Kobayashi tekende in augustus 2016 een contract tot de zomer van 2019 bij sc Heerenveen, dat hem overnam van Júbilo Iwata. Hij tekende in augustus 2019 bij Waasland-Beveren, dat hem transfervrij inlijfde na zijn vertrek bij sc Heerenveen. Medio 2020 ging hij naar Al-Khor.