直接的な問題はありません
・カルバノグ2章
・百花繚乱1章
・対策委員会3章
は基本的には独立していて、話題や登場人物はほぼかぶりません
敢えて言うなら2点ほど、
・「ハイランダー鉄道学園」という電車を管理する学園についてと、
・カイザーが現在どういう状況にあるか
については、カルバノグ2章でチラッと前振りがあり、対策委員会3章でそれを拾う流れになっています
ただまあ、対策委員会3章から読んでも大きな問題は無いとも負います
上の2点の描写を見ないまま対策委員会3章に入っても、理解できない部分があるとか、話に矛盾が起きると言ったことはありません
お話の時系列だけ見れば、
カルバノグ2章で最終編直後の混乱やある生徒の状況が描かれるため、やはり順番通りカルバノグ2章→百花繚乱1章→対策委員会3章という流れで描かれているのを感じます
他にもいくつかの要素から、個人的には順番通りが好きですが、
ただ、順番を入れ替えて読んでも直接何かが矛盾や破綻するようなことは無いので、対策委員会3章からでも大丈夫だと思います
楽しく読めるのが一番大事だと思うので、最終編を読み終えて上がったテンションそのまま対策委員会3章に入って良いと思いますよ
※
なお、ブルーアーカイブのメインストーリーは、これまででご存知かと思いますが、ロックが懸かっていて「読んだら破綻する順」では読めないようになっています
逆に言うと、ロックが外れているなら、運営としてはどの順で読んでも良いと言う判断のようです
カルバノグ2章、百花繚乱1章、対策委員会3章は同時にロックが外れるようになっているので、運営的にも好きな順番で良いと言う判断何だと思います