Jmol

Jmol
	; Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura.
Izdavač:	Jmol razvojni tim
Vrsta:	Molekulsko modelovanje
Licenca:	LGPL
Web stranica:	www.jmol.org i wiki.jmol.org

Jmol je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D,^[1] za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.^[2] Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi^[3] i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Vindousu, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.

Popularno svojstvo je applet koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova“, „prostorno popunjavajući“ modeli, „trakasti“ modeli, etc.^[4] Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući Protein Data Bank (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i Chemical Markup Language (CML).^[5]

Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu,^[3] čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u Chime paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena Chime funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio Chime neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Majkrosoft vindousu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.

Snimci ekrana

Kristalna struktura H/ACA kutije RNP iz Pyrococcus furiosus.
Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno).
Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment.
Eubakterijski 70S ribozom iz Thermus thermophilus.

Povezano

Reference

↑ Chen, Jim X. (2008), Springer, ur., Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
↑ Willighagen, E.; Howard, M. (2007), „Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D”, Nature Preceedings, DOI:10.1038/npre.2007.50.1
↑ ^3,0 ^3,1 Herráez, A (2006), „Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”, Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, DOI:10.1002/bmb.2006.494034042644
↑ Herráez, A (2007), Lulu, ur., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
↑ Willighagen, E (2001), „Processing CML conventions in Java”, Internet Journal of Chemistry 4 (4): 1–9 ^{[mrtav link]}

Spoljašnje veze

Portal Hemija

Jmol official web site
Jmol wiki where a list of Websites, Wikis, Moodles, ... using Jmol is available

[Chen2008-1] Chen, Jim X. (2008), Springer, ur., Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4

[Willighagen2007-2] Willighagen, E.; Howard, M. (2007), „Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D”, Nature Preceedings, DOI:10.1038/npre.2007.50.1

[Herraez2006-3] 3,0 ^3,1 Herráez, A (2006), „Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”, Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, DOI:10.1002/bmb.2006.494034042644

[Herraez2007-4] Herráez, A (2007), Lulu, ur., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8

[Willighagen2001-5] Willighagen, E (2001), „Processing CML conventions in Java”, Internet Journal of Chemistry 4 (4): 1–9 ^{[mrtav link]}

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]


Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura.
Izdavač:	Jmol razvojni tim
Vrsta:	Molekulsko modelovanje
Licenca:	LGPL
Web stranica:	www.jmol.org i wiki.jmol.org