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Quito
Mayo de 2007
UNIVERSIDAD SAN FRANCISCO DE QUITO
COLEGIO DE CIENCIA BIOLÓGICAS Y
AMBIENTALES
ii
© Derechos de autor:
Daniel Guillermo Carrasco Cabrera
iii
Aislamiento e identificación de bacterias con capacidad degradadora de
hidrocarburos, comprobando su actividad enzimática
Resumen:
En este trabajo se aisló e identificó cepas bacterianas capaces de degradar hidrocarburos
derivados del petróleo, en muestras de Papallacta, Sacha Central y del Pozo Guanta 10,
lugares donde se dieron derrames. De las muestras tomadas se hizo un rescate
bacteriano haciendo un enriquecimiento con caldo de cultivo LB (Luria-Bertulli), para
luego sembrar por extensión en placa en agar LB. Después con estriaciones
consecutivas en agar LB se logró aislar cepas bacterianas a las que se sometió a vapores
de hexano, como método de selección y así asegurar presenten una actividad
degradadora de hidrocarburos.
Las bacterias fueron identificadas utilizando el sistema BIOLOG*. En las muestras de
Papallacta se identificaron 11 cepas bacterianas que corresponden a Escherichia coli
O157:H7, Klebsiella sp., Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ss pneumoniae,
Raultella terrígena, Pseudomona spp. Escherichia coli, Burkholderia sp., Aeromona
sp.. De las muestras de Sacha Central se aislaron 5 cepas bacterianas que son
Enterobacter sp, Enterobacter sp., Enterobacter aerogenes (Klebsiella mobilis),
Cellulosimicrobium cellulans y la 5ta cepa no da una identificación positiva pero por su
bioquímica probablemente se trata de Corynebacterium sp. De las muestras del Pozo
Guanta 10 se logró aislar 4 cepas bacterianas Alcaligenes faecalis ss faecalis,
Enterobacter sp. y 2 cepas más que no dan una identificación positiva pero su
bioquímica nos hace pensar que son Kurthia ginsonii y Cellulomonas sp. De todas las
cepas aisladas el 75% corresponde a bacilos Gram negativos, el 15% a bacilos Gram
positivos y el l0% a cocos Gram negativos. A todas las cepas identificadas, se les
realizo la prueba del índol-azul, con el fin de comprobar la presencia y actividad de
enzimas oxigenasas; responsables de la oxidación extracelular de muchos compuestos,
entre ellos los hidrocarburos.
De esta manera, en este trabajo se obtuvo bacterias con capacidad degradadora de
hidrocarburos.
iv
Abstract:
In this work bacterial strains able to degrade hydrocarbons were isolated and identified,
from samples taken from the following locations: Papallacta, Sacha Central and Pozo
Guanta 10, where oil spills had occurred. The first step was a bacterial rescue with LB
(Luria-Bertulli) broth, after this those bacteria were isolated in LB agar, where
consecutive isolation was made to achieve pure growth. Those isolated bacteria were
put under hexane steam, a hydrocarbon of high bactericidal effect, to assure bacterial
degradation process.
The bacteria were identified using system BIOLOG. In the samples from Papallacta 11
bacteria were identified that corresponded to Escherichia coli O157:H7, Klebsiella sp.,
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ss pneumoniae, Raultella terrígena,
Pseudomona spp. Escherichia coli, Burkholderia sp., Aeromona sp.. From the samples
of Sacha Central 5 bacteria were isolated which corresponded to Enterobacter spp.,
Enterobacter aerogenes (Klebsiella mobilis), Cellulosimicrobium cellulans. The 5th type
of bacteria with out a positive identification, but by biochemistry it probably was
Corynebacterium sp. From the samples of the Pozo Guanta 10, 4 bacteria were isolated
wich corresponded to Alcaligenes faecalis ss faecalis, Enterobacter sp and 2 with out a
positive identification but by biochemistry they probably were Kurthia ginsonii and
Cellulomonas sp. The isolated bacteria were: 75% Gram negative bacillus, 15% Gram
Positive bacillus, 10% Gram negative coccus.
To all the identified bacteria, the indol-blue test was performed, to verify the presence
and activity of oxigeneses enzymes, responsible for the extracellular oxidation of many
compounds, including hydrocarbons.
The goal to isolate and identify bacteria with hydrocarbon degradative activity was
achieved.
v
Tabla de contenidos
1. Introducción 8
2. Justificación 19
3. Objetivos generales 20
4. Objetivos específicos 20
5. Área de estudio 20
6. Materiales 21
7. Métodos 21
8. Resultados 23
9. Discusión 24
vi
9.1. Identificación de bacterias degradadoras 24
10. Conclusiones 27
11. Recomendaciones 28
10. Referencias 30
Tablas 33
Figuras 37
vii
1. Introducción
El uso masivo del petróleo y sus derivados como fuente de energía y materia prima, ha
ocasionado el fenómeno de la contaminación ambiental en todo el mundo, liberando
diferentes gases tipo invernadero por el uso de combustibles. Además, se liberan al
ambiente otros derivados como los policíclicos aromáticos, lo que produce un deterioro
sostenido y progresivo en la calidad del medio ambiente, generando amenazas a la salud
pública, así como la extinción de especies vegetales y animales (Valderrama, Téllez-
Sosa, 2000).
En los lugares que han sufrido derrames de petróleo, el daño es directo, y los principales
factores que van ha determinar el grado de contaminación son: tipo de petróleo (crudo o
refinado), cantidad, tamaño del sitio contaminado, época del año, condiciones
atmosféricas, temperatura (Lomelí, Tamayo, 2000).
8
El petróleo derramado sufre procesos de evaporación, y de degradación natural en un
proceso muy lento mediado por bacterias y/u otros microorganismos (Lomelí, Tamayo,
2000).
De los lugares que han sufrido estos impactos se ha afirmado que: “Entre las más
severas contaminaciones destacan las que se produjeron y todavía se producen a causa
de la extracción y el manejo del petróleo en todos los países productores de
hidrocarburos en América Latina; principalmente en Venezuela, Brasil, México,
Argentina y Ecuador” (Schmidt, 2002).
Hay que recordar que en el país antes de 1993, las actividades de exploración y
producción de hidrocarburos, no contaban con regulaciones ambientales (FLACSO,
2003).
9
Alaska, uno de los peores derrames marítimos de petróleo que jamás se hayan
producido (Sebastian, 2004).
10
Algunos géneros de microorganismos que se han logrado identificar con capacidad de
degradar hidrocarburos son: Pseudomonas, Nocardia, Vibrio, Candida, Brevibacterium,
Corynebacteium, Flavobacterium, Acinetobacter, Micrococcus, Arthrobacter,
Achromobacter, Rhodococcus, Alcaligenes, Mycobacterium, Bacillus, Aspergillus,
Mucor, Fusarium, Penicillium, Rhodotorula y Sporobolomyces (Ollivier; Magot,
2005).
Para que la toxicidad del compuesto disminuya no es necesario llegar siempre a una
transformación completa a dióxido de carbono, en muchos casos es necesario que se de
una sola oxidación para que la toxicidad disminuya o para que este se vuelva mucho
más soluble, la combinación entre aumentar la solubilidad y la disminución de la
toxicidad por efecto de la oxidación hace que aumente la biodisponibilidad del
contaminante (Valderrama, Téllez-Sosa, 2000).
11
1.2.2. Algunas estrategias genéticas que utilizan los microorganismos para
responder ante un agente toxico
1.2.2.1. Reclutamiento
1.3. Mecanismos generales usados por las bacterias para desentoxicar un ambiente
12
a) La sustancia favorece el crecimiento microbiano y es empleada como fuente de
carbono, energía y raras veces como fuente de nitrógeno, azufre, etc..
El número de microorganismos aumenta y el aislamiento se realiza utilizando el
contaminante como única fuente de nutrientes. Luego de que el compuesto fue
degradado las poblaciones decrecen (Piana, 2003).
Esto indica una serie de reacciones que pueden ser realizadas por microorganismos
heterótrofos sobre los contaminantes: (Piana, 2003).
Detoxificación
Conversión de una molécula tóxica en otra no tóxica (Arthrobacter spp) (Piana, 2003).
Degradación
Conjugación
13
Hidrólisis
La adición de agua para dividir un enlace, es un proceso común por el cual los
microorganismos inactivan compuestos tóxicos. Esta reacción puede ser una simple
hidrólisis de un ester (Alexander,1999).
Hidroxilación
Dehalogenación
Metilación
14
Nitro reducción
Los compuestos nitrogenados son tóxicos para muchos organismos, la reducción del
grupo nitro (NO2) en amino (NH3) ayuda a reducir la toxicidad de los mismos
(Alexander,1999).
Deaminacion
División de éteres
Se ha estudiado que compuestos con enlaces éter pierden su efecto toxico cuando se
divide esta unión C-O-C (Alexander,1999).
15
y policíclicos; para ser oxidados por diversos grupos de microorganismos (Valderrama,
Téllez-Sosa, 2000).
Al ocurrir el derrame en suelos el proceso varía al del agua; ya que la oxidación que
llevan a cabo hongos y bacterias se ven afectados por los procesos de humificación, que
tiende a atrapar el residuo haciéndolo más persistente. En suelos el factor limitante no
son los nutrientes, es la cantidad oxígeno presente y su disponibilidad, por lo que se
suele airear el suelo o añadir agentes químicos que agreguen oxígeno, para permitir la
oxidación (Valderrama, Téllez-Sosa, 2000).
En los ambientes que han sufrido derrames, se observa un incremento de las bacterias
con capacidad oxidativa entre mil y un millón de veces, a corto tiempo después del
derrame. Con las condiciones favorables se puede oxidar el 80% de los componentes en
un periodo de 6 a 12 meses (Valderrama, Téllez-Sosa, 2000).
16
comunes en las aguas naturales, sin embargo su presencia se ha generalizado por el
amplio uso de los BTEX (Rittmann, 2001).
Los BTEX al ser productos naturales, son biodegradables por oxidación aerobia,
proceso que lo pueden realizar un sinnúmero de bacterias ampliamente distribuidas en
el medio ambiente. Sin embargo algunos microorganismos son capaces de degradarlos
en condiciones anaerobias mediante la carboxilación (Rittmann, 2001).
Las HAPs son absorbidos por el suelo donde muchos de ellos se volatilizan y pasan a la
atmósfera, aquellos que no; sufren la acción de microorganismos, pero aquellos que
tienen dos o más anillos bencénicos en forma simple o múltiple, son más resistentes a la
acción enzimática, y entre mayor sea la cantidad de anillos, mayor será su resistencia
(Piana, 2003).
Sohgen y Stormer a principios del siglo XX, fueron quienes iniciaron los estudios sobre
la degradación de los HAPs, aislando microorganismos de medios acuáticos, usando
compuestos aromáticos como fuentes de carbono. Lograron aislar e identificar
diferentes géneros de bacterias como: Pseudomonas, Achromobacter, Arthrobacter,
Micrococcus, Nocardia, Vibrio, Acinetobacter, Brevibacterium, Corynebacterium,
Flabobacterium, Candida, Rhodotorula y Sporobolomyces (Piana, 2003).
17
2) La hidroxylación de los HAPs envuelve la incorporación de oxigeno molecular.
3) Los microorganismos procariotas metabolizan los HAPs con un ataque inicial de una
dioxigenasa para dar cis, dihydrodiol que además es oxidado para formar dihydroxidos.
4) HAPs con más de 3 anillos de benceno no sirven como sustrato para el crecimiento
bacteriano lo que hace que deba estar sujeto a una transformación co-metabólica.
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2. Justificación
Teniendo en cuenta que el Ecuador lista entre los países latinoamericanos que más
contaminación ha causado por derrames de hidrocarburos, ante el grave impacto que
producen los derrames de hidrocarburos, nace la inquietud de identificar bacterias con
capacidad de degradar estas sustancias, viendo a las bacterias como una posible
herramienta para ayudar en la remediación de lugares afectados.
Motivo por el cual se decidió tomar muestras de lugares afectados, en nuestro caso se
escogió Papallacta, Sacha Central, y el Pozo Guanta 10, por ser lugares que en el
momento de iniciar el proyecto se encontraban contaminados por derrames de petróleo.
19
3. Objetivos generales
4. Objetivos específicos
5. Área de estudio
20
6. Materiales
7. Métodos
Para cada muestra se tomó 10grs. de suelo o lodo contaminado (Ver Figura 1).
Mediante técnicas asépticas se colocó la muestra en un Erlenmeyer de 1000 ml, se
añadieron 90 ml de caldo LB (Luria-Bertulli) (Ver Tabla 2) y se dejó incubar a
temperatura ambiente por 24 horas (Ver Figura 2). Luego se tomaron 0.1 ml del caldo
incubado con el lodo y se sembró por técnica de extensión en placa en cajas petri con
agar LB (Ver Figura 3 y Tabla 3). Se dejó incubar por 24 horas. Se realizó este
procedimiento por duplicado para cada muestra tomada.
Del crecimiento obtenido en las cajas después de la recuperación, se tomó una muestra
al azar con un asa y se la sembró en un nuevo medio (LB Agar), con el fin de aislar
colonias por la técnica de estriación, se dejó incubar por 24 horas a temperatura
ambiente. Se repitió el proceso las veces necesarias hasta lograr colonias aisladas,
variando el número de estriaciones en cada caso (Ver Figura 4).
21
Cuando se obtuvo colonias puras, se las sembró en cajas petri con agar minimal (Ver
tabla 1), se las colocó abiertas en una caja hermética, la cual se saturó con vapores de
hexano. Se dejó por 15 días a temperatura ambiente, al cabo de ese tiempo se recuperó
las colonias que presentaron crecimiento (Ver Figura 5).
A las colonias puras, se las sembró en agar BIOLOG, se incubó por 24 horas a 35ºC;
se realizó una tinción Gram, a las bacterias Gram negativas se les realizó la prueba de
la oxidasa y a las Gram positivos se les realizó la prueba de la catalasa. De acuerdo al
protocolo a seguir, se realizó una suspensión de las mismas en el liquido para
suspensión de bacterias BIOLOG, siguiendo el estándar de turbidez para bacterias
Gram negativas o Gram positivas, para luego sembrar una cantidad determinada de
bacteria en los platos de identificación BIOLOG, dividido en 96 pocillos, se incubaron
a 35ºC de 24 a 48 horas, hasta observar resultados (Ver Figura 6).
22
8. Resultados
Todas corresponden a Bacilos Gram negativos, el 55% son oxidasa negativa y el 45%
oxidasa positivo (Ver Tabla 4).
De las cuales el 80% son Gram negativos y oxidasa negativa, el 20% es Gram positivo y
catalasa positivo (Ver Tabla 5).
De las 3 muestras de lodo del Pozo Guanta 10, después de los procesos de aislamiento
y de selección en vapores de hexano se logró aislar 4 cepas bacterianas que
corresponden, de acuerdo a los resultados obtenidos con el sistema de identificación
BIOLOG a: Alcaligenes faecalis ss faecalis, Enterobacter sp. y 2 identificaciones no
seguras Kurthia gibsonii y Cellulomonas cellasea
23
De las cuales el 50% son bacilos Gram positivos y catalasa positivos, y el 50% son
cocos Gram negativos que corresponde el 25% a oxidasa positivo y el 25% a oxidasa
negativo (Ver tabla 6).
En conjunto de los tres sitios el 75% corresponde a Bacilos Gram negativos, el 15% a
Bacilos Gram positivos y el l0% a Cocos Gram negativos.
Para confirmar que, las cepas Pseudomona sp., Burkholderia sp., Aeromona sp.,
Pseudomona sp., Gram negativas, oxidasa positivas, pueden degradar el índol se las
sembró en un medio minimal preparado con agar al 1.5% e índol a una concentración
5mmol, en donde se obtuvo crecimiento pero no la presencia visible y/o medible de
índigo (Tabla 7). Las mediciones con espectrofotómetro entre 200 y 1000nm tampoco
fueron útiles ya que no hubo una absorbancia para el color índigo a 445nm.
9. Discusión
24
hidrocarburos lo usual es encontrar una mayor proporción de bacilos Gram negativos
(Valderrama, Téllez-Sosa, 2000). Lo que se corrobora en este trabajo.
La desventaja del método que se utilizó para rescatar las bacterias en este proyecto, es
que solo nos permite rescatar un porcentaje limitado de la población bacteriana total
presente, logrando aislar bacterias de crecimiento rápido, aerobio estricto y/o
facultativo, que representan el 1% de la población total bacteriana presente en un suelo
contaminado (Valderrama, Téllez-Sosa, 2000).
25
Una desventaja fácil de evadir es la demanda tan grande de oxígeno que presentan las
oxigenasas para realizar su proceso, de hecho necesitan más oxigeno que muchos
organismos que respiran. Es así que muchas veces las condiciones del bioreactor son las
que limitan su actividad, por la baja transferencia de oxigeno al mismo (Meyer, 2002).
El medio usado puede poseer una o más sustancias que inhiben a las oxigenasas, estas
sustancias pueden estar presentes en cantidades con rangos micro o milimolares (Meyer,
2002).
Las enzimas que oxigenan el índol son fácilmente detectables por que los productos de
la reacción son pigmentos inestables, estas enzimas están asociadas al citocromo P450.
Se conoce que la enzima naftaleno dioxigenasa esta asociada a la formación de índigo
mediante la oxidación del índol, al igual que la 3-hidroxyindol, que es un producto del
citocromo P450. En todos los casos de oxidación del índol los productos son inestables
y la oxidación final es espontánea (Meyer, 2002).
La degradación del índol no siempre produce índigo, existen tres compuestos conocidos
de esta degradación el índigo, la indirubina y el isoíndigo, el compuesto que se forma al
final depende de la oxidación catalizada del índol antes de la oxidación espontánea, de
este modo la oxidación catalizada por enzimas del índol tienen también tres productos el
indoxyl que luego se oxida en índigo; la isatina que se oxida en indirubina y el 2-
hydroxyindol que se oxida en isoindigo. Cada uno de los productos finales posee su
propio color característico, el índigo de color azul-púrpura (Índigo), la indirubina es
rojiza-rosado y el isoindigo que es amarillento-cristalino. La isatina presenta un color
amarillo (Rui, Wood; 2004).
26
presencia de oxigenasas y dos por que no se contaba con los equipos necesarios para
detectar y/o separar los otros posibles productos de la degradación del índol.
Dados los resultados negativos se buscó confirmar que las cepas gram negativas oxidasa
positivas degradan el índol, para lo que se las sembró en un medio preparado con agar al
1.5% e índol en una concentración 5mmol, donde se obtuvo crecimiento, confirmando
la capacidad de las bacterias de utilizar el índol como fuente de carbono y por tanto su
capacidad de degradarlo.
10. Conclusiones
27
La comprobación de la actividad de enzimas oxidativas se consigue por otras pruebas y
no por la prueba del índol-azul en Pseudomona sp., Burkholderia sp., Aeromona sp.,
Pseudomona sp. siendo positivas para la prueba de la oxidasa y crecen en el medio con
índol 5mmol.
11. Recomendaciones
Para lograr aislar bacterias con una mejor capacidad y resistencia a los lugares
contaminados, se pueden usar medios con menor cantidad de nutrientes ya que en
lugares contaminados al igual que en sitios donde se realiza bioremediación éstos están
poco disponibles. Una manera fácil de conseguir esto es usar los medios conocidos y
comerciales en menor concentración a la indicada en las instrucciones de uso de los
mismos.
28
ocurre con la ruta metabólica de la oxidación del índol a índigo, en la prueba del índol-
azul.
29
10. Referencias
2.- Norris, Hinchee, Brown, McCarty, Semprini, Wilson, Kampbell, Reinhard, Bouwer,
Borden, Vogel, Thomas, Ward. Handbook of Bioremediation, Lewis Publishers, USA,
1994.
8.- Rui, Lyngyun; Reardon, Kenneth; Wood, Thomas. Protein engineering of toluene
ortho-monooxygenase of Burkholderia cepacia G4 for regiospecific hydroxylation of
indole to form various indigoid compounds. Applied Genetics and molecular
biotechnology [66: 422-429] . online publication 2004, printed 2005
30
liquid chromatography with UV–Vis and mass spectrometric detection. Journal of
Chromatography A Volume 1012, Issue 2 , 19 September 2003, Pages 179-192
10.- S.K Samanta, O.V. Singh, R.K. Jain. Polycyclic aromatic hydrocarbons:
environmental polution and bioremediation. Trends in biotechnology. 20 pgs 243-148.
2002
12.- Ollivier, Bernard; Magot, Michel, Petroleum microbiology, ASM Press, USA, 2005
13.- Miguel San Sebastián, Anna-Karin Hurting, Oil explotation in the amazon basin of
Ecuador: a public health emergency, obtenido en la web
http://publications.paho.org/spanish/news.cfm?ID=122, publicado en línea el 2004)
14.- Brenda Valderrama, Juan Téllez-Sosa, Microbiologia del petroleo y sus derivados,
obtenido en la web http://biblioweb.dgsca.unam.mx/libros/microbios/Cap2/cap2.html,
publicado en línea el 2000
31
http://www.sagan-gea.org/hojared_AGUA/paginas/14agua.html, publicado en linea el
2000
32
Tablas
Ingredientes:
NaCl 0.5g/100ml
NH4H2PO4 0.1g/100ml
K2HPO4 0.1g/100ml
MgSO4 0.002g/100ml
Agar 1.5%
Luria Broth
Tryptone 10 g 50 g 100 g
Yeast Extract 5g 25 g 50 g
NaCl 10 g 50 g 100 g
Glucose 1g 5g 10 g
MgCl2-6H2O 1g 5g 10 g
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Tabla 3. Composición del Agar Luria-Bertulli
Tryptone 10 g 50 g 100 g
Yeast Extract 5g 25 g 50 g
NaCl 10 g 50 g 100 g
Glucose 1g 5g 10 g
MgCl2-6H2O 1g 5g 10 g
Agar 15 g 75 g 150 g
1M NaOH 2 ml 10 ml 20 ml
34
Tabla 5. Cuadro de identificación de las bacterias de Sacha Central
35
Tabla 7. Cuadro de las bacterias oxidasa positivo con crecimiento en agar con índol
5mmol
36
Figuras
37
Figura 3. Cajas petri con LB Agar, en donde se sembró por extensión en placa, se
observa el crecimiento obtenido después del periodo de incubación.
Figura 4. Para poder obtener colonias puras se realizaron varias estriaciones, hasta
obtener colonias puras.
38
Figura 5. De este modo se colocó las cajas petri con agar minimal, dentro de una caja
hermética con un frasco con hexano, para saturar la caja con vapores de este
hidrocarburo volátil.
Figura 6. Resultados en el plato BIOLOG, los pocillos que tienen un color morado o
azulado, son aquellos pocillos en los que la reacción es positiva, los pocillos incoloros o
de otro color son reacciones negativas.
39