内水面漁協て何？

これは、税金のピンはね？法律で何か規定があるのでしょうか？

＞ないです。本来、必要であれば、行政が直接補償します。たとえば、空港建設の際の補償は、工事業者から出ることはありません。

またこの協力金を支払わない場合なにか罰則があるのでしょうか？
＞法律の罰則はないです。ただ、内水面漁協からの工事に対する妨害がある可能性があります。一見、環境保護をうたっています。環境保護ならば、お金は関係ないはずです。それが、お金を払うことにより解決します。

また、内水面漁協の人たちの大部分は、漁業で生活していない人たちです。本来は、補償の対象とすべきでないと思います。川の漁師はほとんどいません。漁業収益もほとんどありません。鮎釣り等のチケットを売ったり、友鮎を売るくらいです。

これは恐らくヤミでしょう。行政も黙認していると思います。発注機関（役所）へ、情報公開すれば分かると思いますが、行政は知らないことになっているはずです。ある意味、タカリでしょう。環境保護をうたうのであれば、行政が直接に、環境対策すれば足ります。
協力金は、一部鮎の放流等に使われますが、大部分は組合員に分配されます。

内水面漁協の主な収益は、実は漁業補償によるものです。

補償金をぶんどるために、魚を放流しているような物です。

普通の漁協（港町にある）は漁場は海になります

内水面漁協の場合は、川、湖等が漁場になります
今回は、川の改修工事によって、漁師の方の仕事に些少なりとも影響が出る、迷惑をかける等により、漁師の方が所属している漁協に協力金を出す事になったのだと思います
原子力発電所の建設に対し、温排水の漁場への影響に対し、地元の漁協に協力金を出すのと同じ様なものかと（厳密には違いますが）

下記、全国内水面漁協協同組合連合会のＨＰです
http://www.naisuimen.or.jp/

内水面漁協って、河川の管理者ではなく、内水面漁業者（河川・湖沼などで行う漁業および養殖業者）の協同組合ですよ、たしか。

それなら、その協力金は、工事に伴い生じるであろう、漁業収益の減少に対する補償だと思いますね。
海面の埋め立て工事等でも同様に海面漁業者の漁協に対して行われると思います。