Lange tijd speelde Molde FK in de lagere regionen. In 1957 werd eenmalig in de hoogste klasse gespeeld, maar daarna duurde het tot 1974 dat Molde weer in de Eliteserien kon spelen. Sindsdien horen de blauw-witten bij de topploegen van Noorwegen. In de jaren zeventig was de ploeg al tweemaal dicht bij het kampioenschap, maar kwam beide keren net te kort. In de jaren negentig was de ploeg dicht bij een titel, maar verder dan de tweede plaats kwam de ploeg niet. Wel won Molde FK tweemaal de Noorse beker.
Door de tweede plaats in het seizoen 1998 plaatste de ploeg zich voor de Champions League. In de poule met onder meer Real Madrid wist Molde zich niet te plaatsen voor de tweede groepsfase. In 2006 degradeerde de club, maar kon het daaropvolgende seizoen weer promoveren naar de hoogste divisie.
In 2011 werd Molde onder leiding van trainer Ole Gunnar Solskjær voor het eerst landskampioen. Die prestatie werd herhaald in 2012. Op zaterdag 4 oktober 2014 stelde de club de derde landstitel uit de clubgeschiedenis veilig door in de 26ste speelronde met 2-1 te winnen bij Viking FK.
De navolgende Europese voetballers kwamen als speler van Molde FK uit voor een vertegenwoordigend A-elftal. Tot op heden[3] is Harry Hestad degene met de meeste interlands achter zijn naam. Hij kwam als speler van Molde FK in totaal 28 keer uit voor het Noorse nationale elftal.