Organizmi: Dallime mes rishikimesh
| [Redaktim i kontrolluar] | [Redaktim i kontrolluar] |
Content deleted Content added
Tiimiii (diskuto | kontribute) No edit summary |
Tiimiii (diskuto | kontribute) No edit summary |
||
Rreshti 76:
Ekzistojnë dëshmi të forta nga gjenetika që të gjithë organizmat kanë një paraardhës të përbashkët. Për shembull, çdo qelizë e gjallë përdor përdorimin e [[Acidi nukleik|acideve nukleike]] si materialin e saj gjenetik dhe përdor të njëjtat njëzet [[Aminoacidet|amino acide]] si blloqet ndërtuese për [[proteina]] . Të gjithë organizmat përdorin të njëjtin [[Kodi gjenetik|kod gjenetik]] (me disa devijime jashtëzakonisht të rralla dhe të vogla) për të [[ Përkthim (gjenetikë)|përkthyer]] sekuencat e acidit nukleik në proteina. Universaliteti i këtyre tipareve sugjeron me forcë prejardhjen e zakonshme, sepse zgjedhja e shumë prej këtyre tipareve duket arbitrare. [[ Transferimi i gjenit horizontal|Bartja horizontale e gjenit]] e bën më të vështirë studimin e paraardhësit të fundit universal.<ref>{{cite journal|last1=Doolittle |first1=W. Ford |date=2000 |title=Uprooting the tree of life |url=http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf |journal=Scientific American |volume=282 |issue=6 |pages=90–95 |bibcode=2000SciAm.282b..90D |doi=10.1038/scientificamerican0200-90 |pmid=10710791 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20060907081933/http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf |archivedate=7 September 2006 |df=}}</ref> Sidoqoftë, përdorimi universal i të njëjtit kod gjenetik, të njëjtave nukleotideve dhe aminoacideve të njëjta bën që ekzistenca e një stërgjyshi të tillë të jetë shumë i mundshëm. <ref name="theo">{{Citation | last=Theobald| first=Douglas L. | title=A formal test of the theory of universal common ancestry | journal=Nature | volume=465 | issue=7295 | pages=219–222 | date=13 May 2010 | url= http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/465168a.html | issn=0028-0836 | doi=10.1038/nature09014 | pmid=20463738 | postscript=. |bibcode=2010Natur.465..219T}}</ref>
== Filogjeneza ==
{{Clade
| style= font-size:100%; line-height:100%
| label1=[[Paraardhësi i fundit universal i përbashkët|PUB]]
|1={{clade
|1=[[Chloroflexi]]
|2={{Clade
|1=[[Deinococcus–Thermus]] (= Deinococcus-Thermus grup)
|label2=[[Glycobacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Algat blu të gjelbra - Cianophyta|Cianophyta]]
|2={{Clade
|label1=[[Gracilicutes]]
|1={{Clade
|1=[[Spirochaetae]]
|2={{Clade
|label1=[[Sphingobacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Fibrobacteres]]
|2={{Clade
|1=[[Bakteret e squfurit jeshil|Chlorobi]]
|2=[[Bacteroidetes]]
}}
}}
|2={{Clade
|label1=[[Planctobacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Planctomycetes]]
|2={{Clade
|1=[[Chlamydiae]]
|2={{Clade
|1=[[Lentisphaerae]]
|2=[[Verrucomicrobia]]
}}
}}
}}
|label2=[[Proteobacteria]]
|2={{Clade
|label1=[[Geobacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Deferribacteres]]
|2=[[Acidobacteria]]
}}
|label2=[[Thiobacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Deltaproteobacteria]]
|2=[[Epsilonproteobacteria]]
}}
|label3=[[Rhodobacteria]]
|3={{Clade
|1=[[Alphaproteobacteria]]
|label2=[[Chromatibacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Betaproteobacteria]]
|2=[[Gammaproteobacteria]]
}}
}}
}}
}}
}}
}}
|label2=[[Unibacteria]]
|2={{Clade
|label1=[[Eurybacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Thermotogae]]
|2=[[Fusobacteria]]
|3=[[Negativicutes]]
}}
|2={{Clade
|1=[[Firmicutes|Endobacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Actinobacteria]]
|label2=[[Neomura]]
|2={{Clade
|1=[[Archaea]]
|2=[[Eukarioti]]
}}
}}
}}
}}
}}}}}}}}}}
== Vendndodhja e rrënjës ==
[[File:Reduktiver Acetyl-CoA-Weg.png|thumb|upright=1.35|LUCA përdori shtegun Wood-Ljungdahl ose reduktues të acetil-CoA për të rregulluar karbonin.]]
Lokacioni më së shpeshti i pranuar nga rrënjët e [[ Pema e jetës (biologjia)|pemës së jetës]] është në mes të një monophyletic domain [[Bacteria|Bakteret]] dhe një clade formuar nga [[Archaea]] dhe [[Eukarioti|Eukaryota]] të asaj që është referuar si "pema tradicionale e jetës", në bazë të disa studimeve molekulare.<ref>{{cite journal | last1 = Brown | first1 = J.R. | last2 = Doolittle | first2 = W.F. | year = 1995 | title = Root of the Universal Tree of Life Based on Ancient Aminoacyl-tRNA Synthetase Gene Duplications | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 92 | issue = 7| pages = 2441–2445 | pmid = 7708661 | pmc=42233 | doi=10.1073/pnas.92.7.2441}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = J.P. | last2 = Kibak | first2 = H. | last3 = Dittrich | first3 = P. | last4 = Taiz | first4 = L. | last5 = Bowman | first5 = E.J. | last6 = Bowman | first6 = B.J. | last7 = Manolson | first7 = M.F. |display-authors=etal | year = 1989 | title = Evolution of the Vacuolar H+-ATPase: Implications for the Origin of Eukaryotes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 86 | issue = 17| pages = 6661–6665 | pmid = 2528146 | pmc=297905 | doi=10.1073/pnas.86.17.6661}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = J.P. | last2 = Taiz | first2 = L. | year = 1992 | title = Evolution of Proton Pumping ATPases: Rooting the Tree of Life | journal = Photosynthesis Research | volume = 33 | issue = 2| pages = 137–146 | doi = 10.1007/BF00039176| pmid = 24408574 }}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gribaldo | first1 = S | last2 = Cammarano | first2 = P | year = 1998 | title = The Root of the Universal Tree of Life Inferred from Anciently Duplicated Genes Encoding Components of the Protein-Targeting Machinery | url = | journal = Journal of Molecular Evolution | volume = 47 | issue = 5| pages = 508–516 | pmid = 9797401 | doi=10.1007/pl00006407}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Iwabe | first1 = Naoyuki | last2 = Kuma | first2 = Kei-Ichi | last3 = Hasegawa | first3 = Masami | last4 = Osawa | first4 = Syozo | last5 = Miyata Source | first5 = Takashi | last6 = Hasegawa | first6 = Masami | last7 = Osawa | first7 = Syozo | last8 = Miyata | first8 = Takashi | year = 1989 | title = Evolutionary Relationship of Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes Inferred from Phylogenetic Trees of Duplicated Genes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 86 | issue = 23| pages = 9355–9359 | pmid = 2531898 | pmc=298494 | doi=10.1073/pnas.86.23.9355}}</ref><ref>{{cite book |editor1-first=David R. |editor1-last=Boone |editor2-first=Richard W. |editor2-last=Castenholz |editor3-first=George M. |editor3-last=Garrity |title=The ''Archaea'' and the Deeply Branching and Phototrophic ''Bacteria'' |series=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology |isbn=978-0-387-21609-6 |url=https://www.springer.com/life+sciences/microbiology/book/978-0-387-98771-2 |doi=10.1007/978-0-387-21609-6|publisher=Springer |year=2001}}{{page needed|date=June 2014}}</ref> Një pakicë shumë e vogël studimesh kanë përfunduar ndryshe, domethënë që rrënja është në fushën e Baktereve, qoftë në Firmicutes të azilit <ref>{{cite journal |author=Valas, R.E. |author2=Bourne, P.E. |title=The origin of a derived superkingdom: how a gram-positive bacterium crossed the desert to become an archaeon |journal=Biology Direct |volume=6 |issue= |page=16 |year=2011 |pmid=21356104 |pmc=3056875 |doi=10.1186/1745-6150-6-16}}</ref> ose që [[Chloroflexi|Chloroflexi i azilit]] është bazik në një kladë me Archaea dhe Eukaryotes dhe pjesën tjetër të Baktereve siç propozohet nga [[Thomas Cavalier-Smith]] . <ref name=CS2>{{cite journal |author=Cavalier-Smith T |title=Rooting the tree of life by transition analyses |journal=Biology Direct |volume=1 |page=19 |year=2006 |pmid=16834776 |pmc=1586193 |doi=10.1186/1745-6150-1-19}}</ref>
Hulumtimi i publikuar në vitin 2016, nga [[ William F. Martin|William F. Martin]], duke analizuar gjenetikisht 6.1 milion gjenet që kodojnë proteina nga gjenet prokariotike të sekuencave të pemëve të ndryshme filogjenetike, identifikuan 355 grupe proteinash nga mesi 286.514 grupimeve proteinike që ishin ndoshta të zakonshme për LUCA. Rezultatet "LUCA përshkruaj si [[ Organizmi anaerobe|anaerobe]], CO<sub>2</sub> -ndreqje, H<sub>2</sub> -e pavarur me një [[ Rruga dru – Ljungdahl|rrugë të drurit LJUNGDAHL]] (në reduktiv [[ Acetil-CoA|acetil-coenzyme A]] shteg), N<sub>2</sub> -ndreqje dhe thermophilic. Biokimi i LUCA ishte i mbushur me grupime FeS dhe mekanizma radikalë të reagimit. Kofaktorët e saj zbulojnë varësi nga [[ Metalet e tranzicionit|metalet]] në [[ Metalet e tranzicionit|tranzicion]], [[ Flavin mononukleotid|flavins]], [[ S-adenosil metionine|S-adenosyl metionine]], [[ Koenzima A|koenzima A]], [[ Ferredoxin|ferredoxin]], [[ Molybdopterin|molibbopterina]], [[ Corrin|corrins]] dhe [[seleni]] . Kodin e tij gjenetik kërkohet [[Nukleozidi|nukleozidë]] modifikime dhe S-adenosylmethionine-varur [[ methylation|methylations]] . " Rezultatet përshkruajnë clostria metanogjene si një kadës bazale në 355 linjat e ekzaminuara, dhe sugjerojnë që LUCA të banojë në një ambient të [[ Ventilë hidrotermale|rrjedhjes hidrotermale]] anaerobe në një mjedis gjeokimikisht aktiv të pasur me H<sub>2</sub>, CO<sub>2</sub> dhe hekur.<ref name="nature">{{cite journal | doi = 10.1038/NMICROBIOL.2016.116 | pmid=27562259 | volume=1 | issue=9 | title=The physiology and habitat of the last universal common ancestor | year=2016 | journal=Nat Microbiol | page=16116 | last1 = Weiss | first1 = MC | last2 = Sousa | first2 = FL | last3 = Mrnjavac | first3 = N | last4 = Neukirchen | first4 = S | last5 = Roettger | first5 = M | last6 = Nelson-Sathi | first6 = S | last7 = Martin | first7 = WF| url=https://zenodo.org/record/3451085 }}</ref> Sidoqoftë, identifikimi i këtyre gjeneve si të pranishëm në LUCA u kritikua, duke sugjeruar që shumë nga proteinat e supozuara të jenë të pranishme në LUCA përfaqësojnë transferime të mëvonshme të gjenit horizontale midis arkeës dhe baktereve. <ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = JP | last2 = Deamer | first2 = D | date = Nov 2016 | title = Is LUCA a thermophilic progenitor? | url =https://zenodo.org/record/895471 | journal = Nat Microbiol | volume = 1 | issue = 12| page = 16229 | doi = 10.1038/nmicrobiol.2016.229| pmid = 27886195 }}</ref>
| |||