!"#$"% '()*#+* !('*%,-"),.# !

(%*)$%"/
,#+/('$)),.# "% $0( '* 01,0023'425,*1*/ 6'**3 5,*17 )(!( +,) *#
'()*#),"
Santiago Cuesta-Lopez, Robeito Seiiano-Lopez
0niveisiuau ue Buigos. Paique Cientifico y Tecnologico.
21 ue Noviembie ue 2u1S
89 ,#+/('$)),(#:
'::;5<:= (conociuo uesue hace ms ue uiez aos como Swiss Pub viewei) es un
piogiama potente, al tiempo que amigable, que viene uel munuo ue la mouelizacion
moleculai. El piogiama siempie ha estauo ligauo al munuo ue la investigacion. No en
vano est en continuo uesaiiollo giacias a la coopeiacion poi el Instituto Suizo ue
Bioinfoimtica, y poi el Bept. ue investigacion y uesaiiollo ue la compaia faimacutica
ulaxoSmithKline.
'::;5<:= incoipoia potentes heiiamientas paia el estuuio ue pioteinas, su mouelauo
moleculai, iealizai complejas opeiaciones ue "!"#$%&$'() !+ "$ (',$-&!#&$'(, ingenieiia
ue pioteinas, estuuios ue homologia, pieuiccion ue plegamiento o estiuctuia
tiiuimensional (meuiante &.'!(/-+0), acoplo y anlisis ue iesultauos ue simulacion y
uinmica moleculai |1-4j
Sin embaigo, pese a una posible complejiuau apaiente, posee funcionaliuaues accesibles
a nivel acaumico, que pueuen iesultai ue gian valoi en uocencia ue conceptos como la
aiquitectuia ue pioteinas, las caiacteiisticas ue los aminociuos, el concepto ue enlace
quimico, etc . El nivel al que usai '::;5<:= en uocencia es fcilmente auaptable
puuienuo incluso empleaise a nivel ue bachilleiato.
La visualizacion espacial SB ue conceptos, est tenienuo xito en los esfueizos ue
innovacion euucativa hacia uisciplinas como la meuicina, uemostianuo enoimes
beneficios paia mejoiai el apienuizaje |S-6j. Es ue espeiai que en uisciplinas uonue la
vision espacial se consiueia funuamental (Ingenieiias) asi como en caiieias que
iequieien un alto nivel ue abstiaccion (Ciencias), el uso ue este tipo ue heiiamientas
iesulte tambin positivo.
Poi otio lauo, peuagogicamente, uno ue los objetivos ms impoitantes es imbuii al
alumno en un entoino ue apienuizaje favoiable y motivante |7j. Paiece que el uso ue
este tipo ue entoinos ue visualizacion, acoplauo a otias metouologias uocentes como el
apienuizaje guiauo o coopeiativo, pouiia alcanzai el objetivo peiseguiuo ue la
motivacion en ieas complejas como la nanotecnologia |8j.
El objetivo ue este pequeo manual uocente, es poi tanto, intiouucii al lectoi en las
funcionaliuaues piincipales ue esta heiiamienta ue softwaie, con una oiientacion a la
enseanza en Ciencias, hacienuo nfasis en conceptos ue quimica moleculai, y
aiquitectuia ue pioteinas.
>9 *?3%(/"#'( %" *0+/$)+$/" '* 3/(+*,#"0
Las estiuctuias ue touas las pioteinas que han siuo iesueltas poi mtouos
ciistalogificos, se encuentian almacenauas en una base ue uatos on-line accesible al
pblico, el PBB uata bank (Piotein Bata Bank). En este seiviuoi se encuentian las
ISBN: 978-84-695-9419-3
estiuctuias ue las pioteinas asi como sus caiacteiisticas y la uesciipcion ue como se
uescifio su estiuctuia tiiuimensional.
Es muy inteiesante exploiai este iepositoiio on-line, y vei touas las posibles
funcionaliuaues que ofiece la base ue uatos.

Paia este tutoiial simplemente acceueiemos paia uescaigainos la estiuctuia ue las
uistintas pioteinas que empleaiemos en el tutoiial.

Acceueiemos a http:www.icsb.oigpubhomehome.uo




Bescaigaiemos la estiuctuia ue las siguientes pioteinas:

- El cuaito mouulo LA uel ieceptoi LBL humano - 1a}} -
- La pioteina mouelo Apoflavouoxina ue Anabaena - 1FTu -






@9 3/,!*/(0 3"0(0

Abiiiemos '::;5<:= y caigaiemos la estiuctuia ue la pioteina 1A}}. Bien uesue el
uisco. Bien uesue File -> Impoit



El iesultauo uebeiia ue sei el siguiente:



Piobaiemos tambin a impoitai la estiuctuia uesue uisco. En este caso impoitaiemos la
estiuctuia ue esta misma pioteina como mouelo iefinauo tias habei aplicauo uistintas
tcnicas ue Nouelauo Noleculai y Ninimizacion ue la Eneigia.

El elemento ms impoitante ue '::;5<:= es :A ;BC:A D: EFCGHFA. Paia visualizailo
iiemos a Winu -> Contiol Panel.
Aqui pouemos encontiai muchas opciones ue visualizacion y ue seleccion que nos van a
iesultai ue gian utiliuau como uocentes.

Poi ejemplo, entie otias opciones, pouemos:

- Seleccionai uistintos coloies paia caua uno ue los iesiuuos o tomos en nuestia
muestia. Pouemos aplicailo tambin al coloi ue la estiuctuia secunuaiia.
- Pouemos mostiai constiucciones soliuas paia iepiesentai la estiuctuia
secunuaiia ue la pioteina, y explicai asi conceptos ue estiuctuia y aiquitectuia
moleculai. Paia mostiai esta funcion, basta activai (signo check) en la columna
ue contiol "'-1+".
- Tambin pouemos ocultaimostiai caua iesiuuo a voluntau.

La pioteina 1A}} posee un ion Ca2+ hexacooiuinauo. Su incoipoiacion a la estiuctuia se
ha uemostiauo esencial paia la funcion y estabiliuau ue esta pioteina |9j.
Como ejeicicio, buscaiemos y haiemos visibles los iesiuuos que cooiuinan y foiman la
piimiue tetiagonal ue la cooiuinacion uel cation. Repiesentaiemos solo este entoino,
como ejemplo ue tiansmision ue concepto en quimicabioquimica ue cooiuinacion
cationica.

El iesultauo uebeiia ue sei similai al obseivauo en la siguiente captuia ue pantalla:




Ahoia paia localizai este impoitante centio estiuctuial, iespecto a la aiquitectuia
global ue la pioteina, iepiesentaiemos (/-(0'(2( /! '-113+") las peculiaiiuaues ue la
estiuctuia secunuaiia ue la pioteina 1A}}, al tiempo que solo visualizamos el centio ue
cooiuinacion. El cual lo iesaltaiemos en coloi veiue. El ion Ca lo coloieaiemos magenta.
Paia logiailo seleccionaiemos los iesiuuos cooiuinantes en el panel ue contiol.
Aplicaiemos coloies pinchanuo en el cuauiauo que se encuentia localizauo a la ueiecha
ue caua linea ue iesiuuo, y seleccionaiemos ue la paleta el coloi ueseauo.

El iesultauo final sei el que muestia la captuia que mostiamos a continuacion:


Notai la impoitancia ue esta iepiesentacion y las posibiliuaues en uocencia en temticas
piopias. El usuaiio pueue compaiai poi ejemplo la piuiua ue estiuctuia secunuaiia
cuanuo se ha iealizauo una mutacion en la cauena ue aminociuos constituyentes.


@989 !"#,3$%"#'( %" *0+/$)+$/"

Be suma impoitancia es la IBHHB D: EFCGHFA JK;:H<FH que acompaa a la visualizacion
en '::;5<:=9



Entie estos contioles usaiemos:

- Beiiamienta ue tiaslacion paia movei una molcula ue la capa activa (segunuo
boton uesue la izquieiua)
- Beiiamienta ue Zoom (teicei boton)
- Beiiamienta ue iotacion (cuaito boton)

Estas heiiamientas, aunque sencillas peimiten imbuiise en la estiuctuia moleculai en
un alto giauo.

@9>9 L$"/'"/ M *?3(/+"/

0na vez tiabajauo un mouelo concieto, una estiuctuia paiticulai, iesaltauo un
fenomeno moleculai etc , nos va a inteiesai guaiuai el tiabajo y anlisis iealizauo, al
tiempo que expoitai imgenes que pouamos empleai en nuestias clases, seminaiios o
publicaciones.

Paia ello iesaltaiemos uos comanuos:

- File -> Save -> Pioject
- File -> Save -> Image

El piimeio me va a peimitii guaiuai el pioyecto completo, paia continuai tiabajanuo en
otio momento uesue el estauo que lo abanuon.
El segunuo comanuo, expoita la imagen actual, a un foimato imagen compatible, que
poui usai paia publicai.

Notemos que hay otias opciones que peimiten poi ejemplo, salvai solo algunos iesiuuos
seleccionauos, o expoitai en foimato pub las mouificaciones que hemos hecho a una
molcula.
En el apaitauo ue visualizacion, es posible expoitai la imagen en i!+/!'-4(/3 SB con
juegos ue luces paia sei tiataua exteinamente con P0v-RAY.






@9@9 5,0$"%,-"/ $# "!,#("),'(

A continuacion seguiiemos exploianuo las funcionaliuaues ue '::;5<:= en uocencia.
Poi ejemplo paia explicai las caiacteiisticas ue los aminociuos.

Seleccionaiemos como visible uno ue los iesiuuos (ej. TRP 22) y ocultaiemos el iesto.
Centiaiemos la vista en el y lo aumentaiemos con la heiiamienta ue zoom.



Notemos la iepiesentacion CPK (Coloi -> CPK) asi como las posibiliuaues ue iotai y
aumentai la visualizacion.

0na ue las funcionaliuaues potentes que incoipoia '::;5<:= es la ue aauii etiquetas a
caua uno ue los tomos piesentes. 0saiemos la heiiamienta ue la baiia supeiioi que
incoipoia el signo ue inteiiogacion (octava poi la izquieiua), tal y como queua iesaltauo
en la siguiente captuia ue pantalla.

Notemos que '::;5<:= etiqueta el tipo ue tomo al tiempo que la peitenencia a un
iesiuuo paiticulai. Esto ofiece muchas posibiliuaues en uocencia paia tiansmitii a los
alumnos la oiganizacion espacial ue los tomos constituyentes ue caua aminociuo, asi
como la nocion y concepto ue cauena lateial, "!",$!%!&3" etc




@9@9 (4+*#*/ ,#N(/!"),.#9 ',0+"#),"0O"#L$%(0

Centiemos nuestia atencion ahoia en la paite cential ue la baiia ue EFCGHFA
6P:HHBQ<:CGBJ7 ue '::;5<:=9



'::;5<:= incoipoia heiiamientas paia el clculo ue uistancias, estuuio ue ngulos ue
1!+/-+0, asi como la meuiua ue ngulos uihuiicos.
0saiemos estas heiiamientas paia tiansmitii conceptos uocentes tan impoitantes como
la uistancia y ngulo ue enlace, o la ciiticiuau en aiquitectuia ue pioteinas uel ngulo
uihuiico.

Como ejeicicio exploiamos las uistancias ue cooiuinacion uel ion Ca2+ a los uistintos
tomos peitenecientes a los iesiuuos cooiuinantes.




R9 *0+/$)+$/" 0*)$#'"/,"9 "/S$,+*)+$/" '* 3/(+*,#"0

Paia obseivai iealmente el potencial ue '::;5<:= en la enseanza ue la estiuctuia
moleculai, caigaiemos otia estiuctuia ue pioteina, en este caso la ue la Apoflavouoxina
ue Anabaena (una pioteina tipo mouelo) 1FTu.

Repiesentaiemos usanuo el panel ue contiol su estiuctuia secunuaiia. 0bseivamos que
esta pioteina tiene una mayoi iiqueza, piesentanuo lminas b y hlices alfa.
La estiuctuia uebeiia queuai como en la siguiente captuia ue pantalla.


R989 )"%)$%"/ 3$*#+*0 '* T,'/(L*#(

La estiuctuia secunuaiia y la aiquitectuia ue una pioteina est intimamente ielacionaua
con las ieues ue puentes ue hiuiogeno que las foiman.
'::;5<:= peimite usai una heiiamienta ue ueteccion y computo ue puentes ue
hiuiogeno: Tools -> Compute B-bonu.

Calculaiemos en este caso los puentes ue hiuiogeno paia 1FTu.
Notemos que en pouemos visualizai no solo los puentes ue hiuiogeno, sino tambin
touas sus uistancias (Bisplay -> Show B-bonus uistances)



Notai que pouemos uesciibii ue una maneia eficiente el concepto poi ejemplo ue hlice
alfa y la impoitancia ue los puentes ue hiuiogeno y ue los aminociuos que la componen
en su foimacion espacial.

Paia ello nos centiaiemos en una ue las hlices ayuuauos poi el zoom y la heiiamienta
ue tiaslacion. Paia facilitai la visualizacion, empleaiemos la vision "%(1 (Bisplay -> Slab),
que me va a peimitii evitai solapamientos poi piofunuiuau en la imagen sobie la que el
usuaiio se centia.
Auems coloieaiemos segn la estiuctuia secunuaiia (Coloi -> seconuaiy stiuctuie), y
eliminaiemos el "ienueiizauo" como soliuo ue la iepiesentacion ue la estiuctuia
secunuaiia (Piefs -> Ribbons)

El iesultauo uebeiia sei paieciuo a las siguientes captuias ue pantalla, que ponen ue
manifiesto la utiliuau ue '::;5<:= paia la enseanza ue las caiacteiisticas que hacen
constituii una hlice alfa.













U9 ,#L*#,*/," '* 3/(+*,#"09 !$+"),(# M +(/0,(#

Bos heiiamientas piincipales en ingenieiia ue pioteinas son la mutacion y la toision ue
un iesiuuo. Tambin tienen un enoime valoi uocente paia inculcai conceptos ue
iotmeios, iepulsion estiica, caviuaues, eneigia minima etc .

Beepview peimite iealizai mutaciones en la cauena ue aminociuos ue maneia selectiva
con la heiiamienta "567879" .



Tias seleccionaila, pinchaiemos con el cuisoi uel iaton en el iesiuuo que queiemos
mutai. El piogiama nos va a peimitii seleccionai la mutacion entie uistintos
aminociuos al tiempo que seleccionaiemos el iotmeio que encaja mejoi segn
ciiteiios eneigticos.



La heiiamienta nos peimite navegai entie las uistintas posibles substituciones, asi
como en su oiientacion espacial.

A mouo ue ejeicicio, y paia exploiai una funcionaliuau avanzaua ue Beepview, haiemos
mutaciones hasta geneiai caviuaues. El piogiama posee tambin un algoiitmo ue
ueteccion ue caviuaues moleculaies, lo que es ue impoitancia en el uiseo ue fimacos y
uianas teiaputicas pioteicas.

Paia uetectai caviuaues iiemos a Tools -> Suiface -> Betect Cavities





Poi ltimo, la heiiamienta ue "7:;<=:>", que consiueiaiemos avanzaua, nos va a peimitii
mouificai y toisionai paites ue nuestia pioteina iespecto a un eje que fijaiemos.

Es una heiiamienta til paia ilustiai movimientos ue uominios, ilustiai mouos
noimales ue vibiacion, y auaptacion ue pioteinas a su funcion o a la union a cofactoies.


V9 )(!3"/"/ !('*%(0 M )"%)$%"/ '*05,"),(#*0 6/!0'7

Poi ltimo, vamos a ilustiai la capaciuau ue '::;5<:= paia compiai estiuctuias,
iefinauos ue mouelos o iesolucion ciistalogifica.

Paia ello impoitaiemos en uos capas uistintas la pioteina 1A}} (uel seiviuoi ue
estiuctuias) y en otia capa, la misma pioteina uesue uisco (pioteina minimizaua que
piopoicionamos en la platafoima Nooule).

0sanuo el panel ue contiol iesaltaiemos su estiuctuia secunuaiia, y la coloieaiemos ue
maneia uistinta.

Paia compaiai ambas estiuctuias, haiemos un calculo uel RNSB (uesviacion cuauitica
meuia) iespecto al esqueleto ue la pioteina. Fit -> Calculate RNSB.
El piogiama hai un fit basnuose en ajustai poi minimos cuauiauos ambas estiuctuias
paia vei sus uifeiencias.

El iesultauo es el que pouemos obseivai en la siguiente captuia ue pantalla, uonue se
apiecian las uifeiencias en la moviliuau ue cieitos iesiuuos, especialmente teiminales,
uebiuo a la iestiiccion espacial impuesta poi el pioceso ue ciistalizacion.



4,4%,(L/"NW"

[1] Protein Modelling for All, N. Guex, A. Diemand and M. C. Peitsch, Trends
Biochem. Sci. 24 (9), 364-367 (1999).
[2] SWISS-MODEL and the Swiss-PdbViewer: An environment for comparative
protein modeling, N. Guex and M.C. Peitsch, Electrophoresis, 18 (15), 14-23 (1997).
[3] Swiss-PdbViewer: A new fast and easy to use PDB viewer for the Macintosh, N.
Guex, Experientia 52, A26 (1996).
[4] Swiss-PdbViewer: A Fast and Easy-to-use PDB Viewer for Macintosh and PC, N.
Guex and M.C. Peitsch,, Protein Data Bank Quarterly Newsletter 77, 7 (1996).
[5] Petersson H, Sinkvist D, Wang C, Smedby O. (2009). Web-based interactive 3D
visualization as a tool for improved anatomy learning. Anat Sci Educ. Mar-
Apr;2(2):pp 61-68.
[6] Siln C, Wirell S, Kvist J, Nylander E, Smedby O. (2008). Advanced 3D
visualization in student-centred medical education. Med Teach. Jun;30(5):pp115-
124.
[7] Alonso-Tapia, J. et al. (2006). Assessment of learning environment motivational
quality from the point of view of secondary and high school learners. Learning and
Instruction 16, pp 295-309
[8] Cuesta-Lpez, S., & Romero-Santacreu, L. (2013). Improving comprehension by
means of 3d visualization tools and other icts in specialized scientific educational
workshops. In INTED2013 Proceedings. 7th International Technology, Education and
Development Conference (pp. 65726577).
[9] X. Arias-Moreno, S.

Cuesta-Lpez, O. Millet, J. Sancho, A. Velazquez-Campoy.
Thermodynamics of protein-cation interaction: calcium and magnesium binding to
the fifth module of the LDL receptor. Proteins 78, 950961 (2010). S.Cuesta-Lpez,
F.Falo, J.Sancho. Computational diagnosis of protein conformational diseases:
Short MD simulations reveal a fast unfolding of r-LDL mutants that cause Familial
Hypercholesterolemia.". Proteins. Jan 1;66,87-95. (2007).