Idi na sadržaj

SCAPER

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
SCAPER
Identifikatori
AliasiSCAPER
Vanjski ID-jeviOMIM: 611611 MGI: 1925976 HomoloGene: 32488 GeneCards: SCAPER
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 15 (čovjek)
Hrom.Hromosom 15 (čovjek)[1]
Hromosom 15 (čovjek)
Genomska lokacija za SCAPER
Genomska lokacija za SCAPER
Bend15q24.3Početak76,347,904 bp[1]
Kraj76,905,444 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za SCAPER
Genomska lokacija za SCAPER
Bend9|9 BPočetak55,457,163 bp[2]
Kraj55,845,403 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001145923
NM_020843
NM_001353009
NM_001353010
NM_001353011

NM_001353012

NM_001081341
NM_175536
NM_001357652
NM_001357653

RefSeq (bjelančevina)
NP_001139395
NP_065894
NP_001339938
NP_001339939
NP_001339940

NP_001339941

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 15: 76.35 – 76.91 MbChr 9: 55.46 – 55.85 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

SCAPER (engleski: S-phase CyclinA Associated Protein residing in the Endoplasmic Reticulum) je ljudski gen da dugom (q) kraku hromosoma 15 , skvenca 15q24.3. Prvi put identificiran je 2007.[5]

Hibridnom analizom zračenja, Nagase et al. (2000) mapirali su gen KIAA1454, kasnije nazvan SCAPER, na hromosomu 15. Scott (2007) je gen SCAPER preciznije locirao na na hromosom , sekvenca 15q24, na osnovu poravnanja SCAPER sekvence (GenBank AF242528) sa genomskom sekvencom.[6][7]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 1.400 aminokiselina, a molekulska težina 158.287 Da.[8].

1020304050
MMASFQRSNSHDKVRRIVAEEGRTARNLIAWSVPLESKDDDGKPKCQTGG
KSKRTIQGTHKTTKQSTAVDCKITSSTTGDKHFDKSPTKTRHPRKIDLRA
RYWAFLFDNLRRAVDEIYVTCESDQSVVECKEVLMMLDNYVRDFKALIDW
IQLQEKLEKTDAQSRPTSLAWEVKKMSPGRHVIPSPSTDRINVTSNARRS
LNFGGSTGTVPAPRLAPTGVSWADKVKAHHTGSTASSEITPAQSCPPMTV
QKASRKNERKDAEGWETVQRGRPIRSRSTAVMPKVSLATEATRSKDDSDK
ENVCLLPDESIQKGQFVGDGTSNTIESHPKDSLHSCDHPLAEKTQFTVST
LDDVKNSGSIRDNYVRTSEISAVHIDTECVSVMLQAGTPPLQVNEEKFPA
EKARIENEMDPSDISNSMAEVLAKKEELADRLEKANEEAIASAIAEEEQL
TREIEAEENNDINIETDNDSDFSASMGSGSVSFCGMSMDWNDVLADYEAR
ESWRQNTSWGDIVEEEPARPPGHGIHMHEKLSSPSRKRTIAESKKKHEEK
QMKAQQLREKLREEKTLKLQKLLEREKDVRKWKEELLDQRRRMMEEKLLH
AEFKREVQLQAIVKKAQEEEAKVNEIAFINTLEAQNKRHDVLSKLKEYEQ
RLNELQEERQRRQEEKQARDEAVQERKRALEAERQARVEELLMKRKEQEA
RIEQQRQEKEKAREDAARERARDREERLAALTAAQQEAMEELQKKIQLKH
DESIRRHMEQIEQRKEKAAELSSGRHANTDYAPKLTPYERKKQCSLCNVL
ISSEVYLFSHVKGRKHQQAVRENTSIQGRELSDEEVEHLSLKKYIIDIVV
ESTAPAEALKDGEERQKNKKKAKKIKARMNFRAKEYESLMETKNSGSDSP
YKAKLQRLAKDLLKQVQVQDSGSWANNKVSALDRTLGEITRILEKENVAD
QIAFQAAGGLTALEHILQAVVPATNVNTVLRIPPKSLCNAINVYNLTCNN
CSENCSDVLFSNKITFLMDLLIHQLTVYVPDENNTILGRNTNKQVFEGLT
TGLLKVSAVVLGCLIANRPDGNCQPATPKIPTQEMKNKPSQGDPFNNRVQ
DLISYVVNMGLIDKLCACFLSVQGPVDENPKMAIFLQHAAGLLHAMCTLC
FAVTGRSYSIFDNNRQDPTGLTAALQATDLAGVLHMLYCVLFHGTILDPS
TASPKENYTQNTIQVAIQSLRFFNSFAALHLPAFQSIVGAEGLSLAFRHM
ASSLLGHCSQVSCESLLHEVIVCVGYFTVNHPDNQVIVQSGRHPTVLQKL
CQLPFQYFSDPRLIKVLFPSLIAACYNNHQNKIILEQEMSCVLLATFIQD
LAQTPGQAENQPYQPKGKCLGSQDYLELANRFPQQAWEEARQFFLKKEKK
Simboli

Ovaj gen nalazi se na Crick-lancu i ima 30 egzona.

Protein

[uredi | uredi izvor]

Gen kodira protein od 1399 aminokiselina s predviđenom molekusskom težinom od 158 kilosdaltona. Ima motiv cinkova prsta tipa C2H2, pretpostavljeni transmembranski domen, signal ER za pronalaženje na C-kraju, četiri domene sa upredenom zavojnicom, šest potencijalnih RXL motiva i šest konsenzusnih Cdk fosforilacijskih mjesta.

Biohemija

[uredi | uredi izvor]

Kodirani protein nalazi se u jedru i endoplazmatskom retikulumu. Nalazi se u svim testiranim tkivima. Čini se da ima ulogu u ćelijskom ciklusu.

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Da bi bolje razumjeli ulogu ciklina A (123835) i njegovih kompleksa sa CDK2 u prijelazu iz S u G2 / M fazu ćelijskog ciklusa, Tsang et al. (2007) biohemijski su prečistili interakcijski protein ciklina A, koji su nazvali SCAPER (fazni protein povezan sa ciklinom A u endoplazmatskom retikulumu). Izvedeni protein od 1,399 aminokiselina (158 kD) nije pokazao značajnu sličnost s poznatim ljudskim proteinima, ali je imao navodni motiv cinkovog prsta tipa C2H2, pretpostavljeni transmembranski domen, ER signal za pronalaženje na C-kraju, četiri domena sa upredenom zavojnicom , šest potencijalnih RXL motiva koji bi mogli dati vezu za cikline i šest konsenzusnih Cdk mjesta fosforilacije. Tsang et al. (2007) pokazali su da je SCAPER perinuklearni protein koji se nalazi u jezsru, ali pretežno u ER. Northern blot analizom otkrivena je sveprisutna ekspresija SCAPER-a u svim testiranim ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u sjemenicima. SCAPER antitijelo pokazalo je da je prisutno u svim testiranim ćelijskim linijama.

RT-PCR analizom na panelu ljudskih tkiva, Tatour et al. (2017) primijetili su da je SCAPER izoforma 1 posvuda eksprimirana u svim ispitivanim tkivima, uključujući mrežnjaču i fetus i mozak odraslih, dok je izoforma 2 pokazala restriktivniji obrazac, s ekspresijom u mrežnjači, ali ne i u mozgu. Analiza privremene ekspresije RT-PCR ukupne RNK iz mišjeg oka i mozga u različitim razvojnim vremenskim tačkama (embrionski dan 14, postnatalni dan 0 i odrasla osoba) pokazala je da je Scaper u svim testiranim vremenskim tačkama bio visoko i podjednako izražen u oba tkiva. Imunobojenje mrežnjače odraslog miša pokazalo je da se Scaper nalazi u više slojeva mrežnjače, sa pretežnom lokalizacijom u citoplazmi. Najviši nivo ekspresije zabilježen je u pigmentnom epitelu mrežnice te u vanjskom i unutrašnjem segmentu fotoreceptora, s nižom ekspresijom u unutrašnjem sloju pleksiforme i sloju ganglijskih ćelija. Nije primijećena ekspresija u unutrašnjem jedarnom sloju.[9]

Funkcija gena

[uredi | uredi izvor]

Tsang et al. (2007) otkrili su da su razine SCAPER proteina i RNK bile relativno konstantne tokom čelijskog ciklusa i blago povišene u ranoj S-fazi. Tokom ćelijskog ciklusa, SCAPER je povezan sa kompleksima ciklina A/Cdk2. Motiv vezanja ciklina identificiran je u blizini N-kraja. RNKi-posredovano iscrpljivanje SCAPER-a smanjilo je citoplazmatski ciklin A i odgodilo fazni prijelaz G1 / S, dok je prekomjerna ekspresija SCAPER-a uzrokovala prelazak ciklina A iz jedra u citoplazmu, a rezultirala je i akumulacijom ćelija u M-fazi. Zaključili su da SCAPER predstavlja novi regulatorni protein ciklina A/Cdk2, koji privremeno održava ciklin A u citoplazmi.

Molekulska genetika

[uredi | uredi izvor]

Kod četiri pacijenta iz tri nepovezane porodice s poremećajem intelektualnog invaliditeta i pigmentoznim retinitisomom (IDDRP), Tatour et. (2017) identificirali su homozigotnost ili spojenu heterozigotnost za mutacije u genu SCAPER (611611.0001-611611.0004). Primjećujući da fenotip mrežnjače povezan s nultiM SCAPER mutacijama nije urođen, već je prisutan u drugoj deceniji života, autori su sugerirali da u mrežnJAČI SCAPER nema razvojnu ulogu, već je važan za funkciju i/ili održavanje fotoreceptora.[10]

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Mutacije u ovom genu povezane su s intelektualnom invalidnošću i retinitis pigmentosa.[11][12][13]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140386 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: 244891 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Tsang WY, Wang L, Chen Z, Sánchez I, Dynlacht BD (2007) SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J Cell Biol 178(4):621-633
  6. ^ Nagase, T., Kikuno, R., Ishikawa, K., Hirosawa, M., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143-150, 2000. PubMed: 10819331
  7. ^ Scott, A. F. Personal Communication. Baltimore, Md. 11/21/2007.
  8. ^ "UniProt, Q9BY12". Pristupljeno 18. 7. 2021.
  9. ^ Tsang, W. Y., Wang, L., Chen, Z., Sanchez, I., Dynlacht, B. D. SCAPER, a novel cyclin A-interacting protein that regulates cell cycle progression. J. Cell Biol. 178: 621-633, 2007. PubMed: 17698606
  10. ^ Tatour, Y., Sanchez-Navarro, I., Chervinsky, E., Hakonarson, H., Gawi, H., Tahsin-Swafiri, S., Leibu, R., Lopez-Molina, M. I., Fernandez-Sanz, G., Ayuso, C., Ben-Yosef, T. Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J. Med. Genet. 54: 698-704, 2017. PubMed: 28794130
  11. ^ Tatour Y, Sanchez-Navarro I, Chervinsky E, Hakonarson H, Gawi H, Tahsin-Swafiri S, Leibu R, Lopez-Molina MI, Fernandez-Sanz G, Ayuso C, Ben-Yosef, T (2017) Mutations in SCAPER cause autosomal recessive retinitis pigmentosa with intellectual disability. J Med Genet 54:698-704
  12. ^ Jauregui R, Thomas AL, Liechty B, Velez G, Mahajan VB, Clark L, Tsang SH (2019) SCAPER-associated nonsyndromic autosomal recessive retinitis pigmentosa. Am J Med Genet A 179(2):312-316
  13. ^ Kahrizi K, Huber M, Galetzka D, Dewi S, Schröder J, Weis E, Kariminejad A, Fattahi Z, Ropers HH, Schweiger S, Najmabadi H, Winter J (2019) Homozygous variants in the gene SCAPER cause syndromic intellectual disability. Am J Med Genet A