お尋ねの小説は、ジョン・ウィンダム著の『キャロル&チューズデイ』シリーズではないかと思われます。この作品には、確かに赤い菌体のようなものが登場し、また植物に関する怪奇現象も描かれています。主な作品に『デイ・オブ・ザ・トリフィッズ』『クリスプ・ミスター』『ミドリッチ・クックリー』などがあります。ホラー小説の古典的名作ですので、ご質問の内容に合致すると思われます。