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    35 Cuentos Cortos

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    Patricio Sauceda
    Este documento proporciona una guía rápida para el análisis de imágenes usando el programa ImageJ/Fiji. Explica cómo abrir una imagen, calibrar las medidas espaciales, binarizar la imagen, analizar parámetros morfométricos automáticamente y manualmente, y exportar los datos a Excel para su análisis.

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    Este documento proporciona una guía rápida para el análisis de imágenes usando el programa ImageJ/Fiji. Explica cómo abrir una imagen, calibrar las medidas espaciales, binarizar la imagen, analizar parámetros morfométricos automáticamente y manualmente, y exportar los datos a Excel para su análisis.

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    1

    GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA


    ImageJ/Fiji 1,46

    Programa de análisis de imagen.

    Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.


    2

    Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.


    3

    1. ABRIR UNA IMAGEN YA ALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg).


    . Pg. 5
    2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES Pg. 6
    3. . BINARIZAR LA IMAGEN Pg. 7
    4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS Pg. 11
    4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar Pg. 11
    4.2. Ejecutar el análisis Pg. 12
    5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL Pg. 16
    6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES Pg.

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    4

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    5

    1. ABRIR UNA IMAGEN YA ALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg).

    Se recomienda utilizar imágenmes que hayan


    sido guardadas en formato *.jpg

    Una vez seleccionado el archivo, el aspecto


    que tiene la imagen que se abre es la que
    figura en la imagen de la derecha

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    6

    2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES.

    Señalar la “línea recta” en le menú de botones y dibujar una línea de longitud conocida,
    basándose de la regla que se ha fotografiado en la imagen.

    A continuación en el menú desplegable Analyze señalar Set Scale. Indicar la distancia que
    previamente se la dibujado sobre la regla, las unidades en que está medida y señalar “Global”
    para que utilice esa calibración en todas las mediciones

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    7

    3. BINARIZAR LA IMAGEN

    3.1. El primer paso es cambiar el tipo de imagen a imagen en blanco y negro de 8 bit
    Image  Type  8-bit

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    8

    3.2. Para binarizarla seleccionar la siguiente ruta en el menú desplegable


    Process  Binary  Make Binary

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    9

    3.3. Si la binarización automática no señala correctamente los elementos que se pretenden


    analizar, será necesario definir el umbral para el proceso de binarización de manera manual
    Con esta opción se elige los valores de la escala de grises (0 a 256) que tras la binarización pasan a
    ser negros y los que pasan a ser blancos
    Image Adjust  Threshold

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    10

    La imagen superior indica la distribución de los niveles de grises en la fotografía.


    Desplazando el deslizador superior se señalará el límite inferior de la escala de grises
    que quedará seleccionado, y desplazando el inferior se señalará el límite superior

    Deslizador que
    fija el límite
    inferior

    Deslizador que
    fija el límite
    superior

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    11

    4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS


    4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar
    Analyze →Set Measurments

    Se recomienda seleccionar los que se presentan en la figura


    El apartado “Shape descriptors” incluye los factores de forma

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    12

    4.2. Ejecutar el análisis


    E primer lugar se selecciona la forma “rectángulo” y se señalan los elementos del archivo de
    imagen binarizado, que se pretenden analizar

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    A continuación en el menú desplegable “Analyze” se elige la siguiente opción:


    Analyze → Analyze particles

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    14

    En la pantalla emergente hay que señalar el tamaño de objetos que se


    pretenden analizar

    Además es muy importante indicar al programa que muestre los resultados

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    15

    Tras presionar en la pantalla anterior el botón OK, se obtiene una ventana


    emergente con los perfiles de los objetos y otra con la base de datos de
    resultados, que se puede guardar en formato *.csv

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    5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL

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    6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES

    Señalar en la barra de botones superior el tipo de medida que se quiere realizar y


    posteriormente tomar la media en la imagen

    Acontinuación en el menú desplegable pulsar Analyze→Measure

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    19

    Cada medición que se realiza se va añadiendo de forma automática a la base


    de datos de resultados

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