Alfaro speelde van 2006 tot 2011 bij de Uruguayaanse club Liverpool FC, dat hem gedurende het seizoen 2010-2011 verhuurde aan San Lorenzo. In januari 2012 tekende hij bij Lazio een contract tot medio 2016.[1] De club verhuurde hem achtereenvolgend aan Al-Wasl en zijn oude ploeg Liverpool FC. Hij speelde echter slechts 8 wedstrijden voor Lazio, waarna hij in augustus 2015 een contract tot medio 2017 tekende bij Buriram United. Vanwege procedurele redenen was hij pas per 1 januari 2016 speelgerechtigd voor de Thaise club.[2] Vanwege veel blessureleed kwam Alfaro nooit aan spelen toe in Thailand. In de zomer van 2016 liep zijn contract bij de club af.[3] Nadien speelde hij nog in Azië voor NorthEast United, Al-Fujairah en Pune City.
Alfaro kwam uit voor verschillende Uruguayaanse jeugdelftallen. Op 15 november 2011 debuteerde hij in het Uruguayaans voetbalelftal in een oefenwedstrijd tegen Italië.