マンションの更新料を払うから自動更新にしてほしい。これって迷惑な相談ですか…？

迷惑というより無理な相談です。

何のために毎回保証人の実印までもらっているかをわかってない。

保証人が存命していて、保証人として許可を得ているかどうかの確認のための物です。
お金を払うからとかそういう問題じゃありません。

それと、法定更新というのは更新書類が以前の条件とは大きく変わってしまい、あまりにも借主の負担が増えるなど不利な条件での更新を迫られた場合に、法定更新として拒否した状態でも更新した形で契約を続けられるというものです。

今までと条件が変わらず、自分が面倒というだけで法定更新なんてできませんよ。

ちなみに、契約書を郵送して保証人に捺印と印鑑証明を返送してもらう方法は取れないんですか？
直接遠い家まで仕事を２日も休んでまで行かないといけない理由がわかりませんね。

>調べたら更新書類を無視すれば法定更新となり自動更新となると書いてあった

そのネットの記述、きちんと最後まで読んだ？
一般的な更新のことを「合意更新」といって、貸主借主双方が『合意』して更新するということ。
つまり争いがない。
一方で、法定更新とは、貸主借主で合意できなかった場合に法律で更新を認めるというもの。
合意できない、つまり”争いがある状態”。
合意できないまま契約満了日を迎えた場合に、次の日から住まいがなくなるのは借主が困るので、法律で、とりあえず合意できるまでの間だけ住むのを認めるということ。

簡単に言うと、借主と貸主側で本格的なケンカが始まるということ。

この辺の法律の仕組みを理解せずに「法定更新したい」（＝合意しない）などと申し入れたら、管理会社も大家も戦闘態勢に入るよ。
『法定更新』の話はしないほうがいい。

自動更新についてはまた少し異なるんだけど、更新料を支払うなら、自動更新にすること自体はできるかもしれない。
ただし、本件では貸主側が更新ごとに保証人の印鑑証明まで求めているということは、貸主側はその点を重要視しているということ。
というのも、連帯保証は更新後の契約には訴訟などの結果、無効になる場合があり、これは貸主側にとってはとても大きなリスク。

そのような法律的な事情もあり。
賃貸契約書の取り交わしをなくすことはできても、本件の場合は保証人の書類や印鑑証明書の提出はなくならないと思うよ。
あるいは、連帯保証人から更新後も連帯保証する旨の覚書でも取り交わせば別かもしれないけど、貸主側も保証人側（警戒する）もやらないんじゃないかな。

ダメ元で管理会社に相談するだけしてみるといいと思うよ。
塩対応されても相手が悪いわけではないので、仕方ないと諦めること。

ぐっどらっくｂ

郵送してサインしてもらえばいい。

あと、連帯保証人は、実印でなければいけないなんてありません。家賃はかなり高額なんですか。

保証会社に変えても良いか、聞いてみたらいかがでしょうか？