Moukoko werd geboren in Kameroen en verhuisde in 2014 naar Hamburg, waar zijn vader al vertoefde sinds 1997. Daar begon hij met voetballen bij St. Pauli. Twee jaar later vertrok hij naar Borussia Dortmund. Vanaf januari 2020 mocht hij meetrainen met het eerste elftal. Op zaterdag 21 november 2020 debuteerde Moukoko in de Bundesliga tegen Hertha BSC. Hij was toen zestien jaar en één dag oud en werd daarmee de jongste speler in de Bundesliga ooit. Het vorige record stond op naam van Nuri Şahin. Zijn eerste Bundesliga-goal scoorde hij tegen Union Berlin op 18 december 2020, en werd daarmee met zestien jaar en 28 dagen de jongste doelpuntenmaker in de geschiedenis van de Bundesliga.[2]