残業代について

地方公務員として働いています。

4月半ばに数時間残業をしました。上司からの命令という形だったので上司も知っています。
しかし、5月の給与が振り込まれても残業代が入っていませんでした。

超過勤務命令簿の届出を確認すると、上司の確認印がなく、上司が届出を確認してないため(上司の印が付いたあと事務方に回される書類なので)振り込まれてないのがわかりました。

そこまで残業してないし、公務員なので税金から給与や残業代が出てるのを考えると上司には直接言いづらい気持ちです(組織のトップなので忙しいためもありますが…)。

仮に今更上司が気づいた(もしくは私が言って)として、数ヶ月前の残業代って書類は通るのでしょうか？ 残業代を支払う期限的なもの？があるのか分かりませんが、同じような体験をされた公務員の方がいたら教えて頂きたいです。