Sarajevo je upisano na mapu akademskih centara u ovom dijelu Evrope Gazi Husrevbegovom vakufnamom iz 1537. godine. Gazi Husrevbegova biblioteka, u svojstvu pridru�ene �lanice, najstarija je institucija u okviru Univerziteta u Sarajevu. Nakon zamjene osmanske uprave austro-ugarskom, osnovane su �erijatska suda�ka �kola 1887. godine, Zemaljski muzej 1888. godine, Vrhbosanska katoli�ka bogoslovija 1890. godine. Sarajevsko-reljevska pravoslavna bogoslovija je 1892. godine uzdignuta na stepen visoke �kole. Zemaljski muzej je danas pridru�ena, a Katoli�ki bogoslovni fakultet punopravna �lanica Univerziteta u Sarajevu.

Poljoprivredno-�umarski fakultet je osnovan 1940. god., Medicinski fakultet 1944. godine.

U Federativnoj Narodnoj Republici Jugoslaviji, godinu nakon Drugog svjetskog rata, u Sarajevu su po�eli sa radom i Vi�a pedago�ka �kola i Biolo�ki institut. Nakon �to je, poslije Medicinskog, Pravnog i Poljoprivredno-�umarskog, otvoren i Tehni�ki fakultet, Skup�tina Narodne Republike Bosne i Hercegovine je 1949. godine donijela Zakon o Univerzitetu kojim se osniva Univerzitet u Sarajevu. Filozofski fakultet (sa prirodno-matemati�kim odsjekom) i Veterinarski fakultet postaju njegovim novim �lanicama 1950. god. U narednim decenijama uslijedio je period dinami�kog rasta. 

Do 1975. godine Univerzitet u Sarajevu je bio jedini univerzitet u Bosni i Hercegovini, osnovni pokreta� razvoja visokog obrazovanja i nauke u na�oj zemlji, zna�ajno doprinose�i  utemeljenju Univerziteta u Banjaluci 1975., Univerziteta u Tuzli 1976. i Univerziteta u Mostaru 1977. god. 

U novo razdoblje, koje je nastupilo me�unarodnim priznanjem dr�ave Bosne i Hercegovine, Univerzitet u Sarajevu je u�ao kao obuhvatna asocijacija 19 fakulteta, 3 akademije, 4 vi�e �kole u Sarajevu i 2 fakulteta u Zenici.

Tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu i opsade Sarajeva (05.04.1992.�29.02.1996.) Univerzitetu su nanesene velike ljudske i materijalne �tete kroz stradanja, raseljavanje i odliv nastavnog kadra, fizi�ku devastaciju zgrada i opreme Univerziteta. Nastavljaju�i sa radom i �uvaju�i civilizacijske standarde u najte�im uslovima u kojim se na�la jedna evropska visokoobrazovna institucija u drugoj polovici 20. stolje�a, Univerzitet je stekao �iroko uva�avanje me�unarodne akademske zajednice.

Zajedno sa ostalim univerzitetima u Bosni i Hercegovini, Univerzitet u Sarajevu je 1996. godine pristupio evropskim programima podr�ke reformi visokog obrazovanja. Taj period je obilje�en djelovanjem Univerziteta na saniranju posljedica ratnih razaranja, stvaranju ambijenta za nastavak stabilnog i kontinuiranog razvoja i potpunije uklju�ivanje Univerziteta u savremene evropske i svjetske akademske tokove.

Univerzitet u Sarajevu je u periodu 1997-2000. koordinirao na evropskom planu prvi  TEMPUS projekt nastavnog plana i programa po modelu 3+2.

Polaze�i od spoznaje o zna�aju dostizanja odgovaraju�eg mjesta u evropskom prostoru visokog obrazovanja (EHEA), Univerzitet je, kao cjelina, akademske 2005/2006. godine samostalno krenuo � u ote�anim uvjetima i bez dr�avnih smjernica, odgovaraju�e politi�ke, zakonske i materijalne podr�ke � u slo�eni proces reforme prema bolonjskim principima.

Univerzitet je razvio ili u�estvuje u nekoliko internacionalno umre�enih programa tre�eg ciklusa studija koji nastoje slijediti EHEA-ERA standarde.

U organizacionom pogledu, Univerzitet u Sarajevu je velika i slo�ena javna ustanova �iju osnovnu strukturu danas �ini trideset organizacionih jedinica - dvadeset i dva fakulteta, tri akademije i pet nau�no-istra�iva�kih instituta, unutar �est grupacija iz podru�ja dru�tvenih, humanisti�kih, medicinskih, tehni�kih, prirodno-matemati�kih i biotehni�kih nauka te umjetnosti. Me�u pridru�enim �lanicama Univerziteta su Nacionalna i univerzitetska biblioteka BiH, Gazi Husrev-begova biblioteka i Zemaljski muzej BiH, te druge univerzitetske jedinice.

Usvajanjem Statuta Univerziteta u maju 2013. od strane Senata Univerziteta, u skladu sa Okvirnim zakonom o visokom obrazovanju u BiH i Zakonom o visokom obrazovanju Kantona Sarajevo, Univerzitet je napravio odlu�an iskorak od labave asocijacije fakulteta ka univerzitetu organizovanom na jedan od na�ina koje je oblikovala relevantna evropska tradicija.

Trenutno su objekti ve�ine �lanica i pridru�enih �lanica Univerziteta disperzirani na prostoru grada Sarajeva, dok se u Kampusu Univerziteta, smje�tenom na lokalitetu biv�e kasarne �Mar�al Tito�, u ovom �asu nalazi grupa od pet fakulteta i dva instituta, te dodatni obrazovni i drugi studentski sadr�aji. Ura�eni su glavni projekti i pribavljene urbanisti�ke saglasnosti za dio objekata predvi�enih prvom fazom realizacije Master plana Kampusa. Master plan je dobio Campus Planing Award, u Bostonu, 2004. godine.