Idi na sadržaj

KRTDAP

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
KRTDAP
Identifikatori
AliasiKRTDAP
Vanjski ID-jeviOMIM: 617212 MGI: 1928282 HomoloGene: 52619 GeneCards: KRTDAP
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za KRTDAP
Genomska lokacija za KRTDAP
Bend19q13.12Početak35,487,324 bp[1]
Kraj35,495,558 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 7 (miš)
Hrom.Hromosom 7 (miš)[2]
Hromosom 7 (miš)
Genomska lokacija za KRTDAP
Genomska lokacija za KRTDAP
Bend7|7 B1Početak30,787,896 bp[2]
Kraj30,791,097 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija molekularna funkcija
Ćelijska komponenta extracellular region
Vanćelijsko
lamellar granule
Biološki proces Ćelijska diferencijacija
GO:0022610 biološki proces
epidermis development
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_207392
NM_001244847

NM_001033131

RefSeq (bjelančevina)

NP_001231776
NP_997275

NP_001028303
NP_001350938
NP_001350939
NP_001350940

Lokacija (UCSC)Chr 19: 35.49 – 35.5 MbChr 7: 30.79 – 30.79 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Pridruženi protein keratinocitne diferencijacije jeprotein koji je kod ljudi kodiran genom KRTDAP .[5][6]

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Iz embrionske epiderme pacova, Oomizu et al. (2000) klonirali su potpuni Krtdap, kojeg su nazvali Kdap, a analizom baze podataka identificirali su tri dodatne varijante prerade. Također su identificirali KDAP miša i čovjeka, za koje se također predviđalo da imaju po četiri varijante prerade. Izvedeni pacovski protein pune dužine od 98 aminokiselina ima izračunatu molekulsku masu od 11 kD, konzerviranu N-terminalnu signalnu sekvencu i dva pretpostavljena mjesta N-miristoilacije. RT-PCR analita je detektirala je četiri prerađene varijante Kdap-a u diferenciranoj embrionskoj epidermi odraslih pacova, sa raslojenim i pseudostratifikiciranim epitelima. [[FISH|Hibridizacija in situ pacovske kože lokalizirala je Kdap u suprabaznom sloju epiderme i suprabaznim ćelijama u infundibulumu dlakinog folikula.

Dio elektroforetske i tkivne ekspresije gena KRTDAP

Koristeći kvantitativnu RT-PCR analizu, Matsui et al. (2004) otkrili su Kdap u slojevitom epitelu iz nekoliko mišjih tkiva, kao i u dušnik]u, mokraćnom mjehuru i timusu. Kdap nije bio otkriven u tipskim jednostavnim epitelima. Hibridizacija in situjastučića mišjeg stopala, otkrila je ekspresiju Kdap ograničenu na suprabazni dio spinoznog sloja. ]][[Epitop-označeni ljudski KDAP je N-terminalno obrađen i izlučen nakon ekspresije u 293 / EBNA-1 ćelijama.

Leclerc et al. (2014) otkrili su da je ekspresija Krtdap-a i suprabasina (SBSN) povećana u koži novorođenih homozigotnih null miševa za varijante dermokina (DMKN) -beta i -gama.[7][8][9]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]
Simboli
1020304050
MKIPVLPAVVLLSLLVLHSAQGATLGGPEEESTIENYASRPEAFNTPFLN
IDKLRSAFKADEFLNWHALFESIKRKLPFLNWDAFPKLKGLRSATPDAQ

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188508 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000074199 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Oomizu S, Sahuc F, Asahina K, Inamatsu M, Matsuzaki T, Sasaki M, Obara M, Yoshizato K (Dec 2000). "Kdap, a novel gene associated with the stratification of the epithelium". Gene. 256 (1–2): 19–27. doi:10.1016/S0378-1119(00)00357-7. PMID 11054531.
  6. ^ "Entrez Gene: UNQ467 KIPV467".
  7. ^ Leclerc, E. A., Huchenq, A., Kezic, S., Serre, G., Jonca, N. Mice deficient for the epidermal dermokine beta and gamma isoforms display transient cornification defects. J. Cell Sci. 127: 2862-2872, 2014. PubMed: 24794495
  8. ^ Matsui, T., Hayashi-Kisumi, F., Kinoshita, Y., Katahira, S., Morita, K., Miyachi, Y., Ono, Y., Imai, T., Tanigawa, Y., Komiya, T., Tsukita, S. Identification of novel keratinocyte-secreted peptides dermokine-alpha/-beta and a new stratified epithelium-secreted protein gene complex on human chromosome 19q13.1. Genomics 84: 384-397, 2004. [PubMed]: 15234001
  9. ^ Oomizu, S., Sahuc, F., Asahina, K., Inamatsu, M., Matsuzaki, T., Sasaki, M., Obara, M., Yoshizato, K. Kdap, a novel gene associated with the stratification of the epithelium. Gene 256: 19-27, 2000. [PubMed]: 11054531

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]