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How To Cluster With openMPI

El documento describe los pasos para configurar un cluster MPI usando OpenMPI en Linux. Incluye la instalación de paquetes necesarios, configuración de cuentas SSH y llaves públicas/privadas para acceso sin contraseña, compartir directorios mediante NFS, y probar la ejecución de un programa MPI en el cluster especificando el archivo de host y número de procesos.

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Marlenne Mendoza
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El documento describe los pasos para configurar un cluster MPI usando OpenMPI en Linux. Incluye la instalación de paquetes necesarios, configuración de cuentas SSH y llaves públicas/privadas para acceso sin contraseña, compartir directorios mediante NFS, y probar la ejecución de un programa MPI en el cluster especificando el archivo de host y número de procesos.

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# descargar los paquetes openmpi-bin openmpi-common libopenmpi1.

3 libopenmpi-dev nfs-kernel-server nfs-co mmon portmap ########## configuracin de las cuentas ssh ######################### # crear usario para el cluster en la mquina maestro y en la mquina esclavo (mismo nombre en ambas) # entrar en cada mquina con la cuenta del nuevo usario # permitir acceso del cluster a los esclavos y visceversa, en todas las mquinas a gregar al archivo /etc/ssh/sshd_config la sig lnea AllowUsers cluster # reiniciar el servicio ssh para que los cambios realizados sean vlidos # sudo service ssh restart # cada usario debe hacer una carpeta oculta llamada "ssh" en la carpeta personal de la cuenta del cluster mkdir .ssh # en el nodo maestro # crear un par de llaves tipo dsa para evitar usar passwords ssh-keygen -t dsa # la llave generada se localiza en el directorio .ssh en el nodo maestro # copiar llave pblica del maestro a cada esclavo, o compartirla, o va USB scp .ssh/id_dsa.pub [email protected]:/home/cluster/.ssh # en cada esclavo # concatenar la llave al archivo id_dsa.pub al archivo authorized_keys2 cat id_dsa.pub >> authorized_keys2 # cambiar los permisos del archivo authorized_keys2 chmod 600 authorized_keys2 # conectarse del maestro a cada uno de los esclavos ssh [email protected] # escribir la frase utilizada para crear la llave dsa, listo!!! ########## configuracin de network file system ######################### # instalar nfs (network system file) # instalar nfs-kernel-server nfs-common portmap # solo en el maestro gedit etc/exports #poner la linea /home/cluster 192.168.10.0/24(rw,no_subtree_check,async,no_root_squash) # reiniciar el servicio service nfs-kernel-server restart # en los esclavos... # instalar los paquetes nfs-common portmap sudo apt-get install nfs-common portmap # Una vez que termino la instalacion probaremos si el directorio compart ido es accesible desde el nodo: showmount -e 192.168.10.100 (la direccin del maestro) # debemos obtener Export list for 192.168.0.100: /home/cluster 192.168.10.0/24 # montar el recurso desde linea de comando sudo mount -t nfs 192.168.10.100:/home/cluster /home/cluster # comprobar mediante el siguiente comando mount # obtendremos 192.168.10.100:/home/cluster on /home/cluster type nfs (rw,addr= 192.168.0.100) ########## probar el cluster #########################

#crear archivo /user/cluster/.mpi_hostfile # The Hostfile for Open MPI # The master node, 'slots=2' is used because it is a dual-processor mach ine. localhost slots=1 # The following slave nodes are single processor machines (poner las dir ecciones de los esclavos): slave1 slave2 slave3 # crear el archivo "prueba.c" con el sig cdigo #include <stdio.h> #include <mpi.h> int main(int argc, char *argv[]) { int numprocs, rank, namelen; char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen); printf("Process %d on %s out of %d\n", rank, processor_name, numprocs) ; MPI_Finalize(); } # compilarlo mpicc prueba.c -o prueba # ejecutarlo, donde "-np num" indica el nmero de procesos. mpirun -np 3 --hostfile .mpi_hostfile ./prueba # obtendremos [email protected]'s password: Process 1 on debian-off-line out of 3 Process 2 on debianOff out of 3 Process 0 on debianOff out of 3

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