Organizmi: Dallime mes rishikimesh

Organizmat klasifikohen nga taksonomia në grupe të tilla si [[Kafsha|kafshë]] shumëqelizore, [[Bimët|bimë]] dhe [[Kërpudhat|kërpudha]] ; ose [[Mikroorganizmat|mikroorganizma]] njëqelizorë si protet, [[Bacteria|bakteret]] dhe [[Archaea|arkeat]].<ref>{{Cite book |last=Hine |first=RS.|title=A dictionary of biology|url=https://archive.org/details/dictionaryofbiol0000unse_t7m3 |title=A dictionary of biology |date=2008 |publisher=Oxford University Press|location=Oxford |isbn=978-0-19-920462-5 |edition=6th |location=Oxford |page=[https://archive.org/details/dictionaryofbiol0000unse_t7m3/page/461 461] |editionlanguage=6then}}</ref> Të gjitha llojet e organizmave janë të afta për [[Riprodhimi|riprodhim]], rritje dhe zhvillim, mirëmbajtje dhe njëfarë mase përgjigjeje ndaj stimujve . [[Njeriu|Njerëzit]], kallamarët, kërpudhat dhe [[bimët vaskulare]] janë shembuj të organizmave shumëqelizorë që dallojnë [[Indi (organ)|indet]] dhe [[Organi (biologji)|organet]] e specializuara gjatë zhvillimit .

Një organizëm mund të jetë ose një [[prokariot]] ose një [[Eukarioti|eukariot]] . Prokariotët përfaqësohen nga dy fusha të veçanta - [[Bacteria|bakteret]] dhe [[Archaea|arkeat]] . Organizmat eukariotikë karakterizohen nga prania e një bërthame qelizore të lidhur me membranë dhe përmbajnë ndarje shtesë të lidhura me membranë të quajtura organele (siç janë [[Mitokondri|mitokondria]] te kafshët dhe bimët dhe plastidet në bimë dhe algat, të gjitha në përgjithësi konsiderohen se rrjedhin nga bakteret endozimbiotike ).<ref name="cavaliersmith1987">{{Cite journal |last=Cavalier-Smith T. |year=1987 |title=The origin of eukaryotic and archaebacterial cells |journal=Annals of the New York Academy of Sciences |language=en |volume=503 |issue=1 |pages=17–54 |bibcode=1987NYASA.503...17C |doi=10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x |pmid=3113314}}</ref> Kërpudhat, kafshët dhe bimët janë shembuj të mbretërive të organizmave brenda eukarioteve.

Vlerësimet për numrin e [[Lloj|specieve]] aktuale të Tokës variojnë nga 2 milion në 1 trilion,<ref name="Larsen2017">{{Cite journal |last=Brendan B. Larsen |last2=Elizabeth C. Miller |last3=Matthew K. Rhodes |last4=John J. Wiens |date=shtator 2017 |title=Inordinate Fondness Multiplied and Distributed:The Number of Species on Earth and the New Pie of Life |url=http://www.wienslab.com/Publications_files/Larsen_et_al_QRB_2017.pdf |journal=The Quarterly Review of Biology |language=en |volume=92 |issue=3 |page=230 |access-date=11 nëntor 2019}}</ref> prej të cilave mbi 1.7 milion janë dokumentuar.<ref>{{Cite journal |last=Anderson |first=Alyssa M. |year=2018 |title=Describing the Undiscovered |url=https://scholar.google.com/scholar?hl=en&as_sdt=0%2C24&as_ylo=2018&as_yhi=2018&q=Anderson+%22Describing+the+undiscovered%22&btnG= |journal=Chironomus: Journal of Chironomidae Research |language=en |issue=31 |pages=2–3 |doi=10.5324/cjcr.v0i31.2887}}</ref> Më shumë se 99% e të gjitha specieve, që arrijnë në mbi pesë miliardë specie,<ref name="Book-Biology">{{Cite book|editor-last=Kunin, W.E.|title=The Biology of Rarity: Causes and consequences of rare – common differences|url=https://books.google.com/books?id=4LHnCAAAQBAJ&pg=PA110&lpg=PA110&dq#v=onepage&q&f=false |title=The Biology of Rarity: Causes and consequences of rare – common differences |year=1996 |isbn=978-0-412-63380-5 |editor-last=Kunin, W.E. |language=en |accessdate=26 maj 2015}}</ref> që kanë jetuar ndonjëherë vlerësohet të jenë në zhdukje.<ref name="StearnsStearns2000">{{Cite book |last=Stearns |first=Beverly Peterson|last2=Stearns|first2=S.C.|last3=Stearns|first3=Stephen C.|title=Watching, from the Edge of Extinction|url=https://books.google.com/books?id=0BHeC-tXIB4C&q=99%20percent#v=onepage&q=99%20percent&f=false |yeartitle=2000Watching, from the Edge of Extinction |last2=Stearns |first2=S.C. |last3=Stearns |first3=Stephen C. |publisher=Yale University Press |year=2000 |isbn=978-0-300-08469-6 |page=preface x |language=en |accessdate=30 maj 2017}}</ref> <ref name="NYT-20141108-MJN">{{Cite news|url=https://www.nytimes.com/2014/11/09/opinion/sunday/prehistorys-brilliant-future.html|title=Prehistory's Brilliant Future|last=Novacek |first=Michael J. |date=8 nëntor 2014 |title=Prehistory's Brilliant Future |language=en |work=[[New York Times]] |url=https://www.nytimes.com/2014/11/09/opinion/sunday/prehistorys-brilliant-future.html |access-date=25 dhjetor 2014}}</ref>

Në vitin 2016, u identifikua një grup prej 355 [[Gjeni|gjenesh]] nga paraardhësi i fundit universal i përbashkët (LUCA) i të gjithë organizmave.<ref name="Weissetal">{{Cite journal |last=Weiss |first=Madeline C. |last2=Sousa |first2=Filipa L. |last3=Mrnjavac |first3=Natalia |last4=Neukirchen |first4=Sinje |last5=Roettger |first5=Mayo |last6=Nelson-Sathi |first6=Shijulal |last7=Martin |first7=William F. |date=2016 |title=The physiology and habitat of the last universal common ancestor |url=https://zenodo.org/record/3451085 |url-status=dead |journal=Nature Microbiology |language=en |volume=1 |issue=9 |pages=16116 |doi=10.1038/nmicrobiol.2016.116 |pmid=27562259|access-date=2 prill 2020|archive-url=https://web.archive.org/web/20191018153355/https://zenodo.org/record/3451085 |archive-date=18 tetor 2019 |urlaccess-statusdate=dead2 prill 2020}}</ref> <ref name="NYT-20160725">{{Cite news |url=https://www.nytimes.com/2016/07/26/science/last=Wade |first=Nicholas |author-universal-ancestor.htmllink=Nicholas Wade |date=25 korrik 2016 |title=Meet Luca, the Ancestor of All Living Things |lastlanguage=Wade|first=Nicholas|date=25en korrik 2016|work=New York Times |url=https://www.nytimes.com/2016/07/26/science/last-universal-ancestor.html |access-date=25 korrik 2016|author-link=Nicholas Wade}}</ref>

Shprehja "organizëm" (nga [[Gjuha greke|greqishtja]] ὀ قانونizmit, ''organizmos'', nga ὄργανον, ''organon'', d.m.th. "instrument, implementim, mjet, organ i sensit ose parafytyrimit") <ref name="OnlineEtDict">{{Cito web |title=organism |url=http://www.etymonline.com/index.php?term=organism&allowed_in_frame=0 |publisher=[[Online Etymology Dictionary]] |language=en}}</ref> pari u shfaq në gjuhën angleze në 1703 dhe mori përsipër përkufizimi aktual deri më 1834 ( Oxford English Dictionary ). Ajo lidhet drejtpërdrejt me termin "organizatë". Ekziston një traditë e gjatë për të përcaktuar organizmat si qenie vetë-organizuese, duke u kthyer të paktën te ''Kritika e gjykimit e'' [[Immanuel Kant]] 1790.<ref>Kant I., [[Critique of Judgment]]: §64.</ref>

Një organizëm mund të përcaktohet si një asamble [[Molekula|molekulash]] që funksionojnë si një tërësi pak a shumë e qëndrueshme që tregon [[Jeta|vetitë e jetës]].Përkufizimet e fjalorit mund të jenë të gjera, duke përdorur fraza të tilla si "çdo strukturë e gjallë, të tilla si një bimë, kafshë, kërpudhat ose bakteriet, të afta për rritje dhe riprodhim".<ref name="Chambers">{{cite encyclopedia |encyclopedia=Chambers 21st Century Dictionary |edition=online |date=1999 |title=organism|language=en}}</ref> Shumë përkufizime përjashtojnë [[Virusi|viruset]] dhe format e mundshme të [[ Llojet hipotetike të biokimisë|jetës jo-organike të]] bëra nga njeriu, pasi viruset varen nga makineria biokimike e një qelize pritëse për riprodhim. Një [[Superorganizmi|superorganizëm]] është një organizëm i përbërë nga shumë individë që punojnë së bashku si një njësi e vetme funksionale ose [[ Njësia shoqërore|shoqërore]].<ref>{{cite book |author=Kelly, Kevin |url=https://archive.org/details/outofcontrolnewb00kell |title=Out of control: the new biology of machines, social systems and the economic world |publisher=Addison-Wesley |locationyear=Boston1994 |yearisbn=1994978-0-201-48340-6 |location=Boston |pages=[https://archive.org/details/outofcontrolnewb00kell/page/98 98] |isbnlanguage=978-0-201-48340-6en |url-access=registration |url=https://archive.org/details/outofcontrolnewb00kell}}</ref>

Ka pasur polemika në lidhje me mënyrën më të mirë për të përcaktuar organizmin <ref>{{Cite journal | last1=Dupré | first1=J. | doiyear=10.1111/j.1467-954X.2010.01909.x | title=The polygenomic organism | url=https://archive.org/details/sim_sociological-review_2010-02_58_1/page/19 | journal=The Sociological Review |language=en |volume=58 | pages=19–99 | yeardoi=10.1111/j.1467-954X.2010 .01909.x}}</ref><ref>{{Cite journal| doi=10.1086/656905| last1=Folse Hj | first1=3. | last2=Roughgarden | first2=J. |year=2010 |title=What is an individual organism? A multilevel selection perspective| |url=https://archive.org/details/sim_quarterly-review-of-biology_2010-12_85_4/page/447| |journal=The Quarterly Review of Biology |language=en |volume=85| |issue=4| |pages=447–472| year=2010|doi=10.1086/656905 |pmid=21243964}}</ref><ref>{{Cite journal | last1=Pradeu | first1=T. |year=2010 |title=What is an organism? An immunological answer| |journal=History and Philosophy of the Life Sciences |language=en |volume=32 | issue=2–3 | pages=247–267| year=2010| pmid=21162370}}</ref><ref>{{Cite journal | last1=Gardner | first1=A. | last2=Grafen | first2=A. | doiyear=10.1111/j.1420-9101.2008.01681.x2009 | title=Capturing the superorganism: A formal theory of group adaptation | journal=Journal of Evolutionary Biology |language=en |volume=22 | issue=4 | pages=659–671 | yeardoi=200910.1111/j.1420-9101.2008.01681.x | pmid=19210588}}</ref><ref>{{Cite book | publisher=Princeton University Press | isbn=978-0-691-05011-9 | last=Michod | first=R E |url=https://archive.org/details/darwiniandynamic00mich |title=Darwinian dynamics: evolutionary transitions in fitness and individuality |date=1999 url|publisher=https://archive.org/details/darwiniandynamic00michPrinceton University Press |isbn=978-0-691-05011-9 date|language=1999en}}</ref><ref>{{Cite journal | volume=364 | issue=1533 | pages=3143–3155 | last=Queller | first=D.C. |author2=J.E. Strassmann |date=2009 |title=Beyond society: the evolution of organismality | journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences |language=en date|volume=2009364 |issue=1533 |pages=3143–3155 |doi=10.1098/rstb.2009.0095 |pmc=2781869 |pmid=19805423 | pmc=2781869}}</ref><ref>{{cite journal| |author=Santelices B.| |year=1999 | title=How many kinds of individual are there?| |url=https://archive.org/details/sim_trends-in-ecology-evolution_1999_14_4/page/152| |journal=Trends in Ecology & Evolution |language=en |volume=14| |issue=4 | pages=152–155| pmid=10322523| doi=10.1016/s0169-5347(98)01519-5 |pmid=10322523}}</ref><ref>{{Cite journal | last=Wilson | first=R |date=2007 |title=The biological notion of individual | journal=Stanford Encyclopedia of Philosophy | datelanguage=2007en}}</ref><ref>{{Cite book |last=Longo |first=Giuseppe |title=Perspectives on Organisms – Springer|last=Longo|first=Giuseppe |last2=Montévil |first2=Maël |doiyear=2014 |isbn=10.1007/978-3-642-3593835937-58 |series = Lecture Notes in Morphogenesis|year |language=en 2014|isbn doi= 10.1007/978-3-642-3593735938-85}}</ref> dhe me të vërtetë nëse një përkufizim i tillë është i nevojshëm apo jo.<ref>{{Cite journal | volume=83 | issue=4 | pages=621–627 | last=Pepper | first=J.W. |author2=M.D. Herron |date=2008 |title=Does biology need an organism concept? | url=https://archive.org/details/sim_biological-reviews_2008-11_83_4/page/621 | journal=Biological Reviews |language=en date|volume=200883 |issue=4 pmid|pages=18947335621–627 | doi=10.1111/j.1469-185X.2008.00057.x |pmid=18947335}}</ref><ref>{{Cite journal | pages=301–311 | last=Wilson | first=J |date=2000 |title=Ontological butchery: organism concepts and biological generalizations | url=https://archive.org/details/sim_philosophy-of-science_2000-06_67_2/page/301 | journal=Philosophy of Science | datelanguage=2000en | jstor=188676 | volume=67 |pages=301–311 |doi=10.1086/392827 |jstor=188676}}</ref> Disa kontribute <ref>{{Cite journal |last=Bateson |first=P. |year=2005 |title=The return of the whole organism |journal=Journal of Biosciences |language=en |volume=30 |issue=1 |pages=31–39 |doi=10.1007/BF02705148 |pmid=15824439}}</ref> janë përgjigje ndaj sugjerimit që kategoria e "organizmit" mund të mos jetë adekuat në biologji.<ref>{{cite book |titlelast1=Dawkins The Extended Phenotype|first1=Richard |url= https://archive.org/details/extendedphenotyp0000dawk_o9u2 |last1title=DawkinsThe |first1=RichardExtended |authorlink1=Richard Dawkins |year=1982Phenotype |publisher=Oxford University Press |year=1982 |isbn=978-0-19-286088-0 |language=en |authorlink1=Richard Dawkins}}</ref>

Ndërsa viruset nuk mbajnë asnjë metabolizëm të pavarur dhe kështu zakonisht nuk klasifikohen si organizma, ato kanë [[Gjeni|gjenet]] e tyre, dhe ato [[Evolucioni|evoluojnë]] me mekanizma të ngjashëm me mekanizmat evolucionarë të organizmave. Kështu, një argument që viruset duhet të klasifikohen si organizma të gjallë është aftësia e tyre për t'i nënshtruar evolucionit dhe përsëritjes përmes vetë-montimit. Sidoqoftë, disa shkencëtarë argumentojnë se viruset as evoluojnë, as nuk riprodhohen. Përkundrazi, viruset evoluojnë nga qelizat e tyre pritëse, që do të thotë se ka pasur bashkë-evolucion të viruseve dhe qelizave pritëse. Nëse qelizat pritëse nuk do të ekzistonin, evolucioni viral do të ishte i pamundur. Kjo nuk është e vërtetë për qelizat. Nëse viruset nuk do të ekzistonin, drejtimi i evolucionit qelizor mund të ishte i ndryshëm, por qelizat megjithatë do të ishin në gjendje të evoluojnë. Sa i përket riprodhimit, viruset tërësisht mbështeten në makineri të ushtrive për t'u përsëritur.<ref name="10reasons" >{{Cite journal | last1 = Moreira | first1 = D. | last2 = López-García | first2 = P.N. |year=2009 |title = Ten reasons to exclude viruses from the tree of life | doi = 10.1038/nrmicro2108 | journal = Nature Reviews Microbiology | year language= 2009en | pmid = 19270719| volume=7 | issue = 4 | pages=306–311 |doi=10.1038/nrmicro2108 |pmid=19270719}}</ref> Zbulimi i viruseve me gjenet që kodojnë për metabolizmin e energjisë dhe sintezën e proteinave nxiti debatin nëse viruset janë organizma të gjallë. Prania e këtyre gjeneve sugjeroi që viruset dikur ishin në gjendje të metabolizoheshin. Sidoqoftë, u zbulua më vonë se gjenet që kodojnë energjinë dhe metabolizmin e proteinave kanë një origjinë qelizore. Ka shumë të ngjarë, këto gjene janë fituar përmes [[ Transferimi i gjenit horizontal|transferimit horizontale të gjeneve]] nga hostet virale.<ref name="10reasons" />

Paraardhësi i fundit i përbashkët universal (LUCA) është organizmi më i fundit nga i cili zbresin të gjithë organizmat që jetojnë tani në Tokë. Kështu që është [[ Paraardhësi i zakonshëm i fundit|paraardhësi më i fundit i zakonshëm]] i gjithë jetës aktuale në Tokë. LUCA vlerësohet të ketë jetuar rreth [[ Afati kohor i evolucionit|3.5 deri në 3.8 miliard vjet më parë]] (diku në [[Era (histori)|epokën]] e Paleoarchean ). Dëshmia më e hershme për [[Jeta|jetën në Tokë]] është [[grafiti]] që zbulohet të jetë [[ Substancë biogjene|biogjenik]] në shkëmbinjtë metasedimentarë 3.7 miliardë vjeçarë të zbuluar në [[Grenlanda|Grenlandën Perëndimore]] <ref name="NG-201312082">{{Cite journal |last=Yoko Ohtomo |last2=Takeshi Kakegawa |last3=Akizumi Ishida |last4=Toshiro Nagase |last5=Minik T. Rosing |date=8 dhjetor 2013 |title=Evidence for biogenic graphite in early Archaean Isua metasedimentary rocks |journal=[[Nature Geoscience]] |language=en |volume=7 |issue=1 |pages=25–28 |bibcode=2014NatGe...7...25O |doi=10.1038/ngeo2025}}</ref> dhe [[fosilet]] e pjekurisë [[ Mat e mikrobit|mikrobiale]] të gjetura në [[ gur ranor|gur ranor]] 3.48 miliardë vjeçar të zbuluar në [[Australia Perëndimore|Australinë Perëndimore]].<ref name="AP-201311132">{{Cite news |urllast=http://apnews.excite.com/article/20131113/DAA1VSC01.htmlBorenstein |first=Seth |date=13 nëntor 2013 |title=Oldest fossil found: Meet your microbial mom |lastlanguage=Borenstein|first=Seth|date=13en nëntor 2013|work=[[AP News]] |url=http://apnews.excite.com/article/20131113/DAA1VSC01.html |access-date=15 nëntor 2013}}</ref> <ref name="AST-201311082">{{Cite journal |last=Noffke |first=Nora |last2=Christian |first2=Daniel |last3=Wacey |first3=David |last4=Hazen |first4=Robert M. |date=8 nëntor 2013 |title=Microbially Induced Sedimentary Structures Recording an Ancient Ecosystem in the ca. 3.48 Billion-Year-Old Dresser Formation, Pilbara, Western Australia |journal=[[Astrobiology (journal)|Astrobiology]] |language=en |volume=13 |issue=12 |pages=1103–1124 |bibcode=2013AsBio..13.1103N |doi=10.1089/ast.2013.1030 |pmc=3870916 |pmid=24205812}}</ref> Edhe pse më shumë se 99 përqind e të gjitha specieve që kanë jetuar ndonjëherë në planet vlerësohet të jenë zhdukur,<ref name="StearnsStearns2000" /><ref name="NYT-20141108-MJN" /> aktualisht ekzistojnë 2 milion deri në 1 trilion specie të jetës në Tokë. <ref name="Larsen2017" />

Ekzistojnë dëshmi të forta nga gjenetika që të gjithë organizmat kanë një paraardhës të përbashkët. Për shembull, çdo qelizë e gjallë përdor përdorimin e [[Acidi nukleik|acideve nukleike]] si materialin e saj gjenetik dhe përdor të njëjtat njëzet [[Aminoacidet|amino acide]] si blloqet ndërtuese për [[proteina]] . Të gjithë organizmat përdorin të njëjtin [[Kodi gjenetik|kod gjenetik]] (me disa devijime jashtëzakonisht të rralla dhe të vogla) për të [[ Përkthim (gjenetikë)|përkthyer]] sekuencat e acidit nukleik në proteina. Universaliteti i këtyre tipareve sugjeron me forcë prejardhjen e zakonshme, sepse zgjedhja e shumë prej këtyre tipareve duket arbitrare. [[ Transferimi i gjenit horizontal|Bartja horizontale e gjenit]] e bën më të vështirë studimin e paraardhësit të fundit universal.<ref>{{cite journal |last1=Doolittle |first1=W. Ford |date=2000 |title=Uprooting the tree of life |url=http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf |url-status=dead |journal=Scientific American |language=en |volume=282 |issue=6 |pages=90–95 |bibcode=2000SciAm.282b..90D |doi=10.1038/scientificamerican0200-90 |pmid=10710791 |urlaccess-statusdate=dead2 prill 2020 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20060907081933/http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf |archivedate=7 shtator 2006 |access-date=2 prill 2020 }}</ref> Sidoqoftë, përdorimi universal i të njëjtit kod gjenetik, të njëjtave nukleotideve dhe aminoacideve të njëjta bën që ekzistenca e një stërgjyshi të tillë të jetë shumë i mundshëm. <ref name="theo">{{Citation | last=Theobald | first=Douglas L. | title=A formal test of the theory of universal common ancestry | journal=Nature | volume=465 | issue=7295 | pages=219–222 | date=13 maj 2010 | url= http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/465168a.html |journal=Nature issn|volume=0028-0836465 | doiissue=10.1038/nature090147295 | pmidpages=20463738219–222 | postscript=. |language=en |bibcode=2010Natur.465..219T |doi=10.1038/nature09014 |issn=0028-0836 |pmid=20463738}}</ref>

Lokacioni më së shpeshti i pranuar nga rrënjët e [[ Pema e jetës (biologjia)|pemës së jetës]] është në mes të një monophyletic domain [[Bacteria|Bakteret]] dhe një clade formuar nga [[Archaea]] dhe [[Eukarioti|Eukaryota]] të asaj që është referuar si "pema tradicionale e jetës", në bazë të disa studimeve molekulare.<ref>{{cite journal | last1 = Brown | first1 = J.R. | last2 = Doolittle | first2 = W.F. | year = 1995 | title = Root of the Universal Tree of Life Based on Ancient Aminoacyl-tRNA Synthetase Gene Duplications | journal = Proc Natl Acad Sci U S A |language=en |volume = 92 | issue =7 7| pages = 2441–2445 | pmid = 7708661 | pmc=42233 | doi=10.1073/pnas.92.7.2441 |pmc=42233 |pmid=7708661}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = J.P. | last2 = Kibak | first2 = H. | last3 = Dittrich | first3 = P. | last4 = Taiz | first4 = L. | last5 = Bowman | first5 = E.J. | last6 = Bowman | first6 = B.J. | last7 = Manolson | first7 = M.F. |display-authors=etal | year = 1989 | title = Evolution of the Vacuolar H+-ATPase: Implications for the Origin of Eukaryotes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A |language=en |volume = 86 | issue =17 17| pages = 6661–6665 | pmid = 2528146 | pmc=297905 | doi=10.1073/pnas.86.17.6661 |pmc=297905 |pmid=2528146}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = J.P. | last2 = Taiz | first2 = L. | year = 1992 | title = Evolution of Proton Pumping ATPases: Rooting the Tree of Life | journal = Photosynthesis Research |language=en |volume = 33 | issue =2 2| pages = 137–146 | doi = 10.1007/BF00039176 | pmid = 24408574 }}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gribaldo | first1 = S | last2 = Cammarano | first2 = P | year = 1998 | title = The Root of the Universal Tree of Life Inferred from Anciently Duplicated Genes Encoding Components of the Protein-Targeting Machinery | journal = Journal of Molecular Evolution |language=en |volume = 47 | issue =5 5| pages = 508–516 | pmid = 9797401 | doi=10.1007/pl00006407 |pmid=9797401}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Iwabe | first1 = Naoyuki | last2 = Kuma | first2 = Kei-Ichi | last3 = Hasegawa | first3 = Masami | last4 = Osawa | first4 = Syozo | last5 = Miyata Source | first5 = Takashi | last6 = Hasegawa | first6 = Masami | last7 = Osawa | first7 = Syozo | last8 = Miyata | first8 = Takashi | year = 1989 | title = Evolutionary Relationship of Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes Inferred from Phylogenetic Trees of Duplicated Genes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A |language=en |volume = 86 | issue =23 23| pages = 9355–9359 | pmid = 2531898 | pmc=298494 | doi=10.1073/pnas.86.23.9355 |pmc=298494 |pmid=2531898}}</ref><ref>{{cite book |editor1-firsturl=David Rhttps://www. |editor1springer.com/life+sciences/microbiology/book/978-last=Boone |editor20-first=Richard W. |editor2387-last=Castenholz |editor398771-first=George M. |editor3-last=Garrity2 |title=The ''Archaea'' and the Deeply Branching and Phototrophic ''Bacteria'' |seriespublisher=Bergey'sSpringer Manual of Systematic Bacteriology|year=2001 |isbn=978-0-387-21609-6 |urleditor1-last=https://www.springer.com/life+sciences/microbiology/book/978Boone |editor1-0-387-98771-2first=David R. |series=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology |language=en |doi=10.1007/978-0-387-21609-6 |publishereditor2-last=SpringerCastenholz |yeareditor2-first=2001}}{{pageRichard W. needed|dateeditor3-last=JuneGarrity 2014|editor3-first=George M.}}</ref> Një pakicë shumë e vogël studimesh kanë përfunduar ndryshe, domethënë që rrënja është në fushën e Baktereve, qoftë në Firmicutes të azilit <ref>{{cite journal |author=Valas, R.E. |author2=Bourne, P.E. |year=2011 |title=The origin of a derived superkingdom: how a gram-positive bacterium crossed the desert to become an archaeon |journal=Biology Direct |language=en |volume=6 |page=16 |year=2011 |pmid=21356104 |pmc=3056875 |doi=10.1186/1745-6150-6-16 |pmc=3056875 |pmid=21356104}}</ref> ose që [[Chloroflexi|Chloroflexi i azilit]] është bazik në një kladë me Archaea dhe Eukaryotes dhe pjesën tjetër të Baktereve siç propozohet nga [[Thomas Cavalier-Smith]] . <ref name="CS2">{{cite journal |author=Cavalier-Smith T |year=2006 |title=Rooting the tree of life by transition analyses |journal=Biology Direct |language=en |volume=1 |page=19 |year=2006 |pmid=16834776 |pmc=1586193 |doi=10.1186/1745-6150-1-19 |pmc=1586193 |pmid=16834776}}</ref>

Hulumtimi i publikuar në vitin 2016, nga [[ William F. Martin|William F. Martin]], duke analizuar gjenetikisht 6.1 milion gjenet që kodojnë proteina nga gjenet prokariotike të sekuencave të pemëve të ndryshme filogjenetike, identifikuan 355 grupe proteinash nga mesi 286.514 grupimeve proteinike që ishin ndoshta të zakonshme për LUCA. Rezultatet "LUCA përshkruaj si [[ Organizmi anaerobe|anaerobe]], CO₂ -ndreqje, H₂ -e pavarur me një [[ Rruga dru – Ljungdahl|rrugë të drurit LJUNGDAHL]] (në reduktiv [[ Acetil-CoA|acetil-coenzyme A]] shteg), N₂ -ndreqje dhe thermophilic. Biokimi i LUCA ishte i mbushur me grupime FeS dhe mekanizma radikalë të reagimit. Kofaktorët e saj zbulojnë varësi nga [[ Metalet e tranzicionit|metalet]] në [[ Metalet e tranzicionit|tranzicion]], [[ Flavin mononukleotid|flavins]], [[ S-adenosil metionine|S-adenosyl metionine]], [[ Koenzima A|koenzima A]], [[ Ferredoxin|ferredoxin]], [[ Molybdopterin|molibbopterina]], [[ Corrin|corrins]] dhe [[seleni]] . Kodin e tij gjenetik kërkohet [[Nukleozidi|nukleozidë]] modifikime dhe S-adenosylmethionine-varur [[ methylation|methylations]] . " Rezultatet përshkruajnë clostria metanogjene si një kadës bazale në 355 linjat e ekzaminuara, dhe sugjerojnë që LUCA të banojë në një ambient të [[ Ventilë hidrotermale|rrjedhjes hidrotermale]] anaerobe në një mjedis gjeokimikisht aktiv të pasur me H₂, CO₂ dhe hekur.<ref name="nature">{{cite journal | doi = 10.1038/NMICROBIOL.2016.116 | pmid = 27562259 | volume = 1 | issue = 9 | title = The physiology and habitat of the last universal common ancestor | year = 2016 | journal = Nat Microbiol | page = 16116 | last1 = Weiss | first1 = MC | last2 = Sousa | first2 = FL | last3 = Mrnjavac | first3 = N | last4 = Neukirchen | first4 = S | last5 = Roettger | first5 = M | last6 = Nelson-Sathi | first6 = S | last7 = Martin | first7 = WF |year=2016 url|title=The physiology and habitat of the last universal common ancestor |url= https://zenodo.org/record/3451085 | accessurl-datestatus=dead |journal=Nat 2Microbiol prill|language=en 2020|volume=1 |issue=9 |page=16116 |doi=10.1038/NMICROBIOL.2016.116 |pmid=27562259 |archive-url = https://web.archive.org/web/20191018153355/https://zenodo.org/record/3451085 | archive-date = 18 tetor 2019 | urlaccess-status date=2 deadprill 2020}}</ref> Sidoqoftë, identifikimi i këtyre gjeneve si të pranishëm në LUCA u kritikua, duke sugjeruar që shumë nga proteinat e supozuara të jenë të pranishme në LUCA përfaqësojnë transferime të mëvonshme të gjenit horizontale midis arkeës dhe baktereve. <ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = JP | last2 = Deamer | first2 = D | date = nën 2016 | title = Is LUCA a thermophilic progenitor? | url =https://zenodo.org/record/895471 | journal = Nat Microbiol |language=en |volume = 1 | issue =12 12| page = 16229 | doi = 10.1038/nmicrobiol.2016.229 | pmid = 27886195 }}</ref>

[[ Riprodhimi seksual|Riprodhimi seksual]] është i përhapur në mesin eukaryotes aktuale, dhe ka të ngjarë të jetë i pranishëm në paraardhësin e fundit të zakonshëm. <ref>{{cite journal |author=Dacks J |author2=Roger AJ |date=qershor 1999 |title=The first sexual lineage and the relevance of facultative sex |url=https://archive.org/details/sim_journal-of-molecular-evolution_1999-06_48_6/page/779 |journal=J. Mol. Evol. |language=en |volume=48 |issue=6 |pages=779–783 |datebibcode=qershor 1999 |pmid=102295821999JMolE..48..779D |doi= 10.1007/PL00013156 |bibcodepmid=1999JMolE..48..779D10229582}}</ref> Kjo sugjerohet nga gjetja e një grupi gjenesh thelbësore për meiozë në pasardhësit e linjave që largoheshin herët nga pema evolucionare eukariote. <ref>{{cite journal |author=Ramesh MA |author2=Malik SB |author3=Logsdon JM |date=janar 2005 |title=A phylogenomic inventory of meiotic genes; evidence for sex in Giardia and an early eukaryotic origin of meiosis |journal=Curr. Biol. |language=en |volume=15 |issue=2 |pages=185–191 |date=janar 2005 |pmid=15668177 |doi=10.1016/j.cub.2005.01.003 |pmid=15668177}}</ref> dhe Malik et al. <ref>{{cite journal |author=Malik SB |author2=Pightling AW |author3=Stefaniak LM |author4=Schurko AM |author5=Logsdon JM |date=2008 |title=An expanded inventory of conserved meiotic genes provides evidence for sex in Trichomonas vaginalis |journal=PLOS ONE |language=en |volume=3 |issue=8 |pages=e2879 |datebibcode=2008 |pmid=18663385 |pmc=24883642008PLoSO...3.2879M |doi=10.1371/journal.pone.0002879 |bibcodepmc=2008PLoSO...3.2879M2488364 |pmid=18663385}}</ref> Më tej është mbështetur nga prova që eukariotët që më parë vlerësoheshin si "aseksualë të lashtë", siç është ''[[ amebë|Amoeba]]'', me gjasë ishin seksuale në të kaluarën, dhe se linjat e sotme të amoboideve aseksuale të ditëve të sotme kanë të ngjarë të lindën kohët e fundit dhe të pavarura.<ref>{{cite journal |author=Lahr DJ |author2=Parfrey LW |author3=Mitchell EA |author4= Katz LA |author5= Lara E |date=korrik 2011 |title=The chastity of amoebae: re-evaluating evidence for sex in amoeboid organisms |journal=Proc. Biol. Sci. |language=en |volume=278 |issue=1715 |pages=2081–2090 |date=korrik 2011 |pmid=21429931 |pmc=3107637 |doi=10.1098/rspb.2011.0289 |pmc=3107637 |pmid=21429931}}</ref>

Në prokariotët, [[ Transformimi (gjenetika)|shndërrimi natyror bakterial]] përfshin transferimin e ADN-së nga një bakter në tjetrin dhe integrimin e ADN-së së dhuruesit në kromozomin marrës nga rekombinimi. Transformimi natyror bakterial konsiderohet të jetë një proces seksual primitiv dhe ndodh në të dy bakteret dhe arkeat, edhe pse është studiuar kryesisht në baktere. Transformimi është qartë një adaptim bakterial dhe jo një rastësi aksidentale, sepse varet nga produkte gjenesh të shumta që ndërveprojnë posaçërisht me njëri-tjetrin për të hyrë në një gjendje të [[Kompetenca natyrore|kompetencës natyrore]] për të kryer këtë proces kompleks.<ref>{{cite journal |author=Chen I |author2=Dubnau D |date=mars 2004 |title=DNA uptake during bacterial transformation |journal=Nat. Rev. Microbiol. |language=en |volume=2 |issue=3 |pages=241–249 |date=mars 2004 |pmid=15083159 |doi=10.1038/nrmicro844 |pmid=15083159}}</ref> Transformimi është një mënyrë e zakonshme e transferimit të ADN-së midis prokariotëve. <ref>{{cite journal |author=Johnsborg O |author2=Eldholm V |author3=Håvarstein LS |date=dhjetor 2007 |title=Natural genetic transformation: prevalence, mechanisms and function |journal=Res. Microbiol. |language=en |volume=158 |issue=10 |pages=767–778 |date=dhjetor 2007 |pmid=17997281 |doi=10.1016/j.resmic.2007.09.004 |pmid=17997281}}</ref>

Biologu Peter Gogarten sugjeron "metafora origjinale e një peme nuk i përshtatet më të dhënave nga hulumtimi i fundit i gjenomit", prandaj "biologët (duhet) të përdorin metaforën e një mozaiku për të përshkruar histori të ndryshme të kombinuara në gjenome individuale dhe përdorim (metaforën e një rrjet për të vizualizuar shkëmbimin e pasur dhe efektet bashkëpunuese të HGT midis mikrobeve ".<ref>{{cite web |author=Peter Gogarten |title=Horizontal Gene Transfer – A New Paradigm for Biology |url=http://www.esalenctr.org/display/confpage.cfm?confid=10&pageid=105&pgtype=1 |title=Horizontal Gene Transfer – A New Paradigm for Biology |publisher=esalenctr.org |accessdate=20 gusht 2011 |archiveurl-datestatus=21 korrik 2012dead |archive-url=https://web.archive.org/web/20120721232310/http://www.esalenctr.org/display/confpage.cfm?confid=10&pageid=105&pgtype=1 |urlarchive-statusdate=dead21 korrik 2012 |accessdate=20 gusht 2011 |publisher=esalenctr.org |language=en}}</ref>

Në vitin 2008, Instituti [[ Instituti J. Craig Venter|J. Craig Venter]] mblodhi një [[ Madhësia e gjenomit bakteror|gjenomë]] sintetike [[ Madhësia e gjenomit bakteror|bakteriale]], ''[[ Genitiumi mikoplazmatik|genitiumin Mycoplasma]]'', duke përdorur rekombinimin në maja prej 25 fragmentesh të ADN që mbivendosën në një hap të vetëm. Përdorimi i rekombinimit të majave thjeshton shumë montimin e molekulave të mëdha të ADN-së nga fragmente sintetike dhe natyrorë.<ref name="Venter">{{cite journal |author=Gibsona, Daniel G. |author2=Benders, Gwynedd A. |author3=Axelroda, Kevin C. |display-authors=etal |date=2008 |title=One-step assembly in yeast of 25 overlapping DNA fragments to form a complete synthetic Mycoplasma genitalium genome |journal=PNAS |language=en |volume=105 |issue=51 |pages=20404–20409 |bibcode=2008PNAS..10520404G |doi=10.1073/pnas.0811011106 |pmid=19073939 |pmc=2600582 |bibcodepmid=2008PNAS..10520404G19073939}}</ref> Kompanitë e tjera, siç është Synthetic Genomics, tashmë janë formuar për të përfituar nga përdorimet e shumta tregtare të gjenomit të krijuar me porosi.