YIF1A
Protein YIF1A je protein koji je kod ljudi kodiran genom YIF1A.[5][6][7][8]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 293 aminokiseline, a molekulska težina 32.011 Da.[9].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MAYHSGYGAH | GSKHRARAAP | DPPPLFDDTS | GGYSSQPGGY | PATGADVAFS | ||||
VNHLLGDPMA | NVAMAYGSSI | ASHGKDMVHK | ELHRFVSVSK | LKYFFAVDTA | ||||
YVAKKLGLLV | FPYTHQNWEV | QYSRDAPLPP | RQDLNAPDLY | IPTMAFITYV | ||||
LLAGMALGIQ | KRFSPEVLGL | CASTALVWVV | MEVLALLLGL | YLATVRSDLS | ||||
TFHLLAYSGY | KYVGMILSVL | TGLLFGSDGY | YVALAWTSSA | LMYFIVRSLR | ||||
TAALGPDSMG | GPVPRQRLQL | YLTLGAAAFQ | PLIIYWLTFH | LVR |
Gen
[uredi | uredi izvor]Opća svojstva
[uredi | uredi izvor]YIF1A (homolog Yip1 interakcijskog faktora A) poznat je i kao YIF1, YIF1P, FinGER7 i 54TM.[10] Kod ljudi, ima 4.591 parova baza s osam egzona, a nalazi se na minus lancu hromosoma 11,sekvenca 11q13,2.[11]
Promotori
[uredi | uredi izvor]Četiri su predviđena promotora za YIIF1A.[12] Predviđena regija promotora s najvećim povjerenjem je GXP_50494 i duga 1.252 parova baza; proteže se od prvog egzona YIF1A. Ovaj promotor se nalazi na minus lancu hromosoma 11.
Promotorska varijanta 1 transkripta YIF1A sadrži brojna mjesta vezanja transkripcijskog faktora.[13] Transkripcijski faktori za koje se predviđa da će se vezati za promotorsku regiju uključuju sljedeće.
- Protein akutne mijeloidne leukemije 1, RUNX1 (transkripcijski faktor 1 povezan s tuntom)
- Protein cinkovog prsta 263, ZKSCAN12 (protein cinkovog prsta sa KRAB i SCAN domenima 12)
- E2F transkripcijski faktor 1
- EGR1, rani odgovor na rast 1
- GATA-vezujući faktor 1
- CP2-oliki transkripcijski faktor 1 (LBP-9)
- X-boks vezujući protein RFX1
- Elementi odgovora na estrogen (ER alfa), IR3 mjesta
- Laktotransferin i deltalaktoferin, protein koji inhibira rast 12
- TGFB-inducirani protein ranog odgovora na rast 1 (KLF10)
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Ekspresija YIF1A je najjača u duodenumu i jetri. Također se eksprimirs u umjerenim količinama i u tkivima, uključujući debelo crijevo,jajnike, gušteraču, slezenu i jednjak, a izražava se u nižim razinama u raznim drugim tkivima.[14][15][16] NCBI GeoProfile data provide the tissue expression graph for YIF1A in humans; it also indicates that YIF1A is expressed at moderately to moderately low across all other tissues.[17]
iRNK
[uredi | uredi izvor]YIF1A ima izoforme 1 i 2, s egzonima 8 i 7.[11] Dva transkripta podvrgavaju se alternativnoj preradi i prevode se u proteine s 293, odnosno 241 aminokiselinom.[18][19]
RNK-vezujući proteini
[uredi | uredi izvor]5'neprevedena regija ima mjesta vezanja za RBXM, EIF4B i FUS. 3 'neprevedena regija predviđa mjesta vezivanja za ELAVL1, koji je elementima bogatim AU i regulira stabilnost iRNK.[20]
Protein
[uredi | uredi izvor]Opća svojstva
[uredi | uredi izvor]Najduža proteinska izoforma YIF1A ima 293 aminokiseline. Ima molekulsku težinu od približno 32,0 kDa, s predviđenom izoelektričnom tačkom od približno 8,98.[19][21][22]
Kompozicija
[uredi | uredi izvor]YIF1 je vrlo normalan protein u smislu količine aminokiselina koje sadrži. Sastav svakog aminokiselinskog ostatka sličan je njegovom prosječnom relativnom sastavu među ljudskim proteinima. Nema grupa naboja, pokretljivosti ili obrazaca. Postoji ponavljajuća struktura na [201-204 i 288-291] TFHL.[21]
Domeni i motivi
[uredi | uredi izvor]YIF1A ima jedan konzervirani domen, pfam03878 (AA 57 →287).[11] Unutar domena postoji pet transmembranskih domena, po tri necitosolna i citosolna domena. Pretpostavljeno je da postoji moguća uloga u transportu između endoplazmatskog retikuluma i Golgijevog parata.[10]
Struktura
[uredi | uredi izvor]Struktura YIF1A sastoji se od približno 59% alfa-heliksa, s TM spiralom i neuređenim regijama koje čine ostatak strukture; nije predviđen beta-lanac.[25]
Lokalizacija
[uredi | uredi izvor]Predviđena lokacija YIF1A je u endoplazmatskom retikulumu, s unutarćelijskim N– i vanćelijskin C-krajem.[26][27]
YIF1A prolazi kroz cijepanje metionina i N-terminalnu acetilaciju, što je jedna od najčešćih posttranslacijskih modifikacija eukariotskih proteina.[28] Također se fosforilira neodređenim kinazama na nekoliko mjesta.[29] Three glycation site is predicted in lysine residue(lys 104,161, and 211).[30] YIF1A se podvrgava modifikaciji O-ß-GlcNAc na pet lokacija, od kojih je jedno mjesto Yin-Yang.[31]
Interaktivni proteini
[uredi | uredi izvor]Na osnovu fluorescentne mikroskopije, potvrđena dva hibrida i anti-tag koimunoprecipitacije, a proteini koji će najvjerojatnije stupiti u interakciju s YIF1A su GPR37, SEC23IP, REEP2 i YIPF5 . Studije pokazuju da interakcija između VAPB -a i YIF1A kontrolira isporuku membrane u dendrite.[32] Također učestvuje u ER-proteinu razvijenog odgovora (UPR), indukcijom ERN1/IRE1.[33] Osim toga, protein YIF1A stupa u interakciju s proteinom M SARS-Cov-2.[34]
Homologija
[uredi | uredi izvor]YIF1A ima jedan paralog pod nazivom YIF1B, koji se nalazi na ljudskom kromosomu 19.[10] YIF1A ima 238 identificiranih ortologa.[35] Ortolog sadrže kičmenjaci poput sisara, vodozemci i gmizavci. Također imaju i beskičmenjaci kao što su Insecta, Anthozoa i Ascidiacea. Nije pronađen ortolog kod protista, bakterija ili arheja.
Sljedeća tabela daje obrasce ortologa YIF1A.
Rod i vrsta | Prisrupni broj[11] | Date+iranje divergencije sa čovjekom (milioni godina)[36] | Dužina sekvence(AA) | Identitet sekvence[37] |
---|---|---|---|---|
Homo sapiens (Čovjek) | NP_065203 | 0 | 293 | 100 |
Aotus nancymaae (Maov noćni msjmun) | XP_012318344 | 43 | 317 | 94 |
Mus musculus (Miš) | NP_080829 | 90 | 293 | 93 |
Sus scrofa (Divlja svinja) | XP_013849519 | 96 | 311 | 92 |
Delphinapterus leucas (Bijeli kit) | XP_022447094 | 96 | 306 | 91 |
Phascolarctos cinereus (Koala) | XP_020823757 | 159 | 293 | 88 |
Ornithorhynchus anatinus(Kljunar) | XP_028915982 | 177 | 293 | 88 |
Chelonia mydas (Zelena kornjača) | XP_007056281 | 312 | 240 | 78 |
Chrysemys picta bellii (Ofarbana kornjača)|XP_005305497 | 312 | 293 | 73 | |
Microcaecilia unicolor (vodozemac) | XP_029470520 | 352 | 306 | 72 |
Rhinatrema bivittatum(Doprukasta cecilija) | XP_029470520 | 352 | 307 | 71 |
Latimeria chalumnae (Latimerija) | XP_014345204 | 413 | 296 | 71 |
Salmo trutta (Potočna pastrmka) | XP_029585843 | 435 | 309 | 70 |
Echeneis naucrates (Sisačka ajkula) | XP_029368074 | 435 | 308 | 66 |
Danio rerio (Zebrica) | NP_956225 | 435 | 307 | 65 |
Maylandia zebra (zebrica mbuna) | XP_004545672 | 435 | 308 | 63 |
Saccharomyces cerevisiae S288C ('Pekarski kvasac) | NP_014136 | 1017 | 314 | 33 |
Physcomitrium patens (mahovina) | XP_024362517 | 1275 | 282 | 30 |
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000174851 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000024875 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Vitale G, Alexandrov K, Ullrich O, Horiuchi H, Giner A, Dobson C, et al. (Jan 1997). "The GDP/GTP cycle of Rab5 in the regulation of endocytotic membrane traffic". Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 60: 211–20. doi:10.1101/SQB.1995.060.01.024. PMID 8824393.
- ^ Matern H, Yang X, Andrulis E, Sternglanz R, Trepte HH, Gallwitz D (septembar 2000). "A novel Golgi membrane protein is part of a GTPase-binding protein complex involved in vesicle targeting". The EMBO Journal. 19 (17): 4485–92. doi:10.1093/emboj/19.17.4485. PMC 302084. PMID 10970842.
- ^ Yoshida Y, Suzuki K, Yamamoto A, Sakai N, Bando M, Tanimoto K, et al. (novembar 2008). "YIPF5 and YIF1A recycle between the ER and the Golgi apparatus and are involved in the maintenance of the Golgi structure". Experimental Cell Research. 314 (19): 3427–43. doi:10.1016/j.yexcr.2008.07.023. PMID 18718466.
- ^ "Entrez Gene: YIF1A Yip1 interacting factor homolog A (S. cerevisiae)".
- ^ "UniProt, O95070". Pristupljeno 20. 8. 2021.
- ^ a b c "YIF1A related genes - GeneCards Search Results". www.genecards.org. Pristupljeno 21. 6. 2020.
- ^ a b c d "YIF1A - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 21. 6. 2020.
- ^ "Genomatix: Genome Annotation and Browser: Query Input". www.genomatix.de. Pristupljeno 30. 7. 2020.[mrtav link]
- ^ "Genomatix: MatInspector Input". www.genomatix.de. Pristupljeno 3. 8. 2020.[mrtav link]
- ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J, et al. (februar 2014). "Analysis of the human tissue-specific expression by genome-wide integration of transcriptomics and antibody-based proteomics". Molecular & Cellular Proteomics. 13 (2): 397–406. doi:10.1074/mcp.M113.035600. PMC 3916642. PMID 24309898.
- ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M, et al. (maj 2015). "Genome-wide identification of zero nucleotide recursive splicing in Drosophila". Nature. 521 (7552): 376–9. doi:10.1038/nature14475. PMC 4529404. PMID 25970244.
- ^ Szabo L, Morey R, Palpant NJ, Wang PL, Afari N, Jiang C, et al. (juni 2015). "Statistically based splicing detection reveals neural enrichment and tissue-specific induction of circular RNA during human fetal development". Genome Biology. 16: 126. doi:10.1186/s13059-015-0690-5. PMC 4506483. PMID 26076956.
- ^ "GDS596 / 202418_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 2. 8. 2020.
- ^ "protein YIF1A isoform 2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ a b "protein YIF1A isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "RBPDB: The database of RNA-binding specificities". rbpdb.ccbr.utoronto.ca. Pristupljeno 1. 8. 2020.
- ^ a b "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "ExPASy - Compute pI/Mw tool". web.expasy.org. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 1. 8. 2020.
- ^ "iCn3D: Web-based 3D Structure Viewer". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 1. 8. 2020.
- ^ "NPS@ : GOR4 secondary structure prediction". npsa-prabi.ibcp.fr. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "PredictProtein - Protein Sequence Analysis, Prediction of Structural and Functional Features". www.predictprotein.org. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "Phobius". phobius.sbc.su.se. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "TERMINUS - Welcome to terminus". terminus.unige.ch. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "NetPhosK 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk. Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ "NetGlycate 1.0 Server - prediction results". www.cbs.dtu.dk. Arhivirano s originala, 20. 8. 2021. Pristupljeno 1. 8. 2020.
- ^ "YinOYang 1.2 Server". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 7. 2020.
- ^ Kuijpers M, Yu KL, Teuling E, Akhmanova A, Jaarsma D, Hoogenraad CC (juli 2013). "The ALS8 protein VAPB interacts with the ER-Golgi recycling protein YIF1A and regulates membrane delivery into dendrites". The EMBO Journal. 32 (14): 2056–72. doi:10.1038/emboj.2013.131. PMC 3715857. PMID 23736259.
- ^ "YIF1A protein (human) - STRING interaction network". string-db.org. Pristupljeno 29. 7. 2020.
- ^ Mahen, Robert (9. 4. 2020). "A SARS-CoV-2-Human Protein-Protein Interaction Map Reveals Drug Targets and Potential Drug-Repurposing". dx.doi.org. doi:10.1242/prelights.18355. Pristupljeno 5. 8. 2020.
- ^ "Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 3. 8. 2020.
- ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Pristupljeno 2. 7. 2020.
- ^ "Human BLAT Search". genome.ucsc.edu. Pristupljeno 2. 7. 2020.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Maruyama K, Sugano S (januar 1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (oktobar 1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Gisler SM, Stagljar I, Traebert M, Bacic D, Biber J, Murer H (mart 2001). "Interaction of the type IIa Na/Pi cotransporter with PDZ proteins". The Journal of Biological Chemistry. 276 (12): 9206–13. doi:10.1074/jbc.M008745200. PMID 11099500.
- Calero M, Winand NJ, Collins RN (mart 2002). "Identification of the novel proteins Yip4p and Yip5p as Rab GTPase interacting factors". FEBS Letters. 515 (1–3): 89–98. doi:10.1016/S0014-5793(02)02442-0. PMID 11943201. S2CID 34319925.
- Breuza L, Halbeisen R, Jenö P, Otte S, Barlowe C, Hong W, Hauri HP (novembar 2004). "Proteomics of endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment (ERGIC) membranes from brefeldin A-treated HepG2 cells identifies ERGIC-32, a new cycling protein that interacts with human Erv46". The Journal of Biological Chemistry. 279 (45): 47242–53. doi:10.1074/jbc.M406644200. PMID 15308636.
- Jin C, Zhang Y, Zhu H, Ahmed K, Fu C, Yao X (august 2005). "Human Yip1A specifies the localization of Yif1 to the Golgi apparatus". Biochemical and Biophysical Research Communications. 334 (1): 16–22. doi:10.1016/j.bbrc.2005.06.051. PMID 15990086.