Guia de Practicas de Microbiologia by Univ Cordoba
Guia de Practicas de Microbiologia by Univ Cordoba
Guia de Practicas de Microbiologia by Univ Cordoba
MICROBIOLOGÍA AGRÍCOLA
FACULTAD DE CIENCIAS AGROPECUARIAS
- Año 2015 -
INDICE
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
Muestreo
esto, se pueden usar fotografías aéreas, mapas o cartas de suelo, como así
también la tecnología digital.
Diseño de muestreo
Instrumentos de muestreo
totalidad de los procesos biológicos del suelo. Los agregados, a menos que se
examinen y consideren, pueden ser forzados a pasar por la malla de 2 mm. En
el caso del rastrojo, las muestras son molidas con molinillo eléctrico para
homogeneizar los restos orgánicos provenientes de las diferentes estructuras
(hojas, tallos, frutos, etc).
Dependiendo del tipo de análisis que se le realicen a las muestras de suelo y/o
rastrojo será el método de almacenamiento o conservación que se utilice:
2. Los recipientes deben tener tapa segura y ser de materiales que perduren en
el tiempo (plástico o vidrio) con bajo potencial de contaminación de la muestra
y alteración de las propiedades químicas del material.
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 7
TRABAJO DE LABORATORIO
- Tomar con pala una muestra compuesta de suelo (15 submuestras) por
lote.
Objetivos:
INTRODUCCIÓN: ESTERILIZACIÓN
-Horno
Métodos físicos
Calor Seco -Flameado
-Calor al rojo
Filtración
-No ionizante
Radiaciones
-Ionizante
Métodos químicos Sustancias líquidas y gaseosas
MÉTODOS FÍSICOS
Calor húmedo
Para permitir la libre circulación del vapor, los tapones utilizados en los
frascos, tubos, etc. y los papeles para las envolturas deben ser de material
permeable (ej. tapones de algodón-gasa). Los recipientes que se utilicen para
esterilizar medios de cultivo u otros materiales líquidos deben llenarse hasta la
mitad de su volumen para permitir una buena circulación del vapor y para evitar
posibles derrames del líquido. El vapor saturado se condensa sobre los objetos
líquidos compensando la cantidad de agua que se evapora. De esta manera,
los materiales esterilizados no se deshidratan. El autoclave solo debe abrirse
cuando la presión del manómetro baje a cero.
Calor seco
Flameado
Consiste en sumergir en alcohol el material (puntas de bisturís, varillas de
vidrio, cucharas, etc.) y luego pasarlo por la llama de mecheros, colocando la
pieza en el cono amarillo de la llama y luego lentamente en el azul (mayor
poder calorífico).
Calor al rojo
Consiste en colocar materiales metálicos sobre la llama de un mechero de la
forma en la cual se describe anteriormente, hasta que alcancen color rojo vivo.
Se utiliza para esterilizar instrumental metálico (puntas de ansas, agujas,
pinzas, etc.).
Radiaciones
No ionizantes
Luz ultravioleta (UV): La porción Ultravioleta del espectro que se utiliza para
esterilizar corresponde a radiaciones que oscilan entre 200 y 300 nm. Para ello
se utilizan lámparas de vapor de mercurio, que producen radiaciones con
escasa capacidad para poder penetrar los materiales, por lo que sólo los
microorganismos que se encuentran en la superficie de los objetos son
sensibles a este tratamiento. El mecanismo de esterilización se basa en un
fenómeno físico por el cual las ondas cortas de la radiación ultravioleta inciden
sobre el material genético (ADN) de los microorganismos y los virus, y los
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 13
Ionizantes
Rayos gamma: son radiaciones emitidas por ciertos isótopos radiactivos, como
el cobalto (60Co) o el Cesio (137Cs), ambos productos colaterales de la fisión
nuclear. Los rayos gamma esterilizan mediante acción letal contra los
microorganismos al alterar el ADN. La radiación ionizante suele utilizarse para
la esterilización y descontaminación de materiales de uso médico y en la
industria alimentaria. Esta técnica de esterilización está indicada para
materiales termo sensibles, (gomas, polietilenos, materiales quirúrgicos y
farmacéuticos). Requiere instalación compleja por lo que es solo aplicable a
gran escala.
Filtraciones
MÉTODOS QUÍMICOS
Medios de cultivo
Líquido (caldo)
Semisólido (0,2 % agar)
Sólido (1- 2 % agar)
COMPUESTO CANTIDAD
Fuente de C y energía Almidón 12 g
Fuente de N NaNO3 0.5 g
Base mineral KH2PO4 1.0 g
MgSO4 .7H2O 0.5 g
Agente solidificante Agar-agar 15 g
Agua Agua destilada 1000 mL
pH = 7.0
COMPUESTO CANTIDAD
Fuente de C y energía Sucrosa 20 g
Base mineral K2HPO4 0.15 g
CaCl2 0.01 g
MgSO4.7H2O 0.2 g
Na2MoO4 0.002 g
FeCl3 0.01 g
CaCO3 0.1 g
Agua Agua destilada 1000 mL
pH = 7.0
TRABAJO DE LABORATORIO
- Colocar dos portaobjetos dentro del vaso, dejando dos centímetros libres
(sin enterrar) por encima de la muestra de suelo y con una separación de 3
centímetros entre ellos.
- Cerrar el vaso con polietileno (lo más herméticamente posible) para evitar
la pérdida de humedad.
- Incubar a 28-30ºC.
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Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 23
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
Observación microscópica
2- Preparaciones fijadas: se coloca con ayuda de un ansa una gota del cultivo
a analizar sobre el portaobjetos (extendido) y se fija (mediante calor o agentes
químicos). En el caso de la fijación por calor se pasa el portaobjetos por la
llama del mechero con lo cual se logra adherir (fijar) el material al vidrio. La
fijación se produce principalmente debido a la coagulación de las proteínas
presentes en las células. Este paso es crucial ya que si no fijamos el preparado
adecuadamente no podremos observar los microorganismos en el microscopio
a la hora de realizar la coloración. Al realizar el proceso de fijación, las
bacterias mueren y sus paredes se vuelven más permeables a los colorantes.
Otra manera de realizar la fijación es mediante agentes químicos (alcoholes,
ácido acético, etc). Luego de fijado el preparado puede ser sometido a
diferentes tipos de coloraciones dependiendo la estructura u organismo que se
quiera poner de manifiesto.
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Métodos de coloración
Preparación y fijación de
un extendido por calor
Coloración
Observación
Tinción de Gram
Es definida como una tinción diferencial, ya que utiliza dos colorantes y clasifica
a los microorganismos en dos grandes grupos: bacterias Gram negativas y
Gram positivas. Fue desarrollada por el científico danés Hans Christian Gram
en 1884, a quien debe su nombre. Los fundamentos de la tinción de Gram
están basados en las características de la pared celular de las bacterias Gram
positivas y Gram negativas, la cual le confiere propiedades determinantes a
cada microorganismo y determina sus características tintoriales. (Ver
complemento teórico, Pared celular Unidad 1) (Tabla 1).
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Métodos de aislamiento
2. Aislamiento biológico
Las condiciones de asepsia son clave para trabajar con microorganismos. Los
principales requisitos para trabajar asépticamente son:
- La atmósfera del laboratorio debe ser lo más limpia posible (evitar corrientes
de aire, polvo, humo, etc.). Lo más adecuado es manejar los cultivos de
microorganismos en cámaras de flujo laminar. Estas cámaras consisten en
gabinetes cerrados con flujo de aire filtrado hacia el operador, con lo que se
evita la introducción de elementos contaminantes en la mesa de trabajo. Es
conveniente que toda la habitación sea sometida a radiación UV antes de
trabajar.
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 30
TRABAJO DE LABORATORIO
Procedimiento:
- Extender con el ansa una alícuota de cultivo de manera uniforme sobre el
portaobjeto.
- Fijar los extendidos sobre la llama del mechero
- Cubrir el portaobjeto con fucsina.
- Dejar actuar durante un minuto.
- Lavar con agua.
- Secar en la columna de aire caliente del mechero.
- Observar al microscopio con objetivo de inmersión (100 x).
3. Coloración diferencial
En condiciones de asepsia tomar con un ansa una alícuota del cultivo en medio
general preparado en el Práctico anterior, colocar la alícuota en un extremo de
la caja de Petri y extenderla formando estrías sobre la superficie del medio de
un cultivo sólido (agar nutritivo) con el objetivo de obtener colonias aisladas.
Luego incubar a 28-30°C.
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Objetivos:
INTRODUCCIÓN
Número x mm2
b) Método turbidimétrico:
Se basa en la capacidad de las células para dispersar la luz que incide sobre
ellas, siendo el grado de dispersión proporcional a la biomasa o cantidad de
células presente. La turbidez es la disminución de la luz transmitida a través del
tubo (Transmitancia), lo que equivale a mayor cantidad de luz absorbida
(Absorbancia). Para poder medir la absorbancia se utiliza un espectrofotómetro
donde las lecturas obtenidas en el aparato se expresan en unidades de
densidad óptica (DO). Este método requiere realizar previamente una curva
patrón relacionando la DO con recuentos (mediante otros métodos) realizados
para cada tipo de microorganismo estudiado. Estos métodos son ampliamente
usados para evaluar el crecimiento de una población sin disturbar la muestra
(Figura 2).
Luz incidente
Figura 2. Espectrofotómetro
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 36
Consiste en contar las colonias que se desarrollan sobre o dentro del agar
asumiendo que cada célula origina una sola colonia. Como no siempre una
colonia se forma a partir de una sola célula, los resultados se expresan en
unidades formadoras de colonias (UFC). A pesar de esta limitación es un
método ampliamente utilizado debido a su practicidad. Antes de realizar la
siembra de una muestra mediante este método, usualmente se realizan
diluciones seriadas. El resultado se expresa en UFC/mL o UFC/g.
Solidificación e
incubación
Colonias creciendo
en superficie
Colonias creciendo
embebidas en el agar
El inóculo es Medio estéril es adicionado y
pipeteado dentro de mezclado con el inóculo
una placa estéril
Colonias creciendo
Incubación en superficie
Algunas de las ventajas del método del Número más Probable son: (a)
la capacidad de estimar tamaños poblacionales basados en atributos
relacionados a un proceso (selectividad) (por ejemplo, se puede determinar la
densidad poblacional de organismos con capacidad de degradar la celulosa en
una muestra de suelo utilizando medios de cultivo que contengan celulosa
como única fuente de carbono), (b) proveer una recuperación uniforme de las
poblaciones microbianas de suelos diversificados, (c) determinar sólo
organismos vivos y activos metabólicamente, y (d) ser más rápido e incluso
más confiable que los métodos tradicionales de esparcimiento en platos de
cultivo.
Diluciones seriadas
Suspensión o
inóculo a sembrar Batería de tres tubos
1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL
X g suelo
en
X mL de solución
salina estéril Suspensión/dilución
10-2 10-3 10-4 10-5 10-6 10-7 10-8 10-9
10-1
Agitar 2 o 3 minutos
ESTUFA
LECTURA
3- Lectura
Una vez que cada uno de los grupos funcionales han sido incubado se procede
a la lectura. En el caso de realizar recuento en medio líquido, para poder
obtener el NMP se procede de la siguiente manera: 1) se ordenan los tubos
desde la dilución más concentrada a la más diluida que se utilizó para sembrar
cada grupo funcional; 2) se cuentan los tubos positivos de cada dilución
(número característico) y 3) se ingresa a la tabla de Mc Grady con el numero
característico para obtener el NMP.
Nº Nº
NMP Nº Característico NMP NMP
Característico Característico
000 ‹0.3 111 1.1 222 3.5
001 0.3 112 1.5 223 4.2
002 0.6 113 1.9 230 2.9
003 0.9 120 1.1 231 3.6
010 0.3 121 1.5 232 4.4
011 0.61 122 2.0 233 5.3
012 0.92 123 2.4 300 2.3
013 1.2 130 1.6 301 3.9
020 0.62 131 2.0 302 6.4
021 0.93 132 2.4 303 9.5
022 1.2 133 2.9 310 4.3
023 1.6 200 0.91 311 7.5
030 0.94 201 1.4 312 12
031 1.3 202 2.0 313 16
032 1.6 203 2.6 320 9.3
033 1.9 210 1.5 321 15
100 0.36 211 2.0 322 21
101 0.72 212 2.7 323 29
102 1.1 213 3.4 330 24
103 1.5 220 2.1 331 46
110 0.73 221 2.8 332 110
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 43
TRABAJO DE LABORATORIO
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
donde :
d: días de incubación
TRABAJO DE LABORATORIO:
Procedimiento:
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
- Debe estar envasado para proteger a los microorganismos hasta que sea
usado por el productor. Para ello, el envase debe permitir el intercambio de
gases y la retención de la humedad.
- Que el envase provea instrucciones claras y una lista de las especies con las
cuales nodula efectivamente.
- El nombre y dirección del fabricante deben estar impresos en el paquete.
Si el inoculante es sólido:
- Sanitizar el envase con alcohol 70%.
- Homogeneizar el envase mediante agitación manual (durante 30 segundos).
- En forma aséptica abrir el envase, extraer y pesar 10 gramos de producto en
forma aséptica y colocarlos en 90 mL de solución salina estéril
(suspensión/dilución: 1/10).
- Mezclar con agitador por 15 a 20 minutos.
- En forma aséptica extraer 1 mL de la suspensión/dilución con pipeta estéril
bajo llama de mechero o cámara de flujo laminar.
- Realizar diluciones al décimo con solución salina estéril.
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inoculante sólido
(X g + X mL de
solución salina estéril)
Inoculante sólido
suspensión
1 mL
1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL 1 mL
9 mL de solución
salina estéril
-2 -3 -4 -5 -6 -7 -8
10 10 10 10 10 10 10
1 mL 1 mL 1 mL
medio Y.E.M.
incubar
calcular
Si el inoculante es líquido:
semillas grandes: hasta 2,4 litros cada 100 kg de semilla (soja: 900
mL/100 kg, ya que el exceso de humedad provoca ruptura de
tegumentos)
semillas chicas: hasta 4 litros cada 100 kg de semillas (alfalfa 1000
mL/100 kg)
Se puede utilizar agua azucarada al 10%, el uso de azúcar decrece la
mortandad de rizobios durante la desecación de las semillas. La mezcla puede
realizarse en hormigonera, inoculadora o directamente en la tolva de la
sembradora.
TRABAJO DE LABORATORIO
Procedimiento:
- Cortar las raíces de plantas noduladas.
para soja.
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
1. Muestra y tamizados:
3. Interfase:
4. Centrifugado:
5. Recolección de esporas:
- Extraer la fase inferior (de sacarosa) del tubo, volcar sobre un tamiz pequeño
y lavar con abundante agua corriente para eliminar la sacarosa y evitar la
ruptura de esporas por presión osmótica.
Lavar las raíces con agua corriente, colocar en los tubos KOH hasta cubrir
las raíces. Colocar los tubos en una gradilla. Llevar a baño térmico a 80°C
durante 20 minutos.
Lavado: eliminar el KOH y lavar las raíces con abundante agua.
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 68
Se procede a montar las raíces a los porta objetos (10 raíces por porta
ubicadas verticalmente) y se les coloca una gota de PVLG para fijar el
cubreobjetos. Se los cubre con cubre objeto y se los pone a secar en estufa a
40-60 °C 2-3 días.
Tinción de raíces:
TRABAJO PRÁCTICO
1. Tinción de raíces
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
Se limpia la boca del grifo con un cepillo con detergente, cuidando de eliminar
la suciedad que habitualmente se acumula en la parte interna del orificio.
Después se deja salir agua abundante durante 2 o 3 minutos y se cierra el grifo
para esterilizarlo. Se esteriliza el grifo calentándolo durante un par de minutos
(puede ser con un hisopo de algodón embebido en alcohol y encendido). Se
abre con cuidado y se deja salir el agua durante un minuto hasta que se enfríe.
Una vez que se ha enfriado el grifo y sosteniendo el recipiente estéril por la
parte inferior se destapa cuidadosamente evitando el contacto de los dedos con
la boca del recipiente, se llena y se tapa.
En este caso puede tratarse del grifo de una bomba accionada a mano, molino
o motor. Es importante cuando se examinan aguas provenientes de pozos,
extraer muestras cuyas características bacteriológicas correspondan
exactamente a las del agua del pozo, por ello conviene tomar las muestras de
Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 73
grifos que estén conectados directamente a las cañerías ascendentes del pozo.
En caso contrario, el agua evaluada puede provenir de depósitos de reserva o
antepozos que se pueden llegar a encontrar en malas condiciones de higiene,
influyendo en los resultados del examen que no indicaran fielmente la calidad
del agua.
Para tomar las muestras se debe limpiar la boca del grifo eliminando
toda la suciedad acumulada en su interior (con un cepillo con detergente). Si el
pozo es de uso continuo, basta dejar correr el agua durante 30 minutos. En
cambio, si el pozo está fuera de servicio o se utiliza muy poco, se debe dejar
correr el agua durante 5 horas como mínimo antes de tomar la muestra. Luego,
se limpia la boca del grifo y se toma la muestra tal como se explicó en el punto
anterior.
Si bien existen varios métodos para determinar coliformes, uno de los más
utilizados es el método Británico. Este método consiste en utilizar la capacidad
de este grupo microbiano para fermentar la lactosa, utilizando como medio de
cultivo caldo Mac Conkey (contiene sales biliares para impedir el desarrollo de
microorganismos grampositivos). El medio Mac Conkey contiene lactosa y un
indicador de pH que vira hacia amarillo a pH ácido cuando la lactosa es
fermentada. Los tubos utilizados deben presentar la campana de Durham para
evaluar la producción de gas. Las determinaciones constan de dos fases, la
fase presuntiva y la fase confirmativa.
3 10 mL (100) 10 mL Doble
3 1 mL(100) 10 mL Simple
3 1 mL (10-1) 10 mL Simple
Una vez que los tubos son incubados se debe realizar la lectura.
- Negativos: aquellos tubos sin viraje del medio de cultivo o sin la presencia de
gas.
Coliformes fecales: los tubos positivos para coliformes totales se repican con
ansa y se siembran en tubos de concentración simple según la técnica del
NMP en medio líquido Mac Conkey (producción de ácido y gas). Los tubos, se
incuban a 44-45°C por 48 horas y se realiza la lectura de los mismos.
Escherichia coli: de los tubos positivos para coliformes fecales, se siembra por
estriado en medio sólido EMB-Levine y se incuba a 37°C por 24 horas. El
medio Eosina-Azul de Metileno (EMB o Levine) es un medio rico lactosado con
dos colorantes, eosina y azul de metileno. Estos colorantes funcionan como
inhibidores del crecimiento de bacterias grampositivas. En este medio las
colonias presuntivas de E. coli crecen de color negro con brillo verde
metalizado en la superficie. A las colonias presuntivas se les realiza
confirmación mediante métodos bioquímicos.
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Agua potable
(CAA) 500 <3 NE Ausente Ausente
Agua
envasada 500 <3 NE Ausente Ausente
(CAA)
Recreacional
NE NE NE NE 126
(EPA)
Efluentes
NE < 5000 <1000 NE NE
(SRH)
CAA: Código Alimentario Argentino. NE: no especifica. EPA: Agencia de Protección Ambiental de
los EEUU. SRH: Subsecretaría de Recursos hídricos de la Provincia de Córdoba.
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TRABAJO DE LABORATORIO
2. Interpretación de resultados
- Realizar el recuento de coliformes fecales de muestras de agua (provistas por
el profesor) mediante el método de NMP y comparar con normas de referencia
para consumo humano.
- Observar colonias de E. coli creciendo sobre medio EMB-Levine.
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Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 81
Objetivos:
INTRODUCCIÓN
Criterio Obligatorio
Determinaciones Límites
Escherichia coli
Ausencia/ 65g
O157:H7
Salmonella spp. Ausencia/ 10 g
Criterio complementario
Determinación Límites
Recuento de Aerobios Mesófilos /g 107
Recuento de Escherichia coli /g 500
Recuento de Staphylococcus aureus coagulasa positiva /g 1000
TRABAJO DE LABORATORIO