運行系統是公共交通中列車和公共汽車的運行路線的體系。
在公共交通中，運行系統指的是有固定路線和指定停靠站且定期運行的系統，而且在實際情況中，一個運行系統可以指一條路線的全部或一部分，亦可以指多條銜接的路線。
在大部分國家和地區的公共汽車、無軌電車、有軌電車、部分地鐵等當中，存在着運行系統編號。而在部分國家和地區的公共交通中，則是以顏色來劃分。而在少數地區的公共交通中，亦存在着編號和顏色同時表示的情況。某些運行系統還細分為站站停和其他優等列車，故在運行時會用符號或廣播加以提示。
