Pfam
Пређи на навигацију
Пређи на претрагу
Пфам је база података протеинских фамилија која садржи њихове анотације и поравнавања вишеструких секвенци генерисане користећи скривене Марковљеве моделе.[1][2][3]
Особине
[уреди | уреди извор]За сваку фамилију у Пфам бази подата је могуће:
- Прегледати вишеструка поравнавања
- Приказати архитектуре протеинских домена
- Прегледати врсте дистрибуција
- Следити линкове према другим базама података
- Приказити познате протеинске структуре
74% протеинских секвенци имају бар једну Пфам везу.[4] Тај број се назива покривеност секвенци.
Повезано
[уреди | уреди извор]Литература
[уреди | уреди извор]- ↑ Финн РД, Тате Ј, Мистрy Ј, Цоггилл ПЦ, Саммут СЈ, Хотз ХР, Цериц Г, Форслунд К, Еддy СР, Соннхаммер ЕЛ, Батеман А (2008). „Тхе Пфам протеин фамилиес датабасе.”. Нуцлеиц Ацидс Рес 36 (Датабасе иссуе): Д281–8. ДОИ:10.1093/nar/gkm960. ПМЦ 2238907. ПМИД 18039703.
- ↑ Финн РД, Мистрy Ј, Сцхустер-Бöцклер Б, Гриффитхс-Јонес С, Холлицх V, Лассманн Т, Моxон С, Марсхалл M, Кханна А, Дурбин Р, Еддy СР, Соннхаммер ЕЛ, Батеман А (Јануарy 2006). „Пфам: цланс, wеб тоолс анд сервицес”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх 34 (Датабасе иссуе): Д247–51. ДОИ:10.1093/nar/gkj149. ПМЦ 1347511. ПМИД 16381856.
- ↑ Батеман А, Цоин L, Дурбин Р, Финн РД, Холлицх V, Гриффитхс-Јонес С, Кханна А, Марсхалл M, Моxон С, Соннхаммер ЕЛ, Студхолме ДЈ, Yеатс C, Еддy СР (Јануарy 2004). „Тхе Пфам протеин фамилиес датабасе”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх 32 (Датабасе иссуе): Д138–41. ДОИ:10.1093/nar/gkh121. ПМЦ 308855. ПМИД 14681378.
- ↑ Јаина Мистрy, Пеннy Цоггхилл, Сеан Еддy, Роб Финн, Јохн Тате1 & Алеx Батеман1. „Броаденинг Пфам Протеин Сеqуенце Аннотатионс : Натуре Прецедингс”. ДОИ:10.1038/npre.2009.3194.1.