Estructura qumica

Estructura de la molcula de cido ntrico, mostrando ngulos y enlaces.

La estructura qumica de una sustancia qumica aporta informacin sobre el modo en que se
enlazan los diferentes tomos o iones que forman unamolcula, o agregado atmico. Incluye
la geometra molecular, la configuracin electrnica y, en su caso, la estructura cristalina .
La geometra molecular se refiere a la ordenacin espacial de los tomos en
una molcula (incluyendo distancias de enlace y ngulos de enlace) y losenlaces
qumicos que mantienen unidos a los tomos. La geometra molecular debe explicar la forma
de las molculas ms simples como las de oxgeno onitrgeno diatmicos, hasta las ms
complejas, como una molcula de protenao de ADN. Con este trmino tambin podemos
referirnos a estructuras donde no existen molculas propiamente dichas. Los compuestos
inicos o covalentes no formas molculas sino redes tridimensionales, enormes agregados de
tomos o iones, con una estructura regular, simtrica y peridica.
Una vez conocida o supuesta la estructura qumica de una molcula es posible representarla
mediante modelos como elmodelo de barras y esferas o el modelo de espacio lleno.
Molcula

Red atmica

Red inica

Red metlica

cido tioactico, CH3COSH

Diamante, Cn

Yoduro de cobre (I),

CuI2

Metal

Enlace covalente
molecular

Enlace covalente
reticular

Enlace inico

Enlace metlico

ndice
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1 Geometra de molculas covalentes

o

1.1 Geometra y estructura de molculas sencillas

2 Determinacin de la estructura

3 Vase tambin

4 Referencias

Geometra de molculas covalentes[editar]

Artculo principal: Geometra molecular

La ordenacin espacial de los tomos en una determinada molcula es aquella que permite la
formacin de los enlaces entre dichos tomos con la menor repulsin posible entre sus nubes
electrnicas, que tienden a alejarse lo ms posible unas de otras. La teora de repulsin de
pares de electrones de la capa de valencia (Teora RPECV) da una prediccin aproximada de
la forma o estructura de muchas molculas simples a partir de los pares de electrones (PE)
compartidos y no compartidos de cada tomo central.
La geometra molecular de un compuesto qumico puede representarse de modo aproximado
mediante su frmula estructural, usando modelos 2D y 3D.
La configuracin electrnica describe la distribucin de los electrones de un tomo entre los
distintos niveles y subniveles de energa ascomo la ocupacin de los orbitales moleculares de
un compuesto.

Geometra y estructura de molculas sencillas[editar]

Artculo principal: TREPEV

La teora RPECV da una buena aproximacin de la forma y estructura de muchas molculas,

que se complementa con otras aportaciones como la teora de la hibridacin o teora de
orbitales hbridos (OH).
En la tabla inferior aparecen varias molculas sencillas, con algunas de las formas ms
comunes.

Molcula lineal

Molcula angular

Molcula plana

Molcula
piramidal

Molcula
tetradrica

Molcula
de sulfuro de
carbonilo, S=C=O

Molcula de agua,
H2 O

Dos dobles enlaces 4 PE

Molcula
de trifluoruro de
boro, BF3,
mostrando modos
de vibracin

Molcula
de tiotionilo, S2F2

Molcula
detetrafluoruro de
silicio, SiF4

3 PE

4 PE

4 PE

Obviamente, cuando aumenta el nmero de tomos de la molcula, aumenta la complejidad

de su estructura y la dificultad de su determinacin. Algunas molculas cuyas estructuras
fueron difciles de determinar son las siguientes.
Benceno

Kekul (1865)

Hlices (protenas)

Pauling y Corey (1951)

ADN

Watson y Crick (1953)

Determinacin de la estructura[editar]

Hemoglobina

Max F. Perutz (1960)

La determinacin estructural en qumica es el proceso de determinar la estructura qumica de

una sustancia qumica. Prcticamente, el resultado final de tal proceso es la obtencin de las
coordenadas de los tomos en la molcula, las distancias entre ellos y los ngulos entre sus
enlaces.1 Los mtodos por los que se puede determinar la estructura de una molcula son
muy variados: existen diversos mtodos de espectroscopia, tales como la resonancia
magntica nuclear(RMN), espectroscopia infrarroja y espectroscopia Raman, microscopa
electrnica, y cristalografa de rayos X (difraccin de rayos X). Esta ltima tcnica puede
producir modelos 3D con resolucin atmica, siempre que la sustancia est en forma
decristales, pues la difraccin de rayos X necesita numerosas copias de la molcula que est
siendo analizada que debe estar, por tanto, dispuesta de una manera organizada, como en el
estado cristalino.1
Los mtodos siguientes son habituales para determinar la estructura qumica:

Difraccin de rayos X

RMN de protones

RMN de Carbono

Espectrometra de masas

Espectroscopa infrarroja

Los mtodos siguientes son habituales para determinar la estructura electrnica:

Resonancia paramagntica electrnica

Voltametra cclica

Espectroscopa de absorcin de electrones

Espectroscopa de fotoelectrones emitidos por rayos X

Geometra molecular

Geometra de la molcula de agua.

La geometra molecular o estructura molecular se refiere a la disposicintridimensional de

los tomos que constituyen una molcula. Determina muchas de las propiedades de las
molculas, como son la reactividad, polaridad, fase, color,magnetismo, actividad biolgica, etc.
Actualmente, el principal modelo de geometra molecular es la Teora de Repulsin de Pares
de Electrones de Valencia (TRPEV), empleada internacionalmente por su gran predictibilidad.
ndice
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1 Determinacin de la geometra molecular

2 Movimiento atmico

3 Enlaces atmicos

4 Ismeros

5 Tipos de estructura molecular

6 Referencias

7 Bibliografa

8 Enlaces externos

Determinacin de la geometra molecular[editar]

Las geometras moleculares se determinan mejor cuando las muestras estan prximas al cero
absoluto porque a temperaturas ms altas las molculas presentarn un movimiento
rotacional considerable. En el estado slido la geometra molecular puede ser medida
por Difraccin de rayos X. Las geometras se pueden calcular por procedimientos mecnico
cunticos ab initio o por mtodos semiempricos de modelamiento molecular.

La posicin de cada tomo se determina por la naturaleza de los enlaces qumicos con los
que se conecta a sus tomos vecinos. La geometra molecular puede describirse por las
posiciones de estos tomos en el espacio, mencionando lalongitud de enlace de dos tomos
unidos, ngulo de enlace de tres tomos conectados y ngulo de torsin de tres enlaces
consecutivos.

Movimiento atmico[editar]
Dado que el movimiento de los tomos en una molcula est determinado por la mecnica
cuntica, uno debe definir el "movimiento" de una manera cuntica.
Los movimientos cunticos (externos) de traslacin y rotacin cambian fuertemente la
geometra molecular. (En algn grado la rotacin influye en la geometra por medio de
la fuerza de Coriolis y la distorsin centrfuga, pero son despreciables en la presente
discusin).
Un tercer tipo de movimiento es la vibracin, un movimiento interno de los tomos en una
molcula. Las vibraciones moleculares son armnicas (al menos en una primera
aproximacin), lo que significa que los tomos oscilan en torno a su posicin de equilibrio,
incluso a la temperatura del cero absoluto. En el cero absoluto todos los tomos estn en su
estado vibracional basal y muestran movimiento mecnico cuntico de punto cero, esto es, la
funcin de onda de un modo vibracional simple no es un pico agudo, sino un exponencial de
ancho finito. A temperaturas mayores, los modos vibracionales pueden ser excitados
trmicamente (en un interpretacin clsica, esto se expresa al enunciar que "las molculas
vibrarn ms rpido"), pero siempre oscilan alrededor de una geometra reconocible para la
molcula.
Para tener una comprensin ms clara de la probabilidad de que la vibracin de una molcula
pueda ser trmicamente excitada, se inspecciona el factor de Boltzmann
,
donde
es la energa de excitacin del modo vibracional, es la constante de
Boltzmann y es la temperatura absoluta. A 298K (25 C), unos valores tpicos del factor de
Boltzmann son: E = 500 cm-1 --> 0.089; E = 1000 cm-1 --> 0.008; E = 1500 cm-1 --> 7 10-4.
Esto es, si la energa de excitacin es 500 cm-1, aproximadamente el 9% de las molculas
estn trmicamente excitadas a temperatura ambiente. La menor energa vibracional de
excitacin es el modo de flexin (aproximadamente 1600 cm-1). En consecuencia, a
temperatura ambiente menos del 0,07% de todas las molculas de una cantidad dada de agua
vibrarn ms rpido que en el cero absoluto.
Como se mencion anteriormente, la rotacin influye fuertemente sobre la geometra
molecular. Pero, como movimiento mecnico cuntico, se excita a bajas temperaturas
(comparada con la vibracin). Desde un punto de vista clsico, puede decirse que ms
molculas rotan ms rpidamente a temperatura ambiente, esto es que tienen
mayor velocidad angular ymomentum angular. En lenguaje de mecnica cuntica: ms
"eigenstates" de alto momentum angular son poblados trmicamente al aumentar la
temperatura. Las energas de excitacin rotacionales tpicas estn en el orden de unos pocos
cm-1.
Los resultados de muchos experimentos espectroscpicos estn ensanchados porque
involucran una media de varios estados rotacionales. Frecuentemente es difcil obtener las
geometras a partir de los espectros a altas temperaturas, porque el nmero de estados
rotacionales rastreados en el experimento aumenta al incrementarse la temperatura. En
consecuencia, muchas observaciones espectroscpicas slo se puede esperar que
conduzcan a geometras moleculares confiables a temperaturas cercanas al cero absoluto.

Enlaces atmicos[editar]
Por definicin, los tomos en las molculas suelen estar unidos unos a otros con enlaces
covalentes, que pueden sersimples, dobles o triples, donde un "enlace" es un par de
electrones compartidos entre tomos vecinos. Otro mtodo de unin entre tomos se
denomina enlace inico en el que intervienen cationes positivos y aniones negativos, sin que
se formen molculas sino redes inicas.
La geometra molecular puede ser especificada en trminos de longitud de enlace, ngulo de
enlace y ngulo torsional. La longitud de enlace est definida como la distancia media entre
los centros de dos tomos enlazados en una molcula dada. Un ngulo de enlace es el ngulo
formado por tres tomos enlazados consecutivamente. Para cuatro tomos unidos
consecutivamente en una cadena lnea, el ngulo torsional es el ngulo entre el plano formado
por los tres primeros tomos y el plano formado por los tres ltimos tomos.

Ismeros[editar]
Los ismeros son tipos de molculas que comparten la misma frmula qumica, pero que
tienen diferentes geometras, resultando en propiedades muy distintas:

Una sustancia "pura" est compuesta de slo un tipo de ismero de una molcula
(todas tienen la misma estructura geomtrica).

Los ismeros estructurales tienen la misma frmula qumica, pero diferente

ordenamiento fsico, frecuentemente formando geometras moleculares alternas con
propiedades muy diferentes. Los tomos no estn enlazados (conectados) en el mismo
orden.

Los ismeros funcionales son una clase especial de ismeros estructurales, donde
ciertos grupos de tomos exhiben un tipo especial de comportamiento, como es un ter o
un alcohol.

Los estereoismeros pueden tener muchas propiedades fsicoqumicas idnticas y, al

mismo tiempo, actividad biolgicamuy diferente. Esto se debe a que poseen
la quiralidad que es muy comn en los sistemas vivientes. Una manifestacin de esta
quiralidad es su habilidad para hacer rotar la luz polarizada en direcciones diferentes.

Protein folding, que concierne a la compleja geometra y diferentes ismeros que

las protenas pueden tener.

La geometra molecular se representa en una pirmide en la cual en la punta inicial hay una
molcula de oxgeno con carga negativa, quedando en las otras dos puntas dos molculas de
hidrgeno con carga positiva, que son separadas por un ngulo de 104.5; el enlace que une
los hidrgenos con el oxgeno se llama enlace covalente, y tambin existe un enlace que une
a otra pirmide idntica a la anteriormente nombrada llamado enlace puente hidrgeno.

Tipos de estructura molecular[editar]

Tipo de
molcula

Forma

Disposicin
electrnica

Geometra

Ejemplos

AX1En

Molcula
diatmica

HF, O2, CO

AX2E0

Lineal

BeCl2, HgCl2, CO2, PbCl2

AX2E1

Angular

NO2, SO2, O3

AX2E2

Angular forma
"V"

H2O, OF2, SCl2

AX2E3

Lineal

XeF2, I3

AX3E0

Trigonal plana

BF3, CO32, NO3, SO3

Tipo de
molcula

Forma

Disposicin
electrnica

Geometra

Ejemplos

AX3E1

Pirmide
trigonal

NH3, PCl3

AX3E2

Forma de T

ClF3, BrF3

AX4E0

Tetradrica

CH4, PO43, SO42, ClO4

AX4E1

Balancn

SF4

AX4E2

Cuadrada plana

XeF4

AX5E0

Bipirmide
trigonal

PCl5

Tipo de
molcula

Forma

Disposicin
electrnica

Geometra

Ejemplos

AX5E1

Pirmide
cuadrangular

ClF5, BrF5

AX6E0

Octadrica

SF6

AX6E1

Pirmide
pentagonal

XeOF
5, IOF251

AX7E0

Bipirmide
pentagonal

IF7

Disposicin electrnica incluyendo los pares no enlazantes (mostrados en amarillo)

Geometra observada (excluyendo los pares no enlazantes)

Con finalidad de estudiar la microestructura y propiedades de un

material, es importante conocer sus arreglos de tomos y de iones. En
este apartado se explicar la clasificacin de los materiales en base a
sus arreglos atmicos o inicos y se describirn los arreglos en los
slidos cristalinos de acuerdo con la estructura de red, base y cristalina.

Orden
segn
alcance:
Los estados de la materia definen cuatro clases de arreglos atmicos o
inicos:

Carentes
de
orden:
Si recordamos el concepto de gas monoatmico, como aquel que cuyos
tomos no estn unidos entre s, como el argn (Ar) o el plasma que se
forma en un tubo de luz fluorescente, podemos observar que los tomos
o los iones no tienen arreglo ordenado. Estos materiales llenan todo el
espacio
disponible
en
la
superficie
que
los
contiene.
Orden
de
corto
alcance
Cuando el arreglo especial de los tomos slo se extiende en su
vecindad inmediata, el material tiene un orden de corto alcance (SRO).
En los vidrios inorgnicos se observa esta peculiaridad. Muchos
polmeros muestran tambin arreglos atmicos de corto alcance.
Orden
de
largo
alcance:
El arreglo atmico de largo alcance (LRO) abarca escalas de longitud
mucho mayores de 100 nanmetros. Los tomos o los iones en estos
materiales forman un patrn regular y repetitivo, semejante a una red
en tres dimensiones. De ah se derivan los materiales cristalinos. Cuando
un material cristalino est formado de un solo cristal grande, se le llama
monocristal. La mayora de los metales y aleaciones, los
semiconductores, los cermicos y algunos polmeros tiene una
estructura cristalina donde los tomos o iones muestran este tipo de
alcance de extensiva longitud. Los policristalinos estn formados de
pequeos cristales y cuantiosos orientados diversamente con respecto al
espacio.
Cristales
lquidos
Estos materiales, bsicamente polimricos, tienen un orden especial. En
funcin de diferentes estados pueden comportarse como materiales
amorfos, en semejanza a los lquidos. Cuando se someten a cargas
elctricas, como un tipo de estmulo externo, algunas molculas de
polmero se alinean y forma pequeas regiones que son cristalinas.
Al clarificar las clasificaciones obtenemos el siguiente esquema para
algunos tipos de materiales con respecto al orden a nivel atmico.

Gases monoatmicos
- Carentes de orden
Materiales amorfos
- Sin orden de largo alcance
- Slo orden de corto alcance
Cristales Lquidos
- Orden de corto alcance
- Orden de largo alcance (slo en pequeos volmenes)
Materiales cristalinos

-Orden de corto y largo alcance

-Monocristales
-Policristalinos

Materiales
Amorfos
Los materiales amorfos son caracterizados por el orden de corto alcance,
no son cristalinos. El arreglo peridico que caracteriza a la mayora de
los materiales les ayuda a estabilizarse termodinmicamente. Sin
embargo, los materiales amorfos carecen te esta particularidad, y tienen
a formarse cuando por una u otra razn, la cintica del proceso de
obtencin de los mismos no permite la formacin de los arreglos
peridicos. As por ejemplo, los vidrios, principalmente formados por
cermicos y polimricos, son materiales amorfos. Algunos geles
polimricos tambin pueden considerarse amorfas. La mezcla inusual de
sus propiedades arroja tomos irregularmente repetidos en su
composicin.
En el caso particular, el vidrio de silicato usado comnmente en
automviles y en ventanas, es obtenido mediante el proceso de vidrio
de flotado. Se funden varios ingredientes: slice, almina y xido de
sodio (carbonato de sodio, realmente) en un bao de estao. Se agregan
otros xidos para regular el proceso de fundicin. Por ejemplo, si se
somete el vidrio de silicato a altas temperaturas, durante largo tiempo,
ascendentes a 1000C por ejemplo, pequeas porciones del vidrio
empiezan a cristalizarse formando dispersiones de luz y perdiendo as la
transparencia. El proceso puede llegar a la fractura tras la organizacin
de los cristales diminutos. A este proceso se le llama cristalizacin, y
puede
controlarse.
La nuclearizacin de cristales ultrafinos en vidrios amorfos produce
vitrocermicas, que son materiales muy cristalinos y resistentes. Sin
embargo, la propiedad especial que diferencia a las vitrocermicas de
los vidrios es el aumento en la dificultad de fractura.
Al igual que los vidrios inorgnicos existen muchos plsticos
amorfos, algunos con ligeras porciones de materiales cristalinos. El
tereftalato de polietileno PET es usado en la conformacin de botellas de
bebidas gaseosas que se obtienen mediante el moldeado por soplado y
estirado. Este proceso consiste en la aplicacin de esfuerzos mecnicos
a la preforma de la botella para inducir la cristalizacin. Lo que a su vez
aumenta
la
resistencia
de
las
mismas.
Mediante la solidificacin rpida se pueden obtener, conocida la
dificultad otorgada en a a la tendencia de los metales a formar

materiales cristalinos, vidrios metlicos, a bajsimas temperaturas con

respecto
a
la
velocidad
del
evento.
La tendencia de los tomos en estos materiales ser hacia la
organizacin que garantice el equilibrio, tratarn de formarse
peridicamente a travs de la cristalizacin. Y se logra aplicando una
fuerza motriz adecuada. E el caso del vidrio de silicato, puede
conseguirse a travs de la temperatura, en el caso del polmero PET
termomecnicamente, o elctrica, como en polmeros de cristales
lquidos. Las aplicaciones tecnolgicas de estos materiales resultan muy
ventajosas.

Redes,

celdas

unitarias,

bases

estructuras

cristalinas

Una red describe el arreglo de los tomos o iones a lo largo de un

material. Es una coleccin de puntos, llamados puntos de red, ordenados
en un patrn peridico de modo que los alrededores de cada punto de la
red son idnticos. Puede ser unidimensional, bidimensional o
tridimensional. Al grupo de uno o ms tomos organizados en forma
determinada entre s, y a la vez asociados a un punto de red, se le llama
motivo o base. Una estructura cristalina es la reunin de base y red.
La red de un material se subdivide en pequeas porciones, y se obtiene
la celda unitaria, que conserva las caractersticas secuenciadas de toda
la red, y que con sta puede construirse toda la red. Los sistemas
cristalinos son siete arreglos nicos que llenan el espacio tridimensional:
cbico, tetragonal, ortorrmbico, rombodrico, hexagonal, monoclnico y
triclnico.