Sudraba raktuves Kutna Horā pazīstamas no 10. gadsimta. 1142. gadā šeit tika nodibināts Sedlecas klosteris, kas bija pirmais cisterciešu klosteris Bohēmijā. No 13. gadsimta vidus pilsētā masveidā ieradās vācvalodīgie kalnrači. 13. gadsimtā Kutna Horā ieguva trešdaļu no Eiropas sudraba. Pilsēta savā ietekmē konkurēja ar Prāgu, šeit dažkārt rezidēja Bohēmijas karaļi. Husītu karu laikā 1421. gada 21. decembrī pie pilsētas notika Kutna Horas kauja, kurā Jana Žižkastaborīti sakāva imperatora Sigismunda spēkus. Imperatora spēki pameta Bohēmiju, bet Kutna Hora tika ieņemta un nopostīta. 1526. gadā pilsēta iekļāvās Hābsburgu impērijas sastāvā. 16. gadsimtā sudraba iegulas pamazām izsīka, un pilsēta panīka, pēdējās raktuves tika pamestas 18. gadsimta beigās. No 1919. gada — Čehoslovākijā. Kopš 1993. gada — Čehijā.
Kutna Hora ir botāniķa Karela Domina (Karel Domin, 1882 — 1953), kā arī dramaturga un Čehijas himnas autora Josefa Kajetāna Tila (Josef Kajetán Tyl, 1808 — 1856) dzimtā pilsēta. No 1774. līdz 1776. gadam Kutna Horas jezuītu ģimnāzijā mācījās komponists Jans Ladislavs Duseks (Jan Ladislav Dussek, 1760 — 1812).