FAM43A
FAM43A | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | FAM43A | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 2676309 HomoloGene: 17800 GeneCards: FAM43A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 3: 194.69 – 194.69 Mb | Chr 16: 30.42 – 30.42 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Član A porodice proteina sa sličnošću sekvence 43 (FAM43A), znan i kao GCO3P195887, GC03P194406 i GC03P191784 jest gen koji je kod ljudi nalazi naa hromosomu 3.[5][6] Kodira protein od 423 bp koji je konzerviran kod primata, a njegovi ortolozi nađeni su i kod ostalih vrsta vertebrata kao i beskičmenjaka.[7] Identificirane su tri varijante transkripta, dva proteina koja kodiraju izoforme (aAug10, bAug10) i nekodirajući transkript (cAug10).[8][9]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 423 aminokiseline, а molekulska težina 45.776 Da.[10]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MLPWKKHKFE | LLAEAPPRQA | SKPKGYAVSL | HYSALSSLAR | ACPEGALSRV | ||||
GSMFRSKRKK | LHITSEDPTY | TVLYLGNATT | IQARGDGCTD | LAVGKIWSKS | ||||
EAGRQGTKMK | LTVSAQGIRM | VHAEERALRR | PGHLYLLHRV | TYCVADARLP | ||||
KVFAWVYRHE | LKHKAVMLRC | HAVLVSKPEK | AQAMALLLYQ | TSANALAEFK | ||||
RLKRRDDARH | QQQELVGAHT | IPLVPLRKLL | LHGPCCYKPP | VERSRSAPKL | ||||
GSITEDLLGE | QLEQELQEEE | EEEQPEGCPE | EEENRAAEGD | PAEEEAEAQR | ||||
ALVVAMHFEC | GDLLDTLENG | RGEALGGGGG | SLGPGAGPPP | LLLGSASDMK | ||||
AELSQLISDL | GELSFGNDVR | TLQADLRVTR | LLSGDSTGSE | SSIEGGGPDA | ||||
TSATAGDSSR | QADGASADEP | HSG |
Gen
[uredi | uredi izvor]Ovaj gen nalazi se na dugom kraku hromosoma 3 na regiji 3q29; FAM43A sastoji se od 2.493 baze; a prevedeni protein sadrži domen interakcije fosfotirozina, pretpostavljeno mjesto vezanja fosfoinozitida i pretpostavljeno vezno mjesto za peptide.[11]
Protein
[uredi | uredi izvor]FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena i dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).[12][13] Ortolozi identificirani su u Mammalia, Aves, Actinopterygii, Reptilia, Hemichordata, Cephalochardata, Mollusca, Brachiopoda, Nematoda i Arthropoda. Nisu identificirani ortolozi osim vrsta beskičmenjaka.[14]
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a5/FAM43A_unrooted_phylogenic_tree.png/220px-FAM43A_unrooted_phylogenic_tree.png)
Paralozi
[uredi | uredi izvor]FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena koji dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).[15]
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni broj | Sličnost sekvence (%) |
---|---|---|---|
Gorilla gorilla | Gorila | XP_004038285.1 | 99 |
Orcinus orca | Kit ubica | XP_004278817.1 | 94 |
Gallus gallus | Kokoš | XP_426700.2 | 74 |
Danio rerio | Zebrica | NP_999870.1 | 71 |
Python bivittatus | Piton | XP_007440325.1 | 51 |
Branchiostoma belcheri | Kopljača | XP_0196466582.1 | 49 |
Limulus polyphpemus | Kopitasta kraba | XP_013779827.1 | 38 |
Caenorhabditis elegans | Nematoda | NP_509937.1 | 35 |
Daleki homolog identifikovan je korišćenjem NCBI programa proteina BLAST, proteina adaptera receptora za lipoprotein niske gustoće 1 nalik na Cryptotermes secundus. Međutim, kada je sekvenca LOC111863195 upoređena sa sekvencom Homo sapiens, otkriveno je da homolog mapiran na hromozom 1, što ga čini ortologom paraloga FAM43B. Činjenica da se protein FAM43A ne može pratiti dalje u evolucijskoj historiji od beskičmenjaka ukazuje da bi to mogla biti tačka u kojoj su se FAM43A i paralog FAM43B razišli. prije otprilike 797 miliona godina.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Tkivno specifična ekspresija
[uredi | uredi izvor]FAM43A protein je visoko eksprimiran u ustima, vaskularnom sistemu, slezeni i ušima. Značajna ekspresija uočena je u masnom tkivu, pupčanoj vrpci i kostima, sa najvećom ekspresijom u fazi razvoja novorođenčeta.[16]
Ekspresija u bolesti
[uredi | uredi izvor]Ekspresija je pojačana kod tumora glave i vrata i karcinoma mokraćne bešike, što ukazuje na onkogenu funkciju.[17] Ekspresija FAM43A je pojačana u ćelijskim linijama ranog prekursora T-ćelija (ETP) akutne limfoblastne leukemije (ALL) (GDS4299) i trostruko negativnog karcinoma dojke (TNBC) Hs578T (GDS4092).[18] FAM43A mapa ekspresije u mozgu Mus musculus ukazuje na diferencijalnu ekspresiju u korteksu, corpus callosum i hipotalamusu.[19] Primarna funkcija žulevitog tijela (corpus callosum) je da inervira i poveže dvije moždane hemisfere. Corpus callosum integrira motorne, senzorne i kognitivne performanse između korteksne regije na jednoj hemisferi i cilja u drugoj.[20] Hipotalamus povezuje nervni sa endokrinim sistemom preko hipofize.
Varijacija
[uredi | uredi izvor]Sindrom mikrodelecije 3q29 (monosomija 3q29) uzrokovan je intersticijskom delecijom 3q29, posredovanom nealelnom homolognom rekombinacijom između ponavljanja niske kopije koja rezultira uobičajenom delecijom.[21] Sindrom mikrodelecije 3q29 obilježen je gubitkom 1,6 miliona parova baza, uključujući pet poznatih gena i 17 nepoznatih transkripata. Potvrđeni su feni za fosfat i citidiltransferazu 1, holin alfa (PYT1A), P21 (RAC1) aktivirana kinaza 2 (PAK2), melanotransferin (MFI2), veliki diskovi MAGUK proteinske skele 1 (DLG1) i 3-hidroksibutirat dehidrogenaze 1 (BDH1) a još sdam gena je implicirano s nekompletnim cDNK, a preostali hipotetski geni tek treba da budu potvrđeni eksperimentalno.[22] Prezentacija sindroma mikrodelecije 3q29 pokazala je povećan rizik za shizofreniju. Susjedi gena PAK2 i DLG1 implicirani su zbog interakcije s neuroliginom i podjedinicom AMPA receptora GluR1.[23] U 2015, Guida et al. identificirali su novu mutaciju proksimalno od 3q29 mikrodelecijske regije koja je u korelaciji s prezentacijom očno-ušnog pršljenskog spektra (OAVS).[24] Research of Robertson et al. revealed the presence of FAM43A mRNA in the fetal cochlea and association with development of normal hearing function.[25] Ovi nalazi ukazuju da bi varijacije u FAM43A mogle biti odgovorne za razvoj OAVS-a.
Promotor
[uredi | uredi izvor]Vezivanje transkripcionog faktora se može videti ispod u okviru promotorske regije FAM43A,[26] pretrage su završene na 500 bp koji prethodi start kodonu.
Matriksna porodica | Detaljnija informacija o porodici | Položaj sidra | Lanac | Sličnost matriksa | Sekvenca |
---|---|---|---|---|---|
ZICF | ZIC-porodica, Cerebelumski cinkov prst | 1912 | – | 0,931 | cggcgCAGCtgggcg |
NEUR | NeuroD, Beta2, domen HLH | 1912 | + | 0,985 | cgcccaGCTGcgccg |
PLAG | Gen pleomorfnog adenoma | 1919 | – | 0,931 | ggaggGCGCcccggcgcagctgg |
EGRF | EGR/inducirani protein C nervnog faktora rasta i srodni faktori | 1896 | – | 0.919 | ggcggcggCGGCggagcgc |
KLFS | Kruppeloliki transkripcijski faktori | 1796 | – | 0,941 | tagggagttGGGGggaggg |
GCMF | Horion-specifični transkripcijski faktori sa GCM DNK-vezujućim domenom | 1742 | – | 0.919 | attaCCCGcacctc |
SORY | SOX/SORY spolno/testis determinifrajući i srodni faktori HMG-kutije | 1741 | + | 0.953 | agagAATTtacccgcacctcctg |
EBOX | E-kutijski vezujuči faktori | 1674 | + | 0,921 | gtgcgcgCGTGtctccc |
E2FF | E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa | 1549 | + | 0.905 | tgtgtGCGCgcgtgtct |
MTF1 | Metalno inducirani transkripcijski faktor | 1635 | + | 0,900 | ctttGCTCtcgccct |
ETSF | Ljudski i mišji ETS1 faktori | 1565 | – | 0.934 | aaatgtcaGGAAaaaagctag |
FKHD | Faktori viljuškastog domena | 1541 | – | 0,986 | cgcgtgcAAATaaagag |
INSN | Insulinom-pridruženi faktori | 1462 | + | 0.926 | tgttaGGGGaccc |
Identificirana su mjesta vezanja mikroRNK [27] a zatim upoređena sa konzervacijom tipova FAM43A da bi se odredile vjerovatne strukture petlje stabla 3' neprevedenog regiona (UTR) kao što je prikazano na desnoj strani.
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/45/FAM43A_3%27UTR.png/280px-FAM43A_3%27UTR.png)
Predviđeno je da je FAM43 jedarni protein, a identifikacirane funkcije, strukture i funkcije za LDL receptorski adapter proteina (LDLrP) je završena.[28] Conserved residues Y52 and S93 are highlighted in the structure of LDLrP to the right. Identificirana su tri mjesta fosforilacije sa konzerviranjem između ljudskih i mišjih genotipova [29] at T112-p, S114-p, and T-379-p. The translated protein contains a primary and secondary nuclear localization signal and has a predicted GPI-linkage site at D407,[30] i mjesto cijepanja kaspaza 3 i 7 između aminokiselina 404–408[31] što ukazuje na moguću translokaciju sa ćelijske membrane u jedro.
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/7b/LDLrP_phosphotyrosine_domain.png/220px-LDLrP_phosphotyrosine_domain.png)
Interakcija proteina
[uredi | uredi izvor]Direktna interakcija sa SRPK2 (SRSF protein-kinaza 2), serin/argininom bogatom protein-specifičnom kinazom, koja fosforilira supstrate na ostacima serinom bogatih arginin/serinskih dipeptida (RS domeni), uključenih u fosforilaciju SR faktora prerade i regulaciju prerade. SRSF protein-kinaza 2 promovira neuronskapoptoza|u apoptozu regulacijom ekspresije ciklina-D1 putem supresije fosforilacije p53/TP53.[32] Protein-fosfataza 2A je jedna od četiri glavne Ser/Thr fosfataze, koje reguliraju negativnu kontrolu rasta i diobe ćelija.[33] FAM43A pokazuje predviđenu interakciju s abelson (ABL) kinazom, a članovi ABL povezuju različite vanćelijske podražaje sa signalnim putevima koji kontroliraju rast ćelija, preživljavanje, invaziju, adheziju i migraciju.[34]
Alijasi Interaktivnih proteina | Puno ime | Funkcija | Tip interakcije |
---|---|---|---|
SRPK2 | Serin/arginin-bogata protein-specifična kinaza | Fosforilira supstrate na RS domenima | Direktna interakcija |
PPP2R5C | Regulatorna podjedinica B'gama protein-fosfataze 2A | Regulatorna podjedinica 2A porodice B-fosfataze | Fizičko pridruživanje |
PPP2R1B | Skelna podjedinica A beta protein-osfataza 2A | Konstantna regulatorna podjedinica protein-fosfataze 2 | Fizičko pridruživanje |
PPP2R5D | Regulatorna podjedinica B' delta protein-fosfataze 2A | Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A | Fizičko priruživanje |
PPP2R5A | Regulatorna podjedinica B'alfa protein-fosfataze 2A | Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A | Fizičko priruživanje |
PPP2R5B | Regulatorna podjedinica B'beta protein-fosfataze 2A | Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A | Fizičko priruživanje |
PPP2R5E | Regulatorna podjedinica B'epsilon protein-fosfataze 2A | Regulatorna podjedinica B porodice fosfastaza 2A | Fizičko priruživanje |
SNX6 | Sortirajući neksin 6 | Članovi sadrže phox (PX) fosfoinozitid-vezujući domen (unutarćelijski promet) | Fizičko priruživanje |
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000185112 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000046546 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "FAM43A". GeneCards. Pristupljeno 27. 4. 2018.
- ^ "FAM43A". NCBI Nucleotide. Pristupljeno 27. 4. 2018.
- ^ "Standard Protein Blast". NCBI. National Library of Medicine. Pristupljeno 18. 2. 2018.
- ^ "FAM43A gene". NCBI AceView. Pristupljeno 4. 2. 2018.
- ^ "FAM43A". SAPS. Pristupljeno 8. 4. 2018.[mrtav link]
- ^ "UniProt, Q8N2R8" (jezik: engleski). Pristupljeno 7. 11. 2021.
- ^ "NCBI Protein". NCBI. U.S. National Library of Medicine. Pristupljeno 18. 2. 2018.
- ^ "FAM43A". NCBI protein BLAST. Pristupljeno 28. 4. 2018.
- ^ "FAM43A". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 28. 4. 2018.
- ^ "FAM43A protein". Timetree: The timescale of life. Pristupljeno 28. 4. 2018.
- ^ "FAM43A". NCBI protein BLAST. Pristupljeno 28. 4. 2018.
- ^ "FAM43A". NCBI UniGene. Pristupljeno 21. 5. 2018.
- ^ "Homo sapiens FAM43A". NCBI UniGene. Pristupljeno 28. 3. 2018.
- ^ "GEO Profiles". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 5. 5. 2018.
- ^ "FAM43 expression". Allen Brain Atlas. Pristupljeno 31. 3. 2018.
- ^ "Corpus callosum". CNSvp. Arhivirano s originala, 8. 3. 2018. Pristupljeno 29. 3. 2018.
- ^ Ballif BC, et al. (2008). "Expanding the clinical phenotype of the 3q29 microdeletion syndrome ad characterization of the reciprocal microduplication". Molecular Cytogenetics. 1: 8. doi:10.1186/1755-8166-1-8. PMC 2408925. PMID 18471269.
- ^ Willat L, et al. (2005). "3q29 Microdeletion Syndrome: Clinical and Molecular Characterization of a New Syndrome". American Journal of Human Genetics. 77 (1): 154–160. doi:10.1086/431653. PMC 1226188. PMID 15918153.
- ^ Mulle JG, et al. (2010). "Microdeletions of 3q29 confer high risk for Schizophrenia". The American Journal of Human Genetics. 87 (2): 229–236. doi:10.1016/j.ajhg.2010.07.013. PMC 2917706. PMID 20691406.
- ^ Guida V, Sinibaldi L, Pagnoni M, Bernardini L, Loddo S, Margiotti K, Digilio MC, Fadda MT, Dallapiccola B, Iannetti G, Alessandro de L (april 2015). "A de novo proximal 3q29 chromosome microduplication in a patient with oculo auriculo vertebral spectrum". American Journal of Medical Genetics. Part A. 167A (4): 797–801. doi:10.1002/ajmg.a.36951. PMID 25735547. S2CID 37704780.
- ^ Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, Bieber FR, Morton CC (septembar 1994). "Isolation of novel and known genes from a human fetal cochlear cDNA library using subtractive hybridization and differential screening". Genomics. 23 (1): 42–50. doi:10.1006/geno.1994.1457. PMID 7829101.
- ^ "FAM43A". Genomatix. Pristupljeno 1. 4. 2018.[mrtav link]
- ^ "FAM43A microRNA binding sites". Targetscan. Pristupljeno 21. 5. 2018.
- ^ "FAM43A". PSORT II Prediction. Pristupljeno 8. 4. 2018.
- ^ "FAM43A phosphorylation sites". Phosphosite. Pristupljeno 8. 4. 2018.
- ^ "FAM43A". IMP Bioinformatics. Pristupljeno 8. 4. 2018.
- ^ "FAM43A motif search for nuclear protein". ELM. Pristupljeno 22. 4. 2018.
- ^ "SRPK2 Gene". Gene Cards. Pristupljeno 1. 5. 2018.
- ^ "PPP2R5C". Gene Cards. Pristupljeno 1. 5. 2018.
- ^ Grueber, Emileigh K. (2013). "Role of ABL Family Kinases in Cancer: from Leukemia to Solid Tumors". Nature Reviews Cancer. 13 (8): 559–571. doi:10.1038/nrc3563. PMC 3935732. PMID 23842646.