
mayor en el espacio de los puntos del intrón participantes en la transesterificación.
El resultado final serían los dos exones unidos (bloque codificante activo) y el
intrón con la estructura en lazo que será degradado por las endonucleasas. Esta
eliminación de intrones tiene lugar a la vez que la síntesis del precursor.
▪ Splicing de intrones del grupo I y II.
Se eliminan en un mecanismo parecido a los intrones nucleares,
aunque estos aparecen en las secuencias de DNA de mitocondrias y
cloroplastos.
- Splicing de intrones del grupo I.
En la primera reacción de transesteficación interviene un nucleótido
liberado de guanina que no forma parte del intrón, sino que es
externo.
- Splicing de intrones del grupo II.
En ambos casos los RNA catalíticos forman parte de la propia
secuencia del intrón, no son RNA con actividad externa como en los
nucleares. Por tanto, estos tránscritos primaros son RNA
autocatalíticos porque estos intrones forman estructuras secundarias
que ya contribuyen a formar el centro catalítico y a la aproximación
en el espacio de las secuencias que intervienen.

▪ Splicing de intrones de pre-tRNA.

El mecanismo de eliminación de intrones es completamente diferente, pues no poseen secuencias consenso ni
se basan en reacciones de transesterificación. Además los RNA no son catalíticos, sino que utilizan enzimas
de naturaleza proteica como: · endonucleasa · proteína quinasa · fosfodiesterasa · RNA ligasa
La endonucleasa actúa en ambos extremos del intrón eliminándolo y dando lugar a fragmentos de RNA con
extremos no habituales. Tras liberarse el intrón los dos extremos coficantes quedan con un grupo hidroxilo en
5’ y un grupo fosfato en ciclo en 3’, ya que está también unido al carbono 2’ de la ribosa de ese nucleótido.
Para que pueda actuar la ligasa es necesario que los extremos sean los habituales (P 5’ – OH 3’).
El OH en 5’ es modificado por la acción de la quinasa que fosforila este extremo.
El ciclo fosfato de 3’ es eliminado por la fosfodiesterasa, que abre el anillo y deja un extremo libre con un
grupo hidroxilo en 3’, dejando el grupo fosfato unido al carbono 2’.
Así puede actuar la RNA ligasa dando lugar a un rTNA maduro que puede adoptar su estructura habitual en
trébol.

Repercusión de las modificaciones posttranscripcionales en el mRNA.

· Eliminación de intrones
· Adicion de PolyAs
· Estructura CAP en 3’

● Splicing diferencial.
A partir de un mismo pre-mRNA se pueden obtener diferentes
moléculas de mensajero maduras, ya que hay exones que se
pueden eliminar como si de intrones se tratase, dependiendo del
tipo celular.
Esto imprime un incremento en la diversidad de funciones que
pueden derivar de la expresión de un mismo gen. Un mismo gen se
puede expresar en diferentes tipos celulares, pero puede que la
proteína que se forme a partir del mismo tenga funciones diversas.
Por ejemplo, la calcitonina y un péptido de neuronas son codificados
por el mismo gen, es decir, provienen del mismo precursor mRNA
que ha madurado de forma diferente debido al splicing diferencial.
● Unidades de transcripción.

Una unidad de transcripción es una secuencia de DNA que es transcrita a RNA.

A partir de una misma unidad de transcripción se pueden obtener moléculas de mRNA diferentes, a través de
mecanismos de splicing o porque posean más de una señal de poliadenilación dependiendo del tipo celular en
el que se están expresando.
Además pueden existir extremos 5’ alternativos. Cuando la RNApolII reconoce un promotor mínimo que puede
formar parte del iniciador, contiene el punto de inicio de transcripción, el cual es varible. Se pueden reconocer
por la RNApolII puntos de inicio diferentes o alternativos, dando lugar entonces a distintos mRNA.

● Corrección de mRNAs.

Una vez que los mRNa han madurado, hay otro mecanismo de modificación.
Se trata de una corrección o edición de los mRNa que trae consigo una modificación en la secuencia (aunque
esto sólo ocurre en casos muy concretos).

Apolipoproteína B (apo-B), se encuentra en el hígado y en las células intestinales. En el primero, se encuentra

apoB100 mientras que en las células intestinales está presente apoB 48. El gen que las codifica es el mismo, el
precursor idéntico y el mRNA maduro también, pero las proteínas son diferentes, ya que apoB 100 posee un
dominio extra que no está presente en la intestinal (se considera una versión reducida de la hepática).
En la proteína intestinal faltan unos 2000 aminoácidos en el extremo carboxiterminal, auque el aminoterminal
es idéntico en ambas.

Esto ocurre ya que se modifica la

secuencia del mRNA una vez que
ha madurado. En las células
intestinales, por acción de una
desaminasa, se modifica un resto
citidilato a un uridilato, que
forma parte de un triplete UAA
que es un códon de stop o de
parada.

Cuando la maduración de los mRNA es completa, estos salen del núcleo al citosol. Se trata de un proceso
dependiente de energía. Estarán preparados para traducirse a proteínas.
TEMA 19. TRADUCCIÓN DE mRNA EUCARIÓTICO.

Las diferencias fundamentales entre eucariotas y procariotas respecto a la traducción del mRNA residen en la
formación del complejo de inicio de la traducción.
Obviamente participan factores diferentes, que ascienden en gran número en eucariotas.
Además se requiere un gasto energético elevado, incluso más que en bacterias debido a la unión de algún
factor más.

La activación de los tRNAs ocurre igual que en bacterias. Se trata de reacciones a través de las cuales las
aminoacil ARN sintetasas especificas para cada aminoácido catalizan la unión de éste a su tRNA
correspondiente, mediante dos reacciones donde se gastan 2 enlaces de alta energía.
El primer aminoácido en unirse, será la metionina, esta vez sin modificar, obteniendo el siguiente aminoacil-
tRNA: met-tRNA.

Iniciación.

1. Disociación ribosómica.
2. Llegada de la molécula iniciadora a la subunidad pequeña.
3. Reconocimiento y posicionamiento en el ribosoma del mensajero que va a ser traducido.
4. Formación del complejo de inicio.

1º. La disociación ribosómica está mediada o facilitada por dos factores de

iniciación, que facilitan la separación de las subunidades ribosómicas y actúan
como moléculas de antirreasociación. Hablamos de los factores eIF6 unido a la
subunidad grande 60S (integrada por 50 proteínas y tres rRNA 28S, 5.8S y
5S) y el factor eIF3 que se une a la subunidad 40S (33 proteínas + rRNA
18S).

Además este último participará en la formación del complejo de inicio.

2º La molécula iniciadora llega a la subunidad ribosómica pequeña 40S formando

un complejo ternario con eIF2 (relevante en la regulación de la expresión génica).
Este factor es una proteína G que consta de tres subunidades β γ.
Se obtiene un met-tRNA-eIF2-GTP.
El eIF1A también participa en la llegada.

3º. Para reconocer el mRNA que debe ser traducido, es necesaria la

intervención de un factor multiproteico con gran relevancia en la
formación del complejo de inicio. Se trata del factor eIF4 que a su vez
está constituido por:
· eIF4E reconoce y se une al extremo 5’ del mRNA, en concreto a la
estructura CAP.
· eIF4A posee actividad helicasa y su función es eliminar las posibles estructuras secundarias que estén
presentes en el extremo 5’ y que dificulten el reconocimiento del códon de inicio. Utiliza energía procedente de
la hidrólisis del ATP (se trata de un gasto indeterminado, ya que depende de las estructuras 2ªs o
superenrollamientos que aparezcan en el mensajero que va a ser traducido).
· eIF4G facilita el rastreo del códon de inicio y actúa como puente de unión del extremo 5’ y 3’. Cuando el
mRNA llega al ribosoma éste se escanea a partir de 5’ hasta encontrar AUG (códon de inicio). Se suele
encontrar entre los 100 primeros nucleótidos, concretamente en el contexto de una secuencia conservada
llamada KOZACK (5’….ACCAUGG…..3’)
Existen excepciones en las que el códon de inicio aparece en secuencias mucho más internas del mRNA (1000
nucleótidos por detrás de 5’). Aparece en secuencias IRES o secuencias internas de entrada al ribosoma.
Cuando el códon de inicio se encuentra en una de estas secuencias, se forma el complejo de inicio de una
forma diferente (no conocida) que posiblemente facilita el posicionamiento de AUG en el sitio P del ribosoma).
El factor eIF4G posee un dominio de unión gracias al cual puede formar un
puente entre los extremos 3’ y 5’ del mensajero. Además, interacciona con
eIF3 que se encuentra unido a la subunidad pequeña del ribosoma. Se
puede asociar con la cola de poliAs del extremo 3’ y posee otro dominio de
unión para el factor eIF4E.
Esto tiene repercusiones en cuanto a la eficiencia de la síntesis proteica y al
rastreo de AUG: marco de lectura abierto,
fragmento o secuencia del
mensajero que va a ser traducida.

Cuando el códon de inicio se posiciona en el sitio P del ribosoma, se

establece interacciones con el anticódon, que requieren un gasto
energético. La hidrólisis del GTP unido al eIF2 que se encontraba formando un complejo ternario con la
subunidad pequeña del ribosoma y el aminoacil-tRNA.
4º. Una vez que se produce la interacción códon-anticódon, eIFII sale del ribosoma unido a GDP y de
forma inactiva. Se recicla gracias al factor de reciclaje eIF2B que se encuentra unido a GTP, y lo intercambia
con el eIF2. El propio factor de reciclaje se recicla por simple intercambio de nucleótidos de guanina.

El factor 2 inactivo es susceptible de modificación covalente por fosforilación en su subunidad en un residuo

serina. Esta forma modificada se une fuertemente al factor de reciclaje eIF2B, lo cual impide que se recicle a
su forma activa. La forma fosforilada del factor 2 queda secuestrada por el factor 2B, de modo que se inhibe
la fase de inicio de la traducción. Esto es reversible mediante la acción de fosfatasas que eliminan el fosfato en
.

Una vez establecida la unión códon-anticódon en el sitio P, se debe

de formar el complejo de inicio en su totalidad, lo que conlleva un
gasto de energía debido a que la unión ribosómica grande debe de
unirse. Este mecanismo queda facilitado por el eIF5 que aporta
energía proveniente de la hidrólisis del GTP.
Así se forma el complejo de inicio completo para comenzar la fase de
elongación. Gasto energético superior a eucariotas y ligado a
factores eIF2, eIF5 (GTP) y eIF4A (ATP).

Elongación.

1. Llegada del aminoacil-tRNA que contiene el anticódon

complementario al códon situado en el sitio A.
2. Formación del enlace peptídico.
3. Translocación ribosómica.

1º. Se forma un complejo ternario con el factor eEF1 , que se

trata de una proteína G, con el aa-tRNa y el ribosoma. Por cada
aminoacil-tRNA se gasta un enlace de alta energía a cargo del
GTP asociado al factor 1 , que sale de forma inactiva del
ribosoma unido a GDP. Se recicla con la cooperación del factor
eEF1β (de forma similar al reciclaje de TU en procariotas, por lo
que el factor β sería similar a TS)

2º. La formación del enlace peptídico se lleva a cabo con la

intervención del grupo amino del aminoácido situado en A y del
carboxilo del péptido (o aminoácido) situado en el sitio P.

La actividad peptidil transferasa está desarrollada por el rRNA

28S (ribozima) son gasto energético. El propio RNA es qel que
cataliza la reacción de modo que el péptido queda unido al tRNA
situado en el sitio A, quedando un tRNA desacilado en el sitio P.

3º. La translocacion ribosómica se refiere al desplazamiento de

toda la maquinaria ribosómica hacia el extremo 3’ del
mensajero, distancia correspondiente a un códon o triplete. La
translocasa facilita este desplazamiento, eEF2, con gasto
energético a cargo de la hidrólisis de GTP de dicho factor. Éste
saldrá del ribosoma una vez ejercida su función, de forma
inactiva y será reciclado por simple intercambio de nucleótidos
de guanina. El peptidil tRNA (o dipeptidil) queda situado en el
sitio P, mientras que el tRNa desacilado ocupa transitoriamente
el sitio E pero rápidamente saldrá de nuevo al citosol para
cargarse con un aminoácido. Así, se puede producir la llegada de
otra molécula aminoacil-tRNA al sitio A.

Se gastan dos enlaces de alta energía por cada aminoácido

unido en la fase de elongación: uno en la llegada del aminoacil-
tRNA al ribosoma y otro en la translocación de la maquinaria.

La fase de elongación trascurre hasta que en el sitio A se sitúa

un códon de parada.
 Terminación.

Facilitada por dos factores:

- eRF1: reconoce la presencia de un códon stop en el sitio A, el cual
además se une a dicho sitio bloqueando dicha localización ribosómica.
- eRF3: entonces el factor de terminación 3, es el encargado de
cooperar con el 1 catalizando la hidrólisis del peptidil-tRNA liberando el
péptido al citosol. Esto requiere el gasto de un enlace de alta energía
que corresponde a la hidrólisis del GTP unido al eRF3 (parecido a
bacterias)

Modelo de la síntesis proteica sobre los polisomas eucarióticos.

En eucariotas se sintetizan las proteínas de forma muy rápida (en 40 o 50 segundos). Esto es debido a:
▪ Un mismo mRNA puede estar siendo traducido simultáneamente por mas de un ribosoma, aumentando la
eficacia del mecanismo → polirribosomas o polisomas.
▪ El extremo 5’ y 3’ se encuentran de forma próxima en el espacio gracias el eIF4G que actúa como puente,
gracias a su dominio de unión al factor de iniciación 4E y a la proteína de unión a poliAs. Así el ribosoma
cuando se desensambla al llegar al extremo 3’ o al codón de parada, localiza de forma rápida el extremo 5’.

El mRNA tiene una vida media superior que en procariotas, ya que es sintetizado y procesado en el nucleo, y
luego traducido en el citosol. También su degradación es más acusada, por lo que requieren mayor protección
mediante las modificaciones postranscripcionales.
TEMA 20. MODIFICACIONES POSTTRADUCIONALES Y DESTINO DE PROTEÍNAS EN EUCARIOTAS.

Las proteínas nativas no son funcionales. Deben sufrir modificaciones postraduccionales y plegamiento
correcto para que se forme su forma activa. El plegamiento de las proteínas ocurre una vez que se obtiene su
secuencia primaria completa, antes de esto, la proteína no se debe plegar.
Además se debe dirigir a su localización definitiva, en el transcurso hacia esta es donde ocurren las
modificaciones postraduccionales.

• Modificación del extremo 5’ con el aminoácido metionina

• Modificación de los aminoácidos mediante adición de oligosacáridos o restos hidrofóbicos.

La decisión sobre cuál es el destino final de la proteína se toma justo al comenzar la síntesis de la misma,
dependiendo de la secuencia aminoterminal de la proteína. La célula pone en marcha los mecanismos
necesarios en cuanto se sintetiza la secuencia señal.
Todas las proteínas comienzan a sintetizarse en los ribosomas libres del citosol, sin embargo, pueden finalizar
su síntesis en estos mismos o en los ribosomas unidos al retículo endoplasmático.
▪ Estas últimas se dice que son proteínas de a vía secretora o de secreción:
· Proteínas secretoras que ejercen su función fuera de la célula
· Proteínas de los lisosomas
· Proteínas ancladas a la membrana plasmática
· Proteínas residentes en el RE
▪ Las proteínas que comienzan y finalizan su síntesis en citosol:
· Proteínas nucleares
· Proteínas mitocondriales (diferentes grupos, de matriz, membrana interna, externa, espacio
intermembrana…)
· Proteínas citosólicas o libres
· Proteínas de peroxisomas
· Proteínas de cloroplastos.

Proteínas de la vía de secreción. Síntesis y translocación simultánea a la traducción.

Cuando en el extremo aminoterminal de la proteína nativa aparece la secuencia señal con ciertas
características, la célula identifica que se trata de una proteína de la vía de
secreción.
- Tamaño entre 16 y 36 aa (se elimina en el transcurso de las
modificaciones postraduccionales por escisión catalizada por una peptidasa)
- Contiene al menos un residuo aminoacídico básico (+) en el extremo amino terminal.
- En la zona central encontramos entre 10 y 15 aminoácidos de naturaleza hidrofóbica.
- En la posición contigua al sitio de acción de la peptidasa se encuentra un resto alanina.

Esta secuencia es reconocida por una molécula denominada partícula de reconocimiento de señal, se trata de
una ribonucleoproteína integrada por proteínas y sRNA de tamaño pequeño (75 nucleótidos). Esta partícula
SRP se une a la secuencia señal de las proteínas de la vía secretora en su extremo amino terminal y se asocia
al sitio A del ribosoma bloqueándose la traducción.

La unión de SRP a la maquinaria

ribosómica determina su traslado
al retículo endoplásmico. Esto
ocurre porque en la membrana del
RE encontramos receptores
específicos de la partícula de
reconocimiento de señal. Están
constituidos por dos subunidades
y β, siendo esta última la que
está anclada a la membrana de
RE. De forma contigua a ellos
existe un sistema de
translocación.
SRP + del receptor interaccionan
determinando el traslado de la
maquinaria ribosómica. Esta es
una unión muy fuerte siempre que dicha subunidad esté unida a GTP. Esta unión fuerte determina la
separación de SRP de la maquinaria, la vual es transferida al sistema de traslocación de la posición contigua,
al lado del receptor.
La proteína nativa continúa su síntesis en la luz del retículo endoplásmico, una vez que SRP se libera del
receptor, hidrolizándose el GTP. En ese momento la partícula ya no tiene afinidad por la subunidad y vuelve
al citosol. La secuencia señal es escindida entonces por la peptidasa, que también se ancla a la membrana de
RE, ya que ya ha cumplido su función.
Excepciones: existen proteínas cuya localización final es quedar anclada a la membrana del retículo
endoplásmico. La secuencia señal de estas aparece en una localización más interna de la proteína nativa, y no
se escinde por lo que forma parte de la proteína activa. El anclaje de estas proteínas a la membrana se lleva a
cabo por el núcleo hidrofóbico de la secuencia señal.

Chaperonas.

Es imprescindible que la proteína no realice plegamientos incorrectos mientras está

siendo sintetizada, ya que es necesaria toda la secuencia primaria para establecer las
interacciones que den lugar a su conformación final.
Las chaperonas son proteínas que impiden el plegamiento prematuro y que
posteriormente facilitarán el plegamiento una vez que se obtiene la secuencia primaria
completa.
Se trata de moléculas que intercambian nucleótidos derivados de adenina.
Chap + ADP + proteína nativa: la interacción facilita que permanezca desnaturalizada
Chap + ATP : pérdida de afinidad por la proteína nativa que se pliega.
El intercambio de nucleótidos es lento, dando tiempo a que la proteína nativa termine
de sintetizarse.

Modificaciones co y postraduccionales de las proteínas sintetizadas en el RE.

● N-glicosilaciones: adición de restos oligosacáridos a cadenas laterales de asparragina (Asn). Ocurren

durante la síntesis de la proteína.
Los oligosacáridos se forman de manera secuencia
desde un precursor común (dolicol-fosfato) antes
de ser transferidos a las cadenas de asparragina.
Por lo tanto, las moléculas obtenidas poseen un
esqueleto común con 3 restos manosa y 2 de N-
acetil-glicosamina y una región variable.
Los oligosacáridos son moléculas de naturaleza
hidrofóbica.
La adición de los monosacáridos se lleva a cabo
sobre un grupo P que se localiza en el extremo, de
forma secuencial, una vez que el oligosacárico
está formado en su totalidad se transfiere a la
proteína en síntesis.

● Formación de puentes disulfuro en el RE

gracias a la acción de isomerasas de puente
disulfuro. Esta modificación ocurre una vez que
se ha sintetizado la proteína.
Del RE las proteínas pasarán a la cara cis del
aparato de Golgi, principal distribuidor de las
proteínas a su localización definitiva.
Las isomerasas actúan tras la completa síntesis
de la proteína nativo y su mecanismo de acción
se basa en unos restos sulfhidrilo que posee en
sus centros activos, y que pueden aparecer en
su forma oxidada o reducida. Estas proteínas
pueden formar puentes disulfuros entre dichos
restos y son capaces de realizar
reordenamientos si los puentes disulfuro se
establecen entre nucleótidos incorrectos.

Existen otras modificaciones postraduccionales en el transcurso de su envío a su localización definitiva.

Tras la síntesis de las proteínas, estas se pliegan y son trasportadas al aparato de Golgi, principal
distribuidor de proteínas a su localización definitiva y donde continúan las modificaciones postraduccionales de
las proteínas de la vía de secreción.
La proteína es transportada hasta dicho orgánulo mediante unas vesículas de secreción que se forman en el
seno de las membranas del RE, para llegar a la cara cis del aparato de Golgi. El aparato de golgi es un orgánul
constituido por un sistema membranoso integrado por sáculos y compartimentos. Cuando la proteína termina
de ser procesada, se forman compartimentos rodeados de membranas asociaciodos a una proteína
denominada clatrina, que actúa como vesículas de secreción donde se transportan las proteínas a su
localización definitiva (transporte por fusión de membranas).
Modificaciones postraduccionales de las proteínas de la vía de secreción en el aparato de Golgi.

● O-glicosilaciones: adición de restos oligosacáridos a cadenas

laterales de serina y treonina en sus grupos hidroxilo (OH).
● Modificación parcial de oligosacáridos añadidos en el RE.
● Adición de determinantes a la proteína que facilita el
reconocimiento por receptores de los orgánulos donde se
encuentra su localización definitiva.

Vesículas de secreción.

Las proteínas son dirigidas desde el RE hasta el aparato de golgi

en vesículas de secreción formadas por las membranas del propio
retículo endoplásmico. Sin embargo, una vez en el aparato de
Golgi, las vesículas se fusionan con las membranas de este pos su
cara cis, y comienzan las modificaciones postraducionales. Las
proteínas son transportadas mediante vesículas formadas en el
aparato hasta la cara trans, donde se formaran vesículas de
secreción para que las proteínas puedan ser exportadas a su
localización definitiva.
Cuando la proteína termina de ser procesada, se forman
compartimentos rodeados de membranas asociaciodos a una
proteína denominada clatrina, que actúa como vesículas de
secreción donde se transportan las proteínas a su localización
definitiva (transporte por fusión de membranas).

· secreción de vesículas continua: constitutiva

· secreción que depende de señales concretas: regulada

Distribución a la localización definitiva de las proteínas de la vía de secreción.

■ En el caso de las proteínas que residen en el RE, una vez termina su

modificación en el aparato de Golgi, vuelven a este gracias a la adición de
determinantes a la proteína. Se ha añadido una secuencia de 4 aminoácidos en
el extremo carboxilo terminal (KED) (Lys-Gen-Asp-Leu) de modo que es
reconocida por receptores de su localización definitiva, del RE. Así, las
oroteínas que se sintetizan por la vía de secreción, finalizan su síntesis en el
RE, continúan siendo modificadas en el aparato de Golgi y son recuperadas por
el Re donde realizarán su función.

■ Proteínas que ejercen su función fuera de la célula son transportadas en

vesículas rodeadas de clatrina desde la cara trans del aparato de Golgi hasta la
membrana de la célula, donde se fusionan y la proteína sale al exterior.

■ Las proteínas de lisosomas son trasladadas a estos gracias a un resto de manosa fosfato que es modificado
postraducionalmente y es reconocido por receptores de membrana de dichos orgánulos.

■ Las proteínas que se anclan a la membrana plasmática sufren modificaciones

específicas.
▪ Ancladas a la cara interna de la membrana: son modificaciones adicionando
restos que aumentan su hidrofobicidad.
- acilaciones: adición de restos de ácidos grasos (de 14-16C) en el extremo
aminoterminal o en residuos Cys próximos a este. A través de ellos se lleva a
cabo el anclaje a la cara interna.
- prenilación: afecta al extremo carboxilo terminal por adición de restos de
naturaleza farnesilo y geranilo, que confieren hidrofobicidad.
▪ Ancladas a la cara externa de la membrana: modificaciones que afectan al
extremo carboxilo y que consisten en la adición de un resto glicosil fosfatidil
inositol (GPI) catalizado por la GPI transamidasa.
Proteínas que comienzan y finalizan su síntesis en ribosomas libres del citosol.

Cuando en el extremo aminoterminal de la proteína nativa no aparece una secuencia señal, por lo que no se
produce traslado de ninguna maquinaria ribosómica a orgánulos determinados, así que la traducción comienza
y finaliza en los extremos libres.

● Direccionamiento de proteínas a mitocondrias, llamada proteínas mitocondriales (codificadas por el genoma

nuclear que desarrollan su función en la mitocondria).

Las proteínas que ejercen su actividad en la matriz mitocondrial

constan de una secuencia en el extremo aminoterminal de unos
25-30 aminoácidos que está integrada por residuos básicos (+).
La secuencia es reconocida por la célula, que debe procurar que
la proteína nativa se mantenga desnaturalizada hasta que no
alcance su localización definitiva, función de la que se encargan
las chaperonas, en este caso de choque térmico como Hsp70 (su
concentración aumenta con la temperatura).
La secuencia señal es reconocida por receptores de la membrana
externa de la mitocondria y determina su translocación al
interior del orgánulo, a través de translocones (uno en la
membrana interna y otro en la externa) alcanzando su
localización final en la matriz mitocondrial. La proteína debe
encontrarse desplegada para poder atravesar los translocones.
· TOM
· TIM: necesario un potencial electroquímico (posible gracias a la
cadena de transporte de la membrana interna).
En la matriz, se escinde la secuencia señal y la proteína se
pliega alcanzando su conformación final: activa.

El destino final de las proteínas puede ser en otra zona de la

mitocondria, y viene determinado por la secuencia señal del
extremo amino terminal, que luego se elimina.

● Proteínas nucleares.
Normalmente alcanzan su localización definitiva YA plegadas, y
dependiendo del tamaño el sistema de entrada al núcleo es diferente.
Las proteínas con secuencia señal de localización nuclear (NLS) posee
esta en una posición interna de la proteína nativa y no se escinde, sino
que permanece en la proteína en su conformación final. Está constituida
por residuos básicos de Lys y Arg (situados al menos 5aa juntos).

▪ Las proteínas pequeñas (entre 20-40 kDa) entran libremente al núcleo

a trabes de los poros de la membrana nuclear.
▪ Las proteínas más grandes, entran al núcleo mediante un sistema
activo o facilitado.
La secuencia señal en estos casos es reconocida por importinas, en
proteínas ya plegadas. Estas facilitan la entrada al núcleo, ayudando a
que atraviesen el canal central de los poros.
Prot RAN + GTP: proporciona la energía necesaria para que se lleve a
cabo la entrada de las moléculas a través de los poros de la membrana
nuclear. En el caso de las moléculas que sales del núcleo al citosol,
cuentan con la ayuda de las exportinas.

● Proteínas de peroxisomas.
A nivel del extremo carboxilo terminal existe una secuencia señal reconocida por receptores de peroxisomas
libres en el citosol que se unen a los receptores de membrana de los peroxisomas.

Degradación de proteínas.

Una vez que las proteínas han desarrollado su función, su destino final es su degradación o proteólisis.
La célula marca las proteínas para después degradarlas, mediante un proceso de ubiquitinación. Las
ubiquitinas son moléculas que se unen a la cadena lateral en el grupo ε-amino de Lys (con ayuda de los
factores E1 y E2, que primero se unen a ubiquitinas y después ceden estas a las proteínas). Esto determina su
direccionamiento a proteosomas, moléculas muy ricas en enzimas proteolíticas que se encargan de degradar
la proteína.
TEMA 21. REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN DE LOS GENES EUCARIÓTICOS.

Estrategia general, genes constitutivos y genes de expresión diferencial.

- Genes constitutivos: sometidos a un bajo nivel de regulación

- Genes inducibles: sometidos a regulación.

■ Control pretranscripcional.

Los estados de condensación de la cromatina suponen un nivel de regulación.

· heterocromatina: muy compacta e inactiva desde el punto de vista transcripcional.
· Eucromatina: menos compacta y activa desde el punto de vista transcripcional.

La regulación de la expresión génica es la base de la diferenciación celular. De todos los genes que poseemos
solo se expresan el 20%, dependiendo del tipo celular.
La cromatina puede cambiar su estado de condensación, para que los factores de transcripción puedan
reconocer las secuencias promotoras, y para que sea accesible a la RNApolII.
Para ello es necesario el desensamblamiento de los nucleosomas: las histonas se deben separar. La pérdida
de afinidad de las histonas por el DNA se debe a las modificaciones que se producen en las histonas 3 y 4
próximas a los extremos amino terminales (colas de las histonas) que cambian la afinidad de estas por el DNA
por lo que suponen un punto de regulación que se relaciona con la activación o represión de la transcripción.

- acetilaciones: transferencia de grupos acetilos cargados – que anulan las cargas + de las histonas, de modo
que disminuye su afinidad por el DNA facilitando su separación y dejando las secuencias implicadas en la
transcripción libres para que puedan ser reconocidas por los factores.
- desacetilación: mediante desacetilasas se reprime la transcripción.
- metilación: impide la separación de las histonas
del DNA, pues esta modificación podría favorecer la
asociación de represores de la transcripción.
También hay eventos epigenéticos (cambios a nivel
de DNa que no suponen la modificación de la
secuencia), relacionado con la metilación de las
islas CpG de los promotores de algunos genes (a
nivel de la citosina). Esto se asocia con un
impedimento o silenciación de la transcripción de
dicho gen. La metilación de los promotores puede
impedir la actuación de los factores de trascripción
basal (represión directa). También se cree que hay
proteínas que se asocian específicamente a las
secuencias metiladas y podrían actuar como
represores de la transcripción que no dejan avanzar
a la RNApolII (represión indirecta).
Existe una asociación entre remodeladores de la cromatina y los factores de transcripción.

■ Control a nivel del inicio de la transcripción.

La intervención de los factores de

transcripción y las secuencias promotoras
para formar el aparato basal de transcripción,
y la posterior implicación de las secuencias
próximas al promotor y las distales con sus
respectivos factores de transcripción para
formar el complejo de inicio, suponen un nivel
importante en la regulación de la expresión
génica, ya que determinan la activación o no
de la transcripción.

En las secuencias distales, los factores se

pueden unir en momentos específicos o estar
permanentemente unidos. En este último
caso, el factor se activa por procesos
covalentes o por unión a ligandos específicos,
respondiendo a una señal extracelular (estos
factores específicos a veces son de naturaleza
hormonal).

■ Control a nivel co o posttranscripcional.

A partir de un mismo tránscrito primario se pueden obtener diferentes mRNA maduros, con diferentes
funciones.

▪ La eliminación de intrones es un proceso de maduración de los transcritos primarios de mRNA que ocurre
mientras el precursor de los RNA maduros aun está sintetizándose.
Splicing diferencial: mecanismo de corte y empalme difereciador de especificidad, ya que en los distintos tipos
celulares se pueden eliminar secuencias codificantes como si de intrones se tratase. Produce un incremento de
la diversidad.
Dos mecanismos de corte y empalme alternativos:
- Según el tipo celular pueden existir represores que se unen a los exones o puntos de esplicing impidiendo
que la maquinaria los reconozca, por lo que solo localizan secuencias consenso sin represor en el RNA. Estos
represores se unirían a las secuencias debido a la presencia de moléculas señales.
- En función de la presencia de secuencias amplificadoras en el precursor, que se sitúan cerca de los sitios de
cote y empalme y que facilitan la actuación de la maquinaria de splicing diferencial en dichas secuencias.

▪ Poliadenilación: depende de factores específicos de tejidos que también contribuyen a la diversidad

▪ Cuando el elemento iniciador forma parte del promotor, la enzima puede comenzar en puntos de inicio
alternativos para la RNApol, obteniendo distintos extremos 5’ en el RNA maduro

▪ Corrección de mRNAs: presencia de desaminasas que corrigen la secuencia, antes de salir del núcleo pero
una vez ya transcrita. Las moléculas correctamente procesadas saldrán al citosol, mientras la que no se
procesan adecuadamente serán degradadas. Existen patologías relacionadas con el incorrecto procesamiento
de mRNAs que conllevan la falta de proteínas.

■ Control a nivel de la traducción.

El eIF2 asociado a la proteína G forma el trímero junto con el aminoacil-tRNA y el ribosoma para aportar a
energía necesaria para la interacción codon-anticódon. Tras esta, el eIF2 sale del ribosoma y se procede a su
reciclaje por intervención de eIF2B.
Sin embargo, la transcripción puede quedar inhibida si el eIF2 es fosforilado en su subunidad , pues esto
conlleva la formación de una unión muy fuerte con la molécula de reciclaje, que le impide separarse de ella y
reciclarse (modificación reversible). Esto supone un punto de control de la traducción.
Síntesis de hemoglobinas en las células eritroides: no es necesario que se sintetice la proteína globina si no
hay grupos hemo.
[hemo] regula la síntesis de globinas:
↓ [hemo] se activan las quinasas que fosforilan a una proteína denominada inhibidor controlado por hemo
ICH-P, responsable directo de fosforilar a eIF2, facilitando con ello su secuestro por el factor de reciclaje.
Si ↑ [hemo] no se da este proceso y las fosfatasas facilitan la defosforilacion de eIF2, que será reciclado y
podrá continuar con la traducción de globinas.

■ RNAs de interferencia.

Utilidad enorme en biotecnología genética.

La interferencia viene regulada por sRNA que

pueden ser sintetizados en la propia célula o no.
Estos se procesan en el citosol por una RNAasa
(molécula DICER) que se encarga del
procesamiento de estos RNA de tamaño
pequeño que posteriormente son procesados
por el complejo RISC de silenciamiento.

Estos sRNA interaccionan o se unen a moléculas

de mRNA con las que tienen
complementariedad total o parcial, produciendo
la inhibición de la traducción o su degradación.

▪ Regulación por microRNAs.

Sintetizados por un mecanismo de la RNApolII en la propia célula y codificados por genes que no codifican
para proteínas. Se trata de unos RNA de 70 nucleótidos con secuencias autocomplementarias por lo que
forman estructuras secundarias en doble cadena. Salen al citosol y son procesados pos dicer y risc, dando
lugar a moléculas maduras monocatenarias de unos 20 o 25 nucleótidos.
Estos se unen a secuencias complementarias del mRNA regulando la traducción. Si la complementariedad es
parcial, el mecanismo de acción es la inhibición de la traducción debido al bloqueo de la maquinaria y a la
degradación del extremo 3’.
Cuando la complementariedad es más completa, directamente se degrada.
Resultado: el mRNA no se traduce. Mecanismo de regulación de la expresión génica a nivel de traducción
mediante microRNAs.

▪ Regulación por siRNAs.

Importantes en la recombinación génica, pues sirven para silenciar genes.
Se introducen en la célula, por lo que son sintetizados de forma exógena. Serán procesados en el interior de la
célula por rics, y poseen el mismo mecanismo de acción que los microRNAs.
Actualmente tienen gran utilidad en investigación de patologías, propiedades terapéuticas… Bloqueando un
gen se puede conocer su función. El silenciamiento de la expresión génica con siRNAs también es útil para el
desarrollo de nuevas terapias génicas

■ Regulación de la expresión génica por Colesterol (SRBPs).

En última instancia la regulación de la expresión génica viene dada por moléculas externas que desencadenan
cadenas de reacciones en las células hasta actuar sobre una molécula que actúa sobre el material genético.

Los nutrientes regulan la expresión de los genes: un buen ejemplo es la concentración intracelular de
colesterol, que regula la expresión del gen que codifica receptor de las LDL.
Una baja [colesterol] intracelular, regula positivamente la expresión del gen del receptor de LDL, moléculas
encargadas de captar el colesterol existente en el organismo.

Esto es debido a que la baja concentración de colesterol activa una proteasa que libera una proteína que se
une a esteroles (normalmente unida al RE). Cuando la concentración de colesterol es baja, esta proteína
(SREBP) se trasloca al núcleo donde actúa como un factor específico uniéndose a secuencias distales
específicas del gen que codifica para el receptor de las LDL.