Idi na sadržaj

GPBP1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
GPBP1
Identifikatori
AliasiGPBP1
Vanjski ID-jeviOMIM: 608412 MGI: 1920524 HomoloGene: 11292 GeneCards: GPBP1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 5 (čovjek)
Hrom.Hromosom 5 (čovjek)[1]
Hromosom 5 (čovjek)
Genomska lokacija za GPBP1
Genomska lokacija za GPBP1
Bend5q11.2Početak57,173,948 bp[1]
Kraj57,264,679 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za GPBP1
Genomska lokacija za GPBP1
Bend13|13 D2.2Početak111,562,214 bp[2]
Kraj111,626,645 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
vezivanje sa DNK
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta citoplazma
intracellular membrane-bounded organelle
jedro
citosol
ćelijska membrana
Biološki proces GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
transcription, DNA-templated
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001127235
NM_001127236
NM_001203246
NM_022913
NM_001331037

NM_001122963
NM_028487
NM_001361923
NM_001361924
NM_001361925

NM_001361926

RefSeq (bjelančevina)

NP_001120707
NP_001120708
NP_001190175
NP_001317966
NP_075064

NP_001116435
NP_082763
NP_001348852
NP_001348853
NP_001348854

NP_001348855

Lokacija (UCSC)Chr 5: 57.17 – 57.26 MbChr 13: 111.56 – 111.63 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Vaskulin jest protein koji je kod ljudi kodiran genom GPBP1 sa hromosoma 5.[5][6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 473 aminokiseline, а molekulska težina 53.339 Da.[7]

1020304050
MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSS
DGFDSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSS
IFHAGKSQGLHENNIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNH
NKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVK
NGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGTSFPHESTFGVGNFN
AFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSE
FLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDEN
EIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSEN
DETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNST
FKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

Nedavna analiza supresivne suptraktivne hibridizacije na ljudskoj RNK izvedenoj iz aterosklerotskih plakova otkrila je gene povećane regulacije u plakovima s trombom u odnosu na stabilne plakove. Klon SSH6, koji sadrži dio navodno otvorenog okvira čitanja nepoznatog proteina, dodatno je istražen. cDNK pune dužine, koja kodira protein od 473-aminokiselina (aa), identificirana je u biblioteci cDNK vaskularnih ćelija glatkih mišića (SMC). Bioinformatička pretraga sugerirala je prisustvo više varijanti SSH6 zbog alternativne prerade egzona 3.[5]

Analiza više tkiva Northern blotom pokazala je različit obrazac ekspresije ovih varijanti, jer je sveprisutno izražena SSH6 iRNK kojoj nedostaje egzon 3, otkrivena i van navodnog vaskularnog SMC-specifičnog oblika koji sadrži egzon 3. Western blot analiza pokazala je sveprisutni protein od 35 kDa (SSH6-beta), pored proteina od 45 kDa (vaskulin), otkrivenog u vaskularnom zidu i plazmi. Analiza arterija koje pokazuju različite faze ateroskleroze pokazala je da se omjer vaskulin/SSH6-beta povećava tokom aterogeneze. Imunohistokemijska pretraga pokazala je citoplazmatsku ekspresiju produkata gena SSH6 u makrofagima, endotelnim ćelijama i SMC-ima. Ukratko, identificirna je novua IRNK/protein, vaskulin, u arterijskom zidu i plazmi. Regulirana ekspresija vaskulina u plakovima ukazuje na ulogu u aterogenezi. Štaviše, njegovo prisustvo u plazmi otvara perspektive za vaskulin kao marker za aterosklerozu.[5]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000062194 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000032745 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c Bijnens AP, Gils A, Jutten B, Faber BC, Heeneman S, Kitslaar PJ, Tordoir JH, de Vries CJ, Kroon AA, Daemen MJ, Cleutjens KB (Oct 2003). "Vasculin, a novel vascular protein differentially expressed in human atherogenesis". Blood. 102 (8): 2803–10. doi:10.1182/blood-2003-01-0306. PMID 12842993.
  6. ^ "Entrez Gene: GPBP1 GC-rich promoter binding protein 1".
  7. ^ "UniProt, Q86WP2" (jezik: engleski). Pristupljeno 15. 10. 2021.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]