COMBASE DMFit Web Edition

DMFit web edition
Cabeza-Herrera, E.A.
Departamento de Microbiologa, Facultad de Ciencias Bsicas, Universidad de
Pamplona. Campus Universitario, Km. 1, va a Bucaramanga. Pamplona, Colombia.
[email protected]
1.
Introduccin
La edicin web del DMFit es una aplicacin on-line aplicada para ajustar curvas bacterianas
donde la fase lineal (fase exponencial) est precedida de una fase de adaptacin y una posterior
estacionaria. La edicin web del DMFit ha sido elaborada con financiamiento del UK Food
Standards Agency (Agencia de Normas Alimentarias del Reino Unido).
La versin de escritorio del DMFit (descargable de http://www.ifr.ac.uk/safety/DMFit) es parte del
sistema utilizado en el Institute of Food Research (Instituto de Investigacin Alimentaria) para
modelar la variacin del logaritmo del nmero de clulas bacterianas de un cultivo en funcin del
tiempo. (DM: modelizacin dinmica). Los modelos del ComBase predictor, al cual puede
accederse a travs del sitio web ComBase (http://www.combase.cc) fueron desarrollados
utilizando DMFit.
Esta edicin del DMFit permite al usuario:
2.
Ver una representacin grfica de los datos de crecimiento/supervivencia microbiana.

Ajustar los datos un modelo de crecimiento/supervivencia para obtener estimaciones de
parmetros cinticos como:
o Velocidad Mxima de crecimiento/muerte
o Fase de latencia (o interfase)
o Nmero inicial de clulas
o Nmero final de clulas
o Estimacin de errores tpicos o estndar de estos parmetros.
Descripcin de la interfaz del usuario
La pantalla se compone de cuatro reas fundamentales (ver figura 1):

1. Un espacio dedicado al ingreso del conjunto de datos, el cual se ubica en la parte
superior izquierda de la pantalla.
2. El rea de seleccin por parte del usuario del tipo de modelo que se utilizar, esta rea
se ubica en la parte superior derecha de la pantalla.
3. A continuacin en la tercera rea ubicada en el recuadro inferior derecho se muestra los
'Resultados' con la estimacin de los parmetros del modelo y la bondad del ajuste.
4. Finalmente, en la parte inferior izquierda de la pantalla puede visualizarse de forma
grfica los resultados.
2.1. Cargando datos

El tiempo vs conteo logartmico log10 (o conteo LN) debe ser cargado en la "entrada de datos"
de texto, en el lado izquierdo de la pantalla. El conjunto de datos debe ser escrito directamente
en el cuadro de texto como sigue: Valor de tiempo, espacio, valor log del conteo bacteriano,
enter, (repetir para cada lnea). Alternativamente, los datos pueden ser copiados desde otra
aplicacin (por ejemplo, hoja de clculo de Excel, fila de texto) y pegar directamente en la
'entrada de datos "de texto.
Figura 1. Interfaz principal (pantalla) del DMFit, con la ubicacin de las reas principales.
Cuando las concentraciones de bacterias son ms bajas que el umbral de deteccin, puede ser
usado "-0,01" como cdigo para "No Detectado". Para cargar este punto de datos, simplemente
escriba: el tiempo de medicin, espacio, -0,01, enter. Aunque se muestra en el grfico, este
punto no se utiliza en el ajuste.
2.2. Cmo introducir los datos el conteo vs tiempo?

Los datos deben ser insertados en el espacio entrada de datos (data input rea 1) en la forma
como se muestra a continuacin:
0
1
2
4
5
8
10
11
-0.01
3.5
4.1
5.95
6.35
8.21
9.1
8.6
Solo se aceptan caracteres numricos (0-9), tabulacin, espacio, enter, - estn

permitidos en el cuadro de texto.
Para cada grupo de datos, el tiempo debe ser ingresado antes que el conteo log
bacteriano.
Debe usarse el smbolo punto como separador de decimales.
Tenga en cuenta que -0.01 slo debe utilizarse como un cdigo para N/D (no
detectado).
2.3. Mediciones por debajo del umbral de deteccin

Cuando la concentracin de microorganismos es menor al nivel de deteccin, -0.01 puede ser
usado como un cdigo para N/D (No detectado).
Tenga en cuenta que -0.01 se utilizar tan slo como un cdigo, y aunque estos datos se
muestren en el grfico, no se utilizan durante el ajuste.
2.4. Otros requisitos
3.
Los recuentos bacterianos deben ser ingresados como logaritmo, ya sea log10 ufc/ml o
ln ufc/ml (o log10 ufc/g o ln ufc/g).
Debe haber un mnimo de 2 datos y mximo 100 datos (log recuento vs tiempo) para
cada grupo de datos.
Modelos
3.1. Modelos disponibles y la importancia de los parmetros

Una descripcin de los parmetros que definen los modelos disponibles en DMFit se
presenta a continuacin:
Valor inicial: Describe el logaritmo inicial de la densidad de clulas bacterianas (en log10
ufc/g Ln ufc/g).
Fase Lag/interfase: El tiempo de latencia (o interfase en el caso de una curva de
supervivencia). El tiempo de latencia se define generalmente como la interseccin entre
la tangente de la fase de crecimiento exponencial y el valor inicial. Las unidades son las
mismas que las unidades utilizadas por los datos de tiempo.
Velocidad o Tasa mxima: Hace relacin a la mxima velocidad o tasa de crecimiento
(o la mxima tasa de mortalidad en caso de una curva de supervivencia). Las unidades
de las estimaciones estn relacionada con las unidades de los datos. Por ejemplo, si el
conteo bacteriano est expresado en log10 ufc/g y el tiempo en horas, la mxima
velocidad de crecimiento/muerte es log10 ufc/g/h.
Valor final: Se refiere al logaritmo de la densidad celular final, en las mismas unidades
que los datos.
Las curvas bacterianas pueden ser ajustadas a dos tipos diferentes de modelos (o de forma
parcial a estos modelos):
El modelo de Baranyi y Roberts

El modelo trilineal, modelos bifsicos y modelos lineales
3.2. Modelo de Baranyi y Roberts

El modelo de Baranyi y Roberts (1994) describe una curva bacteriana sigmoidea. La diferencia
principal entre este modelo y otras curvas sigmoidales como la funcin modificada de Gompertz,
el modelo logstico, etc., es que las interfases son mas lineales que los de aquellas curvas
sigmoideas clsicas, las cuales tienen una mayor pronunciacin en la curvatura de estas
interfases. El modelo de Baranyi y Roberts tiene 4 parmetros principales (valor inicial, fase de
latencia o retraso/interfase, tasa mxima, valor final) y 2 parmetros de curvatura: mCurv y
nCurv, los cuales describen la curvatura de la curva sigmoidea respectivamente al principio y al
final de la fase de crecimiento. En la versin de escritorio de DMFit, estos parmetros, aunque no
estn optimizados, se pueden omitir uno de ellos o ambos, por el programa si as se requiere. En
esta versin, los valores de mCurv y nCurv dependen del modelo seleccionado por el usuario:
Cuando se selecciona Modelo de Baranyi y Roberts no lag, el parmetro mCurv se
establece como cero, es decir, el modelo describe solo el crecimiento o la muerte y la fase
estacionaria.
Figura 2. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts sin fase de latencia.
Al seleccionar Modelo de Baranyi y Roberts no asymtot ", el parmetro nCurv se establece

en cero. En consecuencia, el modelo describe slo la fase de latencia o retraso/interfase y la
fase de crecimiento o la fase de muerte.
Figura 3. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts sin interfase de

exponencial a estacionaria y sin fase estacionaria.
Al seleccionar el Modelo de Baranyi y Roberts modelo completo", se utilizan para mCurv y

nCurv los siguientes valores por defecto:
mCurv=10
nCurv=1
Figura 4. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts completo: fase de

latencia/interfase, fase exponencial/interfase, fase estacionaria.
3.3. Modelo trilineal, modelos bifsicos o modelos lineales

Modelo trilineal: Como su nombre lo indica, el modelo trilineal describe la curva de crecimiento
bacteriana con tres lneas: la fase de latencia y la fase estacionaria se describen por dos rectas
horizontales. La pendiente de la tercera lnea recta describe la fase de crecimiento / muerte y es
llamada velocidad o tasa mxima.
Figura 5. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts trilineal.
Modelos bifsicos: Cuando la curva bacteriana no presenta fase de latencia / interfase o

ninguna fase estacionaria, los modelos bifsicos sin fase de latencia (figura 6) o estacionaria
(figura 7) pueden preferirse al modelo trilineal.
Figura 6. Curva de crecimiento ajustada a un Modelo bifsico sin fase de latencia/interfase
(modelo no-lag)
Figura 7. Curva de crecimiento ajustada a un Modelo bifsico sin interfase/fase estacionaria

(modelo no-asymtot)
Modelo lineal: Cuando el conteo bacteriano describe slo la fase de crecimiento / fase de
muerte, los datos puede ser ajustados a un modelo lineal.
Figura 8. Curva de crecimiento ajustada a un Modelo lineal (sin fases de latencia y estacionaria
ni interfases))
3.4. Ajuste del Modelo

Despus de haber cargado los datos en la "Entrada de datos Data input" de texto y
seleccionado el modelo ms adecuado, los datos se pueden ajustar pulsando el botn "Ajustar Fit".
Cuando se usa el modelo lineal, los coeficientes de regresin son calculados con base a una
regresin lineal normal.
Para cualquier otro modelo, haga clic en el botn 'Fit' el cual hace una primera estimacin de los
parmetros de crecimiento y, a continuacin, el programa utiliza este clculo como punto de
partida para la estimacin de los parmetros no lineales por un mtodo de mnimos cuadrados.
Si el algoritmo de ajuste no converge a una solucin, aparece el siguiente mensaje de error
(mostrado en la figura 9): " Datos no compatibles con el modelo seleccionado Data not
consistent with model selected". Usted debe entonces tratar de ajustar los datos con otro
modelo.
Figura 9. Mensaje de error debido a la incompatibilidad del modelo seleccionado (modelo
completo) con respecto a los datos.
Cuando el programa encuentra las estimaciones para los parmetros, la estimacin de los
parmetros y sus errores estndar se muestran en el panel de Resultados", junto con la grafica
de ajuste de datos (figura 10):
"R-square (R-cuadrado): R-cuadrado del ajuste
'SE of Fit' (Desviacin estndar): Error estndar del ajuste
Figura 10. Resultado del ajuste de los datos con un modelo compatible, en esta caso ajustado al
modelo de Baranyi y Roberts sin fase de latencia.
3.5. Unidades
Las unidades de las estimaciones se refieren a las unidades de los datos en la "Entrada de
datos" de texto. Por ejemplo, si el conteo bacteriano est expresado en log10 ufc/g y el tiempo en
horas, la mxima velocidad de crecimiento/velocidad de muerte se expresar en log10 ufc/g/h. Si
el conteo se encuentra expresado en Ln ufc/g y el tiempo en horas, la mxima velocidad se
expresar en Ln ufc/g/h (la velocidad expresada en estas unidades tambin se denomina
Mxima velocidad especfica).
De manera similar, si el tiempo est en horas, la fase de latencia/interfase ser expresado en
horas. Las estimaciones para el valor inicial y el valor final tambin se encuentran en las mismas
unidades que los datos (normalmente log10 ufc/g Ln ufc/g).
4.
Referencias Bibliogrficas
Baranyi, J., Roberts, T.A. (1994). A dynamic approach to predicting bacterial growth in food. Int.
J. Food Microbiol. 23, 277 294.
DMFit. (2009). Software de modelamiento dinmico edicin on-line. Disponible en:
http://ifrsvwwwdev.ifrn.bbsrc.ac.uk/CombasePMP/GP/DMFit.aspx.

COMBASE DMFit Web Edition

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

COMBASE DMFit Web Edition

Cargado por

Información del documento

Descripción original:

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

COMBASE DMFit Web Edition

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

DMFit web edition

Ver una representacin grfica de los datos de crecimiento/supervivencia microbiana.

Descripcin de la interfaz del usuario

La pantalla se compone de cuatro reas fundamentales (ver figura 1):

2.1. Cargando datos

2.2. Cmo introducir los datos el conteo vs tiempo?

Solo se aceptan caracteres numricos (0-9), tabulacin, espacio, enter, - estn

2.3. Mediciones por debajo del umbral de deteccin

2.4. Otros requisitos

3.1. Modelos disponibles y la importancia de los parmetros

El modelo de Baranyi y Roberts

3.2. Modelo de Baranyi y Roberts

Al seleccionar Modelo de Baranyi y Roberts no asymtot ", el parmetro nCurv se establece

Figura 3. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts sin interfase de

Al seleccionar el Modelo de Baranyi y Roberts modelo completo", se utilizan para mCurv y

Figura 4. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts completo: fase de

3.3. Modelo trilineal, modelos bifsicos o modelos lineales

Figura 5. Curva de crecimiento ajustada al Modelo de Baranyi y Roberts trilineal.

Modelos bifsicos: Cuando la curva bacteriana no presenta fase de latencia / interfase o

Figura 7. Curva de crecimiento ajustada a un Modelo bifsico sin interfase/fase estacionaria

3.4. Ajuste del Modelo

También podría gustarte