地球外少年少女

月産まれの少年・登矢は、辟易していた。今日は三人の子供が宇宙旅行のため、このステーション、「あんしん」へとやってくる。大嫌いな地球人の相手をしなければならず、それが彼を常以上にいらだたせていた。実際、トラブルに見舞われながらやってきた美衣奈と博士は、登矢の予想以上の難物。さらにホワイトハッカーだった少年・大洋により、登矢は追いかけ回されることに。そのさなか――彼らは未曾有の事故に遭遇する。

「あんしん」の火星フロアへと落ちてしまった登矢と大洋。さらに彼らを減圧による酸欠が襲う。ネットも切断状態となり危機感を募らせる登矢は、シェルターを経由し、幼馴染の心葉のもとへと向かうのだが、心葉は心肺停止状態で倒れていた。大洋と必死の救命活動をする登矢。なんとか事なきを得る。その頃、美衣奈、博士の2人は怪我を負ったアテンダントの那沙と共に、地球フロアのシェルターに避難していた。

謎の着ぐるみに助けられ、チューブ穴へと避難した子どもたち。着ぐるみの中身は「あんしん」の元設計主任・国分寺だった。ステーションの７割を設計担当した彼の誘導で、シャトルへと向かう。だが、道が閉ざされ、隣のシリンダーまでEVA（宇宙遊泳）をする事に。全員の推薦を受け、リーダーとなった登矢の指示で宇宙空間を歩む一行。順調かに見えたその時、大洋が通路から滑り落ちてしまう。

叔父の相模と交信しお互いの無事を確認した登矢。しかし、何者かに「あんしん」のコントロールが奪われてしまう。ハッキングで復旧作業を試みるが、マイクロマシンの異様な増殖によって、妨害を受ける。さらに、彗星が軌道を変え地球に向かうという未曽有の事態も起こり、加えて、救助に来たはずのUN2.1は「あんしん」を攻撃目標と定めてしまう。状況打破のためには、落下を阻止しなければならない。修正コマンドを入力するため、彗星と通信を試みようとした彼らは、そこで最大の障害と遭遇するーー。

那沙により、彗星への通信を妨害される子どもたち。セブンポエムに従い、地球へ彗星を衝突させようとする彼女だが、ブライトとダークによって思惑を阻まれる。その後大人と合流した登矢たちは、自分たちに埋め込まれたインプラントによって、彗星をコントロールするセカンドセブンとの接続を試みることに。彗星の衝突がもう目前の状況で、登矢たちはセカンドセブンのさらなるリミッター外しを試みる。その方法とは……。

登矢は心葉のため、セブンの意識ともいえる「どこでもない場所」へとやってきた。トゥエルブとフレームを同じくしたセカンドセブンに、心葉を助けてほしいと懇願する登矢。だが、返ってきた答えは拒絶だった。複数の謎が錯綜するなか、那沙が残した「フィッツ」との言葉とともに、登矢は彗星直撃を回避するため最後の賭けに出る。時を同じくして、美衣奈、博士、大洋と大人たちは、バンジーに乗り「あんしん」からの脱出を試みていた。