Enzimas y Coenzimas, PDF

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ENZIMAS Y COENZIMAS

6. Resistencia a cambios de pH y temperatura: súper


Recordar: resistente
- ¿Cómo podemos definir la estructura terciaria y
cuaternaria de una proteína? ORDEN DE LAS REACCIONES QUÍMICAS
- Características de las proteínas globulares. Ej. las
albumina e inmunoglobulinas, mioglobina. Los  Cinética de reacción de primer orden: A se
aminoácidos con carga (básicos y ácidos son los trasforma en B, a medida que aumenta la
que se expondrán hacia la superficie externa de concentración de A, aumenta la velocidad de
dichas proteínas) formación de B. La velocidad será
- ¿Qué es el grupo prostético? Le da la función a directamente proporcional a la concentración
las proteínas de A
- Fuerzas que estabilizan el plegamiento proteico:
enlaces iónicos, covalentes, puentes de V= K x A / V A
hidrógeno.
- Principio unificador estructura-función
- Constante de equilibrio

Es importante este tema porque existen muchos


medicamentos que son prescritos por los odontólogos
que son inhibidores de la actividad de las enzimas, las
cuales se encargan de llevar a cabo la mayoría de
nuestras reacciones metabólicas que nos permiten
vivir.

Hay enzimas que se encargan de sintetizar las


prostaglandinas, las cuales nos generan el dolor y la
inflamación. El ibuprofeno es un AINE Al ser inversamente proporcional la línea seria
(antiinflamatorio no esteroideo) cuya principal función decreciente.
es inhibir a la dicha enzima (ciclo oxigenasa), por eso
se controla el dolor. La penicilina inhibe la síntesis de  Reacción de orden cero: la velocidad de
la pared bacteriana y de esta manera la mata. reacción es independiente de la concentración
de los reaccionantes
¿Qué es un catalizador químico? Es una molécula o muy
pequeña, o incluso un átomo (Fe, Cu) que acelera la
velocidad de una reacción.

1. Especificidad: no
2. Tamaño: muy pequeño, puede ser un átomo
3. Saturación: no (definiéndolo como la capacidad
que tiene un sistema de funcionar al máximo u
ocupar todos sus sitios disponibles para llevar a
cabo un trabajo)
m = pendiente / b = punto de corte de x con el eje y
y = mx + b (ecuación de la recta)
4. Eficacia: menos que las enzimas
5. Regulación: no se regulan
Hipérbola: En el Susceptibles a
punto donde ya no cambios de pH y
Resistentes a
aumenta casi la temperatura
RESISTENCIA cambios de pH y
velocidad se debe a (porque la
temperatura
mayoría son
que la enzima ya se
proteínas)
saturó.

Además, las enzimas se caracterizan porque su estructura


Asíntota: es la línea a la cual se aproxima una curva pero es la misma antes y después de actuar (de esta manera
que nunca la llega a tocar. podrán seguir trabajando)
ENZIMAS: son biomoléculas en su mayoría de naturaleza * No todas las enzimas están activas en el cuerpo y es por
protéica (hay excepciones de enzimas que no son eso que su actividad es regulada. Ej. La glicemia
proteínas), cuyas características químicas le confieren la (concentración de azúcar en sangre) varía dependiendo
propiedad de actuar como catalizadores biológicos, es de diferentes factores: la ingesta de determinados
decir, incrementan la velocidad de una reacción alimentos, la insulina, el glucagón, la hora del día. Sin
bioquímica. embargo, pasadas 24h la glicemia se mantendrá dentro
de los niveles normales aun sin haber comido, ya que
Hace aprox. 30 años se descubrieron unas enzimas que
existen unos mecanismos que permiten regular la
actuaban sobre el ARNt (ácido ribonucleico de
concentración de glicemia, en los cuales intervienen las
transferencia), el cual para que sea funcionalmente activo
enzimas cuando es necesario. En el hígado hay un
debe madurarse, de lo cual se encarga la ribonucleasaP
reservorio de glucógeno (contiene muchas glucosas) y
(actúa sobre un grupo del ac. ribonucleico)
cuando hay un periodo prolongado de ayuno, este
Las enzimas catalizan porque tienen aminoácidos que glucógeno liberara glucosa gracias a la enzima glucógeno
tienen grupos catalíticos (los básicos y ácidos) que fosforilasa, el cual será utilizado como fuente alternativa.
estarán en el centro activo de la enzima donde se lleva a No está todo el tiempo activa porque no necesitamos
cabo la catálisis. Por ende, sus características químicas le glucosa todo el tiempo, solo en determinadas
confieren la propiedad de actuar como catalizadores circunstancias, y por eso es regulada su actividad.
biológicos
¿QUÉ EFECTO CAUSAN LAS ENZIMAS EN LAS
BIOLOGICO REACCIONES QUE CATALIZAN?
CATALIZADOR QUÍMICO
(ENZIMAS)
 Aumentan la velocidad de las reacciones (hacen
Discriminan que la reacción se aproxime más rápidamente al
Inespecífico
ESPECIFICIDAD hasta isómeros equilibrio)
de una molécula
 Controlan la naturaleza de las reacciones
Iones o sales
TAMAÑO Grandotes
muy pequeñas  Intervienen tanto en las reacciones espontáneas
Hay un momento
(no se requiere de energía para que ocurran)
durante la
reacción donde como en las no espontáneas
todos los sitios
Al final se da el acoplamiento de las diferentes
SATURACIÓN activos están No se satura
llenos y no reacciones enzimáticas, lo que permite alcanzar una
quedan espacios composición constante del organismo a pesar de su
vacíos para otros continua transformación, manteniendo el equilibrio y
sustratos poder llegar así al estado estacionario (esto es relativo,
EFICACIA Elevada eficacia Mediana eficacia no existe realmente puesto que siempre estamos en
Actividad movimiento n busca de dicho equilibrio)
REGULACIÓN No regulable
regulable *
NO MODIFICAN LA Keq DE LA REACCIÓN QUE  Sitio catalítico (donde se lleva a cabo la
CATALIZAN, PERO SÍ DISMINUYEN LA ENERGÍA DE función/ catálisis)
ACTIVACIÓN, por ende, la concentración de los
productos y los reaccionantes será independiente a si esa El sitio de unión al sustrato puede o no estar
reacción es catalizada por enzimas o no. Lo que hace la contiguo al sitio activo
enzima es disminuir la energía de activación. CARACTERÍSTICAS DEL CENTRO ACTIVO
 Apoenzima: porción proteica  Normalmente adquiere la forma de hendidura o
 Cofactor: pequeña parte no proteica que va bolsillo porque el sustrato es susceptible a
asociada a la anterior y le da actividad. Ej. Fe romperse o hidrolizarse en un medio donde hay
Independientemente no tienen actividad, deben estar muchas moléculas que pueden actuar con él,
entonces si no está encerrado puede ser afectado
acoplados, que se unen por atracción de cargas.
Dependiendo del cofactor la unión será fuerte o débil por la acción catalítica de las demás enzimas del
medio
HOLOENZIMA = ENZIMA ACTIVA = APOENZIMA +  Protege a el o los sustratos unidos a él del medio
COFACTOR  Es anhídrido (sin agua), lo que facilita la
interacción enzima-sustrato porque disminuye la
FUNCIONES DE LOS COFACTORES cte. Dieléctrica del medio, ya que al estar en el
La enzima tiene muchos aminoácidos de los cuales solo 8- centro activo aminoácidos que pueden ser
10 (ácidos y básicos) los encontramos en el centro activo ionizados y al poseer átomos electronegativos
y llevan a cabo la catálisis, por eso necesitan algo que le son capaces de formar puentes de hidrogeno con
amplifiquen su señal el agua y se crearía una “distracción” del proceso
que se quiere llevar a cabo.
 Amplian la capacidad catalítica de las enzimas, ya  Fija al sustrato y facilita la catálisis, si no
que hay muy pocos grupos funcionales en las estuviera fijo el sustrato fuera muy difícil de
cadenas laterales de los aminoácidos del sitio posicionar en el centro activo
activo  El conocimiento de su estructura permite la
 Hacen que la enzima posea actividad, al creación de fármacos que inhiban su actividad. Ej.
aproximar los grupos al sitio activo y se dé la los antibióticos y analgésicos, los cuales son
catálisis afines al centro activo

TIPOS DE COFACTORES
TODO ESTO PARA QUE SE ACELERE LA VELOCIDAD DE
 COENZIMA: molécula orgánica compleja. Fácil de REACCIÓN
separar por métodos físicos porque su unión con
la enzima en el sitio activo es débil, no BOLSILLOS DE LOS SITIOS ACTIVOS
covalente. Ej. derivados de vitaminas: NAD
(Nicotinamida Adenina Dinucleótido), FAD (Flavín
adenín dinucleótido)
 GRUPO PROSTÉTICO: cofactor unido
covalentemente a la apoenzima, difícil de separar
por métodos físicos. Ej. grupo hemo

CENTRO ACTIVO DE UNA ENZIMA.


Formado por: A: bolsillo cargado negativamente, por residuos
 Sitio de unión al sustrato (donde se pega el carboxílicos de cadenas laterales de a.a. Ácidos, que
sustrato) facilitan el anclaje de aminoácidos con carga positiva. B:
bolsillo hidrofóbico, conformado por cadenas laterales de
aminoácidos hidrofóbicos (no tiene carga) y se le unen CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS SEGÚN LA IUBMB
sustratos hidrofóbicos (International Union of Biochemistry and Molecular
Biology)
La unión del sustrato a su sitio en la enzima, permite
fijarlo y deja accesible al sitio catalítico, el grupo a ser 1.-OXIDORREDUCTASAS
catalizado, donde se lleva a cabo la catálisis (círculos son 2.-TRANSFERASAS
los sitios de unión al sustrato) 3.-HIDROLASAS
4.-LIASAS
5.-ISOMERASAS
6.-LIGASAS

1.-OXIDORREDUCTASAS: transfieren electrones en forma


de hidruro (hidrogeno con carga negativa, el hidronio
tiene carga positiva) o átomos de hidrogeno de un
compuesto a otro o dentro de un mismo compuesto

AL FIJARSE LOS ÁTOMOS 2 Y 3, SÓLO EL UNO SE PODRÁ 2.- TRANFERASAS: transfieren grupos funcionales
FIJAR, LO QUE LE DA ESPECIFICIDAD DE LA ENZIMA POR (distintos al hidrógeno) de una molécula a otra. EJ.
UN ÁTOMO, YA QUE 1 Y 4 SON IGUALES ACETILTRANSFERASAS, METILASAS. El ATP le sede un
ISOENZIMAS: conjunto de enzimas que catalizan la fosforo a la glucosa y se forma la glucosa 6-fosfato
misma reacción, son molecularmente parecidas pero 3.- HIDROLASAS: rompen enlaces entres do moléculas
difieren en ciertas regiones moleculares, se sintetizan en
por la introducción de la molécula de agua. Catalizan la
tejidos diferentes y son codificadas por genes diferentes hidrólisis o ruptura de una molécula en 2 o más moléculas
Ej. CREATINA QUINASA (CK) es una enzima que es capaz pequeñas, con incorporación de agua. La reacción
de fosforilar a un sustrato determinado, la cual en contraria a la hidrólisis es la condensación. Ej. Cuando se
presencia de ATP (tres fosfatos), le arranca un fosfato y se unen dos aminoácidos y se forma un enlace peptídico,
lo da a la creatina y así formar la fosfocreatina. Esta donde se libera agua.
enzima se encuentra en diferentes partes del cuerpo y
4.- LIASAS: adición de grupos a dobles enlaces, o
tienen variaciones entre una y otra dependiendo donde
formación de dobles enlaces por remoción de grupos, sin
este, pero el sitio activo es igual.
la participación del agua u oxidación. Ej. Entra una
molécula de agua, donde el oxidrilo y el hidrogeno se
ISOENZIMA UBICACIÓN
posicionan en unos lugares y se rompe el doble enlace.
CK MM MÚSCULO ESQUELÉTICO Estas enzimas modifican los dobles enlaces y los
transforman a enlaces sencillos, o viceversa
CK BB CEREBRO

CK MB CORAZÓN Y MUSCULO ESQUELÉTICO 5.- ISOMERASAS: transfieren grupos dentro de una


molécula para originar isómeros. Realizan
CK MB Aumenta luego de un infarto de miocardio porque reordenamientos intramoleculares. Ej. La cetona pasa a
las células del musculo cardiaco se rompen y la enzima ser alcohol y el alcohol pasa a aldehído, pero se sigue
libera sangre manteniendo la misma cantidad de átomos de cada
elemento
Ej2. LACTATO DESHIDROGENASA Ó DESHIDROGENASA
LÁCTICA. Existen 5 isoenzimas LDH, es decir 5 moléculas 6.- LIGASAS: catalizan la formación de enlaces C-C, C-S, C-
de lactato deshidrogenasa que tienen una composición O y C-N por reacciones de condensación acopladas a
diferente y se encuentran en diferentes partes (ej. clivaje de ATP u otra molécula de alta energía. Aquí se
corazón y músculo) requiere energía que viene dado por la ruptura de los
encales del ATP. Ej. El piruvato por la piruvato UI= (unidad internacional de actividad enzimática)
descarboxilasa, se le añade un ATP y se forma otro cantidad de enzima que convierte un umol de sustrato
compuesto (Oxaloacetato). También está el caso que por minuto ej. 50 UI = 50 uMol de sustrato por minuto
durante el catabolismo se necesita de energía para poder
sintetizar compuestos más complejos a partir de otros ¿CÓMO SE DESCRIBE LA CURVA DE VELOCIDAD DE UNA
más sencillos. REACCIÓN CATALIZADA POR UNA ENZIMA?

¿POR QUÉ SURGE LA NECESIDAD DE ESTABLECER UNA


NOMENCLATURA PARA LAS ENZIMAS?

Antiguamente, cada quien colocaba los nombres a libre


albedrío y por eso se establecieron ciertas normas para
denominar a las enzimas. En sus inicios se colocaba el
sufijo “asas” precedido del órgano sobre el cual actuaba.
Ej. Pancreasa. Otros según el…

 SUSTRATO: EJ: UREASA


 TIPO DE REACCIÓN: HIDROLASA
 SIN NINGUNA RELACIÓN APARENTE CON LA
REACCIÓN: TRIPSINA
Cuando empieza la reacción la velocidad es directamente
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS proporcional a la concentración de sustrato, llega un
punto donde todos los sitios activos se saturan y la
 NOMBRE COMÚN: terminado en el sufijo “asa”. velocidad se estanca. HIPERBOLE, cuenta con 3 fases: una
ej.: fosfatasa. Hay excepciones: ej: tripsina reacción de primer orden (la velocidad depende de la
concentración de sustrato), reacción de orden mixto,
 SEGÚN LA IUBMB: (INTERNATIONAL UNION OF reacción de orden cero (la velocidad de la reacción no
BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY): 4 depende de la concentración de sustrato)
dígitos precedidos de las siglas: “ec”. EC = Comité
de enzima CINÉTICA ENZIMÁTICA DE MICHAELIS-MENTEN

Hay enzimas que actúan sobre varios sustratos a la vez

CINÉTICA ENZIMÁTICA - CINÉTICA DE MICHAELIS-


MENTEN

CINÉTICA ENZIMÁTICA: estudia la velocidad de las


reacciones catalizadas por enzimas y el modo en que se
modifica en respuesta a cambios inducidos
experimentalmente. Es decir, cuanto sustrato hay y en ORDEN CERO
cuanto tiempo.
ORDEN MIXTO
¿COMO SE MIDE LA VELOCIDAD DE UNA REACCIÓN
CATALIZADA POR UNA ENZIMA?

 Cuantificando la cantidad de producto formado


por unidad de tiempo

 Cuantificando la cantidad de substrato


transformado por unidad de tiempo
PRIMER ORDEN
ASUMIENDO QUE LA CONCENTRACIÓN DE SUBSTRATO Todo esto es bajo la primicia de que la concentración de
ES MUCHO MAYOR QUE LA DE LA ENZIMA…. enzima sustrato es alta

V = VMAX

V ά [S] La unión del sustrato es una reacción reversible, mientras


o HIPÉRBOLE RECTANGULAR
que la formación de enzima y producto es irreversible.
Por lo que la formación del producto depende el k2, que
¿CUÁL ES LA ECUACIÓN QUE DESCRIBE LA CURVA DE LA es la reacción limitante Vo = K2 x [ES]. Mientras mayor
CINÉTICA ENZIMÁTICA? ¿SERÁ LA DE UNA RECTA?: sea la concentración enzima-sustrato, mayor cantidad de
NO!....ES LA ECUACIÓN DE MICHAELIS-METEN producto tendremos.

V0 = Vmax [s] Enzima libre = enzima total (todas las enzimas, se hayan
o no unido al sustrato) – enzima unida al complejo
Km + [S]
El complejo ES desaparece gracias a las dos K
ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
NO TODAS LAS ENZIMAS SIGUEN LA CINÉTICA DE
ETAPAS DE UNA REACCIÓN CATALIZADA POR UNA MICHAELES – MENTEN
ENZIMA. Cuando la enzima se une a un sustrato se forma
el complejo enzima-sustrato (ES), bajo una cinética donde  Hay enzimas que tienen entre 6 y 8 pasos en su
hay dos constantes que serán: k1 (mide de formación del reacción
complejo enzima- sustrato) y k-1 (mide la reacción  Las enzimas alostéricas no siguen la cinética de
contraria, es decir la formación de sustrato más enzima. m-m (son enzimas regulables)
También hay una tercera reacción donde el complejo
enzima sustrato se divide en enzima más producto, se Km = mide la afinidad de la enzima por su sustrato o
describe bajo la constante k2 viceversa y se define como la concentración de sustrato
necesaria para alcanzar la mitad de la velocidad máxima
VARIACIÓN DE LA CONCENTRACIÓN DE “S”, “P”, “E” Y
“ES DURANTE LA REACCIÓN ENZIMÁTICA

Concentración de sustrato (línea roja): con el pasar del


tiempo disminuye la concentración de sustrato porque se
está trasformando en producto, por lo que el producto
aumenta, se forma el complejo enzima sustrato
(aumenta y después se mantiene constante porque hay
saturación). Disminuye la concentración de enzima libre
porque ya se han unido al sustrato
El valor de km es la concentración de sustrato necesaria CONSTANTE CATALÍTICA (Kcat)
para alcanzar ½ de la vmax y representa “el grado de
KCAT: es la cte. del paso limitante de una reacción
afinidad” de la enzima por su substrato
enzimática y es una medida directa de la generación
Si una enzima es más afín a un sustrato su valor de km catalítica de producto en condiciones óptimas
es menor. Por el contrario, si la enzima es menos afín la
cantidad de sustrato necesaria será mayor y por ende, el KCAT (TAMBIÉN LLAMADO NÚMERO DE RECAMBIO): X
km será mayor AL POSEER UN KAT MAYOR, ES MAS EFECTIVA
¿QUÉ IMPORTANCIA FISIOLÓGICA TENDRÁ ESTE Kcat/Km INIDICA LA EFICACIA DE LA ENZIMA
FENÓMENO? La glucosa en sangre en producto de todo
aquello que ingerimos. Esa comida llega al estómago y A MAYOR RELACION Kcat/Km, MAYOR RECAMBIO,
posteriormente llega al intestino delgado, que posee tres MAYOR EFICACIA, en este caso el kcat será muy alto y el
partes: duodeno, yeyuno e yingo. Al comer algo, los km muy bajo
nutrientes son absorbidos por el intestino delgado y son
REACCIONES ENZIMÁTICAS CON MÁS DE UN SUSTRATO
dirigidos a la sangre. Sin embargo, los lípidos pasan por el
sistema linfático y después van a la sangre. Por otro lado, a) Reacciones consecutivas: hay una enzima E a la
los carbohidratos y las proteínas, una vez digeridos si van cual se unen varios sustratos, primero se une el
a la sangre directamente. Estos llegan al hígado después sustrato A, formando el complejo EA, después se
por la circulación portal (va del intestino al hígado). Una une b y se forma EAB. Aquí se adicionan
vez en el hígado, la hexokinase fosforila a la glucosa (ella secuencialmente cada uno de los sustratos
es fosforilada por 4 enzimas hexokinase 1, 2, 3 y 4). (consecutivas ordenadas). Mientras que, en las
Circulación entero hepática, del intestino al hígado, se aleatorias es indiferente el orden de adición de
reúnen en una vena llamada mesentérica y la forman la los sustratos, siempre originan el mismo
vena hepática, que se reparte y al final forma la vena cava producto. Enzima no modificada
inferior, que va al corazón. Cuando no necesitamos la
glucosa, esta es almacenada en el hígado. (1h) b) Reacciones de ping-pong: se usan en las
reacciones de transaminaciones. Aquí un primer
¿POR QUÉ ES IMPORTANTE CONOCER EL VALOR DE Km
sustrato A se une a la enzima, la cual modifica su
DE LAS ENZIMAS? ¿CUÁL ES SU UTILIDAD PRÁCTICA?
estructura, y es la enzima modificada la que
Puede determinar el destino metabólico de un puede aceptar el segundo sustrato.
compuesto dado en una hora del día determinada (ayuno
o luego de las comidas). Es decir, el mantenimiento de
determinado compuesto en un órgano específico
depende del km de la enzima que se encuentra en el
órgano, como en el caso anterior donde la glucosa
permanecía en el hígado.

CONSIDERACIONES A TOMAR EN CUENTA AL


INTERPRETAR EL SIGNIFICADO DE KM

 Km mide la afinidad de la enzima por su substrato


solo en una reacción de 2 pasos en las que k2 << k-1

 En una reacción con múltiples pasos el valor de k2


debe substituirse por kcat (constante catalítica)

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