AMINOÁCIDOS, PEPTIDOS Y PROTEÍNAS

Por. Oscar E. Rivas

AMINOACIDOS

Los aminoácidos son las unidades básicas de un grupo de biomoléculas a las que
llamamos proteínas.

La hidrólisis de cada polipéptido genera un conjunto de aminoácidos, que se conoce

como composición de aminoácidos de la molécula. En la Figura 1 se muestran las
estructuras de los 20 aminoácidos que se encuentran con regularidad en las
proteínas.
 Figura 1. Aminoácidos estándares.

El estado de ionización de los aminoácidos de esta ilustración representa la especie

dominante a pH 7. Las cadenas laterales están indicadas por los recuadros
sombreados.
Aminoácidos Estándar.

Tabla 1. Nombres y Abreviaturas de los aminoácidos estándar.

En la tabla 1. se en listan las abreviaturas de los aminoácidos estándar. Obsérvese

que 19 de ellos tienen la misma estructura general (Fig. 1). Estas moléculas
contienen un átomo de carbono central (el carbono ) al que están unidos un grupo
amino, un grupo carboxilato, un átomo de hidrógeno y un grupo R (cadena lateral).
(Fig. 2).
 Figura 2. Estructura de los aminoácidos.

La excepción, la prolina, difiere de los otros aminoácidos estándar en que su grupo

amino es secundario, formado por un cierre en anillo entre el grupo R y el nitrógeno
del grupo amino. La prolina confiere rigidez a la cadena peptídica debido a que no
es posible la rotación alrededor del carbono ex. Esta característica estructural tiene
implicaciones significativas en la estructura y, por lo tanto, en la función de las
proteínas con un contenido elevado de prolina.

Los aminoácidos no estándar son residuos que se han modificado de forma química
después de haberse incorporado a un polipéptido o los aminoácidos que se
encuentran en los seres vivos pero que no se encuentran en las proteínas.

A pH de 7, el grupo carboxilo de un aminoácido se encuentra en su forma de base

conjugada (-COO- ) y el grupo amino en su forma de ácido conjugado (-NHj). De
este modo, cada aminoácido puede comportarse como un ácido o como una base.
El término anfótero se utiliza para describir esta propiedad. Las moléculas neutras
que llevan de forma simultánea un número igual de cargas positivas y de cargas
negativas se denominan zwitteriones. Sin embargo, el grupo R proporciona a cada
aminoácido sus propiedades únicas.
Clases de Aminoácidos.

Dado que la secuencia de aminoácidos determina la configuración tridimensional

final de cada proteína, sus estructuras se analizan con cuidado en las siguientes
cuatro subsecciones. Los aminoácidos se clasifican según su capacidad para
interactuar con el agua. Utilizando este criterio, pueden distinguirse cuatro clases:
(1) no polares, (2) polares, (3) ácidos y (4) básicos.

Aminoácidos No Polares. Los aminoácidos no polares contienen principalmente

grupos R hidrocarbonados sin cargas positivas o negativas. Dado que interactúan
poco con el agua, los aminoácidos no polares (Le., hidrófobos) tienen un cometido
impOltante en el mantenimiento de la estructura tridimensional de las proteínas. En
este grupo se encuentran dos tipos de cadenas R de hidrocarburos: las aromáticas
y las alifáticas. Los hidrocarburos aromáticos contienen estructuras cíclicas que los
constituyen en una clase de hidrocarburos insaturados con propiedades únicas.

El benceno es uno de los hidrocarburos aromáticos más simples. El término alifático

se refiere a hidrocarburos no aromáticos, como el metano y el cic1ohexano. La
fenilalanina y el triptófano contienen estructuras de anillo aromático. La glicina, la
alanina, la valina, la leucina, la isoleucina y la prolina tienen grupos R alifáticos. En
las cadenas laterales alifáticas de la metionina y de la cisteína hay un átomo de
azufre. La metionina contiene un grupo tioéter (--S--CH3) en su cadena lateral. Su
derivado, la adenosilmetionina S (SAM), es un importante metabolito que sirve como
donador de metilo en numerosas reacciones bioquímicas. El grupo sulfhidrilo (-SH)
de la cisteína es muy reactivo y es un componente importante de muchas enzimas.
También se une a metales (p. ej., iones de hierro y cobre) en las proteínas. Además,
los grupos sulfhidrilo de dos moléculas de cisteína se oxidan con facilidad en el
compartimiento extracelular para formar un compuesto disulfuro denominado
cistina.
Aminoácidos Polares Dado que los aminoácidos polares poseen grupos
funcionales capaces de formar enlaces de hidrógeno, interactúan de forma sencilla
con el agua (los aminoácidos polares se describen como "hidrófilos" o "afines al
agua"). Pertenecen a esta categoría, la serina, la treonina, la tirosina, la asparagina
y la glutamina. La serina, la treonina y la tirosina contienen un grupo hidroxilo polar,
que les permite participar en la formación de enlaces de hidrógeno, un factor
importante en la estructura proteínica. Los grupos hidroxilo tienen otras funciones
en las proteínas. Por ejemplo, la formación del éster fosfato de la tirosina es un
mecanismo de regulación habitual. Además, los grupos -OH de la serina y de la
treonina son sitios a los que se unen los hidratos de carbono. La asparagina y la
glutamina son derivados amida de los aminoácidos ácidos: del ácido aspártico y del
ácido glutámico, respectivamente. Dado que el grupo funcional amida es muy polar,
la capacidad de formar enlaces de hidrógeno de la asparagina y de la glutamina
posee un efecto significativo en la estabilidad proteínica.

Aminoácidos Ácidos. Dos aminoácidos estándar poseen cadenas laterales con

grupos carboxilato. Las cadenas laterales del ácido aspártico y del ácido glutámico
tienen carga negativa a pH fisiológico, por lo que suele llamárseles aspartato y
glutamato.

Aminoácidos Básicos Los aminoácidos que son básicos a pH fisiológico llevan

carga positiva. Por lo tanto, pueden formar enlaces iónicos con los aminoácidos
ácidos. La lisina, que tiene un grupo ami no en la cadena lateral, acepta un protón
del agua para formar el ácido conjugado (-NH). Cuando se oxidan y después se
condensan las cadenas laterales de las moléculas de lisina en las fibras de
colágeno, un vital componente estructural de los ligamentos y de los tendones, se
forman fuertes enlaces cruzados intramoleculares e intermoleculares.

Aminoácidos Con Actividad Biológica.

Además de su función principal como componentes de las proteínas, los
aminoácidos poseen muchas otras funciones biológicas.

1. Numerosos aminoácidos ex o sus derivados actúan como mensajeros

químicos.
2. Los aminoácidos son precursores de diversas moléculas complejas que
contienen nitrógeno.
3. Numerosos aminoácidos estándar y no estándar actúan como intermediarios
metabólicos.

PÉPTIDOS

Los péptidos son un tipo de moléculas formadas por la unión de varios aminoácidos
mediante enlaces peptídicos. Los péptidos, al igual que las proteínas, están
presentes en la naturaleza y son responsables de un gran número de funciones,
muchas de las cuales todavía no se conocen.

Aunque sus estructuras son menos complejas que las de las moléculas proteínicas
más grandes, los péptidos poseen actividades biológicas significativas. Se
consideran ahora la estructura y la función de varios ejemplos interesantes, que se
presentan en el Cuadro 5.3.

El tripéptido glutatión (y-glutamil-L-cisteinilglicina) contiene un enlace amida y poco

habitual. El glutatión se encuentra en casi todos los organismos y participa en la
síntesis de proteínas y de DNA, en el metabolismo de fármacos y de toxinas
ambientales, en el transporte de aminoácidos y en otros procesos biológicos
importantes. Un grupo de las funciones del glutatión explota su efectividad como
agente reductor. El glutatión protege a las células de los efectos destructores de la
oxidación al reaccionar con sustancias como los peróxidos, R-O-O-R, productos
derivados del metabolismo del O2 Por ejemplo, en los eritrocitos, el peróxido de
hidrógeno (H20 2) oxida el hiena de la hemoglobina a su forma férrica (FeH ). La
metahemoglobina, el producto de esta reacción, es incapaz de unirse al O2 El
glutatión evita la formación de metahemoglobina al reducir el H2O2 en una reacción
catalizada por la enzima peroxidasa de glutatión. En el producto oxidado GSSG, se
unen dos tripéptidos por medio de un enlace disulfuro:

2 GSH + H2O2 → GSSG + 2H2O

Debido a la elevada proporción GSH:GSSG que se presenta de forma habitual en

las células, el glutatión es un antioxidante intracelular importante. Se utiliza la
abreviatura GSH porque el componente reductor de la molécula es el grupo -SH
del residuo de cisteína.

Los péptidos son una clase de moléculas señalizadoras que utilizan los organismos
multicelulares para regular sus complejas actividades. La interrelación dinámica
entre los procesos opuestos, denominada homeostasis, mantiene un ambiente
interno estable. En la actualidad se conocen moléculas peptídicas con funciones
antagónicas que afectan la regulación de numerosos procesos (p. ej ., la regulación
de la presión sanguínea).

PROTEÍNAS.

De todas las moléculas que se encuentran en los seres vivos, las proteínas son las
que tienen las funciones más diversas, como lo sugiere la siguiente relación:

1. Catálisis. Las enzimas son proteínas que dirigen y aceleran miles de

reacciones bioquímicas en procesos como la digestión, la captura de energía
y la biosíntesis. Estas moléculas tienen propiedades notables. Por ejemplo,
pueden aumentar la velocidad de reacción de 106 a 1012 veces. Pueden
realizar esta proeza en condiciones de pH y temperatura moderadas, dado
que pueden inducir o estabilizar intermediarios de las reacciones que estén
forzados. Entre los ejemplos se encuentran la carboxilasa de ribulosa fosfato,
 una enzima importante en la fotosíntesis, y la nitrogenasa, un complejo
proteínico que es causal de la fijación del nitrógeno.

2. Estructura. Algunas proteínas proporcionan soporte. Las proteínas

estructurales suelen tener propiedades muy especializadas. Por ejemplo, el
colágeno (el componente principal de los tejidos conjuntivos) y la fibroína (la
proteína de la seda) poseen una fuerza mecánica significativa. La elastina,
una proteína semejante a la goma que se encuentra en las fibras elásticas,
está presente en varios tejidos del organismo (p. ej., en los vasos sanguíneos
y en la piel) que para operar de forma adecuada deben ser elásticos.

3. Movimiento. Las proteínas participan en todos los movimientos celulares.

Por ejemplo, la actina, la tubulina y otras proteínas forman el citoesqueleto.
Las proteínas de esta estructura son activas en la división celular, en la
endocitosis, en la exocitosis y en el desplazamiento ameboide de los
leucocitos.

4. Defensa. Una extensa variedad de proteínas son protectoras. En los

vertebrados, por ejemplo, la queratina, una proteína que se encuentra en las
células de la piel, ayuda a proteger al organismo contra los daños mecánicos
y químicos. Las proteínas implicadas en la coagulación hemática, el
fibrinógeno y la trombina, impiden la pérdida de sangre cuando los vasos
sanguíneos se lesionan. Los linfocitos producen las inmunoglobulinas (o
anticuerpos) cuando organismos ajenos, como las bacterias, invaden a un
organismo. La unión de los anticuerpos a un organismo invasor es el primer
paso para su destrucción. Muchos organismos se protegen produciendo
proteínas tóxicas que matan o disuaden a depredadores o competidores,
Algunos ejemplos son la neurotoxina bungarotoxina a, producida por algunas
serpientes venenosas, y la ricina, un inhibidor de la síntesis de proteínas
presente en las semillas del ricino.
5. Regulación. La unión de una molécula hormonal o de un factor de
crecimiento a los receptores en sus células diana modifica la función celular.
Entre los ejemplos de hormonas peptídicas se encuentran la insulina y el
glucagon: ambos regulan la concentración sanguínea de glucosa. La
hormona del crecimiento estimula el desarrollo y la división celulares. Los
factores de crecimiento son polipéptidos que controlan la división y la
diferenciación de las células animales. Algunos ejemplos son el factor de
crecimiento derivado de las plaquetas (PDGF) y el factor de crecimiento
epidérmico (EGF).

6. Transporte. Muchas proteínas actúan como moléculas transportadoras de

moléculas o de iones a través de las membranas o entre las células. Entre
los ejemplos de proteínas de membrana están la bomba de Na+-K+ ATPasa
y el transportador de glucosa. Otras proteínas transportadoras son la
hemoglobina, que lleva el O2 a los tejidos desde los pulmones, y las
lipoproteínas LDL y HDL, que transportan los lípidos del hígado y del intestino
a otros órganos. La transferrina y la ceruloplasmina son proteínas séricas
que transportan, respectivamente, hierro y cobre.

7. Almacenamiento. Determinadas proteínas actúan como reserva de

nutrientes esenciales. Por ejemplo, durante el desarrollo la ovoalbúmina de
los huevos de las aves y la caseína de la leche de los mamíferos son fuentes
abundantes de nitrógeno orgánico. Las proteínas vegetales, como la zeína,
tienen una función semejante en las semillas que germinan.

8. Respuesta al estrés. La capacidad de los organismos para sobrevivir a

diversos agresores abióticos está mediada por determinadas proteínas.
Entre los ejemplos se encuentran el citocromo P450, un grupo diverso de
enzimas que se encuentran en los animales y en las plantas que de forma
habitual transforman a un gran número de contaminantes orgánicos tóxicos
en derivados menos tóxicos, y la metalotioneína, una proteína intracelular
 con abundante cisteína que virtualmente se encuentra en todas las células
de los mamíferos y que se une y secuestra metales tóxicos como el cadmio,
el mercurio y la plata. Las temperaturas muy elevadas y otras agresiones dan
lugar a la síntesis de una clase de proteínas denominadas proteínas de
choque térmico (hsp) que promueven el plegamiento correcto de las
proteínas peljudicadas. Si esas proteínas se dañan de forma grave, las hsp
estimulan su degradación. (Determinadas hsp actúan en el proceso normal
de plegamiento proteínico.) Las células están protegidas de la radiación por
enzimas reparadoras de DNA.

Estructura De Las Proteínas.

Los bioquímicos han diferenciado varios niveles en la organización estructural de

las proteínas. La estructura primaria, la secuencia de aminoácidos, es especificada
por la información genética. Al plegarse la cadena polipeptídica se forman
determinadas disposiciones localizadas de aminoácidos adyacentes que
constituyen la estructura secundaria. La forma tridimensional global que asume un
polipéptido se denomina estructura terciaria. Se dice que las proteínas que constan
de dos o más cadenas polipeptídicas (o subunidades) tienen estructura cuaternaria.

Estructura Primaria Cada polipéptido tiene una secuencia de aminoácidos

específica. Las interacciones entre los residuos de aminoácidos determinan la
estructura tridimensional de la proteína, su función y sus relaciones con otras
proteínas. Los polipéptidos que tienen secuencias de aminoácidos y funciones
semejantes se dice que son homólogos. Se han utilizado comparaciones de
secuencias de polipéptidos homólogos para detectar las relaciones genéticas entre
distintas especies.

Estructura Secundaria La estructura secundaria de los polipéptidos consta de

varios patrones repetitivos. Los tipos de estructura secundaria que se observan con
mayor frecuencia son la hélice a y la lámina plegada β. Estas dos últimas estructuras
están estabilizadas por enlaces de hidrógeno entre los grupos carbonilo y N-H del
esqueleto polipeptídico.

Estructura Terciaria Aunque las proteínas globulares suelen contener cantidades

significativas de elementos estructurales secundarios, otros factores contribuyen
con su constitución. El término estructura terciaria señala las conformaciones
tridimensionales únicas que asumen las proteínas globulares cuando se pliegan en
sus estructuras nativas (biológicamente activas) y se insertan los grupos protésicos,
si es el caso.

Estructura Cuaternaria Muchas proteínas, en particular las que tienen pesos

moleculares elevados, están formadas por varias cadenas polipeptídicas. Como se
ha mencionado, a cada componente polipeptídico se le denomina subunidad. Las
subunidades en un complejo proteínico pueden ser idénticas o bastante diferentes.
Las proteínas con múltiples subunidades en las que algunas o todas son idénticas
se denominan oligómeros. Los oligómeros están formados por protómeros, que
pueden estar formados por una o por varias subunidades. Un gran número de
proteínas oligoméricas contienen dos o cuatro subunidades protoméricas,
denominadas dímeros y tetrámeros, respectivamente. Parece haber varias razones
para que existan las proteínas con múltiples subunidades:

1. La síntesis de subunidades aisladas es más eficaz que aumentar

sustancialmente la longitud de una única cadena polipeptídica.
2. En los complejos supramoleculares, como las fibras de colágeno, la
sustitución de componentes más pequeños desgastados o dañados puede
realizarse de manera más eficaz.
3. Las interacciones complejas de varias subunidades sirven para regular la
función biológica de una proteína.